source: trunk/src/proj_field.m @ 159

Last change on this file since 159 was 159, checked in by sommeria, 10 years ago

bug in civ corrected: civ2 was not lauched for Windows system
various bugs corrections and cleaning

File size: 95.9 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'nb_dim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'nb_dim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg=[];%default
84if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
85    ProjData=[];
86    return
87end
88%introduce default field properties (reading old standards)
89if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    ProjData=FieldData;
91    return
92end
93if ~isfield(ObjectData,'Coord')
94    if strcmp(ObjectData.Style,'plane')
95        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
96    else
97        ProjData=FieldData;
98        return
99    end
100end
101       
102% OBSOLETE
103if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
104    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
105end
106if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
107    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
108end
109if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
110    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
111end
112if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
113    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
114end
115if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
116    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
117end
118if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
119    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
120end
121%%%%%%%%%%
122switch ObjectData.Style
123    case 'points'
124    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
125    case {'line','polyline'}
126     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
127    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
128        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
129            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
130        else
131            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
132        end
133     %A FAIRE : GERER MASK
134    case 'plane'
135%         if isfield(FieldData,'NbDim') & isequal(FieldData.NbDim,3)
136%             ProjData= proj_plane3D(FieldData,ObjectData);%
137%         else
138            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
139%         end
140    case 'volume'
141        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
142end
143
144
145%-----------------------------------------------------------------
146%project on a set of points
147function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
148%-------------------------------------------------------------------
149
150siz=size(ObjectData.Coord);
151width=0;
152if isfield(ObjectData,'Range')
153    width=ObjectData.Range(1,2);
154end
155if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
156    width=max(ObjectData.RangeX);
157end
158if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
159    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
160end
161if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
162    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
163end
164if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
165    if width==0
166        errormsg='projection range around points needed';
167        return
168    end
169elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
170    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
171        return
172end
173[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
174ProjData.NbDim=0;
175%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
176%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
177
178
179% idimvar=0;
180[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
181if ~isempty(errormsg)
182    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
183    return
184end
185%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
186% CellVarIndex=cells of variable index arrays
187% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
188% icoord=0;
189for icell=1:length(CellVarIndex)
190    if NbDim(icell)==1
191        continue
192    end
193    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
194    VarType=VarTypeCell{icell};
195    ivar_X=VarType.coord_x;
196    ivar_Y=VarType.coord_y;
197    ivar_Z=VarType.coord_z;
198%     ivar_U=VarType.vector_x;
199%     ivar_V=VarType.vector_y;
200%     ivar_W=VarType.vector_z;
201%     ivar_C=VarType.scalar ;
202    ivar_Anc=VarType.ancillary;
203%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
204    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
205    ivar_F=VarType.warnflag;
206    ivar_FF=VarType.errorflag;
207    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
208    if isempty(ivar_X)
209        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
210     
211    else
212        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
213                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
214                    return
215        end
216        if length(ivar_Y)~=1
217                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
218                return
219        end
220        test_grid=0;
221    end
222    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
223    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
224    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
225    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
226    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
227    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
228    for ivar=VarIndex       
229        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
230        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
231        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
232        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
233    end
234    if ~test_grid
235        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
236        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
237        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
238        if length(ivar_Z)==1
239            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
240            test3D=1;
241        end
242        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
243                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
244                    return
245        end     
246        for ipoint=1:siz(1)
247           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
248           distX=coord_x-Xpoint(1);
249           distY=coord_y-Xpoint(2);         
250           dist=distX.*distX+distY.*distY;
251           indsel=find(dist<width*width);
252           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
253           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
254           if isequal(length(ivar_FF),1)
255               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
256               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
257               ind_indsel=find(~FF);
258               indsel=indsel(ind_indsel);
259           end
260           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
261            for ivar=VarIndex
262               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
263               if isempty(indsel)
264                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
265               else
266                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
267                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
268                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
269                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
270                    end
271               end
272            end
273        end
274    else
275        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
276        %case of structured coordinates
277        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
278            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
279            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
280            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
281            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
282            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
283            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
284            npxy=size(A);
285
286% %             nbcolor=1; %default
287%             for idim=1:length(ListDimName)
288%                 DimName=ListDimName{idim};
289%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
290%                    nbcolor=npxy(idim);
291%                    DimIndices(idim)=[];
292%                    npxy(idim)=[];
293%                 end
294%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
295%                     DimIndices(idim)=[];
296%                     npxy(idim)=[];
297%                 end
298%             end 
299            ind_1=find(npxy==1);
300            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
301%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
302            %nb_dim=length(DimIndices)%number of space dimensions
303            nb_dim=numel(VarType.coord);
304            Coord_z=[];
305            Coord_y=[];
306            Coord_x=[];   
307            for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
308                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
309                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
310                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
311                ivar=VarType.coord(idim);
312%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
313                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
314                    if numel(Coord{idim})==2
315                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
316                    else
317                        DCoord=diff(Coord{idim});
318                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
319                        DCoord_max=max(DCoord);
320                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
321                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
322                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
323                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
324                                    return
325                        end               
326                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
327                        test_coord(idim)=1;
328                    end
329%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
330%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
331%                     DCoord_min(idim)=1;%default
332%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
333%                     test_direct(idim)=1;
334%                 end
335            end
336            DX=DCoord_min(2);
337            DY=DCoord_min(1);
338            for ipoint=1:siz(1)
339                xwidth=width/(abs(DX));
340                ywidth=width/(abs(DY));
341                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
342                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
343                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
344                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
