source: trunk/src/imadoc2struct.m @ 109

Last change on this file since 109 was 109, checked in by sommeria, 14 years ago

merge_proj.m, proj_field.m: bugs repaired merging of images
plot_field.m: minor cleaning
imadoc2struct: introduce the possibility of readying the calibration point coordinates
sub_field.m:bugs repaired
geometry_calib, create_grid: introduction of new calibration methods, improvement of detect_grid
File size: 9.3 KB
RevLine 
[8]1%'imadoc2struct': reads the xml file for image documentation
[89]2%------------------------------------------------------------------------
[109]3% function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc,option)
[8]4%
5% OUTPUT:
6% s: structure representing ImaDoc
7%   s.Heading: information about the data hierarchical structure
8%   s.Time: matrix of times
9%   s.TimeUnit
10%  s.GeometryCalib: substructure containing the parameters for geometric calibration
11% errormsg: error message
12%
13% INPUT:
14% ImaDoc: full name of the xml input file with head key ImaDoc
[109]15% option: ='GeometryCalib': read  the data of GeometryCalib, including source point coordinates
[89]16
[109]17function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc,option)
18if ~exist('option','var')
19    option='default';
20end
[8]21errormsg=[];%default
22s.Heading=[];%default
23s.Time=[]; %default
24s.TimeUnit=[]; %default
25s.GeometryCalib=[];
26tsai=[];%default
27
28if exist(ImaDoc,'file')~=2, errormsg=[ ImaDoc ' does not exist']; return;end;%input file does not exist
29try
30    t=xmltree(ImaDoc);
31catch
32    errormsg={[ImaDoc ' is not a valid xml file']; lasterr};
33    display(errormsg);
34    return
35end
36
37uid_root=find(t,'/ImaDoc');
38if isempty(uid_root), errormsg=[ImaDoc ' is not an image documentation file ImaDoc']; return; end;%not an ImaDoc .xml file
39
40%Heading
41uid_Heading=find(t,'/ImaDoc/Heading');
42if ~isempty(uid_Heading),
43    uid_Campaign=find(t,'/ImaDoc/Heading/Campaign');
44    uid_Exp=find(t,'/ImaDoc/Heading/Experiment');
45    uid_Device=find(t,'/ImaDoc/Heading/Device');
46    uid_Record=find(t,'/ImaDoc/Heading/Record');
47    uid_FirstImage=find(t,'/ImaDoc/Heading/ImageName');
48    s.Heading.Campaign=get(t,children(t,uid_Campaign),'value');
49    s.Heading.Experiment=get(t,children(t,uid_Exp),'value');
50    s.Heading.Device=get(t,children(t,uid_Device),'value');
51    if ~isempty(uid_Record)
52        s.Heading.Record=get(t,children(t,uid_Record),'value');
53    end
54    s.Heading.ImageName=get(t,children(t,uid_FirstImage),'value');
55end
56
57%Camera   
58uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
59if ~isempty(uid_Camera)
60    uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
61    if ~isempty(uid_ImageSize);
62        ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
63        xindex=findstr(ImageSize,'x');
64        if length(xindex)>=2
[71]65             s.Npx=str2double(ImageSize(1:xindex(1)-1));
66             s.Npy=str2double(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
[8]67        end
68    end
69    uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
70    if ~isempty(uid_TimeUnit)
71        s.TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
72    end
73    uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
74    if ~isempty(uid_BurstTiming)
75        for k=1:length(uid_BurstTiming)
76            subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
77             % reading Dtk
78            Frequency=get_value(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency',1);
79            Dtj=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtj',[]);
80            Dtj=Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
81            NbDtj=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtj',1);
82            Dti=get_value(subt,'/BurstTiming/Dti',[]);
83            Dti=Dti/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
84            NbDti=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDti',1);
85            Time_val=get_value(subt,'/BurstTiming/Time',0);%time in TimeUnit
86            if ~isempty(Dti)
87                Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
88                Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
89            end
90            if ~isempty(Dtj)
91                Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dti vector NbDti times
92                Dtj=[0 Dtj];
93                Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
94            end
95            % reading Dtk
96            Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
[29]97            NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
[8]98            if isempty(Dtk)
99                s.Time=[s.Time;Time_val];
100            else
101                for kblock=1:NbDtk+1
102                    Time_val=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
103                    s.Time=[s.Time;Time_val];
104                end
105            end
106        end
107    end
108end
109
110%read calibration
111uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
112if ~isempty(uid_GeometryCalib)
113    if length(uid_GeometryCalib)>1
[29]114        errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
[8]115        return
116    end
117    subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
118    cont=get(subt,1,'contents');
