source: trunk/src/proj_field.m @ 177

Last change on this file since 177 was 174, checked in by sommeria, 13 years ago

civ.m : clarification of .cmx : creation of .civ1.cmx and .civ2.cmx
uvmat: reading and projecting volume images (not yet successfull)

File size: 96.2 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'nb_dim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'nb_dim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg=[];%default
84if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
85    ProjData=[];
86    return
87end
88%introduce default field properties (reading old standards)
89if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    ProjData=FieldData;
91    return
92end
93if ~isfield(ObjectData,'Coord')
94    if strcmp(ObjectData.Style,'plane')
95        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
96    else
97        ProjData=FieldData;
98        return
99    end
100end
101       
102% OBSOLETE
103if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
104    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
105end
106if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
107    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
108end
109if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
110    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
111end
112if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
113    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
114end
115if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
116    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
117end
118if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
119    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
120end
121%%%%%%%%%%
122switch ObjectData.Style
123    case 'points'
124    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
125    case {'line','polyline'}
126     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
127    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
128        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
129            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
130        else
131            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
132        end
133     %A FAIRE : GERER MASK
134    case 'plane'
135%         if isfield(FieldData,'NbDim') & isequal(FieldData.NbDim,3)
136%             ProjData= proj_plane3D(FieldData,ObjectData);%
137%         else
138            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
139%         end
140    case 'volume'
141        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
142end
143
144
145%-----------------------------------------------------------------
146%project on a set of points
147function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
148%-------------------------------------------------------------------
149
150siz=size(ObjectData.Coord);
151width=0;
152if isfield(ObjectData,'Range')
153    width=ObjectData.Range(1,2);
154end
155if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
156    width=max(ObjectData.RangeX);
157end
158if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
159    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
160end
161if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
162    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
163end
164if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
165    if width==0
166        errormsg='projection range around points needed';
167        return
168    end
169elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
170    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
171        return
172end
173[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
174ProjData.NbDim=0;
175%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
176%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
177
178
179% idimvar=0;
180[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
181if ~isempty(errormsg)
182    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
183    return
184end
185%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
186% CellVarIndex=cells of variable index arrays
187% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
188% icoord=0;
189for icell=1:length(CellVarIndex)
190    if NbDim(icell)==1
191        continue
192    end
193    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
194    VarType=VarTypeCell{icell};
195    ivar_X=VarType.coord_x;
196    ivar_Y=VarType.coord_y;
197    ivar_Z=VarType.coord_z;
198%     ivar_U=VarType.vector_x;
199%     ivar_V=VarType.vector_y;
200%     ivar_W=VarType.vector_z;
201%     ivar_C=VarType.scalar ;
202    ivar_Anc=VarType.ancillary;
203%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
204    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
205    ivar_F=VarType.warnflag;
206    ivar_FF=VarType.errorflag;
207    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
208    if isempty(ivar_X)
209        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
210     
211    else
212        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
213                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
214                    return
215        end
216        if length(ivar_Y)~=1
217                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
218                return
219        end
220        test_grid=0;
221    end
222    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
223    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
224    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
225    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
226    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
227    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
228    for ivar=VarIndex       
229        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
230        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
231        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
232        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
233    end
234    if ~test_grid
235        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
236        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
237        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
238        if length(ivar_Z)==1
239            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
240            test3D=1;
241        end
242        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
243                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
244                    return
245        end     
246        for ipoint=1:siz(1)
247           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
248           distX=coord_x-Xpoint(1);
249           distY=coord_y-Xpoint(2);         
250           dist=distX.*distX+distY.*distY;
251           indsel=find(dist<width*width);
252           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
253           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
254           if isequal(length(ivar_FF),1)
255               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
256               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
257               ind_indsel=find(~FF);
258               indsel=indsel(ind_indsel);
259           end
260           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
261            for ivar=VarIndex
262               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
263               if isempty(indsel)
264                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
265               else
266                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
267                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
268                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
269                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
270                    end
271               end
272            end
273        end
274    else
275        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
276        %case of structured coordinates
277        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
278            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
279            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
280            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
281            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
282            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
283            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
284            npxy=size(A);
285
286% %             nbcolor=1; %default
287%             for idim=1:length(ListDimName)
288%                 DimName=ListDimName{idim};
289%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
290%                    nbcolor=npxy(idim);
291%                    DimIndices(idim)=[];
292%                    npxy(idim)=[];
293%                 end
294%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
295%                     DimIndices(idim)=[];
296%                     npxy(idim)=[];
297%                 end
298%             end 
299            ind_1=find(npxy==1);
300            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
301%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
302            %nb_dim=length(DimIndices)%number of space dimensions
303            nb_dim=numel(VarType.coord);
304            Coord_z=[];
305            Coord_y=[];
306            Coord_x=[];   
307            for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
308                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
309                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
310                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
311                ivar=VarType.coord(idim);
312%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
313                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
314                    if numel(Coord{idim})==2
315                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
316                    else
317                        DCoord=diff(Coord{idim});
318                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
319                        DCoord_max=max(DCoord);
320                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
321                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
322                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
323                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
324                                    return
325                        end               
326                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
327                        test_coord(idim)=1;
328                    end
329%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
330%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
331%                     DCoord_min(idim)=1;%default
332%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
333%                     test_direct(idim)=1;
334%                 end
335            end
336            DX=DCoord_min(2);
337            DY=DCoord_min(1);
338            for ipoint=1:siz(1)
339                xwidth=width/(abs(DX));
340                ywidth=width/(abs(DY));
341                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
342                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
343                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
344                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
