source: trunk/src/proj_field.m @ 183

Last change on this file since 183 was 180, checked in by sommeria, 14 years ago

rationalisation of uvmat, introduction of the new function read_field, links with get_field, several bug repairs

File size: 97.3 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg=[];%default
84if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
85    ProjData=[];
86    return
87end
88%introduce default field properties (reading old standards)
89if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    ProjData=FieldData;
91    return
92end
93if ~isfield(ObjectData,'Coord')
94    if strcmp(ObjectData.Style,'plane')
95        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
96    else
97        ProjData=FieldData;
98        return
99    end
100end
101       
102%% OBSOLETE
103if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
104    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
105end
106if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
107    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
108end
109if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
110    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
111end
112if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
113    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
114end
115if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
116    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
117end
118if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
119    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
120end
121%%%%%%%%%%
122
123%% apply projection depending on the object style
124switch ObjectData.Style
125    case 'points'
126    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
127    case {'line','polyline'}
128     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
129    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
130        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
131            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
132        else
133            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
134        end
135    case 'plane'
136            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
137    case 'volume'
138        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
139end
140
141
142%-----------------------------------------------------------------
143%project on a set of points
144function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
145%-------------------------------------------------------------------
146
147siz=size(ObjectData.Coord);
148width=0;
149if isfield(ObjectData,'Range')
150    width=ObjectData.Range(1,2);
151end
152if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
153    width=max(ObjectData.RangeX);
154end
155if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
156    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
157end
158if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
159    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
160end
161if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
162    if width==0
163        errormsg='projection range around points needed';
164        return
165    end
166elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
167    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
168        return
169end
170[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
171ProjData.NbDim=0;
172%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
173%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
174
175
176% idimvar=0;
177[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
178if ~isempty(errormsg)
179    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
180    return
181end
182%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
183% CellVarIndex=cells of variable index arrays
184% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
185% icoord=0;
186for icell=1:length(CellVarIndex)
187    if NbDim(icell)==1
188        continue
189    end
190    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
191    VarType=VarTypeCell{icell};
192    ivar_X=VarType.coord_x;
193    ivar_Y=VarType.coord_y;
194    ivar_Z=VarType.coord_z;
195%     ivar_U=VarType.vector_x;
196%     ivar_V=VarType.vector_y;
197%     ivar_W=VarType.vector_z;
198%     ivar_C=VarType.scalar ;
199    ivar_Anc=VarType.ancillary;
200%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
201    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
202    ivar_F=VarType.warnflag;
203    ivar_FF=VarType.errorflag;
204    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
205    if isempty(ivar_X)
206        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
207     
208    else
209        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
210                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
211                    return
212        end
213        if length(ivar_Y)~=1
214                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
215                return
216        end
217        test_grid=0;
218    end
219    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
220    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
221    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
222    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
223    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
224    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
225    for ivar=VarIndex       
226        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
227        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
228        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
229        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
230    end
231    if ~test_grid
232        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
233        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
234        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
235        if length(ivar_Z)==1
236            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
237            test3D=1;
238        end
239        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
240                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
241                    return
242        end     
243        for ipoint=1:siz(1)
244           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
245           distX=coord_x-Xpoint(1);
246           distY=coord_y-Xpoint(2);         
247           dist=distX.*distX+distY.*distY;
248           indsel=find(dist<width*width);
249           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
250           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
251           if isequal(length(ivar_FF),1)
252               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
253               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
254               ind_indsel=find(~FF);
255               indsel=indsel(ind_indsel);
256           end
257           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
258            for ivar=VarIndex
259               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
260               if isempty(indsel)
261                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
262               else
263                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
264                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
265                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
266                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
267                    end
268               end
269            end
270        end
271    else
272        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
273        %case of structured coordinates
274        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
275            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
276            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
277            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
278            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
279            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
280            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
281            npxy=size(A);
282
283% %             nbcolor=1; %default
284%             for idim=1:length(ListDimName)
285%                 DimName=ListDimName{idim};
286%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
287%                    nbcolor=npxy(idim);
288%                    DimIndices(idim)=[];
289%                    npxy(idim)=[];
290%                 end
291%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
292%                     DimIndices(idim)=[];
293%                     npxy(idim)=[];
294%                 end
295%             end 
296            ind_1=find(npxy==1);
297            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
298%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
299            %NbDim=length(DimIndices)%number of space dimensions
300            NbDim=numel(VarType.coord);
301            Coord_z=[];
302            Coord_y=[];
303            Coord_x=[];   
304            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
305                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
306                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
307                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
308                ivar=VarType.coord(idim);
309%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
310                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
311                    if numel(Coord{idim})==2
312                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
313                    else
314                        DCoord=diff(Coord{idim});
315                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
316                        DCoord_max=max(DCoord);
317                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
318                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
319                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
320                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
321                                    return
322                        end               
323                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
324                        test_coord(idim)=1;
325                    end
326%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
