source: trunk/src/proj_field.m @ 1058

Last change on this file since 1058 was 1058, checked in by sommeria, 3 years ago

merge_proj_polar updated + other corrected bugs

File size: 120.2 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the
22%    objectuvmat
23
24%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
25%    .ProjAngle=angle of projection;
26%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
27%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
28
29%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
30%    .Txt: error message, transmitted to the projection
31%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
32%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
33%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
34% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
35%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
36%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
37%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
38%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
39%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
40% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
41% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
42%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
43%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
44%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
45%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
46%                        unstructured coordinate x, y  or z
47%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
48%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
49%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
50%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
51%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
52%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
53%
54% Default role of variables (by name)
55%  vector field:
56%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
57%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
58%    .C, .CName: scalar associated to the vector
59%    .F : equivalent to 'warnflag'
60%    .FF: equivalent to 'errorflag'
61%  scalar field or image:
62%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
63%    .A: scalar, projected on the object
64%    .AX, .AY: positions for the scalar
65%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
66%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
67
68%=======================================================================
69% Copyright 2008-2018, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
70%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
71%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
72%
73%     This file is part of the toolbox UVMAT.
74%
75%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
76%     it under the terms of the GNU General Public License as published
77%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
78%     or (at your option) any later version.
79%
80%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
81%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
82%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
83%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
84%=======================================================================
85
86function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
87errormsg='';%default
88ProjData=[];
89
90%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
91if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
92    return
93end
94% check list of effective projection modes
95if ~ismember(ObjectData.ProjMode,{'projection','interp_lin','interp_tps','inside','outside'})
96    return
97end
98if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
99    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
100        ObjectData.Coord=[0 0];%default
101    else
102        return
103    end
104end
105
106%% apply projection depending on the object type
107switch ObjectData.Type
108    case 'points'
109        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
110    case {'line','polyline'}
111        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
112    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
113        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
114            if ~exist('VarMesh','var')
115                VarMesh=[];
116            end
117            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh);
118        else
119            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
120        end
121    case {'plane','plane_z'}
122        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
123    case 'volume'
124        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
125end
126
127%-----------------------------------------------------------------
128%project on a set of points
129function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
130%-------------------------------------------------------------------
131
132siz=size(ObjectData.Coord);
133width=0;
134if isfield(ObjectData,'Range')
135    width=ObjectData.Range(1,2);
136end
137if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
138    width=max(ObjectData.RangeX);
139end
140if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
141    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
142end
143if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
144    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
145end
146if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
147    if width==0
148        errormsg='projection range around points needed';
149        return
150    end
151elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
152    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
153        return
154end
155[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
156if ~isempty(errormsg)
157    return
158end
159ProjData.NbDim=0;
160[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
161if ~isempty(errormsg)
162    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
163    return
164end
165%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
166for icell=1:length(CellInfo)
167    if NbDimArray(icell)<=1
168        continue %projection only for multidimensional fields
169    end
170    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
171    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
172    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
173    ivar_Z=[];
174    if NbDimArray(icell)==3
175        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
176    end
177    ivar_FF=[];
178    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
179        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
180        if numel(ivar_FF)>1
181            errormsg='multiple error flag input';
182            return
183        end
184    end   
185    % select types of  variables to be projected
186   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
187      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
188   for ilist=1:numel(ListProj)
189       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
190           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
191       end
192   end
193   VarIndex=find(check_proj);
194    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
195    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
196    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
197    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
198    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
199    for ivar=VarIndex       
200        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
201        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
202        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
203
204    end
205    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
206        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
207        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
208        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
209        if length(ivar_Z)==1
210            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
211            test3D=1;
212        end
213   
214        for ipoint=1:siz(1)
215           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
216           distX=coord_x-Xpoint(1);
217           distY=coord_y-Xpoint(2);         
218           dist=distX.*distX+distY.*distY;
219           indsel=find(dist<width*width);
220           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
221           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
222           if isequal(length(ivar_FF),1)
223               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
224               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
225               indsel=indsel(~FF);
226           end
227           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
228            for ivar=VarIndex
229               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
230               if isempty(indsel)
231                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
232               else
233                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
234                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
235                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
236                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
237                    end
238               end
239            end
240        end
241    else    %case of structured coordinates
242        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
243            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
244            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
245            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
246            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
247            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
248            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
249            npxy=size(A);         
250            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
251            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
252                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
253            end
254            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
255                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
256                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
257                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
258                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
259                if numel(Coord{idim})==2
260                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
261                    test_direct(idim)=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
262                else
263                    DCoord=diff(Coord{idim});
264                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
265                    DCoord_max=max(DCoord);
266                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
267                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
268                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
269                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
270                        return
271                    end
272                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
273                    test_coord(idim)=1;
274                end
275            end
276            DX=DCoord_min(2);
277            DY=DCoord_min(1);
278            for ipoint=1:siz(1)
279                xwidth=width/(abs(DX));
280                ywidth=width/(abs(DY));
281                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
282                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
283                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
284                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
285                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
286                j_min=max(1,j_min);
287                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
288                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
289                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
290                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
291                i_int=(i_min:i_plus);
292                j_int=(j_min:j_plus);
293                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
294                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
295                   for ivar=VarIndex   
296                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
297                   end
298                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
299                else
300                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
301                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
302                    for ivar=VarIndex   
303                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
304                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
305                    end
306                end
307            end
308        end
309   end
310end
311
312%-----------------------------------------------------------------
313%project in a patch
314function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh)%%
315%-------------------------------------------------------------------
316[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
317if ~isempty(errormsg)
318    return
319end
320%objectfield=fieldnames(ObjectData);
321widthx=0;
322widthy=0;
323if isfield(ObjectData,'RangeX') && ~isempty(ObjectData.RangeX)
324    widthx=max(ObjectData.RangeX);
325end
326if isfield(ObjectData,'RangeY') && ~isempty(ObjectData.RangeY)
327    widthy=max(ObjectData.RangeY);
328end
329
330%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
331ProjData.NbDim=1;
332ProjData.ListVarName={};
333ProjData.VarDimName={};
334ProjData.VarAttribute={};
335
336CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
337if isfield (FieldData,'VarAttribute')
338    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
339        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
340            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
341        end
342        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
343            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
344        end
345    end
346end
347
348%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
349[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
350if ~isempty(errormsg)
351    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
352    return
353end
354
355%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
356for icell=1:length(CellInfo)
357    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
358    test_Amat=0;
359    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
360        continue
361    end
362    ivar_FF=[];
363    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
364    if testfalse
365        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
366        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
367        errorflag=FieldData.(FFName);
368    end
369    % select types of  variables to be projected
370    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
371    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
372    for ilist=1:numel(ListProj)
373        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
374            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
375        end
376    end
377    VarIndex=find(check_proj);
378   
379    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
380    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
381    ivar_Z=[];
382    if NbDim(icell)==3
383        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
384    end
385    switch CellInfo{icell}.CoordType
386        case 'scattered' %case of unstructured coordinates
387            for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
