source: trunk/src/proj_field.m @ 1126

Last change on this file since 1126 was 1126, checked in by g7moreau, 6 months ago

Update Copyright

File size: 118.1 KB
RevLine 
[854]1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
[871]3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
[854]4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
[971]21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the
22%    objectuvmat
23
[854]24%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
25%    .ProjAngle=angle of projection;
26%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
27%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
28
29%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
30%    .Txt: error message, transmitted to the projection
31%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
32%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
33%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
34% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
35%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
36%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
37%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
38%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
39%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
40% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
41% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
42%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
43%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
44%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
45%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
46%                        unstructured coordinate x, y  or z
47%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
48%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
49%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
50%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
51%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
52%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
53%
54% Default role of variables (by name)
55%  vector field:
56%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
57%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
58%    .C, .CName: scalar associated to the vector
59%    .F : equivalent to 'warnflag'
60%    .FF: equivalent to 'errorflag'
61%  scalar field or image:
62%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
63%    .A: scalar, projected on the object
64%    .AX, .AY: positions for the scalar
65%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
66%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
67
68%=======================================================================
[1126]69% Copyright 2008-2024, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
[854]70%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
71%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
72%
73%     This file is part of the toolbox UVMAT.
74%
75%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
76%     it under the terms of the GNU General Public License as published
77%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
78%     or (at your option) any later version.
79%
80%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
81%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
82%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
83%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
84%=======================================================================
85
[871]86function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
[854]87errormsg='';%default
88ProjData=[];
89
90%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
91if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
92    return
93end
[954]94% check list of effective projection modes
95if ~ismember(ObjectData.ProjMode,{'projection','interp_lin','interp_tps','inside','outside'})
[854]96    return
97end
98if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
99    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
100        ObjectData.Coord=[0 0];%default
101    else
102        return
103    end
104end
105
106%% apply projection depending on the object type
107switch ObjectData.Type
108    case 'points'
109        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
110    case {'line','polyline'}
111        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
112    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
113        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
[871]114            if ~exist('VarMesh','var')
115                VarMesh=[];
116            end
117            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh);
[854]118        else
119            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
120        end
[954]121    case {'plane','plane_z'}
[854]122        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
123    case 'volume'
124        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
125end
126
127%-----------------------------------------------------------------
128%project on a set of points
129function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
130%-------------------------------------------------------------------
[1090]131ProjData=[];%default output
[854]132siz=size(ObjectData.Coord);
133width=0;
134if isfield(ObjectData,'Range')
135    width=ObjectData.Range(1,2);
136end
137if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
138    width=max(ObjectData.RangeX);
139end
140if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
141    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
142end
143if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
144    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
145end
[1090]146if isfield(ObjectData,'RangeInterp')&&~isempty(ObjectData.RangeInterp)
147    width=ObjectData.RangeInterp;
148end
[854]149if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
150    if width==0
151        errormsg='projection range around points needed';
152        return
153    end
154elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
155    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
156        return
157end
158[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
159if ~isempty(errormsg)
160    return
161end
162ProjData.NbDim=0;
163[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
164if ~isempty(errormsg)
165    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
166    return
167end
168%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
169for icell=1:length(CellInfo)
170    if NbDimArray(icell)<=1
171        continue %projection only for multidimensional fields
172    end
173    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
174    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
175    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
176    ivar_Z=[];
177    if NbDimArray(icell)==3
178        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
179    end
180    ivar_FF=[];
181    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
182        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
183        if numel(ivar_FF)>1
184            errormsg='multiple error flag input';
185            return
186        end
187    end   
188    % select types of  variables to be projected
189   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
190      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
191   for ilist=1:numel(ListProj)
192       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
193           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
194       end
195   end
196   VarIndex=find(check_proj);
197    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
198    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
199    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
200    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
201    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
202    for ivar=VarIndex       
203        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
204        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
205        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
206
207    end
208    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
209        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
210        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
211        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
212        if length(ivar_Z)==1
213            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
214            test3D=1;
215        end
216   
217        for ipoint=1:siz(1)
218           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
219           distX=coord_x-Xpoint(1);
220           distY=coord_y-Xpoint(2);         
221           dist=distX.*distX+distY.*distY;
222           indsel=find(dist<width*width);
223           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
224           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
225           if isequal(length(ivar_FF),1)
226               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
227               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
228               indsel=indsel(~FF);
229           end
230           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
231            for ivar=VarIndex
232               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
233               if isempty(indsel)
234                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
235               else
236                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
237                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
238                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
[1114]239                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
[854]240                    end
241               end
242            end
243        end
244    else    %case of structured coordinates
245        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
246            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
247            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
248            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
249            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
250            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
251            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
252            npxy=size(A);         
253            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
254            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
255                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
256            end
257            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
258                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
259                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
260                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
261                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
262                if numel(Coord{idim})==2
263                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
264                    test_direct(idim)=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
265                else
266                    DCoord=diff(Coord{idim});
267                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
268                    DCoord_max=max(DCoord);
269                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
270                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
271                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
272                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
273                        return
274                    end
275                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
276                    test_coord(idim)=1;
277                end
278            end
279            DX=DCoord_min(2);
280            DY=DCoord_min(1);
281            for ipoint=1:siz(1)
282                xwidth=width/(abs(DX));
283                ywidth=width/(abs(DY));
284                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
285                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
286                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
287                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
288                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
289                j_min=max(1,j_min);
290                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
291                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
292                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
293                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
294                i_int=(i_min:i_plus);
295                j_int=(j_min:j_plus);
296                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
297                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
298                   for ivar=VarIndex   
299                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
300                   end
301                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
302                else
303                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
304                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
305                    for ivar=VarIndex   
306                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
307                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
308                    end
309                end
310            end
311        end
312   end
313end
314
315%-----------------------------------------------------------------
316%project in a patch
[871]317function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh)%%
[854]318%-------------------------------------------------------------------
319[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
320if ~isempty(errormsg)
321    return
322end
323%objectfield=fieldnames(ObjectData);
324widthx=0;
325widthy=0;
326if isfield(ObjectData,'RangeX') && ~isempty(ObjectData.RangeX)
327    widthx=max(ObjectData.RangeX);
328end
329if isfield(ObjectData,'RangeY') && ~isempty(ObjectData.RangeY)
330    widthy=max(ObjectData.RangeY);
331end
332
333%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
334ProjData.NbDim=1;
335ProjData.ListVarName={};
336ProjData.VarDimName={};
337ProjData.VarAttribute={};
338
339CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
340if isfield (FieldData,'VarAttribute')
341    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
342        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
343            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
344        end
345        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
346            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
347        end
348    end
349end
350
351%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
352[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
353if ~isempty(errormsg)
354    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
355    return
356end
357
358%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
359for icell=1:length(CellInfo)
360    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
361    test_Amat=0;
362    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
363        continue
364    end
365    ivar_FF=[];
366    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
367    if testfalse
368        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
369        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
370        errorflag=FieldData.(FFName);
371    end
372    % select types of  variables to be projected
373    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
374    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
375    for ilist=1:numel(ListProj)
376        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
377            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
