source: trunk/src/proj_field.m @ 230

Last change on this file since 230 was 227, checked in by sommeria, 14 years ago

add function sub_field_series to apply the sub_field operation to a series of fileds (for instance subtracting a background to an image series)

File size: 102.6 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84%% case of no projection (object is used only as graph display)
85if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
86    ProjData=[];
87    return
88end
89
90%% in the absence of object Style or projection mode, or object coordinaes, the input field is just tranfered without change
91if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
92    ProjData=FieldData;
93    return
94end
95if ~isfield(ObjectData,'Coord')
96    if strcmp(ObjectData.Style,'plane')
97        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
98    else
99        ProjData=FieldData;
100        return
101    end
102end
103       
104%% OBSOLETE
105if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
106    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
107end
108if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
109    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
110end
111if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
112    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
113end
114if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
115    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
116end
117if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
118    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
119end
120if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
121    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
122end
123%%%%%%%%%%
124
125%% apply projection depending on the object style
126switch ObjectData.Style
127    case 'points'
128    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
129    case {'line','polyline'}
130     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
131    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
132        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
133            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
134        else
135            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
136        end
137    case 'plane'
138            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
139    case 'volume'
140        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
141end
142
143%-----------------------------------------------------------------
144%project on a set of points
145function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
146%-------------------------------------------------------------------
147
148siz=size(ObjectData.Coord);
149width=0;
150if isfield(ObjectData,'Range')
151    width=ObjectData.Range(1,2);
152end
153if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
154    width=max(ObjectData.RangeX);
155end
156if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
157    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
158end
159if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
160    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
161end
162if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
163    if width==0
164        errormsg='projection range around points needed';
165        return
166    end
167elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
168    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
169        return
170end
171[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
172ProjData.NbDim=0;
173%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
174%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
175
176
177% idimvar=0;
178[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
179if ~isempty(errormsg)
180    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
181    return
182end
183%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
184% CellVarIndex=cells of variable index arrays
185% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
186% icoord=0;
187for icell=1:length(CellVarIndex)
188    if NbDim(icell)==1
189        continue
190    end
191    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
192    VarType=VarTypeCell{icell};
193    ivar_X=VarType.coord_x;
194    ivar_Y=VarType.coord_y;
195    ivar_Z=VarType.coord_z;
196%     ivar_U=VarType.vector_x;
197%     ivar_V=VarType.vector_y;
198%     ivar_W=VarType.vector_z;
199%     ivar_C=VarType.scalar ;
200    ivar_Anc=VarType.ancillary;
201%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
202    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
203    ivar_F=VarType.warnflag;
204    ivar_FF=VarType.errorflag;
205    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
206    if isempty(ivar_X)
207        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
208     
209    else
210        if length(ivar_X)>1 || length(ivar_Y)>1 || length(ivar_Z)>1
211                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
212                    return
213        end
214        if length(ivar_Y)~=1
215                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
216                return
217        end
218        test_grid=0;
219    end
220    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
221    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
222    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
223    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
224    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
225    for ivar=VarIndex       
226        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
227        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
228        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
229    end
230    if ~test_grid
231        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
232        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
233        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
234        if length(ivar_Z)==1
235            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
236            test3D=1;
237        end
238        if length(ivar_F)>1 || length(ivar_FF)>1
239                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
240                    return
241        end     
242        for ipoint=1:siz(1)
243           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
244           distX=coord_x-Xpoint(1);
245           distY=coord_y-Xpoint(2);         
246           dist=distX.*distX+distY.*distY;
247           indsel=find(dist<width*width);
248           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
249           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
250           if isequal(length(ivar_FF),1)
251               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
252               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
253               %ind_indsel=find(~FF);
254               indsel=indsel(~FF);
255           end
256           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
257            for ivar=VarIndex
258               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
259               if isempty(indsel)
260                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
261               else
262                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
263                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
264                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
265                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
266                    end
267               end
268            end
269        end
270    else
271        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
272        %case of structured coordinates
273        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
274            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
275            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
276            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
277            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
278            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
279            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
280            npxy=size(A);
281
282% %             nbcolor=1; %default
283%             for idim=1:length(ListDimName)
284%                 DimName=ListDimName{idim};
285%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
286%                    nbcolor=npxy(idim);
287%                    DimIndices(idim)=[];
288%                    npxy(idim)=[];
289%                 end
290%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
291%                     DimIndices(idim)=[];
292%                     npxy(idim)=[];
293%                 end
294%             end 
295            ind_1=find(npxy==1);
296            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
297%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
298            %NbDim=length(DimIndices)%number of space dimensions
299            NbDim=numel(VarType.coord);
300            Coord_z=[];
301            Coord_y=[];
302            Coord_x=[];   
303            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
304                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
305                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
306                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
307                ivar=VarType.coord(idim);
308%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
309                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
310                    if numel(Coord{idim})==2
311                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
312                    else
313                        DCoord=diff(Coord{idim});
314                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
315                        DCoord_max=max(DCoord);
316                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
317                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
318                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
319                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
320                                    return
321                        end               
322                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
323                        test_coord(idim)=1;
324                    end
325%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
326%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
327%                     DCoord_min(idim)=1;%default
328%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
329%                     test_direct(idim)=1;
330%                 end
331            end
332            DX=DCoord_min(2);
333            DY=DCoord_min(1);
334            for ipoint=1:siz(1)
335                xwidth=width/(abs(DX));
336                ywidth=width/(abs(DY));
337                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
338                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
339                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
340                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
341                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
342                j_min=max(1,j_min);
343                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
344                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
345                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
346                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
347                i_int=(i_min:i_plus);
348                j_int=(j_min:j_plus);
349                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
350                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
351                   for ivar=VarIndex   
352                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
353                   end
354                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
355                else
356                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
357                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
358                    for ivar=VarIndex   
