source: trunk/src/proj_field.m @ 1092

Last change on this file since 1092 was 1090, checked in by sommeria, 3 years ago

system of mirror output path introduced, and series/sliding_average added

File size: 118.7 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the
22%    objectuvmat
23
24%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
25%    .ProjAngle=angle of projection;
26%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
27%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
28
29%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
30%    .Txt: error message, transmitted to the projection
31%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
32%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
33%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
34% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
35%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
36%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
37%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
38%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
39%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
40% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
41% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
42%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
43%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
44%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
45%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
46%                        unstructured coordinate x, y  or z
47%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
48%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
49%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
50%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
51%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
52%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
53%
54% Default role of variables (by name)
55%  vector field:
56%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
57%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
58%    .C, .CName: scalar associated to the vector
59%    .F : equivalent to 'warnflag'
60%    .FF: equivalent to 'errorflag'
61%  scalar field or image:
62%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
63%    .A: scalar, projected on the object
64%    .AX, .AY: positions for the scalar
65%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
66%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
67
68%=======================================================================
69% Copyright 2008-2020, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
70%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
71%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
72%
73%     This file is part of the toolbox UVMAT.
74%
75%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
76%     it under the terms of the GNU General Public License as published
77%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
78%     or (at your option) any later version.
79%
80%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
81%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
82%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
83%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
84%=======================================================================
85
86function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
87errormsg='';%default
88ProjData=[];
89
90%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
91if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
92    return
93end
94% check list of effective projection modes
95if ~ismember(ObjectData.ProjMode,{'projection','interp_lin','interp_tps','inside','outside'})
96    return
97end
98if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
99    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
100        ObjectData.Coord=[0 0];%default
101    else
102        return
103    end
104end
105
106%% apply projection depending on the object type
107switch ObjectData.Type
108    case 'points'
109        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
110    case {'line','polyline'}
111        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
112    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
113        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
114            if ~exist('VarMesh','var')
115                VarMesh=[];
116            end
117            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh);
118        else
119            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
120        end
121    case {'plane','plane_z'}
122        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
123    case 'volume'
124        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
125end
126
127%-----------------------------------------------------------------
128%project on a set of points
129function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
130%-------------------------------------------------------------------
131ProjData=[];%default output
132siz=size(ObjectData.Coord);
133width=0;
134if isfield(ObjectData,'Range')
135    width=ObjectData.Range(1,2);
136end
137if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
138    width=max(ObjectData.RangeX);
139end
140if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
141    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
142end
143if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
144    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
145end
146if isfield(ObjectData,'RangeInterp')&&~isempty(ObjectData.RangeInterp)
147    width=ObjectData.RangeInterp;
148end
149if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
150    if width==0
151        errormsg='projection range around points needed';
152        return
153    end
154elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
155    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
156        return
157end
158[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
159if ~isempty(errormsg)
160    return
161end
162ProjData.NbDim=0;
163[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
164if ~isempty(errormsg)
165    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
166    return
167end
168%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
169for icell=1:length(CellInfo)
170    if NbDimArray(icell)<=1
171        continue %projection only for multidimensional fields
172    end
173    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
174    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
175    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
176    ivar_Z=[];
177    if NbDimArray(icell)==3
178        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
179    end
180    ivar_FF=[];
181    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
182        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
183        if numel(ivar_FF)>1
184            errormsg='multiple error flag input';
185            return
186        end
187    end   
188    % select types of  variables to be projected
189   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
190      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
191   for ilist=1:numel(ListProj)
192       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
193           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
194       end
195   end
196   VarIndex=find(check_proj);
197    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
198    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
199    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
200    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
201    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
202    for ivar=VarIndex       
203        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
204        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
205        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
206
207    end
208    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
209        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
210        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
211        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
212        if length(ivar_Z)==1
213            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
214            test3D=1;
215        end
216   
217        for ipoint=1:siz(1)
218           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
219           distX=coord_x-Xpoint(1);
220           distY=coord_y-Xpoint(2);         
221           dist=distX.*distX+distY.*distY;
222           indsel=find(dist<width*width);
223           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
224           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
225           if isequal(length(ivar_FF),1)
226               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
227               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
228               indsel=indsel(~FF);
229           end
230           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
231            for ivar=VarIndex
232               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
233               if isempty(indsel)
234                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
235               else
236                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
237                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
238                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
239                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
240                    end
241               end
242            end
243        end
244    else    %case of structured coordinates
245        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
246            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
247            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
248            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
249            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
250            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
251            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
252            npxy=size(A);         
253            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
254            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
255                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
256            end
257            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
258                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
259                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
260                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
261                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
262                if numel(Coord{idim})==2
263                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
264                    test_direct(idim)=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
265                else
266                    DCoord=diff(Coord{idim});
267                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
268                    DCoord_max=max(DCoord);
269                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
270                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
271                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
272                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
273                        return
274                    end
275                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
276                    test_coord(idim)=1;
277                end
278            end
279            DX=DCoord_min(2);
280            DY=DCoord_min(1);
281            for ipoint=1:siz(1)
282                xwidth=width/(abs(DX));
283                ywidth=width/(abs(DY));
284                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
285                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
286                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
287                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
288                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
289                j_min=max(1,j_min);
290                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
291                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
292                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
293                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
294                i_int=(i_min:i_plus);
295                j_int=(j_min:j_plus);
296                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
297                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
298                   for ivar=VarIndex   
299                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
300                   end
301                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
302                else
303                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
304                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
305                    for ivar=VarIndex   
306                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
307                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
308                    end
309                end
310            end
311        end
312   end
313end
314
315%-----------------------------------------------------------------
316%project in a patch
317function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh)%%
318%-------------------------------------------------------------------
319[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
320if ~isempty(errormsg)
321    return
322end
323%objectfield=fieldnames(ObjectData);
324widthx=0;
325widthy=0;
326if isfield(ObjectData,'RangeX') && ~isempty(ObjectData.RangeX)
327    widthx=max(ObjectData.RangeX);
328end
329if isfield(ObjectData,'RangeY') && ~isempty(ObjectData.RangeY)
330    widthy=max(ObjectData.RangeY);
331end
332
333%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
334ProjData.NbDim=1;
335ProjData.ListVarName={};
336ProjData.VarDimName={};
337ProjData.VarAttribute={};
338
339CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
340if isfield (FieldData,'VarAttribute')
341    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
342        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
343            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
344        end
345        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
346            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
347        end
348    end
349end
350
351%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
352[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
353if ~isempty(errormsg)
354    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
355    return
356end
357
358%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
359for icell=1:length(CellInfo)
360    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
361    test_Amat=0;
362    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
363        continue
364    end
365    ivar_FF=[];
366    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
367    if testfalse
368        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
369        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
370        errorflag=FieldData.(FFName);
371    end
372    % select types of  variables to be projected
373    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
374    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
375    for ilist=1:numel(ListProj)
376        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
