source: trunk/src/proj_field.m @ 102

Last change on this file since 102 was 77, checked in by sommeria, 15 years ago

introduction of volume projection on a regular grid (mode 'interp') using griddata3. It works but very slow.
minor bug corrections
todo: problem with 3D projection when the same field is read twice (e;g. w used for vector color)

File size: 96.3 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .DimValue= values of the matricx dimensions (matlab vector, same length as .DimName);
15%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
16%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
17%
18%INPUT
19% ObjectData: structure characterizing the projection object
20%    .Style : style of projection object
21%    .ProjMode=type of projection ;
22%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
23%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
24%    .ProjAngle=angle of projection;
25%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
26%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
27
28%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
29%    .Txt: error message, transmitted to the projection
30%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
31%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
32%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
33% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
34%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
35%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
36%            .ListDimName: cell listing the names of the array dimensions
37%               .DimValue: array dimension values (Matlab vector with the same length as .ListDimName
38%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
39%            .VarDimIndex: cell containing the set of dimension indices (in list .ListDimName) for each variable of .ListVarName
40%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
41%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
42% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
43% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
44%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
45%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
46%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'nb_dim').
47%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
48%                        unstructured coordinate x, y  or z
49%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
50%                is given by the last dimension (called 'nb_dim')
51%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
52%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
53%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
54%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
55%
56% Default role of variables (by name)
57%  vector field:
58%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
59%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
60%    .C, .CName: scalar associated to the vector
61%    .F : equivalent to 'warnflag'
62%    .FF: equivalent to 'errorflag'
63%  scalar field or image:
64%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
65%    .A: scalar, projected on the object
66%    .AX, .AY: positions for the scalar
67%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
68%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
69%
70%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
71%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
72%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
73%     This file is part of the toolbox UVMAT.
74%
75%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
76%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
77%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
78%     (at your option) any later version.
79%
80%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
81%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
82%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
83%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
84%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
85
86function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
87
88if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
89    ProjData=[];
90    return
91end
92%introduce default field properties (reading old standards)
93if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'Coord')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
94    ProjData=FieldData;
95    return
96end
97
98% OBSOLETE
99if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
100    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
101end
102if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
103    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
104end
105if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
106    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
107end
108if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
109    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
110end
111if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
112    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
113end
114if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
115    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
116end
117%%%%%%%%%%
118
119% FieldData=document_field(FieldData);%transform FieldData to the standard format
120% if ~isfield(FieldData,'VarAttribute')
121%     FieldData.VarAttribute={};
122% end
123switch ObjectData.Style
124    case 'points'
125    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
126    case {'line','polyline'}
127     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
128    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
129        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
130            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
131        else
132            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
133        end
134     %A FAIRE : GERER MASK
135    case 'plane'
136%         if isfield(FieldData,'NbDim') & isequal(FieldData.NbDim,3)
137%             ProjData= proj_plane3D(FieldData,ObjectData);%
138%         else
139            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
140%         end
141    case 'volume'
142        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
143end
144if exist('IndexObj','var')
145    ProjData.IndexObj=IndexObj;%transfer object index
146end
147
148%-----------------------------------------------------------------
149%project on a set of points
150function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
151%-------------------------------------------------------------------
152
153siz=size(ObjectData.Coord);
154width=0;
155if isfield(ObjectData,'Range')
156    width=ObjectData.Range(1,2);
157end
158if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
159    width=max(ObjectData.RangeX);
160end
161if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
162    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
163end
164if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
165    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
166end
167if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
168    if width==0
169        errormsg='projection range around points needed';
170        return
171    end
172elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
173    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
174        return
175end
176ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
177ProjData.NbDim=0;
178%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
179%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
180
181
182% idimvar=0;
183[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
184if ~isempty(errormsg)
185    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
186    return
187end
188%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
189% CellVarIndex=cells of variable index arrays
190% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
191% icoord=0;
192for icell=1:length(CellVarIndex)
193    if NbDim(icell)==1
194        continue
195    end
196    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
197    VarType=VarTypeCell{icell};
198    ivar_X=VarType.coord_x;
199    ivar_Y=VarType.coord_y;
200    ivar_Z=VarType.coord_z;
201%     ivar_U=VarType.vector_x;
202%     ivar_V=VarType.vector_y;
203%     ivar_W=VarType.vector_z;
204%     ivar_C=VarType.scalar ;
205    ivar_Anc=VarType.ancillary;
206%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
207    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
208    ivar_F=VarType.warnflag;
209    ivar_FF=VarType.errorflag;
210    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
211    if isempty(ivar_X)
212        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
213     
214    else
215        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
216                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
217                    return
218        end
219        if length(ivar_Y)~=1
220                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
221                return
222        end
223        test_grid=0;
224    end
225    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
226    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
227    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
228    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
229    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
230    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
231    for ivar=VarIndex       
232        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
233        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
234        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
235        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
236    end
237    if ~test_grid
238        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
239        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
240        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
241        if length(ivar_Z)==1
242            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
243            test3D=1;
244        end
245        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
246                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
247                    return
248        end     
249        for ipoint=1:siz(1)
250           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
251           distX=coord_x-Xpoint(1);
252           distY=coord_y-Xpoint(2);         
253           dist=distX.*distX+distY.*distY;
254           indsel=find(dist<width*width);
255           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
256           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
257           if isequal(length(ivar_FF),1)
258               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
259               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
260               ind_indsel=find(~FF);
261               indsel=indsel(ind_indsel);
262           end
263           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
264            for ivar=VarIndex
265               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
266               if isempty(indsel)
267                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
268               else
269                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
270                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
271                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
272                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
273                    end
274               end
275            end
276        end
277    else
278        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
279        %case of structured coordinates
280        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
281            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
282            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
283            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