359                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
360                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
361                    end
362                end
363            end
364        end
365   end
366end
367
368%-----------------------------------------------------------------
369%project in a patch
370function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
371%-------------------------------------------------------------------
372[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
373
374objectfield=fieldnames(ObjectData);
375widthx=0;
376widthy=0;
377if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
378    widthx=max(ObjectData.RangeX);
379end
380if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
381    widthy=max(ObjectData.RangeY);
382end
383
384%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
385ProjData.NbDim=1;
386ProjData.ListVarName={};
387ProjData.VarDimName={};
388ProjData.VarAttribute={};
389
390Mesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
391if isfield (FieldData,'VarAttribute')
392    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
393    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
394%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
395        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
396            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
397        end
398        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Mesh')
399            Mesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.Mesh;
400        end
401    end
402end
403
404%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
405testfalse=0;
406ListIndex={};
407% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
408idimvar=0;
409[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
410if ~isempty(errormsg)
411    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
412    return
413end
414
415%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
416dimcounter=0;
417for icell=1:length(CellVarIndex)
418    testX=0;
419    testY=0;
420    test_Amat=0;
421    testfalse=0;
422    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
423    VarType=VarTypeCell{icell};
424  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
425    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
426        continue
427    end
428    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
429    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
430    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
431    testproj(VarType.scalar)=1;
432    testproj(VarType.vector_x)=1;
433    testproj(VarType.vector_y)=1;
434    testproj(VarType.vector_z)=1;
435    testproj(VarType.image)=1;
436    testproj(VarType.color)=1;
437    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
438    if testX %case of unstructured coordinates
439         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
440         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
441               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
442            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
443         end
444         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
445         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
446         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
447         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
448    end
449    if testfalse
450        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
451        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
452    end
453    % image or 2D matrix
454    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
455        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
456        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
457        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
458        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
459        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
460        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
461        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
462       if length(AX)==2
463           AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
464       end
465       if length(AY)==2
466           AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
467       end
468%         for idim=1:length(DimValue)       
469%             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
470%             DCoord_min(idim)=1;%default
471%             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
472%             test_direct(idim)=1;
473%         end
474%         AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
475%         AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
476        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
477        if length(DimValue)==3
478            testcolor=1;
479            npxy(3)=3;
480        else
481            testcolor=0;
482            npxy(3)=1;
483        end
484        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
485        npxy(1)=length(AY);
486        npxy(2)=length(AX);
487        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
488        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
489        for ivar=1:length(VarIndex)
490            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
491            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
492        end
493    end
494%select the indices in the range of action
495    testin=[];%default
496    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
497%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
498%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
499%                 return
500%            end
501       if testX
502            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
503            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
504            testin=distX<widthx & distY<widthy;
505       elseif test_Amat
506           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
507           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
508           testin=distX<widthx & distY<widthy;
509       end
510    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
511        if testX
512            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
513        elseif test_Amat
514           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
515       else%calculate the scalar
516           testin=[]; %A REVOIR
517       end
518    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
519       X2Max=widthx*widthx;
520       Y2Max=(widthy)*(widthy);
521       if testX
522            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
523            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
524            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
525       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
526           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
527           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
528           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
529       end
530    end
531    %selected indices
532    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
533            testin=~testin;
534    end
535    if testfalse
536        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
537    end
538    indsel=find(testin);
539    for ivar=VarIndex
540        if testproj(ivar)
541            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
542            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
543            eval(['ProjData.' VarName 'Min=min(min(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
544            eval(['ProjData.' VarName 'Max=max(max(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
545            if isequal(Mesh(ivar),0)
546                eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % default histogram with 100 bins
547            else
548                eval(['ProjData.' VarName '=(ProjData.' VarName 'Min+Mesh(ivar)/2:Mesh(ivar):ProjData.' VarName 'Max);']); % list of bin values
549                eval(['ProjData.' VarName 'Histo=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),ProjData.' VarName ');']); % histogram at predefined bin positions
550            end
551            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
552            if test_Amat && testcolor
553                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
554            else
555               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'} {'nbpoint'} {'nbpoint'}];
556            end
557            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
558        end
559    end
560%     if test_Amat & testcolor
561%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
562%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
563%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
564%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
565%        ProjData.VarDimName
566%     end
567end
568
569
570%-----------------------------------------------------------------
571%project on a line
572% AJOUTER flux,circul,error
573function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
574%-----------------------------------------------------------------
575[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
576if ~isempty(errormsg)
577    return
578end
579ProjData.NbDim=1;
580%initialisation of the input parameters and defaultoutput
581ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
582if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
583ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
584if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
585width=0;%default width of the projection band
586if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
587    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
588end
589if isfield(ObjectData,'RangeY')
590    width=max(ObjectData.RangeY);
591end
592
593% default output
594errormsg=[];%default
595Xline=[];
596flux=0;
597circul=0;
598liny=ObjectData.Coord(:,2);
599siz_line=size(ObjectData.Coord);
600if siz_line(1)<2
601    return% line needs at least 2 points to be defined
602end
603testfalse=0;
604ListIndex={};
605
606%angles of the polyline and boundaries of action
607dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
608dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
609theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
610theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
611% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
612if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
613    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
614    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
615    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
616    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
617    for ip=2:siz_line(1)
618        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
619        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
620        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
621        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
622    end
623end
624
625%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
626[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
627if ~isempty(errormsg)
628    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
629    return
630end
631
632% loop on variable cells with the same space dimension
633ProjData.ListVarName={};
634ProjData.VarDimName={};
635for icell=1:length(CellVarIndex)
636    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
637    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
638    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
639        continue
640    end
641    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
642    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
643    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
644    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
645                                             %=0 for vector components, treated separately
646    testproj(VarType.scalar)=1;
647    testproj(VarType.image)=1;
648    testproj(VarType.color)=1;
649    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
650    if testU
