Changes between Version 9 and Version 10 of SoftWare/OarUtils


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May 23, 2017, 2:03:10 PM (8 years ago)
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g7moreau
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  • SoftWare/OarUtils

    v9 v10  
    1313Il peut y avoir un soucis avec les jobs MPI lorsque ceux-ci s'étendent sur plus
    1414d'une machine.
    15 La connexion inter-machine ne fonctionnant pas directement avec ssh
     15La connexion inter-machine ne fonctionnant pas directement avec {{{ssh}}}
    1616il faut utiliser le wrapper {{{oarsh}}} fournit.
    1717Cependant, celui-ci ne transmet pas toutes les variables d'environnements...
    1818ce qui empêche le bon fonctionnement de nombreux code.
    1919
    20 Nous avons donc développé deux solutions
     20Nous avons donc développé deux solutions :
    2121
    22  * un wrapper de wrapper du nom d'[http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-envsh.html oar-envsh] ;
     22 * un wrapper de wrapper du nom d'[http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-envsh.html oar-envsh].
     23   Un moyen simple d'utiliser la dernière version sans récupérer tout le repository est de faire :
    2324   {{{
    2425wget http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/projects/soft-trokata/export/HEAD/trunk/oarutils/oar-envsh
    25 chmod u+x oar-envsh
     26chmod u+x ./oar-envsh
    2627}}}
    2728 * une fonction Bash utilisant l'option -x de {{{mpirun}}} de nom {{{oar_envmpirun}}}.
    … …  
    3435Pour se faire, nous avons développé deux outils complémentaire :
    3536
    36  * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/mpilauncher.html mpilauncher], un petit code MPI en C++ qui divise le nombre de travaux par le
     37 * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/mpilauncher.html mpilauncher],
     38   un petit code MPI en C++ qui divise le nombre de travaux par le
    3739   nombre de coeur du job maître. Chaque job est placé dans un thread MPI
    3840   et lancé à la queue le leu.
    3941   A noter que {{{mpilauncher}}} n'a aucune dépendance directe envers OAR.
    4042
    41  * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-parexec.html oar-parexec], un petit code en Perl utilisant [http://search.cpan.org/dist/Coro/ Coro].
     43 * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-parexec.html oar-parexec],
     44   un petit code en Perl utilisant [http://search.cpan.org/dist/Coro/ Coro].
    4245   Chaque job est distribué de manière asynchrone et via {{{oarsh}}},
    43    sur un des coeurs attribués au processus maître.
     46   sur un des cœurs attribués au processus maître.
    4447   A noter qu'{{{oar-parexec}}} distribue de manière optimale les jobs sur un cluster non homogène,
    4548   ou si ces jobs n'ont pas un temps de calcul homogène.
    … …  
    4851Cet outil laisse  OAR faire tout le travail d'ordonnancement et de placement...
    4952
    50  * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-dispatch.html oar-dispatch], un petit code en Perl utilisant aussi [http://search.cpan.org/dist/Coro/ Coro].
    51    Comme {{{oar-parexec}}}, le code est donc aysnchrone.
     53 * [http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/pub/soft-trokata/oarutils/oar-dispatch.html oar-dispatch],
     54   un petit code en Perl utilisant aussi [http://search.cpan.org/dist/Coro/ Coro].
     55   Comme {{{oar-parexec}}}, le code est donc asynchrone.
    5256   Cependant, il prend en entrée une liste de job OAR
    5357   dont il limitera le nombre dans la file d'attente d'OAR.