377            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
378        end
379    end
380    VarIndex=find(check_proj);
381   
382    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
383    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
384    ivar_Z=[];
385    if NbDim(icell)==3
386        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
387    end
388    switch CellInfo{icell}.CoordType
389        case 'scattered' %case of unstructured coordinates
390            for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
391                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
392                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
393            end
394            XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
395            YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
396            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
397            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
398            % image or 2D matrix
399        case 'grid' %case of structured coordinates
400            test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
401            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
402            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
403            AX=FieldData.(AXName);% x coordinate
404            AY=FieldData.(AYName);% y coordinate
405            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
406            DimValue=size(FieldData.(VarName));
407            if length(AX)==2
408                AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
409            end
410            if length(AY)==2
411                AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
412            end
413            if length(DimValue)==3
414                testcolor=1;
415                npxy(3)=3;
416            else
417                testcolor=0;
418                npxy(3)=1;
419            end
420            [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
421            npxy(1)=length(AY);
422            npxy(2)=length(AX);
423            Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
424            Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
425            for ivar=1:length(VarIndex)
426                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
427                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
428            end
429    end
430    %select the indices in the range of action
431    testin=[];%default
432    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
433        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
434            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
435            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
436            testin=distX<widthx & distY<widthy;
437        elseif test_Amat
438            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
439            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
440            testin=distX<widthx & distY<widthy;
441        end
442    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
443        if strcmp(CoordType,'scattered')
444            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
445        elseif strcmp(CoordType,'grid')
446            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
447        else%calculate the scalar
448            testin=[]; %A REVOIR
449        end
450    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
451        X2Max=widthx*widthx;
452        Y2Max=(widthy)*(widthy);
453        if strcmp(CoordType,'scattered')
454            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
455            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
456            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
457        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
458            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
459            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
460            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
461        end
462    end
463    %selected indices
464    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
465        testin=~testin;
466    end
467    if testfalse
468        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
469    end
470    indsel=find(testin);
471    nbvar=0;
472    VarSize=zeros(size(VarIndex));
473    for ivar=VarIndex
474        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
475        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each co
476        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
477        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color co
478        nbvar=nbvar+1;
479        VarSize(nbvar)=mean((ProjData.([VarName 'Max'])-ProjData.([VarName 'Min']))/100);
480    end
481    if  isempty(VarMesh)% || isnan(VarMesh) % mesh not specified as input, estimate from the bounds
482        VarMesh=mean(VarSize);
483        ord=10^(floor(log10(VarMesh)));%order of magnitude
484        if VarMesh/ord >=5
485            VarMesh=5*ord;
486        elseif VarMesh/ord >=2
487            VarMesh=2*ord;
488        else
489            VarMesh=ord;
490        end
491    end
492    for ivar=VarIndex
493        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
494        LowBound=VarMesh*ceil(ProjData.([VarName 'Min'])/VarMesh);
495        UpperBound=VarMesh*floor(ProjData.([VarName 'Max'])/VarMesh);
496        if numel(indsel)<=1
497            errormsg='only one data point or less for histogram';
498            return
499        elseif isequal(LowBound,UpperBound)
500            errormsg='attempt histogram of uniform field: low bound = high bound';
501            return
502        end       
503        ProjData.(VarName)=LowBound:VarMesh:UpperBound; % list of bin values
504        ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
505        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
506        if test_Amat && testcolor
507            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
508        else
509            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
510        end
511        VarAttribute_var=[];
512        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
513            VarAttribute_var=FieldData.VarAttribute{ivar};
514            VarAttribute_var.Role='coord_x';
515        end
516      %  VarAttribute_var.Role='coord_x';% the variable is now used as an absissa
517        VarAttribute_histo.Role='histo';
518        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {VarAttribute_var} {VarAttribute_histo} {[]} {[]} {[]}];
519    end
520end
521
522%-----------------------------------------------------------------
523%project on a line
524% AJOUTER flux,circul,error
525% OUTPUT:
526% ProjData: projected field
527%
528function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
529%-----------------------------------------------------------------
530
531%% prepare heading for the projected field
532[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
533if ~isempty(errormsg)
534    return
535end
536ProjData.NbDim=1;
537%initialisation of the input parameters and defaultoutput
538ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
539% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
540width=0;
541if isfield(ObjectData,'RangeY')
542    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
543end
544if isfield(ObjectData,'RangeInterp')
545    width=ObjectData.RangeInterp;%Rangey needed bfor mode 'projection'
546end
547% default output
548Xline=[];
549flux=0;
550circul=0;
551liny=ObjectData.Coord(:,2);
552NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
553
554%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
555[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
556if ~isempty(errormsg)
557    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
558    return
559end
560CellInfo=CellInfo(NbDim>=2); %keep only the 2D or 3D cells
561cell_select=true(size(CellInfo));
562for icell=1:length(CellInfo)
563    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
564        if strcmp(ProjMode,'interp_tps')&& ~strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'tps')
565            cell_select(icell)=0;
566        end
567    end
568end
569if isempty(find(cell_select,1))
570    errormsg=[' invalid projection mode ''' ProjMode ''': use ''interp_tps'' to interpolate spatial derivatives'];
571    return
572end
573CellInfo=CellInfo(cell_select);
574
575%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
576LineCoord=ObjectData.Coord;
577switch ObjectData.Type
578    case 'ellipse'
579        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
580        NbSegment=0;
581    case 'rectangle'
582        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.num_RangeX_2;
583        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.num_RangeX_2;
584        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData_RangeX_2;
585        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY-Y2;
586    case 'polygon'
587        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
588end
589if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
590    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
591        return% line needs at least 2 points to be defined
592    end
593    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
594    dliny=diff(LineCoord(:,2));
595    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
596    LineLength=sum(dlength);
597    NbSegment=numel(LineLength);
598end
599CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
600
601%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
602
603% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
604xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
605if isequal(ProjMode,'projection')
606    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
607        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
608        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
609        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
610        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
611    else
612        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
613        return
614    end
615else % need to define the set of interpolation points
616    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
617        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
618        if CheckClosedLine
619            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
620            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
621            DX_edge=DX/2;
622        else
623            DX_edge=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point, the same for the end point
624        end
625        XI=[];
626        YI=[];
627        ThetaI=[];
628        dlengthI=[];
629        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
630            phi=(DX_edge:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
631            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
632            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
633            dphi=2*pi*DX/LineLength;
634            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
635        else
636            for isegment=1:NbSegment
637                costheta=cos(theta(isegment));
638                sintheta=sin(theta(isegment));
639                %                 XIsegment=LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
640                %                 YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
641                NbInterval=floor((dlength(isegment)-DX_edge)/DX);
642                LastX=DX_edge+DX*NbInterval;
643                NbPoint=NbInterval+1;
644                XIsegment=linspace(LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta,LineCoord(isegment,1)+LastX*costheta,NbPoint);
645                YIsegment=linspace(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta,LineCoord(isegment,2)+LastX*sintheta,NbPoint);
646                XI=[XI XIsegment];
647                YI=[YI YIsegment];
648                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
649                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
650                DX_edge=DX-(dlength(isegment)-LastX);%edge for the next segment set to keep DX=DX_end+DX_edge between two segments
651            end
652        end
653        Xproj=cumsum(dlengthI);
654    else
655        errormsg='abscissa mesh along line DX needed for interpolation';
656        return
657    end
658end
659
660%% loop on variable cells with the same space dimension 2
661ProjData.ListVarName={};
662ProjData.VarDimName={};
663check_abscissa=0;
664for icell=1:length(CellInfo)
665    % list of variable types to be projected
666    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
667    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
668    for ilist=1:numel(ListProj)
669        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
670            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
671        end
672    end
673    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
674   
675    %identify error flag
676    errorflag=0; %default, no error flag
677    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')% test for error flag
678        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
679        errorflag=FieldData.(FFName);
680    end
681    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
682    ivar_U=[];
683    ivar_V=[];
684    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
685   
686    %         circul=0;
687    %         flux=0;
688    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
689    switch CellInfo{icell}.CoordType
690        %case of unstructured coordinates
691        case 'scattered'
692            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});
693            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});
694           
695            if strcmp(ProjMode,'projection')
696                if width==0
697                    errormsg='range of the projection object is missing';
698                    return
699                end
700                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
701                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
702                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
703                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
704                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
705                % select the (non false) input data located in the band of projection
706                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
707                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
708                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
709                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
710                coord_x=coord_x(flagsel);
711                coord_y=coord_y(flagsel);
712                costheta=cos(theta);
713                sintheta=sin(theta);
714                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
715                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
716                ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)})=Xproj;
717                for ivar=1:numel(VarIndex)
718                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict variables to the projection band
719                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
720                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
721                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
722                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
723                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
