source: trunk/src/proj_field.m @ 150

Last change on this file since 150 was 150, checked in by sommeria, 13 years ago

various corrections for plotting and using view_field and get_field. The current field of uvmat or view_field is now stored in the structure userdata.axes3. Introduction of live correlation to test PIV (civ1)

File size: 95.6 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'nb_dim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'nb_dim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
83errormsg=[];%default
84if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
85    ProjData=[];
86    return
87end
88%introduce default field properties (reading old standards)
89if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'Coord')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    ProjData=FieldData;
91    return
92end
93
94% OBSOLETE
95if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
96    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
97end
98if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
99    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
100end
101if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
102    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
103end
104if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
105    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
106end
107if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
108    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
109end
110if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
111    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
112end
113%%%%%%%%%%
114
115% FieldData=document_field(FieldData);%transform FieldData to the standard format
116% if ~isfield(FieldData,'VarAttribute')
117%     FieldData.VarAttribute={};
118% end
119switch ObjectData.Style
120    case 'points'
121    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
122    case {'line','polyline'}
123     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
124    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
125        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
126            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
127        else
128            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
129        end
130     %A FAIRE : GERER MASK
131    case 'plane'
132%         if isfield(FieldData,'NbDim') & isequal(FieldData.NbDim,3)
133%             ProjData= proj_plane3D(FieldData,ObjectData);%
134%         else
135            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
136%         end
137    case 'volume'
138        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
139end
140if exist('IndexObj','var')
141    ProjData.IndexObj=IndexObj;%transfer object index
142end
143
144%-----------------------------------------------------------------
145%project on a set of points
146function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
147%-------------------------------------------------------------------
148
149siz=size(ObjectData.Coord);
150width=0;
151if isfield(ObjectData,'Range')
152    width=ObjectData.Range(1,2);
153end
154if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
155    width=max(ObjectData.RangeX);
156end
157if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
158    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
159end
160if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
161    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
162end
163if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
164    if width==0
165        errormsg='projection range around points needed';
166        return
167    end
168elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
169    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
170        return
171end
172[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
173ProjData.NbDim=0;
174%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
175%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
176
177
178% idimvar=0;
179[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
180if ~isempty(errormsg)
181    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
182    return
183end
184%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
185% CellVarIndex=cells of variable index arrays
186% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
187% icoord=0;
188for icell=1:length(CellVarIndex)
189    if NbDim(icell)==1
190        continue
191    end
192    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
193    VarType=VarTypeCell{icell};
194    ivar_X=VarType.coord_x;
195    ivar_Y=VarType.coord_y;
196    ivar_Z=VarType.coord_z;
197%     ivar_U=VarType.vector_x;
198%     ivar_V=VarType.vector_y;
199%     ivar_W=VarType.vector_z;
200%     ivar_C=VarType.scalar ;
201    ivar_Anc=VarType.ancillary;
202%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
203    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
204    ivar_F=VarType.warnflag;
205    ivar_FF=VarType.errorflag;
206    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
207    if isempty(ivar_X)
208        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
209     
210    else
211        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
212                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
213                    return
214        end
215        if length(ivar_Y)~=1
216                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
217                return
218        end
219        test_grid=0;
220    end
221    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
222    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
223    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
224    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
225    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
226    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
227    for ivar=VarIndex       
228        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
229        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
230        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
231        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
232    end
233    if ~test_grid
234        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
235        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
236        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
237        if length(ivar_Z)==1
238            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
239            test3D=1;
240        end
241        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
242                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
243                    return
244        end     
245        for ipoint=1:siz(1)
246           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
247           distX=coord_x-Xpoint(1);
248           distY=coord_y-Xpoint(2);         
249           dist=distX.*distX+distY.*distY;
250           indsel=find(dist<width*width);
251           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
252           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
253           if isequal(length(ivar_FF),1)
254               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
255               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
256               ind_indsel=find(~FF);
257               indsel=indsel(ind_indsel);
258           end
259           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
260            for ivar=VarIndex
261               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
262               if isempty(indsel)
263                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
264               else
265                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
266                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
267                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
268                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
269                    end
270               end
271            end
272        end
273    else
274        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
275        %case of structured coordinates
276        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
277            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
278            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
279            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
280            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
281            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
282            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
283            npxy=size(A);
284
285% %             nbcolor=1; %default
286%             for idim=1:length(ListDimName)
287%                 DimName=ListDimName{idim};
288%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
289%                    nbcolor=npxy(idim);
290%                    DimIndices(idim)=[];
291%                    npxy(idim)=[];
292%                 end
293%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
294%                     DimIndices(idim)=[];
295%                     npxy(idim)=[];
296%                 end
297%             end 
298            ind_1=find(npxy==1);
299            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
300%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
301            %nb_dim=length(DimIndices)%number of space dimensions
302            nb_dim=numel(VarType.coord);
303            Coord_z=[];
304            Coord_y=[];
305            Coord_x=[];   
306            for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
307                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
308                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
309                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
310                ivar=VarType.coord(idim);
311%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
312                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
313                    if numel(Coord{idim})==2
314                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
315                    else
316                        DCoord=diff(Coord{idim});
317                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
318                        DCoord_max=max(DCoord);
319                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
320                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
321                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
322                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
323                                    return
324                        end               
325                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
326                        test_coord(idim)=1;
327                    end
328%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
329%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
330%                     DCoord_min(idim)=1;%default
331%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
332%                     test_direct(idim)=1;
333%                 end
334            end
335            DX=DCoord_min(2);
336            DY=DCoord_min(1);
337            for ipoint=1:siz(1)
338                xwidth=width/(abs(DX));
339                ywidth=width/(abs(DY));
340                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
