source: trunk/src/imadoc2struct.m @ 162

Last change on this file since 162 was 156, checked in by sommeria, 14 years ago

many bug repairs and corrections for mouse action
create_grid: option for black marjkers for grid detection

File size: 10.0 KB
RevLine 
[8]1%'imadoc2struct': reads the xml file for image documentation
[89]2%------------------------------------------------------------------------
[109]3% function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc,option)
[8]4%
5% OUTPUT:
6% s: structure representing ImaDoc
7%   s.Heading: information about the data hierarchical structure
8%   s.Time: matrix of times
9%   s.TimeUnit
10%  s.GeometryCalib: substructure containing the parameters for geometric calibration
11% errormsg: error message
12%
13% INPUT:
14% ImaDoc: full name of the xml input file with head key ImaDoc
[109]15% option: ='GeometryCalib': read  the data of GeometryCalib, including source point coordinates
[89]16
[109]17function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc,option)
[156]18%% default input and output
[109]19if ~exist('option','var')
[156]20    option='*';
[109]21end
[8]22errormsg=[];%default
23s.Heading=[];%default
24s.Time=[]; %default
25s.TimeUnit=[]; %default
26s.GeometryCalib=[];
27tsai=[];%default
28
[156]29%% opening the xml file
[8]30if exist(ImaDoc,'file')~=2, errormsg=[ ImaDoc ' does not exist']; return;end;%input file does not exist
31try
32    t=xmltree(ImaDoc);
33catch
34    errormsg={[ImaDoc ' is not a valid xml file']; lasterr};
35    display(errormsg);
36    return
37end
38uid_root=find(t,'/ImaDoc');
39if isempty(uid_root), errormsg=[ImaDoc ' is not an image documentation file ImaDoc']; return; end;%not an ImaDoc .xml file
40
[156]41
42%% Heading
[8]43uid_Heading=find(t,'/ImaDoc/Heading');
44if ~isempty(uid_Heading),
45    uid_Campaign=find(t,'/ImaDoc/Heading/Campaign');
46    uid_Exp=find(t,'/ImaDoc/Heading/Experiment');
47    uid_Device=find(t,'/ImaDoc/Heading/Device');
48    uid_Record=find(t,'/ImaDoc/Heading/Record');
49    uid_FirstImage=find(t,'/ImaDoc/Heading/ImageName');
50    s.Heading.Campaign=get(t,children(t,uid_Campaign),'value');
51    s.Heading.Experiment=get(t,children(t,uid_Exp),'value');
52    s.Heading.Device=get(t,children(t,uid_Device),'value');
53    if ~isempty(uid_Record)
54        s.Heading.Record=get(t,children(t,uid_Record),'value');
55    end
56    s.Heading.ImageName=get(t,children(t,uid_FirstImage),'value');
57end
58
[156]59%% Camera  and timing
60if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'Camera')
61    uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
62    if ~isempty(uid_Camera)
63        uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
64        if ~isempty(uid_ImageSize);
65            ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
66            xindex=findstr(ImageSize,'x');
67            if length(xindex)>=2
68                s.Npx=str2double(ImageSize(1:xindex(1)-1));
69                s.Npy=str2double(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
70            end
[8]71        end
[156]72        uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
73        if ~isempty(uid_TimeUnit)
74            s.TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
75        end
76        uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
77        if ~isempty(uid_BurstTiming)
78            for k=1:length(uid_BurstTiming)
79                subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
80                % reading Dtk
81                Frequency=get_value(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency',1);
82                Dtj=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtj',[]);
83                Dtj=Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
84                NbDtj=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtj',1);
85                Dti=get_value(subt,'/BurstTiming/Dti',[]);
86                Dti=Dti/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
87                NbDti=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDti',1);
88                Time_val=get_value(subt,'/BurstTiming/Time',0);%time in TimeUnit
89                if ~isempty(Dti)
90                    Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
91                    Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
92                end
93                if ~isempty(Dtj)
94                    Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dti vector NbDti times
95                    Dtj=[0 Dtj];
96                    Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
97                end
98                % reading Dtk
99                Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
100                NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
101                if isempty(Dtk)
[8]102                    s.Time=[s.Time;Time_val];
[156]103                else
104                    for kblock=1:NbDtk+1
105                        Time_val=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
106                        s.Time=[s.Time;Time_val];
107                    end
[8]108                end
109            end
110        end
111    end
112end
113
[156]114%%  geometric calibration
115if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'GeometryCalib')
116    uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
117    if ~isempty(uid_GeometryCalib)
118        if length(uid_GeometryCalib)>1
119            errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
120            return
[8]121        end
[156]122        subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