345                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
346                j_min=max(1,j_min);
347                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
348                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
349                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
350                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
351                i_int=[i_min:i_plus];
352                j_int=[j_min:j_plus];
353                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
354                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
355                   for ivar=VarIndex   
356                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
357                   end
358                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
359                else
360                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
361                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
362                    for ivar=VarIndex   
363                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
364                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
365                    end
366                end
367            end
368        end
369   end
370end
371
372%-----------------------------------------------------------------
373%project in a patch
374function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
375%-------------------------------------------------------------------
376[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
377
378objectfield=fieldnames(ObjectData);
379widthx=0;
380widthy=0;
381if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
382    widthx=max(ObjectData.RangeX);
383end
384if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
385    widthy=max(ObjectData.RangeY);
386end
387
388%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
389ProjData.NbDim=1;
390%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
391%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
392ProjData.ListVarName={};
393%ProjData.VarDimIndex={};
394ProjData.VarDimName={};
395if isfield (FieldData,'ListVarAttribute')
396    ProjData.ListVarAttribute=FieldData.ListVarAttribute;%list of variable attribute names
397    for iattr=1:length(ProjData.ListVarAttribute)%initialization of variable attribute values
398        AttrName=ProjData.ListVarAttribute{iattr};
399        eval(['ProjData.' AttrName '={};'])
400    end;
401end
402
403%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
404testfalse=0;
405ListIndex={};
406% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
407idimvar=0;
408[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
409if ~isempty(errormsg)
410    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
411    return
412end
413
414%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
415dimcounter=0;
416for icell=1:length(CellVarIndex)
417    testX=0;
418    testY=0;
419    test_Amat=0;
420    testfalse=0;
421    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
422    VarType=VarTypeCell{icell};
423  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
424    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
425        continue
426    end
427    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
428    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
429    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
430    testproj(VarType.scalar)=1;
431    testproj(VarType.vector_x)=1;
432    testproj(VarType.vector_y)=1;
433    testproj(VarType.vector_z)=1;
434    testproj(VarType.image)=1;
435    testproj(VarType.color)=1;
436    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
437    if testX %case of unstructured coordinates
438         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
439         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
440               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
441            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
442         end
443         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
444         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
445         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
446         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
447    end
448    if testfalse
449        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
450        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
451    end
452    % image or 2D matrix
453    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
454        test_Amat=1;%image or 2D matrix
455        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
456        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
457        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
458        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
459        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
460        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
461        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
462%                     errormsg='multicomponent field not projected';
463
464        for idim=1:length(DimValue)       
465            Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
466            DCoord_min(idim)=1;%default
467            Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
468            test_direct(idim)=1;
469        end
470        AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
471        AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
472        if length(DimValue)==3
473            testcolor=1;
474            npxy(3)=3;
475        else
476            testcolor=0;
477            npxy(3)=1;
478        end
479        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
480        npxy(1)=length(AY);
481        npxy(2)=length(AX);
482        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
483        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
484        for ivar=1:length(VarIndex)
485            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
486            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
487        end
488    end
489%select the indices in the range of action
490    testin=[];%default
491    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
492%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
493%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
494%                 return
495%            end
496       if testX
497            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
498            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
499            testin=distX<widthx & distY<widthy;
500       elseif test_Amat
501           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
502           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
503           testin=distX<widthx & distY<widthy;
504       end
505    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
506        if testX
507            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
508        elseif test_Amat
509           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
510       else%calculate the scalar
511           testin=[]; %A REVOIR
512       end
513    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
514       X2Max=widthx*widthx;
515       Y2Max=(widthy)*(widthy);
516       if testX
517            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
518            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
519            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
520       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
521           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
522           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
523           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
524       end
525    end
526    %selected indices
527    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
528            testin=~testin;
529    end
530    if testfalse
531        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
532    end
533    indsel=find(testin);
534    for ivar=VarIndex
535        if testproj(ivar)
536            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
537            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
538            eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % keep only non false vectors
539            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
540            if test_Amat && testcolor
541                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
542            else
543               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
544            end
545        end
546    end
547%     if test_Amat & testcolor
548%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
549%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
550%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
551%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
552%        ProjData.VarDimName
553%     end
554end
555
556
557
558%-----------------------------------------------------------------
559%project on a line
560% AJOUTER flux,circul,error
561function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
562%-----------------------------------------------------------------
563[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
564if ~isempty(errormsg)
565    return
566end
567ProjData.NbDim=1;
568%initialisation of the input parameters and defaultoutput
569ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
570if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
571ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
572if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
573width=0;%default width of the projection band
574if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
575    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
576end
577if isfield(ObjectData,'RangeY')
578    width=max(ObjectData.RangeY);
579end
580
581% default output
582errormsg=[];%default
583Xline=[];
584flux=0;
585circul=0;
586liny=ObjectData.Coord(:,2);
587siz_line=size(ObjectData.Coord);
588if siz_line(1)<2
589    return% line needs at least 2 points to be defined
590end
591testfalse=0;
592ListIndex={};
593
594%angles of the polyline and boundaries of action
595dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
596dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
597theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
598theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
599% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
600if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
601    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
602    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
603    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
604    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
605    for ip=2:siz_line(1)
606        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
607        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
608        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
609        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
610    end
611end
612
613%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
614[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
615if ~isempty(errormsg)
616    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
617    return
618end
619
620% loop on variable cells with the same space dimension
621ProjData.ListVarName={};
622ProjData.VarDimName={};
623for icell=1:length(CellVarIndex)
624    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