388                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
389                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
390            end
391            XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
392            YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
393            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
394            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
395            % image or 2D matrix
396        case 'grid' %case of structured coordinates
397            test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
398            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
399            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
400            AX=FieldData.(AXName);% x coordinate
401            AY=FieldData.(AYName);% y coordinate
402            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
403            DimValue=size(FieldData.(VarName));
404            if length(AX)==2
405                AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
406            end
407            if length(AY)==2
408                AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
409            end
410            if length(DimValue)==3
411                testcolor=1;
412                npxy(3)=3;
413            else
414                testcolor=0;
415                npxy(3)=1;
416            end
417            [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
418            npxy(1)=length(AY);
419            npxy(2)=length(AX);
420            Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
421            Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
422            for ivar=1:length(VarIndex)
423                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
424                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
425            end
426    end
427    %select the indices in the range of action
428    testin=[];%default
429    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
430        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
431            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
432            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
433            testin=distX<widthx & distY<widthy;
434        elseif test_Amat
435            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
436            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
437            testin=distX<widthx & distY<widthy;
438        end
439    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
440        if strcmp(CoordType,'scattered')
441            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
442        elseif strcmp(CoordType,'grid')
443            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
444        else%calculate the scalar
445            testin=[]; %A REVOIR
446        end
447    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
448        X2Max=widthx*widthx;
449        Y2Max=(widthy)*(widthy);
450        if strcmp(CoordType,'scattered')
451            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
452            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
453            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
454        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
455            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
456            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
457            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
458        end
459    end
460    %selected indices
461    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
462        testin=~testin;
463    end
464    if testfalse
465        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
466    end
467    indsel=find(testin);
468    nbvar=0;
469    VarSize=zeros(size(VarIndex));
470    for ivar=VarIndex
471        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
472        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each co
473        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
474        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color co
475        nbvar=nbvar+1;
476        VarSize(nbvar)=mean((ProjData.([VarName 'Max'])-ProjData.([VarName 'Min']))/100);
477    end
478    if  isempty(VarMesh)% || isnan(VarMesh) % mesh not specified as input, estimate from the bounds
479        VarMesh=mean(VarSize);
480        ord=10^(floor(log10(VarMesh)));%order of magnitude
481        if VarMesh/ord >=5
482            VarMesh=5*ord;
483        elseif VarMesh/ord >=2
484            VarMesh=2*ord;
485        else
486            VarMesh=ord;
487        end
488    end
489    for ivar=VarIndex
490        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
491        LowBound=VarMesh*ceil(ProjData.([VarName 'Min'])/VarMesh);
492        UpperBound=VarMesh*floor(ProjData.([VarName 'Max'])/VarMesh);
493        if numel(indsel)<=1
494            errormsg='only one data point or less for histogram';
495            return
496        elseif isequal(LowBound,UpperBound)
497            errormsg='attempt histogram of uniform field: low bound = high bound';
498            return
499        end       
500        ProjData.(VarName)=LowBound:VarMesh:UpperBound; % list of bin values
501        ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
502        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
503        if test_Amat && testcolor
504            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
505        else
506            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
507        end
508        VarAttribute_var=[];
509        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
510            VarAttribute_var=FieldData.VarAttribute{ivar};
511            VarAttribute_var.Role='coord_x';
512        end
513      %  VarAttribute_var.Role='coord_x';% the variable is now used as an absissa
514        VarAttribute_histo.Role='histo';
515        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {VarAttribute_var} {VarAttribute_histo} {[]} {[]} {[]}];
516    end
517end
518
519%-----------------------------------------------------------------
520%project on a line
521% AJOUTER flux,circul,error
522% OUTPUT:
523% ProjData: projected field
524%
525function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
526%-----------------------------------------------------------------
527
528%% prepare heading for the projected field
529[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
530if ~isempty(errormsg)
531    return
532end
533ProjData.NbDim=1;
534%initialisation of the input parameters and defaultoutput
535ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
536% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
537width=0;
538if isfield(ObjectData,'RangeY')
539    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
540end
541% default output
542Xline=[];
543flux=0;
544circul=0;
545liny=ObjectData.Coord(:,2);
546NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
547
548%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
549[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
550if ~isempty(errormsg)
551    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
552    return
553end
554CellInfo=CellInfo(NbDim>=2); %keep only the 2D or 3D cells
555cell_select=true(size(CellInfo));
556for icell=1:length(CellInfo)
557    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
558        if strcmp(ProjMode,'interp_tps')&& ~strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'tps')
559            cell_select(icell)=0;
560        end
561    end
562end
563if isempty(find(cell_select,1))
564    errormsg=[' invalid projection mode ''' ProjMode ''': use ''interp_tps'' to interpolate spatial derivatives'];
565    return
566end
567CellInfo=CellInfo(cell_select);
568
569%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
570LineCoord=ObjectData.Coord;
571switch ObjectData.Type
572    case 'ellipse'
573        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
574        NbSegment=0;
575    case 'rectangle'
576        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
577        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
578        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
579        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
580    case 'polygon'
581        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
582end
583if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
584    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
585        return% line needs at least 2 points to be defined
586    end
587    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
588    dliny=diff(LineCoord(:,2));
589    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
590    LineLength=sum(dlength);
591    NbSegment=numel(LineLength);
592end
593CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
594
595%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
596
597% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
598xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
599if isequal(ProjMode,'projection')
600    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
601        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
602        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
603        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
604        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
605    else
606        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
607        return
608    end
609else % need to define the set of interpolation points
610    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
611        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
612        if CheckClosedLine
613            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
614            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
615            DX_edge=DX/2;
616        else
617            DX_edge=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point, the same for the end point
618        end
619        XI=[];
620        YI=[];
621        ThetaI=[];
622        dlengthI=[];
623        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
624            phi=(DX_edge:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
625            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
626            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
627            dphi=2*pi*DX/LineLength;
628            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
629        else
630            for isegment=1:NbSegment
631                costheta=cos(theta(isegment));
632                sintheta=sin(theta(isegment));
633                %                 XIsegment=LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
634                %                 YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
635                NbInterval=floor((dlength(isegment)-DX_edge)/DX);
636                LastX=DX_edge+DX*NbInterval;
637                NbPoint=NbInterval+1;
638                XIsegment=linspace(LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta,LineCoord(isegment,1)+LastX*costheta,NbPoint);
639                YIsegment=linspace(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta,LineCoord(isegment,2)+LastX*sintheta,NbPoint);
640                XI=[XI XIsegment];
641                YI=[YI YIsegment];
642                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
643                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
644                DX_edge=DX-(dlength(isegment)-LastX);%edge for the next segment set to keep DX=DX_end+DX_edge between two segments
645            end
646        end
647        Xproj=cumsum(dlengthI);
648    else
649        errormsg='abscissa mesh along line DX needed for interpolation';
650        return
651    end
652end
653
654%% loop on variable cells with the same space dimension 2
655ProjData.ListVarName={};
656ProjData.VarDimName={};
657check_abscissa=0;
658for icell=1:length(CellInfo)
659    % list of variable types to be projected
660    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
661    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
662    for ilist=1:numel(ListProj)
663        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
664            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
665        end
666    end
667    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
668   
669    %identify error flag
670    errorflag=0; %default, no error flag
671    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
672        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
673        errorflag=FieldData.(FFName);
674    end
675    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
676    ivar_U=[];
677    ivar_V=[];
678    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
679   
680    %         circul=0;
681    %         flux=0;
682    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
683    switch CellInfo{icell}.CoordType
684        %case of unstructured coordinates
685        case 'scattered'
686            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});
687            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});
688           
689            if strcmp(ProjMode,'projection')
690                if width==0
691                    errormsg='range of the projection object is missing';
692                    return
693                end
694                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
695                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
696                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
697                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
698                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
699                % select the (non false) input data located in the band of projection
700                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
701                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
702                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
703                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
704                coord_x=coord_x(flagsel);
705                coord_y=coord_y(flagsel);
706                costheta=cos(theta);
707                sintheta=sin(theta);
708                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
709                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
710                ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)})=Xproj;
711                for ivar=1:numel(VarIndex)
712                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict variables to the projection band
713                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
714                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
715                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
716                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
717                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
718                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x');
719                            ivar_U=nbvar+ivar;
720                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y');
721                            ivar_V=nbvar+ivar;
722                        end
723                    end
724                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles with continuoval(['us lines
725                end
726            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
727                if ~check_abscissa
728                    %XName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
729                    XName='X';
730                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
731                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
732                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
733                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
734                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