123        cont=get(subt,1,'contents');
124        if ~isempty(cont)
125            uid_CalibrationType=find(subt,'/GeometryCalib/CalibrationType');
126            if isequal(length(uid_CalibrationType),1)
127                tsai.CalibrationType=get(subt,children(subt,uid_CalibrationType),'value');
[114]128            end
[156]129            uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
130            if isequal(length(uid_CoordUnit),1)
131                tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
[8]132            end
[156]133            uid_fx_fy=find(subt,'/GeometryCalib/fx_fy');
134            focal=[];%default fro old convention (Reg Wilson)
135            if isequal(length(uid_fx_fy),1)
136                tsai.fx_fy=str2num(get(subt,children(subt,uid_fx_fy),'value'));
137            else %old convention (Reg Wilson)
138                uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
139                uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
140                uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
141                if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_sx)
142                    dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
143                    sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
144                    focal=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
145                    tsai.fx_fy(1)=sx*focal/dpx_dpy(1);
146                    tsai.fx_fy(2)=focal/dpx_dpy(2);
147                end
[8]148            end
[156]149            uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
150            if ~isempty(uid_Cx_Cy)
151                tsai.Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
[8]152            end
[156]153            uid_kc=find(subt,'/GeometryCalib/kc');
154            if ~isempty(uid_kc)
155                tsai.kc=str2double(get(subt,children(subt,uid_kc),'value'));
156            else %old convention (Reg Wilson)
157                uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
158                if ~isempty(uid_kappa1)&& ~isempty(focal)
159                    kappa1=str2double(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
160                    tsai.kc=-kappa1*focal*focal;
[60]161                end
[156]162            end
163            uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
164            if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
165                tsai.Tx_Ty_Tz=str2num(get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value'));
166            end
167            uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
168            if ~isempty(uid_R)
169                RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
170                if length(RR)==3
171                    tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
172                end
173            end
174           
175            %look for laser plane definitions
176            uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
177            uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/SliceCoord');
178            if isempty(uid_Pos)
179                uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');%old convention
180            end
181            if ~isempty(uid_Angle)
182                tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
183            end
184            if ~isempty(uid_Pos)
185                for j=1:length(uid_Pos)
186                    tsai.SliceCoord(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
187                end
188                uid_DZ=find(subt,'/GeometryCalib/SliceDZ');
189                uid_NbSlice=find(subt,'/GeometryCalib/NbSlice');
190                if ~isempty(uid_DZ) && ~isempty(uid_NbSlice)
191                    DZ=str2double(get(subt,children(subt,uid_DZ),'value'));
192                    NbSlice=get(subt,children(subt,uid_NbSlice),'value');
193                    if isequal(NbSlice,'volume')
194                        tsai.NbSlice='volume';
195                        NbSlice=NbDtj+1;
196                    else
197                        tsai.NbSlice=str2double(NbSlice);
198                    end
199                    tsai.SliceCoord=ones(NbSlice,1)*tsai.SliceCoord+DZ*(0:NbSlice-1)'*[0 0 1];
200                end
201            end
202            if strcmp(option,'GeometryCalib')
203                tsai.PointCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/SourceCalib/PointCoord',[0 0 0 0 0]);
204            end
205            s.GeometryCalib=tsai;
[8]206        end
207    end
[156]208end
[8]209
210%--------------------------------------------------
211%  read an xml element
212function val=get_value(t,label,default)
213%--------------------------------------------------
214val=default;
215uid=find(t,label);%find the element iud(s)
[116]216if ~isempty(uid) %if the element named label exists
217   uid_child=children(t,uid);%find the children
[8]218   if ~isempty(uid_child)
[116]219       data=get(t,uid_child,'type');%get the type of child
220       if iscell(data)% case of multiple element
[8]221           for icell=1:numel(data)
222               val_read=str2num(get(t,uid_child(icell),'value'));
223               if ~isempty(val_read)
[109]224                   val(icell,:)=val_read;
[8]225               end
226           end
[116]227%           val=val';
228       else % case of unique element value
[8]229           val_read=str2num(get(t,uid_child,'value'));
230           if ~isempty(val_read)
231               val=val_read;
232           end
233       end
234   end
235end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.