327%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
328%                     DCoord_min(idim)=1;%default
329%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
330%                     test_direct(idim)=1;
331%                 end
332            end
333            DX=DCoord_min(2);
334            DY=DCoord_min(1);
335            for ipoint=1:siz(1)
336                xwidth=width/(abs(DX));
337                ywidth=width/(abs(DY));
338                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
339                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
340                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
341                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
342                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
343                j_min=max(1,j_min);
344                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
345                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
346                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
347                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
348                i_int=[i_min:i_plus];
349                j_int=[j_min:j_plus];
350                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
351                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
352                   for ivar=VarIndex   
353                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
354                   end
355                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
356                else
357                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
358                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
359                    for ivar=VarIndex   
360                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
361                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
362                    end
363                end
364            end
365        end
366   end
367end
368
369%-----------------------------------------------------------------
370%project in a patch
371function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
372%-------------------------------------------------------------------
373[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
374
375objectfield=fieldnames(ObjectData);
376widthx=0;
377widthy=0;
378if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
379    widthx=max(ObjectData.RangeX);
380end
381if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
382    widthy=max(ObjectData.RangeY);
383end
384
385%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
386ProjData.NbDim=1;
387%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
388%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
389ProjData.ListVarName={};
390%ProjData.VarDimIndex={};
391ProjData.VarDimName={};
392if isfield (FieldData,'ListVarAttribute')
393    ProjData.ListVarAttribute=FieldData.ListVarAttribute;%list of variable attribute names
394    for iattr=1:length(ProjData.ListVarAttribute)%initialization of variable attribute values
395        AttrName=ProjData.ListVarAttribute{iattr};
396        eval(['ProjData.' AttrName '={};'])
397    end;
398end
399
400%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
401testfalse=0;
402ListIndex={};
403% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
404idimvar=0;
405[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
406if ~isempty(errormsg)
407    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
408    return
409end
410
411%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
412dimcounter=0;
413for icell=1:length(CellVarIndex)
414    testX=0;
415    testY=0;
416    test_Amat=0;
417    testfalse=0;
418    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
419    VarType=VarTypeCell{icell};
420  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
421    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
422        continue
423    end
424    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
425    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
426    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
427    testproj(VarType.scalar)=1;
428    testproj(VarType.vector_x)=1;
429    testproj(VarType.vector_y)=1;
430    testproj(VarType.vector_z)=1;
431    testproj(VarType.image)=1;
432    testproj(VarType.color)=1;
433    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
434    if testX %case of unstructured coordinates
435         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
436         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
437               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
438            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
439         end
440         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
441         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
442         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
443         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
444    end
445    if testfalse
446        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
447        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
448    end
449    % image or 2D matrix
450    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
451        test_Amat=1;%image or 2D matrix
452        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
453        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
454        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
455        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
456        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
457        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
458        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
459%                     errormsg='multicomponent field not projected';
460
461        for idim=1:length(DimValue)       
462            Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
463            DCoord_min(idim)=1;%default
464            Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
465            test_direct(idim)=1;
466        end
467        AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
468        AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
469        if length(DimValue)==3
470            testcolor=1;
471            npxy(3)=3;
472        else
473            testcolor=0;
474            npxy(3)=1;
475        end
476        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
477        npxy(1)=length(AY);
478        npxy(2)=length(AX);
479        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
480        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
481        for ivar=1:length(VarIndex)
482            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
483            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
484        end
485    end
486%select the indices in the range of action
487    testin=[];%default
488    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
489%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
490%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
491%                 return
492%            end
493       if testX
494            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
495            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
496            testin=distX<widthx & distY<widthy;
497       elseif test_Amat
498           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
499           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
500           testin=distX<widthx & distY<widthy;
501       end
502    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
503        if testX
504            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
505        elseif test_Amat
506           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
507       else%calculate the scalar
508           testin=[]; %A REVOIR
509       end
510    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
511       X2Max=widthx*widthx;
512       Y2Max=(widthy)*(widthy);
513       if testX
514            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
515            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
516            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
517       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
518           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
519           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
520           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
521       end
522    end
523    %selected indices
524    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
525            testin=~testin;
526    end
527    if testfalse
528        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
529    end
530    indsel=find(testin);
531    for ivar=VarIndex
532        if testproj(ivar)
533            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
534            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
535            eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % keep only non false vectors
536            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
537            if test_Amat && testcolor
538                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
539            else
540               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
541            end
542        end
543    end
544%     if test_Amat & testcolor
545%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
546%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
547%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
548%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
549%        ProjData.VarDimName
550%     end
551end
552
553
554
555%-----------------------------------------------------------------
556%project on a line
557% AJOUTER flux,circul,error
558function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
559%-----------------------------------------------------------------
560[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
561if ~isempty(errormsg)
562    return
563end
564ProjData.NbDim=1;
565%initialisation of the input parameters and defaultoutput
566ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
567if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
568ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
569if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
570width=0;%default width of the projection band
571if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
