source: trunk/src/proj_field.m @ 1054

Last change on this file since 1054 was 1054, checked in by sommeria, 4 years ago

bed_scan updated

File size: 120.2 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the
22%    objectuvmat
23
24%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
25%    .ProjAngle=angle of projection;
26%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
27%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
28
29%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
30%    .Txt: error message, transmitted to the projection
31%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
32%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
33%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
34% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
35%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
36%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
37%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
38%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
39%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
40% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
41% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
42%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
43%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
44%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
45%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
46%                        unstructured coordinate x, y  or z
47%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
48%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
49%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
50%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
51%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
52%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
53%
54% Default role of variables (by name)
55%  vector field:
56%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
57%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
58%    .C, .CName: scalar associated to the vector
59%    .F : equivalent to 'warnflag'
60%    .FF: equivalent to 'errorflag'
61%  scalar field or image:
62%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
63%    .A: scalar, projected on the object
64%    .AX, .AY: positions for the scalar
65%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
66%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
67
68%=======================================================================
69% Copyright 2008-2018, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
70%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
71%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
72%
73%     This file is part of the toolbox UVMAT.
74%
75%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
76%     it under the terms of the GNU General Public License as published
77%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
78%     or (at your option) any later version.
79%
80%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
81%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
82%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
83%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
84%=======================================================================
85
86function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
87errormsg='';%default
88ProjData=[];
89
90%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
91if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
92    return
93end
94% check list of effective projection modes
95if ~ismember(ObjectData.ProjMode,{'projection','interp_lin','interp_tps','inside','outside'})
96    return
97end
98if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
99    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
100        ObjectData.Coord=[0 0];%default
101    else
102        return
103    end
104end
105
106%% apply projection depending on the object type
107switch ObjectData.Type
108    case 'points'
109        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
110    case {'line','polyline'}
111        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
112    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
113        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
114            if ~exist('VarMesh','var')
115                VarMesh=[];
116            end
117            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh);
118        else
119            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
120        end
121    case {'plane','plane_z'}
122        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
123    case 'volume'
124        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
125end
126
127%-----------------------------------------------------------------
128%project on a set of points
129function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
130%-------------------------------------------------------------------
131
132siz=size(ObjectData.Coord);
133width=0;
134if isfield(ObjectData,'Range')
135    width=ObjectData.Range(1,2);
136end
137if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
138    width=max(ObjectData.RangeX);
139end
140if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
141    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
142end
143if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
144    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
145end
146if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
147    if width==0
148        errormsg='projection range around points needed';
149        return
150    end
151elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
152    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
153        return
154end
155[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
156if ~isempty(errormsg)
157    return
158end
159ProjData.NbDim=0;
160[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
161if ~isempty(errormsg)
162    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
163    return
164end
165%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
166for icell=1:length(CellInfo)
167    if NbDimArray(icell)<=1
168        continue %projection only for multidimensional fields
169    end
170    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
171    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
172    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
173    ivar_Z=[];
174    if NbDimArray(icell)==3
175        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
176    end
177    ivar_FF=[];
178    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
179        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
180        if numel(ivar_FF)>1
181            errormsg='multiple error flag input';
182            return
183        end
184    end   
185    % select types of  variables to be projected
186   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
187      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
188   for ilist=1:numel(ListProj)
189       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
190           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
191       end
192   end
193   VarIndex=find(check_proj);
194    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
195    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
196    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
197    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
198    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
199    for ivar=VarIndex       
200        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
201        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
202        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
203
204    end
205    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
206        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
207        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
208        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
209        if length(ivar_Z)==1
210            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
211            test3D=1;
212        end
213   
214        for ipoint=1:siz(1)
215           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
216           distX=coord_x-Xpoint(1);
217           distY=coord_y-Xpoint(2);         
218           dist=distX.*distX+distY.*distY;
219           indsel=find(dist<width*width);
220           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
221           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
222           if isequal(length(ivar_FF),1)
223               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
224               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
225               indsel=indsel(~FF);
226           end
227           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
228            for ivar=VarIndex
229               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
230               if isempty(indsel)
231                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
232               else
233                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
234                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
235                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
236                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
237                    end
238               end
239            end
240        end
241    else    %case of structured coordinates
242        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
243            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
244            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
245            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
246            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
247            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
248            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
249            npxy=size(A);         
250            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
251            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
252                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
253            end
254            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
255                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
256                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
257                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
258                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
259                if numel(Coord{idim})==2
260                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
261                    test_direct(idim)=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
262                else
263                    DCoord=diff(Coord{idim});
264                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
265                    DCoord_max=max(DCoord);
266                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
267                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
268                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
269                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
270                        return
271                    end
272                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
273                    test_coord(idim)=1;
274                end
275            end
276            DX=DCoord_min(2);
277            DY=DCoord_min(1);
278            for ipoint=1:siz(1)
279                xwidth=width/(abs(DX));
280                ywidth=width/(abs(DY));
281                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
282                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
283                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
284                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
285                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
286                j_min=max(1,j_min);
287                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
288                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
289                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
290                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
291                i_int=(i_min:i_plus);
292                j_int=(j_min:j_plus);
293                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
294                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
295                   for ivar=VarIndex   
296                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
297                   end
298                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
299                else
300                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
301                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
302                    for ivar=VarIndex   
303                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
304                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
305                    end
306                end
307            end
308        end
309   end
310end
311
312%-----------------------------------------------------------------
313%project in a patch
314function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh)%%
315%-------------------------------------------------------------------
316[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
317if ~isempty(errormsg)
318    return
319end
320%objectfield=fieldnames(ObjectData);
321widthx=0;
322widthy=0;
323if isfield(ObjectData,'RangeX') && ~isempty(ObjectData.RangeX)
324    widthx=max(ObjectData.RangeX);
325end
326if isfield(ObjectData,'RangeY') && ~isempty(ObjectData.RangeY)
327    widthy=max(ObjectData.RangeY);
328end
329
330%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
331ProjData.NbDim=1;
332ProjData.ListVarName={};
333ProjData.VarDimName={};
334ProjData.VarAttribute={};
335
336CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
337if isfield (FieldData,'VarAttribute')
338    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
339        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
340            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
341        end
342        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
343            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
344        end
345    end
346end
347
348%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
349[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
350if ~isempty(errormsg)
351    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
352    return
353end
354
355%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
356for icell=1:length(CellInfo)
357    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
358    test_Amat=0;
359    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
360        continue
361    end
362    ivar_FF=[];
363    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
364    if testfalse
365        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
366        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
367        errorflag=FieldData.(FFName);
368    end
369    % select types of  variables to be projected
370    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
371    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
372    for ilist=1:numel(ListProj)
373        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
374            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
375        end
376    end
377    VarIndex=find(check_proj);
378   
379    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
380    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
381    ivar_Z=[];
382    if NbDim(icell)==3
383        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
384    end
385    switch CellInfo{icell}.CoordType
386        case 'scattered' %case of unstructured coordinates
387            for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
