source: trunk/src/get_file_info.m @ 1126

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Line 
1%'get_file_info': determine info about a file (image, multimage, civdata,...) .
2%------------------------------------------------------------------------
3% [FileInfo,VideoObject]=get_file_info(fileinput)
4%
5% OUTPUT:
6% FileInfo: structure containing info on the file (case of images or video), in particular
7%      .FileType: type of file, needed as input of read_field.m
8%               ='figure': Matlab figure
9%               ='mat': Matlab data file
10%               ='xml': xml file
11%               ='xls': Excel file
12%               ='dat': text file for data,
13%               ='image': image format recognised by Matlab
14%               ='multimage': image format recognised by Matlab with  multiple frames
15%               ='video': video movie file
16%               ='mmreader': video from old versions of Matlab (<2009)
17%               ='rdvision': images in binary format from company rdvision
18%               ='image_DaVis': images from softwar DaVis (company LaVision)
19%               ='cine_phantom': images from fast camera Phantom
20%               ='bin': binary file without specific organisation
21%               ='netcdf': netcdf file
22%               ='civdata': netcdf files provided by civ_series
23%               ='civx': netcdf files provided by the obsolete program civx (in fortran)
24%               ='pivdata_fluidimage': PIV data from software 'fluidimage'
25%      .FieldType='image' for all kinds of images and movies, =FileType  else
26%      .FileIndexing='on'/'off', for data files (when series of indexed files are  expected)
27%      .Height: image height in pixels
28%      .Width:  image width in pixels
29%      .BitDepth: nbre of bits per pixel  (8 of 16)
30%      .ColorType: 'greyscale' or 'color'
31%      .NumberOfFrames: defined for images or movies
32%      .FrameRate: nbre of frames per second, =[] for images
33% VideoObject: in case of video
34%
35% INPUT:
36% fileinput: name, including path, of the file to analyse
37
38%=======================================================================
39% Copyright 2008-2024, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
40%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
41%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
42%
43%     This file is part of the toolbox UVMAT.
44%
45%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
46%     it under the terms of the GNU General Public License as published
47%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
48%     or (at your option) any later version.
49%
50%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
51%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
52%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
53%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
54%=======================================================================
55
56function [FileInfo,VideoObject]=get_file_info(fileinput)
57VideoObject=[];
58FileInfo.FileType='';% input file does not exist
59FileInfo.FieldType=''; %default output
60if ~ischar(fileinput)
61    return
62end
63% check the existence (not possible for OpenDAP data)
64if ~isempty(regexp(fileinput,'^http://'))|| exist(fileinput,'file')
65    FileInfo.FileName=fileinput;
66    FileInfo.FileType='txt'; %default
67% else
68%     return %input file does not exist.
69end
70[tild,tild,FileExt]=fileparts(fileinput);%get the file extension FileExt
71
72switch FileExt
73    case '.fig'
74        FileInfo.FileType='figure';
75    case '.mat'
76        FileInfo.FileType='mat';
77    case {'.xml','.xls','.dat','.bin'}
78        FileInfo.FileType=regexprep(FileExt,'^.','');% eliminate the dot of the extension;
79    case {'.seq','.sqb'}
80        [A,FileInfo,timestamps,errormsg]=read_rdvision(fileinput,[]);
81    case '.im7'
82        try
83             Input=readimx(fileinput);
84             Image=Input.Frames{1}.Components{1}.Planes{1};
85             FileInfo.FileType='image_DaVis';
86             FileInfo.NumberOfFrames=numel(Input.Frames);
87             FileInfo.Height=size(Image,2);
88             FileInfo.Width=size(Image,1);
89             FileInfo.TimeName='timestamp';
90             for ilist=1:numel(Input.Attributes)
91                 if strcmp(Input.Attributes{ilist}.Name,'_Date')
92                     DateString=Input.Attributes{ilist}.Value;
93                 end
94                 if strcmp(Input.Attributes{ilist}.Name,'_Time')
95                     TimeString=Input.Attributes{ilist}.Value;
96                 end
97             end
98        catch ME
99            msgbox_uvmat('ERROR',{ME.message;'reading image from DaVis is possible only with Matlab version 2013 or earlier'})
100            return
101        end
102    case '.h5'
103        hinfo=hdf5info(fileinput);
104        if strcmp(hinfo.GroupHierarchy.Attributes(1).Value.Data,'MultipassPIVResults')
105            FileInfo.FileType='pivdata_fluidimage';
106            FileInfo.CivStage=6; % A MODIFIER
107        end
108    case '.cine'
109        [FileInfo,BitmapInfoHeader, CameraSetup]=readCineHeader(fileinput);
110        FileInfo.FileType='cine_phantom';
111        FileInfo.NumberOfFrames=FileInfo.ImageCount;
112        FileInfo.FrameRate=CameraSetup.FrameRate;
113        FileInfo.Height=BitmapInfoHeader.biHeight;
114        FileInfo.Width=BitmapInfoHeader.biWidth;