341                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
342                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
343                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
344                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
345                j_min=max(1,j_min);
346                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
347                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
348                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
349                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
350                i_int=[i_min:i_plus];
351                j_int=[j_min:j_plus];
352                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
353                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
354                   for ivar=VarIndex   
355                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
356                   end
357                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
358                else
359                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
360                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
361                    for ivar=VarIndex   
362                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
363                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
364                    end
365                end
366            end
367        end
368   end
369end
370
371%-----------------------------------------------------------------
372%project in a patch
373function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
374%-------------------------------------------------------------------
375[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
376
377objectfield=fieldnames(ObjectData);
378widthx=0;
379widthy=0;
380if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
381    widthx=max(ObjectData.RangeX);
382end
383if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
384    widthy=max(ObjectData.RangeY);
385end
386
387%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
388ProjData.NbDim=1;
389%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
390%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
391ProjData.ListVarName={};
392%ProjData.VarDimIndex={};
393ProjData.VarDimName={};
394if isfield (FieldData,'ListVarAttribute')
395    ProjData.ListVarAttribute=FieldData.ListVarAttribute;%list of variable attribute names
396    for iattr=1:length(ProjData.ListVarAttribute)%initialization of variable attribute values
397        AttrName=ProjData.ListVarAttribute{iattr};
398        eval(['ProjData.' AttrName '={};'])
399    end;
400end
401
402%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
403testfalse=0;
404ListIndex={};
405% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
406idimvar=0;
407[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
408if ~isempty(errormsg)
409    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
410    return
411end
412
413%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
414dimcounter=0;
415for icell=1:length(CellVarIndex)
416    testX=0;
417    testY=0;
418    test_Amat=0;
419    testfalse=0;
420    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
421    VarType=VarTypeCell{icell};
422  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
423    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
424        continue
425    end
426    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
427    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
428    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
429    testproj(VarType.scalar)=1;
430    testproj(VarType.vector_x)=1;
431    testproj(VarType.vector_y)=1;
432    testproj(VarType.vector_z)=1;
433    testproj(VarType.image)=1;
434    testproj(VarType.color)=1;
435    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
436    if testX %case of unstructured coordinates
437         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
438         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
439               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
440            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
441         end
442         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
443         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
444         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
445         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
446    end
447    if testfalse
448        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
449        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
450    end
451    % image or 2D matrix
452    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
453        test_Amat=1;%image or 2D matrix
454        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
455        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
456        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
457        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
458        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
459        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
460        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
461%                     errormsg='multicomponent field not projected';
462
463        for idim=1:length(DimValue)       
464            Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
465            DCoord_min(idim)=1;%default
466            Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
467            test_direct(idim)=1;
468        end
469        AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
470        AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
471        if length(DimValue)==3
472            testcolor=1;
473            npxy(3)=3;
474        else
475            testcolor=0;
476            npxy(3)=1;
477        end
478        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
479        npxy(1)=length(AY);
480        npxy(2)=length(AX);
481        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
482        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
483        for ivar=1:length(VarIndex)
484            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
485            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
486        end
487    end
488%select the indices in the range of action
489    testin=[];%default
490    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
491%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
492%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
493%                 return
494%            end
495       if testX
496            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
497            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
498            testin=distX<widthx & distY<widthy;
499       elseif test_Amat
500           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
501           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
502           testin=distX<widthx & distY<widthy;
503       end
504    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
505        if testX
506            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
507        elseif test_Amat
508           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
509       else%calculate the scalar
510           testin=[]; %A REVOIR
511       end
512    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
513       X2Max=widthx*widthx;
514       Y2Max=(widthy)*(widthy);
515       if testX
516            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
517            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
518            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
519       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
520           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
521           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
522           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
523       end
524    end
525    %selected indices
526    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
527            testin=~testin;
528    end
529    if testfalse
530        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
531    end
532    indsel=find(testin);
533    for ivar=VarIndex
534        if testproj(ivar)
535            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
536            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
537            eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % keep only non false vectors
538            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
539            if test_Amat && testcolor
540                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
541            else
542               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
543            end
544        end
545    end
546%     if test_Amat & testcolor
547%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
548%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
549%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
550%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
551%        ProjData.VarDimName
552%     end
553end
554
555
556
557%-----------------------------------------------------------------
558%project on a line
559% AJOUTER flux,circul,error
560function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
561%-----------------------------------------------------------------
562[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
563if ~isempty(errormsg)
564    return
565end
566ProjData.NbDim=1;
567%initialisation of the input parameters and defaultoutput
568ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
569if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
570ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
571if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
572width=0;%default width of the projection band
573if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
574    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
575end
576if isfield(ObjectData,'RangeY')
577    width=max(ObjectData.RangeY);
578end
579
580% default output
581errormsg=[];%default
582Xline=[];
583flux=0;
584circul=0;
585liny=ObjectData.Coord(:,2);
586siz_line=size(ObjectData.Coord);
587if siz_line(1)<2
588    return% line needs at least 2 points to be defined
589end
590testfalse=0;
591ListIndex={};
592
593%angles of the polyline and boundaries of action
594dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
595dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
596theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
597theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
598% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
599if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
600    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
601    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
602    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
603    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
604    for ip=2:siz_line(1)
605        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
606        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
607        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
608        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
609    end
610end
611
612%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
613[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
