source: trunk/src/imadoc2struct.m @ 85

Last change on this file since 85 was 81, checked in by sommeria, 14 years ago

several bug repairs:
option movie backward introduced for uvmat

File size: 9.3 KB
RevLine 
[8]1%'imadoc2struct': reads the xml file for image documentation
2%
3%function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc)
4%--------------------------------------------------------
5% OUTPUT:
6% s: structure representing ImaDoc
7%   s.Heading: information about the data hierarchical structure
8%   s.Time: matrix of times
9%   s.TimeUnit
10%  s.GeometryCalib: substructure containing the parameters for geometric calibration
11% errormsg: error message
12%
13% INPUT:
14% ImaDoc: full name of the xml input file with head key ImaDoc
15%function [s,error,Heading,nom_type_ima,ext_ima,abs_time,TimeUnit,mode,NbSlice]=imadoc2struct(ImaDoc)
16function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc)
17
18errormsg=[];%default
19s.Heading=[];%default
20s.Time=[]; %default
21s.TimeUnit=[]; %default
22s.GeometryCalib=[];
23tsai=[];%default
24
25if exist(ImaDoc,'file')~=2, errormsg=[ ImaDoc ' does not exist']; return;end;%input file does not exist
26try
27    t=xmltree(ImaDoc);
28catch
29    errormsg={[ImaDoc ' is not a valid xml file']; lasterr};
30    display(errormsg);
31    return
32end
33
34uid_root=find(t,'/ImaDoc');
35if isempty(uid_root), errormsg=[ImaDoc ' is not an image documentation file ImaDoc']; return; end;%not an ImaDoc .xml file
36
37%Heading
38uid_Heading=find(t,'/ImaDoc/Heading');
39if ~isempty(uid_Heading),
40    uid_Campaign=find(t,'/ImaDoc/Heading/Campaign');
41    uid_Exp=find(t,'/ImaDoc/Heading/Experiment');
42    uid_Device=find(t,'/ImaDoc/Heading/Device');
43    uid_Record=find(t,'/ImaDoc/Heading/Record');
44    uid_FirstImage=find(t,'/ImaDoc/Heading/ImageName');
45    s.Heading.Campaign=get(t,children(t,uid_Campaign),'value');
46    s.Heading.Experiment=get(t,children(t,uid_Exp),'value');
47    s.Heading.Device=get(t,children(t,uid_Device),'value');
48    if ~isempty(uid_Record)
49        s.Heading.Record=get(t,children(t,uid_Record),'value');
50    end
51    s.Heading.ImageName=get(t,children(t,uid_FirstImage),'value');
52end
53
54%Camera   
55uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
56if ~isempty(uid_Camera)
57    uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
58    if ~isempty(uid_ImageSize);
59        ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
60        xindex=findstr(ImageSize,'x');
61        if length(xindex)>=2
[71]62             s.Npx=str2double(ImageSize(1:xindex(1)-1));
63             s.Npy=str2double(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
[8]64        end
65    end
66    uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
67    if ~isempty(uid_TimeUnit)
68        s.TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
69    end
70    uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
71    if ~isempty(uid_BurstTiming)
72        for k=1:length(uid_BurstTiming)
73            subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
74             % reading Dtk
75            Frequency=get_value(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency',1);
76            Dtj=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtj',[]);
77            Dtj=Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
78            NbDtj=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtj',1);
79            Dti=get_value(subt,'/BurstTiming/Dti',[]);
80            Dti=Dti/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
81            NbDti=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDti',1);
82            Time_val=get_value(subt,'/BurstTiming/Time',0);%time in TimeUnit
83            if ~isempty(Dti)
84                Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
85                Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
86            end
87            if ~isempty(Dtj)
88                Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dti vector NbDti times
89                Dtj=[0 Dtj];
90%                 Time_val'
91%                 ones(1,numel(Dtj))
92%                 ones(numel(Time_val'),1)
93%                 cumsum(Dtj)
94                Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
95            end
96            % reading Dtk
97            Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
[29]98            NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
[8]99            if isempty(Dtk)
100                s.Time=[s.Time;Time_val];
101            else
102                for kblock=1:NbDtk+1
103                    Time_val=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
104                    s.Time=[s.Time;Time_val];
105                end
106            end
107        end
108    end
[81]109%     if size(s.Time,1)==1
110%         s.Time=(s.Time)'; %change vector into column
111%     end
[8]112end
113
114%read calibration
115uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
116if ~isempty(uid_GeometryCalib)
117    if length(uid_GeometryCalib)>1
[29]118        errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
[8]119        return
120    end
121    subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