115         FileInfo.BitDepth=BitmapInfoHeader.biBitCount;
116         FileInfo.TimeName='video';
117    otherwise
118        if ~isempty(FileExt)% exclude empty extension
119            FileExt=regexprep(FileExt,'^.','');% eliminate the dot of the extension
120            if ~isempty(FileExt)
121                if ~isempty(imformats(FileExt))%case of images
122                    FileInfo.FileType='image';
123                    try
124                        imainfo=imfinfo(fileinput);
125                        if length(imainfo) >1 %case of image with multiple frames   
126                            FileInfo=imainfo(1);%take info from the first frame
127                            FileInfo.NumberOfFrames=length(imainfo);
128                            FileInfo.FileType='multimage';
129                        else
130                            FileInfo=imainfo;
131                            FileInfo.NumberOfFrames=1;
132                            FileInfo.FileType='image';
133                        end
134                        FileInfo.FileName=FileInfo.Filename; %correct the info given by imfinfo
135                        nbfield=numel(fieldnames(FileInfo));
136                        FileInfo=orderfields(FileInfo,[nbfield nbfield-1 nbfield-2 (1:nbfield-3)]); %reorder the fields of fileInfo for clarity
137                    end
138                else
139                    error_nc=0;
140                    try
141                       [Data,tild,tild,errormsg]=nc2struct(fileinput,[]);
142                        if ~isempty(errormsg)
143                            error_nc=1;
144                        else
145                            if isfield(Data,'absolut_time_T0') && isfield(Data,'hart') && ~isempty(Data.absolut_time_T0) && ~isempty(Data.hart)
146                                FileInfo.FileType='civx';
147                                if isfield(Data,'patch2') && isequal(Data.patch2,1)
148                                    FileInfo.CivStage=6;
149                                elseif isfield(Data,'fix2') && isequal(Data.fix2,1)
150                                    FileInfo.CivStage=5;
151                                elseif  isfield(Data,'civ2')&& isequal(Data.civ2,1)
152                                    FileInfo.CivStage=4;
153                                elseif isfield(Data,'patch')&&isequal(Data.patch,1)
154                                    FileInfo.CivStage=3;
155                                elseif isfield(Data,'fix')&&isequal(Data.fix,1)
156                                    FileInfo.CivStage=2;
157                                else
158                                    FileInfo.CivStage=1;
159                                end
160                            elseif isfield(Data,'Conventions') && strcmp(Data.Conventions,'uvmat/civdata')
161                                FileInfo.FileType='civdata'; % test for civx velocity fields
162                                FileInfo.CivStage=Data.CivStage;
163                            else
164                                FileInfo.FileType='netcdf';
165                                FileInfo.ListVarName=Data.ListVarName;
166                            end
167                        end
168                    catch ME
169                        error_nc=1;
170                    end
171                    if error_nc
172                        try
173                            if exist('VideoReader.m','file')%recent version of Matlab
174                                VideoObject=VideoReader(fileinput);
175                                FileInfo=get(VideoObject);
176                                FileInfo.FileType='video';
177                            elseif exist('mmreader.m','file')% Matlab 2009a
178                                VideoObject=mmreader(fileinput);
179                                FileInfo=get(VideoObject);
180                                FileInfo.FileType='mmreader';
181                            end
182                            FileInfo.BitDepth=FileInfo.BitsPerPixel/3;
183                            FileInfo.ColorType='truecolor';
184                            FileInfo.TimeName='video';
185                            FileInfo.FileName=fileinput;
186                            nbfield=numel(fieldnames(FileInfo));
187                            FileInfo=orderfields(FileInfo,[nbfield nbfield-4 nbfield-3 nbfield-1 nbfield-2 (1:nbfield-5)]); %reorder the fields of fileInfo for clarity
188                            if ~isfield(FileInfo,'NumberOfFrames')
189                                FileInfo.NumberOfFrames=floor(FileInfo.Duration*FileInfo.FrameRate);
190                            end
191                        end
192                    end
193                end
194            end
195        end
196end
197
198if ismember (FileInfo.FileType,{'mat','image','image_DaVis','multimage','mmreader','cine_phantom','video','netcdf','civdata'})
199        FileInfo.FileIndexing='on'; % allow to detect file index for scanning series
200else
201    FileInfo.FileIndexing='off';
202end
203FileInfo.FieldType=FileInfo.FileType;%default
204switch FileInfo.FileType
205    case {'image','multimage','video','mmreader','rdvision','image_DaVis','cine_phantom'}
206    FileInfo.FieldType='image';
207    case {'civx','civdata','pivdata_fluidimage'}
208        FileInfo.FieldType='civdata';
209end
210
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.