724                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x')
725                            ivar_U=nbvar+ivar;
726                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y')
727                            ivar_V=nbvar+ivar;
728                        end
729                    end
730                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles as a  set of individual dots
731                end
732            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
733                if ~check_abscissa
734                    %XName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
735                    XName='X';
736                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
737                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
738                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
739                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
740                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
741                    check_abscissa=1; % define abcissa only once
742                end
743                if ~isequal(errorflag,0)
744                    VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
745                    indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
746                    coord_x=coord_x(indsel);
747                    coord_y=coord_y(indsel);
748                    for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
749                        VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
750                        FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
751                    end
752                end
753                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
754                ProjData.X=Xproj;
755                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
756                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
757                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
758                for ivar=1:numel(VarAttribute)
759                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
760                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
761                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
762                            ivar_U=ivar+nbvar;
763                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
764                            ivar_V=ivar+nbvar;
765                        end
766                    end
767                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='coord_y';% will promote plots of the profiles with continuous lines
768                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
769                end
770            end
771        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
772            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
773                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
774                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
775                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
776                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
777                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y}));
778                end
779                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
780                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'X'}];
781                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
782                ProjData.X=Xproj;
783                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
784                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
785                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
786                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
787                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
788                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
789                for ivar=1:numel(VarAttribute)
790                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
791                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
792                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
793                            ivar_U=ivar+nbvar;
794                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
795                            ivar_V=ivar+nbvar;
796                        end
797                    end
798                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='coord_y';% will promote plots of the profiles with continuous lines
799                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
800                end
801            end
802            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
803           
804        case 'grid'   %case of structured coordinates
805            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
806                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates'];
807                return
808            end%
809            test_interp2=0;%default
810           
811            if max(NbDim)==3 % 3D case
812                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)};
813                Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});%initial z coordinates
814                Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});%initial y coordinates
815                Coord{3}=FieldData.(AXName);%initial x coordinates
816                if size(ObjectData.Coord,2)<3
817                    ObjectData.Coord(1,3)=0;
818                end
819                dline=ObjectData.Coord(2,:)-ObjectData.Coord(1,:);
820                linelength=norm(dline);
821                if isfield(FieldData,'RangeX')
822                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
823                else
824                    XMin=0;
825                end
826                ProjData.(AXName)=XMin:ObjectData.DX:XMin+linelength;%abscissa of the projected data along the line
827               
828                XI_proj=ObjectData.Coord(1,1)*ones(size(ProjData.(AXName)));
829                YI_proj=ObjectData.Coord(1,2)*ones(size(ProjData.(AXName)));
830                ZI_proj=ObjectData.Coord(1,3)*ones(size(ProjData.(AXName)));
831                if dline(1,1)~=0
832                    XI_proj=XI_proj+ProjData.(AXName)/dline(1,1);
833                end
834                if dline(1,2)~=0
835                    YI_proj=YI_proj+ProjData.(AXName)/dline(1,2);
836                end
837                if dline(1,3)~=0
838                    ZI_proj=ZI_proj+ProjData.(AXName)/dline(1,3);
839                end
840                for ivar=VarIndex
841                                      VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
842                    %                         ListVarName=[ListVarName VarName];
843                    %                         VarDimName=[VarDimName {{'coord_y','coord_x'}}];
844                    %                         VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
845                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
846                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
847                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
848                   
849                    FieldData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),[2 3 1]); %coordinate permutation needed to use interp3
850                    indexnan=isnan(FieldData.(VarName));
851                    FieldData.(VarName)(indexnan)=0;%set to zero the undefined values
852                    ProjData.(VarName)=interp3(Coord{3},Coord{2},Coord{1},double(FieldData.(VarName)),XI_proj,YI_proj,ZI_proj,'*linear');
853                    ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName));
854                end           
855           
856            else
857                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
858                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
859                AX=FieldData.(AXName);% set of x positions
860                AY=FieldData.(AYName);% set of y positions
861                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
862                npxy=size(FieldData.(AName));
863                npx=npxy(2);
864                npy=npxy(1);
865                if numel(AX)==2
866                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
867                else
868                    DX_vec=diff(AX);
869                    DX=max(DX_vec);
870                    DX_min=min(DX_vec);
871                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
872                        test_interp2=1;
873                        DX=DX_min;
874                    end
875                end
876                if numel(AY)==2
877                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
878                else
879                    DY_vec=diff(AY);
880                    DY=max(DY_vec);
881                    DY_min=min(DY_vec);
882                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
883                        test_interp2=1;
884                        DY=DY_min;
885                    end
886                end
887                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
888                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
889                if isfield(ObjectData,'DX')
890                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
891                else
892                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
893                end
894                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
895                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
896                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
897                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
898                if isfield(FieldData,'RangeX')
899                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
900                else
901                    XMin=0;
902                end
903                ProjData.(AXName)=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);%abscissa of the new pixels along the line
904                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
905                npX=length(ProjData.(AXName));
906                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
907                [X,Y]=meshgrid(ProjData.(AXName),y);%grid in the line coordinates
908                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
909                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
910                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
911                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
912                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
913                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
914                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
915                ind_in=find(flagin);
916                ind_out=find(~flagin);
917                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
918                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
919                if numel(npxy)==2
920                    nbcolor=1;
921                elseif length(npxy)==3
922                    nbcolor=npxy(3);
923                else
924                    errormsg='multicomponent field not projected';
925                    display(errormsg)
926                    return
927                end
928                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
929                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
930                nbvar=numel(ProjData.VarDimName);
931                ProjData.VarAttribute{nbvar}.Role='coord_x';
932                for ivar=VarIndex
933                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
934                    if test_interp2% interpolate on new grid
935                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI');
936                    end
937                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
938                    if nbcolor==1
939                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
940                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
941                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
942                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
943                    elseif nbcolor==3
944                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
945                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
946                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
947                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
948                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
949                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
950                    end
951                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
952                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
953                    nbvar_proj=numel(ProjData.ListVarName);
954                    if isfield(FieldData.VarAttribute{ivar},'Role')
955                        if  strcmp(FieldData.VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
956                            ivar_U=nbvar_proj;
957                        elseif strcmp(FieldData.VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
958                            ivar_V=nbvar_proj;
959                        end
960                    end
961                    if isequal(ProjMode,'projection')
962                        ProjData.VarAttribute{nbvar_proj}.Role='discrete';
963                    else
964                        ProjData.VarAttribute{nbvar_proj}.Role='coord_y';
965                    end
966                end
967               
968                if nbcolor==3
969                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
970                end
971    end
972   
973end
974% for vector fields, take the components longitudinal and tranverse to the projection line
975if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
976    vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U});
977    ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
978    ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
979end
980end
981
982% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
983% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
984% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
985% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
986% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
987% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
988% %     else
989% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
990% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
991% %     end
992%
993% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
994
995
996%-----------------------------------------------------------------
997% proj_plane: project on a plane defined by the structure ObjectData containing:
998%    .Type : = 'plane'
999%    .ProjMode (mode of projection) = 'projection'|'interp_lin'|'interp_tps' ;
1000%    .CoordUnit: (for instance 'px','cm') units for the coordinates defining the plane  (the program checks that it fits with the unit of the input Field)
1001%    .Angle : angles of rotation of the plane expressed in degrees. The first element
1002%         ObjectData.Angle(1) represents a rotation in the plane (x,y) (around the
1003%         vertical axis), which can be followed by a rotation with angle ObjectData.Angle(2) around the new (rotated) x axis.