388                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
389                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
390            end
391            XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
392            YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
393            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
394            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
395            % image or 2D matrix
396        case 'grid' %case of structured coordinates
397            test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
398            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
399            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
400            AX=FieldData.(AXName);% x coordinate
401            AY=FieldData.(AYName);% y coordinate
402            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
403            DimValue=size(FieldData.(VarName));
404            if length(AX)==2
405                AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
406            end
407            if length(AY)==2
408                AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
409            end
410            if length(DimValue)==3
411                testcolor=1;
412                npxy(3)=3;
413            else
414                testcolor=0;
415                npxy(3)=1;
416            end
417            [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
418            npxy(1)=length(AY);
419            npxy(2)=length(AX);
420            Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
421            Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
422            for ivar=1:length(VarIndex)
423                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
424                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
425            end
426    end
427    %select the indices in the range of action
428    testin=[];%default
429    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
430        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
431            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
432            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
433            testin=distX<widthx & distY<widthy;
434        elseif test_Amat
435            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
436            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
437            testin=distX<widthx & distY<widthy;
438        end
439    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
440        if strcmp(CoordType,'scattered')
441            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
442        elseif strcmp(CoordType,'grid')
443            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
444        else%calculate the scalar
445            testin=[]; %A REVOIR
446        end
447    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
448        X2Max=widthx*widthx;
449        Y2Max=(widthy)*(widthy);
450        if strcmp(CoordType,'scattered')
451            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
452            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
453            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
454        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
455            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
456            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
457            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
458        end
459    end
460    %selected indices
461    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
462        testin=~testin;
463    end
464    if testfalse
465        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
466    end
467    indsel=find(testin);
468    nbvar=0;
469    VarSize=zeros(size(VarIndex));
470    for ivar=VarIndex
471        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
472        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each co
473        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
474        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color co
475        nbvar=nbvar+1;
476        VarSize(nbvar)=mean((ProjData.([VarName 'Max'])-ProjData.([VarName 'Min']))/100);
477    end
478    if  isempty(VarMesh)% || isnan(VarMesh) % mesh not specified as input, estimate from the bounds
479        VarMesh=mean(VarSize);
480        ord=10^(floor(log10(VarMesh)));%order of magnitude
481        if VarMesh/ord >=5
482            VarMesh=5*ord;
483        elseif VarMesh/ord >=2
484            VarMesh=2*ord;
485        else
486            VarMesh=ord;
487        end
488    end
489    for ivar=VarIndex
490        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
491        LowBound=VarMesh*ceil(ProjData.([VarName 'Min'])/VarMesh);
492        UpperBound=VarMesh*floor(ProjData.([VarName 'Max'])/VarMesh);
493        if numel(indsel)<=1
494            errormsg='only one data point or less for histogram';
495            return
496        elseif isequal(LowBound,UpperBound)
497            errormsg='attempt histogram of uniform field: low bound = high bound';
498            return
499        end       
500        ProjData.(VarName)=LowBound:VarMesh:UpperBound; % list of bin values
501        ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
502        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
503        if test_Amat && testcolor
504            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
505        else
506            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
507        end
508        VarAttribute_var=[];
509        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
510            VarAttribute_var=FieldData.VarAttribute{ivar};
511        end
512      %  VarAttribute_var.Role='coord_x';% the variable is now used as an absissa
513        VarAttribute_histo.Role='histo';
514        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {VarAttribute_var} {VarAttribute_histo} {[]} {[]} {[]}];
515    end
516end
517
518%-----------------------------------------------------------------
519%project on a line
520% AJOUTER flux,circul,error
521% OUTPUT:
522% ProjData: projected field
523%
524function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
525%-----------------------------------------------------------------
526
527%% prepare heading for the projected field
528[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
529if ~isempty(errormsg)
530    return
531end
532ProjData.NbDim=1;
533%initialisation of the input parameters and defaultoutput
534ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
535% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
536width=0;
537if isfield(ObjectData,'RangeY')
538    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
539end
540% default output
541Xline=[];
542flux=0;
543circul=0;
544liny=ObjectData.Coord(:,2);
545NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
546
547%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
548[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
549if ~isempty(errormsg)
550    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
551    return
552end
553CellInfo=CellInfo(NbDim>=2); %keep only the 2D or 3D cells
554cell_select=true(size(CellInfo));
555for icell=1:length(CellInfo)
556    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
557        if strcmp(ProjMode,'interp_tps')&& ~strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'tps')
558            cell_select(icell)=0;
559        end
560    end
561end
562if isempty(find(cell_select,1))
563    errormsg=[' invalid projection mode ''' ProjMode ''': use ''interp_tps'' to interpolate spatial derivatives'];
564    return
565end
566CellInfo=CellInfo(cell_select);
567
568%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
569LineCoord=ObjectData.Coord;
570switch ObjectData.Type
571    case 'ellipse'
572        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
573        NbSegment=0;
574    case 'rectangle'
575        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
576        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
577        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
578        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
579    case 'polygon'
580        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
581end
582if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
583    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
584        return% line needs at least 2 points to be defined
585    end
586    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
587    dliny=diff(LineCoord(:,2));
588    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
589    LineLength=sum(dlength);
590    NbSegment=numel(LineLength);
591end
592CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
593
594%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
595
596% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
597xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
598if isequal(ProjMode,'projection')
599    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
600        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
601        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
602        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
603        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
604    else
605        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
606        return
607    end
608else % need to define the set of interpolation points
609    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
610        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
611        if CheckClosedLine
612            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
613            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
614            DX_edge=DX/2;
615        else
616            DX_edge=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point, the same for the end point
617        end
618        XI=[];
619        YI=[];
620        ThetaI=[];
621        dlengthI=[];
622        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
623            phi=(DX_edge:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
624            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
625            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
626            dphi=2*pi*DX/LineLength;
627            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
628        else
629            for isegment=1:NbSegment
630                costheta=cos(theta(isegment));
631                sintheta=sin(theta(isegment));
632                %                 XIsegment=LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
633                %                 YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
634                NbInterval=floor((dlength(isegment)-DX_edge)/DX);
635                LastX=DX_edge+DX*NbInterval;
636                NbPoint=NbInterval+1;
637                XIsegment=linspace(LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta,LineCoord(isegment,1)+LastX*costheta,NbPoint);
638                YIsegment=linspace(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta,LineCoord(isegment,2)+LastX*sintheta,NbPoint);
639                XI=[XI XIsegment];
640                YI=[YI YIsegment];
641                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
642                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
643                DX_edge=DX-(dlength(isegment)-LastX);%edge for the next segment set to keep DX=DX_end+DX_edge between two segments
644            end
645        end
646        Xproj=cumsum(dlengthI);
647    else
648        errormsg='abscissa mesh along line DX needed for interpolation';
649        return
650    end
651end
652
653%% loop on variable cells with the same space dimension 2
654ProjData.ListVarName={};
655ProjData.VarDimName={};
656check_abscissa=0;
657for icell=1:length(CellInfo)
658    % list of variable types to be projected
659    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
660    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
661    for ilist=1:numel(ListProj)
662        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
663            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
664        end
665    end
666    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
667   
668    %identify error flag
669    errorflag=0; %default, no error flag
670    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
671        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
672        errorflag=FieldData.(FFName);
673    end
674    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
675    ivar_U=[];
676    ivar_V=[];
677    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
678   
679    %         circul=0;
680    %         flux=0;
681    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
682    switch CellInfo{icell}.CoordType
683        %case of unstructured coordinates
684        case 'scattered'
685            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});
686            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});
687           
688            if strcmp(ProjMode,'projection')
689                if width==0
690                    errormsg='range of the projection object is missing';
691                    return
692                end
693                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
694                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
695                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
696                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
697                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
698                % select the (non false) input data located in the band of projection
699                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
700                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
701                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
702                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
703                coord_x=coord_x(flagsel);
704                coord_y=coord_y(flagsel);
705                costheta=cos(theta);
706                sintheta=sin(theta);
707                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
708                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
709                ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)})=Xproj;
710                for ivar=1:numel(VarIndex)
711                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict variables to the projection band
712                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
713                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
714                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
715                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
716                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
717                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x');
718                            ivar_U=nbvar+ivar;
719                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y');
720                            ivar_V=nbvar+ivar;
721                        end
722                    end
723                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles with continuoval(['us lines
724                end
725            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
726                if ~check_abscissa
727                    %XName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
728                    XName='X';
729                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
730                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
731                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
732                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
733                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
734                    check_abscissa=1; % define abcissa only once
735                end