345                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
346                j_min=max(1,j_min);
347                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
348                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
349                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
350                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
351                i_int=[i_min:i_plus];
352                j_int=[j_min:j_plus];
353                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
354                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
355                   for ivar=VarIndex   
356                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
357                   end
358                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
359                else
360                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
361                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
362                    for ivar=VarIndex   
363                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
364                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
365                    end
366                end
367            end
368        end
369   end
370end
371
372%-----------------------------------------------------------------
373%project in a patch
374function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
375%-------------------------------------------------------------------
376[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
377
378objectfield=fieldnames(ObjectData);
379widthx=0;
380widthy=0;
381if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
382    widthx=max(ObjectData.RangeX);
383end
384if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
385    widthy=max(ObjectData.RangeY);
386end
387
388%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
389ProjData.NbDim=1;
390%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
391%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
392ProjData.ListVarName={};
393%ProjData.VarDimIndex={};
394ProjData.VarDimName={};
395if isfield (FieldData,'ListVarAttribute')
396    ProjData.ListVarAttribute=FieldData.ListVarAttribute;%list of variable attribute names
397    for iattr=1:length(ProjData.ListVarAttribute)%initialization of variable attribute values
398        AttrName=ProjData.ListVarAttribute{iattr};
399        eval(['ProjData.' AttrName '={};'])
400    end;
401end
402
403%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
404testfalse=0;
405ListIndex={};
406% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
407idimvar=0;
408[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
409if ~isempty(errormsg)
410    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
411    return
412end
413
414%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
415dimcounter=0;
416for icell=1:length(CellVarIndex)
417    testX=0;
418    testY=0;
419    test_Amat=0;
420    testfalse=0;
421    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
422    VarType=VarTypeCell{icell};
423  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
424    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
425        continue
426    end
427    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
428    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
429    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
430    testproj(VarType.scalar)=1;
431    testproj(VarType.vector_x)=1;
432    testproj(VarType.vector_y)=1;
433    testproj(VarType.vector_z)=1;
434    testproj(VarType.image)=1;
435    testproj(VarType.color)=1;
436    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
437    if testX %case of unstructured coordinates
438         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
439         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
440               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
441            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
442         end
443         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
444         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
445         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
446         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
447    end
448    if testfalse
449        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
450        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
451    end
452    % image or 2D matrix
453    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
454        test_Amat=1;%image or 2D matrix
455        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
456        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
457        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
458        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
459        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
460        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
461        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
462%                     errormsg='multicomponent field not projected';
463
464        for idim=1:length(DimValue)       
465            Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
466            DCoord_min(idim)=1;%default
467            Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
468            test_direct(idim)=1;
469        end
470        AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
471        AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
472        if length(DimValue)==3
473            testcolor=1;
474            npxy(3)=3;
475        else
476            testcolor=0;
477            npxy(3)=1;
478        end
479        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
480        npxy(1)=length(AY);
481        npxy(2)=length(AX);
482        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
483        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
484        for ivar=1:length(VarIndex)
485            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
486            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
487        end
488    end
489%select the indices in the range of action
490    testin=[];%default
491    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
492%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
493%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
494%                 return
495%            end
496       if testX
497            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
498            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
499            testin=distX<widthx & distY<widthy;
500       elseif test_Amat
501           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
502           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
503           testin=distX<widthx & distY<widthy;
504       end
505    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
506        if testX
507            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
508        elseif test_Amat
509           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
510       else%calculate the scalar
511           testin=[]; %A REVOIR
512       end
513    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
514       X2Max=widthx*widthx;
515       Y2Max=(widthy)*(widthy);
516       if testX
517            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
518            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
519            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
520       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
521           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
522           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
523           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
524       end
525    end
526    %selected indices
527    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
528            testin=~testin;
529    end
530    if testfalse
531        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
532    end
533    indsel=find(testin);
534    for ivar=VarIndex
535        if testproj(ivar)
536            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
537            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
538            eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % keep only non false vectors
539            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
540            if test_Amat && testcolor
541                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
542            else
543               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
544            end
545        end
546    end
547%     if test_Amat & testcolor
548%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
549%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
550%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
551%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
552%        ProjData.VarDimName
553%     end
554end
555
556
557
558%-----------------------------------------------------------------
559%project on a line
560% AJOUTER flux,circul,error
561function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
562%-----------------------------------------------------------------
563[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
564if ~isempty(errormsg)
565    return
566end
567ProjData.NbDim=1;
568%initialisation of the input parameters and defaultoutput
569ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
570if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
571ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
572if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
573width=0;%default width of the projection band
574if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
575    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
576end
577if isfield(ObjectData,'RangeY')
578    width=max(ObjectData.RangeY);
579end
580
581% default output
582errormsg=[];%default
583Xline=[];
584flux=0;
585circul=0;
586liny=ObjectData.Coord(:,2);
587siz_line=size(ObjectData.Coord);
588if siz_line(1)<2
589    return% line needs at least 2 points to be defined
590end
591testfalse=0;
592ListIndex={};
593
594%angles of the polyline and boundaries of action
595dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
596dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
597theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
598theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
599% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
600if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
601    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
602    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
603    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
604    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
605    for ip=2:siz_line(1)
606        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
607        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
608        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
609        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
610    end
611end
612
613%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
614[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
615if ~isempty(errormsg)
616    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
617    return
618end
619
620% loop on variable cells with the same space dimension
621ProjData.ListVarName={};
622ProjData.VarDimName={};