1004%    .Coord(1,3): coordinates (x,y,z) of the origin of the new coordinates in the projection plane;
1005%    .DX,.DY,.DZ : increments along each coordinate for the projected data (for 'interp_lin' and 'interp_tps')
1006%    .RangeX,RangeY: vectors with two elements defining the lower and upper bounds of the respectively X and Y coordinates in the projection plane
1007%    .RangeInterp: maximum distance of interpolation from the known data. Interpolation yields NaN beyond this distance.
1008
1009% TODO: AJOUTER flux,circul,error
1010function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
1011%-----------------------------------------------------------------
1012
1013%% rotation matrix
1014PlaneAngle=[0 0 0];
1015norm_plane=[0 0 1];
1016testangle=0;
1017test90x=0;
1018test90y=0;
1019if isfield(ObjectData,'Angle') && size(ObjectData.Angle,2)==3
1020    test90x=isequal(ObjectData.Angle,[90 0 0]);%=1 for 90 degree rotation alround x axis
1021    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);%=1 for 90 degree rotation alround y axis
1022    %test90z=isequal(PlaneAngle,[90 0 0]);%=1 for 90 degree rotation alround x axis
1023    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
1024    M=rodrigues(PlaneAngle);
1025    norm_plane=M*[0 0 1]'; 
1026    testangle= (~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]) && ~test90x && ~test90y);%=1 for slanted plane
1027end
1028
1029%% mesh sizes DX and DY
1030DX=[];
1031DY=[];%default
1032if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
1033    DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1034elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1035    DX=FieldData.CoordMesh;
1036end
1037if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
1038    DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1039elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1040    DY=FieldData.CoordMesh;
1041end
1042if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
1043    errormsg='DX or DY not defined';
1044    return
1045end
1046InterpMesh=min(DX,DY);%mesh used for interpolation in a slanted plane
1047
1048%% extrema along each axis
1049testXMin=0;% test if min of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1050testXMax=0;% test if max of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1051testYMin=0;% test if min of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1052testYMax=0;% test if max of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1053if isfield(ObjectData,'RangeX') % rangeX defined by the projection object
1054    XMin=min(ObjectData.RangeX);
1055    XMax=max(ObjectData.RangeX);
1056    testXMin=XMax>XMin;%=1 if XMin defined (i.e. RangeY has two distinct elements)
1057    testXMax=1;% max of X coordinates defined on the projection object
1058end
1059if isfield(ObjectData,'RangeY') % rangeY defined by the projection object
1060    YMin=min(ObjectData.RangeY);
1061    YMax=max(ObjectData.RangeY);
1062    testYMin=YMax>YMin;%=1 if YMin defined (i.e. RangeY has tow distinct elements)
1063    testYMax=1;% max of Y coordinates defined on the projection object
1064end
1065width=0;%default width of the projection band
1066if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1067    width=max(ObjectData.RangeZ);
1068end
1069
1070%% interpolation range
1071thresh2=[];
1072if isfield(ObjectData,'RangeInterp')
1073    thresh2=ObjectData.RangeInterp*ObjectData.RangeInterp;%square of interpolation range (do not interpolate beyond this range)
1074end
1075
1076%% initiate Matlab  structure for physical field
1077[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1078if ~isempty(errormsg)
1079    return
1080end
1081
1082%% reproduce initial plane position and angle
1083if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
1084    if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
1085        if isfield(ProjData,'.PlaneCoord') && ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1086            errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
1087            return
1088        end
1089    else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
1090        ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
1091    end
1092    if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
1093        if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
1094            if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1095                errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
1096                return
1097            end
1098        else
1099            ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
1100        end
1101    end
1102end
1103ProjData.NbDim=2;
1104ProjData.ListVarName={};
1105ProjData.VarDimName={};
1106ProjData.VarAttribute={};
1107if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
1108    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1109elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1110    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1111end
1112%error=0;%default
1113%flux=0;
1114
1115%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1116
1117[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
1118
1119if ~isempty(errormsg)
1120    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1121    return
1122end
1123
1124check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
1125ProjMode=num2cell(blanks(numel(CellInfo)));
1126ProjMode=regexprep(ProjMode,' ',ObjectData.ProjMode);
1127%ProjMode=cell(size(CellInfo));
1128% for icell=1:numel(CellInfo)
1129%     ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;% projection mode of the plane object
1130% end
1131icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
1132if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')
1133    %% case of a grid requested by the input field
1134    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1135        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
1136            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
1137                case 'interp_lin'
1138                    ProjMode{icell}='interp_lin';
1139                case 'interp_tps'
1140                    ProjMode{icell}='interp_tps';
1141            end
1142        end
1143        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1144            check_grid(icell)=1;
1145        end
1146        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid') && NbDimArray(icell)>=2
1147            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
1148                icell_grid=icell;
1149                ProjMode{icell}='projection';
1150            end
1151            check_grid(icell)=1;
1152        end
1153    end
1154    if ~isempty(find(check_grid,1))% if a grid is requested by the input field
1155        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
1156            if ~isfield(FieldData,'XMax')
1157                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
1158            end
1159        end
1160    end
1161else
1162    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
1163    if ~testYMin
1164        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return% %%%%%%%%%%%%%%%%        A REVOIR
1165
1166    end
1167    if ~testYMax
1168        errormsg='max Y value not defined for the projection grid';return
1169    end
1170    if ~testXMin
1171        errormsg='min X value not defined for the projection grid';return
1172    end
1173    if ~testXMax
1174        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
1175    end
1176end
1177if ~isempty(find(check_grid,1))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1178    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1179        AYName='coord_y';
1180        AXName='coord_x';
1181        if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%||strcmp(ObjectData.Type,'plane')
1182            ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1183            ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
1184            coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
1185            coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
1186        else
1187            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1188            ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
1189            coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
1190            coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
1191        end
1192        [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1193        ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
1194        %         XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1195        %         YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1196    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
1197        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
1198        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1199        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1200        AYDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%
1201        AXDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%
1202        ProjData.VarDimName={AYDimName,AXDimName};
1203        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
1204        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
1205    end
1206    ProjData.ListVarName={AYName,AXName};
1207   
1208    ProjData.VarAttribute{1}.Role='coord_y';
1209    ProjData.VarAttribute{2}.Role='coord_x';
1210end
1211
1212%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1213% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
1214% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1215%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1216% icoord=0;
1217nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1218%nbvar=0;
1219vector_x_proj=[];
1220vector_y_proj=[];
1221for icell=1:length(CellInfo)
1222    NbDim=NbDimArray(icell);
1223    if NbDim<2
1224        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1225    end
1226    VarIndex= CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1227    %dimensions
1228    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1229    if ischar(DimCell)
1230        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1231    end
1232    coord_z=0;%default
1233    ListVarName={};% initiate list of projected variables for cell # icell
1234    VarDimName={};% initiate coresponding list of dimensions for cell # icell
1235    VarAttribute={};% initiate coresponding list of var attributes  for cell # icell
1236    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1237    check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1238    switch CellInfo{icell}.CoordType   
1239        case 'scattered'
1240            %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1241            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1242                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1243            end
1244            coord_x=FieldData.(CellInfo{icell}.XName);% initial x coordinates
1245            coord_y=FieldData.(CellInfo{icell}.YName);% initial y coordinates
1246     
1247            if check3D
1248                coord_z=FieldData.(CellInfo{icell}.ZName);
1249            end
1250           
1251            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1252            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1253            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1254            if check3D
1255                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1256            end
1257           
1258            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1259            if check3D &&  width > 0
1260                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1261                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1262                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1263                for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex]
1264                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1265                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1266                end
1267                coord_x=coord_x(indcut);
1268                coord_y=coord_y(indcut);
1269                coord_z=coord_z(indcut);
1270            end
1271           
1272            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1273           
1274            Phi=PlaneAngle(3);
1275            if testangle
1276                if check3D
1277                    [coord_X,coord_Y]=rotate_vector(PlaneAngle,coord_x,coord_y,coord_z);
1278                else
1279                    coord_X=coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi);
1280                    coord_Y=-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi);
1281                end
1282            else
1283                coord_X=coord_x;
1284                coord_Y=coord_y;
1285            end
1286           
1287            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1288            testin=ones(size(coord_X)); %default
1289            testbound=0;
1290            if testXMin
1291                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1292                testbound=1;
1293            end
1294            if testXMax
1295                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1296                testbound=1;
1297            end
1298            if testYMin
1299                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1300                testbound=1;
1301            end
1302            if testYMin
1303                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1304                testbound=1;
1305            end
1306            if testbound
1307                indcut=find(testin);
1308                if isempty(indcut)
1309                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1310                    return
1311                end
1312                for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex]
1313                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1314                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1315                end
1316                coord_X=coord_X(indcut);
1317                coord_Y=coord_Y(indcut);
1318                if check3D
1319                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1320                end
1321            end
1322           
1323            % two cases of projection for scattered coordinates
1324            switch ProjMode{icell}
1325                case 'projection'
1326                    nbvar=0;