284            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
285            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
286            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
287            npxy=size(A);
288
289% %             nbcolor=1; %default
290%             for idim=1:length(ListDimName)
291%                 DimName=ListDimName{idim};
292%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
293%                    nbcolor=npxy(idim);
294%                    DimIndices(idim)=[];
295%                    npxy(idim)=[];
296%                 end
297%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
298%                     DimIndices(idim)=[];
299%                     npxy(idim)=[];
300%                 end
301%             end 
302            ind_1=find(npxy==1);
303            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
304%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
305            %nb_dim=length(DimIndices)%number of space dimensions
306            nb_dim=numel(VarType.coord);
307            Coord_z=[];
308            Coord_y=[];
309            Coord_x=[];   
310            for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
311                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
312                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
313                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
314                ivar=VarType.coord(idim);
315%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
316                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
317                    if numel(Coord{idim})==2
318                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
319                    else
320                        DCoord=diff(Coord{idim});
321                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
322                        DCoord_max=max(DCoord);
323                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
324                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
325                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
326                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
327                                    return
328                        end               
329                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
330                        test_coord(idim)=1;
331                    end
332%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
333%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
334%                     DCoord_min(idim)=1;%default
335%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
336%                     test_direct(idim)=1;
337%                 end
338            end
339            DX=DCoord_min(2);
340            DY=DCoord_min(1);
341            for ipoint=1:siz(1)
342                xwidth=width/(abs(DX));
343                ywidth=width/(abs(DY));
344                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
345                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
346                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
347                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
348                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
349                j_min=max(1,j_min);
350                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
351                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
352                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
353                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
354                i_int=[i_min:i_plus];
355                j_int=[j_min:j_plus];
356                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
357                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
358                   for ivar=VarIndex   
359                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
360                   end
361                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
362                else
363                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
364                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
365                    for ivar=VarIndex   
366                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
367                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
368                    end
369                end
370            end
371        end
372   end
373end
374
375%-----------------------------------------------------------------
376%project in a patch
377function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
378%-------------------------------------------------------------------
379ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
380
381objectfield=fieldnames(ObjectData);
382widthx=0;
383widthy=0;
384if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
385    widthx=max(ObjectData.RangeX);
386end
387if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
388    widthy=max(ObjectData.RangeY);
389end
390
391%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
392ProjData.NbDim=1;
393ProjData.ListDimName={};%name of dimension
394ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
395ProjData.ListVarName={};
396%ProjData.VarDimIndex={};
397ProjData.VarDimName={};
398if isfield (FieldData,'ListVarAttribute')
399    ProjData.ListVarAttribute=FieldData.ListVarAttribute;%list of variable attribute names
400    for iattr=1:length(ProjData.ListVarAttribute)%initialization of variable attribute values
401        AttrName=ProjData.ListVarAttribute{iattr};
402        eval(['ProjData.' AttrName '={};'])
403    end;
404end
405
406%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
407testfalse=0;
408ListIndex={};
409% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
410idimvar=0;
411[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
412if ~isempty(errormsg)
413    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
414    return
415end
416
417%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
418dimcounter=0;
419for icell=1:length(CellVarIndex)
420    testX=0;
421    testY=0;
422    test_Amat=0;
423    testfalse=0;
424    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
425    VarType=VarTypeCell{icell};
426  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
427    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
428        continue
429    end
430    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
431    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
432    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
433    testproj(VarType.scalar)=1;
434    testproj(VarType.vector_x)=1;
435    testproj(VarType.vector_y)=1;
436    testproj(VarType.vector_z)=1;
437    testproj(VarType.image)=1;
438    testproj(VarType.color)=1;
439    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
440    if testX %case of unstructured coordinates
441         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
442         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
443               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
444            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
445         end
446         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
447         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
448         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
449         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
450    end
451    if testfalse
452        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
453        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
454    end
455    % image or 2D matrix
456    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
457        test_Amat=1;%image or 2D matrix
458        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
459        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
460        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
461        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
462        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
463        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
464        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
465%                     errormsg='multicomponent field not projected';
466
467        for idim=1:length(DimValue)       
468            Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
469            DCoord_min(idim)=1;%default
470            Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
471            test_direct(idim)=1;
472        end
473        AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
474        AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
475        if length(DimValue)==3
476            testcolor=1;
477            npxy(3)=3;
478        else
479            testcolor=0;
480            npxy(3)=1;
481        end
482        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
483        npxy(1)=length(AY);
484        npxy(2)=length(AX);
485        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
486        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
487        for ivar=1:length(VarIndex)
488            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
489            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
490        end
491    end
492%select the indices in the range of action
493    testin=[];%default
494    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
495%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
496%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
497%                 return
498%            end
499       if testX
500            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
501            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
502            testin=distX<widthx & distY<widthy;
503       elseif test_Amat
504           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
505           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
506           testin=distX<widthx & distY<widthy;
507       end
508    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
509        if testX
510            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
511        elseif test_Amat
512           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
513       else%calculate the scalar
514           testin=[]; %A REVOIR
515       end
516    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
517       X2Max=widthx*widthx;
518       Y2Max=(widthy)*(widthy);
519       if testX
520            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
521            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
522            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
523       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
524           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
525           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
526           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
527       end
528    end
529    %selected indices
530    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
531            testin=~testin;
532    end
533    if testfalse
534        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
535    end
536    indsel=find(testin);
537    for ivar=VarIndex
538        if testproj(ivar)
539            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
540            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
541            eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % keep only non false vectors
542            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
543            if test_Amat && testcolor
544                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
545            else
546               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
547            end
548        end
549    end
550%     if test_Amat & testcolor
551%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
