source: trunk/src/imadoc2struct.m @ 295

Last change on this file since 295 was 215, checked in by sommeria, 10 years ago

proj_field: correct the projection mode filter on a line
uvmat: correct bug for avi movies extraction
imadoc2struct: cleaning

File size: 11.9 KB
Line 
1%'imadoc2struct': reads the xml file for image documentation
2%------------------------------------------------------------------------
3% function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc,option)
4%
5% OUTPUT:
6% s: structure representing ImaDoc
7%   s.Heading: information about the data hierarchical structure
8%   s.Time: matrix of times
9%   s.TimeUnit
10%  s.GeometryCalib: substructure containing the parameters for geometric calibration
11% errormsg: error message
12%
13% INPUT:
14% ImaDoc: full name of the xml input file with head key ImaDoc
15% option: ='GeometryCalib': read  the data of GeometryCalib, including source point coordinates
16
17function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc,option)
18%% default input and output
19if ~exist('option','var')
20    option='*';
21end
22errormsg=[];%default
23s.Heading=[];%default
24s.Time=[]; %default
25s.TimeUnit=[]; %default
26s.GeometryCalib=[];
27tsai=[];%default
28
29%% opening the xml file
30if exist(ImaDoc,'file')~=2, errormsg=[ ImaDoc ' does not exist']; return;end;%input file does not exist
31try
32    t=xmltree(ImaDoc);
33catch
34    errormsg={[ImaDoc ' is not a valid xml file']; lasterr};
35    display(errormsg);
36    return
37end
38uid_root=find(t,'/ImaDoc');
39if isempty(uid_root), errormsg=[ImaDoc ' is not an image documentation file ImaDoc']; return; end;%not an ImaDoc .xml file
40
41
42%% Heading
43uid_Heading=find(t,'/ImaDoc/Heading');
44if ~isempty(uid_Heading),
45    uid_Campaign=find(t,'/ImaDoc/Heading/Campaign');
46    uid_Exp=find(t,'/ImaDoc/Heading/Experiment');
47    uid_Device=find(t,'/ImaDoc/Heading/Device');
48    uid_Record=find(t,'/ImaDoc/Heading/Record');
49    uid_FirstImage=find(t,'/ImaDoc/Heading/ImageName');
50    s.Heading.Campaign=get(t,children(t,uid_Campaign),'value');
51    s.Heading.Experiment=get(t,children(t,uid_Exp),'value');
52    s.Heading.Device=get(t,children(t,uid_Device),'value');
53    if ~isempty(uid_Record)
54        s.Heading.Record=get(t,children(t,uid_Record),'value');
55    end
56    s.Heading.ImageName=get(t,children(t,uid_FirstImage),'value');
57end
58
59%% Camera  and timing
60if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'Camera')
61    uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
62    if ~isempty(uid_Camera)
63        uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
64        if ~isempty(uid_ImageSize);
65            ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
66            xindex=findstr(ImageSize,'x');
67            if length(xindex)>=2
68                s.Npx=str2double(ImageSize(1:xindex(1)-1));
69                s.Npy=str2double(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
70            end
71        end
72        uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
73        if ~isempty(uid_TimeUnit)
74            s.TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
75        end
76        uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
77        if ~isempty(uid_BurstTiming)
78            for k=1:length(uid_BurstTiming)
79                subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
80                % reading Dtk
81                Frequency=get_value(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency',1);
82                Dtj=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtj',[]);
83                Dtj=Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
84                NbDtj=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtj',1);
85                Dti=get_value(subt,'/BurstTiming/Dti',[]);
86                Dti=Dti/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
87                NbDti=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDti',1);
88                Time_val=get_value(subt,'/BurstTiming/Time',0);%time in TimeUnit
89                if ~isempty(Dti)
90                    Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
91                    Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
92                end
93                if ~isempty(Dtj)
94                    Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dtj vector NbDtj times
95                    Dtj=[0 Dtj];
96                    Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
97                end
98                % reading Dtk
99                Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
100                NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
101                if isempty(Dtk)
102                    s.Time=[s.Time;Time_val];
103                else
104                    for kblock=1:NbDtk+1
105                        Time_val_k=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
106                        s.Time=[s.Time;Time_val_k];
107                    end
108                end
109            end
110        end
111    end
112end
113
114%% motor
115if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'GeometryCalib')
116    uid_subtree=find(t,'/ImaDoc/TranslationMotor');
117    if length(uid_subtree)==1
118        subt=branch(t,uid_subtree);%subtree under GeometryCalib
119       [s.TranslationMotor,errormsg]=read_subtree(subt,{'Nbslice','ZStart','ZEnd'},[1 1 1],[1 1 1]);
120    end
121end
122%%  geometric calibration
123if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'GeometryCalib')
124    uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
125    if ~isempty(uid_GeometryCalib)
126        if length(uid_GeometryCalib)>1
127            errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
128            return
129        end
130        subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
131        cont=get(subt,1,'contents');
132        if ~isempty(cont)
133            uid_CalibrationType=find(subt,'/GeometryCalib/CalibrationType');
134            if isequal(length(uid_CalibrationType),1)
135                tsai.CalibrationType=get(subt,children(subt,uid_CalibrationType),'value');
136            end
137            uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
138            if isequal(length(uid_CoordUnit),1)
139                tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
140            end
141            uid_fx_fy=find(subt,'/GeometryCalib/fx_fy');
142            focal=[];%default fro old convention (Reg Wilson)