1327                    %nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1328                    for ivar=[CellInfo{icell}.CoordIndex CellInfo{icell}.VarIndex] %transfer variables to the projection plane
1329                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1330                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1331                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1332                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1333                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1334                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1335                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1336                        end
1337                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1338                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1339                            VarDimName=[VarDimName DimCell];
1340                            nbvar=nbvar+1;
1341                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1342                                VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1343                            end
1344                        end
1345                    end
1346                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1347                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1348                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1349                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1350                        coord_X=coord_X(indsel);
1351                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1352                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1353                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1354                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1355                        end
1356                    end
1357                    % interpolate and calculate field on the grid
1358                   
1359                    [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1360                   
1361                    % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1362                    if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1363                        F=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_X,'nearest');
1364                        G=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_Y,'nearest');
1365                    else
1366                        F=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_X,'nearest');
1367                        G=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_Y,'nearest');
1368                    end
1369                    Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1370                    Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1371                    Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1372                    if ~isempty(thresh2)
1373                        for ivar=1:numel(VarVal)
1374                            VarVal{ivar}(Dist>thresh2)=NaN;% % put to NaN interpolated positions further than 4 meshes from initial data
1375                        end
1376                    end
1377                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1378                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1379                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1380                        ListVarName={};% no new variable
1381                        VarAttribute={};
1382                    else
1383                        VarDimName=cell(size(ListVarName));
1384                        for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1385                            ListVarName{ilist}=regexprep(ListVarName{ilist},'(.+','');
1386                            if ~isempty(find(strcmp(ListVarName{ilist},ProjData.ListVarName)))
1387                                ListVarName{ilist}=[ListVarName{ilist} '_1'];
1388                            end
1389                            ProjData.(ListVarName{ilist})=VarVal{ilist};
1390                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1391                        end
1392                    end
1393                    if isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&& isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1394                        vector_x_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x; %preserve for next cell
1395                        vector_y_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y; %preserve for next cell
1396                    end
1397            end
1398           
1399        case 'tps'
1400            %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1401            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1402                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1403               
1404               
1405                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1406                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1407                checkUV=0;
1408                if strcmp(CellInfo{icell}.VarType,'vector')
1409                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y}));
1410                    checkUV=1;
1411                end
1412               
1413                %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1414                Phi=PlaneAngle(3);
1415                if testangle && ~test90y && ~test90x %=1 for slanted plane
1416                    new_XI=XI *cos(Phi) - YI* sin(Phi)+ObjectData.Coord(1);
1417                    YI=XI *sin(Phi) + YI *cos(Phi)+ObjectData.Coord(2);
1418                    XI=new_XI;
1419                end
1420               
1421                % interpolate data using thin plate spline
1422                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
1423               
1424                % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1425                Coord=permute(Coord,[1 3 2]);
1426                Coord=reshape(Coord,size(Coord,1)*size(Coord,2),2);
1427                if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1428                    F=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1429                    G=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1430                else
1431                    F=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1432                    G=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1433                end
1434                Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1435                Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1436                Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1437                ListVarName=(fieldnames(DataOut))';
1438                VarDimName=cell(size(ListVarName));
1439                for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1440                    VarName=ListVarName{ilist};
1441                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1442                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1443                    if ~isempty(thresh2)
1444                        ProjData.(VarName)(Dist>thresh2)=NaN;% put to NaN interpolated positions further than RangeInterp from initial data
1445                    end
1446                end
1447            end
1448           
1449        case 'grid'
1450            %% case of input fields defined on a structured  grid
1451            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1452            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1453            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1454            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1455            % nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1456            if NbDim>=3
1457                if NbDim>3
1458                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1459                    return
1460                else
1461                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1462                        nbcolor=DimValue(3);
1463                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1464                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1465                    end
1466                end
1467            end
1468            Coord_z=[];
1469            Coord_y=[];
1470            Coord_x=[];
1471           
1472            if testangle
1473                ProjMode{icell}='interp_lin'; %request linear interpolation for projection on a tilted plane
1474            end
1475           
1476            if strcmp(ProjMode{icell},'projection')% && (~testangle || test90y || test90x)
1477                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1478                    ListVarName=[ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1479                    VarDimName=[VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)];
1480                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1481                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1482                    end
1483                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1484                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1485                    for ivar=VarIndex
1486                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1487                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1488                    end
1489                else
1490                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1491                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1492                    if NbDim==3
1493                        Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});
1494                    end
1495                    if numel(Coord{NbDim-1})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1496                        DY=(Coord{NbDim-1}(2)-Coord{NbDim-1}(1))/(DimValue(1)-1);
1497                    end
1498                    if numel(Coord{NbDim})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1499                        DX=(Coord{NbDim}(2)-Coord{NbDim}(1))/(DimValue(2)-1);
1500                    end
1501                    if testYMax
1502                        YIndexMax=(YMax-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1503                        if testYMin%test_direct(indY)
1504                            YIndexMin=(YMin-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1505                        else
1506                            YIndexMin=1;
1507                        end
1508                    else
1509                        YIndexMax=numel(Coord{NbDim-1});
1510                        YIndexMin=1;
1511                    end
1512                    if testXMax
1513                        XIndexMax=(XMax-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1514                        if testYMin%test_direct(indY)
1515                            XIndexMin=(XMin-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1516                        else
1517                            XIndexMin=1;
1518                        end
1519                    else
1520                        XIndexMax=numel(Coord{NbDim});
1521                        XIndexMin=1;
1522                    end
1523                    YIndexRange(1)=ceil(min(YIndexMin,YIndexMax));%first y index to select from the previous field
1524                    YIndexRange(1)=max(YIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1525                    YIndexRange(2)=floor(max(YIndexMin,YIndexMax));%last y index to select from the previous field
1526                    YIndexRange(2)=min(YIndexRange(2),DimValue(NbDim-1));% limit to the last available index
1527                    XIndexRange(1)=ceil(min(XIndexMin,XIndexMax));%first x index to select from the previous field
1528                    XIndexRange(1)=max(XIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1529                    XIndexRange(2)=floor(max(XIndexMin,XIndexMax));%last x index to select from the previous field
1530                    XIndexRange(2)=min(XIndexRange(2),DimValue(NbDim));% limit to the last available index
1531                    if test90y
1532                        ind_new=[3 2 1];
1533                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1534                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1535                        for ivar=VarIndex
1536                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1537                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1538                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1539                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1540                            ProjData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),ind_new);% permute x and z indices for 90 degree rotation
1541                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1542                        end
1543                        ProjData.(AYName)=[Ybound(1) Ybound(2)]; %record the new (projected ) y coordinates
1544                        ProjData.(AXName)=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)]; %record the new (projected ) x coordinates
1545                    else
1546                        if NbDim==3
1547                            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(numel(Coord{1})-1);
1548                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1549                            DimValue(1)=[];
1550                            test_direct=1;%TOdo; GENERALIZE, SEE CASE OF points
1551                            if test_direct(1)
1552                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1553                            else
1554                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1555                            end
1556                        end
1557                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1558                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1559                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1560                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1561                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1562                                VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1563                            end
1564                            if NbDim==3
1565                                ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end)));
1566                            else