735                    check_abscissa=1; % define abcissa only once
736                end
737                if ~isequal(errorflag,0)
738                    VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
739                    indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
740                    coord_x=coord_x(indsel);
741                    coord_y=coord_y(indsel);
742                    for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
743                        VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
744                        FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
745                    end
746                end
747                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
748                ProjData.X=Xproj;
749                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
750                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
751                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
752                for ivar=1:numel(VarAttribute)
753                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
754                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
755                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
756                            ivar_U=ivar+nbvar;
757                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
758                            ivar_V=ivar+nbvar;
759                        end
760                    end
761                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='coord_y';% will promote plots of the profiles with continuous lines
762                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
763                end
764            end
765        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
766            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
767                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
768                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
769                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
770                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
771                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y}));
772                end
773                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
774                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'X'}];
775                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
776                ProjData.X=Xproj;
777                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
778                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
779                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
780                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
781                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
782                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
783                for ivar=1:numel(VarAttribute)
784                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
785                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
786                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
787                            ivar_U=ivar+nbvar;
788                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
789                            ivar_V=ivar+nbvar;
790                        end
791                    end
792                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='coord_y';% will promote plots of the profiles with continuous lines
793                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
794                end
795            end
796            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
797           
798        case 'grid'   %case of structured coordinates
799            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
800                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates'];
801                return
802            end%
803            test_interp2=0;%default
804           
805            if max(NbDim)==3 % 3D case
806                AZName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
807                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
808                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-2)};
809                AX=FieldData.(AXName);% set of x positions
810                AY=FieldData.(AYName);% set of y positions
811                AZ=FieldData.(AZName);% set of z positions
812                 AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
813                npxy=size(FieldData.(AName));
814                npz=npxy(1);
815                npy=npxy(2);
816                npx=npxy(1);
817                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
818                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
819                 AZI=linspace(AZ(1),AZ(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
820                for ivar=VarIndex
821                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
822                    FieldData.(VarName)=interp3(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(AZName),FieldData.(VarName),AXI,AYI,AZI);
823
824%                     vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
825%                     if nbcolor==1
826%                         vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
827%                         vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
828%                         A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
829%                         ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
830%                     elseif nbcolor==3
831%                         vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
832%                         vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
833%                         vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
834%                         vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
835%                         A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
836%                         ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
837%                     end
838                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
839                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
840                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
841                end
842               
843            else
844                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
845                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
846                AX=FieldData.(AXName);% set of x positions
847                AY=FieldData.(AYName);% set of y positions
848                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
849                npxy=size(FieldData.(AName));
850                npx=npxy(2);
851                npy=npxy(1);
852                if numel(AX)==2
853                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
854                else
855                    DX_vec=diff(AX);
856                    DX=max(DX_vec);
857                    DX_min=min(DX_vec);
858                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
859                        test_interp2=1;
860                        DX=DX_min;
861                    end
862                end
863                if numel(AY)==2
864                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
865                else
866                    DY_vec=diff(AY);
867                    DY=max(DY_vec);
868                    DY_min=min(DY_vec);
869                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
870                        test_interp2=1;
871                        DY=DY_min;
872                    end
873                end
874                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
875                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
876                if isfield(ObjectData,'DX')
877                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
878                else
879                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
880                end
881                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
882                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
883                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
884                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
885                if isfield(FieldData,'RangeX')
886                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
887                else
888                    XMin=0;
889                end
890                ProjData.(AXName)=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);%abscissa of the new pixels along the line
891                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
892                npX=length(ProjData.(AXName));
893                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
894                [X,Y]=meshgrid(ProjData.(AXName),y);%grid in the line coordinates
895                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
896                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
897                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
898                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
899                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
900                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
901                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
902                ind_in=find(flagin);
903                ind_out=find(~flagin);
904                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
905                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
906                if numel(npxy)==2
907                    nbcolor=1;
908                elseif length(npxy)==3
909                    nbcolor=npxy(3);
910                else
911                    errormsg='multicomponent field not projected';
912                    display(errormsg)
913                    return
914                end
915                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
916                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
917                nbvar=numel(ProjData.VarDimName);
918                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
919                for ivar=VarIndex
920                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
921                    if test_interp2% interpolate on new grid
922                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI');
923                    end
924                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
925                    if nbcolor==1
926                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
927                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
928                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
929                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
930                    elseif nbcolor==3
931                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
932                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
933                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
934                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
935                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
936                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
937                    end
938                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
939                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
940                    nbvar=nbvar+1;
941                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_y';% for plot with continuous line
942                end
943                if nbcolor==3
944                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
945                end
946            end
947           
948    end
949if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
950    vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U});
951    ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
952    ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
953end
954end
955
956% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
957% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
958% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
959% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
960% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
961% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
962% %     else
963% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
964% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
965% %     end
966%
967% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
968
969
970%-----------------------------------------------------------------
971%project on a plane
972% AJOUTER flux,circul,error
973function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
974%-----------------------------------------------------------------
975
976%% rotation angles
977PlaneAngle=[0 0];
978norm_plane=[0 0 1];
979%cos_om=1;
980%sin_om=0;
981test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
982test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
983% if strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
984%     Delta_x=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
985%     Delta_y=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
986%     Delta_mod=sqrt(Delta_x*Delta_x+Delta_y*Delta_y);
987%     ObjectData.Angle=[0 0 0];
988%     ObjectData.Angle(1)=90*Delta_x/Delta_mod;
989%     ObjectData.0(2)=90*Delta_y/Delta_mod;
990% end   
991if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 2])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0])
992    test90y=0;%isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
993    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
994    %     om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
995    %     OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
996    %     cos_om=cos(om);
997    %     sin_om=sin(om);
998    %     coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
999    %     %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1000    %     norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1001    %     norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1002    %     norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1003   
1004    M1=[cos(PlaneAngle(1)) sin(PlaneAngle(1)) 0;-sin(PlaneAngle(1)) cos(PlaneAngle(1)) 0;0 0 1];
1005    M2=[1 0 0;0 cos(PlaneAngle(2)) sin(PlaneAngle(2));0 -sin(PlaneAngle(2)) cos(PlaneAngle(2))];
1006    M=M2*M1;% first rotate in the x,y plane with angle PlaneAngle(1), then slant around the new x axis0 with angle PlaneAngle(2)
1007    norm_plane=M*[0 0 1]';
1008   
1009end
1010testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0])||~isequal(ObjectData.Coord(1:2),[0 0 ]) ;% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1011
1012%% mesh sizes DX and DY
1013DX=[];
1014DY=[];%default
1015if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
1016    DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1017elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1018    DX=FieldData.CoordMesh;
1019end
1020if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
1021    DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1022elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1023    DY=FieldData.CoordMesh;
1024end
1025if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
1026    errormsg='DX or DY not defined';
1027    return
1028end
1029InterpMesh=min(DX,DY);%mesh used for interpolation in a slanted plane
1030% if strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
1031%     InterpMesh=10*InterpMesh;%TODO: temporary, to shorten computation
1032% end
1033
1034%% extrema along each axis