552%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
553%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
554%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
555%        ProjData.VarDimName
556%     end
557end
558
559
560
561%-----------------------------------------------------------------
562%project on a line
563% AJOUTER flux,circul,error
564function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
565%-----------------------------------------------------------------
566ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
567ProjData.NbDim=1;
568
569%initialisation of the input parameters and defaultoutput
570ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
571if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
572ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
573if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
574width=0;%default width of the projection band
575if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
576    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
577end
578if isfield(ObjectData,'RangeY')
579    width=max(ObjectData.RangeY);
580end
581
582% default output
583errormsg=[];%default
584Xline=[];
585flux=0;
586circul=0;
587liny=ObjectData.Coord(:,2);
588siz_line=size(ObjectData.Coord);
589if siz_line(1)<2
590    return% line needs at least 2 points to be defined
591end
592testfalse=0;
593ListIndex={};
594
595%angles of the polyline and boundaries of action
596dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
597dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
598theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
599theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
600% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
601if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
602    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
603    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
604    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
605    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
606    for ip=2:siz_line(1)
607        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
608        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
609        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
610        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
611    end
612end
613
614%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
615[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
616if ~isempty(errormsg)
617    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
618    return
619end
620
621% loop on variable cells with the same space dimension
622ProjData.ListVarName={};
623ProjData.VarDimName={};
624for icell=1:length(CellVarIndex)
625    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
626    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
627    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
628        continue
629    end
630    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
631    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
632    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
633    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
634                                             %=0 for vector components, treated separately
635    testproj(VarType.scalar)=1;
636    testproj(VarType.image)=1;
637    testproj(VarType.color)=1;
638    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
639    if testU
640         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
641    end
642    %identify vector components   
643    if testU
644        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
645        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
646        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
647        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
648    end 
649    %identify error flag
650    if testfalse
651        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
652        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
653    end   
654    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
655    if testX
656        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
657            if width==0
658                errormsg='range of the projection object is missing';
659                return     
660            else
661                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
662            end
663        end
664        if ~isequal(ProjMode,'projection')
665            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
666                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
667            else
668                errormsg='DX missing';
669                return
670            end
671        end
672        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
673        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
674        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
675        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
676    end   
677    %initiate projection
678    for ivar=1:length(VarIndex)
679        ProjLine{ivar}=[];
680    end
681    XLine=[];
682    linelengthtot=0;
683
684%         circul=0;
685%         flux=0;
686  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
687   %case of unstructured coordinates
688    if testX   
689        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
690            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
691            %select the vector indices in the range of action
692            if testfalse
693                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
694            else
695                flagsel=ones(size(coord_x));
696            end
697            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
698                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
699                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
700                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
701                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
702            end
703            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
704            X_sel=coord_x(indsel);
705            Y_sel=coord_y(indsel);
706            nbvar=0;
707            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
708                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
709                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
710            end   
711            if testU
712                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
713                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
714            end
715            if isequal(ProjMode,'projection')
716                sintheta=sin(theta(ip));
717                costheta=cos(theta(ip));
718                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
719                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
720                for ivar=1:numel(ProjVar)
721                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
722                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
723                     end
724                end
725            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
726                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
727                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
728                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
729                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
730                for ivar=1:numel(ProjVar)
731                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
732                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
733                     end
734                end
735            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
736                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
737                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
738                siz=size(X_sel);
739                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
740                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
741                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
742                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
743                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
744                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
745                for ivar=1:numel(ProjVar)
746                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
747                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
748                     end
749                end             
750            end
751            %prolongate the total record
752            for ivar=1:numel(ProjVar)
753                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
754                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
755                  end
756            end
757            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
758            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
759            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
760            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
761        end
762        ProjData.X=XLine';
763        cur_index=1;
764        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
765        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
766        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
767        for iselect=1:numel(VarIndex)
768            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
769            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
770            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
771            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
772            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
773            if strcmp(ProjMode,'projection')
774                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
775            else
776                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
777            end
778        end
779   
780    %case of structured coordinates
781    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
782        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
783            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
784        else
785            test_Amat=1;%image or 2D matrix
786            test_interp2=0;%default
787%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
788            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
789            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
790            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
791            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
792            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
793            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
794            npxy=size(A);
795            npx=npxy(2);
796            npy=npxy(1);
797            if numel(AX)==2
798                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
799            else
800                DX_vec=diff(AX);
801                DX=max(DX_vec);
802                DX_min=min(DX_vec);
803                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
804                    test_interp2=1;
805                    DX=DX_min;
806                end   
807            end
808            if numel(AY)==2
809                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
810            else
811                DY_vec=diff(AY);
812                DY=max(DY_vec);
813                DY_min=min(DY_vec);
814                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
815                   test_interp2=1;
816                    DY=DY_min;
817                end     
818            end             
819            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
