close Warning: Can't use blame annotator:
svn blame failed on trunk/src/imadoc2struct.m: 28 - Can't write to file '/tmp/svn-ZMuTUl': No space left on device

source: trunk/src/imadoc2struct.m @ 100

Last change on this file since 100 was 89, checked in by sommeria, 14 years ago

many bug corrections and cleaning. Activation of the BW option in uvmat. Improvement of the interaction of get_field with uvmat.

File size: 9.2 KB
RevLine 
1%'imadoc2struct': reads the xml file for image documentation
2%------------------------------------------------------------------------
3% function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc)
4%
5% OUTPUT:
6% s: structure representing ImaDoc
7%   s.Heading: information about the data hierarchical structure
8%   s.Time: matrix of times
9%   s.TimeUnit
10%  s.GeometryCalib: substructure containing the parameters for geometric calibration
11% errormsg: error message
12%
13% INPUT:
14% ImaDoc: full name of the xml input file with head key ImaDoc
15
16function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc)
17
18errormsg=[];%default
19s.Heading=[];%default
20s.Time=[]; %default
21s.TimeUnit=[]; %default
22s.GeometryCalib=[];
23tsai=[];%default
24
25if exist(ImaDoc,'file')~=2, errormsg=[ ImaDoc ' does not exist']; return;end;%input file does not exist
26try
27    t=xmltree(ImaDoc);
28catch
29    errormsg={[ImaDoc ' is not a valid xml file']; lasterr};
30    display(errormsg);
31    return
32end
33
34uid_root=find(t,'/ImaDoc');
35if isempty(uid_root), errormsg=[ImaDoc ' is not an image documentation file ImaDoc']; return; end;%not an ImaDoc .xml file
36
37%Heading
38uid_Heading=find(t,'/ImaDoc/Heading');
39if ~isempty(uid_Heading),
40    uid_Campaign=find(t,'/ImaDoc/Heading/Campaign');
41    uid_Exp=find(t,'/ImaDoc/Heading/Experiment');
42    uid_Device=find(t,'/ImaDoc/Heading/Device');
43    uid_Record=find(t,'/ImaDoc/Heading/Record');
44    uid_FirstImage=find(t,'/ImaDoc/Heading/ImageName');
45    s.Heading.Campaign=get(t,children(t,uid_Campaign),'value');
46    s.Heading.Experiment=get(t,children(t,uid_Exp),'value');
47    s.Heading.Device=get(t,children(t,uid_Device),'value');
48    if ~isempty(uid_Record)
49        s.Heading.Record=get(t,children(t,uid_Record),'value');
50    end
51    s.Heading.ImageName=get(t,children(t,uid_FirstImage),'value');
52end
53
54%Camera   
55uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
56if ~isempty(uid_Camera)
57    uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
58    if ~isempty(uid_ImageSize);
59        ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
60        xindex=findstr(ImageSize,'x');
61        if length(xindex)>=2
62             s.Npx=str2double(ImageSize(1:xindex(1)-1));
63             s.Npy=str2double(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
64        end
65    end
66    uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
67    if ~isempty(uid_TimeUnit)
68        s.TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
69    end
70    uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
71    if ~isempty(uid_BurstTiming)
72        for k=1:length(uid_BurstTiming)
73            subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
74             % reading Dtk
75            Frequency=get_value(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency',1);
76            Dtj=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtj',[]);
77            Dtj=Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
78            NbDtj=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtj',1);
79            Dti=get_value(subt,'/BurstTiming/Dti',[]);
80            Dti=Dti/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
81            NbDti=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDti',1);
82            Time_val=get_value(subt,'/BurstTiming/Time',0);%time in TimeUnit
83            if ~isempty(Dti)
84                Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
85                Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
86            end
87            if ~isempty(Dtj)
88                Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dti vector NbDti times
89                Dtj=[0 Dtj];
90%                 Time_val'
91%                 ones(1,numel(Dtj))
92%                 ones(numel(Time_val'),1)
93%                 cumsum(Dtj)
94                Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
95            end
96            % reading Dtk
97            Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
98            NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
99            if isempty(Dtk)
100                s.Time=[s.Time;Time_val];
101            else
102                for kblock=1:NbDtk+1
103                    Time_val=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
104                    s.Time=[s.Time;Time_val];
105                end
106            end
107        end
108    end
109%     if size(s.Time,1)==1
110%         s.Time=(s.Time)'; %change vector into column
111%     end
112end
113
114%read calibration
115uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
116if ~isempty(uid_GeometryCalib)
117    if length(uid_GeometryCalib)>1
118        errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