736                if ~isequal(errorflag,0)
737                    VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
738                    indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
739                    coord_x=coord_x(indsel);
740                    coord_y=coord_y(indsel);
741                    for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
742                        VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
743                        FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
744                    end
745                end
746                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
747                ProjData.X=Xproj;
748                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
749                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
750                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
751                for ivar=1:numel(VarAttribute)
752                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
753                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
754                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
755                            ivar_U=ivar+nbvar;
756                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
757                            ivar_V=ivar+nbvar;
758                        end
759                    end
760                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='coord_y';% will promote plots of the profiles with continuous lines
761                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
762                end
763            end
764        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
765            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
766                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
767                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
768                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
769                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
770                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y}));
771                end
772                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
773                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'X'}];
774                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
775                ProjData.X=Xproj;
776                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
777                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
778                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
779                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
780                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
781                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
782                for ivar=1:numel(VarAttribute)
783                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
784                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
785                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
786                            ivar_U=ivar+nbvar;
787                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
788                            ivar_V=ivar+nbvar;
789                        end
790                    end
791                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='coord_y';% will promote plots of the profiles with continuous lines
792                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
793                end
794            end
795            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
796           
797        case 'grid'   %case of structured coordinates
798            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
799                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates'];
800                return
801            end%
802            test_interp2=0;%default
803           
804            if max(NbDim)==3 % 3D case
805                AZName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
806                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
807                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-2)};
808                AX=FieldData.(AXName);% set of x positions
809                AY=FieldData.(AYName);% set of y positions
810                AZ=FieldData.(AZName);% set of z positions
811                 AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
812                npxy=size(FieldData.(AName));
813                npz=npxy(1);
814                npy=npxy(2);
815                npx=npxy(1);
816                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
817                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
818                 AZI=linspace(AZ(1),AZ(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
819                for ivar=VarIndex
820                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
821                    FieldData.(VarName)=interp3(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(AZName),FieldData.(VarName),AXI,AYI,AZI);
822
823%                     vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
824%                     if nbcolor==1
825%                         vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
826%                         vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
827%                         A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
828%                         ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
829%                     elseif nbcolor==3
830%                         vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
831%                         vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
832%                         vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
833%                         vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
834%                         A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
835%                         ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
836%                     end
837                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
838                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
839                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
840                end
841               
842            else
843                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
844                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
845                AX=FieldData.(AXName);% set of x positions
846                AY=FieldData.(AYName);% set of y positions
847                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
848                npxy=size(FieldData.(AName));
849                npx=npxy(2);
850                npy=npxy(1);
851                if numel(AX)==2
852                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
853                else
854                    DX_vec=diff(AX);
855                    DX=max(DX_vec);
856                    DX_min=min(DX_vec);
857                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
858                        test_interp2=1;
859                        DX=DX_min;
860                    end
861                end
862                if numel(AY)==2
863                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
864                else
865                    DY_vec=diff(AY);
866                    DY=max(DY_vec);
867                    DY_min=min(DY_vec);
868                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
869                        test_interp2=1;
870                        DY=DY_min;
871                    end
872                end
873                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
874                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
875                if isfield(ObjectData,'DX')
876                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
877                else
878                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
879                end
880                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
881                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
882                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
883                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
884                if isfield(FieldData,'RangeX')
885                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
886                else
887                    XMin=0;
888                end
889                ProjData.(AXName)=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);%abscissa of the new pixels along the line
890                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
891                npX=length(ProjData.(AXName));
892                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
893                [X,Y]=meshgrid(ProjData.(AXName),y);%grid in the line coordinates
894                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
895                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
896                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
897                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
898                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
899                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
900                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
901                ind_in=find(flagin);
902                ind_out=find(~flagin);
903                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
904                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
905                if numel(npxy)==2
906                    nbcolor=1;
907                elseif length(npxy)==3
908                    nbcolor=npxy(3);
909                else
910                    errormsg='multicomponent field not projected';
911                    display(errormsg)
912                    return
913                end
914                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
915                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
916                nbvar=numel(ProjData.VarDimName);
917                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
918                for ivar=VarIndex
919                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
920                    if test_interp2% interpolate on new grid
921                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI');
922                    end
923                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
924                    if nbcolor==1
925                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
926                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
927                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
928                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
929                    elseif nbcolor==3
930                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
931                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
932                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
933                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
934                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
935                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
936                    end
937                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
938                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
939                    nbvar=nbvar+1;
940                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_y';% for plot with continuous line
941                end
942                if nbcolor==3
943                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
944                end
945            end
946           
947    end
948if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
949    vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U});
950    ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
951    ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
952end
953end
954
955% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
956% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
957% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
958% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
959% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
960% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
961% %     else
962% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
963% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
964% %     end
965%
966% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
967
968
969%-----------------------------------------------------------------
970%project on a plane
971% AJOUTER flux,circul,error
972function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
973%-----------------------------------------------------------------
974
975%% rotation angles
976PlaneAngle=[0 0];
977norm_plane=[0 0 1];
978%cos_om=1;
979%sin_om=0;
980test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
981test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
982% if strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
983%     Delta_x=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
984%     Delta_y=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
985%     Delta_mod=sqrt(Delta_x*Delta_x+Delta_y*Delta_y);
986%     ObjectData.Angle=[0 0 0];
987%     ObjectData.Angle(1)=90*Delta_x/Delta_mod;
988%     ObjectData.0(2)=90*Delta_y/Delta_mod;
989% end   
990if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 2])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0])
991    test90y=0;%isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
992    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
993    %     om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
994    %     OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
995    %     cos_om=cos(om);
996    %     sin_om=sin(om);
997    %     coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
998    %     %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
999    %     norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1000    %     norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1001    %     norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1002   
1003    M1=[cos(PlaneAngle(1)) sin(PlaneAngle(1)) 0;-sin(PlaneAngle(1)) cos(PlaneAngle(1)) 0;0 0 1];
1004    M2=[1 0 0;0 cos(PlaneAngle(2)) sin(PlaneAngle(2));0 -sin(PlaneAngle(2)) cos(PlaneAngle(2))];
1005    M=M2*M1;% first rotate in the x,y plane with angle PlaneAngle(1), then slant around the new x axis0 with angle PlaneAngle(2)
1006    norm_plane=M*[0 0 1]';
1007   
1008end
1009testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0])||~isequal(ObjectData.Coord(1:2),[0 0 ]) ;% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1010
1011%% mesh sizes DX and DY
1012DX=[];
1013DY=[];%default
1014if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
1015    DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1016elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1017    DX=FieldData.CoordMesh;
1018end
1019if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
1020    DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1021elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1022    DY=FieldData.CoordMesh;
1023end
1024if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
1025    errormsg='DX or DY not defined';
1026    return
1027end
1028InterpMesh=min(DX,DY);%mesh used for interpolation in a slanted plane
1029% if strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
1030%     InterpMesh=10*InterpMesh;%TODO: temporary, to shorten computation
1031% end
1032
1033%% extrema along each axis