625    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
626    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
627        continue
628    end
629    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
630    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
631    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
632    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
633                                             %=0 for vector components, treated separately
634    testproj(VarType.scalar)=1;
635    testproj(VarType.image)=1;
636    testproj(VarType.color)=1;
637    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
638    if testU
639         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
640    end
641    %identify vector components   
642    if testU
643        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
644        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
645        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
646        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
647    end 
648    %identify error flag
649    if testfalse
650        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
651        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
652    end   
653    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
654    if testX
655        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
656            if width==0
657                errormsg='range of the projection object is missing';
658                return     
659            else
660                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
661            end
662        end
663        if ~isequal(ProjMode,'projection')
664            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
665                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
666            else
667                errormsg='DX missing';
668                return
669            end
670        end
671        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
672        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
673        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
674        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
675    end   
676    %initiate projection
677    for ivar=1:length(VarIndex)
678        ProjLine{ivar}=[];
679    end
680    XLine=[];
681    linelengthtot=0;
682
683%         circul=0;
684%         flux=0;
685  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
686   %case of unstructured coordinates
687    if testX   
688        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
689            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
690            %select the vector indices in the range of action
691            if testfalse
692                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
693            else
694                flagsel=ones(size(coord_x));
695            end
696            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
697                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
698                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
699                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
700                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
701            end
702            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
703            X_sel=coord_x(indsel);
704            Y_sel=coord_y(indsel);
705            nbvar=0;
706            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
707                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
708                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
709            end   
710            if testU
711                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
712                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
713            end
714            if isequal(ProjMode,'projection')
715                sintheta=sin(theta(ip));
716                costheta=cos(theta(ip));
717                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
718                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
719                for ivar=1:numel(ProjVar)
720                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
721                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
722                     end
723                end
724            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
725                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
726                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
727                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
728                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
729                for ivar=1:numel(ProjVar)
730                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
731                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
732                     end
733                end
734            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
735                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
736                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
737                siz=size(X_sel);
738                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
739                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
740                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
741                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
742                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
743                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
744                for ivar=1:numel(ProjVar)
745                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
746                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
747                     end
748                end             
749            end
750            %prolongate the total record
751            for ivar=1:numel(ProjVar)
752                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
753                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
754                  end
755            end
756            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
757            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
758            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
759            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
760        end
761        ProjData.X=XLine';
762        cur_index=1;
763        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
764        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
765        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
766        for iselect=1:numel(VarIndex)
767            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
768            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
769            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
770            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
771            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
772            if strcmp(ProjMode,'projection')
773                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
774            else
775                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
776            end
777        end
778   
779    %case of structured coordinates
780    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
781        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
782            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
783        else
784            test_Amat=1;%image or 2D matrix
785            test_interp2=0;%default
786%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
787            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
788            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
789            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
790            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
791            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
792            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
793            npxy=size(A);
794            npx=npxy(2);
795            npy=npxy(1);
796            if numel(AX)==2
797                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
798            else
799                DX_vec=diff(AX);
800                DX=max(DX_vec);
801                DX_min=min(DX_vec);
802                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
803                    test_interp2=1;
804                    DX=DX_min;
805                end   
806            end
807            if numel(AY)==2
808                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
809            else
810                DY_vec=diff(AY);
811                DY=max(DY_vec);
812                DY_min=min(DY_vec);
813                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
814                   test_interp2=1;
815                    DY=DY_min;
816                end     
817            end             
818            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
819            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
820            if isfield(ObjectData,'DX')
821                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
822            else
823                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
824            end
825            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
826            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
827            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
828            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
829            if isfield(FieldData,'RangeX')
830                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
831            else
832                XMin=0;
833            end
834            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
835            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
836            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
837            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
838            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
839            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
840            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
841            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
842            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
843            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
844            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
845            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
846            ind_in=find(flagin);
847            ind_out=find(~flagin);
848            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
849            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
850            nbcolor=1; %color images
851            if numel(npxy)==2
852                nbcolor=1;
853            elseif length(npxy)==3
854                nbcolor=npxy(3);
855            else
856                errormsg='multicomponent field not projected';
857                display(errormsg)
858                return
859            end
860            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
861            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
862            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