614if ~isempty(errormsg)
615    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
616    return
617end
618
619% loop on variable cells with the same space dimension
620ProjData.ListVarName={};
621ProjData.VarDimName={};
622for icell=1:length(CellVarIndex)
623    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
624    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
625    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
626        continue
627    end
628    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
629    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
630    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
631    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
632                                             %=0 for vector components, treated separately
633    testproj(VarType.scalar)=1;
634    testproj(VarType.image)=1;
635    testproj(VarType.color)=1;
636    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
637    if testU
638         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
639    end
640    %identify vector components   
641    if testU
642        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
643        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
644        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
645        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
646    end 
647    %identify error flag
648    if testfalse
649        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
650        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
651    end   
652    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
653    if testX
654        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
655            if width==0
656                errormsg='range of the projection object is missing';
657                return     
658            else
659                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
660            end
661        end
662        if ~isequal(ProjMode,'projection')
663            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
664                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
665            else
666                errormsg='DX missing';
667                return
668            end
669        end
670        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
671        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
672        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
673        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
674    end   
675    %initiate projection
676    for ivar=1:length(VarIndex)
677        ProjLine{ivar}=[];
678    end
679    XLine=[];
680    linelengthtot=0;
681
682%         circul=0;
683%         flux=0;
684  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
685   %case of unstructured coordinates
686    if testX   
687        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
688            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
689            %select the vector indices in the range of action
690            if testfalse
691                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
692            else
693                flagsel=ones(size(coord_x));
694            end
695            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
696                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
697                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
698                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
699                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
700            end
701            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
702            X_sel=coord_x(indsel);
703            Y_sel=coord_y(indsel);
704            nbvar=0;
705            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
706                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
707                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
708            end   
709            if testU
710                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
711                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
712            end
713            if isequal(ProjMode,'projection')
714                sintheta=sin(theta(ip));
715                costheta=cos(theta(ip));
716                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
717                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
718                for ivar=1:numel(ProjVar)
719                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
720                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
721                     end
722                end
723            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
724                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
725                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
726                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
727                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
728                for ivar=1:numel(ProjVar)
729                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
730                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
731                     end
732                end
733            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
734                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
735                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
736                siz=size(X_sel);
737                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
738                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
739                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
740                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
741                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
742                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
743                for ivar=1:numel(ProjVar)
744                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
745                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
746                     end
747                end             
748            end
749            %prolongate the total record
750            for ivar=1:numel(ProjVar)
751                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
752                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
753                  end
754            end
755            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
756            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
757            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
758            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
759        end
760        ProjData.X=XLine';
761        cur_index=1;
762        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
763        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
764        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
765        for iselect=1:numel(VarIndex)
766            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
767            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
768            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
769            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
770            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
771            if strcmp(ProjMode,'projection')
772                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
773            else
774                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
775            end
776        end
777   
778    %case of structured coordinates
779    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
780        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
781            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
782        else
783            test_Amat=1;%image or 2D matrix
784            test_interp2=0;%default
785%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
786            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
787            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
788            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
789            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
790            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
791            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
792            npxy=size(A);
793            npx=npxy(2);
794            npy=npxy(1);
795            if numel(AX)==2
796                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
797            else
798                DX_vec=diff(AX);
799                DX=max(DX_vec);
800                DX_min=min(DX_vec);
801                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
802                    test_interp2=1;
803                    DX=DX_min;
804                end   
805            end
806            if numel(AY)==2
807                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
808            else
809                DY_vec=diff(AY);
810                DY=max(DY_vec);
811                DY_min=min(DY_vec);
812                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
813                   test_interp2=1;
814                    DY=DY_min;
815                end     
816            end             
817            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
818            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
819            if isfield(ObjectData,'DX')
820                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
821            else
822                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
823            end
824            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
825            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
826            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
827            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
828            if isfield(FieldData,'RangeX')
829                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
830            else
831                XMin=0;
832            end
833            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
834            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
835            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
836            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
837            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
838            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
839            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
840            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
841            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
842            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
843            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
844            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
845            ind_in=find(flagin);
846            ind_out=find(~flagin);
847            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
848            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
849            nbcolor=1; %color images
850            if numel(npxy)==2
851                nbcolor=1;
852            elseif length(npxy)==3
853                nbcolor=npxy(3);
854            else