1034testXMin=0;% test if min of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1035testXMax=0;% test if max of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1036testYMin=0;% test if min of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1037testYMax=0;% test if max of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1038if isfield(ObjectData,'RangeX') % rangeX defined by the projection object
1039    XMin=min(ObjectData.RangeX);
1040    XMax=max(ObjectData.RangeX);
1041    testXMin=XMax>XMin;%=1 if XMin defined (i.e. RangeY has two distinct elements)
1042    testXMax=1;% max of X coordinates defined on the projection object
1043end
1044if isfield(ObjectData,'RangeY') % rangeY defined by the projection object
1045    YMin=min(ObjectData.RangeY);
1046    YMax=max(ObjectData.RangeY);
1047    testYMin=YMax>YMin;%=1 if YMin defined (i.e. RangeY has tow distinct elements)
1048    testYMax=1;% max of Y coordinates defined on the projection object
1049end
1050width=0;%default width of the projection band
1051if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1052    width=max(ObjectData.RangeZ);
1053end
1054
1055%% interpolation range
1056thresh2=[];
1057if isfield(ObjectData,'RangeInterp')
1058    thresh2=ObjectData.RangeInterp*ObjectData.RangeInterp;%square of interpolation range (do not interpolate beyond this range)
1059end
1060
1061%% initiate Matlab  structure for physical field
1062[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1063if ~isempty(errormsg)
1064    return
1065end
1066
1067%% reproduce initial plane position and angle
1068if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
1069    if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
1070        if isfield(ProjData,'.PlaneCoord') && ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1071            errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
1072            return
1073        end
1074    else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
1075        ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
1076    end
1077    if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
1078        if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
1079            if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1080                errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
1081                return
1082            end
1083        else
1084            ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
1085        end
1086    end
1087end
1088ProjData.NbDim=2;
1089ProjData.ListVarName={};
1090ProjData.VarDimName={};
1091ProjData.VarAttribute={};
1092if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
1093    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1094elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1095    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1096end
1097%error=0;%default
1098%flux=0;
1099
1100%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1101
1102[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
1103
1104if ~isempty(errormsg)
1105    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1106    return
1107end
1108
1109check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
1110ProjMode=num2cell(blanks(numel(CellInfo)));
1111ProjMode=regexprep(ProjMode,' ',ObjectData.ProjMode);
1112%ProjMode=cell(size(CellInfo));
1113% for icell=1:numel(CellInfo)
1114%     ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;% projection mode of the plane object
1115% end
1116icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
1117if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')&& ~strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')% TODO:rationalize
1118    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
1119    if ~testYMin
1120        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return
1121    end
1122    if ~testYMax
1123        errormsg='max Y value not defined for the projection grid';return
1124    end
1125    if ~testXMin
1126        errormsg='min X value not defined for the projection grid';return
1127    end
1128    if ~testXMax
1129        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
1130    end
1131else
1132    %% case of a grid requested by the input field
1133    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1134        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
1135            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
1136                case 'interp_lin'
1137                    ProjMode{icell}='interp_lin';
1138                case 'interp_tps'
1139                    ProjMode{icell}='interp_tps';
1140            end
1141        end
1142        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1143            check_grid(icell)=1;
1144        end
1145        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid') && NbDimArray(icell)>=2
1146            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
1147                icell_grid=icell;
1148                ProjMode{icell}='projection';
1149            end
1150            check_grid(icell)=1;
1151        end
1152    end
1153    if ~isempty(find(check_grid))% if a grid is requested by the input field
1154        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
1155            if ~isfield(FieldData,'XMax')
1156                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
1157            end
1158        end
1159    end
1160end
1161if ~isempty(find(check_grid))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1162    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1163        AYName='coord_y';
1164        AXName='coord_x';
1165        if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')||strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
1166            ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1167            ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
1168            coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
1169            coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
1170        else
1171            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1172            ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
1173            coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
1174            coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
1175        end
1176        [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1177        ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
1178%         XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1179%         YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1180    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
1181        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
1182        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1183        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1184        AYDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%
1185        AXDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%
1186         ProjData.VarDimName={AYDimName,AXDimName};
1187        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
1188        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
1189    end
1190    ProjData.ListVarName={AYName,AXName};
1191   
1192    ProjData.VarAttribute{1}.Role='coord_y';
1193    ProjData.VarAttribute{2}.Role='coord_x';
1194end
1195   
1196%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1197% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
1198% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1199%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1200% icoord=0;
1201nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1202%nbvar=0;
1203vector_x_proj=[];
1204vector_y_proj=[];
1205for icell=1:length(CellInfo)
1206    NbDim=NbDimArray(icell);
1207    if NbDim<2
1208        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1209    end
1210    VarIndex= CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1211    %dimensions
1212    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1213    if ischar(DimCell)
1214        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1215    end
1216    coord_z=0;%default
1217    ListVarName={};% initiate list of projected variables for cell # icell
1218    VarDimName={};% initiate coresponding list of dimensions for cell # icell
1219    VarAttribute={};% initiate coresponding list of var attributes  for cell # icell
1220    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1221    switch CellInfo{icell}.CoordType
1222       
1223        case 'scattered'
1224            %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1225            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1226                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1227            end
1228            coord_x=FieldData.(CellInfo{icell}.XName);% initial x coordinates
1229            coord_y=FieldData.(CellInfo{icell}.YName);% initial y coordinates
1230            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1231            if check3D
1232                coord_z=FieldData.(CellInfo{icell}.ZName);
1233            end
1234           
1235            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1236            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1237            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1238            if check3D
1239                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1240            end
1241           
1242            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1243            if check3D &&  width > 0
1244                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1245                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1246                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1247                for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex]
1248                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1249                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1250                end
1251                coord_x=coord_x(indcut);
1252                coord_y=coord_y(indcut);
1253                coord_z=coord_z(indcut);
1254            end
1255           
1256            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1257            Psi=PlaneAngle(1);
1258            Theta=PlaneAngle(2);
1259           % Phi=PlaneAngle(3);
1260            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1261                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1262                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1263                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1264                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1265                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1266            else
1267                coord_X=coord_x;
1268                coord_Y=coord_y;
1269            end
1270           
1271            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1272            testin=ones(size(coord_X)); %default
1273            testbound=0;
1274            if testXMin
1275                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1276                testbound=1;
1277            end
1278            if testXMax
1279                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1280                testbound=1;
1281            end
1282            if testYMin
1283                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1284                testbound=1;
1285            end
1286            if testYMin
1287                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1288                testbound=1;
1289            end
1290            if testbound
1291                indcut=find(testin);
1292                if isempty(indcut)
1293                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1294                    return
1295                end
1296                for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex]
1297                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1298                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1299                end
1300                coord_X=coord_X(indcut);
1301                coord_Y=coord_Y(indcut);
1302                if check3D
1303                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1304                end
1305            end
1306           
1307            % two cases of projection for scattered coordinates
1308            switch ProjMode{icell}
1309                case 'projection'
1310                    nbvar=0;
1311                    %nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1312                    for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex] %transfer variables to the projection plane
1313                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1314                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1315                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1316                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1317                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1318                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1319                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1320                        end
1321                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1322                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1323                            VarDimName=[VarDimName DimCell];
1324                            nbvar=nbvar+1;
1325                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1326                                VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1327                            end
1328                        end
1329                    end
1330                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1331                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1332                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1333                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1334                        coord_X=coord_X(indsel);
1335                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1336                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1337                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1338                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1339                        end
1340                    end
1341                    % interpolate and calculate field on the grid
1342                   
1343                    [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1344                   
1345                    % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1346                    if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1347                        F=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_X,'nearest');
1348                        G=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_Y,'nearest');
1349                    else
1350                        F=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_X,'nearest');
1351                        G=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_Y,'nearest');
1352                    end
1353                    Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1354                    Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1355                    Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1356                    if ~isempty(thresh2)
1357                        for ivar=1:numel(VarVal)
1358                            VarVal{ivar}(Dist>thresh2)=NaN;% % put to NaN interpolated positions further than 4 meshes from initial data
1359                        end
1360                    end
1361                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1362                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1363                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1364                        ListVarName={};% no new variable
1365                        VarAttribute={};