572    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
573end
574if isfield(ObjectData,'RangeY')
575    width=max(ObjectData.RangeY);
576end
577
578% default output
579errormsg=[];%default
580Xline=[];
581flux=0;
582circul=0;
583liny=ObjectData.Coord(:,2);
584siz_line=size(ObjectData.Coord);
585if siz_line(1)<2
586    return% line needs at least 2 points to be defined
587end
588testfalse=0;
589ListIndex={};
590
591%angles of the polyline and boundaries of action
592dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
593dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
594theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
595theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
596% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
597if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
598    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
599    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
600    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
601    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
602    for ip=2:siz_line(1)
603        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
604        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
605        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
606        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
607    end
608end
609
610%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
611[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
612if ~isempty(errormsg)
613    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
614    return
615end
616
617% loop on variable cells with the same space dimension
618ProjData.ListVarName={};
619ProjData.VarDimName={};
620for icell=1:length(CellVarIndex)
621    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
622    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
623    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
624        continue
625    end
626    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
627    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
628    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
629    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
630                                             %=0 for vector components, treated separately
631    testproj(VarType.scalar)=1;
632    testproj(VarType.image)=1;
633    testproj(VarType.color)=1;
634    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
635    if testU
636         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
637    end
638    %identify vector components   
639    if testU
640        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
641        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
642        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
643        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
644    end 
645    %identify error flag
646    if testfalse
647        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
648        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
649    end   
650    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
651    if testX
652        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
653            if width==0
654                errormsg='range of the projection object is missing';
655                return     
656            else
657                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
658            end
659        end
660        if ~isequal(ProjMode,'projection')
661            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
662                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
663            else
664                errormsg='DX missing';
665                return
666            end
667        end
668        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
669        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
670        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
671        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
672    end   
673    %initiate projection
674    for ivar=1:length(VarIndex)
675        ProjLine{ivar}=[];
676    end
677    XLine=[];
678    linelengthtot=0;
679
680%         circul=0;
681%         flux=0;
682  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
683   %case of unstructured coordinates
684    if testX   
685        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
686            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
687            %select the vector indices in the range of action
688            if testfalse
689                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
690            else
691                flagsel=ones(size(coord_x));
692            end
693            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
694                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
695                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
696                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
697                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
698            end
699            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
700            X_sel=coord_x(indsel);
701            Y_sel=coord_y(indsel);
702            nbvar=0;
703            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
704                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
705                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
706            end   
707            if testU
708                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
709                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
710            end
711            if isequal(ProjMode,'projection')
712                sintheta=sin(theta(ip));
713                costheta=cos(theta(ip));
714                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
715                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
716                for ivar=1:numel(ProjVar)
717                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
718                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
719                     end
720                end
721            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
722                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
723                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
724                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
725                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
726                for ivar=1:numel(ProjVar)
727                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
728                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
729                     end
730                end
731            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
732                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
733                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
734                siz=size(X_sel);
735                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
736                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
737                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
738                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
739                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
740                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
741                for ivar=1:numel(ProjVar)
742                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
743                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
744                     end
745                end             
746            end
747            %prolongate the total record
748            for ivar=1:numel(ProjVar)
749                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
750                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
751                  end
752            end
753            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
754            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
755            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
756            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
757        end
758        ProjData.X=XLine';
759        cur_index=1;
760        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
761        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
762        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
763        for iselect=1:numel(VarIndex)
764            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
765            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
766            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
767            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
768            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
769            if strcmp(ProjMode,'projection')
770                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
771            else
772                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
773            end
774        end
775   
776    %case of structured coordinates
777    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
778        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
779            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
780        else
781            test_Amat=1;%image or 2D matrix
782            test_interp2=0;%default
783%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
784            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
785            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
786            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
787            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
788            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
789            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
790            npxy=size(A);
791            npx=npxy(2);
792            npy=npxy(1);
793            if numel(AX)==2
794                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
795            else
796                DX_vec=diff(AX);
797                DX=max(DX_vec);
798                DX_min=min(DX_vec);
799                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
800                    test_interp2=1;
801                    DX=DX_min;
802                end   
803            end