863            for ivar=VarIndex
864                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
865                if test_interp2% interpolate on new grid
866                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
867                end
868                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
869                if nbcolor==1
870                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
871                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
872                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
873                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
874                elseif nbcolor==3
875                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
876                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
877                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
878                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
879                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
880                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
881                end 
882                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
883                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
884                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
885            end
886            if testU
887                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
888                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
889                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
890                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
891            end
892            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
893            if nbcolor==3
894                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
895            end
896        end     
897    end
898end
899
900% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
901% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
902% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
903% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
904% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
905% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
906% %     else
907% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
908% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
909% %     end
910%
911% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
912
913
914%-----------------------------------------------------------------
915%project on a plane
916% AJOUTER flux,circul,error
917 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
918%-----------------------------------------------------------------
919
920%% initialisation of the input parameters of the projection plane
921ProjMode='projection';%direct projection by default
922if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
923
924%axis origin
925if isempty(ObjectData.Coord)
926    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
927    ObjectData.Coord(1,2)=0;
928    ObjectData.Coord(1,3)=0;
929end
930
931%rotation angles
932Phi=0;%default
933Theta=0;
934Psi=0;
935if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
936    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
937end
938if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
939    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
940end
941if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
942    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
943end
944
945%components of the unity vector normal to the projection plane
946NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
947NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
948NormVec_Z=cos(Theta);
949
950%mesh sizes DX and DY
951DX=0;
952DY=0; %default
953if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
954     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
955end
956if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
957     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
958end
959if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
960        errormsg='DX or DY missing';
961        display(errormsg)
962        return
963end
964
965%extrema along each axis
966testXMin=0;
967testXMax=0;
968testYMin=0;
969testYMax=0;
970if isfield(ObjectData,'RangeX')
971        XMin=min(ObjectData.RangeX);
972        XMax=max(ObjectData.RangeX);
973        testXMin=XMax>XMin;
974        testXMax=1;
975end
976if isfield(ObjectData,'RangeY')
977        YMin=min(ObjectData.RangeY);
978        YMax=max(ObjectData.RangeY);
979        testYMin=YMax>YMin;
980        testYMax=1;
981end
982width=0;%default width of the projection band
983if isfield(ObjectData,'RangeZ')
984        width=max(ObjectData.RangeZ);
985end
986
987% initiate Matlab  structure for physical field
988[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
989ProjData.NbDim=2;
990ProjData.ListVarName={};
991ProjData.VarDimName={};
992if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
993    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
994elseif isfield(FieldData,'Mesh')
995    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
996end
997
998error=0;%default
999flux=0;
1000testfalse=0;
1001ListIndex={};
1002
1003%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1004%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1005%-----------------------------------------------------------------
1006idimvar=0;
1007[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1008if ~isempty(errormsg)
1009    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1010    return
1011end
1012
1013% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1014% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1015ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1016icoord=0;
1017nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1018for icell=1:length(CellVarIndex)
1019    if NbDim(icell)<2
1020        continue
1021    end
1022    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1023    VarType=VarTypeCell{icell};
1024    ivar_X=VarType.coord_x;
1025    ivar_Y=VarType.coord_y;
1026    ivar_Z=VarType.coord_z;
1027    ivar_U=VarType.vector_x;
1028    ivar_V=VarType.vector_y;
1029    ivar_W=VarType.vector_z;
1030    ivar_C=VarType.scalar ;
1031    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1032    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1033    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1034    ivar_F=VarType.warnflag;
1035    ivar_FF=VarType.errorflag;
1036    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1037    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1038    if ischar(DimCell)
1039        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1040    end
1041
1042%% case of input fields with unstructured coordinates
1043    if testX
1044        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1045        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1046        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1047        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1048        if length(ivar_Z)==1
1049            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1050            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1051        end
1052
1053        % translate  initial coordinates
1054        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1055        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1056        if ~isempty(ivar_Z)
1057            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1058        end
1059       
1060        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1061        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1062            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1063            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1064            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1065            for ivar=VarIndex
1066                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1067                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1068                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1069            end
1070            coord_x=coord_x(indcut);
1071            coord_y=coord_y(indcut);
1072            coord_z=coord_z(indcut);
1073        end
1074
1075       %rotate coordinates if needed
1076        if isequal(Phi,0)
1077            coord_X=coord_x;
1078            coord_Y=coord_y;
1079            if ~isequal(Theta,0)
1080                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1081            end
1082        else
1083            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1084            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1085        end
1086        if ~isempty(ivar_Z)
1087            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1088        end
1089        if ~isequal(Psi,0)
1090                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1091                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1092        end
1093       
1094        %restriction to the range of x and y if imposed
1095        testin=ones(size(coord_X)); %default
1096        testbound=0;
1097        if testXMin
1098            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1099            testbound=1;
1100        end
1101        if testXMax
1102            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1103            testbound=1;
1104        end
1105        if testYMin
1106            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1107            testbound=1;
1108        end
1109        if testYMin
1110            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1111            testbound=1;
1112        end
1113        if testbound
1114            indcut=find(testin);
1115            for ivar=VarIndex
1116                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1117                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1118            end
1119            coord_X=coord_X(indcut);
1120            coord_Y=coord_Y(indcut);
1121            if length(ivar_Z)==1
1122                coord_Z=coord_Z(indcut);
1123            end
1124        end
1125        % different cases of projection
1126        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1127            %the list of dimension
1128            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1129            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1130             %length(coord_X)];
1131            nbvar=0;
1132            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1133                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1134                if ivar==ivar_X %x coordinate
1135                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1136                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1137                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1138                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1139                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1140                end
1141                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1142                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1143                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1144                    nbvar=nbvar+1;
1145                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1146                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1147                    end