651         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
652    end
653    %identify vector components   
654    if testU
655        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
656        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
657        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
658        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
659    end 
660    %identify error flag
661    if testfalse
662        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
663        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
664    end   
665    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
666    if testX
667        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
668            if width==0
669                errormsg='range of the projection object is missing';
670                return     
671            else
672                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
673            end
674        end
675        if ~isequal(ProjMode,'projection')
676            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
677                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
678            else
679                errormsg='DX missing';
680                return
681            end
682        end
683        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
684        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
685        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
686        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
687    end   
688    %initiate projection
689    for ivar=1:length(VarIndex)
690        ProjLine{ivar}=[];
691    end
692    XLine=[];
693    linelengthtot=0;
694
695%         circul=0;
696%         flux=0;
697  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
698   %case of unstructured coordinates
699    if testX   
700        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
701            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
702            %select the vector indices in the range of action
703            if testfalse
704                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
705            else
706                flagsel=ones(size(coord_x));
707            end
708            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
709                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
710                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
711                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
712                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
713            end
714            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
715            X_sel=coord_x(indsel);
716            Y_sel=coord_y(indsel);
717            nbvar=0;
718            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
719                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
720                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
721            end   
722            if testU
723                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
724                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
725            end
726            if isequal(ProjMode,'projection')
727                sintheta=sin(theta(ip));
728                costheta=cos(theta(ip));
729                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
730                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
731                for ivar=1:numel(ProjVar)
732                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
733                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
734                     end
735                end
736            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
737                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
738                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
739                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
740                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
741                for ivar=1:numel(ProjVar)
742                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
743                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
744                     end
745                end
746            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
747                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
748                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
749                siz=size(X_sel);
750                xregij=cos(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
751                yregij=sin(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
752                xij=X_sel*ones(1,npoint);
753                yij=Y_sel*ones(1,npoint);
754                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
755                norm=Aij'*ones(siz(1),1);
756                for ivar=1:numel(ProjVar)
757                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
758                        ProjVar{ivar}=Aij'*ProjVar{ivar}./norm;
759                     end
760                end             
761            end
762            %prolongate the total record
763            for ivar=1:numel(ProjVar)
764                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
765                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
766                  end
767            end
768            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
769            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
770            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
771            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
772        end
773        ProjData.X=XLine';
774        cur_index=1;
775        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
776        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
777        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
778        for iselect=1:numel(VarIndex)
779            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
780            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
781            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
782            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
783            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
784            if strcmp(ProjMode,'projection')
785                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
786            else
787                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
788            end
789        end
790   
791    %case of structured coordinates
792    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
793        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
794            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
795        else
796            test_Amat=1;%image or 2D matrix
797            test_interp2=0;%default
798%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
799            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
800            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
801            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
802            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
803            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
804            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
805            npxy=size(A);
806            npx=npxy(2);
807            npy=npxy(1);
808            if numel(AX)==2
809                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
810            else
811                DX_vec=diff(AX);
812                DX=max(DX_vec);
813                DX_min=min(DX_vec);
814                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
815                    test_interp2=1;
816                    DX=DX_min;
817                end   
818            end
819            if numel(AY)==2
820                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
821            else
822                DY_vec=diff(AY);
823                DY=max(DY_vec);
824                DY_min=min(DY_vec);
825                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
826                   test_interp2=1;
827                    DY=DY_min;
828                end     
829            end             
830            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
831            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
832            if isfield(ObjectData,'DX')
833                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
834            else
835                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
836            end
837            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
838            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
839            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
840            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
841            if isfield(FieldData,'RangeX')
842                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
843            else
844                XMin=0;
845            end
846            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
847            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
848            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
849            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
850            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
851            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
852            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
853            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
854            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
855            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
856            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
857            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
858            ind_in=find(flagin);
859            ind_out=find(~flagin);
860            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
861            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
862            nbcolor=1; %color images
863            if numel(npxy)==2
864                nbcolor=1;
865            elseif length(npxy)==3
866                nbcolor=npxy(3);
867            else
868                errormsg='multicomponent field not projected';
869                display(errormsg)
870                return
871            end
872            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
873            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
874            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
875            for ivar=VarIndex
876                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
877                if test_interp2% interpolate on new grid
878                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
879                end
880                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
881                if nbcolor==1
882                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
883                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
884                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
885                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
886                elseif nbcolor==3
887                    vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
888                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
889                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
890                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
891                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
892                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
893                end 
894                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
895                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
896                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
897            end
898            if testU
899                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