1366                    else
1367                        VarDimName=cell(size(ListVarName));
1368                        for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1369                            ListVarName{ilist}=regexprep(ListVarName{ilist},'(.+','');
1370                            if ~isempty(find(strcmp(ListVarName{ilist},ProjData.ListVarName)))
1371                                ListVarName{ilist}=[ListVarName{ilist} '_1'];
1372                            end
1373                            ProjData.(ListVarName{ilist})=VarVal{ilist};
1374                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1375                        end
1376                    end
1377                    if isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&& isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1378                    vector_x_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x; %preserve for next cell
1379                    vector_y_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y; %preserve for next cell
1380                    end
1381            end
1382           
1383        case 'tps'
1384            %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1385            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1386                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1387               
1388               
1389                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1390                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1391                checkUV=0;
1392                if strcmp(CellInfo{icell}.VarType,'vector')
1393                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y}));
1394                    checkUV=1;
1395                end
1396               
1397                %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1398                Psi=PlaneAngle(1);
1399                Theta=PlaneAngle(2);
1400               % Phi=PlaneAngle(3);
1401                if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1402                    new_XI=XI*cos(Phi) - YI*sin(Phi)+ObjectData.Coord(1);
1403                    YI=XI *sin(Phi) + YI *cos(Phi)+ObjectData.Coord(2);
1404                    XI=new_XI;
1405                    %                 if checkUV
1406                    %                     UValue=cos(Phi)*FieldVar(:,:,1)+ sin(Phi)*FieldVar(:,:,2);
1407                    %                     FieldVar(:,:,2)=-sin(Phi)*FieldVar(:,:,1)+ cos(Phi)*FieldVar(:,:,2);
1408                    %                     FieldVar(:,:,1)=UValue;
1409                    %                 end
1410                end
1411               
1412                % interpolate data using thin plate spline
1413                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
1414               
1415                % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1416                Coord=permute(Coord,[1 3 2]);
1417                Coord=reshape(Coord,size(Coord,1)*size(Coord,2),2);
1418                if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1419                    F=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1420                    G=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1421                else
1422                    F=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1423                    G=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1424                end
1425                Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1426                Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1427                Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1428                ListVarName=(fieldnames(DataOut))';
1429                VarDimName=cell(size(ListVarName));
1430                for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1431                    VarName=ListVarName{ilist};
1432                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1433                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1434                    if ~isempty(thresh2)
1435                        ProjData.(VarName)(Dist>thresh2)=NaN;% put to NaN interpolated positions further than RangeInterp from initial data
1436                    end
1437                end
1438            end
1439           
1440        case 'grid'
1441            %% case of input fields defined on a structured  grid
1442            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1443            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1444            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1445            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1446           % nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1447            if NbDim>=3
1448                if NbDim>3
1449                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1450                    return
1451                else
1452                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1453                        nbcolor=DimValue(3);
1454                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1455                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1456                    end
1457                end
1458            end
1459            Coord_z=[];
1460            Coord_y=[];
1461            Coord_x=[];
1462           
1463            if testangle
1464                ProjMode{icell}='interp_lin'; %request linear interpolation for projection on a tilted plane
1465            end
1466           
1467            if isequal(ProjMode{icell},'projection')% && (~testangle || test90y || test90x)
1468                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1469                    ListVarName=[ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1470                    VarDimName=[VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)];
1471                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1472                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1473                    end
1474                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1475                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1476                    for ivar=VarIndex
1477                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1478                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1479                    end
1480                else
1481                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1482                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1483                    if NbDim==3
1484                        Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});
1485                    end
1486                    if numel(Coord{NbDim-1})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1487                        DY=(Coord{NbDim-1}(2)-Coord{NbDim-1}(1))/(DimValue(1)-1);
1488                    end
1489                    if numel(Coord{NbDim})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1490                        DX=(Coord{NbDim}(2)-Coord{NbDim}(1))/(DimValue(2)-1);
1491                    end
1492                    if testYMax
1493                         YIndexMax=(YMax-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1494                        if testYMin%test_direct(indY)
1495                            YIndexMin=(YMin-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1496                        else
1497                            YIndexMin=1;
1498                        end         
1499                    else
1500                        YIndexMax=numel(Coord{NbDim-1});
1501                        YIndexMin=1;
1502                    end
1503                    if testXMax
1504                         XIndexMax=(XMax-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1505                        if testYMin%test_direct(indY)
1506                            XIndexMin=(XMin-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1507                        else
1508                            XIndexMin=1;
1509                        end         
1510                    else
1511                        XIndexMax=numel(Coord{NbDim});
1512                        XIndexMin=1;
1513                    end
1514                    YIndexRange(1)=ceil(min(YIndexMin,YIndexMax));%first y index to select from the previous field
1515                    YIndexRange(1)=max(YIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1516                    YIndexRange(2)=floor(max(YIndexMin,YIndexMax));%last y index to select from the previous field
1517                    YIndexRange(2)=min(YIndexRange(2),DimValue(NbDim-1));% limit to the last available index
1518                    XIndexRange(1)=ceil(min(XIndexMin,XIndexMax));%first x index to select from the previous field
1519                    XIndexRange(1)=max(XIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1520                    XIndexRange(2)=floor(max(XIndexMin,XIndexMax));%last x index to select from the previous field
1521                    XIndexRange(2)=min(XIndexRange(2),DimValue(NbDim));% limit to the last available index
1522                    if test90y
1523                        ind_new=[3 2 1];
1524                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1525                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1526                        for ivar=VarIndex
1527                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1528                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1529                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1530                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1531                            ProjData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),ind_new);% permute x and z indices for 90 degree rotation
1532                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1533                        end
1534                        ProjData.(AYName)=[Ybound(1) Ybound(2)]; %record the new (projected ) y coordinates
1535                        ProjData.(AXName)=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)]; %record the new (projected ) x coordinates
1536                    else
1537                        if NbDim==3
1538                            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(numel(Coord{1})-1);
1539                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1540                            DimValue(1)=[];
1541                            test_direct=1;%TOdo; GENERALIZE, SEE CASE OF points
1542                            if test_direct(1)
1543                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1544                            else
1545                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1546                            end
1547                        end
1548                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1549                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1550                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1551                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1552                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1553                                VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1554                            end
1555                            if NbDim==3
1556                                ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end)));
1557                            else
1558                                ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName)(YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end),:);
1559                            end
1560                        end
1561                        if testXMax
1562                         ProjData.(AXName)=Coord{NbDim}(1)+DX*(XIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1563                        else
1564                          ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1565                        end
1566                        if testYMax
1567                            ProjData.(AYName)=Coord{NbDim-1}(1)+DY*(YIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1568                        else
1569                          ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1570                        end                           
1571                    end
1572                end
1573            else       % case with interpolation on a grid
1574                if NbDim==2 %2D case
1575                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1576                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1577                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1578                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1579                        test_interp_tps=1;
1580                    else
1581                        test_interp_tps=0;
1582                    end
1583                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1584                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1585                    if ~(testXMin && testYMin)% % if the range of the projected coordinates is not fully defined by the projection object, find the extrema of the projected field
1586                        xcorner=[min(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) min(Coord{NbDim})]-ObjectData.Coord(1,1);% corner absissa of the original grid with respect to the new origin
1587                        ycorner=[min(Coord{NbDim-1}) min(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1})]-ObjectData.Coord(1,2);% corner ordinates of the original grid
1588                        xcor_new=xcorner*cos(PlaneAngle(3))+ycorner*sin(PlaneAngle(3));%coordinates of the corners in new frame
1589                        ycor_new=-xcorner*sin(PlaneAngle(3))+ycorner*cos(PlaneAngle(3));
1590                        if ~testXMin
1591                            XMin=min(xcor_new);
1592                        end
1593                        if ~testXMax
1594                            XMax=max(xcor_new);
1595                        end
1596                        if ~testYMin
1597                            YMin=min(ycor_new);
1598                        end
1599                        if ~testYMax
1600                            YMax=max(ycor_new);
1601                        end
1602                    end
1603                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1604                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1605                    ProjData.(AYName)=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)]; %record the new (projected ) y coordinates
1606                    ProjData.(AXName)=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)]; %record the new (projected ) x coordinates
1607                    [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1608                    XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(2))-YI*sin(PlaneAngle(1));%corresponding coordinates in the original system
1609                    YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(2))+YI*cos(PlaneAngle(1));
1610                    if numel(Coord{1})==2% x coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1611                        Coord{1}=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(1));
1612                    end
1613                    if numel(Coord{2})==2% y coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1614                        Coord{2}=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(2));
1615                    end
1616                    [X,Y]=meshgrid(Coord{2},Coord{1});%initial coordinates
1617                    %name of error flag variable
1618                    FFName='FF';%default name (if not already used)
1619                    if isfield(ProjData,'FF')
1620                        ind=1;
1621                        while isfield(ProjData,['FF_' num2str(ind)])
1622                            ind=ind+1;