143            if isequal(length(uid_fx_fy),1)
144                tsai.fx_fy=str2num(get(subt,children(subt,uid_fx_fy),'value'));
145            else %old convention (Reg Wilson)
146                uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
147                uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
148                uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
149                if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_sx)
150                    dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
151                    sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
152                    focal=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
153                    tsai.fx_fy(1)=sx*focal/dpx_dpy(1);
154                    tsai.fx_fy(2)=focal/dpx_dpy(2);
155                end
156            end
157            uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
158            if ~isempty(uid_Cx_Cy)
159                tsai.Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
160            end
161            uid_kc=find(subt,'/GeometryCalib/kc');
162            if ~isempty(uid_kc)
163                tsai.kc=str2double(get(subt,children(subt,uid_kc),'value'));
164            else %old convention (Reg Wilson)
165                uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
166                if ~isempty(uid_kappa1)&& ~isempty(focal)
167                    kappa1=str2double(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
168                    tsai.kc=-kappa1*focal*focal;
169                end
170            end
171            uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
172            if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
173                tsai.Tx_Ty_Tz=str2num(get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value'));
174            end
175            uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
176            if ~isempty(uid_R)
177                RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
178                if length(RR)==3
179                    tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
180                end
181            end
182           
183            %look for laser plane definitions
184            uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
185            uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/SliceCoord');
186            if isempty(uid_Pos)
187                uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');%old convention
188            end
189            if ~isempty(uid_Angle)
190                tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
191            end
192            if ~isempty(uid_Pos)
193                for j=1:length(uid_Pos)
194                    tsai.SliceCoord(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
195                end
196                uid_DZ=find(subt,'/GeometryCalib/SliceDZ');
197                uid_NbSlice=find(subt,'/GeometryCalib/NbSlice');
198                if ~isempty(uid_DZ) && ~isempty(uid_NbSlice)
199                    DZ=str2double(get(subt,children(subt,uid_DZ),'value'));
200                    NbSlice=get(subt,children(subt,uid_NbSlice),'value');
201                    if isequal(NbSlice,'volume')
202                        tsai.NbSlice='volume';
203                        NbSlice=NbDtj+1;
204                    else
205                        tsai.NbSlice=str2double(NbSlice);
206                    end
207                    tsai.SliceCoord=ones(NbSlice,1)*tsai.SliceCoord+DZ*(0:NbSlice-1)'*[0 0 1];
208                end
209            end   
210            tsai.SliceAngle=get_value(subt,'/GeometryCalib/SliceAngle',[0 0 0]);
211            tsai.VolumeScan=get_value(subt,'/GeometryCalib/VolumeScan','n');
212            tsai.InterfaceCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/InterfaceCoord',[0 0 0]);
213            tsai.RefractionIndex=get_value(subt,'/GeometryCalib/RefractionIndex',1);
214           
215            if strcmp(option,'GeometryCalib')
216                tsai.PointCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/SourceCalib/PointCoord',[0 0 0 0 0]);
217            end
218            s.GeometryCalib=tsai;
219        end
220    end
221end
222
223%--------------------------------------------------
224%  read a subtree
225% INPUT:
226% t: xltree
227% head_element: head elelemnt of the subtree
228% Data, structure containing
229%    .Key: element name
230%    .Type: type of element ('charg', 'float'....)
231%    .NbOccur: nbre of occurrence, NaN for un specified number
232function [s,errormsg]=read_subtree(subt,Data,NbOccur,NumTest)
233%--------------------------------------------------
234s=[];%default
235errormsg='';
236head_element=get(subt,1,'name');
237    cont=get(subt,1,'contents');
238    if ~isempty(cont)
239        for ilist=1:length(Data)
240            uid_key=find(subt,[head_element '/' Data{ilist}]);
241            if ~isequal(length(uid_key),NbOccur(ilist))
242                errormsg=['wrong number of occurence for ' Data{ilist}];
243                return
244            end
245            for ival=1:length(uid_key)
246                val=get(subt,children(subt,uid_key(ival)),'value');
247                if ~NumTest(ilist)
248                    eval(['s.' Data{ilist} '=val;']);
249                else
250                    eval(['s.' Data{ilist} '=str2double(val);'])
251                end
252            end
253        end
254    end
255
256
257%--------------------------------------------------
258%  read an xml element
259function val=get_value(t,label,default)
260%--------------------------------------------------
261val=default;
262uid=find(t,label);%find the element iud(s)
263if ~isempty(uid) %if the element named label exists
264   uid_child=children(t,uid);%find the children
265   if ~isempty(uid_child)
266       data=get(t,uid_child,'type');%get the type of child
267       if iscell(data)% case of multiple element
268           for icell=1:numel(data)
269               val_read=str2num(get(t,uid_child(icell),'value'));
270               if ~isempty(val_read)
271                   val(icell,:)=val_read;
272               end
273           end
274%           val=val';
275       else % case of unique element value
276           val_read=str2num(get(t,uid_child,'value'));
277           if ~isempty(val_read)
278               val=val_read;
279           else
280              val=get(t,uid_child,'value');%char string data
281           end
282       end
283   end
284end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.