source: trunk/src/private/read_imadoc.m @ 8

Last change on this file since 8 was 8, checked in by gostiaux, 11 years ago
File size: 9.5 KB
Line 
1%'read_imadoc': reads the xml file for image documentation, OBSOLETE: replaced by imadoc2struct
2%
3%function [error,Heading,nom_type_ima,ext_ima,abs_time,TimeUnit,mode,NbSlice,npx,npy,GeometryCalib]=read_imadoc(filecivxml,testime)
4%--------------------------------------------------------
5% OUTPUT:
6%error= 0: all right
7%        2: input file not found
8%        1: input file is not an image documentation file 'ImaDoc'
9%           1.1: 'ImaDoc/Heading' element absent
10%           1.2: 'ImaDoc/Camera' element absent
11%                 1.21: 'ImaDoc/Camera/BurstTiming' absent
12%                     1.211: 'ImaDoc/Camera/BurstTiming/FrameFrequency' absent
13%                     1.212: 'ImaDoc/Camera/BurstTiming/Time' absent
14%
15% INPUT:
16% filecivxml: full name of the xml input file
17% testime=1 read the list of times), =0 (default) do not read it to save computing  time
18%
19%  -- TODO: should be replaced by xml2struct --
20
21function [error,Heading,nom_type_ima,ext_ima,abs_time,TimeUnit,mode,NbSlice,npx,npy,GeometryCalib]=read_imadoc(filecivxml,testime)
22% global t
23error=0;%default
24Heading=[];%default
25nom_type_ima=[];%default
26ext_ima=[];%default
27abs_time=[];%initiation
28TimeUnit='s'; %default
29% GeometryCalib.CoordUnit='cm';%default
30mode=[]; %default
31NbSlice=1;%default
32npx=[];%default
33npy=[];%default
34% GeometryCalib.Pxcmx=1;
35% GeometryCalib.Pxcmy=1;
36GeometryCalib=[];
37NbDtj=1;
38tsai=[];%default
39if ~exist('testime','var')
40    testime=1;%default
41end
42if exist(filecivxml,'file')~=2, error=2, return;end;%input file does not exist
43filecivxml;
44t=xmltree(filecivxml);
45uid_root=find(t,'/ImaDoc');
46if isempty(uid_root), error=1; return; end;%not an ImaDoc .xml file
47%Heading
48uid_Heading=find(t,'/ImaDoc/Heading');
49if isempty(uid_Heading),
50    error=1.1;
51else
52    uid_Campaign=find(t,'/ImaDoc/Heading/Campaign');
53    uid_Exp=find(t,'/ImaDoc/Heading/Experiment');
54    uid_Device=find(t,'/ImaDoc/Heading/Device');
55    uid_Record=find(t,'/ImaDoc/Heading/Record');
56    uid_FirstImage=find(t,'/ImaDoc/Heading/ImageName');
57    Heading.Campaign=get(t,children(t,uid_Campaign),'value');
58    Heading.Experiment=get(t,children(t,uid_Exp),'value');
59    Heading.Device=get(t,children(t,uid_Device),'value');
60    if ~isempty(uid_Record)
61        Heading.Record=get(t,children(t,uid_Record),'value');
62    end
63    Heading.ImageName=get(t,children(t,uid_FirstImage),'value');
64    FirstImage=Heading.ImageName;
65    if ~isempty(FirstImage)
66        [Pathsub,RootFile,field_count,str2,str_a,str_b,ext,nom_type_ima]=name2display(FirstImage);
67    end
68end
69%Camera   
70uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
71if isempty(uid_Camera)
72    error=1.2;
73else
74    uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
75    if ~isempty(uid_ImageSize);
76        ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
77        xindex=findstr(ImageSize,'x');
78        if length(xindex)>=2
79            npx=str2num(ImageSize(1:xindex(1)-1));
80            npy=str2num(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
81        end
82    end
83    uid_NbSlice=find(t,'/ImaDoc/Camera/NbSlice');
84    if ~isempty(uid_NbSlice)
85        NbSlice=str2num(get(t,children(t,uid_NbSlice),'value'));
86        if isempty(NbSlice),NbSlice=1;end; %default
87    end
88    uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
89    if ~isempty(uid_TimeUnit)
90        TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
91        if isempty(TimeUnit),TimeUnit='s';end; %default
92    end
93    uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
94    if isempty(uid_BurstTiming), error=1.12,return,end;
95    if testime
96        for k=1:length(uid_BurstTiming)
97            Dtj=[];%default
98            NbDtj=1;%default
99            subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
100            uid_FrameFrequency=find(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency');
101           % if isempty(uid_FrameFrequency), error=1.211,return;
102            if isempty(uid_FrameFrequency),
103                Frequency=1;
104            else
105                Frequency=str2num(get(subt,children(subt,uid_FrameFrequency),'value'));
106            end
107            uid_Dtj=find(subt,'/BurstTiming/Dtj');
108            uid_NbDtj=find(subt,'/BurstTiming/NbDtj');
109            uid_Dti=find(subt,'/BurstTiming/Dti');%new
110            uid_NbDti=find(subt,'/BurstTiming/NbDti');%new
111            if ~isempty(uid_Dtj)
112               Dtj=str2num(get(subt,children(subt,uid_Dtj),'value'));%time intervals in frames
113            end
114            uid_child=children(subt,uid_NbDtj);
115            for ivalue=1:length(uid_child)
116                if isequal(get(subt,uid_child(ivalue),'type'),'chardata')
117                     NbDtj=str2num(get(subt,uid_child(ivalue),'value'));%nbre of intervals Dtj
118               end
119            end
120            if isempty(uid_Dti)|isempty(uid_NbDti)
121               Dti=[]; %default
122            else