1567                                ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName)(YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end),:);
1568                            end
1569                        end
1570                        if testXMax
1571                            ProjData.(AXName)=Coord{NbDim}(1)+DX*(XIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1572                        else
1573                            ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1574                        end
1575                        if testYMax
1576                            ProjData.(AYName)=Coord{NbDim-1}(1)+DY*(YIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1577                        else
1578                            ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1579                        end
1580                    end
1581                end
1582            else       % case with interpolation on a grid
1583                if NbDim==2 %2D case
1584                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1585                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1586                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1587                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1588                        test_interp_tps=1;
1589                    else
1590                        test_interp_tps=0;
1591                    end
1592                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1593                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1594                    if ~(testXMin && testYMin)% % if the range of the projected coordinates is not fully defined by the projection object, find the extrema of the projected field
1595                        xcorner=[min(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) min(Coord{NbDim})]-ObjectData.Coord(1,1);% corner absissa of the original grid with respect to the new origin
1596                        ycorner=[min(Coord{NbDim-1}) min(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1})]-ObjectData.Coord(1,2);% corner ordinates of the original grid
1597                        xcor_new=xcorner*cos(PlaneAngle(3))+ycorner*sin(PlaneAngle(3));%coordinates of the corners in new frame
1598                        ycor_new=-xcorner*sin(PlaneAngle(3))+ycorner*cos(PlaneAngle(3));
1599                        if ~testXMin
1600                            XMin=min(xcor_new);
1601                        end
1602                        if ~testXMax
1603                            XMax=max(xcor_new);
1604                        end
1605                        if ~testYMin
1606                            YMin=min(ycor_new);
1607                        end
1608                        if ~testYMax
1609                            YMax=max(ycor_new);
1610                        end
1611                    end
1612                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1613                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1614                    ProjData.(AYName)=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)]; %record the new (projected ) y coordinates
1615                    ProjData.(AXName)=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)]; %record the new (projected ) x coordinates
1616                    [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1617                    XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(1))-YI*sin(PlaneAngle(1));%corresponding coordinates in the original system
1618                    YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(1))+YI*cos(PlaneAngle(1));
1619                   
1620                    if numel(Coord{1})==2% x coordinate defined by its bounds, get the whole set
1621                        Coord{1}=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(1));
1622                    end
1623                    if numel(Coord{2})==2% y coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1624                        Coord{2}=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(2));
1625                    end
1626                    [X,Y]=meshgrid(Coord{2},Coord{1});%initial coordinates
1627                    %name of error flag variable
1628%                     FFName='FF';%default name (if not already used)
1629%                     if isfield(ProjData,'FF')
1630%                         ind=1;
1631%                         while isfield(ProjData,['FF_' num2str(ind)])
1632%                             ind=ind+1;
1633%                         end
1634%                         FFName=['FF_' num2str(ind)];% append an index to the name of error flag, FF_1,FF_2...
1635%                     end
1636                    % project all variables in the cell
1637                    for ivar=VarIndex
1638                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1639                        if size(FieldData.(VarName),3)==1
1640                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,'*linear');%interpolation fct
1641                        else
1642                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,1)),XI,YI,'*linear');
1643                            for icolor=2:size(FieldData.(VarName),3)% project 'color' components
1644                                ProjData.(VarName)=cat(3,ProjData.(VarName),interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,icolor)),XI,YI,'*linear'));
1645                            end
1646                        end
1647                        if isa(FieldData.(VarName),'uint8')
1648                            ProjData.(VarName)=uint8(ProjData.(VarName));%put result to integer 8 bits if the initial field is integer (image)
1649                        elseif isa(FieldData.(VarName),'uint16')
1650                            ProjData.(VarName)=uint16(ProjData.(VarName));%put result to integer 16 bits if the initial field is integer (image)
1651                        end
1652                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1653                        DimCell(1:2)={AYName,AXName};
1654                        VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1655                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1656                            VarAttribute{length(ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1657                        end
1658%                         ProjData.(FFName)=isnan(ProjData.(VarName));%detact NaN (points outside the interpolation range)
1659%                         ProjData.(VarName)(ProjData.(FFName))=0; %set to 0 the NaN data
1660                    end
1661                    %update list of variables with error flag
1662%                     ListVarName=[ListVarName FFName];
1663%                     VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1664%                     VarAttribute{numel(ListVarName)}.Role='errorflag';
1665                elseif ~testangle % 3Dcase without change of angle
1666                    % unstructured z coordinate
1667                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1668                    iz_sup=find(test_sup);
1669                    iz=iz_sup(1);
1670                    if iz>=1 & iz<=npz
1671                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1672                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1673                        for ivar=VarIndex
1674                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1675                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1676                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1677                            ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1678                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1679                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1680                                ProjData.(VarName)=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.(VarName),Coord_x,Coord_y);
1681                            end
1682                        end
1683                    end
1684                else   %projection of structured coordinates on oblique plane
1685                    % determine the boundaries of the projected field,
1686                    % first find the 8 summits of the initial volume in the
1687%                     PlaneAngle=[0 0 0];% default
1688%                     PlaneAngle(1:numel(ObjectData.Angle))=ObjectData.Angle*pi/180;
1689                    % new coordinates
1690                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});%initial z coordinates
1691                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});%initial y coordinates
1692                    Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});%initial x coordinates
1693
1694                    coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):InterpMesh:ObjectData.RangeX(2);% set of coordinates in the projection plane
1695                    coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):InterpMesh:ObjectData.RangeY(2);
1696                    %coord_z_proj=-floor(ObjectData.RangeInterp/InterpMesh):InterpMesh:floor(ObjectData.RangeInterp/InterpMesh);
1697                    M=rodrigues(ObjectData.Angle);
1698                    [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);
1699                    XI_proj=M(1,1)*XI+M(2,1)*YI+ObjectData.Coord(1,1);
1700                    YI_proj=M(2,1)*XI+M(2,2)*YI+ObjectData.Coord(1,2);
1701                    ZI_proj=M(3,1)*XI+M(3,2)*YI+ObjectData.Coord(1,3);
1702                   
1703   
1704                    for ivar=VarIndex
1705                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1706                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1707                        VarDimName=[VarDimName {{'coord_y','coord_x'}}];
1708                        VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1709                        FieldData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),[2 3 1]); %coordinate permutation needed to use interp3
1710                        indexnan=isnan(FieldData.(VarName));
1711                        FieldData.(VarName)(indexnan)=0;%set to zero the undefined values
1712                        ProjData.coord_x=coord_x_proj;
1713                        ProjData.coord_y=coord_y_proj;
1714                        ProjData.(VarName)=interp3(Coord{3},Coord{2},Coord{1},double(FieldData.(VarName)),XI_proj,YI_proj,ZI_proj,'*linear');
1715                        ProjData.(VarName)=nanmean(ProjData.(VarName),3);
1716                        ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName));
1717                    end
1718                end
1719            end
1720    end
1721    % update the global list of projected variables:
1722    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListVarName];
1723    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1724    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1725   
1726    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1727    if testangle
1728        ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1729        for ivar=1:numel(VarAttribute)
1730            if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
1731                if strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
1732                    ivar_U=ivar;
1733                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
1734                    ivar_V=ivar;
1735                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_z')
1736                    ivar_W=ivar;
1737                end
1738            end
1739        end
1740        if ~isempty(ivar_U)
1741            if isempty(ivar_V)
1742                msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1743                return
1744            else
1745                UName=ListVarName{ivar_U};
1746                VName=ListVarName{ivar_V};
1747                if check3D
1748                    UValue=cos(PlaneAngle(1))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(1))*ProjData.(VName);
1749                    ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(1))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(1))*ProjData.(VName));
1750                else
1751                    UValue=cos(PlaneAngle(1))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(1))*ProjData.(VName);
1752                    ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(1))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(1))*ProjData.(VName));
1753                end
1754                ProjData.(UName)=UValue;
1755                if ~isempty(ivar_W)
1756                    WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1757                    VValue=ProjData.(VName)+ ProjData.(WName)*sin(Theta);%
1758                    ProjData.(WName)=NormVec_X*ProjData.(UName)+ NormVec_Y*ProjData.(VName)+ NormVec_Z* ProjData.(WName);
1759                    ProjData.(VName)=VValue;
1760                end
1761            end
1762        end
1763    end
1764end
1765% %prepare substraction in case of two input fields
1766% SubData.ListVarName={};
1767% SubData.VarDimName={};
1768% SubData.VarAttribute={};
1769% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1770% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1771%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1772%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1773%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1774%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1775%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1776%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1777%         check_remove(iproj)=1;
1778%     end
1779% end
1780% if ~isempty(find(check_remove))
1781%     ind_remove=find(check_remove);
1782%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1783%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1784%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1785%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1786% end
1787
1788%-----------------------------------------------------------------
1789%projection in a volume
1790function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1791
1792%-----------------------------------------------------------------
1793ProjData=FieldData;%default output
1794
1795%% axis origin
1796if isempty(ObjectData.Coord)
1797    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1798    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1799    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1800end
1801
1802%% rotation angles