820            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
821            if isfield(ObjectData,'DX')
822                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
823            else
824                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
825            end
826            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
827            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
828            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
829            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
830            if isfield(FieldData,'RangeX')
831                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
832            else
833                XMin=0;
834            end
835            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
836            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
837            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
838            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
839            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
840            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
841            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
842            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
843            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
844            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
845            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
846            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
847            ind_in=find(flagin);
848            ind_out=find(~flagin);
849            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
850            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
851            nbcolor=1; %color images
852            if numel(npxy)==2
853                nbcolor=1;
854            elseif length(npxy)==3
855                nbcolor=npxy(3);
856            else
857                errormsg='multicomponent field not projected';
858                display(errormsg)
859                return
860            end
861            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
862            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
863            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
864            for ivar=VarIndex
865                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
866                if test_interp2% interpolate on new grid
867                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
868                end
869                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
870                if nbcolor==1
871                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
872                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
873                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
874                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
875                elseif nbcolor==3
876                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
877                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
878                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
879                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
880                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
881                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
882                end 
883                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
884                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
885                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
886            end
887            if testU
888                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
889                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
890                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
891                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
892            end
893            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
894            if nbcolor==3
895                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
896            end
897        end     
898    end
899end
900
901% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
902% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
903% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
904% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
905% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
906% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
907% %     else
908% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
909% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
910% %     end
911%
912% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
913
914
915%-----------------------------------------------------------------
916%project on a plane
917% AJOUTER flux,circul,error
918 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
919%-----------------------------------------------------------------
920
921%initialisation of the input parameters of the projection plane
922%-----------------------------------------------------------------
923ProjMode='projection';%direct projection by default
924if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
925
926%axis origin
927if isempty(ObjectData.Coord)
928    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
929    ObjectData.Coord(1,2)=0;
930    ObjectData.Coord(1,3)=0;
931end
932
933%rotation angles
934Phi=0;%default
935Theta=0;
936Psi=0;
937if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
938    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
939end
940if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
941    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
942end
943if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
944    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
945end
946
947%components of the unity vector normal to the projection plane
948NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
949NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
950NormVec_Z=cos(Theta);
951
952% test for 3D fields
953test3D=0;
954if isfield(FieldData,'nb_dim')
955    test3D=isequal(FieldData.nb_dim,3);
956end
957test3C=test3D; %default 3 vel components
958
959%mesh sizes DX and DY
960DX=0;
961DY=0; %default
962if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
963     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
964end
965if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
966     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
967end
968if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
969        errormsg='DX or DY missing';
970        display(errormsg)
971        return
972end
973
974%extrema along each axis
975testXMin=0;
976testXMax=0;
977testYMin=0;
978testYMax=0;
979if isfield(ObjectData,'RangeX')
980        XMin=min(ObjectData.RangeX);
981        XMax=max(ObjectData.RangeX);
982        testXMin=XMax>XMin;
983        testXMax=1;
984end
985if isfield(ObjectData,'RangeY')
986        YMin=min(ObjectData.RangeY);
987        YMax=max(ObjectData.RangeY);
988        testYMin=YMax>YMin;
989        testYMax=1;
990end
991width=0;%default width of the projection band
992if isfield(ObjectData,'RangeZ')
993        width=max(ObjectData.RangeZ);
994end
995
996% initiate Matlab  structure for physical field
997ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
998ProjData.NbDim=2;
999ProjData.ListDimName={};%name of dimension
1000ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
1001ProjData.ListVarName={};
1002ProjData.VarDimName={};
1003
1004error=0;%default
1005flux=0;
1006testfalse=0;
1007ListIndex={};
1008
1009%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1010%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1011%-----------------------------------------------------------------
1012idimvar=0;
1013[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1014if ~isempty(errormsg)
1015    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1016    return
1017end
1018%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1019% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1020ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1021icoord=0;
1022nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1023for icell=1:length(CellVarIndex)
1024    if NbDim(icell)<2
1025        continue
1026    end
1027    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1028    VarType=VarTypeCell{icell};
1029    ivar_X=VarType.coord_x;
1030    ivar_Y=VarType.coord_y;
1031    ivar_Z=VarType.coord_z;
1032    ivar_U=VarType.vector_x;
1033    ivar_V=VarType.vector_y;
1034    ivar_W=VarType.vector_z;
1035    ivar_C=VarType.scalar ;
1036    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1037    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1038    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1039    ivar_F=VarType.warnflag;
1040    ivar_FF=VarType.errorflag;
1041    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1042    %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
1043    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1044    if ischar(DimCell)
1045        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1046    end
1047   
1048%case of input fields with unstructured coordinates
1049    if testX
1050        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1051        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1052        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1053        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1054        if length(ivar_Z)==1
1055            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1056            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1057        end
1058
1059        % translate  initial coordinates
1060        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1061        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1062        if ~isempty(ivar_Z)
1063            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1064        end
1065       
1066        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1067        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1068            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1069            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1070            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1071            for ivar=VarIndex
1072                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1073%                 eval(['size(FieldData.' VarName ')'])
1074                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1075%                 end     
1076                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1077            end
1078            coord_x=coord_x(indcut);
1079            coord_y=coord_y(indcut);
1080            coord_z=coord_z(indcut);
1081        end
1082
1083       %rotate coordinates if needed
1084        if isequal(Phi,0)
1085            coord_X=coord_x;
1086            coord_Y=coord_y;
1087            if ~isequal(Theta,0)
1088                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1089            end
1090        else
1091            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1092            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1093        end
1094        if ~isempty(ivar_Z)
1095            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1096        end
1097        if ~isequal(Psi,0)
1098                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1099                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1100        end
1101       
1102        %restriction to the range of x and y if imposed
1103        testin=ones(size(coord_X)); %default
1104        testbound=0;
1105        if testXMin
1106            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1107            testbound=1;
1108        end
1109        if testXMax