378        end
379    end
380    VarIndex=find(check_proj);
381   
382    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
383    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
384    ivar_Z=[];
385    if NbDim(icell)==3
386        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
387    end
388    switch CellInfo{icell}.CoordType
389        case 'scattered' %case of unstructured coordinates
390            for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
391                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
392                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
393            end
394            XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
395            YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
[866]396            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
397            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
[854]398            % image or 2D matrix
399        case 'grid' %case of structured coordinates
400            test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
401            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
402            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
403            AX=FieldData.(AXName);% x coordinate
404            AY=FieldData.(AYName);% y coordinate
405            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
406            DimValue=size(FieldData.(VarName));
407            if length(AX)==2
408                AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
409            end
410            if length(AY)==2
411                AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
412            end
413            if length(DimValue)==3
414                testcolor=1;
415                npxy(3)=3;
416            else
417                testcolor=0;
418                npxy(3)=1;
419            end
420            [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
421            npxy(1)=length(AY);
422            npxy(2)=length(AX);
423            Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
424            Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
425            for ivar=1:length(VarIndex)
426                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
427                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
428            end
429    end
430    %select the indices in the range of action
431    testin=[];%default
432    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
433        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
434            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
435            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
436            testin=distX<widthx & distY<widthy;
437        elseif test_Amat
438            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
439            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
440            testin=distX<widthx & distY<widthy;
441        end
442    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
443        if strcmp(CoordType,'scattered')
444            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
445        elseif strcmp(CoordType,'grid')
446            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
447        else%calculate the scalar
448            testin=[]; %A REVOIR
449        end
450    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
451        X2Max=widthx*widthx;
452        Y2Max=(widthy)*(widthy);
453        if strcmp(CoordType,'scattered')
454            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
455            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
456            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
457        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
458            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
459            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
460            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
461        end
462    end
463    %selected indices
464    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
465        testin=~testin;
466    end
467    if testfalse
468        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
469    end
470    indsel=find(testin);
[871]471    nbvar=0;
472    VarSize=zeros(size(VarIndex));
[854]473    for ivar=VarIndex
474        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
[871]475        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each co
[854]476        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
[871]477        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color co
478        nbvar=nbvar+1;
479        VarSize(nbvar)=mean((ProjData.([VarName 'Max'])-ProjData.([VarName 'Min']))/100);
480    end
[880]481    if  isempty(VarMesh)% || isnan(VarMesh) % mesh not specified as input, estimate from the bounds
[871]482        VarMesh=mean(VarSize);
483        ord=10^(floor(log10(VarMesh)));%order of magnitude
484        if VarMesh/ord >=5
485            VarMesh=5*ord;
486        elseif VarMesh/ord >=2
487            VarMesh=2*ord;
[854]488        else
[871]489            VarMesh=ord;
[854]490        end
[871]491    end
492    for ivar=VarIndex
493        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
494        LowBound=VarMesh*ceil(ProjData.([VarName 'Min'])/VarMesh);
495        UpperBound=VarMesh*floor(ProjData.([VarName 'Max'])/VarMesh);
[880]496        if numel(indsel)<=1
497            errormsg='only one data point or less for histogram';
498            return
499        elseif isequal(LowBound,UpperBound)
500            errormsg='attempt histogram of uniform field: low bound = high bound';
501            return
502        end       
[871]503        ProjData.(VarName)=LowBound:VarMesh:UpperBound; % list of bin values
504        ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
[854]505        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
506        if test_Amat && testcolor
507            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
508        else
509            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
510        end
[871]511        VarAttribute_var=[];
[854]512        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
[871]513            VarAttribute_var=FieldData.VarAttribute{ivar};
[1058]514            VarAttribute_var.Role='coord_x';
[854]515        end
[871]516      %  VarAttribute_var.Role='coord_x';% the variable is now used as an absissa
517        VarAttribute_histo.Role='histo';
518        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {VarAttribute_var} {VarAttribute_histo} {[]} {[]} {[]}];
[854]519    end
520end
521
522%-----------------------------------------------------------------
523%project on a line
524% AJOUTER flux,circul,error
525% OUTPUT:
526% ProjData: projected field
527%
528function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
529%-----------------------------------------------------------------
[905]530
531%% prepare heading for the projected field
[854]532[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
533if ~isempty(errormsg)
534    return
535end
536ProjData.NbDim=1;
537%initialisation of the input parameters and defaultoutput
538ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
539% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
540width=0;
541if isfield(ObjectData,'RangeY')
542    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
543end
[1065]544if isfield(ObjectData,'RangeInterp')
545    width=ObjectData.RangeInterp;%Rangey needed bfor mode 'projection'
546end
[854]547% default output
548Xline=[];
549flux=0;
550circul=0;
551liny=ObjectData.Coord(:,2);
552NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
553
[905]554%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
555[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
556if ~isempty(errormsg)
557    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
558    return
559end
[1045]560CellInfo=CellInfo(NbDim>=2); %keep only the 2D or 3D cells
[905]561cell_select=true(size(CellInfo));
562for icell=1:length(CellInfo)
563    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
564        if strcmp(ProjMode,'interp_tps')&& ~strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'tps')
565            cell_select(icell)=0;
566        end
567    end
568end
[1048]569if isempty(find(cell_select,1))
[905]570    errormsg=[' invalid projection mode ''' ProjMode ''': use ''interp_tps'' to interpolate spatial derivatives'];
571    return
572end
573CellInfo=CellInfo(cell_select);
574
[854]575%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
576LineCoord=ObjectData.Coord;
577switch ObjectData.Type
578    case 'ellipse'
579        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
580        NbSegment=0;
581    case 'rectangle'
[1062]582        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.num_RangeX_2;
583        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.num_RangeX_2;
584        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData_RangeX_2;
585        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY-Y2;
[854]586    case 'polygon'
587        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
588end
589if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
590    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
591        return% line needs at least 2 points to be defined
592    end
593    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
594    dliny=diff(LineCoord(:,2));
595    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
596    LineLength=sum(dlength);
597    NbSegment=numel(LineLength);
598end
599CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
600
601%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
602
603% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
604xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
605if isequal(ProjMode,'projection')
606    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
607        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
608        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
609        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
610        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
611    else
612        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
613        return
614    end
615else % need to define the set of interpolation points
616    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
617        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
618        if CheckClosedLine
619            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
620            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
621            DX_edge=DX/2;
622        else
623            DX_edge=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point, the same for the end point
624        end
625        XI=[];
626        YI=[];
627        ThetaI=[];
628        dlengthI=[];
629        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
630            phi=(DX_edge:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
631            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
632            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
633            dphi=2*pi*DX/LineLength;
634            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
635        else
636            for isegment=1:NbSegment
637                costheta=cos(theta(isegment));
638                sintheta=sin(theta(isegment));
[866]639                %                 XIsegment=LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
640                %                 YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
[854]641                NbInterval=floor((dlength(isegment)-DX_edge)/DX);
642                LastX=DX_edge+DX*NbInterval;
643                NbPoint=NbInterval+1;
644                XIsegment=linspace(LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta,LineCoord(isegment,1)+LastX*costheta,NbPoint);
645                YIsegment=linspace(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta,LineCoord(isegment,2)+LastX*sintheta,NbPoint);
646                XI=[XI XIsegment];
647                YI=[YI YIsegment];
648                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
649                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
650                DX_edge=DX-(dlength(isegment)-LastX);%edge for the next segment set to keep DX=DX_end+DX_edge between two segments
651            end
652        end
653        Xproj=cumsum(dlengthI);
654    else
655        errormsg='abscissa mesh along line DX needed for interpolation';
656        return
657    end
658end
659
660%% loop on variable cells with the same space dimension 2
661ProjData.ListVarName={};
662ProjData.VarDimName={};
[866]663check_abscissa=0;
[854]664for icell=1:length(CellInfo)
665    % list of variable types to be projected
666    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
667    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
668    for ilist=1:numel(ListProj)
669        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
670            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
671        end
672    end
673    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
674   
675    %identify error flag
676    errorflag=0; %default, no error flag
[1085]677    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')% test for error flag
[854]678        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
679        errorflag=FieldData.(FFName);
680    end
681    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
682    ivar_U=[];
683    ivar_V=[];
684    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
685   
686    %         circul=0;
687    %         flux=0;
688    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
689    switch CellInfo{icell}.CoordType
690        %case of unstructured coordinates
691        case 'scattered'
[866]692            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});
693            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});
694           
[1048]695            if strcmp(ProjMode,'projection')
[854]696                if width==0
697                    errormsg='range of the projection object is missing';
698                    return
699                end
[867]700                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
701                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
[866]702                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
[1048]703                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
[866]704                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
[854]705                % select the (non false) input data located in the band of projection
706                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
707                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
708                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
709                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
710                coord_x=coord_x(flagsel);
711                coord_y=coord_y(flagsel);
712                costheta=cos(theta);
713                sintheta=sin(theta);
714                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
715                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
[866]716                ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)})=Xproj;
[854]717                for ivar=1:numel(VarIndex)
[867]718                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict variables to the projection band
[854]719                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
720                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
[867]721                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
[854]722                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
723                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
[1077]724                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x')
