source: trunk/src/check_field_structure.m @ 89

Last change on this file since 89 was 89, checked in by sommeria, 11 years ago

many bug corrections and cleaning. Activation of the BW option in uvmat. Improvement of the interaction of get_field with uvmat.

File size: 7.2 KB
Line 
1%'check_field_structure': check the validity of the field struture representation consistant with the netcdf format
2%------------------------------------------------------------------------
3% function [DataOut,errormsg]=check_field_structure(Data)
4%
5% OUTPUT:
6% DataOut: structure reproducing the input structure Data, with the additional elements:
7%           with fields:
8%
9%            .ListDimName: cell listing the names of the array dimensions
10%             .DimValue: array dimension values (Matlab vector with the same length as .ListDimName
11%            .VarDimIndex: cell containing the set of dimension indices (in list .ListDimName) for each variable of .ListVarName
12%            .VarDimName: cell containing a cell of dimension names (in list .ListDimName) for each variable of .ListVarName
13% errormsg: error message which is not empty when the input structure does not have the right form
14%
15% INPUT:
16% Data:   structure containing
17%         (optional) .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
18%                    .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
19%         (requested)  .ListVarName: list of variable names to select (cell array of  char strings {'VarName1', 'VarName2',...} )
20%         (requested)  .VarDimName: list of dimension names for each element of .ListVarName (cell array of string cells)                         
21%         (requested) .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
22
23
24function [DataOut,errormsg]=check_field_structure(Data)
25DataOut=[]; %default
26errormsg=[];
27if ~isstruct(Data)
28    errormsg='input field is not a structure';
29    return
30end
31if isfield(Data,'ListVarName') && iscell(Data.ListVarName)
32    nbfield=numel(Data.ListVarName);
33else
34    errormsg='input field does not contain the list of variables .ListVarNames';
35    return
36end
37%check dimension names
38% definition by VarDimIndex (obsolete)
39% if ~isfield(Data,'VarDimName') && isfield(Data,'VarDimIndex') && isfield(Data,'ListDimName')%old convention
40%     for ivar=1:nbfield
41%         DimCell=Data.VarDimIndex{ivar};
42%         if isnumeric(DimCell)
43%             if DimCell <= numel(Data.ListDimName)
44%                 Data.VarDimName{ivar}=Data.ListDimName(DimCell);
45%             else                     
46%                 errormsg='dimension names not defined';
47%                 return
48%             end
49%         else
50%             errormsg='unrecognized format for .VarDimIndex';
51%         end
52%     end
53% end
54if ~(isfield(Data,'VarDimName') && iscell(Data.VarDimName))
55    errormsg='input field does not contain the list of dimensions .VarDimName';
56    return
57end
58if isfield(Data,'DimValue')
59    Data=rmfield(Data,'DimValue');
60end
61if isfield(Data,'VarDimName') && iscell(Data.VarDimName)
62    nbdim=0;
63    if numel(Data.VarDimName)==nbfield
64        for ivar=1:nbfield
65            VarName=Data.ListVarName{ivar};
66            if ~isfield(Data,VarName)
67                errormsg=['the listed variable ' VarName ' is not found'];
68                return
69            else             
70                eval(['sizvar=size(Data.' VarName ');'])% sizvar = dimension of variable
71                DimCell=Data.VarDimName{ivar};
72                if ischar(DimCell)
73                    DimCell={DimCell};
74                elseif ~iscell(DimCell)
75                    errormsg=['wrong format for .VarDimName{' num2str(ivar) ' (must be the cell of dimension names of the variable ' VarName];
76                    return
77                end
78                nbcoord=numel(sizvar);
79                if numel(DimCell)==0
80                    errormsg=['empty declared dimension .VarDimName{' num2str(ivar) '} for ' VarName];
81                    return
82                elseif numel(DimCell)==1% one dimension declared
83                    if nbcoord==2
84                        if sizvar(1)==1
85                            nbcoord=1;
86                            sizvar(1)=sizvar(2);
87                        elseif sizvar(2)==1
88                            nbcoord=1;
89                        else
90                            errormsg=['1 dimension declared in .VarDimName{' num2str(ivar) '} inconsistent with the nbre of dimensions =2 of the variable ' VarName];
91                            return
92                        end
93                    else
94                          errormsg=['1 dimension declared in .VarDimName{' num2str(ivar) '} inconsistent with the nbre of dimensions =' num2str(nbcoord) ' of the variable ' VarName];
95                          return     
96                    end 
97                else
98                    if numel(DimCell)>nbcoord
99                        DimCell=DimCell(end-nbcoord+1:end);%first singleton diemnsions omitted,
100                    elseif nbcoord > numel(DimCell)
101                        errormsg=['nbre of declared dimensions in .VarDimName{' num2str(ivar) '} smaller than the nbre of dimensions =' num2str(nbcoord) ' of the variable ' VarName];
102                        return
103                    end
104                end
105                DimIndex=[];
106                for idim=1:nbcoord %loop on the coordinates of variable #ivar   
107                    DimName=DimCell{idim};
108                    testprev=0;
109                    for iprev=1:nbdim %check previously listed dimension names
110                        if strcmp(Data.ListDimName{iprev},DimName)
111                           if ~isequal(Data.DimValue(iprev),sizvar(idim))
112                               if isequal(Data.DimValue(iprev),0)  % the dimension has been already detected as a range [min max]
113                                   Data.DimValue(idim)=sizvar(idim); %update with actual value
114                               elseif sizvar(idim)==2 && strcmp(DimName,VarName)
115                                    %case of a regularly spaced coordinate defined by the first and last values: dimension will be determined later                         
116                               else
117                                   errormsg=['dimension declaration inconsistent with the size =[' num2str(sizvar) '] for ' VarName];
118                                   return
119                               end
120                           end
121                           DimIndex=[DimIndex iprev];
122                           testprev=1;
123                           break
124                        end
125                    end
126                    if ~testprev % a new dimension is appended to the list
127                        nbdim=nbdim+1;
128                        if sizvar(idim)==2 && strcmp(DimName,VarName)
129                            Data.DimValue(nbdim)=0; %to be updated for a later variable
130%                             Data.VarType{ivar}='range';
131                        else
132                            Data.DimValue(nbdim)=sizvar(idim);
133                        end
134                        Data.ListDimName{nbdim}=DimName;
135                        DimIndex=[DimIndex nbdim];
136                    end
137                end
138                Data.VarDimIndex{ivar}=DimIndex;
139            end
140        end                               
141    else
142        errormsg=' .ListVarNames and .VarDimName have different lengths';
143        return
144    end
145else
146    errormsg='input field does not contain the cell of dimension names .VarDimName for variables';
147    return
148end
149DataOut=Data;
150   
151   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.