1148                end
1149            end 
1150        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1151            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1152            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1153            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1154            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1155            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1156            nbcoord=2; 
1157            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1158            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1159            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1160            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1161            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1162            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1163            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1164            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1165            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1166            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1167            if ~isequal(ivar_FF,0)
1168                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1169                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1170                coord_X=coord_X(indsel);
1171                coord_Y=coord_Y(indsel);
1172            end
1173            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1174            testFF=0;
1175            for ivar=VarIndex
1176                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1177                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1178                    ivar_new=ivar_new+1;
1179                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1180                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1181                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1182                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1183                    end
1184                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1185                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1186                    end
1187                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1188                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1189                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1190                    indnan=find(FFlag);
1191                    if~isempty(indnan)
1192                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1193                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1194                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1195                        testFF=1;
1196                    end
1197                    if ivar==ivar_U
1198                        ivar_U=ivar_new;
1199                    end
1200                    if ivar==ivar_V
1201                        ivar_V=ivar_new;
1202                    end
1203                    if ivar==ivar_W
1204                        ivar_W=ivar_new;
1205                    end
1206                end
1207            end
1208            if testFF
1209                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1210                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1211               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1212                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1213            end
1214        end
1215       
1216%% case of input fields defined on a structured  grid
1217    else 
1218        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1219        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1220        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1221        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1222        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1223        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1224        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1225        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1226        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1227        nbcolor=1; %default
1228        for idim=1:length(ListDimName)
1229            DimName=ListDimName{idim};
1230            if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1231               nbcolor=DimValue(idim);
1232               DimValue(idim)=[];
1233            end
1234            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1235                DimValue(idim)=[];
1236            end
1237        end 
1238        ind_1=find(DimValue==1);
1239        Coord_z=[];
1240        Coord_y=[];
1241        Coord_x=[];   
1242        nb_dim=numel(DimValue);
1243        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1244            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1245            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1246            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1247                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1248                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1249                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1250                else
1251                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1252                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1253                    DCoord_max=max(DCoord);
1254                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1255                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1256                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1257                                return
1258                    end               
1259                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1260                end
1261                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1262            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1263                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1264                DCoord_min(idim)=1;%default
1265                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1266                test_direct(idim)=1;
1267            end
1268        end
1269        if DY==0
1270            DY=abs(DCoord_min(nb_dim-1));
1271        end
1272        npY=1+round(abs(Coord{nb_dim-1}(end)-Coord{nb_dim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1273        if DX==0
1274            DX=abs(DCoord_min(nb_dim));
1275        end
1276        npX=1+round(abs(Coord{nb_dim}(end)-Coord{nb_dim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1277        for idim=[1:nb_dim]
1278            if test_interp(idim)
1279                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1280            end
1281        end       
1282        Coord_y=linspace(Coord{nb_dim-1}(1),Coord{nb_dim-1}(end),npY);
1283        test_direct_y=test_direct(nb_dim-1);
1284        Coord_x=linspace(Coord{nb_dim}(1),Coord{nb_dim}(end),npX);
1285        test_direct_x=test_direct(nb_dim);
1286        DAX=DCoord_min(nb_dim);
1287        DAY=DCoord_min(nb_dim-1);
1288        if nb_dim==3
1289            DZ=abs(DCoord_min(1));
1290            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1291            test_direct_z=test_direct(1);
1292        end 
1293        minAX=min(Coord_x);
1294        maxAX=max(Coord_x);
1295        minAY=min(Coord_y);
1296        maxAY=max(Coord_y);
1297        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1298        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1299        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1300        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1301        if ~testXMax
1302            XMax=max(xcor_new);
1303        end
1304        if ~testXMin
1305            XMin=min(xcor_new);
1306        end
1307        if ~testYMax
1308            YMax=max(ycor_new);
1309        end
1310        if ~testYMin
1311            YMin=min(ycor_new);
1312        end
1313        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(2)-1);
1314        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(1)-1);
1315        if DX==0
1316            DX=DXinit;
1317        end
1318        if DY==0
1319            DY=DYinit;
1320        end
1321        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1322        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1323        if test_direct_y
1324            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1325        else
1326            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1327        end
1328        if test_direct_x
1329            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1330        else
1331            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1332        end
1333       
1334        % case with no rotation and interpolation
1335        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1336            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && nb_dim==2
1337                ProjData=FieldData;
1338            else
1339                if test_direct(1)
1340                    min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1341                    max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1342                    Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1343                    Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1344                else
1345                    min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1346                    max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1347                    Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1348                    Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1349                end             
1350                if test_direct(2)==1
1351                    min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1352                    max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1353                    Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1354                    Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1355                else
1356                    min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1357                    max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1358                    Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1359                    Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1360                end
1361                if nb_dim==3 %TODO: to update
1362                    min_ind3=ceil((Coord{1}(1)-ZMax)/DZinit)+1;
1363                    max_ind2=floor((Coord{1}(2)-XMin)/DZinit)+1;
1364                    Zbound(2)=Coord{1}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1365                    Zbound(1)=Coord{1}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1366                end
1367                min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1368                min_ind2=max(min_ind2,1);
1369                max_ind1=min(max_ind1,DimValue(1));
1370                max_ind2=min(max_ind2,DimValue(2));
1371                for ivar=VarIndex
1372                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1373                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1374                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1375                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1376                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1377                    end