[867]725                            ivar_U=nbvar+ivar;
[1077]726                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y')
[867]727                            ivar_V=nbvar+ivar;
[854]728                        end
729                    end
[1077]730                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles as a  set of individual dots
[854]731                end
732            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
[866]733                if ~check_abscissa
[1009]734                    %XName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
735                    XName='X';
736                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
[866]737                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
738                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
[1048]739                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
[866]740                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
741                    check_abscissa=1; % define abcissa only once
742                end
[863]743                if ~isequal(errorflag,0)
744                    VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
745                    indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
746                    coord_x=coord_x(indsel);
747                    coord_y=coord_y(indsel);
748                    for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
749                        VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
750                        FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
751                    end
[866]752                end
[854]753                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
754                ProjData.X=Xproj;
[866]755                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
[854]756                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
757                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
758                for ivar=1:numel(VarAttribute)
759                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
760                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
[1077]761                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
[866]762                            ivar_U=ivar+nbvar;
[1077]763                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
[866]764                            ivar_V=ivar+nbvar;
[854]765                        end
766                    end
[1048]767                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='coord_y';% will promote plots of the profiles with continuous lines
[854]768                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
769                end
770            end
771        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
772            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
773                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
774                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
775                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
[1048]776                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
777                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y}));
[854]778                end
779                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
[867]780                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'X'}];
781                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
[854]782                ProjData.X=Xproj;
783                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
[1048]784                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
[854]785                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
786                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
787                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
788                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
789                for ivar=1:numel(VarAttribute)
[867]790                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
[854]791                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
[1077]792                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
[866]793                            ivar_U=ivar+nbvar;
[1077]794                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
[866]795                            ivar_V=ivar+nbvar;
[854]796                        end
797                    end
[1048]798                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='coord_y';% will promote plots of the profiles with continuous lines
[854]799                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
800                end
801            end
802            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
803           
804        case 'grid'   %case of structured coordinates
805            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
[966]806                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates'];
807                return
808            end%
809            test_interp2=0;%default
[1002]810           
[966]811            if max(NbDim)==3 % 3D case
[1080]812                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)};
813                Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});%initial z coordinates
814                Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});%initial y coordinates
815                Coord{3}=FieldData.(AXName);%initial x coordinates
816                if size(ObjectData.Coord,2)<3
817                    ObjectData.Coord(1,3)=0;
818                end
[1098]819                dline=ObjectData.Coord(2,:)-ObjectData.Coord(1,:);
[1080]820                linelength=norm(dline);
821                if isfield(FieldData,'RangeX')
822                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
823                else
824                    XMin=0;
825                end
826                ProjData.(AXName)=XMin:ObjectData.DX:XMin+linelength;%abscissa of the projected data along the line
[1098]827               
[1080]828                XI_proj=ObjectData.Coord(1,1)*ones(size(ProjData.(AXName)));
829                YI_proj=ObjectData.Coord(1,2)*ones(size(ProjData.(AXName)));
830                ZI_proj=ObjectData.Coord(1,3)*ones(size(ProjData.(AXName)));
831                if dline(1,1)~=0
832                    XI_proj=XI_proj+ProjData.(AXName)/dline(1,1);
833                end
834                if dline(1,2)~=0
835                    YI_proj=YI_proj+ProjData.(AXName)/dline(1,2);
836                end
837                if dline(1,3)~=0
838                    ZI_proj=ZI_proj+ProjData.(AXName)/dline(1,3);
839                end
[1002]840                for ivar=VarIndex
[1098]841                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
[1080]842                    %                         ListVarName=[ListVarName VarName];
843                    %                         VarDimName=[VarDimName {{'coord_y','coord_x'}}];
844                    %                         VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
[1002]845                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
846                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
847                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
[1080]848                   
849                    FieldData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),[2 3 1]); %coordinate permutation needed to use interp3
850                    indexnan=isnan(FieldData.(VarName));
851                    FieldData.(VarName)(indexnan)=0;%set to zero the undefined values
852                    ProjData.(VarName)=interp3(Coord{3},Coord{2},Coord{1},double(FieldData.(VarName)),XI_proj,YI_proj,ZI_proj,'*linear');
853                    ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName));
[1098]854                end
855               
[854]856            else
[1002]857                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
858                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
859                AX=FieldData.(AXName);% set of x positions
860                AY=FieldData.(AYName);% set of y positions
861                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
862                npxy=size(FieldData.(AName));
[854]863                npx=npxy(2);
864                npy=npxy(1);
865                if numel(AX)==2
866                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
867                else
868                    DX_vec=diff(AX);
869                    DX=max(DX_vec);
870                    DX_min=min(DX_vec);
871                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
872                        test_interp2=1;
873                        DX=DX_min;
874                    end
875                end
876                if numel(AY)==2
877                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
878                else
879                    DY_vec=diff(AY);
880                    DY=max(DY_vec);
881                    DY_min=min(DY_vec);
882                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
883                        test_interp2=1;
884                        DY=DY_min;
885                    end
886                end
887                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
888                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
889                if isfield(ObjectData,'DX')
890                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
891                else
892                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
893                end
894                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
895                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
896                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
[1098]897                theta=angle(dlinx+1i*dliny);%angle of the line
[854]898                if isfield(FieldData,'RangeX')
899                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
900                else
901                    XMin=0;
902                end
[1002]903                ProjData.(AXName)=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);%abscissa of the new pixels along the line
[854]904                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
[1002]905                npX=length(ProjData.(AXName));
[854]906                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
[1002]907                [X,Y]=meshgrid(ProjData.(AXName),y);%grid in the line coordinates
[854]908                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
909                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
910                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
911                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
912                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
913                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
914                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
915                ind_in=find(flagin);
916                ind_out=find(~flagin);
917                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
918                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
919                if numel(npxy)==2
920                    nbcolor=1;
921                elseif length(npxy)==3
922                    nbcolor=npxy(3);
923                else
924                    errormsg='multicomponent field not projected';
925                    return
926                end
927                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
928                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
[1045]929                nbvar=numel(ProjData.VarDimName);
930                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
[854]931                for ivar=VarIndex
932                    if test_interp2% interpolate on new grid
[1054]933                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI');
[854]934                    end
935                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
936                    if nbcolor==1
937                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
938                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
939                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
940                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
941                    elseif nbcolor==3
942                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
943                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
944                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
945                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
946                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
947                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
948                    end
949                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
950                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
[1077]951                    nbvar_proj=numel(ProjData.ListVarName);
952                    if isfield(FieldData.VarAttribute{ivar},'Role')
953                        if  strcmp(FieldData.VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
954                            ivar_U=nbvar_proj;
955                        elseif strcmp(FieldData.VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
956                            ivar_V=nbvar_proj;
957                        end
958                    end
959                    if isequal(ProjMode,'projection')
960                        ProjData.VarAttribute{nbvar_proj}.Role='discrete';
961                    else
962                        ProjData.VarAttribute{nbvar_proj}.Role='coord_y';
963                    end
[854]964                end
[1077]965               
[854]966                if nbcolor==3
967                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
968                end
[1098]969            end
970           
[1002]971    end
[1098]972    % for vector fields, take the components longitudinal and tranverse to the projection line
973    if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
974        vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U});
975        ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
976        ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
977    end
[966]978end
[854]979
980% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
981% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
982% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
983% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
984% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
985% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
986% %     else
987% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
988% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
989% %     end
990%
991% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
992
993
994%-----------------------------------------------------------------
[1078]995% proj_plane: project on a plane defined by the structure ObjectData containing:
996%    .Type : = 'plane'
997%    .ProjMode (mode of projection) = 'projection'|'interp_lin'|'interp_tps' ;
998%    .CoordUnit: (for instance 'px','cm') units for the coordinates defining the plane  (the program checks that it fits with the unit of the input Field)
999%    .Angle : angles of rotation of the plane expressed in degrees. The first element
1000%         ObjectData.Angle(1) represents a rotation in the plane (x,y) (around the
1001%         vertical axis), which can be followed by a rotation with angle ObjectData.Angle(2) around the new (rotated) x axis.
