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functions to read DaVis? images added

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Line 
1%'get_file_info': determine info about a file (image, multimage, civdata,...) .
2%------------------------------------------------------------------------
3% [FileInfo,VideoObject]=get_file_info(fileinput)
4%
5% OUTPUT:
6% FileInfo: structure containing info on the file (case of images or video), in particular
7%      .FileType: type of file, needed as input of read_field.m
8%      .Height: image height in pixels
9%      .Width:  image width in pixels
10%      .BitDepth: nbre of bits per pixel  (8 of 16)
11%      .ColorType: 'greyscale' or 'color'
12%      .NumberOfFrames
13%      .FrameRate: nbre of frames per second, =[] for images
14% VideoObject: in case of video
15%
16% INPUT:
17% fileinput: name, including path, of the file to analyse
18
19%=======================================================================
20% Copyright 2008-2017, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
21%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
22%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
23%
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25%
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27%     it under the terms of the GNU General Public License as published
28%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
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30%
31%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
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33%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
34%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
35%=======================================================================
36
37function [FileInfo,VideoObject]=get_file_info(fileinput)
38VideoObject=[];
39if exist(fileinput,'file')==2
40    FileInfo.FileName=fileinput;
41    FileInfo.FileType='txt'; %default
42else
43    FileInfo.FileType='';
44    return
45end
46[tild,tild,FileExt]=fileparts(fileinput);%get the file extension FileExt
47
48switch FileExt
49    case '.fig'
50        FileInfo.FileType='figure';
51    case {'.xml','.xls','.dat','.bin'}
52        FileInfo.FileType=regexprep(FileExt,'^.','');% eliminate the dot of the extension;
53    case {'.seq','.sqb'}
54        [A,FileInfo,timestamps,errormsg]=read_rdvision(fileinput,[]);
55%         %%%%%
56%         FileInfo.NumberOfFrame=24000;
57%         %%%%%%%%
58    case '.im7'
59        try
60             Input=readimx(fileinput);
61             Image=Input.Frames{1}.Components{1}.Planes{1};
62             FileInfo.FileType='image_DaVis';
63             FileInfo.NumberOfFrames=numel(Input.Frames);
64             FileInfo.Height=size(Image,2);
65             FileInfo.Width=size(Image,1);
66        catch ME
67            msgbox_uvmat('ERROR',ME.message)
68            return
69        end
70    case '.h5'
71        hinfo=hdf5info(fileinput);
72        if strcmp(hinfo.GroupHierarchy.Attributes(1).Value.Data,'MultipassPIVResults')
73            FileInfo.FileType='pivdata_fluidimage';
74            FileInfo.CivStage=6; % A MODIFIER
75        end
76    case '.cine'
77        [FileInfo,BitmapInfoHeader, CameraSetup]=readCineHeader(fileinput);
78        FileInfo.FileType='cine_phantom';
79        FileInfo.NumberOfFrames=FileInfo.ImageCount;
80        FileInfo.FrameRate=CameraSetup.FrameRate;
81        FileInfo.Height=BitmapInfoHeader.biHeight;
82        FileInfo.Width=BitmapInfoHeader.biWidth;
83         FileInfo.BitDepth=BitmapInfoHeader.biBitCount;
84    otherwise
85        if ~isempty(FileExt)% exclude empty extension
86            FileExt=regexprep(FileExt,'^.','');% eliminate the dot of the extension
87            if ~isempty(FileExt)
88                if ~isempty(imformats(FileExt))%case of images
89                    try
90                        imainfo=imfinfo(fileinput);
91                        if length(imainfo) >1 %case of image with multiple frames   
92                            FileInfo=imainfo(1);%take info from the first frame
93                            FileInfo.NumberOfFrames=length(imainfo);
94                            FileInfo.FileType='multimage';
95                        else
96                            FileInfo=imainfo;
97                            FileInfo.NumberOfFrames=1;
98                            FileInfo.FileType='image';
99                        end
100                        FileInfo.FileName=FileInfo.Filename; %correct the info given by imfinfo
101                        nbfield=numel(fieldnames(FileInfo));
102                        FileInfo=orderfields(FileInfo,[nbfield nbfield-1 nbfield-2 (1:nbfield-3)]); %reorder the fields of fileInfo for clarity
103                    end
104                else
105                    error_nc=0;
106                    try
107                       [Data,tild,tild,errormsg]=nc2struct(fileinput,[]);
108                        if ~isempty(errormsg)
109                            error_nc=1;
110                        else
111                            if isfield(Data,'absolut_time_T0') && isfield(Data,'hart') && ~isempty(Data.absolut_time_T0) && ~isempty(Data.hart)
112                                FileInfo.FileType='civx';
113                                if isfield(Data,'patch2') && isequal(Data.patch2,1)
114                                    FileInfo.CivStage=6;
115                                elseif isfield(Data,'fix2') && isequal(Data.fix2,1)
116                                    FileInfo.CivStage=5;
117                                elseif  isfield(Data,'civ2')&& isequal(Data.civ2,1)
118                                    FileInfo.CivStage=4;
119                                elseif isfield(Data,'patch')&&isequal(Data.patch,1)
120                                    FileInfo.CivStage=3;
121                                elseif isfield(Data,'fix')&&isequal(Data.fix,1)
122                                    FileInfo.CivStage=2;
123                                else
124                                    FileInfo.CivStage=1;
125                                end
126                            elseif isfield(Data,'Conventions') && strcmp(Data.Conventions,'uvmat/civdata')
127                                FileInfo.FileType='civdata'; % test for civx velocity fields
128                                FileInfo.CivStage=Data.CivStage;
129                            else
130                                FileInfo.FileType='netcdf';
131                                FileInfo.ListVarName=Data.ListVarName;
132                            end
133                        end
134                    catch ME
135                        error_nc=1;
136                    end
137                    if error_nc
138                        try
139                            if exist('VideoReader.m','file')%recent version of Matlab
140                                VideoObject=VideoReader(fileinput);
141                                FileInfo=get(VideoObject);
142                                FileInfo.FileType='video';
143                            elseif exist('mmreader.m','file')% Matlab 2009a
144                                VideoObject=mmreader(fileinput);
145                                FileInfo=get(VideoObject);
146                                FileInfo.FileType='mmreader';
147                            end
148                            FileInfo.BitDepth=FileInfo.BitsPerPixel/3;
149                            FileInfo.ColorType='truecolor';
150                            FileInfo.FileName=fileinput;
151                            nbfield=numel(fieldnames(FileInfo));
152                            FileInfo=orderfields(FileInfo,[nbfield nbfield-3 nbfield-1 nbfield-2 (1:nbfield-4)]); %reorder the fields of fileInfo for clarity
153                        end
154                    end
155                end
156            end
157        end
158end
159switch FileInfo.FileType
160    case {'image','image_DaVis','multimage','mmreader','cine_phantom','video','netcdf','civdata'}
161        FileInfo.FileIndexing='on'; % allow to detect file index for scanning series
162end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.