1378                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2,:) ;']);
1379                end 
1380                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1381                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1382            end
1383        else       % case with rotation and/or interpolation
1384            if isempty(Coord_z) %2D case
1385                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1386                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1387                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1388                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1389                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1390                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1391                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1392                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1393                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1394                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1395                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1396                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1397                    test_filter=1;
1398                else
1399                    test_filter=0;
1400                end
1401                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1402                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1403                for ivar=VarIndex
1404                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1405                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
1406                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1407                    end
1408                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1409                    if test_filter 
1410                         Aclass=class(FieldData.A);
1411                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1412                         if ~isequal(Aclass,'double')
1413                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1414                         end
1415                    end
1416                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
1417                    ind_in=find(flagin);
1418                    ind_out=find(~flagin);
1419                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1420                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1421                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1422                    for icolor=1:nbcolor
1423                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1424                    end
1425                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1426                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1427                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1428                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1429                    end     
1430                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1431                end
1432                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1433                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1434                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1435                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1436            else %3D case
1437                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1438                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1439                    iz_sup=find(test_sup);
1440                    iz=iz_sup(1);
1441                    if iz>=1 & iz<=npz
1442                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1443                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1444                        for ivar=VarIndex
1445                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1446                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1447                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
1448                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1449                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1450                            if test_interp(2) | test_interp(3)
1451                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1452                            end
1453                        end
1454                    end
1455                else
1456                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1457                    %TODO: use interp3
1458                    return
1459                end
1460            end
1461        end
1462    end
1463   
1464    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1465    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
1466        if isempty(ivar_V)
1467            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1468            return
1469        end
1470        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1471        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1472        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1473        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1474        if ~isempty(ivar_W)
1475            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1476            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1477            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1478        end
1479        if ~isequal(Psi,0)
1480            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1481            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1482        end
1483    end
1484end
1485
1486%-----------------------------------------------------------------
1487%project in a volume
1488% A FAIRE ....(copie de proj_plane)
1489 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1490%-----------------------------------------------------------------
1491
1492%initialisation of the input parameters of the projection plane
1493%-----------------------------------------------------------------
1494ProjMode='projection';%direct projection by default
1495if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1496
1497%axis origin
1498if isempty(ObjectData.Coord)
1499    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the volume set to [0 0] by default
1500    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1501    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1502end
1503
1504%rotation angles
1505Phi=0;%default
1506Theta=0;
1507Psi=0;
1508if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
1509    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
1510end
1511if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
1512    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
1513end
1514if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
1515    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
1516end
1517
1518%components of the unity vector normal to the projection plane
1519NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
1520NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
1521NormVec_Z=cos(Theta);
1522
1523% test for 3D fields
1524test3D=0;
1525if isfield(FieldData,'nb_dim')
1526    test3D=isequal(FieldData.nb_dim,3);
1527end
1528test3C=test3D; %default 3 vel components
1529
1530%mesh sizes DX and DY
1531DX=0;
1532DY=0; %default
1533if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1534     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1535end
1536if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1537     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1538end
1539if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
1540        errormsg='DX or DY missing';
1541        display(errormsg)
1542        return
1543end
1544if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1545     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1546end
1547
1548%extrema along each axis
1549testXMin=0;
1550testXMax=0;
1551testYMin=0;
1552testYMax=0;
1553if isfield(ObjectData,'RangeX')
1554        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1555        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1556        testXMin=XMax>XMin;
1557        testXMax=1;
1558end
1559if isfield(ObjectData,'RangeY')
1560        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1561        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1562        testYMin=YMax>YMin;
1563        testYMax=1;
1564end
1565width=0;%default width of the projection band
1566if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1567      ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1568        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1569        testZMin=YMax>YMin;
1570        testZMax=1;
1571%         width=max(ObjectData.RangeZ);
1572end
1573
1574% initiate Matlab  structure for physical field
1575[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1576ProjData.NbDim=3;
1577%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
1578%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
1579ProjData.ListVarName={};
1580ProjData.VarDimName={};
1581
1582error=0;%default
1583flux=0;
1584testfalse=0;
1585ListIndex={};
1586
1587%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1588%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1589%-----------------------------------------------------------------
1590idimvar=0;
1591[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1592if ~isempty(errormsg)
1593    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1594    return
1595end
1596%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1597% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1598ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1599icoord=0;
1600nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1601for icell=1:length(CellVarIndex)
1602    if NbDim(icell)<2
1603        continue
1604    end
1605    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1606    VarType=VarTypeCell{icell};
1607    ivar_X=VarType.coord_x;
1608    ivar_Y=VarType.coord_y;
1609    ivar_Z=VarType.coord_z;
1610    ivar_U=VarType.vector_x;
1611    ivar_V=VarType.vector_y;
1612    ivar_W=VarType.vector_z;
1613    ivar_C=VarType.scalar ;
1614    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1615    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1616    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1617    ivar_F=VarType.warnflag;
1618    ivar_FF=VarType.errorflag;
1619    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1620    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1621    if ischar(DimCell)
1622        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1623    end
1624   
1625%case of input fields with unstructured coordinates
1626    if testX
1627        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1628        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1629        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1630        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1631        if length(ivar_Z)==1
1632            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1633            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1634        end
1635
1636        % translate  initial coordinates