804            if numel(AY)==2
805                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
806            else
807                DY_vec=diff(AY);
808                DY=max(DY_vec);
809                DY_min=min(DY_vec);
810                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
811                   test_interp2=1;
812                    DY=DY_min;
813                end     
814            end             
815            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
816            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
817            if isfield(ObjectData,'DX')
818                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
819            else
820                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
821            end
822            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
823            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
824            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
825            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
826            if isfield(FieldData,'RangeX')
827                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
828            else
829                XMin=0;
830            end
831            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
832            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
833            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
834            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
835            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
836            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
837            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
838            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
839            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
840            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
841            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
842            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
843            ind_in=find(flagin);
844            ind_out=find(~flagin);
845            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
846            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
847            nbcolor=1; %color images
848            if numel(npxy)==2
849                nbcolor=1;
850            elseif length(npxy)==3
851                nbcolor=npxy(3);
852            else
853                errormsg='multicomponent field not projected';
854                display(errormsg)
855                return
856            end
857            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
858            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
859            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
860            for ivar=VarIndex
861                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
862                if test_interp2% interpolate on new grid
863                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
864                end
865                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
866                if nbcolor==1
867                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
868                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
869                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
870                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
871                elseif nbcolor==3
872                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
873                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
874                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
875                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
876                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
877                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
878                end 
879                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
880                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
881                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
882            end
883            if testU
884                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
885                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
886                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
887                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
888            end
889            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
890            if nbcolor==3
891                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
892            end
893        end     
894    end
895end
896
897% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
898% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
899% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
900% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
901% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
902% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
903% %     else
904% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
905% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
906% %     end
907%
908% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
909
910
911%-----------------------------------------------------------------
912%project on a plane
913% AJOUTER flux,circul,error
914 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
915%-----------------------------------------------------------------
916
917%% initialisation of the input parameters of the projection plane
918ProjMode='projection';%direct projection by default
919if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
920
921%axis origin
922if isempty(ObjectData.Coord)
923    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
924    ObjectData.Coord(1,2)=0;
925    ObjectData.Coord(1,3)=0;
926end
927
928%rotation angles
929Phi=0;%default
930Theta=0;
931Psi=0;
932if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
933    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
934end
935if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
936    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
937end
938if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
939    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
940end
941
942%components of the unity vector normal to the projection plane
943NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
944NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
945NormVec_Z=cos(Theta);
946
947%mesh sizes DX and DY
948DX=0;
949DY=0; %default
950if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
951     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
952end
953if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
954     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
955end
956if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
957        errormsg='DX or DY missing';
958        display(errormsg)
959        return
960end
961
962%extrema along each axis
963testXMin=0;
964testXMax=0;
965testYMin=0;
966testYMax=0;
967if isfield(ObjectData,'RangeX')
968        XMin=min(ObjectData.RangeX);
969        XMax=max(ObjectData.RangeX);
970        testXMin=XMax>XMin;
971        testXMax=1;
972end
973if isfield(ObjectData,'RangeY')
974        YMin=min(ObjectData.RangeY);
975        YMax=max(ObjectData.RangeY);
976        testYMin=YMax>YMin;
977        testYMax=1;
978end
979width=0;%default width of the projection band
980if isfield(ObjectData,'RangeZ')
981        width=max(ObjectData.RangeZ);
982end
983
984% initiate Matlab  structure for physical field
985[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
986ProjData.NbDim=2;
987ProjData.ListVarName={};
988ProjData.VarDimName={};
989if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
990    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
991elseif isfield(FieldData,'Mesh')
992    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
993end
994
995error=0;%default
996flux=0;
997testfalse=0;
998ListIndex={};
999
1000%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1001%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1002%-----------------------------------------------------------------
1003idimvar=0;
1004[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1005if ~isempty(errormsg)
1006    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1007    return
1008end
1009
1010% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1011% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1012ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1013icoord=0;
1014nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1015nbvar=0;
1016for icell=1:length(CellVarIndex)
1017    NbDim=NbDimVec(icell);
1018    if NbDim<2
1019        continue
1020    end
1021    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1022    VarType=VarTypeCell{icell};
1023    ivar_X=VarType.coord_x;
1024    ivar_Y=VarType.coord_y;
1025    ivar_Z=VarType.coord_z;
1026    ivar_U=VarType.vector_x;
1027    ivar_V=VarType.vector_y;
1028    ivar_W=VarType.vector_z;
1029    ivar_C=VarType.scalar ;
1030    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1031    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1032    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1033    ivar_F=VarType.warnflag;
1034    ivar_FF=VarType.errorflag;
1035    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1036    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1037    if ischar(DimCell)
1038        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1039    end
1040
1041%% case of input fields with unstructured coordinates
1042    if testX
1043        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1044        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1045        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1046        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1047        if length(ivar_Z)==1
1048            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1049            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1050        end
1051
1052        % translate  initial coordinates
1053        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1054        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1055        if ~isempty(ivar_Z)
1056            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1057        end
1058       