623for icell=1:length(CellVarIndex)
624    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
625    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
626    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
627        continue
628    end
629    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
630    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
631    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
632    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
633                                             %=0 for vector components, treated separately
634    testproj(VarType.scalar)=1;
635    testproj(VarType.image)=1;
636    testproj(VarType.color)=1;
637    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
638    if testU
639         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
640    end
641    %identify vector components   
642    if testU
643        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
644        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
645        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
646        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
647    end 
648    %identify error flag
649    if testfalse
650        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
651        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
652    end   
653    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
654    if testX
655        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
656            if width==0
657                errormsg='range of the projection object is missing';
658                return     
659            else
660                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
661            end
662        end
663        if ~isequal(ProjMode,'projection')
664            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
665                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
666            else
667                errormsg='DX missing';
668                return
669            end
670        end
671        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
672        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
673        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
674        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
675    end   
676    %initiate projection
677    for ivar=1:length(VarIndex)
678        ProjLine{ivar}=[];
679    end
680    XLine=[];
681    linelengthtot=0;
682
683%         circul=0;
684%         flux=0;
685  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
686   %case of unstructured coordinates
687    if testX   
688        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
689            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
690            %select the vector indices in the range of action
691            if testfalse
692                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
693            else
694                flagsel=ones(size(coord_x));
695            end
696            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
697                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
698                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
699                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
700                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
701            end
702            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
703            X_sel=coord_x(indsel);
704            Y_sel=coord_y(indsel);
705            nbvar=0;
706            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
707                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
708                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
709            end   
710            if testU
711                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
712                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
713            end
714            if isequal(ProjMode,'projection')
715                sintheta=sin(theta(ip));
716                costheta=cos(theta(ip));
717                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
718                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
719                for ivar=1:numel(ProjVar)
720                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
721                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
722                     end
723                end
724            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
725                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
726                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
727                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
728                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
729                for ivar=1:numel(ProjVar)
730                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
731                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
732                     end
733                end
734            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
735                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
736                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
737                siz=size(X_sel);
738                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
739                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
740                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
741                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
742                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
743                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
744                for ivar=1:numel(ProjVar)
745                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
746                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
747                     end
748                end             
749            end
750            %prolongate the total record
751            for ivar=1:numel(ProjVar)
752                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
753                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
754                  end
755            end
756            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
757            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
758            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
759            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
760        end
761        ProjData.X=XLine';
762        cur_index=1;
763        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
764        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
765        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
766        for iselect=1:numel(VarIndex)
767            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
768            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
769            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
770            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
771            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
772            if strcmp(ProjMode,'projection')
773                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
774            else
775                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
776            end
777        end
778   
779    %case of structured coordinates
780    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
781        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
782            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
783        else
784            test_Amat=1;%image or 2D matrix
785            test_interp2=0;%default
786%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
787            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
788            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
789            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
790            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
791            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
792            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
793            npxy=size(A);
794            npx=npxy(2);
795            npy=npxy(1);
796            if numel(AX)==2
797                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
798            else
799                DX_vec=diff(AX);
800                DX=max(DX_vec);
801                DX_min=min(DX_vec);
802                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
803                    test_interp2=1;
804                    DX=DX_min;
805                end   
806            end
807            if numel(AY)==2
808                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
809            else
810                DY_vec=diff(AY);
811                DY=max(DY_vec);
812                DY_min=min(DY_vec);
813                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
814                   test_interp2=1;
815                    DY=DY_min;
816                end     
817            end             
818            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
819            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
820            if isfield(ObjectData,'DX')
821                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
822            else
823                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
824            end
825            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
826            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
827            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
828            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
829            if isfield(FieldData,'RangeX')
830                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
831            else
832                XMin=0;
833            end
834            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
835            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
836            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
837            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
838            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
839            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
840            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
841            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
842            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
843            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
844            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
845            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
846            ind_in=find(flagin);
847            ind_out=find(~flagin);
848            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
849            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
850            nbcolor=1; %color images
851            if numel(npxy)==2
852                nbcolor=1;
853            elseif length(npxy)==3
854                nbcolor=npxy(3);
855            else
856                errormsg='multicomponent field not projected';
857                display(errormsg)
858                return
859            end
860            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