1035testXMin=0;% test if min of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1036testXMax=0;% test if max of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1037testYMin=0;% test if min of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1038testYMax=0;% test if max of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1039if isfield(ObjectData,'RangeX') % rangeX defined by the projection object
1040    XMin=min(ObjectData.RangeX);
1041    XMax=max(ObjectData.RangeX);
1042    testXMin=XMax>XMin;%=1 if XMin defined (i.e. RangeY has two distinct elements)
1043    testXMax=1;% max of X coordinates defined on the projection object
1044end
1045if isfield(ObjectData,'RangeY') % rangeY defined by the projection object
1046    YMin=min(ObjectData.RangeY);
1047    YMax=max(ObjectData.RangeY);
1048    testYMin=YMax>YMin;%=1 if YMin defined (i.e. RangeY has tow distinct elements)
1049    testYMax=1;% max of Y coordinates defined on the projection object
1050end
1051width=0;%default width of the projection band
1052if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1053    width=max(ObjectData.RangeZ);
1054end
1055
1056%% interpolation range
1057thresh2=[];
1058if isfield(ObjectData,'RangeInterp')
1059    thresh2=ObjectData.RangeInterp*ObjectData.RangeInterp;%square of interpolation range (do not interpolate beyond this range)
1060end
1061
1062%% initiate Matlab  structure for physical field
1063[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1064if ~isempty(errormsg)
1065    return
1066end
1067
1068%% reproduce initial plane position and angle
1069if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
1070    if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
1071        if isfield(ProjData,'.PlaneCoord') && ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1072            errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
1073            return
1074        end
1075    else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
1076        ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
1077    end
1078    if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
1079        if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
1080            if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1081                errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
1082                return
1083            end
1084        else
1085            ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
1086        end
1087    end
1088end
1089ProjData.NbDim=2;
1090ProjData.ListVarName={};
1091ProjData.VarDimName={};
1092ProjData.VarAttribute={};
1093if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
1094    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1095elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1096    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1097end
1098%error=0;%default
1099%flux=0;
1100
1101%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1102
1103[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
1104
1105if ~isempty(errormsg)
1106    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1107    return
1108end
1109
1110check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
1111ProjMode=num2cell(blanks(numel(CellInfo)));
1112ProjMode=regexprep(ProjMode,' ',ObjectData.ProjMode);
1113%ProjMode=cell(size(CellInfo));
1114% for icell=1:numel(CellInfo)
1115%     ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;% projection mode of the plane object
1116% end
1117icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
1118if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')&& ~strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')% TODO:rationalize
1119    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
1120    if ~testYMin
1121        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return
1122    end
1123    if ~testYMax
1124        errormsg='max Y value not defined for the projection grid';return
1125    end
1126    if ~testXMin
1127        errormsg='min X value not defined for the projection grid';return
1128    end
1129    if ~testXMax
1130        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
1131    end
1132else
1133    %% case of a grid requested by the input field
1134    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1135        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
1136            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
1137                case 'interp_lin'
1138                    ProjMode{icell}='interp_lin';
1139                case 'interp_tps'
1140                    ProjMode{icell}='interp_tps';
1141            end
1142        end
1143        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1144            check_grid(icell)=1;
1145        end
1146        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid') && NbDimArray(icell)>=2
1147            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
1148                icell_grid=icell;
1149                ProjMode{icell}='projection';
1150            end
1151            check_grid(icell)=1;
1152        end
1153    end
1154    if ~isempty(find(check_grid))% if a grid is requested by the input field
1155        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
1156            if ~isfield(FieldData,'XMax')
1157                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
1158            end
1159        end
1160    end
1161end
1162if ~isempty(find(check_grid))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1163    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1164        AYName='coord_y';
1165        AXName='coord_x';
1166        if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')||strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
1167            ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1168            ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
1169            coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
1170            coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
1171        else
1172            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1173            ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
1174            coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
1175            coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
1176        end
1177        [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1178        ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
1179%         XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1180%         YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1181    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
1182        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
1183        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1184        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1185        AYDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%
1186        AXDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%
1187         ProjData.VarDimName={AYDimName,AXDimName};
1188        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
1189        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
1190    end
1191    ProjData.ListVarName={AYName,AXName};
1192   
1193    ProjData.VarAttribute{1}.Role='coord_y';
1194    ProjData.VarAttribute{2}.Role='coord_x';
1195end
1196   
1197%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1198% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
1199% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1200%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1201% icoord=0;
1202nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1203%nbvar=0;
1204vector_x_proj=[];
1205vector_y_proj=[];
1206for icell=1:length(CellInfo)
1207    NbDim=NbDimArray(icell);
1208    if NbDim<2
1209        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1210    end
1211    VarIndex= CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1212    %dimensions
1213    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1214    if ischar(DimCell)
1215        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1216    end
1217    coord_z=0;%default
1218    ListVarName={};% initiate list of projected variables for cell # icell
1219    VarDimName={};% initiate coresponding list of dimensions for cell # icell
1220    VarAttribute={};% initiate coresponding list of var attributes  for cell # icell
1221    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1222    switch CellInfo{icell}.CoordType
1223       
1224        case 'scattered'
1225            %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1226            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1227                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1228            end
1229            coord_x=FieldData.(CellInfo{icell}.XName);% initial x coordinates
1230            coord_y=FieldData.(CellInfo{icell}.YName);% initial y coordinates
1231            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1232            if check3D
1233                coord_z=FieldData.(CellInfo{icell}.ZName);
1234            end
1235           
1236            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1237            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1238            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1239            if check3D
1240                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1241            end
1242           
1243            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1244            if check3D &&  width > 0
1245                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1246                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1247                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1248                for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex]
1249                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1250                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1251                end
1252                coord_x=coord_x(indcut);
1253                coord_y=coord_y(indcut);
1254                coord_z=coord_z(indcut);
1255            end
1256           
1257            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1258            Psi=PlaneAngle(1);
1259            Theta=PlaneAngle(2);
1260           % Phi=PlaneAngle(3);
1261            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1262                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1263                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1264                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1265                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1266                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1267            else
1268                coord_X=coord_x;
1269                coord_Y=coord_y;
1270            end
1271           
1272            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1273            testin=ones(size(coord_X)); %default
1274            testbound=0;
1275            if testXMin
1276                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1277                testbound=1;
1278            end
1279            if testXMax
1280                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1281                testbound=1;
1282            end
1283            if testYMin
1284                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1285                testbound=1;
1286            end
1287            if testYMin
1288                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1289                testbound=1;
1290            end
1291            if testbound
1292                indcut=find(testin);
1293                if isempty(indcut)
1294                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1295                    return
1296                end
1297                for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex]
1298                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1299                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1300                end
1301                coord_X=coord_X(indcut);
1302                coord_Y=coord_Y(indcut);
1303                if check3D
1304                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1305                end
1306            end
1307           
1308            % two cases of projection for scattered coordinates
1309            switch ProjMode{icell}
1310                case 'projection'
1311                    nbvar=0;
1312                    %nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1313                    for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex] %transfer variables to the projection plane
1314                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1315                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1316                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1317                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1318                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1319                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1320                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1321                        end
1322                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1323                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1324                            VarDimName=[VarDimName DimCell];
1325                            nbvar=nbvar+1;
1326                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1327                                VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1328                            end
1329                        end
1330                    end
1331                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1332                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1333                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1334                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1335                        coord_X=coord_X(indsel);
1336                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1337                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1338                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1339                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1340                        end
1341                    end
1342                    % interpolate and calculate field on the grid
1343                   
1344                    [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1345                   
1346                    % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1347                    if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1348                        F=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_X,'nearest');
1349                        G=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_Y,'nearest');
1350                    else
1351                        F=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_X,'nearest');
1352                        G=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_Y,'nearest');
1353                    end
1354                    Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1355                    Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1356                    Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1357                    if ~isempty(thresh2)
1358                        for ivar=1:numel(VarVal)
1359                            VarVal{ivar}(Dist>thresh2)=NaN;% % put to NaN interpolated positions further than 4 meshes from initial data
1360                        end
1361                    end
1362                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1363                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1364                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1365                        ListVarName={};% no new variable
1366                        VarAttribute={};