1059        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1060        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1061            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1062            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1063            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1064            for ivar=VarIndex
1065                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1066                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1067                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1068            end
1069            coord_x=coord_x(indcut);
1070            coord_y=coord_y(indcut);
1071            coord_z=coord_z(indcut);
1072        end
1073
1074       %rotate coordinates if needed
1075        if isequal(Phi,0)
1076            coord_X=coord_x;
1077            coord_Y=coord_y;
1078            if ~isequal(Theta,0)
1079                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1080            end
1081        else
1082            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1083            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1084        end
1085        if ~isempty(ivar_Z)
1086            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1087        end
1088        if ~isequal(Psi,0)
1089                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1090                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1091        end
1092       
1093        %restriction to the range of x and y if imposed
1094        testin=ones(size(coord_X)); %default
1095        testbound=0;
1096        if testXMin
1097            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1098            testbound=1;
1099        end
1100        if testXMax
1101            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1102            testbound=1;
1103        end
1104        if testYMin
1105            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1106            testbound=1;
1107        end
1108        if testYMin
1109            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1110            testbound=1;
1111        end
1112        if testbound
1113            indcut=find(testin);
1114            for ivar=VarIndex
1115                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1116                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1117            end
1118            coord_X=coord_X(indcut);
1119            coord_Y=coord_Y(indcut);
1120            if length(ivar_Z)==1
1121                coord_Z=coord_Z(indcut);
1122            end
1123        end
1124        % different cases of projection
1125        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1126            %the list of dimension
1127            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1128            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1129             %length(coord_X)];
1130
1131            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1132                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1133                if ivar==ivar_X %x coordinate
1134                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1135                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1136                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1137                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1138                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1139                end
1140                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1141                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1142                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1143                    nbvar=nbvar+1;
1144                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1145                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1146                    end
1147                end
1148            end 
1149        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1150            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1151            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1152            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1153            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1154            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1155            nbcoord=2; 
1156            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1157            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1158            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1159            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1160            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1161            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1162            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1163            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1164            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1165            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1166            if ~isequal(ivar_FF,0)
1167                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1168                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1169                coord_X=coord_X(indsel);
1170                coord_Y=coord_Y(indsel);
1171            end
1172            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1173            testFF=0;
1174            for ivar=VarIndex
1175                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1176                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1177                    ivar_new=ivar_new+1;
1178                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1179                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1180                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1181                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1182                    end
1183                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1184                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1185                    end
1186                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1187                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1188                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1189                    indnan=find(FFlag);
1190                    if~isempty(indnan)
1191                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1192                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1193                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1194                        testFF=1;
1195                    end
1196                    if ivar==ivar_U
1197                        ivar_U=ivar_new;
1198                    end
1199                    if ivar==ivar_V
1200                        ivar_V=ivar_new;
1201                    end
1202                    if ivar==ivar_W
1203                        ivar_W=ivar_new;
1204                    end
1205                end
1206            end
1207            if testFF
1208                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1209                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1210               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1211                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1212            end
1213        end
1214       
1215%% case of input fields defined on a structured  grid
1216    else
1217        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1218        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1219        DimValue(find(DimValue==1))=[];%remove singleton dimensions       
1220        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1221        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1222        if NbDim>=3
1223            if NbDim>3
1224                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1225                return
1226            else
1227                VarType.coord
1228                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1229                    nbcolor=DimValue(3);
1230                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1231                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1232                end
1233            end
1234        end
1235        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1236        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1237        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1238        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1239        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1240        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1241        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1242
1243%         for idim=1:length(ListDimName)
1244%             DimName=ListDimName{idim};
1245%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1246%                nbcolor=DimValue(idim);
1247%                DimValue(idim)=[];
1248%             end
1249%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1250%                 DimValue(idim)=[];
1251%             end
1252%         end 
1253        Coord_z=[];
1254        Coord_y=[];
1255        Coord_x=[];   
1256
1257        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1258            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1259            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1260            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1261                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1262                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1263                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1264                else
1265                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1266                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1267                    DCoord_max=max(DCoord);
1268                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1269                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1270                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1271                                return
1272                    end               
1273                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1274                end