861            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
862            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
863            for ivar=VarIndex
864                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
865                if test_interp2% interpolate on new grid
866                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
867                end
868                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
869                if nbcolor==1
870                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
871                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
872                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
873                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
874                elseif nbcolor==3
875                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
876                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
877                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
878                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
879                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
880                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
881                end 
882                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
883                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
884                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
885            end
886            if testU
887                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
888                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
889                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
890                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
891            end
892            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
893            if nbcolor==3
894                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
895            end
896        end     
897    end
898end
899
900% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
901% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
902% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
903% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
904% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
905% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
906% %     else
907% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
908% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
909% %     end
910%
911% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
912
913
914%-----------------------------------------------------------------
915%project on a plane
916% AJOUTER flux,circul,error
917 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
918%-----------------------------------------------------------------
919
920%initialisation of the input parameters of the projection plane
921%-----------------------------------------------------------------
922ProjMode='projection';%direct projection by default
923if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
924
925%axis origin
926if isempty(ObjectData.Coord)
927    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
928    ObjectData.Coord(1,2)=0;
929    ObjectData.Coord(1,3)=0;
930end
931
932%rotation angles
933Phi=0;%default
934Theta=0;
935Psi=0;
936if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
937    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
938end
939if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
940    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
941end
942if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
943    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
944end
945
946%components of the unity vector normal to the projection plane
947NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
948NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
949NormVec_Z=cos(Theta);
950
951% test for 3D fields
952test3D=0;
953if isfield(FieldData,'nb_dim')
954    test3D=isequal(FieldData.nb_dim,3);
955end
956test3C=test3D; %default 3 vel components
957
958%mesh sizes DX and DY
959DX=0;
960DY=0; %default
961if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
962     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
963end
964if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
965     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
966end
967if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
968        errormsg='DX or DY missing';
969        display(errormsg)
970        return
971end
972
973%extrema along each axis
974testXMin=0;
975testXMax=0;
976testYMin=0;
977testYMax=0;
978if isfield(ObjectData,'RangeX')
979        XMin=min(ObjectData.RangeX);
980        XMax=max(ObjectData.RangeX);
981        testXMin=XMax>XMin;
982        testXMax=1;
983end
984if isfield(ObjectData,'RangeY')
985        YMin=min(ObjectData.RangeY);
986        YMax=max(ObjectData.RangeY);
987        testYMin=YMax>YMin;
988        testYMax=1;
989end
990width=0;%default width of the projection band
991if isfield(ObjectData,'RangeZ')
992        width=max(ObjectData.RangeZ);
993end
994
995% initiate Matlab  structure for physical field
996[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
997ProjData.NbDim=2;
998ProjData.ListVarName={};
999ProjData.VarDimName={};
1000
1001error=0;%default
1002flux=0;
1003testfalse=0;
1004ListIndex={};
1005
1006%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1007%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1008%-----------------------------------------------------------------
1009idimvar=0;
1010[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1011if ~isempty(errormsg)
1012    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1013    return
1014end
1015
1016% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1017% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1018ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1019icoord=0;
1020nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1021for icell=1:length(CellVarIndex)
1022    if NbDim(icell)<2
1023        continue
1024    end
1025    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1026    VarType=VarTypeCell{icell};
1027    ivar_X=VarType.coord_x;
1028    ivar_Y=VarType.coord_y;
1029    ivar_Z=VarType.coord_z;
1030    ivar_U=VarType.vector_x;
1031    ivar_V=VarType.vector_y;
1032    ivar_W=VarType.vector_z;
1033    ivar_C=VarType.scalar ;
1034    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1035    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1036    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1037    ivar_F=VarType.warnflag;
1038    ivar_FF=VarType.errorflag;
1039    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1040    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1041    if ischar(DimCell)
1042        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1043    end
1044
1045%% case of input fields with unstructured coordinates
1046    if testX
1047        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1048        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1049        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1050        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1051        if length(ivar_Z)==1
1052            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1053            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1054        end
1055
1056        % translate  initial coordinates
1057        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1058        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1059        if ~isempty(ivar_Z)
1060            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1061        end
1062       
1063        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1064        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1065            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1066            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1067            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1068            for ivar=VarIndex
1069                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1070                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1071                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1072            end
1073            coord_x=coord_x(indcut);
1074            coord_y=coord_y(indcut);
1075            coord_z=coord_z(indcut);
1076        end
1077
1078       %rotate coordinates if needed
1079        if isequal(Phi,0)
1080            coord_X=coord_x;
1081            coord_Y=coord_y;
1082            if ~isequal(Theta,0)
1083                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1084            end
1085        else
1086            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1087            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1088        end
1089        if ~isempty(ivar_Z)
1090            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1091        end
1092        if ~isequal(Psi,0)
1093                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1094                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1095        end
1096       
1097        %restriction to the range of x and y if imposed
1098        testin=ones(size(coord_X)); %default
1099        testbound=0;
1100        if testXMin
1101            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1102            testbound=1;
1103        end
1104        if testXMax
1105            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1106            testbound=1;
1107        end
1108        if testYMin
1109            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1110            testbound=1;
1111        end
1112        if testYMin
1113            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1114            testbound=1;
1115        end
1116        if testbound
1117            indcut=find(testin);
1118            for ivar=VarIndex
1119                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1120                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1121            end
1122            coord_X=coord_X(indcut);
1123            coord_Y=coord_Y(indcut);
1124            if length(ivar_Z)==1
1125                coord_Z=coord_Z(indcut);
1126            end
1127        end
1128        % different cases of projection
1129        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1130            %the list of dimension
1131            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1132            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1133             %length(coord_X)];
1134            nbvar=0;
1135            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1136                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1137                if ivar==ivar_X %x coordinate
1138                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1139                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1140                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1141                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1142                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1143                end
1144                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1145                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1146                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1147                    nbvar=nbvar+1;