855                errormsg='multicomponent field not projected';
856                display(errormsg)
857                return
858            end
859            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
860            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
861            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
862            for ivar=VarIndex
863                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
864                if test_interp2% interpolate on new grid
865                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
866                end
867                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
868                if nbcolor==1
869                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
870                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
871                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
872                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
873                elseif nbcolor==3
874                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
875                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
876                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
877                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
878                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
879                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
880                end 
881                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
882                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
883                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
884            end
885            if testU
886                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
887                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
888                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
889                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
890            end
891            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
892            if nbcolor==3
893                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
894            end
895        end     
896    end
897end
898
899% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
900% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
901% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
902% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
903% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
904% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
905% %     else
906% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
907% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
908% %     end
909%
910% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
911
912
913%-----------------------------------------------------------------
914%project on a plane
915% AJOUTER flux,circul,error
916 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
917%-----------------------------------------------------------------
918
919%initialisation of the input parameters of the projection plane
920%-----------------------------------------------------------------
921ProjMode='projection';%direct projection by default
922if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
923
924%axis origin
925if isempty(ObjectData.Coord)
926    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
927    ObjectData.Coord(1,2)=0;
928    ObjectData.Coord(1,3)=0;
929end
930
931%rotation angles
932Phi=0;%default
933Theta=0;
934Psi=0;
935if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
936    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
937end
938if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
939    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
940end
941if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
942    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
943end
944
945%components of the unity vector normal to the projection plane
946NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
947NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
948NormVec_Z=cos(Theta);
949
950% test for 3D fields
951test3D=0;
952if isfield(FieldData,'nb_dim')
953    test3D=isequal(FieldData.nb_dim,3);
954end
955test3C=test3D; %default 3 vel components
956
957%mesh sizes DX and DY
958DX=0;
959DY=0; %default
960if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
961     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
962end
963if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
964     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
965end
966if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
967        errormsg='DX or DY missing';
968        display(errormsg)
969        return
970end
971
972%extrema along each axis
973testXMin=0;
974testXMax=0;
975testYMin=0;
976testYMax=0;
977if isfield(ObjectData,'RangeX')
978        XMin=min(ObjectData.RangeX);
979        XMax=max(ObjectData.RangeX);
980        testXMin=XMax>XMin;
981        testXMax=1;
982end
983if isfield(ObjectData,'RangeY')
984        YMin=min(ObjectData.RangeY);
985        YMax=max(ObjectData.RangeY);
986        testYMin=YMax>YMin;
987        testYMax=1;
988end
989width=0;%default width of the projection band
990if isfield(ObjectData,'RangeZ')
991        width=max(ObjectData.RangeZ);
992end
993
994% initiate Matlab  structure for physical field
995[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
996ProjData.NbDim=2;
997ProjData.ListVarName={};
998ProjData.VarDimName={};
999
1000error=0;%default
1001flux=0;
1002testfalse=0;
1003ListIndex={};
1004
1005%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1006%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1007%-----------------------------------------------------------------
1008idimvar=0;
1009[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1010if ~isempty(errormsg)
1011    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1012    return
1013end
1014%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1015% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1016ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1017icoord=0;
1018nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1019for icell=1:length(CellVarIndex)
1020    if NbDim(icell)<2
1021        continue
1022    end
1023    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1024    VarType=VarTypeCell{icell};
1025    ivar_X=VarType.coord_x;
1026    ivar_Y=VarType.coord_y;
1027    ivar_Z=VarType.coord_z;
1028    ivar_U=VarType.vector_x;
1029    ivar_V=VarType.vector_y;
1030    ivar_W=VarType.vector_z;
1031    ivar_C=VarType.scalar ;
1032    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1033    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1034    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1035    ivar_F=VarType.warnflag;
1036    ivar_FF=VarType.errorflag;
1037    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1038    %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
1039    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1040    if ischar(DimCell)
1041        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1042    end
1043
1044%case of input fields with unstructured coordinates
1045    if testX
1046        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1047        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1048        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1049        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1050        if length(ivar_Z)==1
1051            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1052            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1053        end
1054
1055        % translate  initial coordinates
1056        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1057        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1058        if ~isempty(ivar_Z)
1059            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1060        end
1061       
1062        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1063        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1064            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1065            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1066            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1067            for ivar=VarIndex
1068                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1069%                 eval(['size(FieldData.' VarName ')'])
1070                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1071%                 end     
1072                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1073            end
1074            coord_x=coord_x(indcut);
1075            coord_y=coord_y(indcut);
1076            coord_z=coord_z(indcut);
1077        end
1078
1079       %rotate coordinates if needed
1080        if isequal(Phi,0)
1081            coord_X=coord_x;
1082            coord_Y=coord_y;
1083            if ~isequal(Theta,0)
1084                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1085            end
1086        else
1087            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1088            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1089        end
1090        if ~isempty(ivar_Z)
1091            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1092        end
1093        if ~isequal(Psi,0)
1094                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1095                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1096        end
1097       
1098        %restriction to the range of x and y if imposed
1099        testin=ones(size(coord_X)); %default
1100        testbound=0;
1101        if testXMin
1102            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1103            testbound=1;
1104        end
1105        if testXMax
1106            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1107            testbound=1;
1108        end
1109        if testYMin
1110            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1111            testbound=1;
1112        end
1113        if testYMin
1114            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1115            testbound=1;
1116        end
1117        if testbound
1118            indcut=find(testin);
1119            for ivar=VarIndex
1120                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1121                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1122            end
1123            coord_X=coord_X(indcut);
1124            coord_Y=coord_Y(indcut);
1125            if length(ivar_Z)==1
1126                coord_Z=coord_Z(indcut);
1127            end
1128        end
1129        % different cases of projection
1130        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1131            %the list of dimension
1132            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1133            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1134             %length(coord_X)];
1135            nbvar=0;
1136            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1137                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1138                if ivar==ivar_X %x coordinate