1367                    else
1368                        VarDimName=cell(size(ListVarName));
1369                        for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1370                            ListVarName{ilist}=regexprep(ListVarName{ilist},'(.+','');
1371                            if ~isempty(find(strcmp(ListVarName{ilist},ProjData.ListVarName)))
1372                                ListVarName{ilist}=[ListVarName{ilist} '_1'];
1373                            end
1374                            ProjData.(ListVarName{ilist})=VarVal{ilist};
1375                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1376                        end
1377                    end
1378                    if isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&& isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1379                    vector_x_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x; %preserve for next cell
1380                    vector_y_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y; %preserve for next cell
1381                    end
1382            end
1383           
1384        case 'tps'
1385            %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1386            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1387                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1388               
1389               
1390                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1391                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1392                checkUV=0;
1393                if strcmp(CellInfo{icell}.VarType,'vector')
1394                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y}));
1395                    checkUV=1;
1396                end
1397               
1398                %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1399                Psi=PlaneAngle(1);
1400                Theta=PlaneAngle(2);
1401               % Phi=PlaneAngle(3);
1402                if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1403                    new_XI=XI*cos(Phi) - YI*sin(Phi)+ObjectData.Coord(1);
1404                    YI=XI *sin(Phi) + YI *cos(Phi)+ObjectData.Coord(2);
1405                    XI=new_XI;
1406                    %                 if checkUV
1407                    %                     UValue=cos(Phi)*FieldVar(:,:,1)+ sin(Phi)*FieldVar(:,:,2);
1408                    %                     FieldVar(:,:,2)=-sin(Phi)*FieldVar(:,:,1)+ cos(Phi)*FieldVar(:,:,2);
1409                    %                     FieldVar(:,:,1)=UValue;
1410                    %                 end
1411                end
1412               
1413                % interpolate data using thin plate spline
1414                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
1415               
1416                % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1417                Coord=permute(Coord,[1 3 2]);
1418                Coord=reshape(Coord,size(Coord,1)*size(Coord,2),2);
1419                if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1420                    F=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1421                    G=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1422                else
1423                    F=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1424                    G=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1425                end
1426                Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1427                Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1428                Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1429                ListVarName=(fieldnames(DataOut))';
1430                VarDimName=cell(size(ListVarName));
1431                for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1432                    VarName=ListVarName{ilist};
1433                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1434                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1435                    if ~isempty(thresh2)
1436                        ProjData.(VarName)(Dist>thresh2)=NaN;% put to NaN interpolated positions further than RangeInterp from initial data
1437                    end
1438                end
1439            end
1440           
1441        case 'grid'
1442            %% case of input fields defined on a structured  grid
1443            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1444            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1445            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1446            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1447           % nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1448            if NbDim>=3
1449                if NbDim>3
1450                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1451                    return
1452                else
1453                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1454                        nbcolor=DimValue(3);
1455                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1456                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1457                    end
1458                end
1459            end
1460            Coord_z=[];
1461            Coord_y=[];
1462            Coord_x=[];
1463           
1464            if testangle
1465                ProjMode{icell}='interp_lin'; %request linear interpolation for projection on a tilted plane
1466            end
1467           
1468            if isequal(ProjMode{icell},'projection')% && (~testangle || test90y || test90x)
1469                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1470                    ListVarName=[ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1471                    VarDimName=[VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)];
1472                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1473                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1474                    end
1475                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1476                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1477                    for ivar=VarIndex
1478                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1479                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1480                    end
1481                else
1482                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1483                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1484                    if NbDim==3
1485                        Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});
1486                    end
1487                    if numel(Coord{NbDim-1})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1488                        DY=(Coord{NbDim-1}(2)-Coord{NbDim-1}(1))/(DimValue(1)-1);
1489                    end
1490                    if numel(Coord{NbDim})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1491                        DX=(Coord{NbDim}(2)-Coord{NbDim}(1))/(DimValue(2)-1);
1492                    end
1493                    if testYMax
1494                         YIndexMax=(YMax-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1495                        if testYMin%test_direct(indY)
1496                            YIndexMin=(YMin-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1497                        else
1498                            YIndexMin=1;
1499                        end         
1500                    else
1501                        YIndexMax=numel(Coord{NbDim-1});
1502                        YIndexMin=1;
1503                    end
1504                    if testXMax
1505                         XIndexMax=(XMax-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1506                        if testYMin%test_direct(indY)
1507                            XIndexMin=(XMin-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1508                        else
1509                            XIndexMin=1;
1510                        end         
1511                    else
1512                        XIndexMax=numel(Coord{NbDim});
1513                        XIndexMin=1;
1514                    end
1515                    YIndexRange(1)=ceil(min(YIndexMin,YIndexMax));%first y index to select from the previous field
1516                    YIndexRange(1)=max(YIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1517                    YIndexRange(2)=floor(max(YIndexMin,YIndexMax));%last y index to select from the previous field
1518                    YIndexRange(2)=min(YIndexRange(2),DimValue(NbDim-1));% limit to the last available index
1519                    XIndexRange(1)=ceil(min(XIndexMin,XIndexMax));%first x index to select from the previous field
1520                    XIndexRange(1)=max(XIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1521                    XIndexRange(2)=floor(max(XIndexMin,XIndexMax));%last x index to select from the previous field
1522                    XIndexRange(2)=min(XIndexRange(2),DimValue(NbDim));% limit to the last available index
1523                    if test90y
1524                        ind_new=[3 2 1];
1525                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1526                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1527                        for ivar=VarIndex
1528                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1529                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1530                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1531                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1532                            ProjData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),ind_new);% permute x and z indices for 90 degree rotation
1533                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1534                        end
1535                        ProjData.(AYName)=[Ybound(1) Ybound(2)]; %record the new (projected ) y coordinates
1536                        ProjData.(AXName)=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)]; %record the new (projected ) x coordinates
1537                    else
1538                        if NbDim==3
1539                            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(numel(Coord{1})-1);
1540                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1541                            DimValue(1)=[];
1542                            test_direct=1;%TOdo; GENERALIZE, SEE CASE OF points
1543                            if test_direct(1)
1544                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1545                            else
1546                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1547                            end
1548                        end
1549                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1550                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1551                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1552                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1553                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1554                                VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1555                            end
1556                            if NbDim==3
1557                                ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end)));
1558                            else
1559                                ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName)(YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end),:);
1560                            end
1561                        end
1562                        if testXMax
1563                         ProjData.(AXName)=Coord{NbDim}(1)+DX*(XIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1564                        else
1565                          ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1566                        end
1567                        if testYMax
1568                            ProjData.(AYName)=Coord{NbDim-1}(1)+DY*(YIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1569                        else
1570                          ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1571                        end                           
1572                    end
1573                end
1574            else       % case with interpolation on a grid
1575                if NbDim==2 %2D case
1576                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1577                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1578                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1579                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1580                        test_interp_tps=1;
1581                    else
1582                        test_interp_tps=0;
1583                    end
1584                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1585                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1586                    if ~(testXMin && testYMin)% % if the range of the projected coordinates is not fully defined by the projection object, find the extrema of the projected field
1587                        xcorner=[min(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) min(Coord{NbDim})]-ObjectData.Coord(1,1);% corner absissa of the original grid with respect to the new origin
1588                        ycorner=[min(Coord{NbDim-1}) min(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1})]-ObjectData.Coord(1,2);% corner ordinates of the original grid
1589                        xcor_new=xcorner*cos(PlaneAngle(3))+ycorner*sin(PlaneAngle(3));%coordinates of the corners in new frame
1590                        ycor_new=-xcorner*sin(PlaneAngle(3))+ycorner*cos(PlaneAngle(3));
1591                        if ~testXMin
1592                            XMin=min(xcor_new);
1593                        end
1594                        if ~testXMax
1595                            XMax=max(xcor_new);
1596                        end
1597                        if ~testYMin
1598                            YMin=min(ycor_new);
1599                        end
1600                        if ~testYMax
1601                            YMax=max(ycor_new);
1602                        end
1603                    end
1604                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1605                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1606                    ProjData.(AYName)=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)]; %record the new (projected ) y coordinates
1607                    ProjData.(AXName)=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)]; %record the new (projected ) x coordinates
1608                    [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1609                    XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(2))-YI*sin(PlaneAngle(1));%corresponding coordinates in the original system
1610                    YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(2))+YI*cos(PlaneAngle(1));
1611
1612                    if numel(Coord{1})==2% x coordinate defined by its bounds, get the whole set
1613                        Coord{1}=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(1));
1614                    end
1615                    if numel(Coord{2})==2% y coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1616                        Coord{2}=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(2));
1617                    end
1618                    [X,Y]=meshgrid(Coord{2},Coord{1});%initial coordinates
1619                    %name of error flag variable
1620                    FFName='FF';%default name (if not already used)
1621                    if isfield(ProjData,'FF')
1622                        ind=1;
1623                        while isfield(ProjData,['FF_' num2str(ind)])
1624                            ind=ind+1;