1110            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1111            testbound=1;
1112        end
1113        if testYMin
1114            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1115            testbound=1;
1116        end
1117        if testYMin
1118            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1119            testbound=1;
1120        end
1121        if testbound
1122            indcut=find(testin);
1123            for ivar=VarIndex
1124                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1125                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1126            end
1127            coord_X=coord_X(indcut);
1128            coord_Y=coord_Y(indcut);
1129            if length(ivar_Z)==1
1130                coord_Z=coord_Z(indcut);
1131            end
1132        end
1133        % different cases of projection
1134        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1135            %the list of dimension
1136            ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1137            ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1138            nbvar=0;
1139            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1140                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1141                if ivar==ivar_X %x coordinate
1142                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1143                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1144                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1145                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1146                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1147                end
1148                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1149                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1150                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1151                    nbvar=nbvar+1;
1152                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1153                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1154                    end
1155                end
1156            end 
1157        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1158            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1159            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1160            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1161            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1162            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1163            nbcoord=2; 
1164            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1165            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1166            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1167            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1168            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1169            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1170            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1171            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1172            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1173            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1174            if ~isequal(ivar_FF,0)
1175                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1176                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1177                coord_X=coord_X(indsel);
1178                coord_Y=coord_Y(indsel);
1179            end
1180            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1181            testFF=0;
1182            for ivar=VarIndex
1183                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1184                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1185                    ivar_new=ivar_new+1;
1186                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1187                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1188                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1189                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1190                    end
1191                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1192                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1193                    end
1194                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1195                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1196                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1197                    indnan=find(FFlag);
1198                    if~isempty(indnan)
1199                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1200                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1201                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1202                        testFF=1;
1203                    end
1204                    if ivar==ivar_U
1205                        ivar_U=ivar_new;
1206                    end
1207                    if ivar==ivar_V
1208                        ivar_V=ivar_new;
1209                    end
1210                    if ivar==ivar_W
1211                        ivar_W=ivar_new;
1212                    end
1213                end
1214            end
1215            if testFF
1216                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1217                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1218               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1219                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1220            end
1221        end
1222%case of fields defined on a structured  grid
1223    else 
1224        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1225        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1226        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1227        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1228        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1229        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1230        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1231        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1232        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1233        nbcolor=1; %default
1234        for idim=1:length(ListDimName)
1235            DimName=ListDimName{idim};
1236            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1237               nbcolor=DimValue(idim);
1238               DimIndices(idim)=[];
1239               DimValue(idim)=[];
1240            end
1241            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1242                DimIndices(idim)=[];
1243                DimValue(idim)=[];
1244            end
1245        end 
1246        ind_1=find(DimValue==1);
1247        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1248%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1249        nb_dim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1250        Coord_z=[];
1251        Coord_y=[];
1252        Coord_x=[];   
1253   
1254        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1255            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1256            test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
1257            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1258            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1259                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1260                DCoord=diff(Coord{idim});
1261                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1262                DCoord_max=max(DCoord);
1263                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1264                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1265                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1266                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1267                                return
1268                end               
1269                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1270                test_coord(idim)=1;
1271
1272            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1273                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1274                DCoord_min(idim)=1;%default
1275                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1276                test_direct(idim)=1;
1277            end
1278        end
1279        if nb_dim==2
1280            if DY==0
1281                DY=abs(DCoord_min(1));
1282            end
1283            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1284            npy=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1285            if DX==0
1286                DX=abs(DCoord_min(2));
1287            end
1288            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1289            npx=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1290            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1291            test_direct_y=test_direct(1);
1292            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1293            test_direct_x=test_direct(2);
1294            DAX=DCoord_min(2);
1295            DAY=DCoord_min(1);
1296        elseif nb_dim==3
1297            DZ=abs(DCoord_min(1));
1298            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1299            if DY==0
1300                DY=abs(DCoord_min(2));
1301            end
1302            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1303            npy=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1304            if DX==0
1305                DX=abs(DCoord_min(3));
1306            end
1307            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1308            npx=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1309            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1310            test_direct_z=test_direct(1);
1311            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1312            test_direct_y=test_direct(2);
1313            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1314            test_direct_x=test_direct(3);
1315        end 
1316        minAX=min(Coord_x);
1317        maxAX=max(Coord_x);
1318        minAY=min(Coord_y);
1319        maxAY=max(Coord_y);
1320        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1321        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1322        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1323        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1324        if ~testXMax
1325            XMax=max(xcor_new);
1326        end
1327        if ~testXMin
1328            XMin=min(xcor_new);
1329        end
1330        if ~testYMax
1331            YMax=max(ycor_new);
1332        end
1333        if ~testYMin
1334            YMin=min(ycor_new);
1335        end
1336        DXinit=(maxAX-minAX)/(npx-1);
1337        DYinit=(maxAY-minAY)/(npy-1);
1338        if DX==0
1339            DX=DXinit;
1340        end
1341        if DY==0
1342            DY=DYinit;
1343        end
1344        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1345        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1346        if test_direct_y
1347            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1348        else
1349            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1350        end
1351        if test_direct_x
1352            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1353        else
1354            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1355        end
1356       
1357        % case with no rotation and interpolation
1358        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1359            if test_direct(1)
1360                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1361                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1362                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1363                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1364            else