1002%    .Coord(1,3): coordinates (x,y,z) of the origin of the new coordinates in the projection plane;
1003%    .DX,.DY,.DZ : increments along each coordinate for the projected data (for 'interp_lin' and 'interp_tps')
1004%    .RangeX,RangeY: vectors with two elements defining the lower and upper bounds of the respectively X and Y coordinates in the projection plane
1005%    .RangeInterp: maximum distance of interpolation from the known data. Interpolation yields NaN beyond this distance.
1006
1007% TODO: AJOUTER flux,circul,error
[854]1008function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
1009%-----------------------------------------------------------------
1010
[1078]1011%% rotation matrix
[1080]1012PlaneAngle=[0 0 0];
[854]1013norm_plane=[0 0 1];
[1080]1014testangle=0;
1015test90x=0;
1016test90y=0;
1017if isfield(ObjectData,'Angle') && size(ObjectData.Angle,2)==3
1018    test90x=isequal(ObjectData.Angle,[90 0 0]);%=1 for 90 degree rotation alround x axis
1019    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);%=1 for 90 degree rotation alround y axis
1020    %test90z=isequal(PlaneAngle,[90 0 0]);%=1 for 90 degree rotation alround x axis
1021    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
1022    M=rodrigues(PlaneAngle);
[1078]1023    norm_plane=M*[0 0 1]'; 
[1080]1024    testangle= (~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]) && ~test90x && ~test90y);%=1 for slanted plane
[854]1025end
1026
1027%% mesh sizes DX and DY
1028DX=[];
1029DY=[];%default
1030if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
1031    DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1032elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1033    DX=FieldData.CoordMesh;
1034end
1035if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
1036    DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1037elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1038    DY=FieldData.CoordMesh;
1039end
1040if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
1041    errormsg='DX or DY not defined';
1042    return
1043end
[954]1044InterpMesh=min(DX,DY);%mesh used for interpolation in a slanted plane
[854]1045
1046%% extrema along each axis
1047testXMin=0;% test if min of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1048testXMax=0;% test if max of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1049testYMin=0;% test if min of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1050testYMax=0;% test if max of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1051if isfield(ObjectData,'RangeX') % rangeX defined by the projection object
1052    XMin=min(ObjectData.RangeX);
1053    XMax=max(ObjectData.RangeX);
1054    testXMin=XMax>XMin;%=1 if XMin defined (i.e. RangeY has two distinct elements)
1055    testXMax=1;% max of X coordinates defined on the projection object
1056end
1057if isfield(ObjectData,'RangeY') % rangeY defined by the projection object
1058    YMin=min(ObjectData.RangeY);
1059    YMax=max(ObjectData.RangeY);
1060    testYMin=YMax>YMin;%=1 if YMin defined (i.e. RangeY has tow distinct elements)
1061    testYMax=1;% max of Y coordinates defined on the projection object
1062end
1063width=0;%default width of the projection band
1064if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1065    width=max(ObjectData.RangeZ);
1066end
1067
[912]1068%% interpolation range
1069thresh2=[];
1070if isfield(ObjectData,'RangeInterp')
1071    thresh2=ObjectData.RangeInterp*ObjectData.RangeInterp;%square of interpolation range (do not interpolate beyond this range)
1072end
1073
[1121]1074%% initiate Matlab  structure for physical field
[854]1075[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1076if ~isempty(errormsg)
1077    return
1078end
1079
1080%% reproduce initial plane position and angle
1081if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
1082    if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
[864]1083        if isfield(ProjData,'.PlaneCoord') && ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
[854]1084            errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
1085            return
1086        end
1087    else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
[1110]1088        ProjData.ProjObjectCoord=FieldData.PlaneCoord;
[854]1089    end
1090    if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
1091        if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
1092            if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1093                errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
1094                return
1095            end
1096        else
[1116]1097            ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
[854]1098        end
1099    end
1100end
1101ProjData.NbDim=2;
1102ProjData.ListVarName={};
1103ProjData.VarDimName={};
1104ProjData.VarAttribute={};
1105if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
1106    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1107elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1108    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1109end
[935]1110%error=0;%default
1111%flux=0;
[854]1112
1113%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
[1024]1114
[854]1115[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
1116
1117if ~isempty(errormsg)
1118    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1119    return
1120end
[1024]1121
[854]1122check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
[1045]1123ProjMode=num2cell(blanks(numel(CellInfo)));
1124ProjMode=regexprep(ProjMode,' ',ObjectData.ProjMode);
[1024]1125icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
[1095]1126icell_scattered=[];% field cell index which defines fields with scattered coordinates
[1115]1127% for icell=1:numel(CellInfo)
1128%     if strcmp(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')&& ~strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1129%         errormsg='ProjMode interp_tps needed ';
1130%         return
1131%     end
1132% end
[1072]1133if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')
[854]1134    %% case of a grid requested by the input field
1135    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1136        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
1137            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
[1100]1138                case 'interp_lin'
1139                    ProjMode{icell}='interp_lin';
[854]1140                case 'interp_tps'
1141                    ProjMode{icell}='interp_tps';
1142            end
1143        end
1144        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1145            check_grid(icell)=1;
1146        end
[1024]1147        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid') && NbDimArray(icell)>=2
[854]1148            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
1149                icell_grid=icell;
1150                ProjMode{icell}='projection';
1151            end
1152            check_grid(icell)=1;
[1095]1153        elseif strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
1154            icell_scattered=icell;
[854]1155        end
1156    end
[1072]1157    if ~isempty(find(check_grid,1))% if a grid is requested by the input field
[854]1158        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
1159            if ~isfield(FieldData,'XMax')
1160                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
1161            end
1162        end
1163    end
[1072]1164else
1165    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
1166    if ~testYMin
1167        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return% %%%%%%%%%%%%%%%%        A REVOIR
1168
1169    end
1170    if ~testYMax
1171        errormsg='max Y value not defined for the projection grid';return
1172    end
1173    if ~testXMin
1174        errormsg='min X value not defined for the projection grid';return
1175    end
1176    if ~testXMax
1177        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
1178    end
[854]1179end
[1072]1180if ~isempty(find(check_grid,1))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
[854]1181    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1182        AYName='coord_y';
1183        AXName='coord_x';
[1077]1184        if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%||strcmp(ObjectData.Type,'plane')
[854]1185            ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1186            ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
1187            coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
1188            coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
1189        else
1190            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1191            ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
1192            coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
1193            coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
1194        end
1195        [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
[890]1196        ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
[854]1197    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
1198        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
1199        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1200        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
[890]1201        AYDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%
1202        AXDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%
[1060]1203        ProjData.VarDimName={AYDimName,AXDimName};
[854]1204        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
1205        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
1206    end
[1094]1207    ProjData.ListVarName={AYName,AXName};   
[1045]1208    ProjData.VarAttribute{1}.Role='coord_y';
1209    ProjData.VarAttribute{2}.Role='coord_x';
[1096]1210    YAttribute=[];
1211    XAttribute=[];
[1095]1212    if ~isempty(icell_grid)
[1094]1213            YAttribute=FieldData.VarAttribute{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};
1214        XAttribute=FieldData.VarAttribute{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};
[1095]1215    elseif ~isempty(icell_scattered)
1216        NbDim=NbDimArray(icell_scattered);
1217        YAttribute=FieldData.VarAttribute{CellInfo{icell_scattered}.CoordIndex(NbDim-1)};
1218        XAttribute=FieldData.VarAttribute{CellInfo{icell_scattered}.CoordIndex(NbDim)};
1219    end
[1094]1220    if ~testangle
1221        if isfield(YAttribute,'units')
1222            ProjData.VarAttribute{1}.units=YAttribute.units;
1223        end
1224         if isfield(XAttribute,'units')
1225            ProjData.VarAttribute{2}.units=XAttribute.units;
1226         end
1227    end
[854]1228end
[1060]1229
[854]1230%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1231% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
1232% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1233%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1234% icoord=0;
1235nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1236%nbvar=0;
1237vector_x_proj=[];
1238vector_y_proj=[];
1239for icell=1:length(CellInfo)
1240    NbDim=NbDimArray(icell);
1241    if NbDim<2
1242        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1243    end
[1100]1244%     if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest') && ~strcmp(CellInfo{icell}.ProjModeRequest,ProjMode{icell})
1245%         msgbox_uvmat('ERROR',['ProjMode ' CellInfo{icell}.ProjModeRequest ' needed'])
1246%         return
1247%     end
[1045]1248    VarIndex= CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
[854]1249    %dimensions
1250    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1251    if ischar(DimCell)
1252        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1253    end
1254    coord_z=0;%default
1255    ListVarName={};% initiate list of projected variables for cell # icell
1256    VarDimName={};% initiate coresponding list of dimensions for cell # icell
1257    VarAttribute={};% initiate coresponding list of var attributes  for cell # icell
1258    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
[1100]1259    check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1260    switch CellInfo{icell}.CoordType
[854]1261        case 'scattered'
1262            %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1263            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1264                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1265            end
[1045]1266            coord_x=FieldData.(CellInfo{icell}.XName);% initial x coordinates
1267            coord_y=FieldData.(CellInfo{icell}.YName);% initial y coordinates
[1094]1268           
[854]1269            if check3D
[1045]1270                coord_z=FieldData.(CellInfo{icell}.ZName);
[854]1271            end
1272           
1273            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1274            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1275            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1276            if check3D
1277                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1278            end
1279           
1280            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1281            if check3D &&  width > 0
1282                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1283                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1284                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
[1045]1285                for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex]
[854]1286                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1287                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1288                end
1289                coord_x=coord_x(indcut);
1290                coord_y=coord_y(indcut);
1291                coord_z=coord_z(indcut);
1292            end
1293           
1294            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
[1080]1295           
1296            Phi=PlaneAngle(3);
1297            if testangle
1298                if check3D
1299                    [coord_X,coord_Y]=rotate_vector(PlaneAngle,coord_x,coord_y,coord_z);
1300                else
1301                    coord_X=coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi);
1302                    coord_Y=-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi);
[1060]1303                end
[854]1304            else
1305                coord_X=coord_x;
1306                coord_Y=coord_y;
1307            end
1308           
1309            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1310            testin=ones(size(coord_X)); %default
1311            testbound=0;
1312            if testXMin
1313                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1314                testbound=1;