1623                        end
1624                        FFName=['FF_' num2str(ind)];% append an index to the name of error flag, FF_1,FF_2...
1625                    end
1626                    % project all variables in the cell
1627                    for ivar=VarIndex
1628                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1629                        if size(FieldData.(VarName),3)==1
1630                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,'*linear');%interpolation fct
1631                        else
1632                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,1)),XI,YI,'*linear');
1633                            for icolor=2:size(FieldData.(VarName),3)% project 'color' components
1634                                ProjData.(VarName)=cat(3,ProjData.(VarName),interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,icolor)),XI,YI,'*linear'));
1635                            end
1636                        end
1637                        if isa(FieldData.(VarName),'uint8')
1638                            ProjData.(VarName)=uint8(ProjData.(VarName));%put result to integer 8 bits if the initial field is integer (image)
1639                        elseif isa(FieldData.(VarName),'uint16')
1640                            ProjData.(VarName)=uint16(ProjData.(VarName));%put result to integer 16 bits if the initial field is integer (image)
1641                        end
1642                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1643                        DimCell(1:2)={AYName,AXName};
1644                        VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1645                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1646                            VarAttribute{length(ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1647                        end;
1648                        ProjData.(FFName)=isnan(ProjData.(VarName));%detact NaN (points outside the interpolation range)
1649                        ProjData.(VarName)(ProjData.(FFName))=0; %set to 0 the NaN data
1650                    end
1651                    %update list of variables with error flag
1652                    ListVarName=[ListVarName FFName];
1653                    VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1654                    VarAttribute{numel(ListVarName)}.Role='errorflag';
1655                elseif ~testangle
1656                    % unstructured z coordinate
1657                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1658                    iz_sup=find(test_sup);
1659                    iz=iz_sup(1);
1660                    if iz>=1 & iz<=npz
1661                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1662                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1663                        for ivar=VarIndex
1664                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1665                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1666                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1667                            ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1668                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1669                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1670                                ProjData.(VarName)=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.(VarName),Coord_x,Coord_y);
1671                            end
1672                        end
1673                    end
1674                else   %projection of structured coordinates on oblique plane
1675                    % determine the boundaries of the projected field,
1676                    % first find the 8 summits of the initial volume in the
1677                    PlaneAngle=ObjectData.Angle*pi/180;
1678                    % new coordinates
1679                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});%initial z coordinates
1680                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});%initial y coordinates
1681                    Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});%initial x coordinates
1682                    summit=zeros(3,8);% initialize summit coordinates
1683                    summit(1,1:4)=[Coord{3}(1) Coord{3}(end) Coord{3}(1) Coord{3}(end)];%square
1684                    summit(2,1:4)=[Coord{2}(1) Coord{2}(1) Coord{2}(end) Coord{2}(end)];% square at z= Coord{1}(1)
1685                    summit(1:2,5:8)=summit(1:2,1:4);
1686                    summit(3,:)=[Coord{1}(1)*ones(1,4) Coord{1}(end)*ones(1,4)];
1687                    %Mrot_inv=rodrigues(-PlaneAngle);
1688                    newsummit=zeros(3,8);% initialize the rotated summit coordinates
1689                    ObjectData.Coord=ObjectData.Coord';% set ObjectData.Coord as a vertical vector
1690                    if size(ObjectData.Coord,1)<3
1691                    ObjectData.Coord=[ObjectData.Coord; 0];%add z origin at z=0 by default
1692                    end
1693               
1694                    M1=[cos(PlaneAngle(1)) sin(PlaneAngle(1)) 0;-sin(PlaneAngle(1)) cos(PlaneAngle(1)) 0;0 0 1];
1695                    M2=[1 0 0;0 cos(PlaneAngle(2)) sin(PlaneAngle(2));0 -sin(PlaneAngle(2)) cos(PlaneAngle(2))];
1696                    M=M2*M1;
1697                    M_inv=inv(M);
1698                   
1699                    for isummit=1:8% TODO: introduce a function for rotation of n points (to use also for scattered data)
1700                        newsummit(:,isummit)=M*(summit(:,isummit)-(ObjectData.Coord));
1701                    end
1702                    coord_x_proj=min(newsummit(1,:)):InterpMesh: max(newsummit(1,:));% set of coordinqtes in the projection plane
1703                    coord_y_proj=min(newsummit(2,:)):InterpMesh: max(newsummit(2,:));
1704                    coord_z_proj=-width:width;
1705                    %Mrot=rodrigues(PlaneAngle);% inverse rotation matrix
1706                    Origin=M_inv*[coord_x_proj(1);coord_y_proj(1);coord_z_proj(1)]+ObjectData.Coord;
1707                    npx=numel(coord_x_proj);
1708                    npy=numel(coord_y_proj);
1709                    npz=numel(coord_z_proj);
1710                   
1711                    %modangle=sqrt(PlaneAngle(1)*PlaneAngle(1)+PlaneAngle(2)*PlaneAngle(2));
1712%                     cosphi=PlaneAngle(1)/modangle;
1713%                     sinphi=PlaneAngle(2)/modangle;
1714                    iX=[coord_x_proj(end)-coord_x_proj(1);0;0]/(npx-1);
1715                    iY=[0;coord_y_proj(end)-coord_y_proj(1);0]/(npy-1);
1716                    iZ=[0;0;coord_z_proj(end)-coord_z_proj(1)]/(npz-1);
1717%                     iX(1:2)=[cosphi -sinphi;sinphi cosphi]*iX(1:2);
1718%                     iY(1:2)=[-cosphi -sinphi;sinphi cosphi]*iY(1:2);
1719                   
1720                    ix=M_inv*iX;%  vector along the new x coordinates transformed into old coordinates
1721                    iy=M_inv*iY;% vector along y coordinates
1722                    iz=M_inv*iZ;% vector along z coordinates
1723
1724                    [Grid_x,Grid_y,Grid_z]=meshgrid(0:npx-1,0:npy-1,0:npz-1);
1725                    if ismatrix(Grid_x)% add a singleton in case of a single z value
1726                        Grid_x=shiftdim(Grid_x,-1);
1727                        Grid_y=shiftdim(Grid_y,-1);
1728                        Grid_z=shiftdim(Grid_z,-1);
1729                    end
1730                    XI=Origin(1)+ix(1)*Grid_x+iy(1)*Grid_y+iz(1)*Grid_z;
1731                    YI=Origin(2)+ix(2)*Grid_x+iy(2)*Grid_y+iz(2)*Grid_z;
1732                    ZI=Origin(3)+ix(3)*Grid_x+iy(3)*Grid_y+iz(3)*Grid_z;
1733                   [X,Y,Z]=meshgrid(Coord{3},Coord{2},Coord{1});% mesh in the initial coordinates
1734                    for ivar=VarIndex
1735                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1736                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1737                            VarDimName=[VarDimName {{'coord_y','coord_x'}}];
1738                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1739                            FieldData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),[2 3 1]);
1740                            ProjData.coord_x=coord_x_proj;
1741                            ProjData.coord_y=coord_y_proj;
1742                            ProjData.(VarName)=interp3(X,Y,Z,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,ZI,'*linear');
1743                            ProjData.(VarName)=nanmean(ProjData.(VarName),3);
1744                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName));
1745                    end
1746                end
1747            end
1748    end
1749    % update the global list of projected variables:
1750    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListVarName];
1751    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1752    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1753   
1754    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1755    if testangle
1756        ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1757        for ivar=1:numel(VarAttribute)
1758            if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
1759                if strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
1760                    ivar_U=ivar;
1761                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
1762                    ivar_V=ivar;
1763                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_z')
1764                    ivar_W=ivar;
1765                end
1766            end
1767        end
1768        if ~isempty(ivar_U)
1769            if isempty(ivar_V)
1770                msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1771                return
1772            else
1773                UName=ListVarName{ivar_U};
1774                VName=ListVarName{ivar_V};
1775                UValue=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName);
1776                ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName));
1777                ProjData.(UName)=UValue;
1778                if ~isempty(ivar_W)
1779                    WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1780                    VValue=ProjData.(VName)+ ProjData.(WName)*sin(Theta);%
1781                    ProjData.(WName)=NormVec_X*ProjData.(UName)+ NormVec_Y*ProjData.(VName)+ NormVec_Z* ProjData.(WName);
1782                    ProjData.(VName)=VValue;
1783                end
1784            end
1785        end
1786    end
1787end
1788% %prepare substraction in case of two input fields
1789% SubData.ListVarName={};
1790% SubData.VarDimName={};
1791% SubData.VarAttribute={};
1792% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1793% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1794%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1795%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1796%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1797%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1798%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1799%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1800%         check_remove(iproj)=1;
1801%     end
1802% end
1803% if ~isempty(find(check_remove))
1804%     ind_remove=find(check_remove);
1805%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1806%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1807%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1808%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1809% end
1810
1811%-----------------------------------------------------------------
1812%projection in a volume
1813function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1814
1815%-----------------------------------------------------------------
1816ProjData=FieldData;%default output
1817
1818%% axis origin
1819if isempty(ObjectData.Coord)
1820    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1821    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1822    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1823end
1824
1825%% rotation angles
1826VolumeAngle=[0 0 0];
1827norm_plane=[0 0 1];
1828if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1829    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1830    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1831    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1832    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1833    cos_om=cos(pi*om/180);
1834    sin_om=sin(pi*om/180);
1835    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1836    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1837    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1838    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1839    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1840end
1841testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1842
1843%% mesh sizes DX, DY, DZ
1844DX=0;
1845DY=0; %default
1846DZ=0;
1847if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1848     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1849end
1850if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1851     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1852end
1853if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1854     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1855end
1856if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1857        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1858        return
1859end
1860
1861%% extrema along each axis
1862testXMin=0;
1863testXMax=0;
1864testYMin=0;
1865testYMax=0;
1866if isfield(ObjectData,'RangeX')
1867        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1868        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1869        testXMin=XMax>XMin;
1870        testXMax=1;