1365                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1366                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1367                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1368                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1369            end             
1370            if test_direct(2)==1
1371                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1372                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1373                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1374                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1375            else
1376                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1377                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1378                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1379                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1380            end
1381            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1382            min_ind2=max(min_ind2,1);
1383            max_ind1=min(max_ind1,npy);
1384            max_ind2=min(max_ind2,npx);
1385            for ivar=VarIndex
1386                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1387                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1388                ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1389                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1390                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1391                end
1392                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1393            end         
1394        else
1395        % case with rotation and/or interpolation
1396            if isempty(Coord_z) %2D case
1397                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1398                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1399                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1400                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1401                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1402                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1403                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1404                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
1405                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1406                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1407                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1408                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1409                    test_filter=1;
1410                else
1411                    test_filter=0;
1412                end
1413                for ivar=VarIndex
1414                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
1415                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
1416                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1417                    end
1418                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1419                    if test_filter 
1420                         Aclass=class(FieldData.A);
1421                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1422                         if ~isequal(Aclass,'double')
1423                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1424                         end
1425                    end
1426                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',npx*npy,nbcolor);'])%put the original image in line             
1427                    ind_in=find(flagin);
1428                    ind_out=find(~flagin);
1429                    ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
1430                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1431                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1432                    for icolor=1:nbcolor
1433                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1434                    end
1435                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
1436                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1437                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1438                    end     
1439                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1440                end
1441                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1442                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1443                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1444            else %3D case
1445                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1446                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1447                    iz_sup=find(test_sup);
1448                    iz=iz_sup(1);
1449                    if iz>=1 & iz<=npz
1450                        ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1451                        ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1452                        for ivar=VarIndex
1453                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1454                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1455                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
1456                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1457                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1458                            if test_interp(2) | test_interp(3)
1459                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1460                            end
1461                        end
1462                    end
1463                else
1464                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1465                    %TODO: use interp3
1466                    return
1467                end
1468            end
1469        end
1470    end
1471    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
1472    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
1473        if isempty(ivar_V)
1474            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1475            return
1476        end
1477        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1478        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1479        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1480        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1481        if ~isempty(ivar_W)
1482            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1483            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1484            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1485        end
1486        if ~isequal(Psi,0)
1487            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1488            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1489        end
1490    end
1491end
1492
1493%-----------------------------------------------------------------
1494%project in a volume
1495% A FAIRE ....(copie de proj_plane)
1496 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1497%-----------------------------------------------------------------
1498
1499%initialisation of the input parameters of the projection plane
1500%-----------------------------------------------------------------
1501ProjMode='projection';%direct projection by default
1502if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1503
1504%axis origin
1505if isempty(ObjectData.Coord)
1506    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the volume set to [0 0] by default
1507    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1508    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1509end
1510
1511%rotation angles
1512Phi=0;%default
1513Theta=0;
1514Psi=0;
1515if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
1516    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
1517end
1518if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
1519    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
1520end
1521if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
1522    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
1523end
1524
1525%components of the unity vector normal to the projection plane
1526NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
1527NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
1528NormVec_Z=cos(Theta);
1529
1530% test for 3D fields
1531test3D=0;
1532if isfield(FieldData,'nb_dim')
1533    test3D=isequal(FieldData.nb_dim,3);
1534end
1535test3C=test3D; %default 3 vel components
1536
1537%mesh sizes DX and DY
1538DX=0;
1539DY=0; %default
1540if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1541     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1542end
1543if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1544     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1545end
1546if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
1547        errormsg='DX or DY missing';
1548        display(errormsg)
1549        return
1550end
1551if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1552     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1553end
1554
1555%extrema along each axis
1556testXMin=0;
1557testXMax=0;
1558testYMin=0;
1559testYMax=0;
1560if isfield(ObjectData,'RangeX')
1561        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1562        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1563        testXMin=XMax>XMin;
1564        testXMax=1;
1565end
1566if isfield(ObjectData,'RangeY')
1567        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1568        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1569        testYMin=YMax>YMin;
1570        testYMax=1;
1571end
1572width=0;%default width of the projection band
1573if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1574      ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1575        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1576        testZMin=YMax>YMin;
1577        testZMax=1;
1578%         width=max(ObjectData.RangeZ);
1579end
1580
1581% initiate Matlab  structure for physical field
1582ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1583ProjData.NbDim=3;
1584ProjData.ListDimName={};%name of dimension
1585ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
1586ProjData.ListVarName={};
1587ProjData.VarDimName={};
1588
1589error=0;%default
1590flux=0;
1591testfalse=0;
1592ListIndex={};
1593
1594%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1595%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1596%-----------------------------------------------------------------
1597idimvar=0;
1598[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1599if ~isempty(errormsg)
1600    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1601    return
1602end
1603%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1604% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1605ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1606icoord=0;
1607nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1608for icell=1:length(CellVarIndex)
1609    if NbDim(icell)<2
1610        continue
1611    end
1612    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1613    VarType=VarTypeCell{icell};
1614    ivar_X=VarType.coord_x;
1615    ivar_Y=VarType.coord_y;
1616    ivar_Z=VarType.coord_z;
1617    ivar_U=VarType.vector_x;
1618    ivar_V=VarType.vector_y;
1619    ivar_W=VarType.vector_z;
1620    ivar_C=VarType.scalar ;
1621    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1622    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1623    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1624    ivar_F=VarType.warnflag;
1625    ivar_FF=VarType.errorflag;
1626    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1627    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1628    if ischar(DimCell)