1803VolumeAngle=[0 0 0];
1804norm_plane=[0 0 1];
1805if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1806    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1807    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1808    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1809    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1810    cos_om=cos(pi*om/180);
1811    sin_om=sin(pi*om/180);
1812    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1813    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1814    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1815    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1816    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1817end
1818testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1819
1820%% mesh sizes DX, DY, DZ
1821DX=0;
1822DY=0; %default
1823DZ=0;
1824if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1825     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1826end
1827if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1828     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1829end
1830if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1831     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1832end
1833if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1834        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1835        return
1836end
1837
1838%% extrema along each axis
1839testXMin=0;
1840testXMax=0;
1841testYMin=0;
1842testYMax=0;
1843if isfield(ObjectData,'RangeX')
1844        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1845        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1846        testXMin=XMax>XMin;
1847        testXMax=1;
1848end
1849if isfield(ObjectData,'RangeY')
1850        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1851        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1852        testYMin=YMax>YMin;
1853        testYMax=1;
1854end
1855width=0;%default width of the projection band
1856if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1857        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1858        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1859        testZMin=ZMax>ZMin;
1860        testZMax=1;
1861end
1862
1863%% initiate Matlab  structure for physical field
1864[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1865if ~isempty(errormsg)
1866    return
1867end
1868
1869ProjData.NbDim=3;
1870ProjData.ListVarName={};
1871ProjData.VarDimName={};
1872if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1873    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1874elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1875    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1876end
1877
1878error=0;%default
1879flux=0;
1880testfalse=0;
1881ListIndex={};
1882
1883%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1884%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1885%-----------------------------------------------------------------
1886idimvar=0;
1887% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1888% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1889ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1890icoord=0;
1891nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1892nbvar=0;
1893for icell=1:length(CellVarIndex)
1894    NbDim=NbDimVec(icell);
1895    if NbDim<3
1896        continue
1897    end
1898    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1899    VarType=VarTypeCell{icell};
1900    ivar_X=VarType.coord_x;
1901    ivar_Y=VarType.coord_y;
1902    ivar_Z=VarType.coord_z;
1903    ivar_U=VarType.vector_x;
1904    ivar_V=VarType.vector_y;
1905    ivar_W=VarType.vector_z;
1906    ivar_C=VarType.scalar ;
1907    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1908    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1909    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1910    ivar_F=VarType.warnflag;
1911    ivar_FF=VarType.errorflag;
1912    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1913    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1914    if ischar(DimCell)
1915        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1916    end
1917
1918%% case of input fields with unstructured coordinates
1919    if check_unstructured_coord
1920        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1921        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1922        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1923        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1924        if length(ivar_Z)==1
1925            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1926            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1927        end
1928
1929        % translate  initial coordinates
1930        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1931        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1932        if ~isempty(ivar_Z)
1933            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1934        end
1935       
1936        % selection of the vectors in the projection range
1937%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1938%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1939%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1940%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1941%             for ivar=VarIndex
1942%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1943%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1944%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1945%             end
1946%             coord_x=coord_x(indcut);
1947%             coord_y=coord_y(indcut);
1948%             coord_z=coord_z(indcut);
1949%         end
1950
1951       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1952       if testangle
1953           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1954           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1955           if ~isempty(ivar_Z)
1956               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1957           end
1958           
1959           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1960           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1961           
1962       else
1963           coord_X=coord_x;
1964           coord_Y=coord_y;
1965           coord_Z=coord_z;
1966       end
1967        %restriction to the range of x and y if imposed
1968        testin=ones(size(coord_X)); %default
1969        testbound=0;
1970        if testXMin
1971            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1972            testbound=1;
1973        end
1974        if testXMax
1975            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1976            testbound=1;
1977        end
1978        if testYMin
1979            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1980            testbound=1;
1981        end
1982        if testYMax
1983            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1984            testbound=1;
1985        end
1986        if testbound
1987            indcut=find(testin);
1988            for ivar=VarIndex
1989                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1990                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1991            end
1992            coord_X=coord_X(indcut);
1993            coord_Y=coord_Y(indcut);
1994            if length(ivar_Z)==1
1995                coord_Z=coord_Z(indcut);
1996            end
1997        end
1998        % different cases of projection
1999        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
2000            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
2001                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2002                if ivar==ivar_X %x coordinate
2003                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
2004                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
2005                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
2006                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
2007                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
2008                end
2009                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
2010                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2011                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
2012                    nbvar=nbvar+1;
2013                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2014                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2015                    end
2016                end
2017            end 
2018        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
2019            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
2020            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
2021            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
2022            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2023            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2024            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
2025            nbcoord=2; 
2026            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
2027            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
2028            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
2029            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
2030            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
2031            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
2032            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
2033            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
2034            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
2035            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
2036            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
2037            if ~isequal(ivar_FF,0)
2038                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
2039                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
2040                coord_X=coord_X(indsel);
2041                coord_Y=coord_Y(indsel);
2042            end
2043            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
2044            testFF=0;
2045            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
2046            for ivar=VarIndex
2047                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2048                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
2049                    ivar_new=ivar_new+1;
2050                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
2051                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2052                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2053                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2054                    end
2055                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
2056                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
2057                    end
2058                    % linear interpolation
2059                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
2060                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
2061%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
2062%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
2063%                     indnan=find(FFlag);
2064%                     if ~isempty(indnan)
2065%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
2066%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
2067%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
2068%                         testFF=1;
2069%                     end
2070                    if ivar==ivar_U
2071                        ivar_U=ivar_new;
2072                    end
2073                    if ivar==ivar_V
2074                        ivar_V=ivar_new;
2075                    end
2076                    if ivar==ivar_W
2077                        ivar_W=ivar_new;
2078                    end
2079                end
2080            end
2081            if testFF
2082                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
2083                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
2084               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2085                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
2086            end
2087        end
2088       
2089%% case of input fields defined on a structured  grid
2090    else
2091        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
2092        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
2093        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
2094        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
2095        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
2096        if NbDim>=3
2097            if NbDim>3
2098                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
2099                return
2100            else
2101                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
2102                    nbcolor=DimValue(3);
2103                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
2104                    NbDim=2;% space dimension set to 2
2105                end
2106            end
2107        end
2108        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
2109        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
2110        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
2111        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
2112        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
2113        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
2114        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
2115
2116%         for idim=1:length(ListDimName)
2117%             DimName=ListDimName{idim};
2118%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
2119%                nbcolor=DimValue(idim);
2120%                DimValue(idim)=[];
2121%             end
2122%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
2123%                 DimValue(idim)=[];
2124%             end
2125%         end 
2126        Coord_z=[];
2127        Coord_y=[];
2128        Coord_x=[];   
2129
2130        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
2131            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
2132            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
2133            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
2134                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