1275                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1276            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1277                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1278                DCoord_min(idim)=1;%default
1279                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1280                test_direct(idim)=1;
1281            end
1282        end
1283        if DY==0
1284            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1285        end
1286        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1287        if DX==0
1288            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1289        end
1290        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1291        for idim=[1:NbDim]
1292            if test_interp(idim)
1293                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1294            end
1295        end       
1296        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1297        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1298        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1299        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1300        DAX=DCoord_min(NbDim);
1301        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1302        minAX=min(Coord_x);
1303        maxAX=max(Coord_x);
1304        minAY=min(Coord_y);
1305        maxAY=max(Coord_y);
1306        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1307        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1308        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1309        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1310        if ~testXMax
1311            XMax=max(xcor_new);
1312        end
1313        if ~testXMin
1314            XMin=min(xcor_new);
1315        end
1316        if ~testYMax
1317            YMax=max(ycor_new);
1318        end
1319        if ~testYMin
1320            YMin=min(ycor_new);
1321        end
1322        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1323        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1324        if DX==0
1325            DX=DXinit;
1326        end
1327        if DY==0
1328            DY=DYinit;
1329        end
1330        if NbDim==3
1331            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1332            if ~test_direct(1)
1333                DZ=-DZ;
1334            end
1335            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1336            test_direct_z=test_direct(1);
1337        end
1338        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1339        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1340        if test_direct_y
1341            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1342        else
1343            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1344        end
1345        if test_direct_x
1346            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1347        else
1348            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1349        end
1350       
1351        % case with no rotation and interpolation
1352        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1353            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
1354                ProjData=FieldData;
1355            else
1356                indY=NbDim-1;
1357                if test_direct(indY)
1358                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1359                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1360                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1361                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1362                else
1363                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1364                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1365                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1366                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1367                end   
1368                if test_direct(NbDim)==1
1369                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1370                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1371                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1372                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1373                else
1374                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1375                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1376                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1377                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1378                end
1379                if NbDim==3
1380                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1381                    DimValue(1)=[];
1382                                        %structured coordinates
1383                    if test_direct(1)
1384                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1385                    else
1386                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1387                    end
1388                end
1389                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1390                min_indx=max(min_indx,1);
1391                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
1392                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1393                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1394                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1395                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1396                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1397                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1398                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1399                    end
1400                    if NbDim==3
1401                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1402                    else
1403                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1404                    end
1405                end 
1406                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1407                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1408            end
1409        else       % case with rotation and/or interpolation
1410            if NbDim==2 %2D case
1411                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1412                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1413                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1414                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1415                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1416                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1417                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1418                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1419                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1420                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1421                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1422                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1423                    test_filter=1;
1424                else
1425                    test_filter=0;
1426                end
1427                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1428                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1429                for ivar=VarIndex
1430                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1431                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
1432                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1433                    end
1434                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1435                    if test_filter 
1436                         Aclass=class(FieldData.A);
1437                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1438                         if ~isequal(Aclass,'double')
1439                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1440                         end
1441                    end
1442                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
1443                    ind_in=find(flagin);
1444                    ind_out=find(~flagin);
1445                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1446                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1447                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1448                    for icolor=1:nbcolor
1449                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1450                    end
1451                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1452                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1453                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1454                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1455                    end     
1456                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1457                end
1458                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1459                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1460                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1461                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1462            else %3D case
1463                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1464                    % unstructured z coordinate
1465                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1466                    iz_sup=find(test_sup);
1467                    iz=iz_sup(1);
1468                    if iz>=1 & iz<=npz
1469                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1470                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1471                        for ivar=VarIndex
1472                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1473                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1474                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
1475                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1476                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1477                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1478                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1479                            end