1148                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1149                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1150                    end
1151                end
1152            end 
1153        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1154            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1155            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1156            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1157            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1158            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1159            nbcoord=2; 
1160            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1161            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1162            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1163            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1164            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1165            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1166            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1167            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1168            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1169            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1170            if ~isequal(ivar_FF,0)
1171                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1172                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1173                coord_X=coord_X(indsel);
1174                coord_Y=coord_Y(indsel);
1175            end
1176            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1177            testFF=0;
1178            for ivar=VarIndex
1179                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1180                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1181                    ivar_new=ivar_new+1;
1182                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1183                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1184                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1185                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1186                    end
1187                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1188                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1189                    end
1190                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1191                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1192                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1193                    indnan=find(FFlag);
1194                    if~isempty(indnan)
1195                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1196                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1197                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1198                        testFF=1;
1199                    end
1200                    if ivar==ivar_U
1201                        ivar_U=ivar_new;
1202                    end
1203                    if ivar==ivar_V
1204                        ivar_V=ivar_new;
1205                    end
1206                    if ivar==ivar_W
1207                        ivar_W=ivar_new;
1208                    end
1209                end
1210            end
1211            if testFF
1212                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1213                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1214               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1215                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1216            end
1217        end
1218       
1219%% case of input fields defined on a structured  grid
1220    else 
1221        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1222        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1223        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1224        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1225        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1226        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1227        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1228        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1229        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1230        nbcolor=1; %default
1231        for idim=1:length(ListDimName)
1232            DimName=ListDimName{idim};
1233            if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1234               nbcolor=DimValue(idim);
1235               DimValue(idim)=[];
1236            end
1237            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1238                DimValue(idim)=[];
1239            end
1240        end 
1241        ind_1=find(DimValue==1);
1242        Coord_z=[];
1243        Coord_y=[];
1244        Coord_x=[];   
1245        nb_dim=numel(size(DimValue));
1246        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1247            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1248            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1249            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1250                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1251                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1252                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1253                else
1254                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1255                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1256                    DCoord_max=max(DCoord);
1257                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1258                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1259                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1260                                return
1261                    end               
1262                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1263                end
1264                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1265            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1266                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1267                DCoord_min(idim)=1;%default
1268                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1269                test_direct(idim)=1;
1270            end
1271        end
1272        if DY==0
1273            DY=abs(DCoord_min(nb_dim-1));
1274        end
1275        npY=1+round(abs(Coord{nb_dim-1}(end)-Coord{nb_dim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1276        if DX==0
1277            DX=abs(DCoord_min(nb_dim));
1278        end
1279        npX=1+round(abs(Coord{nb_dim}(end)-Coord{nb_dim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1280        for idim=[1:nb_dim]
1281            if test_interp(idim)
1282                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1283            end
1284        end       
1285        Coord_y=linspace(Coord{nb_dim-1}(1),Coord{nb_dim-1}(end),npY);
1286        test_direct_y=test_direct(nb_dim-1);
1287        Coord_x=linspace(Coord{nb_dim}(1),Coord{nb_dim}(end),npX);
1288        test_direct_x=test_direct(nb_dim);
1289        DAX=DCoord_min(nb_dim);
1290        DAY=DCoord_min(nb_dim-1);
1291        if nb_dim==3
1292            DZ=abs(DCoord_min(1));
1293            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1294            test_direct_z=test_direct(1);
1295        end 
1296        minAX=min(Coord_x);
1297        maxAX=max(Coord_x);
1298        minAY=min(Coord_y);
1299        maxAY=max(Coord_y);
1300        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1301        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1302        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1303        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1304        if ~testXMax
1305            XMax=max(xcor_new);
1306        end
1307        if ~testXMin
1308            XMin=min(xcor_new);
1309        end
1310        if ~testYMax
1311            YMax=max(ycor_new);
1312        end
1313        if ~testYMin
1314            YMin=min(ycor_new);
1315        end
1316        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(2)-1);
1317        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(1)-1);
1318        if DX==0
1319            DX=DXinit;
1320        end
1321        if DY==0
1322            DY=DYinit;
1323        end
1324        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1325        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1326        if test_direct_y
1327            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1328        else
1329            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1330        end
1331        if test_direct_x
1332            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1333        else
1334            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1335        end
1336       
1337        % case with no rotation and interpolation
1338        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1339            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax
1340                ProjData=FieldData;
1341            else
1342                if test_direct(1)
1343                    min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1344                    max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1345                    Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1346                    Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1347                else
1348                    min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1349                    max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1350                    Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1351                    Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1352                end             
1353                if test_direct(2)==1
1354                    min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1355                    max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1356                    Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1357                    Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1358                else
1359                    min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1360                    max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1361                    Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1362                    Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1363                end
1364                min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1365                min_ind2=max(min_ind2,1);
1366                max_ind1=min(max_ind1,DimValue(1));
1367                max_ind2=min(max_ind2,DimValue(2));
1368                for ivar=VarIndex
1369                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1370                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1371                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1372                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1373                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1374                    end