900                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
901                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
902                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
903            end
904            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
905            if nbcolor==3
906                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
907            end
908        end     
909    end
910end
911
912% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
913% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
914% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
915% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
916% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
917% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
918% %     else
919% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
920% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
921% %     end
922%
923% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
924
925
926%-----------------------------------------------------------------
927%project on a plane
928% AJOUTER flux,circul,error
929 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
930%-----------------------------------------------------------------
931
932%% initialisation of the input parameters of the projection plane
933ProjMode='projection';%direct projection by default
934if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
935
936%axis origin
937if isempty(ObjectData.Coord)
938    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
939    ObjectData.Coord(1,2)=0;
940    ObjectData.Coord(1,3)=0;
941end
942
943%rotation angles
944PlaneAngle=[0 0 0];
945norm_plane=[0 0 1];
946cos_om=1;
947sin_om=0;
948test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
949test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
950if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
951    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
952    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
953    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
954    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
955    cos_om=cos(om);
956    sin_om=sin(om);
957    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
958    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
959    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
960    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
961    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
962end
963testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
964
965% Phi=0;%default
966% Theta=0;
967% Psi=0;
968% if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
969%     Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
970% end
971% if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
972%     Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
973% end
974% if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
975%     Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
976% end
977
978%components of the unity vector normal to the projection plane
979% NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
980% NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
981% NormVec_Z=cos(Theta);
982
983%mesh sizes DX and DY
984DX=0;
985DY=0; %default
986if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
987     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
988end
989if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
990     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
991end
992if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
993        errormsg='DX or DY missing';
994        display(errormsg)
995        return
996end
997
998%extrema along each axis
999testXMin=0;
1000testXMax=0;
1001testYMin=0;
1002testYMax=0;
1003if isfield(ObjectData,'RangeX')
1004        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1005        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1006        testXMin=XMax>XMin;
1007        testXMax=1;
1008end
1009if isfield(ObjectData,'RangeY')
1010        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1011        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1012        testYMin=YMax>YMin;
1013        testYMax=1;
1014end
1015width=0;%default width of the projection band
1016if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1017        width=max(ObjectData.RangeZ);
1018end
1019
1020% initiate Matlab  structure for physical field
1021[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1022ProjData.NbDim=2;
1023ProjData.ListVarName={};
1024ProjData.VarDimName={};
1025if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1026    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1027elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1028    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1029end
1030
1031error=0;%default
1032flux=0;
1033testfalse=0;
1034ListIndex={};
1035
1036%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1037%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1038%-----------------------------------------------------------------
1039idimvar=0;
1040
1041[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1042if ~isempty(errormsg)
1043    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1044    return
1045end
1046
1047% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1048% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1049ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1050icoord=0;
1051nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1052nbvar=0;
1053for icell=1:length(CellVarIndex)
1054    NbDim=NbDimVec(icell);
1055    if NbDim<2
1056        continue
1057    end
1058    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1059    VarType=VarTypeCell{icell};
1060    ivar_X=VarType.coord_x;
1061    ivar_Y=VarType.coord_y;
1062    ivar_Z=VarType.coord_z;
1063    ivar_U=VarType.vector_x;
1064    ivar_V=VarType.vector_y;
1065    ivar_W=VarType.vector_z;
1066    ivar_C=VarType.scalar ;
1067    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1068    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1069    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1070    ivar_F=VarType.warnflag;
1071    ivar_FF=VarType.errorflag;
1072    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1073    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1074    if ischar(DimCell)
1075        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1076    end
1077   
1078    %% case of input fields with unstructured coordinates
1079    if testX
1080        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1081        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1082        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1083        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1084        if length(ivar_Z)==1
1085            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1086            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1087        end
1088       
1089        % translate  initial coordinates
1090        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1091        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1092        if ~isempty(ivar_Z)
1093            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1094        end
1095       
1096        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1097        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1098            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1099            fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1100            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1101            size(indcut)
1102            for ivar=VarIndex
1103                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1104                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1105                % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE
1106            end
1107            coord_x=coord_x(indcut);
1108            coord_y=coord_y(indcut);
1109            coord_z=coord_z(indcut);
1110        end
1111       
1112        %rotate coordinates if needed:
1113        if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1114            %             coord_X=coord_x;
1115            %             coord_Y=coord_y;
1116            %             if ~isequal(Theta,0)
1117            %                 coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1118            %             end
1119            %         else
1120            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1121            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1122            %         end
1123            %         if ~isempty(ivar_Z)
1124            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1125            %         end
1126            %         if testangle
1127            coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1128            coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1129        else
1130            coord_X=coord_x;
1131            coord_Y=coord_y;
1132        end
1133       
1134        %restriction to the range of x and y if imposed
1135        testin=ones(size(coord_X)); %default
1136        testbound=0;
1137        if testXMin
1138            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1139            testbound=1;
1140        end
1141        if testXMax
1142            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1143            testbound=1;
1144        end
1145        if testYMin
1146            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1147            testbound=1;
1148        end
1149        if testYMin
1150            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1151            testbound=1;
1152        end
1153        if testbound
1154            indcut=find(testin);
1155            for ivar=VarIndex
1156                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1157                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1158            end
1159            coord_X=coord_X(indcut);
1160            coord_Y=coord_Y(indcut);
1161            if length(ivar_Z)==1
1162                coord_Z=coord_Z(indcut);
1163            end
1164        end
1165        % different cases of projection
1166        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1167            %the list of dimension
1168            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1169            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1170            %length(coord_X)];
1171           
1172            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1173                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1174                if ivar==ivar_X %x coordinate
1175                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1176                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1177                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1178                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1179                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1180                end
1181                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1182                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1183                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1184                    nbvar=nbvar+1;
1185                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1186                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1187                    end
1188                end
1189            end
1190        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1191            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1192            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1193            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1194            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1195            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};
1196            nbcoord=2;