2135                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
2136                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
2137                else
2138                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
2139                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
2140                    DCoord_max=max(DCoord);
2141                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
2142                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
2143                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
2144                                return
2145                    end               
2146                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
2147                end
2148                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
2149            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
2150                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
2151                DCoord_min(idim)=1;%default
2152                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
2153                test_direct(idim)=1;
2154            end
2155        end
2156        if DY==0
2157            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
2158        end
2159        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
2160        if DX==0
2161            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
2162        end
2163        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
2164        for idim=1:NbDim
2165            if test_interp(idim)
2166                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
2167            end
2168        end       
2169        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
2170        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
2171        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
2172        test_direct_x=test_direct(NbDim);
2173        DAX=DCoord_min(NbDim);
2174        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
2175        minAX=min(Coord_x);
2176        maxAX=max(Coord_x);
2177        minAY=min(Coord_y);
2178        maxAY=max(Coord_y);
2179        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
2180        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
2181        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
2182        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
2183        if ~testXMax
2184            XMax=max(xcor_new);
2185        end
2186        if ~testXMin
2187            XMin=min(xcor_new);
2188        end
2189        if ~testYMax
2190            YMax=max(ycor_new);
2191        end
2192        if ~testYMin
2193            YMin=min(ycor_new);
2194        end
2195        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
2196        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
2197        if DX==0
2198            DX=DXinit;
2199        end
2200        if DY==0
2201            DY=DYinit;
2202        end
2203        if NbDim==3
2204            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2205            if ~test_direct(1)
2206                DZ=-DZ;
2207            end
2208            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2209            test_direct_z=test_direct(1);
2210        end
2211        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2212        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2213        if test_direct_y
2214            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2215        else
2216            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2217        end
2218        if test_direct_x
2219            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2220        else
2221            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2222        end
2223       
2224        % case with no rotation and interpolation
2225        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2226            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2227                ProjData=FieldData;
2228            else
2229                indY=NbDim-1;
2230                if test_direct(indY)
2231                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2232                    YIndexFirst=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2233                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2234                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(YIndexFirst-1);
2235                else
2236                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2237                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2238                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2239                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2240                end   
2241                if test_direct(NbDim)==1
2242                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2243                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2244                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2245                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2246                else
2247                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2248                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2249                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2250                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2251                end
2252                if NbDim==3
2253                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2254                    DimValue(1)=[];
2255                                        %structured coordinates
2256                    if test_direct(1)
2257                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2258                    else
2259                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2260                    end
2261                end
2262                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2263                min_indx=max(min_indx,1);
2264                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2265                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2266                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2267                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2268                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2269                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2270                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2271                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2272                    end
2273                    if NbDim==3
2274                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2275                    else
2276                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2277                    end
2278                end 
2279                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2280                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2281            end
2282        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2283            if NbDim==2 %2D case
2284                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2285                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2286                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2287                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2288                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2289                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2290                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2291                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2292                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2293                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2294                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2295                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2296                    test_interp_tps=1;
2297                else
2298                    test_interp_tps=0;
2299                end
2300                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2301                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2302                for ivar=VarIndex
2303                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2304                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2305                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2306                    end
2307                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2308                    if test_interp_tps 
2309                         Aclass=class(FieldData.A);
2310                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2311                         if ~isequal(Aclass,'double')
2312                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2313                         end
2314                    end
2315                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2316                    %ind_in=find(flagin);
2317                    ind_out=find(~flagin);
2318                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2319                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2320                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2321                    for icolor=1:nbcolor
2322                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2323                    end
2324                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2325                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2326                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2327                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2328                    end     
2329                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2330                end
2331                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga ant???rieur 
2332                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2333                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2334                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2335            else %3D case
2336                if ~testangle     
2337                    % unstructured z coordinate
2338                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2339                    iz_sup=find(test_sup);
2340                    iz=iz_sup(1);
2341                    if iz>=1 & iz<=npz
2342                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2343                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2344                        for ivar=VarIndex
2345                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2346                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2347                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2348                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2349                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2350                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2351                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2352                            end
2353                        end
2354                    end
2355                else
2356                    RotMatrix=rodrigues(om);
2357                   
2358                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2359                    %TODO: use interp3
2360                    return
2361                end
2362            end
2363        end
2364    end
2365
2366    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2367    if testangle
2368        if isempty(ivar_V)
2369            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2370            return
2371        end
2372        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2373        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2374        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2375        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2376        if ~isempty(ivar_W)
2377            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2378            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2379            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2380        end
2381        if ~isequal(Psi,0)
2382            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2383            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2384        end
2385    end
2386end
2387
2388%------------------------------------------------------------------------
2389%--- transfer the global attributes
2390function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2391%------------------------------------------------------------------------
2392ProjData=[];%default
2393errormsg='';%default
2394
2395%% transfer error
2396if isfield(FieldData,'Txt')
2397    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2398    return;
2399end
2400
2401%% transfer global attributes
2402if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2403    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2404else
2405    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2406end
2407for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2408    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2409    if isfield(FieldData,AttrName)
2410        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2411    end
2412end
2413
2414%% transfer coordinate unit
2415if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2416    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2417end
2418if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2419    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2420        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2421        return
2422    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2423         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2424    end
2425end
2426
2427%% store the properties of the projection object
2428ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2429for ilist=1:length(ListObject)
2430    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2431        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2432        if ~isempty(val)
2433            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2434            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2435        end
2436    end   
2437end
2438
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.