1375                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2,:) ;']);
1376                end 
1377                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1378                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1379            end
1380        else       % case with rotation and/or interpolation
1381            if isempty(Coord_z) %2D case
1382                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1383                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1384                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1385                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1386                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1387                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1388                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1389                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1390                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1391                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1392                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1393                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1394                    test_filter=1;
1395                else
1396                    test_filter=0;
1397                end
1398                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1399                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1400                for ivar=VarIndex
1401                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1402                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
1403                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1404                    end
1405                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1406                    if test_filter 
1407                         Aclass=class(FieldData.A);
1408                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1409                         if ~isequal(Aclass,'double')
1410                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1411                         end
1412                    end
1413                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
1414                    ind_in=find(flagin);
1415                    ind_out=find(~flagin);
1416                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1417                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1418                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1419                    for icolor=1:nbcolor
1420                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1421                    end
1422                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1423                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1424                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1425                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1426                    end     
1427                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1428                end
1429                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1430                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1431                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1432                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1433            else %3D case
1434                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1435                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1436                    iz_sup=find(test_sup);
1437                    iz=iz_sup(1);
1438                    if iz>=1 & iz<=npz
1439                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1440                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1441                        for ivar=VarIndex
1442                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1443                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1444                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
1445                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1446                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1447                            if test_interp(2) | test_interp(3)
1448                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1449                            end
1450                        end
1451                    end
1452                else
1453                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1454                    %TODO: use interp3
1455                    return
1456                end
1457            end
1458        end
1459    end
1460   
1461    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1462    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
1463        if isempty(ivar_V)
1464            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1465            return
1466        end
1467        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1468        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1469        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1470        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1471        if ~isempty(ivar_W)
1472            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1473            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1474            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1475        end
1476        if ~isequal(Psi,0)
1477            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1478            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1479        end
1480    end
1481end
1482
1483%-----------------------------------------------------------------
1484%project in a volume
1485% A FAIRE ....(copie de proj_plane)
1486 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1487%-----------------------------------------------------------------
1488
1489%initialisation of the input parameters of the projection plane
1490%-----------------------------------------------------------------
1491ProjMode='projection';%direct projection by default
1492if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1493
1494%axis origin
1495if isempty(ObjectData.Coord)
1496    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the volume set to [0 0] by default
1497    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1498    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1499end
1500
1501%rotation angles
1502Phi=0;%default
1503Theta=0;
1504Psi=0;
1505if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
1506    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
1507end
1508if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
1509    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
1510end
1511if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
1512    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
1513end
1514
1515%components of the unity vector normal to the projection plane
1516NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
1517NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
1518NormVec_Z=cos(Theta);
1519
1520% test for 3D fields
1521test3D=0;
1522if isfield(FieldData,'nb_dim')
1523    test3D=isequal(FieldData.nb_dim,3);
1524end
1525test3C=test3D; %default 3 vel components
1526
1527%mesh sizes DX and DY
1528DX=0;
1529DY=0; %default
1530if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1531     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1532end
1533if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1534     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1535end
1536if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
1537        errormsg='DX or DY missing';
1538        display(errormsg)
1539        return
1540end
1541if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1542     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1543end
1544
1545%extrema along each axis
1546testXMin=0;
1547testXMax=0;
1548testYMin=0;
1549testYMax=0;
1550if isfield(ObjectData,'RangeX')
1551        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1552        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1553        testXMin=XMax>XMin;
1554        testXMax=1;
1555end
1556if isfield(ObjectData,'RangeY')
1557        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1558        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1559        testYMin=YMax>YMin;
1560        testYMax=1;
1561end
1562width=0;%default width of the projection band
1563if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1564      ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1565        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1566        testZMin=YMax>YMin;
1567        testZMax=1;
1568%         width=max(ObjectData.RangeZ);
1569end
1570
1571% initiate Matlab  structure for physical field
1572[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1573ProjData.NbDim=3;
1574%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
1575%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
1576ProjData.ListVarName={};
1577ProjData.VarDimName={};
1578
1579error=0;%default
1580flux=0;
1581testfalse=0;
1582ListIndex={};
1583
1584%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1585%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1586%-----------------------------------------------------------------
1587idimvar=0;
1588[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1589if ~isempty(errormsg)
1590    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1591    return
1592end
1593%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1594% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1595ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1596icoord=0;
1597nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1598for icell=1:length(CellVarIndex)
1599    if NbDim(icell)<2
1600        continue
1601    end
1602    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1603    VarType=VarTypeCell{icell};
1604    ivar_X=VarType.coord_x;
1605    ivar_Y=VarType.coord_y;
1606    ivar_Z=VarType.coord_z;
1607    ivar_U=VarType.vector_x;
1608    ivar_V=VarType.vector_y;
1609    ivar_W=VarType.vector_z;
1610    ivar_C=VarType.scalar ;
1611    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1612    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1613    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1614    ivar_F=VarType.warnflag;
1615    ivar_FF=VarType.errorflag;
1616    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1617    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1618    if ischar(DimCell)
1619        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1620    end
1621   
1622%case of input fields with unstructured coordinates
1623    if testX
1624        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1625        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1626        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1627        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1628        if length(ivar_Z)==1
1629            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1630            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1631        end
1632
1633        % translate  initial coordinates
1634        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1635        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1636        if ~isempty(ivar_Z)