1197            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1198            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1199            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1200            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1201            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1202            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1203            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1204            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1205            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1206            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1207            if ~isequal(ivar_FF,0)
1208                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1209                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1210                coord_X=coord_X(indsel);
1211                coord_Y=coord_Y(indsel);
1212            end
1213            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1214            testFF=0;
1215            for ivar=VarIndex
1216                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1217                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)
1218                    ivar_new=ivar_new+1;
1219                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1220                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1221                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1222                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1223                    end
1224                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1225                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1226                    end
1227                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1228                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1229                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1230                    indnan=find(FFlag);
1231                    if~isempty(indnan)
1232                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1233                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1234                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1235                        testFF=1;
1236                    end
1237                    if ivar==ivar_U
1238                        ivar_U=ivar_new;
1239                    end
1240                    if ivar==ivar_V
1241                        ivar_V=ivar_new;
1242                    end
1243                    if ivar==ivar_W
1244                        ivar_W=ivar_new;
1245                    end
1246                end
1247            end
1248            if testFF
1249                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1250                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1251                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1252                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1253            end
1254        end
1255       
1256        %% case of input fields defined on a structured  grid
1257    else
1258        'TESTproj'
1259        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)}%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1260        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1261        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1262        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1263        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1264        if NbDim>=3
1265            if NbDim>3
1266                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1267                return
1268            else
1269                VarType.coord
1270                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1271                    nbcolor=DimValue(3);
1272                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1273                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1274                end
1275            end
1276        end
1277        testangle
1278        if testangle% TODO modify name also in case of origin shift in x or y
1279            AYName='Y';
1280            AXName='X';
1281            count=0;
1282            %modify coordinate names if they are already used
1283            while ~(isempty(find(strcmp('AXName',ProjData.ListVarName),1)) && isempty(find(strcmp('AYName',ProjData.ListVarName),1)))
1284                count=count+1;
1285                AYName=[AYName '_' num2str(count)];
1286                AXName=[AXName '_' num2str(count)];
1287            end
1288        else
1289            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)}%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1290            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)}%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1291        end
1292        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1293        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1294        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1295            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1296            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1297        Coord_z=[];
1298        Coord_y=[];
1299        Coord_x=[];
1300       
1301        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1302            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1303            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1304            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1305                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1306                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1307                    DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1308                else
1309                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1310                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1311                    DCoord_max=max(DCoord);
1312                    %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1313                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1314                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1315                        return
1316                    end
1317                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1318                end
1319                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1320            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1321                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1322                DCoord_min(idim)=1;%default
1323                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1324                test_direct(idim)=1;
1325            end
1326        end
1327        if DY==0
1328            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1329        end
1330        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1331        if DX==0
1332            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1333        end
1334        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1335        for idim=1:NbDim
1336            if test_interp(idim)
1337                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1338            end
1339        end
1340        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1341        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1342        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1343        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1344        DAX=DCoord_min(NbDim);
1345        DAY=DCoord_min(NbDim-1);
1346        minAX=min(Coord_x);
1347        maxAX=max(Coord_x);
1348        minAY=min(Coord_y);
1349        maxAY=max(Coord_y);
1350        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1351        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1352        xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1353        ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1354        if ~testXMax
1355            XMax=max(xcor_new);
1356        end
1357        if ~testXMin
1358            XMin=min(xcor_new);
1359        end
1360        if ~testYMax
1361            YMax=max(ycor_new);
1362        end
1363        if ~testYMin
1364            YMin=min(ycor_new);
1365        end
1366        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1367        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1368        if DX==0
1369            DX=DXinit;
1370        end
1371        if DY==0
1372            DY=DYinit;
1373        end
1374        if NbDim==3
1375            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1376            if ~test_direct(1)
1377                DZ=-DZ;
1378            end
1379            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1380            test_direct_z=test_direct(1);
1381        end
1382        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1383        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);
1384        if test_direct_y
1385            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1386        else
1387            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1388        end
1389        if test_direct_x
1390            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1391        else
1392            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1393        end
1394        % case with no rotation and interpolation
1395        if isequal(ProjMode,'projection') && ~testangle
1396            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
1397                ProjData=FieldData;
1398            else
1399                indY=NbDim-1;
1400                if test_direct(indY)
1401                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1402                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1403                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1404                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1405                else
1406                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1407                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1408                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1409                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1410                end
1411                if test_direct(NbDim)==1
1412                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1413                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1414                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1415                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1416                else
1417                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1418                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1419                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1420                   
1421                   
1422                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1423                end
1424                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1425                min_indx=max(min_indx,1);
1426
1427                if test90y
1428                    'TEST3D'
1429                    ind_new=[3 2 1];
1430                    DimCell=DimCell(ind_new);
1431                    DimValue=DimValue(ind_new);
1432                    DimCell(1)=[]; %suppress x variable
1433                    DimValue(1)=[];
1434                    iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1435                    for ivar=VarIndex
1436                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1437                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1438                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1439                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1440                        eval(['size(FieldData.' VarName ')'])
1441                        eval(['ProjData.' VarName '=permute(FieldData.' VarName ',ind_new)'])% permute x and z indices for 90 degree rotation
1442                        eval(['size(ProjData.' VarName ')'])
1443                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1444                    end
1445                    eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1446                    eval(['ProjData.' AXName '=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1447                else