1315            end
1316            if testXMax
1317                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1318                testbound=1;
1319            end
1320            if testYMin
1321                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1322                testbound=1;
1323            end
1324            if testYMin
1325                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1326                testbound=1;
1327            end
1328            if testbound
1329                indcut=find(testin);
1330                if isempty(indcut)
1331                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1332                    return
1333                end
[1045]1334                for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex]
[854]1335                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1336                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1337                end
1338                coord_X=coord_X(indcut);
1339                coord_Y=coord_Y(indcut);
1340                if check3D
1341                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1342                end
1343            end
1344           
1345            % two cases of projection for scattered coordinates
1346            switch ProjMode{icell}
[1121]1347                case 'projection'% ptoject scattered data without interpolation
[854]1348                    nbvar=0;
1349                    %nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
[1045]1350                    for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex] %transfer variables to the projection plane
[854]1351                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1352                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1353                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1354                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1355                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1356                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1357                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1358                        end
1359                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1360                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1361                            VarDimName=[VarDimName DimCell];
1362                            nbvar=nbvar+1;
1363                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1364                                VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1365                            end
1366                        end
1367                    end
[1121]1368                case 'interp_lin'%interpolate scattered data on a regular grid
[854]1369                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1370                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1371                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
[1094]1372                        if isempty(indsel)
1373                            errormsg='bad projection plane: no data found in the projection domain';
1374                            return
1375                        end
[854]1376                        coord_X=coord_X(indsel);
1377                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1378                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1379                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1380                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1381                        end
1382                    end
1383                    % interpolate and calculate field on the grid
[1121]1384           
[854]1385                    [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1386                   
[895]1387                    % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1388                    if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1389                        F=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_X,'nearest');
1390                        G=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_Y,'nearest');
1391                    else
1392                        F=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_X,'nearest');
1393                        G=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_Y,'nearest');
1394                    end
[888]1395                    Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1396                    Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1397                    Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
[912]1398                    if ~isempty(thresh2)
1399                        for ivar=1:numel(VarVal)
1400                            VarVal{ivar}(Dist>thresh2)=NaN;% % put to NaN interpolated positions further than 4 meshes from initial data
1401                        end
1402                    end
[854]1403                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
[866]1404                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1405                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1406                        ListVarName={};% no new variable
1407                        VarAttribute={};
[854]1408                    else
1409                        VarDimName=cell(size(ListVarName));
1410                        for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1411                            ListVarName{ilist}=regexprep(ListVarName{ilist},'(.+','');
1412                            if ~isempty(find(strcmp(ListVarName{ilist},ProjData.ListVarName)))
1413                                ListVarName{ilist}=[ListVarName{ilist} '_1'];
1414                            end
1415                            ProjData.(ListVarName{ilist})=VarVal{ilist};
1416                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1417                        end
1418                    end
[869]1419                    if isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&& isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
[1060]1420                        vector_x_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x; %preserve for next cell
1421                        vector_y_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y; %preserve for next cell
[869]1422                    end
[854]1423            end
1424           
1425        case 'tps'
1426            %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1427            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1428                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
[935]1429               
1430               
[854]1431                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1432                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
[936]1433                checkUV=0;
[1045]1434                if strcmp(CellInfo{icell}.VarType,'vector')
1435                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y}));
[936]1436                    checkUV=1;
[854]1437                end
[936]1438               
1439                %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
[1080]1440                Phi=PlaneAngle(3);
[1078]1441                if testangle && ~test90y && ~test90x %=1 for slanted plane
[1060]1442                    new_XI=XI *cos(Phi) - YI* sin(Phi)+ObjectData.Coord(1);
[936]1443                    YI=XI *sin(Phi) + YI *cos(Phi)+ObjectData.Coord(2);
1444                    XI=new_XI;
1445                end
1446               
[888]1447                % interpolate data using thin plate spline
[854]1448                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
[888]1449               
[895]1450                % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
[905]1451                Coord=permute(Coord,[1 3 2]);
1452                Coord=reshape(Coord,size(Coord,1)*size(Coord,2),2);
1453                if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1454                    F=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1455                    G=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1456                else
1457                    F=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1458                    G=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1459                end
1460                Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1461                Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1462                Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
[854]1463                ListVarName=(fieldnames(DataOut))';
1464                VarDimName=cell(size(ListVarName));
1465                for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1466                    VarName=ListVarName{ilist};
[912]1467                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
[854]1468                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
[912]1469                    if ~isempty(thresh2)
1470                        ProjData.(VarName)(Dist>thresh2)=NaN;% put to NaN interpolated positions further than RangeInterp from initial data
1471                    end
[854]1472                end
1473            end
1474           
1475        case 'grid'
1476            %% case of input fields defined on a structured  grid
1477            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1478            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1479            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1480            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
[1060]1481            % nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
[854]1482            if NbDim>=3
1483                if NbDim>3
1484                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1485                    return
1486                else
1487                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1488                        nbcolor=DimValue(3);
1489                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1490                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1491                    end
1492                end
1493            end
1494            Coord_z=[];
1495            Coord_y=[];
1496            Coord_x=[];
1497           
1498            if testangle
1499                ProjMode{icell}='interp_lin'; %request linear interpolation for projection on a tilted plane
1500            end
1501           
[1121]1502            if strcmp(ProjMode{icell},'projection')% project gridded data without interpolation
[854]1503                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1504                    ListVarName=[ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1505                    VarDimName=[VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)];
1506                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1507                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1508                    end
1509                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1510                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1511                    for ivar=VarIndex
1512                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1513                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1514                    end
1515                else
1516                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1517                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1518                    if NbDim==3
1519                        Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});
1520                    end
[954]1521                    if numel(Coord{NbDim-1})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
[854]1522                        DY=(Coord{NbDim-1}(2)-Coord{NbDim-1}(1))/(DimValue(1)-1);
1523                    end
[954]1524                    if numel(Coord{NbDim})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
[854]1525                        DX=(Coord{NbDim}(2)-Coord{NbDim}(1))/(DimValue(2)-1);
1526                    end
1527                    if testYMax
[1060]1528                        YIndexMax=(YMax-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
[854]1529                        if testYMin%test_direct(indY)
1530                            YIndexMin=(YMin-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1531                        else
1532                            YIndexMin=1;
[1060]1533                        end
[854]1534                    else
[954]1535                        YIndexMax=numel(Coord{NbDim-1});
[854]1536                        YIndexMin=1;
1537                    end
1538                    if testXMax
[1060]1539                        XIndexMax=(XMax-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
[854]1540                        if testYMin%test_direct(indY)
1541                            XIndexMin=(XMin-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1542                        else
1543                            XIndexMin=1;
[1060]1544                        end
[854]1545                    else
[954]1546                        XIndexMax=numel(Coord{NbDim});
[854]1547                        XIndexMin=1;
1548                    end
1549                    YIndexRange(1)=ceil(min(YIndexMin,YIndexMax));%first y index to select from the previous field
1550                    YIndexRange(1)=max(YIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1551                    YIndexRange(2)=floor(max(YIndexMin,YIndexMax));%last y index to select from the previous field
1552                    YIndexRange(2)=min(YIndexRange(2),DimValue(NbDim-1));% limit to the last available index
1553                    XIndexRange(1)=ceil(min(XIndexMin,XIndexMax));%first x index to select from the previous field
1554                    XIndexRange(1)=max(XIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1555                    XIndexRange(2)=floor(max(XIndexMin,XIndexMax));%last x index to select from the previous field
1556                    XIndexRange(2)=min(XIndexRange(2),DimValue(NbDim));% limit to the last available index
1557                    if test90y
1558                        ind_new=[3 2 1];
1559                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1560                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1561                        for ivar=VarIndex
1562                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1563                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1564                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1565                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1566                            ProjData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),ind_new);% permute x and z indices for 90 degree rotation