1637            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1638        end
1639       
1640        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1641        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1642            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1643            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1644            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1645            for ivar=VarIndex
1646                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1647                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1648%                 end     
1649                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1650            end
1651            coord_x=coord_x(indcut);
1652            coord_y=coord_y(indcut);
1653            coord_z=coord_z(indcut);
1654        end
1655
1656       %rotate coordinates if needed
1657        if isequal(Phi,0)
1658            coord_X=coord_x;
1659            coord_Y=coord_y;
1660            if ~isequal(Theta,0)
1661                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1662            end
1663        else
1664            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1665            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1666        end
1667        if ~isempty(ivar_Z)
1668            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1669        end
1670        if ~isequal(Psi,0)
1671                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1672                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1673        end
1674        coord_Z=coord_z; %TO UPDATE
1675        %restriction to the range of x and y if imposed
1676        testin=ones(size(coord_X)); %default
1677        testbound=0;
1678        if testXMin
1679            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1680            testbound=1;
1681        end
1682        if testXMax
1683            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1684            testbound=1;
1685        end
1686        if testYMin
1687            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1688            testbound=1;
1689        end
1690        if testYMin
1691            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1692            testbound=1;
1693        end
1694        if testbound
1695            indcut=find(testin);
1696            for ivar=VarIndex
1697                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1698                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1699            end
1700            coord_X=coord_X(indcut);
1701            coord_Y=coord_Y(indcut);
1702            if length(ivar_Z)==1
1703                coord_Z=coord_Z(indcut);
1704            end
1705        end
1706        % different cases of projection
1707        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1708            %the list of dimension
1709            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1710            %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1711            nbvar=0;
1712            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1713                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1714                if ivar==ivar_X %x coordinate
1715                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1716                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1717                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1718                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1719                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1720                end
1721                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1722                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1723                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1724                    nbvar=nbvar+1;
1725                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1726                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1727                    end
1728                end
1729            end 
1730        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1731            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1732            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1733            coord_z_proj=[ZMin:DZ:ZMax];
1734            [XI,YI,ZI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj,coord_z_proj);
1735            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1736            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1737            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1738            nbcoord=3; 
1739            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1740            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1741            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1742            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1743            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1744            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1745            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1746            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1747            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1748            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1749            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1750            if ~isequal(ivar_FF,0)
1751                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1752                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1753                coord_X=coord_X(indsel);
1754                coord_Y=coord_Y(indsel);
1755            end
1756            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1757            testFF=0;
1758            size(XI)
1759            size(YI)
1760            size(ZI)
1761            for ivar=VarIndex
1762                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1763                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1764                    ivar_new=ivar_new+1;
1765                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1766                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1767                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1768                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1769                    end
1770                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1771                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1772                    end
1773                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata3(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '),XI,YI,ZI);'])
1774%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1775%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1776%                     indnan=find(FFlag);
1777%                     if~isempty(indnan)
1778%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1779%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1780%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1781%                         testFF=1;
1782%                     end
1783%                     if ivar==ivar_U
1784%                         ivar_U=ivar_new;
1785%                     end
1786%                     if ivar==ivar_V
1787%                         ivar_V=ivar_new;
1788%                     end
1789%                     if ivar==ivar_W
1790%                         ivar_W=ivar_new;
1791%                     end
1792                end
1793            end
1794            if testFF
1795                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1796                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1797               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1798                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1799            end
1800        end
1801%case of fields defined on a structured  grid
1802    else 
1803        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1804        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1805        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1806        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1807        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1808        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1809        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1810        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1811        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1812        nbcolor=1; %default
1813        for idim=1:length(ListDimName)
1814            DimName=ListDimName{idim};
1815            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1816               nbcolor=DimValue(idim);
1817               DimIndices(idim)=[];
1818               DimValue(idim)=[];
1819            end
1820            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1821                DimIndices(idim)=[];
1822                DimValue(idim)=[];
1823            end
1824        end 
1825        ind_1=find(DimValue==1);
1826        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1827%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1828        nb_dim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1829        Coord_z=[];
1830        Coord_y=[];
1831        Coord_x=[];   
1832   
1833        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1834            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1835            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1836            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1837                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1838                DCoord=diff(Coord{idim});
1839                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1840                DCoord_max=max(DCoord);
1841                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1842                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1843                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1844                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1845                                return
1846                end               
1847                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1848            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1849                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1850                DCoord_min(idim)=1;%default
1851                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1852                test_direct(idim)=1;
1853            end
1854        end
1855        if nb_dim==2
1856            if DY==0
1857                DY=abs(DCoord_min(1));
1858            end
1859            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1860            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1861            if DX==0
1862                DX=abs(DCoord_min(2));
1863            end
1864            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1865            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1866            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1867            test_direct_y=test_direct(1);
1868            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1869            test_direct_x=test_direct(2);
1870            DAX=DCoord_min(2);
1871            DAY=DCoord_min(1);
1872        elseif nb_dim==3