1480                        end
1481                    end
1482                else
1483                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1484                    %TODO: use interp3
1485                    return
1486                end
1487            end
1488        end
1489    end
1490
1491    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1492    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
1493        if isempty(ivar_V)
1494            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1495            return
1496        end
1497        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1498        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1499        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1500        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1501        if ~isempty(ivar_W)
1502            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1503            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1504            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1505        end
1506        if ~isequal(Psi,0)
1507            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1508            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1509        end
1510    end
1511end
1512
1513%-----------------------------------------------------------------
1514%project in a volume
1515% A FAIRE ....(copie de proj_plane)
1516 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1517%-----------------------------------------------------------------
1518
1519%initialisation of the input parameters of the projection plane
1520%-----------------------------------------------------------------
1521ProjMode='projection';%direct projection by default
1522if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1523
1524%axis origin
1525if isempty(ObjectData.Coord)
1526    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the volume set to [0 0] by default
1527    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1528    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1529end
1530
1531%rotation angles
1532Phi=0;%default
1533Theta=0;
1534Psi=0;
1535if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
1536    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
1537end
1538if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
1539    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
1540end
1541if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
1542    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
1543end
1544
1545%components of the unity vector normal to the projection plane
1546NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
1547NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
1548NormVec_Z=cos(Theta);
1549
1550% test for 3D fields
1551test3D=0;
1552if isfield(FieldData,'NbDim')
1553    test3D=isequal(FieldData.NbDim,3);
1554end
1555test3C=test3D; %default 3 vel components
1556
1557%mesh sizes DX and DY
1558DX=0;
1559DY=0; %default
1560if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1561     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1562end
1563if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1564     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1565end
1566if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
1567        errormsg='DX or DY missing';
1568        display(errormsg)
1569        return
1570end
1571if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1572     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1573end
1574
1575%extrema along each axis
1576testXMin=0;
1577testXMax=0;
1578testYMin=0;
1579testYMax=0;
1580if isfield(ObjectData,'RangeX')
1581        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1582        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1583        testXMin=XMax>XMin;
1584        testXMax=1;
1585end
1586if isfield(ObjectData,'RangeY')
1587        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1588        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1589        testYMin=YMax>YMin;
1590        testYMax=1;
1591end
1592width=0;%default width of the projection band
1593if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1594      ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1595        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1596        testZMin=YMax>YMin;
1597        testZMax=1;
1598%         width=max(ObjectData.RangeZ);
1599end
1600
1601% initiate Matlab  structure for physical field
1602[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1603ProjData.NbDim=3;
1604%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
1605%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
1606ProjData.ListVarName={};
1607ProjData.VarDimName={};
1608
1609error=0;%default
1610flux=0;
1611testfalse=0;
1612ListIndex={};
1613
1614%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1615%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1616%-----------------------------------------------------------------
1617idimvar=0;
1618[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1619if ~isempty(errormsg)
1620    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1621    return
1622end
1623%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1624% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1625ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1626icoord=0;
1627nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1628for icell=1:length(CellVarIndex)
1629    if NbDim(icell)<2
1630        continue
1631    end
1632    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1633    VarType=VarTypeCell{icell};
1634    ivar_X=VarType.coord_x;
1635    ivar_Y=VarType.coord_y;
1636    ivar_Z=VarType.coord_z;
1637    ivar_U=VarType.vector_x;
1638    ivar_V=VarType.vector_y;
1639    ivar_W=VarType.vector_z;
1640    ivar_C=VarType.scalar ;
1641    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1642    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1643    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1644    ivar_F=VarType.warnflag;
1645    ivar_FF=VarType.errorflag;
1646    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1647    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1648    if ischar(DimCell)
1649        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1650    end
1651   
1652%case of input fields with unstructured coordinates
1653    if testX
1654        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1655        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1656        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1657        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1658        if length(ivar_Z)==1
1659            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1660            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1661        end
1662
1663        % translate  initial coordinates
1664        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1665        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1666        if ~isempty(ivar_Z)
1667            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1668        end
1669       
1670        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1671        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1672            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1673            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1674            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1675            for ivar=VarIndex
1676                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1677                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1678%                 end     
1679                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1680            end
1681            coord_x=coord_x(indcut);
1682            coord_y=coord_y(indcut);
1683            coord_z=coord_z(indcut);
1684        end
1685
1686       %rotate coordinates if needed
1687        if isequal(Phi,0)
1688            coord_X=coord_x;
1689            coord_Y=coord_y;
1690            if ~isequal(Theta,0)
1691                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1692            end
1693        else
1694            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1695            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1696        end
1697        if ~isempty(ivar_Z)
1698            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1699        end
1700        if ~isequal(Psi,0)
1701                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1702                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1703        end
1704        coord_Z=coord_z; %TO UPDATE
1705        %restriction to the range of x and y if imposed
1706        testin=ones(size(coord_X)); %default
1707        testbound=0;
1708        if testXMin
1709            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1710            testbound=1;
1711        end
1712        if testXMax
1713            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1714            testbound=1;
1715        end
1716        if testYMin
1717            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1718            testbound=1;
1719        end
1720        if testYMin
1721            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1722            testbound=1;
1723        end
1724        if testbound
1725            indcut=find(testin);
1726            for ivar=VarIndex
1727                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1728                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1729            end
1730            coord_X=coord_X(indcut);
1731            coord_Y=coord_Y(indcut);
1732            if length(ivar_Z)==1
1733                coord_Z=coord_Z(indcut);
1734            end
1735        end
1736        % different cases of projection
1737        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1738            %the list of dimension
1739            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1740            %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1741            nbvar=0;
1742            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1743                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1744                if ivar==ivar_X %x coordinate