1637        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1638        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1639        if ~isempty(ivar_Z)
1640            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1641        end
1642       
1643        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1644        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1645            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1646            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1647            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1648            for ivar=VarIndex
1649                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1650                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1651%                 end     
1652                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1653            end
1654            coord_x=coord_x(indcut);
1655            coord_y=coord_y(indcut);
1656            coord_z=coord_z(indcut);
1657        end
1658
1659       %rotate coordinates if needed
1660        if isequal(Phi,0)
1661            coord_X=coord_x;
1662            coord_Y=coord_y;
1663            if ~isequal(Theta,0)
1664                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1665            end
1666        else
1667            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1668            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1669        end
1670        if ~isempty(ivar_Z)
1671            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1672        end
1673        if ~isequal(Psi,0)
1674                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1675                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1676        end
1677        coord_Z=coord_z; %TO UPDATE
1678        %restriction to the range of x and y if imposed
1679        testin=ones(size(coord_X)); %default
1680        testbound=0;
1681        if testXMin
1682            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1683            testbound=1;
1684        end
1685        if testXMax
1686            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1687            testbound=1;
1688        end
1689        if testYMin
1690            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1691            testbound=1;
1692        end
1693        if testYMin
1694            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1695            testbound=1;
1696        end
1697        if testbound
1698            indcut=find(testin);
1699            for ivar=VarIndex
1700                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1701                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1702            end
1703            coord_X=coord_X(indcut);
1704            coord_Y=coord_Y(indcut);
1705            if length(ivar_Z)==1
1706                coord_Z=coord_Z(indcut);
1707            end
1708        end
1709        % different cases of projection
1710        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1711            %the list of dimension
1712            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1713            %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1714            nbvar=0;
1715            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1716                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1717                if ivar==ivar_X %x coordinate
1718                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1719                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1720                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1721                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1722                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1723                end
1724                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1725                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1726                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1727                    nbvar=nbvar+1;
1728                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1729                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1730                    end
1731                end
1732            end 
1733        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1734            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1735            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1736            coord_z_proj=[ZMin:DZ:ZMax];
1737            [XI,YI,ZI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj,coord_z_proj);
1738            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1739            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1740            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1741            nbcoord=3; 
1742            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1743            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1744            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1745            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1746            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1747            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1748            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1749            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1750            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1751            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1752            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1753            if ~isequal(ivar_FF,0)
1754                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1755                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1756                coord_X=coord_X(indsel);
1757                coord_Y=coord_Y(indsel);
1758            end
1759            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1760            testFF=0;
1761            size(XI)
1762            size(YI)
1763            size(ZI)
1764            for ivar=VarIndex
1765                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1766                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1767                    ivar_new=ivar_new+1;
1768                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1769                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1770                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1771                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1772                    end
1773                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1774                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1775                    end
1776                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata3(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '),XI,YI,ZI);'])
1777%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1778%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1779%                     indnan=find(FFlag);
1780%                     if~isempty(indnan)
1781%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1782%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1783%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1784%                         testFF=1;
1785%                     end
1786%                     if ivar==ivar_U
1787%                         ivar_U=ivar_new;
1788%                     end
1789%                     if ivar==ivar_V
1790%                         ivar_V=ivar_new;
1791%                     end
1792%                     if ivar==ivar_W
1793%                         ivar_W=ivar_new;
1794%                     end
1795                end
1796            end
1797            if testFF
1798                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1799                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1800               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1801                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1802            end
1803        end
1804%case of fields defined on a structured  grid
1805    else 
1806        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1807        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1808        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1809        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1810        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1811        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1812        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1813        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1814        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1815        nbcolor=1; %default
1816        for idim=1:length(ListDimName)
1817            DimName=ListDimName{idim};
1818            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1819               nbcolor=DimValue(idim);
1820               DimIndices(idim)=[];
1821               DimValue(idim)=[];
1822            end
1823            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1824                DimIndices(idim)=[];
1825                DimValue(idim)=[];
1826            end
1827        end 
1828        ind_1=find(DimValue==1);
1829        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1830%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1831        nb_dim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1832        Coord_z=[];
1833        Coord_y=[];
1834        Coord_x=[];   
1835   
1836        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1837            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1838            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1839            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1840                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1841                DCoord=diff(Coord{idim});
1842                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1843                DCoord_max=max(DCoord);
1844                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1845                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1846                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1847                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1848                                return
1849                end               
1850                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1851            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1852                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1853                DCoord_min(idim)=1;%default
1854                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1855                test_direct(idim)=1;
1856            end
1857        end
1858        if nb_dim==2
1859            if DY==0
1860                DY=abs(DCoord_min(1));
1861            end
1862            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1863            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1864            if DX==0
1865                DX=abs(DCoord_min(2));
1866            end
1867            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1868            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1869            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1870            test_direct_y=test_direct(1);
1871            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1872            test_direct_x=test_direct(2);
1873            DAX=DCoord_min(2);