1567                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1568                        end
1569                        ProjData.(AYName)=[Ybound(1) Ybound(2)]; %record the new (projected ) y coordinates
1570                        ProjData.(AXName)=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)]; %record the new (projected ) x coordinates
1571                    else
1572                        if NbDim==3
1573                            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(numel(Coord{1})-1);
1574                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1575                            DimValue(1)=[];
1576                            test_direct=1;%TOdo; GENERALIZE, SEE CASE OF points
1577                            if test_direct(1)
1578                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1579                            else
1580                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1581                            end
1582                        end
1583                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1584                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1585                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1586                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1587                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1588                                VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1589                            end
1590                            if NbDim==3
1591                                ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end)));
1592                            else
1593                                ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName)(YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end),:);
1594                            end
1595                        end
1596                        if testXMax
[1060]1597                            ProjData.(AXName)=Coord{NbDim}(1)+DX*(XIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
[854]1598                        else
[1060]1599                            ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
[854]1600                        end
1601                        if testYMax
1602                            ProjData.(AYName)=Coord{NbDim-1}(1)+DY*(YIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1603                        else
[1060]1604                            ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1605                        end
[854]1606                    end
1607                end
[1121]1608            else       % project gridded data with interpolation on a grid
[854]1609                if NbDim==2 %2D case
1610                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1611                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1612                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1613                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1614                        test_interp_tps=1;
1615                    else
1616                        test_interp_tps=0;
1617                    end
1618                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1619                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1620                    if ~(testXMin && testYMin)% % if the range of the projected coordinates is not fully defined by the projection object, find the extrema of the projected field
1621                        xcorner=[min(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) min(Coord{NbDim})]-ObjectData.Coord(1,1);% corner absissa of the original grid with respect to the new origin
1622                        ycorner=[min(Coord{NbDim-1}) min(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1})]-ObjectData.Coord(1,2);% corner ordinates of the original grid
1623                        xcor_new=xcorner*cos(PlaneAngle(3))+ycorner*sin(PlaneAngle(3));%coordinates of the corners in new frame
1624                        ycor_new=-xcorner*sin(PlaneAngle(3))+ycorner*cos(PlaneAngle(3));
1625                        if ~testXMin
1626                            XMin=min(xcor_new);
1627                        end
1628                        if ~testXMax
1629                            XMax=max(xcor_new);
1630                        end
1631                        if ~testYMin
1632                            YMin=min(ycor_new);
1633                        end
1634                        if ~testYMax
1635                            YMax=max(ycor_new);
1636                        end
1637                    end
1638                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1639                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1640                    ProjData.(AYName)=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)]; %record the new (projected ) y coordinates
1641                    ProjData.(AXName)=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)]; %record the new (projected ) x coordinates
1642                    [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
[1062]1643                    XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(1))-YI*sin(PlaneAngle(1));%corresponding coordinates in the original system
1644                    YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(1))+YI*cos(PlaneAngle(1));
[1060]1645                   
[1057]1646                    if numel(Coord{1})==2% x coordinate defined by its bounds, get the whole set
[854]1647                        Coord{1}=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(1));
1648                    end
1649                    if numel(Coord{2})==2% y coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1650                        Coord{2}=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(2));
1651                    end
1652                    [X,Y]=meshgrid(Coord{2},Coord{1});%initial coordinates
[1094]1653
[854]1654                    % project all variables in the cell
1655                    for ivar=VarIndex
1656                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1657                        if size(FieldData.(VarName),3)==1
1658                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,'*linear');%interpolation fct
1659                        else
1660                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,1)),XI,YI,'*linear');
1661                            for icolor=2:size(FieldData.(VarName),3)% project 'color' components
[1060]1662                                ProjData.(VarName)=cat(3,ProjData.(VarName),interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,icolor)),XI,YI,'*linear'));
[854]1663                            end
1664                        end
1665                        if isa(FieldData.(VarName),'uint8')
1666                            ProjData.(VarName)=uint8(ProjData.(VarName));%put result to integer 8 bits if the initial field is integer (image)
1667                        elseif isa(FieldData.(VarName),'uint16')
1668                            ProjData.(VarName)=uint16(ProjData.(VarName));%put result to integer 16 bits if the initial field is integer (image)
1669                        end
1670                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1671                        DimCell(1:2)={AYName,AXName};
1672                        VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1673                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1674                            VarAttribute{length(ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
[1072]1675                        end
[854]1676                    end
[1072]1677                elseif ~testangle % 3Dcase without change of angle
[854]1678                    % unstructured z coordinate
1679                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1680                    iz_sup=find(test_sup);
1681                    iz=iz_sup(1);
1682                    if iz>=1 & iz<=npz
1683                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1684                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1685                        for ivar=VarIndex
1686                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1687                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1688                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
[866]1689                            ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
[854]1690                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1691                            if test_interp(2) || test_interp(3)
[866]1692                                ProjData.(VarName)=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.(VarName),Coord_x,Coord_y);
[854]1693                            end
1694                        end
1695                    end
[1060]1696                else   %projection of structured coordinates on oblique plane
[954]1697                    % determine the boundaries of the projected field,
1698                    % first find the 8 summits of the initial volume in the
[1080]1699%                     PlaneAngle=[0 0 0];% default
1700%                     PlaneAngle(1:numel(ObjectData.Angle))=ObjectData.Angle*pi/180;
[954]1701                    % new coordinates
1702                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});%initial z coordinates
1703                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});%initial y coordinates
1704                    Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});%initial x coordinates
[1080]1705                    coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):InterpMesh:ObjectData.RangeX(2);% set of coordinates in the projection plane
1706                    coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):InterpMesh:ObjectData.RangeY(2);
1707                    %coord_z_proj=-floor(ObjectData.RangeInterp/InterpMesh):InterpMesh:floor(ObjectData.RangeInterp/InterpMesh);
1708                    M=rodrigues(ObjectData.Angle);
1709                    [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);
1710                    XI_proj=M(1,1)*XI+M(2,1)*YI+ObjectData.Coord(1,1);
1711                    YI_proj=M(2,1)*XI+M(2,2)*YI+ObjectData.Coord(1,2);
1712                    ZI_proj=M(3,1)*XI+M(3,2)*YI+ObjectData.Coord(1,3);
[954]1713                    for ivar=VarIndex
[1060]1714                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1715                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1716                        VarDimName=[VarDimName {{'coord_y','coord_x'}}];
1717                        VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
[1072]1718                        FieldData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),[2 3 1]); %coordinate permutation needed to use interp3
1719                        indexnan=isnan(FieldData.(VarName));
1720                        FieldData.(VarName)(indexnan)=0;%set to zero the undefined values
[1060]1721                        ProjData.coord_x=coord_x_proj;
1722                        ProjData.coord_y=coord_y_proj;
[1080]1723                        ProjData.(VarName)=interp3(Coord{3},Coord{2},Coord{1},double(FieldData.(VarName)),XI_proj,YI_proj,ZI_proj,'*linear');
1724                        ProjData.(VarName)=nanmean(ProjData.(VarName),3);
[1060]1725                        ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName));
[954]1726                    end
[854]1727                end
1728            end
1729    end
1730    % update the global list of projected variables:
1731    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListVarName];
1732    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1733    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1734   
1735    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1736    if testangle
1737        ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1738        for ivar=1:numel(VarAttribute)
1739            if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
1740                if strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
1741                    ivar_U=ivar;
1742                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
1743                    ivar_V=ivar;
1744                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_z')
1745                    ivar_W=ivar;
1746                end
1747            end
1748        end
1749        if ~isempty(ivar_U)
1750            if isempty(ivar_V)
1751                msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1752                return
1753            else
1754                UName=ListVarName{ivar_U};
1755                VName=ListVarName{ivar_V};
[1080]1756                if check3D
[1060]1757                    UValue=cos(PlaneAngle(1))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(1))*ProjData.(VName);
1758                    ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(1))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(1))*ProjData.(VName));
1759                else
1760                    UValue=cos(PlaneAngle(1))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(1))*ProjData.(VName);
1761                    ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(1))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(1))*ProjData.(VName));
1762                end
[933]1763                ProjData.(UName)=UValue;
[854]1764                if ~isempty(ivar_W)
1765                    WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
[933]1766                    VValue=ProjData.(VName)+ ProjData.(WName)*sin(Theta);%
[866]1767                    ProjData.(WName)=NormVec_X*ProjData.(UName)+ NormVec_Y*ProjData.(VName)+ NormVec_Z* ProjData.(WName);
[933]1768                    ProjData.(VName)=VValue;
[854]1769                end
1770            end
1771        end
1772    end
1773end
1774
1775%-----------------------------------------------------------------
1776%projection in a volume
1777function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1778
1779%-----------------------------------------------------------------
[1121]1780ProjData=[];%default output
[854]1781
1782%% axis origin
1783if isempty(ObjectData.Coord)
1784    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1785    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1786    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1787end
1788
1789%% rotation angles
1790VolumeAngle=[0 0 0];
1791norm_plane=[0 0 1];