1625                        end
1626                        FFName=['FF_' num2str(ind)];% append an index to the name of error flag, FF_1,FF_2...
1627                    end
1628                    % project all variables in the cell
1629                    for ivar=VarIndex
1630                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1631                        if size(FieldData.(VarName),3)==1
1632                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,'*linear');%interpolation fct
1633                        else
1634                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,1)),XI,YI,'*linear');
1635                            for icolor=2:size(FieldData.(VarName),3)% project 'color' components
1636                                ProjData.(VarName)=cat(3,ProjData.(VarName),interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,icolor)),XI,YI,'*linear'));
1637                            end
1638                        end
1639                        if isa(FieldData.(VarName),'uint8')
1640                            ProjData.(VarName)=uint8(ProjData.(VarName));%put result to integer 8 bits if the initial field is integer (image)
1641                        elseif isa(FieldData.(VarName),'uint16')
1642                            ProjData.(VarName)=uint16(ProjData.(VarName));%put result to integer 16 bits if the initial field is integer (image)
1643                        end
1644                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1645                        DimCell(1:2)={AYName,AXName};
1646                        VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1647                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1648                            VarAttribute{length(ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1649                        end;
1650                        ProjData.(FFName)=isnan(ProjData.(VarName));%detact NaN (points outside the interpolation range)
1651                        ProjData.(VarName)(ProjData.(FFName))=0; %set to 0 the NaN data
1652                    end
1653                    %update list of variables with error flag
1654                    ListVarName=[ListVarName FFName];
1655                    VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1656                    VarAttribute{numel(ListVarName)}.Role='errorflag';
1657                elseif ~testangle
1658                    % unstructured z coordinate
1659                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1660                    iz_sup=find(test_sup);
1661                    iz=iz_sup(1);
1662                    if iz>=1 & iz<=npz
1663                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1664                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1665                        for ivar=VarIndex
1666                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1667                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1668                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1669                            ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1670                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1671                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1672                                ProjData.(VarName)=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.(VarName),Coord_x,Coord_y);
1673                            end
1674                        end
1675                    end
1676                else   %projection of structured coordinates on oblique plane
1677                    % determine the boundaries of the projected field,
1678                    % first find the 8 summits of the initial volume in the
1679                    PlaneAngle=ObjectData.Angle*pi/180;
1680                    % new coordinates
1681                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});%initial z coordinates
1682                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});%initial y coordinates
1683                    Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});%initial x coordinates
1684                    summit=zeros(3,8);% initialize summit coordinates
1685                    summit(1,1:4)=[Coord{3}(1) Coord{3}(end) Coord{3}(1) Coord{3}(end)];%square
1686                    summit(2,1:4)=[Coord{2}(1) Coord{2}(1) Coord{2}(end) Coord{2}(end)];% square at z= Coord{1}(1)
1687                    summit(1:2,5:8)=summit(1:2,1:4);
1688                    summit(3,:)=[Coord{1}(1)*ones(1,4) Coord{1}(end)*ones(1,4)];
1689                    %Mrot_inv=rodrigues(-PlaneAngle);
1690                    newsummit=zeros(3,8);% initialize the rotated summit coordinates
1691                    ObjectData.Coord=ObjectData.Coord';% set ObjectData.Coord as a vertical vector
1692                    if size(ObjectData.Coord,1)<3
1693                    ObjectData.Coord=[ObjectData.Coord; 0];%add z origin at z=0 by default
1694                    end
1695               
1696                    M1=[cos(PlaneAngle(1)) sin(PlaneAngle(1)) 0;-sin(PlaneAngle(1)) cos(PlaneAngle(1)) 0;0 0 1];
1697                    M2=[1 0 0;0 cos(PlaneAngle(2)) sin(PlaneAngle(2));0 -sin(PlaneAngle(2)) cos(PlaneAngle(2))];
1698                    M=M2*M1;
1699                    M_inv=inv(M);
1700                   
1701                    for isummit=1:8% TODO: introduce a function for rotation of n points (to use also for scattered data)
1702                        newsummit(:,isummit)=M*(summit(:,isummit)-(ObjectData.Coord));
1703                    end
1704                    coord_x_proj=min(newsummit(1,:)):InterpMesh: max(newsummit(1,:));% set of coordinqtes in the projection plane
1705                    coord_y_proj=min(newsummit(2,:)):InterpMesh: max(newsummit(2,:));
1706                    coord_z_proj=-width:width;
1707                    %Mrot=rodrigues(PlaneAngle);% inverse rotation matrix
1708                    Origin=M_inv*[coord_x_proj(1);coord_y_proj(1);coord_z_proj(1)]+ObjectData.Coord;
1709                    npx=numel(coord_x_proj);
1710                    npy=numel(coord_y_proj);
1711                    npz=numel(coord_z_proj);
1712                   
1713                    %modangle=sqrt(PlaneAngle(1)*PlaneAngle(1)+PlaneAngle(2)*PlaneAngle(2));
1714%                     cosphi=PlaneAngle(1)/modangle;
1715%                     sinphi=PlaneAngle(2)/modangle;
1716                    iX=[coord_x_proj(end)-coord_x_proj(1);0;0]/(npx-1);
1717                    iY=[0;coord_y_proj(end)-coord_y_proj(1);0]/(npy-1);
1718                    iZ=[0;0;coord_z_proj(end)-coord_z_proj(1)]/(npz-1);
1719%                     iX(1:2)=[cosphi -sinphi;sinphi cosphi]*iX(1:2);
1720%                     iY(1:2)=[-cosphi -sinphi;sinphi cosphi]*iY(1:2);
1721                   
1722                    ix=M_inv*iX;%  vector along the new x coordinates transformed into old coordinates
1723                    iy=M_inv*iY;% vector along y coordinates
1724                    iz=M_inv*iZ;% vector along z coordinates
1725
1726                    [Grid_x,Grid_y,Grid_z]=meshgrid(0:npx-1,0:npy-1,0:npz-1);
1727                    if ismatrix(Grid_x)% add a singleton in case of a single z value
1728                        Grid_x=shiftdim(Grid_x,-1);
1729                        Grid_y=shiftdim(Grid_y,-1);
1730                        Grid_z=shiftdim(Grid_z,-1);
1731                    end
1732                    XI=Origin(1)+ix(1)*Grid_x+iy(1)*Grid_y+iz(1)*Grid_z;
1733                    YI=Origin(2)+ix(2)*Grid_x+iy(2)*Grid_y+iz(2)*Grid_z;
1734                    ZI=Origin(3)+ix(3)*Grid_x+iy(3)*Grid_y+iz(3)*Grid_z;
1735                   [X,Y,Z]=meshgrid(Coord{3},Coord{2},Coord{1});% mesh in the initial coordinates
1736                    for ivar=VarIndex
1737                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1738                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1739                            VarDimName=[VarDimName {{'coord_y','coord_x'}}];
1740                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1741                            FieldData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),[2 3 1]);
1742                            ProjData.coord_x=coord_x_proj;
1743                            ProjData.coord_y=coord_y_proj;
1744                            ProjData.(VarName)=interp3(X,Y,Z,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,ZI,'*linear');
1745                            ProjData.(VarName)=nanmean(ProjData.(VarName),3);
1746                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName));
1747                    end
1748                end
1749            end
1750    end
1751    % update the global list of projected variables:
1752    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListVarName];
1753    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1754    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1755   
1756    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1757    if testangle
1758        ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1759        for ivar=1:numel(VarAttribute)
1760            if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
1761                if strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
1762                    ivar_U=ivar;
1763                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
1764                    ivar_V=ivar;
1765                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_z')
1766                    ivar_W=ivar;
1767                end
1768            end
1769        end
1770        if ~isempty(ivar_U)
1771            if isempty(ivar_V)
1772                msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1773                return
1774            else
1775                UName=ListVarName{ivar_U};
1776                VName=ListVarName{ivar_V};
1777                UValue=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName);
1778                ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName));
1779                ProjData.(UName)=UValue;
1780                if ~isempty(ivar_W)
1781                    WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1782                    VValue=ProjData.(VName)+ ProjData.(WName)*sin(Theta);%
1783                    ProjData.(WName)=NormVec_X*ProjData.(UName)+ NormVec_Y*ProjData.(VName)+ NormVec_Z* ProjData.(WName);
1784                    ProjData.(VName)=VValue;
1785                end
1786            end
1787        end
1788    end
1789end
1790% %prepare substraction in case of two input fields
1791% SubData.ListVarName={};
1792% SubData.VarDimName={};
1793% SubData.VarAttribute={};
1794% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1795% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1796%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1797%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1798%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1799%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1800%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1801%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1802%         check_remove(iproj)=1;
1803%     end
1804% end
1805% if ~isempty(find(check_remove))
1806%     ind_remove=find(check_remove);
1807%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1808%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1809%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1810%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1811% end
1812
1813%-----------------------------------------------------------------
1814%projection in a volume
1815function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1816
1817%-----------------------------------------------------------------
1818ProjData=FieldData;%default output
1819
1820%% axis origin
1821if isempty(ObjectData.Coord)
1822    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1823    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1824    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1825end
1826
1827%% rotation angles
1828VolumeAngle=[0 0 0];
1829norm_plane=[0 0 1];
1830if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1831    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1832    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1833    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1834    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1835    cos_om=cos(pi*om/180);
1836    sin_om=sin(pi*om/180);
1837    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1838    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1839    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1840    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1841    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1842end
1843testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1844
1845%% mesh sizes DX, DY, DZ
1846DX=0;
1847DY=0; %default
1848DZ=0;
1849if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1850     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1851end
1852if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1853     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1854end
1855if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1856     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1857end
1858if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1859        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1860        return
1861end
1862
1863%% extrema along each axis
1864testXMin=0;
1865testXMax=0;
1866testYMin=0;
1867testYMax=0;
1868if isfield(ObjectData,'RangeX')
1869        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1870        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1871        testXMin=XMax>XMin;
1872        testXMax=1;