1448                    if NbDim==3
1449                        DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1450                        DimValue(1)=[];
1451                        if test_direct(1)
1452                            iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1453                        else
1454                            iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1455                        end
1456                    end
1457                    max_indy=min(max_indy,DimValue(1));%introduce bounds in y and x indices
1458                    max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1459                    for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1460                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1461                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1462                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1463                        if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1464                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1465                        end
1466                        if NbDim==3
1467                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1468                        else
1469                            eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1470                        end
1471                    end
1472                    eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1473                    eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1474                end
1475            end
1476        else       % case with rotation and/or interpolation
1477            if NbDim==2 %2D case
1478                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1479                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1480                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1481                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1482                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1483                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1484                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1485                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1486                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1487                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1488                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1489                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1490                    test_filter=1;
1491                else
1492                    test_filter=0;
1493                end
1494                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1495                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1496                for ivar=VarIndex
1497                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1498                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid
1499                        eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1500                    end
1501                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1502                    if test_filter
1503                        Aclass=class(FieldData.A);
1504                        eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1505                        if ~isequal(Aclass,'double')
1506                            eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1507                        end
1508                    end
1509                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line
1510                    %ind_in=find(flagin);
1511                    ind_out=find(~flagin);
1512                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1513                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1514                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1515                    for icolor=1:nbcolor
1516                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1517                    end
1518                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1519                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1520                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1521                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1522                    end
1523                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1524                end
1525                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur
1526                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1527                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1528                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1529            elseif ~testangle
1530                % unstructured z coordinate
1531                test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1532                iz_sup=find(test_sup);
1533                iz=iz_sup(1);
1534                if iz>=1 & iz<=npz
1535                    %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1536                    %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1537                    for ivar=VarIndex
1538                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1539                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1540                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1541                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1542                        %TODO : do a vertical average for a thick plane
1543                        if test_interp(2) || test_interp(3)
1544                            eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1545                        end
1546                    end
1547                end
1548            else
1549                errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1550                %TODO: use interp3
1551                return
1552            end
1553        end
1554    end
1555   
1556    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1557    if testangle && length(ivar_U)==1
1558        if isempty(ivar_V)
1559            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1560            return
1561        end
1562        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1563        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};
1564        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1565        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1566        if ~isempty(ivar_W)
1567            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1568            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1569            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1570        end
1571        if ~isequal(Psi,0)
1572            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1573            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1574        end
1575    end
1576end
1577
1578%-----------------------------------------------------------------
1579%projection in a volume
1580 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1581%-----------------------------------------------------------------
1582ProjData=FieldData;%default output
1583
1584%% initialisation of the input parameters of the projection plane
1585ProjMode='projection';%direct projection by default
1586if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1587
1588%% axis origin
1589if isempty(ObjectData.Coord)
1590    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1591    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1592    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1593end
1594
1595%% rotation angles
1596VolumeAngle=[0 0 0];
1597norm_plane=[0 0 1];
1598if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1599    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1600    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1601    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1602    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1603    cos_om=cos(pi*om/180);
1604    sin_om=sin(pi*om/180);
1605    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1606    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1607    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1608    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1609    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1610end
1611testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1612
1613%% mesh sizes DX, DY, DZ
1614DX=0;
1615DY=0; %default
1616DZ=0;
1617if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1618     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1619end
1620if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1621     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1622end
1623if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1624     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1625end
1626if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1627        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1628        return
1629end
1630
1631%% extrema along each axis
1632testXMin=0;
1633testXMax=0;
1634testYMin=0;
1635testYMax=0;
1636if isfield(ObjectData,'RangeX')
1637        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1638        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1639        testXMin=XMax>XMin;
1640        testXMax=1;
1641end
1642if isfield(ObjectData,'RangeY')
1643        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1644        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1645        testYMin=YMax>YMin;
1646        testYMax=1;
1647end
1648width=0;%default width of the projection band
1649if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1650        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1651        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1652        testZMin=ZMax>ZMin;
1653        testZMax=1;
1654end
1655
1656%% initiate Matlab  structure for physical field
1657[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1658ProjData.NbDim=3;
1659ProjData.ListVarName={};
1660ProjData.VarDimName={};
1661if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1662    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1663elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1664    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1665end
1666
1667error=0;%default
1668flux=0;
1669testfalse=0;
1670ListIndex={};
1671
1672%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1673%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1674%-----------------------------------------------------------------
1675idimvar=0;
1676[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1677if ~isempty(errormsg)
1678    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1679    return
1680end
1681
1682% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1683% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1684ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1685icoord=0;
1686nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1687nbvar=0;
1688for icell=1:length(CellVarIndex)
1689    NbDim=NbDimVec(icell);
1690    if NbDim<3
1691        continue
1692    end
1693    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1694    VarType=VarTypeCell{icell};
1695    ivar_X=VarType.coord_x;
1696    ivar_Y=VarType.coord_y;
1697    ivar_Z=VarType.coord_z;
1698    ivar_U=VarType.vector_x;
1699    ivar_V=VarType.vector_y;
1700    ivar_W=VarType.vector_z;
1701    ivar_C=VarType.scalar ;
1702    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1703    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1704    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1705    ivar_F=VarType.warnflag;
1706    ivar_FF=VarType.errorflag;
1707    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1708    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1709    if ischar(DimCell)
1710        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1711    end
1712
1713%% case of input fields with unstructured coordinates
1714    if testX