119    if ~isempty(cont)
120        uid_pixcmx=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmx');
121        uid_pixcmy=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmy');
[29]122        if ~isempty(uid_pixcmx) && ~isempty(uid_pixcmy)%NON UTILISE
[8]123           pixcmx=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmx),'value'));
124            if isempty(pixcmx),pixcmx=1;end; %default
125            pixcmy=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmy),'value'));
126            if isempty(pixcmy),pixcmy=1;end; %default
127            tsai.Pxcmx=pixcmx;
128            tsai.Pxcmy=pixcmy;
129        end
130        %default values:
131        tsai.f=1;
132        tsai.dpx=1;
133        tsai.dpy=1;
134        tsai.sx=1;
135        tsai.Cx=0;
136        tsai.Cy=0;
137        tsai.Tz=1;
138        tsai.Tx=0;
139        tsai.Ty=0;
140        tsai.R=[1 0 0; 0 1 0; 0 0 0];
141        tsai.kappa1=0;
142        uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
143        if ~isempty(uid_CoordUnit)
144            tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
145        end
146        uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
147        uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
148        uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
149        uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
150        uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
151        uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
152        uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
[29]153        if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_Cx_Cy)
[8]154            tsai.f=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
155            dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
156            tsai.dpx=dpx_dpy(1);
157            tsai.dpy=dpx_dpy(2);
158            if ~isempty(uid_sx)
159               tsai.sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
160            end
161            Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
162            tsai.Cx=Cx_Cy(1);
163            tsai.Cy=Cx_Cy(2);
164        end
165        if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
166            Tx_Ty_T_char=get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value');
167            Tx_Ty_Tz=str2num(Tx_Ty_T_char);
168            tsai.Tx=Tx_Ty_Tz(1);
169            tsai.Ty=Tx_Ty_Tz(2);
170            tsai.Tz=Tx_Ty_Tz(3);
171        end
172        if ~isempty(uid_R)
173            RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
174            if length(RR)==3
175                tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
176            end
177        end
178        if ~isempty(uid_kappa1)     
179            tsai.kappa1=str2num(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
180        end
181        %look for laser plane definitions   
182        uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
[60]183        uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/SliceCoord');
184        if isempty(uid_Pos)
185            uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');%old convention
186        end
[8]187        if ~isempty(uid_Angle)
188            tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
189        end
[60]190        if ~isempty(uid_Pos)     
[8]191            for j=1:length(uid_Pos)
192                tsai.SliceCoord(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
193            end
[60]194            uid_DZ=find(subt,'/GeometryCalib/SliceDZ');
195            uid_NbSlice=find(subt,'/GeometryCalib/NbSlice');
196            if ~isempty(uid_DZ) && ~isempty(uid_NbSlice)
197                DZ=str2double(get(subt,children(subt,uid_DZ),'value'));
198                NbSlice=get(subt,children(subt,uid_NbSlice),'value');
199                if isequal(NbSlice,'volume')
200                    tsai.NbSlice='volume';
201                    NbSlice=NbDtj+1;
202                else
203                    tsai.NbSlice=str2double(NbSlice);
204                end
205                tsai.SliceCoord=ones(NbSlice,1)*tsai.SliceCoord+DZ*[0:NbSlice-1]'*[0 0 1];
206            end         
[8]207        end
[109]208        if strcmp(option,'GeometryCalib')
209            tsai.PointCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/SourceCalib/PointCoord',[0 0 0 0 0]);%time in TimeUnit
210        end
[8]211        s.GeometryCalib=tsai;
212    end
213end   
214
215%--------------------------------------------------
216%  read an xml element
217function val=get_value(t,label,default)
218%--------------------------------------------------
219val=default;
220uid=find(t,label);%find the element iud(s)
221if ~isempty(uid)
222   uid_child=children(t,uid);
223   if ~isempty(uid_child)
224       data=get(t,uid_child,'type');
225       if iscell(data)
226           for icell=1:numel(data)
227               val_read=str2num(get(t,uid_child(icell),'value'));
228               if ~isempty(val_read)
[109]229                   val(icell,:)=val_read;
[8]230               end
231           end
232           val=val';
233       else
234           val_read=str2num(get(t,uid_child,'value'));
235           if ~isempty(val_read)
236               val=val_read;
237           end
238       end
239   end
240end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.