1792if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1793    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1794    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1795    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1796    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1797    cos_om=cos(pi*om/180);
1798    sin_om=sin(pi*om/180);
1799    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1800    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1801    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1802    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1803    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1804end
1805testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1806
1807%% mesh sizes DX, DY, DZ
1808DX=0;
1809DY=0; %default
1810DZ=0;
[1121]1811ProjMode=ObjectData.ProjMode;
1812if isfield(ObjectData,'DX')&&~isempty(ObjectData.DX)
[854]1813     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1814end
[1121]1815if isfield(ObjectData,'DY')&&~isempty(ObjectData.DY)
[854]1816     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1817end
[1121]1818if isfield(ObjectData,'DZ')&&~isempty(ObjectData.DZ)
[854]1819     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1820end
1821if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1822        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1823        return
1824end
1825
1826%% extrema along each axis
1827testXMin=0;
1828testXMax=0;
1829testYMin=0;
1830testYMax=0;
1831if isfield(ObjectData,'RangeX')
1832        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1833        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1834        testXMin=XMax>XMin;
1835        testXMax=1;
1836end
1837if isfield(ObjectData,'RangeY')
1838        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1839        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1840        testYMin=YMax>YMin;
1841        testYMax=1;
1842end
1843width=0;%default width of the projection band
1844if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1845        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1846        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1847        testZMin=ZMax>ZMin;
1848        testZMax=1;
1849end
1850
1851%% initiate Matlab  structure for physical field
1852[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1853if ~isempty(errormsg)
1854    return
1855end
1856
1857ProjData.NbDim=3;
1858ProjData.ListVarName={};
1859ProjData.VarDimName={};
1860if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1861    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1862elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1863    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1864end
1865
1866error=0;%default
1867flux=0;
1868testfalse=0;
1869ListIndex={};
1870
1871%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1872%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1873%-----------------------------------------------------------------
1874idimvar=0;
[1121]1875
1876[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
[854]1877% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1878% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1879ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1880icoord=0;
1881nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1882nbvar=0;
[1121]1883for icell=1:length(CellInfo)
1884    NbDim=NbDimArray(icell);
[854]1885    if NbDim<3
1886        continue
1887    end
[1121]1888    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1889    VarType=CellInfo{icell}.VarType;
[854]1890    ivar_X=VarType.coord_x;
[1121]1891    ivar_Y=VarType.coorCeld_y;
[854]1892    ivar_Z=VarType.coord_z;
1893    ivar_U=VarType.vector_x;
1894    ivar_V=VarType.vector_y;
1895    ivar_W=VarType.vector_z;
1896    ivar_C=VarType.scalar ;
1897    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1898    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1899    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1900    ivar_F=VarType.warnflag;
1901    ivar_FF=VarType.errorflag;
[1121]1902    %check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
[854]1903    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1904    if ischar(DimCell)
1905        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1906    end
1907
1908%% case of input fields with unstructured coordinates
[1121]1909    if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
[854]1910        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1911        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
[1121]1912        coord_x=FieldData.(XName);
1913        coord_y=FieldData.(YName);
[854]1914        if length(ivar_Z)==1
1915            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
[1121]1916            coord_z=FieldData.(ZName);
[854]1917        end
1918        % translate  initial coordinates
1919        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1920        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1921        if ~isempty(ivar_Z)
1922            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1923        end
1924       
1925        % selection of the vectors in the projection range
1926%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1927%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1928%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1929%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1930%             for ivar=VarIndex
1931%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1932%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1933%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1934%             end
1935%             coord_x=coord_x(indcut);
1936%             coord_y=coord_y(indcut);
1937%             coord_z=coord_z(indcut);
1938%         end
1939
1940       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1941       if testangle
1942           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1943           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1944           if ~isempty(ivar_Z)
1945               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1946           end
1947           
1948           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1949           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1950           
1951       else
1952           coord_X=coord_x;
1953           coord_Y=coord_y;
1954           coord_Z=coord_z;
1955       end
1956        %restriction to the range of x and y if imposed
1957        testin=ones(size(coord_X)); %default
1958        testbound=0;
1959        if testXMin
1960            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1961            testbound=1;
1962        end
1963        if testXMax
1964            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1965            testbound=1;
1966        end
1967        if testYMin
1968            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1969            testbound=1;
1970        end
1971        if testYMax
1972            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1973            testbound=1;
1974        end
1975        if testbound
1976            indcut=find(testin);
1977            for ivar=VarIndex
1978                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1979                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1980            end
1981            coord_X=coord_X(indcut);
1982            coord_Y=coord_Y(indcut);
1983            if length(ivar_Z)==1
1984                coord_Z=coord_Z(indcut);
1985            end
1986        end
1987        % different cases of projection
1988        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1989            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1990                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1991                if ivar==ivar_X %x coordinate
[1121]1992                    ProjData.(VarName)=coord_X;
[854]1993                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
[1121]1994                    ProjData.(VarName)=coord_Y;
[854]1995                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
[1121]1996                    ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
[854]1997                end
1998                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1999                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2000                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
2001                    nbvar=nbvar+1;
2002                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2003                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2004                    end
2005                end
2006            end 
2007        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
2008            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
2009            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
2010            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
2011            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2012            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2013            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
2014            nbcoord=2; 
2015            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
2016            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
2017            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
2018            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
2019            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
2020            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
2021            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
2022            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
2023            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
2024            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
2025            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
2026            if ~isequal(ivar_FF,0)
2027                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
2028                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
2029                coord_X=coord_X(indsel);
2030                coord_Y=coord_Y(indsel);
2031            end
2032            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
2033            testFF=0;
2034            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
2035            for ivar=VarIndex
2036                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2037                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
2038                    ivar_new=ivar_new+1;
2039                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
2040                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2041                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2042                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2043                    end
2044                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
2045                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
2046                    end
2047                    % linear interpolation
2048                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
2049                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
2050%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
2051%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
2052%                     indnan=find(FFlag);
2053%                     if ~isempty(indnan)
2054%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
2055%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
2056%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
2057%                         testFF=1;
2058%                     end
2059                    if ivar==ivar_U
2060                        ivar_U=ivar_new;
2061                    end
2062                    if ivar==ivar_V
2063                        ivar_V=ivar_new;
2064                    end
2065                    if ivar==ivar_W
2066                        ivar_W=ivar_new;
2067                    end
2068                end
2069            end
2070            if testFF
2071                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
2072                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
2073               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2074                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
2075            end
2076        end
2077       
2078%% case of input fields defined on a structured  grid
2079    else
2080        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
2081        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
2082        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
2083        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
2084        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
2085        if NbDim>=3
2086            if NbDim>3
2087                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
2088                return
2089            else
2090                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
2091                    nbcolor=DimValue(3);
2092                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
2093                    NbDim=2;% space dimension set to 2
2094                end
2095            end
2096        end
2097        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
2098        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
2099        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
2100        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
2101        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
2102        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
2103        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
2104
2105%         for idim=1:length(ListDimName)
2106%             DimName=ListDimName{idim};
2107%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
2108%                nbcolor=DimValue(idim);
2109%                DimValue(idim)=[];
2110%             end
2111%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
2112%                 DimValue(idim)=[];
2113%             end
2114%         end 
2115        Coord_z=[];
2116        Coord_y=[];
2117        Coord_x=[];   
2118
2119        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
2120            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
2121            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
2122            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
2123                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
2124                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
2125                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