1873end
1874if isfield(ObjectData,'RangeY')
1875        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1876        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1877        testYMin=YMax>YMin;
1878        testYMax=1;
1879end
1880width=0;%default width of the projection band
1881if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1882        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1883        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1884        testZMin=ZMax>ZMin;
1885        testZMax=1;
1886end
1887
1888%% initiate Matlab  structure for physical field
1889[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1890if ~isempty(errormsg)
1891    return
1892end
1893
1894ProjData.NbDim=3;
1895ProjData.ListVarName={};
1896ProjData.VarDimName={};
1897if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1898    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1899elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1900    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1901end
1902
1903error=0;%default
1904flux=0;
1905testfalse=0;
1906ListIndex={};
1907
1908%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1909%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1910%-----------------------------------------------------------------
1911idimvar=0;
1912% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1913% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1914ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1915icoord=0;
1916nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1917nbvar=0;
1918for icell=1:length(CellVarIndex)
1919    NbDim=NbDimVec(icell);
1920    if NbDim<3
1921        continue
1922    end
1923    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1924    VarType=VarTypeCell{icell};
1925    ivar_X=VarType.coord_x;
1926    ivar_Y=VarType.coord_y;
1927    ivar_Z=VarType.coord_z;
1928    ivar_U=VarType.vector_x;
1929    ivar_V=VarType.vector_y;
1930    ivar_W=VarType.vector_z;
1931    ivar_C=VarType.scalar ;
1932    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1933    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1934    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1935    ivar_F=VarType.warnflag;
1936    ivar_FF=VarType.errorflag;
1937    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1938    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1939    if ischar(DimCell)
1940        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1941    end
1942
1943%% case of input fields with unstructured coordinates
1944    if check_unstructured_coord
1945        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1946        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1947        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1948        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1949        if length(ivar_Z)==1
1950            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1951            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1952        end
1953
1954        % translate  initial coordinates
1955        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1956        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1957        if ~isempty(ivar_Z)
1958            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1959        end
1960       
1961        % selection of the vectors in the projection range
1962%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1963%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1964%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1965%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1966%             for ivar=VarIndex
1967%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1968%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1969%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1970%             end
1971%             coord_x=coord_x(indcut);
1972%             coord_y=coord_y(indcut);
1973%             coord_z=coord_z(indcut);
1974%         end
1975
1976       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1977       if testangle
1978           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1979           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1980           if ~isempty(ivar_Z)
1981               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1982           end
1983           
1984           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1985           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1986           
1987       else
1988           coord_X=coord_x;
1989           coord_Y=coord_y;
1990           coord_Z=coord_z;
1991       end
1992        %restriction to the range of x and y if imposed
1993        testin=ones(size(coord_X)); %default
1994        testbound=0;
1995        if testXMin
1996            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1997            testbound=1;
1998        end
1999        if testXMax
2000            testin=testin & (coord_X <= XMax);
2001            testbound=1;
2002        end
2003        if testYMin
2004            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
2005            testbound=1;
2006        end
2007        if testYMax
2008            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
2009            testbound=1;
2010        end
2011        if testbound
2012            indcut=find(testin);
2013            for ivar=VarIndex
2014                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2015                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
2016            end
2017            coord_X=coord_X(indcut);
2018            coord_Y=coord_Y(indcut);
2019            if length(ivar_Z)==1
2020                coord_Z=coord_Z(indcut);
2021            end
2022        end
2023        % different cases of projection
2024        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
2025            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
2026                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2027                if ivar==ivar_X %x coordinate
2028                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
2029                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
2030                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
2031                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
2032                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
2033                end
2034                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
2035                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2036                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
2037                    nbvar=nbvar+1;
2038                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2039                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2040                    end
2041                end
2042            end 
2043        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
2044            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
2045            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
2046            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
2047            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2048            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2049            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
2050            nbcoord=2; 
2051            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
2052            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
2053            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
2054            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
2055            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
2056            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
2057            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
2058            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
2059            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
2060            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
2061            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
2062            if ~isequal(ivar_FF,0)
2063                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
2064                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
2065                coord_X=coord_X(indsel);
2066                coord_Y=coord_Y(indsel);
2067            end
2068            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
2069            testFF=0;
2070            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
2071            for ivar=VarIndex
2072                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2073                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
2074                    ivar_new=ivar_new+1;
2075                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
2076                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2077                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2078                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2079                    end
2080                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
2081                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
2082                    end
2083                    % linear interpolation
2084                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
2085                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
2086%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
2087%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
2088%                     indnan=find(FFlag);
2089%                     if ~isempty(indnan)
2090%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
2091%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
2092%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
2093%                         testFF=1;
2094%                     end
2095                    if ivar==ivar_U
2096                        ivar_U=ivar_new;
2097                    end
2098                    if ivar==ivar_V
2099                        ivar_V=ivar_new;
2100                    end
2101                    if ivar==ivar_W
2102                        ivar_W=ivar_new;
2103                    end
2104                end
2105            end
2106            if testFF
2107                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
2108                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
2109               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2110                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
2111            end
2112        end
2113       
2114%% case of input fields defined on a structured  grid
2115    else
2116        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
2117        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
2118        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
2119        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
2120        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
2121        if NbDim>=3
2122            if NbDim>3
2123                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
2124                return
2125            else
2126                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
2127                    nbcolor=DimValue(3);
2128                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
2129                    NbDim=2;% space dimension set to 2
2130                end
2131            end
2132        end
2133        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
2134        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
2135        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
2136        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
2137        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
2138        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
2139        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
2140
2141%         for idim=1:length(ListDimName)
2142%             DimName=ListDimName{idim};
2143%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
2144%                nbcolor=DimValue(idim);
2145%                DimValue(idim)=[];
2146%             end
2147%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
2148%                 DimValue(idim)=[];
2149%             end
2150%         end 
2151        Coord_z=[];
2152        Coord_y=[];
2153        Coord_x=[];   
2154
2155        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
2156            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
2157            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
2158            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
2159                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
2160                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
2161                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
2162                else
2163                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
2164                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
2165                    DCoord_max=max(DCoord);
2166                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
2167                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
2168                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
2169                                return
2170                    end               
2171                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
2172                end
2173                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
2174            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