1873            DZ=abs(DCoord_min(1));
1874            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1875            if DY==0
1876                DY=abs(DCoord_min(2));
1877            end
1878            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1879            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1880            if DX==0
1881                DX=abs(DCoord_min(3));
1882            end
1883            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1884            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1885            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1886            test_direct_z=test_direct(1);
1887            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1888            test_direct_y=test_direct(2);
1889            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1890            test_direct_x=test_direct(3);
1891        end 
1892        minAX=min(Coord_x);
1893        maxAX=max(Coord_x);
1894        minAY=min(Coord_y);
1895        maxAY=max(Coord_y);
1896        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1897        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1898        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1899        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1900        if ~testXMax
1901            XMax=max(xcor_new);
1902        end
1903        if ~testXMin
1904            XMin=min(xcor_new);
1905        end
1906        if ~testYMax
1907            YMax=max(ycor_new);
1908        end
1909        if ~testYMin
1910            YMin=min(ycor_new);
1911        end
1912        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(2)-1);
1913        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(1)-1);
1914        if DX==0
1915            DX=DXinit;
1916        end
1917        if DY==0
1918            DY=DYinit;
1919        end
1920        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1921        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1922        if test_direct_y
1923            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1924        else
1925            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1926        end
1927        if test_direct_x
1928            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1929        else
1930            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1931        end
1932       
1933        % case with no rotation and interpolation
1934        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1935            if test_direct(1)
1936                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1937                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1938                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1939                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1940            else
1941                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1942                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1943                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1944                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1945            end             
1946            if test_direct(2)==1
1947                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1948                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1949                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1950                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1951            else
1952                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1953                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1954                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1955                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1956            end
1957            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1958            min_ind2=max(min_ind2,1);
1959            max_ind1=min(max_ind1,DimValue(1));
1960            max_ind2=min(max_ind2,DimValue(2));
1961            for ivar=VarIndex
1962                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1963                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1964                %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1965                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1966                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1967                end
1968                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1969            end         
1970        else
1971        % case with rotation and/or interpolation
1972            if isempty(Coord_z) %2D case
1973                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1974                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1975                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1976                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1977                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1978                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1979                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1980                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1981                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1982                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1983                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1984                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1985                    test_filter=1;
1986                else
1987                    test_filter=0;
1988                end
1989                for ivar=VarIndex
1990                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
1991                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
1992                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1993                    end
1994                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1995                    if test_filter 
1996                         Aclass=class(FieldData.A);
1997                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1998                         if ~isequal(Aclass,'double')
1999                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2000                         end
2001                    end
2002                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2003                    ind_in=find(flagin);
2004                    ind_out=find(~flagin);
2005                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2006                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2007                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
2008                    for icolor=1:nbcolor
2009                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2010                    end
2011                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
2012                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2013                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2014                    end     
2015                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2016                end
2017                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2018                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2019                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2020            else %3D case
2021                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
2022                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2023                    iz_sup=find(test_sup);
2024                    iz=iz_sup(1);
2025                    if iz>=1 & iz<=npz
2026                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2027                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2028                        for ivar=VarIndex
2029                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2030                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2031                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2032                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2033                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2034                            if test_interp(2) | test_interp(3)
2035                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2036                            end
2037                        end
2038                    end
2039                else
2040                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2041                    %TODO: use interp3
2042                    return
2043                end
2044            end
2045        end
2046    end
2047    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
2048    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
2049        if isempty(ivar_V)
2050            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2051            return
2052        end
2053        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2054        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2055        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2056        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2057        if ~isempty(ivar_W)
2058            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2059            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2060            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2061        end
2062        if ~isequal(Psi,0)
2063            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2064            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2065        end
2066    end
2067end
2068
2069%-----------------------------------------------------------------
2070%transmit the global attributes
2071function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2072%-----------------------------------------------------------------
2073% ProjData=FieldData;
2074ProjData=[];%default
2075errormsg=[];%default
2076if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2077    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2078else
2079    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2080end
2081if isfield(FieldData,'Txt')
2082    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2083    return;
2084end
2085for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2086    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2087    if isfield(FieldData,AttrName)
2088        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2089    end
2090end
2091if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2092    if isfield(ObjectData,'CoordUnit')&~isequal(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2093        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2094        return
2095    else
2096         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2097    end
2098end
2099
2100ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2101for ilist=1:length(ListObject)
2102    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2103        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2104        if ~isempty(val)
2105            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2106            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2107        end
2108    end   
2109end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.