1871end
1872if isfield(ObjectData,'RangeY')
1873        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1874        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1875        testYMin=YMax>YMin;
1876        testYMax=1;
1877end
1878width=0;%default width of the projection band
1879if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1880        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1881        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1882        testZMin=ZMax>ZMin;
1883        testZMax=1;
1884end
1885
1886%% initiate Matlab  structure for physical field
1887[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1888if ~isempty(errormsg)
1889    return
1890end
1891
1892ProjData.NbDim=3;
1893ProjData.ListVarName={};
1894ProjData.VarDimName={};
1895if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1896    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1897elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1898    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1899end
1900
1901error=0;%default
1902flux=0;
1903testfalse=0;
1904ListIndex={};
1905
1906%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1907%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1908%-----------------------------------------------------------------
1909idimvar=0;
1910% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1911% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1912ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1913icoord=0;
1914nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1915nbvar=0;
1916for icell=1:length(CellVarIndex)
1917    NbDim=NbDimVec(icell);
1918    if NbDim<3
1919        continue
1920    end
1921    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1922    VarType=VarTypeCell{icell};
1923    ivar_X=VarType.coord_x;
1924    ivar_Y=VarType.coord_y;
1925    ivar_Z=VarType.coord_z;
1926    ivar_U=VarType.vector_x;
1927    ivar_V=VarType.vector_y;
1928    ivar_W=VarType.vector_z;
1929    ivar_C=VarType.scalar ;
1930    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1931    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1932    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1933    ivar_F=VarType.warnflag;
1934    ivar_FF=VarType.errorflag;
1935    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1936    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1937    if ischar(DimCell)
1938        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1939    end
1940
1941%% case of input fields with unstructured coordinates
1942    if check_unstructured_coord
1943        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1944        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1945        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1946        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1947        if length(ivar_Z)==1
1948            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1949            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1950        end
1951
1952        % translate  initial coordinates
1953        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1954        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1955        if ~isempty(ivar_Z)
1956            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1957        end
1958       
1959        % selection of the vectors in the projection range
1960%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1961%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1962%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1963%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1964%             for ivar=VarIndex
1965%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1966%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1967%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1968%             end
1969%             coord_x=coord_x(indcut);
1970%             coord_y=coord_y(indcut);
1971%             coord_z=coord_z(indcut);
1972%         end
1973
1974       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1975       if testangle
1976           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1977           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1978           if ~isempty(ivar_Z)
1979               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1980           end
1981           
1982           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1983           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1984           
1985       else
1986           coord_X=coord_x;
1987           coord_Y=coord_y;
1988           coord_Z=coord_z;
1989       end
1990        %restriction to the range of x and y if imposed
1991        testin=ones(size(coord_X)); %default
1992        testbound=0;
1993        if testXMin
1994            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1995            testbound=1;
1996        end
1997        if testXMax
1998            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1999            testbound=1;
2000        end
2001        if testYMin
2002            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
2003            testbound=1;
2004        end
2005        if testYMax
2006            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
2007            testbound=1;
2008        end
2009        if testbound
2010            indcut=find(testin);
2011            for ivar=VarIndex
2012                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2013                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
2014            end
2015            coord_X=coord_X(indcut);
2016            coord_Y=coord_Y(indcut);
2017            if length(ivar_Z)==1
2018                coord_Z=coord_Z(indcut);
2019            end
2020        end
2021        % different cases of projection
2022        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
2023            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
2024                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2025                if ivar==ivar_X %x coordinate
2026                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
2027                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
2028                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
2029                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
2030                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
2031                end
2032                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
2033                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2034                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
2035                    nbvar=nbvar+1;
2036                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2037                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2038                    end
2039                end
2040            end 
2041        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
2042            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
2043            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
2044            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
2045            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2046            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2047            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
2048            nbcoord=2; 
2049            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
2050            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
2051            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
2052            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
2053            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
2054            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
2055            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
2056            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
2057            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
2058            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
2059            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
2060            if ~isequal(ivar_FF,0)
2061                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
2062                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
2063                coord_X=coord_X(indsel);
2064                coord_Y=coord_Y(indsel);
2065            end
2066            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
2067            testFF=0;
2068            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
2069            for ivar=VarIndex
2070                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2071                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
2072                    ivar_new=ivar_new+1;
2073                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
2074                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2075                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2076                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2077                    end
2078                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
2079                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
2080                    end
2081                    % linear interpolation
2082                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
2083                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
2084%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
2085%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
2086%                     indnan=find(FFlag);
2087%                     if ~isempty(indnan)
2088%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
2089%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
2090%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
2091%                         testFF=1;
2092%                     end
2093                    if ivar==ivar_U
2094                        ivar_U=ivar_new;
2095                    end
2096                    if ivar==ivar_V
2097                        ivar_V=ivar_new;
2098                    end
2099                    if ivar==ivar_W
2100                        ivar_W=ivar_new;
2101                    end
2102                end
2103            end
2104            if testFF
2105                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
2106                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
2107               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2108                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
2109            end
2110        end
2111       
2112%% case of input fields defined on a structured  grid
2113    else
2114        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
2115        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
2116        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
2117        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
2118        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
2119        if NbDim>=3
2120            if NbDim>3
2121                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
2122                return
2123            else
2124                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
2125                    nbcolor=DimValue(3);
2126                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
2127                    NbDim=2;% space dimension set to 2
2128                end
2129            end
2130        end
2131        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
2132        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
2133        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
2134        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
2135        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
2136        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
2137        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
2138
2139%         for idim=1:length(ListDimName)
2140%             DimName=ListDimName{idim};
2141%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
2142%                nbcolor=DimValue(idim);
2143%                DimValue(idim)=[];
2144%             end
2145%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
2146%                 DimValue(idim)=[];
2147%             end
2148%         end 
2149        Coord_z=[];
2150        Coord_y=[];
2151        Coord_x=[];   
2152
2153        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
2154            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
2155            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
2156            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
2157                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
2158                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
2159                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
2160                else
2161                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
2162                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
2163                    DCoord_max=max(DCoord);
2164                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
2165                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
2166                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
2167                                return
2168                    end               
2169                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
2170                end
2171                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