2126                else
2127                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
2128                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
2129                    DCoord_max=max(DCoord);
2130                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
2131                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
2132                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
2133                                return
2134                    end               
2135                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
2136                end
2137                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
2138            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
2139                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
2140                DCoord_min(idim)=1;%default
2141                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
2142                test_direct(idim)=1;
2143            end
2144        end
2145        if DY==0
2146            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
2147        end
2148        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
2149        if DX==0
2150            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
2151        end
2152        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
2153        for idim=1:NbDim
2154            if test_interp(idim)
2155                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
2156            end
2157        end       
2158        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
2159        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
2160        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
2161        test_direct_x=test_direct(NbDim);
2162        DAX=DCoord_min(NbDim);
2163        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
2164        minAX=min(Coord_x);
2165        maxAX=max(Coord_x);
2166        minAY=min(Coord_y);
2167        maxAY=max(Coord_y);
2168        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
2169        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
2170        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
2171        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
2172        if ~testXMax
2173            XMax=max(xcor_new);
2174        end
2175        if ~testXMin
2176            XMin=min(xcor_new);
2177        end
2178        if ~testYMax
2179            YMax=max(ycor_new);
2180        end
2181        if ~testYMin
2182            YMin=min(ycor_new);
2183        end
2184        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
2185        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
2186        if DX==0
2187            DX=DXinit;
2188        end
2189        if DY==0
2190            DY=DYinit;
2191        end
2192        if NbDim==3
2193            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2194            if ~test_direct(1)
2195                DZ=-DZ;
2196            end
2197            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2198            test_direct_z=test_direct(1);
2199        end
2200        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2201        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2202        if test_direct_y
2203            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2204        else
2205            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2206        end
2207        if test_direct_x
2208            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2209        else
2210            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2211        end
2212       
2213        % case with no rotation and interpolation
2214        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2215            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2216                ProjData=FieldData;
2217            else
2218                indY=NbDim-1;
2219                if test_direct(indY)
2220                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2221                    YIndexFirst=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2222                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2223                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(YIndexFirst-1);
2224                else
2225                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2226                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2227                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2228                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2229                end   
2230                if test_direct(NbDim)==1
2231                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2232                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2233                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2234                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2235                else
2236                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2237                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2238                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2239                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2240                end
2241                if NbDim==3
2242                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2243                    DimValue(1)=[];
2244                                        %structured coordinates
2245                    if test_direct(1)
2246                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2247                    else
2248                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2249                    end
2250                end
2251                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2252                min_indx=max(min_indx,1);
2253                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2254                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2255                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2256                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2257                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2258                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2259                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2260                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2261                    end
2262                    if NbDim==3
2263                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2264                    else
2265                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2266                    end
2267                end 
2268                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2269                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2270            end
2271        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2272            if NbDim==2 %2D case
2273                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2274                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2275                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2276                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2277                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2278                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2279                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2280                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2281                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2282                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2283                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2284                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2285                    test_interp_tps=1;
2286                else
2287                    test_interp_tps=0;
2288                end
[1121]2289                ProjData.(AYName)=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)]; %record the new (projected ) y coordinates
2290                ProjData.(AXName)=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)]; %record the new (projected ) x coordinates
[854]2291                for ivar=VarIndex
2292                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2293                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2294                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2295                    end
2296                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2297                    if test_interp_tps 
2298                         Aclass=class(FieldData.A);
2299                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2300                         if ~isequal(Aclass,'double')
2301                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2302                         end
2303                    end
2304                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2305                    %ind_in=find(flagin);
2306                    ind_out=find(~flagin);
2307                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2308                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2309                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2310                    for icolor=1:nbcolor
2311                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2312                    end
2313                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2314                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2315                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2316                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2317                    end     
2318                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2319                end
[937]2320                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga ant???rieur 
[854]2321                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2322                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2323                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2324            else %3D case
2325                if ~testangle     
2326                    % unstructured z coordinate
2327                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2328                    iz_sup=find(test_sup);
2329                    iz=iz_sup(1);
2330                    if iz>=1 & iz<=npz
2331                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2332                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2333                        for ivar=VarIndex
2334                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2335                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2336                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2337                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2338                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2339                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2340                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2341                            end
2342                        end
2343                    end
2344                else
[954]2345                    RotMatrix=rodrigues(om);
2346                   
[854]2347                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2348                    %TODO: use interp3
2349                    return
2350                end
2351            end
2352        end
2353    end
2354
2355    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2356    if testangle
2357        if isempty(ivar_V)
[1121]2358            errormsg='v velocity component missing in proj_field.m';
[854]2359            return
2360        end
2361        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2362        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2363        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2364        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2365        if ~isempty(ivar_W)
2366            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2367            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2368            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2369        end
2370        if ~isequal(Psi,0)
2371            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2372            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2373        end
2374    end
2375end
[1121]2376if isempty(ProjData.ListVarName)
2377    errormsg='input field is not 3D, no volume projection';
2378    ProjData=[];
2379end
[854]2380
2381%------------------------------------------------------------------------
2382%--- transfer the global attributes
2383function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2384%------------------------------------------------------------------------
2385ProjData=[];%default
2386errormsg='';%default
2387
2388%% transfer error
2389if isfield(FieldData,'Txt')
2390    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2391    return;
2392end
2393
2394%% transfer global attributes
2395if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2396    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2397else
2398    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2399end
2400for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2401    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2402    if isfield(FieldData,AttrName)
2403        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2404    end
2405end
2406
2407%% transfer coordinate unit
2408if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2409    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2410end
2411if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2412    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2413        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2414        return
2415    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2416         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2417    end
2418end
2419
2420%% store the properties of the projection object
2421ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2422for ilist=1:length(ListObject)
2423    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2424        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2425        if ~isempty(val)
2426            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2427            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2428        end
2429    end   
2430end
2431
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.