119        return
120    end
121    subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
122    cont=get(subt,1,'contents');
123    if ~isempty(cont)
124        uid_pixcmx=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmx');
125        uid_pixcmy=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmy');
126        if ~isempty(uid_pixcmx) && ~isempty(uid_pixcmy)%NON UTILISE
127           pixcmx=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmx),'value'));
128            if isempty(pixcmx),pixcmx=1;end; %default
129            pixcmy=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmy),'value'));
130            if isempty(pixcmy),pixcmy=1;end; %default
131            tsai.Pxcmx=pixcmx;
132            tsai.Pxcmy=pixcmy;
133        end
134        %default values:
135        tsai.f=1;
136        tsai.dpx=1;
137        tsai.dpy=1;
138        tsai.sx=1;
139        tsai.Cx=0;
140        tsai.Cy=0;
141        tsai.Tz=1;
142        tsai.Tx=0;
143        tsai.Ty=0;
144        tsai.R=[1 0 0; 0 1 0; 0 0 0];
145        tsai.kappa1=0;
146        uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
147        if ~isempty(uid_CoordUnit)
148            tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
149        end
150        uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
151        uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
152        uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
153        uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
154        uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
155        uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
156        uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
157        if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_Cx_Cy)
158            tsai.f=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
159            dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
160            tsai.dpx=dpx_dpy(1);
161            tsai.dpy=dpx_dpy(2);
162            if ~isempty(uid_sx)
163               tsai.sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
164            end
165            Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
166            tsai.Cx=Cx_Cy(1);
167            tsai.Cy=Cx_Cy(2);
168        end
169        if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
170            Tx_Ty_T_char=get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value');
171            Tx_Ty_Tz=str2num(Tx_Ty_T_char);
172            tsai.Tx=Tx_Ty_Tz(1);
173            tsai.Ty=Tx_Ty_Tz(2);
174            tsai.Tz=Tx_Ty_Tz(3);
175        end
176        if ~isempty(uid_R)
177            RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
178            if length(RR)==3
179                tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
180            end
181        end
182        if ~isempty(uid_kappa1)     
183            tsai.kappa1=str2num(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
184        end
185        %look for laser plane definitions   
186        uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
187        uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/SliceCoord');
188        if isempty(uid_Pos)
189            uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');%old convention
190        end
191        if ~isempty(uid_Angle)
192            tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
193        end
194        if ~isempty(uid_Pos)     
195            for j=1:length(uid_Pos)
196                tsai.SliceCoord(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
197            end
198            uid_DZ=find(subt,'/GeometryCalib/SliceDZ');
199            uid_NbSlice=find(subt,'/GeometryCalib/NbSlice');
200            if ~isempty(uid_DZ) && ~isempty(uid_NbSlice)
201                DZ=str2double(get(subt,children(subt,uid_DZ),'value'));
202                NbSlice=get(subt,children(subt,uid_NbSlice),'value');
203                if isequal(NbSlice,'volume')
204                    tsai.NbSlice='volume';
205                    NbSlice=NbDtj+1;
206                else
207                    tsai.NbSlice=str2double(NbSlice);
208                end
209                tsai.SliceCoord=ones(NbSlice,1)*tsai.SliceCoord+DZ*[0:NbSlice-1]'*[0 0 1];
210            end         
211        end
212        s.GeometryCalib=tsai;
213    end
214end   
215
216%--------------------------------------------------
217%  read an xml element
218function val=get_value(t,label,default)
219%--------------------------------------------------
220val=default;
221uid=find(t,label);%find the element iud(s)
222if ~isempty(uid)
223   uid_child=children(t,uid);
224   if ~isempty(uid_child)
225       data=get(t,uid_child,'type');
226       if iscell(data)
227           for icell=1:numel(data)
228               val_read=str2num(get(t,uid_child(icell),'value'));
229               if ~isempty(val_read)
230                   val(icell)=val_read;
231               end
232           end
233           val=val';
234       else
235           val_read=str2num(get(t,uid_child,'value'));
236           if ~isempty(val_read)
237               val=val_read;
238           end
239       end
240   end
241end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.