123               Dti=str2num(get(subt,children(subt,uid_Dti),'value'));%time intervals in frames
124               uid_child=children(subt,uid_NbDti);
125               for ivalue=1:length(uid_child)
126                  if isequal(get(subt,uid_child(ivalue),'type'),'chardata')
127                     NbDti=str2num(get(subt,uid_child(ivalue),'value'));%nbre of intervals Dti
128                  end
129               end
130            end
131            if ~isempty(Dtj)
132                Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,length(Dtj)*NbDtj);
133            end
134            Dtj=[0 Dtj];
135            dtunit=Dtj/Frequency;
136            uid_Time=find(subt,'/BurstTiming/Time');
137            if isempty(uid_Time)
138                error=1.212;
139            else
140                nbfield=length(uid_Time);
141               Time=get(subt,children(subt,uid_Time),'value');
142               abstime_read=str2num(char(Time))*ones(1,length(Dtj))+ones(nbfield,1)*cumsum(dtunit);
143               abs_time=[abs_time;abstime_read];
144               if ~isempty(Dti)&size(abs_time,1)==1
145                  abs_time=ones(NbDti+1,1)*abs_time+(Dti/Frequency)*[0:NbDti]'*ones(size(abs_time));
146               end
147            end
148        end
149    end
150end
151% if isempty(abs_time)
152%     abs_time=0;%default
153% end
154%read calibration
155uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
156if ~isempty(uid_GeometryCalib)
157    if length(uid_GeometryCalib)>1
158        errordlg(['More than one GeometryCalib in ' filecivxml])
159        return
160    end
161    subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
162    cont=get(subt,1,'contents');
163    if ~isempty(cont)
164        uid_pixcmx=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmx');
165        uid_pixcmy=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmy');
166        if ~isempty(uid_pixcmx) & ~isempty(uid_pixcmy)%NON UTILISE
167           pixcmx=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmx),'value'));
168            if isempty(pixcmx),pixcmx=1;end; %default
169            pixcmy=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmy),'value'));
170            if isempty(pixcmy),pixcmy=1;end; %default
171            tsai.Pxcmx=pixcmx;
172            tsai.Pxcmy=pixcmy;
173        end
174        %default values:
175        tsai.f=1;
176        tsai.dpx=1;
177        tsai.dpy=1;
178        tsai.sx=1;
179        tsai.Cx=0;
180        tsai.Cy=0;
181        tsai.Tz=1;
182        tsai.Tx=0;
183        tsai.Ty=0;
184        tsai.R=[1 0 0; 0 1 0; 0 0 0];
185        tsai.kappa1=0;
186        uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
187        if ~isempty(uid_CoordUnit)
188            tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
189        end
190        uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
191        uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
192        uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
193        uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
194        uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
195        uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
196        uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
197        if ~isempty(uid_focal) & ~isempty(uid_dpx_dpy) & ~isempty(uid_Cx_Cy)
198            tsai.f=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
199            dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
200            tsai.dpx=dpx_dpy(1);
201            tsai.dpy=dpx_dpy(2);
202            if ~isempty(uid_sx)
203               tsai.sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
204            end
205            Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
206            tsai.Cx=Cx_Cy(1);
207            tsai.Cy=Cx_Cy(2);
208        end
209        if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
210            Tx_Ty_T_char=get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value');
211%             if ~ischar(Tx_Ty_T_char)
212%                 error='multiple values for Tx_Ty_Tz';
213%             else
214                Tx_Ty_Tz=str2num(Tx_Ty_T_char);
215%             end
216            tsai.Tx=Tx_Ty_Tz(1);
217            tsai.Ty=Tx_Ty_Tz(2);
218            tsai.Tz=Tx_Ty_Tz(3);
219        end
220        if ~isempty(uid_R)
221            RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
222            if length(RR)==3
223                tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
224            end
225        end
226        if ~isempty(uid_kappa1)     
227            tsai.kappa1=str2num(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
228        end
229        %look for laser plane definitions   
230        uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
231        uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');
232        if ~isempty(uid_Angle)
233            tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
234        end
235        if ~isempty(uid_Pos)
236            for j=1:length(uid_Pos)
237                tsai.PlanePos(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
238            end
239        end
240        GeometryCalib=tsai;
241    end
242end   
243
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.