1629        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1630    end
1631   
1632%case of input fields with unstructured coordinates
1633    if testX
1634        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1635        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1636        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1637        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1638        if length(ivar_Z)==1
1639            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1640            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1641        end
1642
1643        % translate  initial coordinates
1644        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1645        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1646        if ~isempty(ivar_Z)
1647            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1648        end
1649       
1650        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1651        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1652            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1653            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1654            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1655            for ivar=VarIndex
1656                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1657                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1658%                 end     
1659                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1660            end
1661            coord_x=coord_x(indcut);
1662            coord_y=coord_y(indcut);
1663            coord_z=coord_z(indcut);
1664        end
1665
1666       %rotate coordinates if needed
1667        if isequal(Phi,0)
1668            coord_X=coord_x;
1669            coord_Y=coord_y;
1670            if ~isequal(Theta,0)
1671                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1672            end
1673        else
1674            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1675            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1676        end
1677        if ~isempty(ivar_Z)
1678            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1679        end
1680        if ~isequal(Psi,0)
1681                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1682                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1683        end
1684        coord_Z=coord_z; %TO UPDATE
1685        %restriction to the range of x and y if imposed
1686        testin=ones(size(coord_X)); %default
1687        testbound=0;
1688        if testXMin
1689            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1690            testbound=1;
1691        end
1692        if testXMax
1693            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1694            testbound=1;
1695        end
1696        if testYMin
1697            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1698            testbound=1;
1699        end
1700        if testYMin
1701            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1702            testbound=1;
1703        end
1704        if testbound
1705            indcut=find(testin);
1706            for ivar=VarIndex
1707                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1708                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1709            end
1710            coord_X=coord_X(indcut);
1711            coord_Y=coord_Y(indcut);
1712            if length(ivar_Z)==1
1713                coord_Z=coord_Z(indcut);
1714            end
1715        end
1716        % different cases of projection
1717        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1718            %the list of dimension
1719            ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1720            ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1721            nbvar=0;
1722            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1723                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1724                if ivar==ivar_X %x coordinate
1725                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1726                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1727                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1728                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1729                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1730                end
1731                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1732                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1733                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1734                    nbvar=nbvar+1;
1735                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1736                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1737                    end
1738                end
1739            end 
1740        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1741            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1742            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1743            coord_z_proj=[ZMin:DZ:ZMax];
1744            [XI,YI,ZI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj,coord_z_proj);
1745            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1746            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1747            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1748            nbcoord=3; 
1749            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1750            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1751            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1752            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1753            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1754            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1755            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1756            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1757            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1758            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1759            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1760            if ~isequal(ivar_FF,0)
1761                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1762                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1763                coord_X=coord_X(indsel);
1764                coord_Y=coord_Y(indsel);
1765            end
1766            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1767            testFF=0;
1768            size(XI)
1769            size(YI)
1770            size(ZI)
1771            for ivar=VarIndex
1772                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1773                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1774                    ivar_new=ivar_new+1;
1775                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1776                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1777                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1778                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1779                    end
1780                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1781                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1782                    end
1783                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata3(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '),XI,YI,ZI);'])
1784%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1785%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1786%                     indnan=find(FFlag);
1787%                     if~isempty(indnan)
1788%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1789%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1790%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1791%                         testFF=1;
1792%                     end
1793%                     if ivar==ivar_U
1794%                         ivar_U=ivar_new;
1795%                     end
1796%                     if ivar==ivar_V
1797%                         ivar_V=ivar_new;
1798%                     end
1799%                     if ivar==ivar_W
1800%                         ivar_W=ivar_new;
1801%                     end
1802                end
1803            end
1804            if testFF
1805                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1806                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1807               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1808                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1809            end
1810        end
1811%case of fields defined on a structured  grid
1812    else 
1813        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1814        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1815        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1816        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1817        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1818        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1819        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1820        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1821        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1822        nbcolor=1; %default
1823        for idim=1:length(ListDimName)
1824            DimName=ListDimName{idim};
1825            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1826               nbcolor=DimValue(idim);
1827               DimIndices(idim)=[];
1828               DimValue(idim)=[];
1829            end
1830            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1831                DimIndices(idim)=[];
1832                DimValue(idim)=[];
1833            end
1834        end 
1835        ind_1=find(DimValue==1);
1836        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1837%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1838        nb_dim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1839        Coord_z=[];
1840        Coord_y=[];
1841        Coord_x=[];   
1842   
1843        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1844            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1845            test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
1846            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1847            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1848                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1849                DCoord=diff(Coord{idim});
1850                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1851                DCoord_max=max(DCoord);
1852                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1853                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1854                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1855                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1856                                return
1857                end               
1858                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1859                test_coord(idim)=1;
1860
1861            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1862                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1863                DCoord_min(idim)=1;%default
1864                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1865                test_direct(idim)=1;
1866            end
1867        end
1868        if nb_dim==2
1869            if DY==0
1870                DY=abs(DCoord_min(1));
1871            end
1872            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1873            npy=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1874            if DX==0
1875                DX=abs(DCoord_min(2));