1139                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1140                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1141                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1142                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1143                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1144                end
1145                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1146                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1147                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1148                    nbvar=nbvar+1;
1149                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1150                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1151                    end
1152                end
1153            end 
1154        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1155            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1156            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1157            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1158            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1159            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1160            nbcoord=2; 
1161            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1162            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1163            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1164            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1165            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1166            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1167            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1168            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1169            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1170            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1171            if ~isequal(ivar_FF,0)
1172                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1173                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1174                coord_X=coord_X(indsel);
1175                coord_Y=coord_Y(indsel);
1176            end
1177            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1178            testFF=0;
1179            for ivar=VarIndex
1180                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1181                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1182                    ivar_new=ivar_new+1;
1183                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1184                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1185                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1186                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1187                    end
1188                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1189                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1190                    end
1191                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1192                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1193                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1194                    indnan=find(FFlag);
1195                    if~isempty(indnan)
1196                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1197                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1198                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1199                        testFF=1;
1200                    end
1201                    if ivar==ivar_U
1202                        ivar_U=ivar_new;
1203                    end
1204                    if ivar==ivar_V
1205                        ivar_V=ivar_new;
1206                    end
1207                    if ivar==ivar_W
1208                        ivar_W=ivar_new;
1209                    end
1210                end
1211            end
1212            if testFF
1213                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1214                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1215               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1216                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1217            end
1218        end
1219%case of input fields defined on a structured  grid
1220    else 
1221        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1222        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1223        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1224        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1225        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1226        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1227        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1228        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1229        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1230        nbcolor=1; %default
1231        for idim=1:length(ListDimName)
1232            DimName=ListDimName{idim};
1233            if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1234               nbcolor=DimValue(idim);
1235               DimValue(idim)=[];
1236            end
1237            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1238                DimValue(idim)=[];
1239            end
1240        end 
1241        ind_1=find(DimValue==1);
1242        Coord_z=[];
1243        Coord_y=[];
1244        Coord_x=[];   
1245        nb_dim=numel(size(DimValue));
1246        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1247            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1248            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1249            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1250                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1251                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1252                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1253                else
1254                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1255                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1256                    DCoord_max=max(DCoord);
1257                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1258                    if ~isequal(DCoord_max,DCoord_min(idim)>0)
1259                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1260                                return
1261                    end               
1262                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1263                end
1264                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1265            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1266                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1267                DCoord_min(idim)=1;%default
1268                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1269                test_direct(idim)=1;
1270            end
1271        end
1272        if DY==0
1273            DY=abs(DCoord_min(nb_dim-1));
1274        end
1275        npY=1+round(abs(Coord{nb_dim-1}(end)-Coord{nb_dim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1276        if DX==0
1277            DX=abs(DCoord_min(nb_dim));
1278        end
1279        npX=1+round(abs(Coord{nb_dim}(end)-Coord{nb_dim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1280        for idim=[1:nb_dim]
1281            if test_interp(idim)
1282                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1283            end
1284        end       
1285        Coord_y=linspace(Coord{nb_dim-1}(1),Coord{nb_dim-1}(end),npY);
1286        test_direct_y=test_direct(nb_dim-1);
1287        Coord_x=linspace(Coord{nb_dim}(1),Coord{nb_dim}(end),npX);
1288        test_direct_x=test_direct(nb_dim);
1289        DAX=DCoord_min(nb_dim);
1290        DAY=DCoord_min(nb_dim-1);
1291        if nb_dim==3
1292            DZ=abs(DCoord_min(1));
1293            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1294            test_direct_z=test_direct(1);
1295        end 
1296        minAX=min(Coord_x);
1297        maxAX=max(Coord_x);
1298        minAY=min(Coord_y);
1299        maxAY=max(Coord_y);
1300        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1301        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1302        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1303        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1304        if ~testXMax
1305            XMax=max(xcor_new);
1306        end
1307        if ~testXMin
1308            XMin=min(xcor_new);
1309        end
1310        if ~testYMax
1311            YMax=max(ycor_new);
1312        end
1313        if ~testYMin
1314            YMin=min(ycor_new);
1315        end
1316        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(2)-1);
1317        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(1)-1);
1318        if DX==0
1319            DX=DXinit;
1320        end
1321        if DY==0
1322            DY=DYinit;
1323        end
1324        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1325        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1326        if test_direct_y
1327            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1328        else
1329            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1330        end
1331        if test_direct_x
1332            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1333        else
1334            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1335        end
1336       
1337        % case with no rotation and interpolation
1338        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1339            if test_direct(1)
1340                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1341                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1342                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1343                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1344            else
1345                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1346                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1347                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1348                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1349            end             
1350            if test_direct(2)==1
1351                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1352                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1353                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1354                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1355            else
1356                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1357                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1358                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1359                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1360            end
1361            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1362            min_ind2=max(min_ind2,1);
1363            max_ind1=min(max_ind1,DimValue(1));
1364            max_ind2=min(max_ind2,DimValue(2));
1365            for ivar=VarIndex
1366                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1367                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1368                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1369                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1370                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1371                end