2172            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
2173                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
2174                DCoord_min(idim)=1;%default
2175                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
2176                test_direct(idim)=1;
2177            end
2178        end
2179        if DY==0
2180            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
2181        end
2182        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
2183        if DX==0
2184            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
2185        end
2186        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
2187        for idim=1:NbDim
2188            if test_interp(idim)
2189                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
2190            end
2191        end       
2192        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
2193        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
2194        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
2195        test_direct_x=test_direct(NbDim);
2196        DAX=DCoord_min(NbDim);
2197        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
2198        minAX=min(Coord_x);
2199        maxAX=max(Coord_x);
2200        minAY=min(Coord_y);
2201        maxAY=max(Coord_y);
2202        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
2203        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
2204        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
2205        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
2206        if ~testXMax
2207            XMax=max(xcor_new);
2208        end
2209        if ~testXMin
2210            XMin=min(xcor_new);
2211        end
2212        if ~testYMax
2213            YMax=max(ycor_new);
2214        end
2215        if ~testYMin
2216            YMin=min(ycor_new);
2217        end
2218        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
2219        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
2220        if DX==0
2221            DX=DXinit;
2222        end
2223        if DY==0
2224            DY=DYinit;
2225        end
2226        if NbDim==3
2227            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2228            if ~test_direct(1)
2229                DZ=-DZ;
2230            end
2231            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2232            test_direct_z=test_direct(1);
2233        end
2234        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2235        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2236        if test_direct_y
2237            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2238        else
2239            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2240        end
2241        if test_direct_x
2242            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2243        else
2244            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2245        end
2246       
2247        % case with no rotation and interpolation
2248        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2249            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2250                ProjData=FieldData;
2251            else
2252                indY=NbDim-1;
2253                if test_direct(indY)
2254                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2255                    YIndexFirst=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2256                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2257                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(YIndexFirst-1);
2258                else
2259                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2260                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2261                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2262                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2263                end   
2264                if test_direct(NbDim)==1
2265                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2266                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2267                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2268                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2269                else
2270                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2271                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2272                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2273                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2274                end
2275                if NbDim==3
2276                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2277                    DimValue(1)=[];
2278                                        %structured coordinates
2279                    if test_direct(1)
2280                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2281                    else
2282                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2283                    end
2284                end
2285                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2286                min_indx=max(min_indx,1);
2287                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2288                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2289                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2290                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2291                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2292                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2293                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2294                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2295                    end
2296                    if NbDim==3
2297                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2298                    else
2299                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2300                    end
2301                end 
2302                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2303                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2304            end
2305        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2306            if NbDim==2 %2D case
2307                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2308                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2309                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2310                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2311                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2312                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2313                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2314                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2315                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2316                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2317                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2318                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2319                    test_interp_tps=1;
2320                else
2321                    test_interp_tps=0;
2322                end
2323                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2324                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2325                for ivar=VarIndex
2326                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2327                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2328                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2329                    end
2330                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2331                    if test_interp_tps 
2332                         Aclass=class(FieldData.A);
2333                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2334                         if ~isequal(Aclass,'double')
2335                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2336                         end
2337                    end
2338                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2339                    %ind_in=find(flagin);
2340                    ind_out=find(~flagin);
2341                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2342                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2343                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2344                    for icolor=1:nbcolor
2345                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2346                    end
2347                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2348                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2349                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2350                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2351                    end     
2352                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2353                end
2354                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga ant???rieur 
2355                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2356                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2357                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2358            else %3D case
2359                if ~testangle     
2360                    % unstructured z coordinate
2361                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2362                    iz_sup=find(test_sup);
2363                    iz=iz_sup(1);
2364                    if iz>=1 & iz<=npz
2365                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2366                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2367                        for ivar=VarIndex
2368                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2369                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2370                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2371                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2372                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2373                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2374                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2375                            end
2376                        end
2377                    end
2378                else
2379                    RotMatrix=rodrigues(om);
2380                   
2381                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2382                    %TODO: use interp3
2383                    return
2384                end
2385            end
2386        end
2387    end
2388
2389    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2390    if testangle
2391        if isempty(ivar_V)
2392            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2393            return
2394        end
2395        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2396        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2397        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2398        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2399        if ~isempty(ivar_W)
2400            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2401            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2402            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2403        end
2404        if ~isequal(Psi,0)
2405            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2406            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2407        end
2408    end
2409end
2410
2411%------------------------------------------------------------------------
2412%--- transfer the global attributes
2413function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2414%------------------------------------------------------------------------
2415ProjData=[];%default
2416errormsg='';%default
2417
2418%% transfer error
2419if isfield(FieldData,'Txt')
2420    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2421    return;
2422end
2423
2424%% transfer global attributes
2425if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2426    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2427else
2428    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2429end
2430for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2431    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2432    if isfield(FieldData,AttrName)
2433        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2434    end
2435end
2436
2437%% transfer coordinate unit
2438if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2439    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2440end
2441if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2442    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2443        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2444        return
2445    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2446         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2447    end
2448end
2449
2450%% store the properties of the projection object
2451ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2452for ilist=1:length(ListObject)
2453    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2454        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2455        if ~isempty(val)
2456            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2457            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2458        end
2459    end   
2460end
2461
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.