1874            DAY=DCoord_min(1);
1875        elseif nb_dim==3
1876            DZ=abs(DCoord_min(1));
1877            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1878            if DY==0
1879                DY=abs(DCoord_min(2));
1880            end
1881            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1882            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1883            if DX==0
1884                DX=abs(DCoord_min(3));
1885            end
1886            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1887            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1888            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1889            test_direct_z=test_direct(1);
1890            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1891            test_direct_y=test_direct(2);
1892            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1893            test_direct_x=test_direct(3);
1894        end 
1895        minAX=min(Coord_x);
1896        maxAX=max(Coord_x);
1897        minAY=min(Coord_y);
1898        maxAY=max(Coord_y);
1899        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1900        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1901        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1902        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1903        if ~testXMax
1904            XMax=max(xcor_new);
1905        end
1906        if ~testXMin
1907            XMin=min(xcor_new);
1908        end
1909        if ~testYMax
1910            YMax=max(ycor_new);
1911        end
1912        if ~testYMin
1913            YMin=min(ycor_new);
1914        end
1915        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(2)-1);
1916        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(1)-1);
1917        if DX==0
1918            DX=DXinit;
1919        end
1920        if DY==0
1921            DY=DYinit;
1922        end
1923        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1924        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1925        if test_direct_y
1926            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1927        else
1928            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1929        end
1930        if test_direct_x
1931            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1932        else
1933            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1934        end
1935       
1936        % case with no rotation and interpolation
1937        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1938            if test_direct(1)
1939                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1940                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1941                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1942                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1943            else
1944                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1945                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1946                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1947                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1948            end             
1949            if test_direct(2)==1
1950                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1951                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1952                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1953                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1954            else
1955                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1956                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1957                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1958                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1959            end
1960            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1961            min_ind2=max(min_ind2,1);
1962            max_ind1=min(max_ind1,DimValue(1));
1963            max_ind2=min(max_ind2,DimValue(2));
1964            for ivar=VarIndex
1965                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1966                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1967                %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1968                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1969                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1970                end
1971                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1972            end         
1973        else
1974        % case with rotation and/or interpolation
1975            if isempty(Coord_z) %2D case
1976                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1977                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1978                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1979                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1980                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1981                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1982                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1983                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1984                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1985                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1986                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1987                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1988                    test_filter=1;
1989                else
1990                    test_filter=0;
1991                end
1992                for ivar=VarIndex
1993                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
1994                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
1995                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1996                    end
1997                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1998                    if test_filter 
1999                         Aclass=class(FieldData.A);
2000                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2001                         if ~isequal(Aclass,'double')
2002                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2003                         end
2004                    end
2005                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2006                    ind_in=find(flagin);
2007                    ind_out=find(~flagin);
2008                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2009                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2010                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
2011                    for icolor=1:nbcolor
2012                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2013                    end
2014                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
2015                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2016                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2017                    end     
2018                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2019                end
2020                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2021                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2022                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2023            else %3D case
2024                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
2025                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2026                    iz_sup=find(test_sup);
2027                    iz=iz_sup(1);
2028                    if iz>=1 & iz<=npz
2029                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2030                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2031                        for ivar=VarIndex
2032                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2033                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2034                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2035                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2036                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2037                            if test_interp(2) | test_interp(3)
2038                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2039                            end
2040                        end
2041                    end
2042                else
2043                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2044                    %TODO: use interp3
2045                    return
2046                end
2047            end
2048        end
2049    end
2050    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
2051    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
2052        if isempty(ivar_V)
2053            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2054            return
2055        end
2056        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2057        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2058        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2059        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2060        if ~isempty(ivar_W)
2061            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2062            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2063            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2064        end
2065        if ~isequal(Psi,0)
2066            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2067            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2068        end
2069    end
2070end
2071
2072%-----------------------------------------------------------------
2073%transmit the global attributes
2074function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2075%-----------------------------------------------------------------
2076% ProjData=FieldData;
2077ProjData=[];%default
2078errormsg=[];%default
2079if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2080    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2081else
2082    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2083end
2084if isfield(FieldData,'Txt')
2085    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2086    return;
2087end
2088for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2089    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2090    if isfield(FieldData,AttrName)
2091        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2092    end
2093end
2094if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2095    if isfield(ObjectData,'CoordUnit')&~isequal(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2096        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2097        return
2098    else
2099         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2100    end
2101end
2102
2103ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2104for ilist=1:length(ListObject)
2105    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2106        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2107        if ~isempty(val)
2108            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2109            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2110        end
2111    end   
2112end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.