1372                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1373            end         
1374        else       % case with rotation and/or interpolation
1375            if isempty(Coord_z) %2D case
1376                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1377                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1378                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1379                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1380                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1381                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1382                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1383                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1384                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1385                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1386                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1387                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1388                    test_filter=1;
1389                else
1390                    test_filter=0;
1391                end
1392                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1393                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1394                for ivar=VarIndex
1395                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1396                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
1397                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1398                    end
1399                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1400                    if test_filter 
1401                         Aclass=class(FieldData.A);
1402                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1403                         if ~isequal(Aclass,'double')
1404                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1405                         end
1406                    end
1407                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
1408                    ind_in=find(flagin);
1409                    ind_out=find(~flagin);
1410                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1411                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1412                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1413                    for icolor=1:nbcolor
1414                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1415                    end
1416                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1417                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1418                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1419                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1420                    end     
1421                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1422                end
1423                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1424                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1425                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1426                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1427            else %3D case
1428                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1429                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1430                    iz_sup=find(test_sup);
1431                    iz=iz_sup(1);
1432                    if iz>=1 & iz<=npz
1433                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1434                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1435                        for ivar=VarIndex
1436                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1437                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1438                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
1439                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1440                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1441                            if test_interp(2) | test_interp(3)
1442                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1443                            end
1444                        end
1445                    end
1446                else
1447                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1448                    %TODO: use interp3
1449                    return
1450                end
1451            end
1452        end
1453    end
1454    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
1455    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
1456        if isempty(ivar_V)
1457            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1458            return
1459        end
1460        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1461        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1462        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1463        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1464        if ~isempty(ivar_W)
1465            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1466            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1467            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1468        end
1469        if ~isequal(Psi,0)
1470            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1471            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1472        end
1473    end
1474end
1475
1476%-----------------------------------------------------------------
1477%project in a volume
1478% A FAIRE ....(copie de proj_plane)
1479 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1480%-----------------------------------------------------------------
1481
1482%initialisation of the input parameters of the projection plane
1483%-----------------------------------------------------------------
1484ProjMode='projection';%direct projection by default
1485if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1486
1487%axis origin
1488if isempty(ObjectData.Coord)
1489    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the volume set to [0 0] by default
1490    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1491    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1492end
1493
1494%rotation angles
1495Phi=0;%default
1496Theta=0;
1497Psi=0;
1498if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
1499    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
1500end
1501if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
1502    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
1503end
1504if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
1505    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
1506end
1507
1508%components of the unity vector normal to the projection plane
1509NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
1510NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
1511NormVec_Z=cos(Theta);
1512
1513% test for 3D fields
1514test3D=0;
1515if isfield(FieldData,'nb_dim')
1516    test3D=isequal(FieldData.nb_dim,3);
1517end
1518test3C=test3D; %default 3 vel components
1519
1520%mesh sizes DX and DY
1521DX=0;
1522DY=0; %default
1523if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1524     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1525end
1526if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1527     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1528end
1529if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
1530        errormsg='DX or DY missing';
1531        display(errormsg)
1532        return
1533end
1534if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1535     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1536end
1537
1538%extrema along each axis
1539testXMin=0;
1540testXMax=0;
1541testYMin=0;
1542testYMax=0;
1543if isfield(ObjectData,'RangeX')
1544        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1545        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1546        testXMin=XMax>XMin;
1547        testXMax=1;
1548end
1549if isfield(ObjectData,'RangeY')
1550        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1551        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1552        testYMin=YMax>YMin;
1553        testYMax=1;
1554end
1555width=0;%default width of the projection band
1556if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1557      ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1558        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1559        testZMin=YMax>YMin;
1560        testZMax=1;
1561%         width=max(ObjectData.RangeZ);
1562end
1563
1564% initiate Matlab  structure for physical field
1565[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1566ProjData.NbDim=3;
1567%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
1568%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
1569ProjData.ListVarName={};
1570ProjData.VarDimName={};
1571
1572error=0;%default
1573flux=0;
1574testfalse=0;
1575ListIndex={};
1576
1577%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1578%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1579%-----------------------------------------------------------------
1580idimvar=0;
1581[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1582if ~isempty(errormsg)
1583    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1584    return
1585end
1586%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1587% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1588ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1589icoord=0;
1590nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1591for icell=1:length(CellVarIndex)
1592    if NbDim(icell)<2
1593        continue
1594    end
1595    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1596    VarType=VarTypeCell{icell};
1597    ivar_X=VarType.coord_x;
1598    ivar_Y=VarType.coord_y;
1599    ivar_Z=VarType.coord_z;
1600    ivar_U=VarType.vector_x;
1601    ivar_V=VarType.vector_y;
1602    ivar_W=VarType.vector_z;
1603    ivar_C=VarType.scalar ;
1604    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1605    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1606    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1607    ivar_F=VarType.warnflag;
1608    ivar_FF=VarType.errorflag;
1609    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1610    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1611    if ischar(DimCell)
1612        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1613    end
1614   
1615%case of input fields with unstructured coordinates
1616    if testX
1617        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1618        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1619        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1620        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1621        if length(ivar_Z)==1
1622            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1623            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1624        end
1625
1626        % translate  initial coordinates
1627        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1628        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1629        if ~isempty(ivar_Z)
1630            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1631        end