1876            end
1877            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1878            npx=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1879            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1880            test_direct_y=test_direct(1);
1881            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1882            test_direct_x=test_direct(2);
1883            DAX=DCoord_min(2);
1884            DAY=DCoord_min(1);
1885        elseif nb_dim==3
1886            DZ=abs(DCoord_min(1));
1887            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1888            if DY==0
1889                DY=abs(DCoord_min(2));
1890            end
1891            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1892            npy=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1893            if DX==0
1894                DX=abs(DCoord_min(3));
1895            end
1896            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1897            npx=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1898            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1899            test_direct_z=test_direct(1);
1900            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1901            test_direct_y=test_direct(2);
1902            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1903            test_direct_x=test_direct(3);
1904        end 
1905        minAX=min(Coord_x);
1906        maxAX=max(Coord_x);
1907        minAY=min(Coord_y);
1908        maxAY=max(Coord_y);
1909        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1910        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1911        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1912        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1913        if ~testXMax
1914            XMax=max(xcor_new);
1915        end
1916        if ~testXMin
1917            XMin=min(xcor_new);
1918        end
1919        if ~testYMax
1920            YMax=max(ycor_new);
1921        end
1922        if ~testYMin
1923            YMin=min(ycor_new);
1924        end
1925        DXinit=(maxAX-minAX)/(npx-1);
1926        DYinit=(maxAY-minAY)/(npy-1);
1927        if DX==0
1928            DX=DXinit;
1929        end
1930        if DY==0
1931            DY=DYinit;
1932        end
1933        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1934        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1935        if test_direct_y
1936            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1937        else
1938            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1939        end
1940        if test_direct_x
1941            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1942        else
1943            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1944        end
1945       
1946        % case with no rotation and interpolation
1947        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1948            if test_direct(1)
1949                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1950                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1951                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1952                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1953            else
1954                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1955                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1956                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1957                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1958            end             
1959            if test_direct(2)==1
1960                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1961                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1962                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1963                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1964            else
1965                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1966                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1967                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1968                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1969            end
1970            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1971            min_ind2=max(min_ind2,1);
1972            max_ind1=min(max_ind1,npy);
1973            max_ind2=min(max_ind2,npx);
1974            for ivar=VarIndex
1975                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1976                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1977                ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1978                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1979                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1980                end
1981                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1982            end         
1983        else
1984        % case with rotation and/or interpolation
1985            if isempty(Coord_z) %2D case
1986                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1987                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1988                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1989                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1990                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1991                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1992                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1993                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
1994                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1995                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1996                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1997                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1998                    test_filter=1;
1999                else
2000                    test_filter=0;
2001                end
2002                for ivar=VarIndex
2003                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
2004                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
2005                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2006                    end
2007                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2008                    if test_filter 
2009                         Aclass=class(FieldData.A);
2010                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2011                         if ~isequal(Aclass,'double')
2012                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2013                         end
2014                    end
2015                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',npx*npy,nbcolor);'])%put the original image in line             
2016                    ind_in=find(flagin);
2017                    ind_out=find(~flagin);
2018                    ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
2019                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2020                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
2021                    for icolor=1:nbcolor
2022                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2023                    end
2024                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
2025                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2026                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2027                    end     
2028                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2029                end
2030                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2031                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2032                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2033            else %3D case
2034                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
2035                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2036                    iz_sup=find(test_sup);
2037                    iz=iz_sup(1);
2038                    if iz>=1 & iz<=npz
2039                        ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2040                        ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2041                        for ivar=VarIndex
2042                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2043                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2044                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2045                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2046                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2047                            if test_interp(2) | test_interp(3)
2048                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2049                            end
2050                        end
2051                    end
2052                else
2053                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2054                    %TODO: use interp3
2055                    return
2056                end
2057            end
2058        end
2059    end
2060    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
2061    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
2062        if isempty(ivar_V)
2063            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2064            return
2065        end
2066        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2067        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2068        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2069        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2070        if ~isempty(ivar_W)
2071            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2072            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2073            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2074        end
2075        if ~isequal(Psi,0)
2076            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2077            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2078        end
2079    end
2080end
2081
2082%-----------------------------------------------------------------
2083%transmit the global attributes
2084function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2085%-----------------------------------------------------------------
2086% ProjData=FieldData;
2087ProjData=[];%default
2088if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2089    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2090else
2091    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2092end
2093if isfield(FieldData,'Txt')
2094    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2095    return;
2096end
2097for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2098    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2099    if isfield(FieldData,AttrName)
2100        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2101    end
2102end
2103if isfield(FieldData,'CoordType')
2104    if isfield(ObjectData,'CoordType')&~isequal(FieldData.CoordType,ObjectData.CoordType)
2105        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordType ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordType ' coordinates'];
2106        return
2107    else
2108         ProjData.CoordType=FieldData.CoordType;
2109    end
2110end
2111
2112ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2113for ilist=1:length(ListObject)
2114    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2115        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2116        if ~isempty(val)
2117            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2118            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2119        end
2120    end   
2121end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.