1715        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1716        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1717        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1718        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1719        if length(ivar_Z)==1
1720            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1721            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1722        end
1723
1724        % translate  initial coordinates
1725        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1726        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1727        if ~isempty(ivar_Z)
1728            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1729        end
1730       
1731        % selection of the vectors in the projection range
1732%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1733%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1734%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1735%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1736%             for ivar=VarIndex
1737%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1738%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1739%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1740%             end
1741%             coord_x=coord_x(indcut);
1742%             coord_y=coord_y(indcut);
1743%             coord_z=coord_z(indcut);
1744%         end
1745
1746       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1747       if testangle
1748           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1749           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1750           if ~isempty(ivar_Z)
1751               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1752           end
1753           
1754           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1755           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1756           
1757       else
1758           coord_X=coord_x;
1759           coord_Y=coord_y;
1760           coord_Z=coord_z;
1761       end
1762        %restriction to the range of x and y if imposed
1763        testin=ones(size(coord_X)); %default
1764        testbound=0;
1765        if testXMin
1766            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1767            testbound=1;
1768        end
1769        if testXMax
1770            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1771            testbound=1;
1772        end
1773        if testYMin
1774            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1775            testbound=1;
1776        end
1777        if testYMin
1778            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1779            testbound=1;
1780        end
1781        if testbound
1782            indcut=find(testin);
1783            for ivar=VarIndex
1784                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1785                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1786            end
1787            coord_X=coord_X(indcut);
1788            coord_Y=coord_Y(indcut);
1789            if length(ivar_Z)==1
1790                coord_Z=coord_Z(indcut);
1791            end
1792        end
1793        % different cases of projection
1794        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1795            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1796                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1797                if ivar==ivar_X %x coordinate
1798                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1799                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1800                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1801                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1802                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1803                end
1804                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1805                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1806                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1807                    nbvar=nbvar+1;
1808                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1809                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1810                    end
1811                end
1812            end 
1813        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1814            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1815            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1816            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1817            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1818            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1819            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1820            nbcoord=2; 
1821            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1822            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1823            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1824            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1825            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1826            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1827            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1828            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1829            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1830            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1831            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1832            if ~isequal(ivar_FF,0)
1833                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1834                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1835                coord_X=coord_X(indsel);
1836                coord_Y=coord_Y(indsel);
1837            end
1838            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1839            testFF=0;
1840            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1841            for ivar=VarIndex
1842                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1843                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1844                    ivar_new=ivar_new+1;
1845                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1846                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1847                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1848                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1849                    end
1850                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1851                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1852                    end
1853                    eval(['InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '))'])
1854                    eval(['ProjData.' VarName '=InterpFct(X,Y,Z);'])
1855%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1856%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1857%                     indnan=find(FFlag);
1858%                     if~isempty(indnan)
1859%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1860%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1861%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1862%                         testFF=1;
1863%                     end
1864                    if ivar==ivar_U
1865                        ivar_U=ivar_new;
1866                    end
1867                    if ivar==ivar_V
1868                        ivar_V=ivar_new;
1869                    end
1870                    if ivar==ivar_W
1871                        ivar_W=ivar_new;
1872                    end
1873                end
1874            end
1875            if testFF
1876                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1877                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1878               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1879                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1880            end
1881        end
1882       
1883%% case of input fields defined on a structured  grid
1884    else
1885        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1886        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1887        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1888        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1889        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1890        if NbDim>=3
1891            if NbDim>3
1892                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1893                return
1894            else
1895                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1896                    nbcolor=DimValue(3);
1897                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1898                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1899                end
1900            end
1901        end
1902        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1903        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1904        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1905        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1906        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1907        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1908        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1909
1910%         for idim=1:length(ListDimName)
1911%             DimName=ListDimName{idim};
1912%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1913%                nbcolor=DimValue(idim);
1914%                DimValue(idim)=[];
1915%             end
1916%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1917%                 DimValue(idim)=[];
1918%             end
1919%         end 
1920        Coord_z=[];
1921        Coord_y=[];
1922        Coord_x=[];   
1923
1924        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1925            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1926            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1927            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1928                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1929                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1930                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1931                else
1932                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1933                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1934                    DCoord_max=max(DCoord);
1935                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1936                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1937                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1938                                return
1939                    end               
1940                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1941                end
1942                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1943            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1944                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1945                DCoord_min(idim)=1;%default
1946                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1947                test_direct(idim)=1;
1948            end
1949        end
1950        if DY==0
1951            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1952        end
1953        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1954        if DX==0
1955            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1956        end
1957        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1958        for idim=1:NbDim
1959            if test_interp(idim)
1960                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1961            end
1962        end       
1963        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1964        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1965        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1966        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1967        DAX=DCoord_min(NbDim);
1968        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1969        minAX=min(Coord_x);
1970        maxAX=max(Coord_x);