122    cont=get(subt,1,'contents');
123    if ~isempty(cont)
124        uid_pixcmx=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmx');
125        uid_pixcmy=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmy');
[29]126        if ~isempty(uid_pixcmx) && ~isempty(uid_pixcmy)%NON UTILISE
[8]127           pixcmx=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmx),'value'));
128            if isempty(pixcmx),pixcmx=1;end; %default
129            pixcmy=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmy),'value'));
130            if isempty(pixcmy),pixcmy=1;end; %default
131            tsai.Pxcmx=pixcmx;
132            tsai.Pxcmy=pixcmy;
133        end
134        %default values:
135        tsai.f=1;
136        tsai.dpx=1;
137        tsai.dpy=1;
138        tsai.sx=1;
139        tsai.Cx=0;
140        tsai.Cy=0;
141        tsai.Tz=1;
142        tsai.Tx=0;
143        tsai.Ty=0;
144        tsai.R=[1 0 0; 0 1 0; 0 0 0];
145        tsai.kappa1=0;
146        uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
147        if ~isempty(uid_CoordUnit)
148            tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
149        end
150        uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
151        uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
152        uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
153        uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
154        uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
155        uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
156        uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
[29]157        if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_Cx_Cy)
[8]158            tsai.f=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
159            dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
160            tsai.dpx=dpx_dpy(1);
161            tsai.dpy=dpx_dpy(2);
162            if ~isempty(uid_sx)
163               tsai.sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
164            end
165            Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
166            tsai.Cx=Cx_Cy(1);
167            tsai.Cy=Cx_Cy(2);
168        end
169        if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
170            Tx_Ty_T_char=get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value');
171            Tx_Ty_Tz=str2num(Tx_Ty_T_char);
172            tsai.Tx=Tx_Ty_Tz(1);
173            tsai.Ty=Tx_Ty_Tz(2);
174            tsai.Tz=Tx_Ty_Tz(3);
175        end
176        if ~isempty(uid_R)
177            RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
178            if length(RR)==3
179                tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
180            end
181        end
182        if ~isempty(uid_kappa1)     
183            tsai.kappa1=str2num(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
184        end
185        %look for laser plane definitions   
186        uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
[60]187        uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/SliceCoord');
188        if isempty(uid_Pos)
189            uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');%old convention
190        end
[8]191        if ~isempty(uid_Angle)
192            tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
193        end
[60]194        if ~isempty(uid_Pos)     
[8]195            for j=1:length(uid_Pos)
196                tsai.SliceCoord(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
197            end
[60]198            uid_DZ=find(subt,'/GeometryCalib/SliceDZ');
199            uid_NbSlice=find(subt,'/GeometryCalib/NbSlice');
200            if ~isempty(uid_DZ) && ~isempty(uid_NbSlice)
201                DZ=str2double(get(subt,children(subt,uid_DZ),'value'));
202                NbSlice=get(subt,children(subt,uid_NbSlice),'value');
203                if isequal(NbSlice,'volume')
204                    tsai.NbSlice='volume';
205                    NbSlice=NbDtj+1;
206                else
207                    tsai.NbSlice=str2double(NbSlice);
208                end
209                tsai.SliceCoord=ones(NbSlice,1)*tsai.SliceCoord+DZ*[0:NbSlice-1]'*[0 0 1];
210            end         
[8]211        end
212        s.GeometryCalib=tsai;
213    end
214end   
215
216%--------------------------------------------------
217%  read an xml element
218function val=get_value(t,label,default)
219%--------------------------------------------------
220val=default;
221uid=find(t,label);%find the element iud(s)
222if ~isempty(uid)
223   uid_child=children(t,uid);
224   if ~isempty(uid_child)
225       data=get(t,uid_child,'type');
226       if iscell(data)
227           for icell=1:numel(data)
228               val_read=str2num(get(t,uid_child(icell),'value'));
229               if ~isempty(val_read)
230                   val(icell)=val_read;
231               end
232           end
233           val=val';
234       else
235           val_read=str2num(get(t,uid_child,'value'));
236           if ~isempty(val_read)
237               val=val_read;
238           end
239       end
240   end
241end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.