Changes between Version 9 and Version 10 of SoftWare/OarUtils


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May 23, 2017, 2:03:10 PM (4 years ago)
Author:
g7moreau
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  • SoftWare/OarUtils

    v9 v10  
    1313Il peut y avoir un soucis avec les jobs MPI lorsque ceux-ci s'étendent sur plus
    1414d'une machine.
    15 La connexion inter-machine ne fonctionnant pas directement avec ssh
     15La connexion inter-machine ne fonctionnant pas directement avec {{{ssh}}}
    1616il faut utiliser le wrapper {{{oarsh}}} fournit.
    1717Cependant, celui-ci ne transmet pas toutes les variables d'environnements...
    1818ce qui empêche le bon fonctionnement de nombreux code.
    1919
    20 Nous avons donc développé deux solutions
     20Nous avons donc développé deux solutions :
    2121
    22  * un wrapper de wrapper du nom d'[http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-envsh.html oar-envsh] ;
     22 * un wrapper de wrapper du nom d'[http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-envsh.html oar-envsh].
     23   Un moyen simple d'utiliser la dernière version sans récupérer tout le repository est de faire :
    2324   {{{
    2425wget http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/projects/soft-trokata/export/HEAD/trunk/oarutils/oar-envsh
    25 chmod u+x oar-envsh
     26chmod u+x ./oar-envsh
    2627}}}
    2728 * une fonction Bash utilisant l'option -x de {{{mpirun}}} de nom {{{oar_envmpirun}}}.
     
    3435Pour se faire, nous avons développé deux outils complémentaire :
    3536
    36  * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/mpilauncher.html mpilauncher], un petit code MPI en C++ qui divise le nombre de travaux par le
     37 * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/mpilauncher.html mpilauncher],
     38   un petit code MPI en C++ qui divise le nombre de travaux par le
    3739   nombre de coeur du job maître. Chaque job est placé dans un thread MPI
    3840   et lancé à la queue le leu.
    3941   A noter que {{{mpilauncher}}} n'a aucune dépendance directe envers OAR.
    4042
    41  * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-parexec.html oar-parexec], un petit code en Perl utilisant [http://search.cpan.org/dist/Coro/ Coro].
     43 * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-parexec.html oar-parexec],
     44   un petit code en Perl utilisant [http://search.cpan.org/dist/Coro/ Coro].
    4245   Chaque job est distribué de manière asynchrone et via {{{oarsh}}},
    43    sur un des coeurs attribués au processus maître.
     46   sur un des cœurs attribués au processus maître.
    4447   A noter qu'{{{oar-parexec}}} distribue de manière optimale les jobs sur un cluster non homogène,
    4548   ou si ces jobs n'ont pas un temps de calcul homogène.
     
    4851Cet outil laisse  OAR faire tout le travail d'ordonnancement et de placement...
    4952
    50  * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-dispatch.html oar-dispatch], un petit code en Perl utilisant aussi [http://search.cpan.org/dist/Coro/ Coro].
    51    Comme {{{oar-parexec}}}, le code est donc aysnchrone.
     53 * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-dispatch.html oar-dispatch],
     54   un petit code en Perl utilisant aussi [http://search.cpan.org/dist/Coro/ Coro].
     55   Comme {{{oar-parexec}}}, le code est donc asynchrone.
    5256   Cependant, il prend en entrée une liste de job OAR
    5357   dont il limitera le nombre dans la file d'attente d'OAR.