1971        minAY=min(Coord_y);
1972        maxAY=max(Coord_y);
1973        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1974        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1975        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1976        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1977        if ~testXMax
1978            XMax=max(xcor_new);
1979        end
1980        if ~testXMin
1981            XMin=min(xcor_new);
1982        end
1983        if ~testYMax
1984            YMax=max(ycor_new);
1985        end
1986        if ~testYMin
1987            YMin=min(ycor_new);
1988        end
1989        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1990        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1991        if DX==0
1992            DX=DXinit;
1993        end
1994        if DY==0
1995            DY=DYinit;
1996        end
1997        if NbDim==3
1998            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1999            if ~test_direct(1)
2000                DZ=-DZ;
2001            end
2002            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2003            test_direct_z=test_direct(1);
2004        end
2005        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2006        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2007        if test_direct_y
2008            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2009        else
2010            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2011        end
2012        if test_direct_x
2013            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2014        else
2015            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2016        end
2017       
2018        % case with no rotation and interpolation
2019        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2020            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2021                ProjData=FieldData;
2022            else
2023                indY=NbDim-1;
2024                if test_direct(indY)
2025                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2026                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2027                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2028                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
2029                else
2030                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2031                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2032                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2033                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2034                end   
2035                if test_direct(NbDim)==1
2036                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2037                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2038                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2039                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2040                else
2041                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2042                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2043                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2044                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2045                end
2046                if NbDim==3
2047                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2048                    DimValue(1)=[];
2049                                        %structured coordinates
2050                    if test_direct(1)
2051                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2052                    else
2053                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2054                    end
2055                end
2056                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2057                min_indx=max(min_indx,1);
2058                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2059                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2060                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2061                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2062                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2063                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2064                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2065                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2066                    end
2067                    if NbDim==3
2068                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2069                    else
2070                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2071                    end
2072                end 
2073                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2074                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2075            end
2076        else       % case with rotation and/or interpolation
2077            if NbDim==2 %2D case
2078                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2079                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2080                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2081                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2082                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2083                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2084                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2085                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2086                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
2087                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
2088                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
2089                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
2090                    test_filter=1;
2091                else
2092                    test_filter=0;
2093                end
2094                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2095                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2096                for ivar=VarIndex
2097                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2098                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2099                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2100                    end
2101                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2102                    if test_filter 
2103                         Aclass=class(FieldData.A);
2104                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2105                         if ~isequal(Aclass,'double')
2106                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2107                         end
2108                    end
2109                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2110                    %ind_in=find(flagin);
2111                    ind_out=find(~flagin);
2112                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2113                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2114                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2115                    for icolor=1:nbcolor
2116                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2117                    end
2118                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2119                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2120                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2121                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2122                    end     
2123                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2124                end
2125                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2126                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2127                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2128                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2129            else %3D case
2130                if ~testangle     
2131                    % unstructured z coordinate
2132                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2133                    iz_sup=find(test_sup);
2134                    iz=iz_sup(1);
2135                    if iz>=1 & iz<=npz
2136                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2137                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2138                        for ivar=VarIndex
2139                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2140                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2141                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2142                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2143                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2144                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2145                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2146                            end
2147                        end
2148                    end
2149                else
2150                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2151                    %TODO: use interp3
2152                    return
2153                end
2154            end
2155        end
2156    end
2157
2158    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2159    if testangle
2160        if isempty(ivar_V)
2161            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2162            return
2163        end
2164        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2165        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2166        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2167        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2168        if ~isempty(ivar_W)
2169            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2170            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2171            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2172        end
2173        if ~isequal(Psi,0)
2174            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2175            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2176        end
2177    end
2178end
2179
2180%------------------------------------------------------------------------
2181%--- transfer the global attributes
2182function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2183%------------------------------------------------------------------------
2184ProjData=[];%default
2185errormsg='';%default
2186
2187%% transfer error
2188if isfield(FieldData,'Txt')
2189    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2190    return;
2191end
2192
2193%% transfer global attributes
2194if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2195    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2196else
2197    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2198end
2199for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2200    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2201    if isfield(FieldData,AttrName)
2202        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2203    end
2204end
2205
2206%% transfer coordinate unit
2207if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2208    if isfield(ObjectData,'CoordUnit')&~isequal(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2209        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2210        return
2211    else
2212         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2213    end
2214end
2215
2216%% store the properties of the projection object
2217ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2218for ilist=1:length(ListObject)
2219    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2220        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2221        if ~isempty(val)
2222            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2223            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2224        end
2225    end   
2226end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.