1632       
1633        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1634        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1635            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1636            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1637            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1638            for ivar=VarIndex
1639                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1640                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1641%                 end     
1642                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1643            end
1644            coord_x=coord_x(indcut);
1645            coord_y=coord_y(indcut);
1646            coord_z=coord_z(indcut);
1647        end
1648
1649       %rotate coordinates if needed
1650        if isequal(Phi,0)
1651            coord_X=coord_x;
1652            coord_Y=coord_y;
1653            if ~isequal(Theta,0)
1654                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1655            end
1656        else
1657            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1658            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1659        end
1660        if ~isempty(ivar_Z)
1661            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1662        end
1663        if ~isequal(Psi,0)
1664                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1665                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1666        end
1667        coord_Z=coord_z; %TO UPDATE
1668        %restriction to the range of x and y if imposed
1669        testin=ones(size(coord_X)); %default
1670        testbound=0;
1671        if testXMin
1672            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1673            testbound=1;
1674        end
1675        if testXMax
1676            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1677            testbound=1;
1678        end
1679        if testYMin
1680            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1681            testbound=1;
1682        end
1683        if testYMin
1684            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1685            testbound=1;
1686        end
1687        if testbound
1688            indcut=find(testin);
1689            for ivar=VarIndex
1690                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1691                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1692            end
1693            coord_X=coord_X(indcut);
1694            coord_Y=coord_Y(indcut);
1695            if length(ivar_Z)==1
1696                coord_Z=coord_Z(indcut);
1697            end
1698        end
1699        % different cases of projection
1700        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1701            %the list of dimension
1702            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1703            %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1704            nbvar=0;
1705            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1706                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1707                if ivar==ivar_X %x coordinate
1708                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1709                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1710                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1711                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1712                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1713                end
1714                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1715                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1716                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1717                    nbvar=nbvar+1;
1718                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1719                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1720                    end
1721                end
1722            end 
1723        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1724            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1725            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1726            coord_z_proj=[ZMin:DZ:ZMax];
1727            [XI,YI,ZI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj,coord_z_proj);
1728            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1729            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1730            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1731            nbcoord=3; 
1732            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1733            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1734            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1735            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1736            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1737            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1738            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1739            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1740            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1741            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1742            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1743            if ~isequal(ivar_FF,0)
1744                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1745                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1746                coord_X=coord_X(indsel);
1747                coord_Y=coord_Y(indsel);
1748            end
1749            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1750            testFF=0;
1751            size(XI)
1752            size(YI)
1753            size(ZI)
1754            for ivar=VarIndex
1755                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1756                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1757                    ivar_new=ivar_new+1;
1758                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1759                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1760                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1761                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1762                    end
1763                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1764                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1765                    end
1766                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata3(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '),XI,YI,ZI);'])
1767%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1768%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1769%                     indnan=find(FFlag);
1770%                     if~isempty(indnan)
1771%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1772%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1773%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1774%                         testFF=1;
1775%                     end
1776%                     if ivar==ivar_U
1777%                         ivar_U=ivar_new;
1778%                     end
1779%                     if ivar==ivar_V
1780%                         ivar_V=ivar_new;
1781%                     end
1782%                     if ivar==ivar_W
1783%                         ivar_W=ivar_new;
1784%                     end
1785                end
1786            end
1787            if testFF
1788                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1789                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1790               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1791                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1792            end
1793        end
1794%case of fields defined on a structured  grid
1795    else 
1796        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1797        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1798        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1799        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1800        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1801        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1802        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1803        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1804        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1805        nbcolor=1; %default
1806        for idim=1:length(ListDimName)
1807            DimName=ListDimName{idim};
1808            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1809               nbcolor=DimValue(idim);
1810               DimIndices(idim)=[];
1811               DimValue(idim)=[];
1812            end
1813            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1814                DimIndices(idim)=[];
1815                DimValue(idim)=[];
1816            end
1817        end 
1818        ind_1=find(DimValue==1);
1819        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1820%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1821        nb_dim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1822        Coord_z=[];
1823        Coord_y=[];
1824        Coord_x=[];   
1825   
1826        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1827            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1828            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1829            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1830                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1831                DCoord=diff(Coord{idim});
1832                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1833                DCoord_max=max(DCoord);
1834                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1835                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1836                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1837                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1838                                return
1839                end               
1840                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1841            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1842                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1843                DCoord_min(idim)=1;%default
1844                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1845                test_direct(idim)=1;
1846            end
1847        end
1848        if nb_dim==2
1849            if DY==0
1850                DY=abs(DCoord_min(1));
1851            end
1852            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1853            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1854            if DX==0
1855                DX=abs(DCoord_min(2));
1856            end
1857            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1858            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1859            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1860            test_direct_y=test_direct(1);
1861            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1862            test_direct_x=test_direct(2);
1863            DAX=DCoord_min(2);
1864            DAY=DCoord_min(1);
1865        elseif nb_dim==3
1866            DZ=abs(DCoord_min(1));