2175                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
2176                DCoord_min(idim)=1;%default
2177                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
2178                test_direct(idim)=1;
2179            end
2180        end
2181        if DY==0
2182            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
2183        end
2184        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
2185        if DX==0
2186            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
2187        end
2188        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
2189        for idim=1:NbDim
2190            if test_interp(idim)
2191                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
2192            end
2193        end       
2194        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
2195        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
2196        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
2197        test_direct_x=test_direct(NbDim);
2198        DAX=DCoord_min(NbDim);
2199        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
2200        minAX=min(Coord_x);
2201        maxAX=max(Coord_x);
2202        minAY=min(Coord_y);
2203        maxAY=max(Coord_y);
2204        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
2205        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
2206        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
2207        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
2208        if ~testXMax
2209            XMax=max(xcor_new);
2210        end
2211        if ~testXMin
2212            XMin=min(xcor_new);
2213        end
2214        if ~testYMax
2215            YMax=max(ycor_new);
2216        end
2217        if ~testYMin
2218            YMin=min(ycor_new);
2219        end
2220        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
2221        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
2222        if DX==0
2223            DX=DXinit;
2224        end
2225        if DY==0
2226            DY=DYinit;
2227        end
2228        if NbDim==3
2229            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2230            if ~test_direct(1)
2231                DZ=-DZ;
2232            end
2233            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2234            test_direct_z=test_direct(1);
2235        end
2236        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2237        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2238        if test_direct_y
2239            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2240        else
2241            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2242        end
2243        if test_direct_x
2244            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2245        else
2246            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2247        end
2248       
2249        % case with no rotation and interpolation
2250        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2251            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2252                ProjData=FieldData;
2253            else
2254                indY=NbDim-1;
2255                if test_direct(indY)
2256                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2257                    YIndexFirst=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2258                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2259                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(YIndexFirst-1);
2260                else
2261                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2262                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2263                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2264                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2265                end   
2266                if test_direct(NbDim)==1
2267                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2268                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2269                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2270                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2271                else
2272                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2273                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2274                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2275                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2276                end
2277                if NbDim==3
2278                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2279                    DimValue(1)=[];
2280                                        %structured coordinates
2281                    if test_direct(1)
2282                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2283                    else
2284                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2285                    end
2286                end
2287                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2288                min_indx=max(min_indx,1);
2289                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2290                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2291                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2292                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2293                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2294                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2295                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2296                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2297                    end
2298                    if NbDim==3
2299                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2300                    else
2301                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2302                    end
2303                end 
2304                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2305                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2306            end
2307        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2308            if NbDim==2 %2D case
2309                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2310                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2311                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2312                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2313                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2314                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2315                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2316                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2317                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2318                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2319                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2320                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2321                    test_interp_tps=1;
2322                else
2323                    test_interp_tps=0;
2324                end
2325                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2326                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2327                for ivar=VarIndex
2328                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2329                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2330                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2331                    end
2332                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2333                    if test_interp_tps 
2334                         Aclass=class(FieldData.A);
2335                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2336                         if ~isequal(Aclass,'double')
2337                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2338                         end
2339                    end
2340                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2341                    %ind_in=find(flagin);
2342                    ind_out=find(~flagin);
2343                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2344                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2345                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2346                    for icolor=1:nbcolor
2347                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2348                    end
2349                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2350                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2351                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2352                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2353                    end     
2354                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2355                end
2356                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga ant???rieur 
2357                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2358                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2359                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2360            else %3D case
2361                if ~testangle     
2362                    % unstructured z coordinate
2363                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2364                    iz_sup=find(test_sup);
2365                    iz=iz_sup(1);
2366                    if iz>=1 & iz<=npz
2367                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2368                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2369                        for ivar=VarIndex
2370                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2371                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2372                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2373                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2374                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2375                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2376                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2377                            end
2378                        end
2379                    end
2380                else
2381                    RotMatrix=rodrigues(om);
2382                   
2383                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2384                    %TODO: use interp3
2385                    return
2386                end
2387            end
2388        end
2389    end
2390
2391    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2392    if testangle
2393        if isempty(ivar_V)
2394            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2395            return
2396        end
2397        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2398        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2399        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2400        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2401        if ~isempty(ivar_W)
2402            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2403            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2404            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2405        end
2406        if ~isequal(Psi,0)
2407            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2408            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2409        end
2410    end
2411end
2412
2413%------------------------------------------------------------------------
2414%--- transfer the global attributes
2415function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2416%------------------------------------------------------------------------
2417ProjData=[];%default
2418errormsg='';%default
2419
2420%% transfer error
2421if isfield(FieldData,'Txt')
2422    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2423    return;
2424end
2425
2426%% transfer global attributes
2427if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2428    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2429else
2430    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2431end
2432for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2433    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2434    if isfield(FieldData,AttrName)
2435        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2436    end
2437end
2438
2439%% transfer coordinate unit
2440if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2441    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2442end
2443if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2444    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2445        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2446        return
2447    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2448         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2449    end
2450end
2451
2452%% store the properties of the projection object
2453ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2454for ilist=1:length(ListObject)
2455    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2456        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2457        if ~isempty(val)
2458            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2459            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2460        end
2461    end   
2462end
2463
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.