1867            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1868            if DY==0
1869                DY=abs(DCoord_min(2));
1870            end
1871            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1872            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1873            if DX==0
1874                DX=abs(DCoord_min(3));
1875            end
1876            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1877            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1878            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1879            test_direct_z=test_direct(1);
1880            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1881            test_direct_y=test_direct(2);
1882            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1883            test_direct_x=test_direct(3);
1884        end 
1885        minAX=min(Coord_x);
1886        maxAX=max(Coord_x);
1887        minAY=min(Coord_y);
1888        maxAY=max(Coord_y);
1889        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1890        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1891        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1892        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1893        if ~testXMax
1894            XMax=max(xcor_new);
1895        end
1896        if ~testXMin
1897            XMin=min(xcor_new);
1898        end
1899        if ~testYMax
1900            YMax=max(ycor_new);
1901        end
1902        if ~testYMin
1903            YMin=min(ycor_new);
1904        end
1905        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(2)-1);
1906        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(1)-1);
1907        if DX==0
1908            DX=DXinit;
1909        end
1910        if DY==0
1911            DY=DYinit;
1912        end
1913        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1914        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1915        if test_direct_y
1916            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1917        else
1918            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1919        end
1920        if test_direct_x
1921            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1922        else
1923            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1924        end
1925       
1926        % case with no rotation and interpolation
1927        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1928            if test_direct(1)
1929                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1930                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1931                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1932                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1933            else
1934                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1935                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1936                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1937                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1938            end             
1939            if test_direct(2)==1
1940                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1941                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1942                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1943                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1944            else
1945                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1946                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1947                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1948                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1949            end
1950            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1951            min_ind2=max(min_ind2,1);
1952            max_ind1=min(max_ind1,DimValue(1));
1953            max_ind2=min(max_ind2,DimValue(2));
1954            for ivar=VarIndex
1955                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1956                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1957                %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1958                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1959                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1960                end
1961                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1962            end         
1963        else
1964        % case with rotation and/or interpolation
1965            if isempty(Coord_z) %2D case
1966                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1967                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1968                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1969                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1970                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1971                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1972                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1973                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1974                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1975                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1976                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1977                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1978                    test_filter=1;
1979                else
1980                    test_filter=0;
1981                end
1982                for ivar=VarIndex
1983                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
1984                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
1985                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1986                    end
1987                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1988                    if test_filter 
1989                         Aclass=class(FieldData.A);
1990                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1991                         if ~isequal(Aclass,'double')
1992                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1993                         end
1994                    end
1995                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
1996                    ind_in=find(flagin);
1997                    ind_out=find(~flagin);
1998                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1999                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2000                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
2001                    for icolor=1:nbcolor
2002                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2003                    end
2004                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
2005                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2006                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2007                    end     
2008                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2009                end
2010                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2011                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2012                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2013            else %3D case
2014                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
2015                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2016                    iz_sup=find(test_sup);
2017                    iz=iz_sup(1);
2018                    if iz>=1 & iz<=npz
2019                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2020                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2021                        for ivar=VarIndex
2022                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2023                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2024                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2025                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2026                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2027                            if test_interp(2) | test_interp(3)
2028                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2029                            end
2030                        end
2031                    end
2032                else
2033                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2034                    %TODO: use interp3
2035                    return
2036                end
2037            end
2038        end
2039    end
2040    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
2041    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
2042        if isempty(ivar_V)
2043            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2044            return
2045        end
2046        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2047        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2048        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2049        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2050        if ~isempty(ivar_W)
2051            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2052            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2053            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2054        end
2055        if ~isequal(Psi,0)
2056            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2057            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2058        end
2059    end
2060end
2061
2062%-----------------------------------------------------------------
2063%transmit the global attributes
2064function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2065%-----------------------------------------------------------------
2066% ProjData=FieldData;
2067ProjData=[];%default
2068errormsg=[];%default
2069if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2070    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2071else
2072    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2073end
2074if isfield(FieldData,'Txt')
2075    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2076    return;
2077end
2078for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2079    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2080    if isfield(FieldData,AttrName)
2081        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2082    end
2083end
2084if isfield(FieldData,'CoordType')
2085    if isfield(ObjectData,'CoordType')&~isequal(FieldData.CoordType,ObjectData.CoordType)
2086        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordType ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordType ' coordinates'];
2087        return
2088    else
2089         ProjData.CoordType=FieldData.CoordType;
2090    end
2091end
2092
2093ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2094for ilist=1:length(ListObject)
2095    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2096        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2097        if ~isempty(val)
2098            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2099            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2100        end
2101    end   
2102end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.