1745                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1746                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1747                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1748                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1749                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1750                end
1751                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1752                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1753                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1754                    nbvar=nbvar+1;
1755                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1756                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1757                    end
1758                end
1759            end 
1760        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1761            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1762            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1763            coord_z_proj=[ZMin:DZ:ZMax];
1764            [XI,YI,ZI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj,coord_z_proj);
1765            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1766            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1767            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1768            nbcoord=3; 
1769            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1770            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1771            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1772            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1773            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1774            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1775            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1776            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1777            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1778            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1779            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1780            if ~isequal(ivar_FF,0)
1781                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1782                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1783                coord_X=coord_X(indsel);
1784                coord_Y=coord_Y(indsel);
1785            end
1786            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1787            testFF=0;
1788            size(XI)
1789            size(YI)
1790            size(ZI)
1791            for ivar=VarIndex
1792                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1793                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1794                    ivar_new=ivar_new+1;
1795                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1796                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1797                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1798                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1799                    end
1800                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1801                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1802                    end
1803                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata3(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '),XI,YI,ZI);'])
1804%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1805%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1806%                     indnan=find(FFlag);
1807%                     if~isempty(indnan)
1808%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1809%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1810%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1811%                         testFF=1;
1812%                     end
1813%                     if ivar==ivar_U
1814%                         ivar_U=ivar_new;
1815%                     end
1816%                     if ivar==ivar_V
1817%                         ivar_V=ivar_new;
1818%                     end
1819%                     if ivar==ivar_W
1820%                         ivar_W=ivar_new;
1821%                     end
1822                end
1823            end
1824            if testFF
1825                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1826                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1827               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1828                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1829            end
1830        end
1831%case of fields defined on a structured  grid
1832    else 
1833        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1834        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1835        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1836        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1837        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1838        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1839        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1840        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1841        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1842        nbcolor=1; %default
1843        for idim=1:length(ListDimName)
1844            DimName=ListDimName{idim};
1845            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1846               nbcolor=DimValue(idim);
1847               DimIndices(idim)=[];
1848               DimValue(idim)=[];
1849            end
1850            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1851                DimIndices(idim)=[];
1852                DimValue(idim)=[];
1853            end
1854        end 
1855        ind_1=find(DimValue==1);
1856        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1857%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1858        NbDim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1859        Coord_z=[];
1860        Coord_y=[];
1861        Coord_x=[];   
1862   
1863        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1864            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1865            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1866            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1867                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1868                DCoord=diff(Coord{idim});
1869                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1870                DCoord_max=max(DCoord);
1871                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1872                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1873                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1874                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1875                                return
1876                end               
1877                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1878            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1879                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1880                DCoord_min(idim)=1;%default
1881                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1882                test_direct(idim)=1;
1883            end
1884        end
1885        if NbDim==2
1886            if DY==0
1887                DY=abs(DCoord_min(1));
1888            end
1889            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1890            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1891            if DX==0
1892                DX=abs(DCoord_min(2));
1893            end
1894            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1895            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1896            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1897            test_direct_y=test_direct(1);
1898            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1899            test_direct_x=test_direct(2);
1900            DAX=DCoord_min(2);
1901            DAY=DCoord_min(1);
1902        elseif NbDim==3
1903            DZ=abs(DCoord_min(1));
1904            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1905            if DY==0
1906                DY=abs(DCoord_min(2));
1907            end
1908            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1909            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1910            if DX==0
1911                DX=abs(DCoord_min(3));
1912            end
1913            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1914            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1915            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1916            test_direct_z=test_direct(1);
1917            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1918            test_direct_y=test_direct(2);
1919            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1920            test_direct_x=test_direct(3);
1921        end 
1922        minAX=min(Coord_x);
1923        maxAX=max(Coord_x);
1924        minAY=min(Coord_y);
1925        maxAY=max(Coord_y);
1926        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1927        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1928        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1929        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1930        if ~testXMax
1931            XMax=max(xcor_new);
1932        end
1933        if ~testXMin
1934            XMin=min(xcor_new);
1935        end
1936        if ~testYMax
1937            YMax=max(ycor_new);
1938        end
1939        if ~testYMin
1940            YMin=min(ycor_new);
1941        end
1942        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(2)-1);
1943        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(1)-1);
1944        if DX==0
1945            DX=DXinit;
1946        end
1947        if DY==0
1948            DY=DYinit;
1949        end
1950        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1951        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1952        if test_direct_y
1953            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1954        else
1955            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1956        end
1957        if test_direct_x
1958            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1959        else
1960            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1961        end
1962       
1963        % case with no rotation and interpolation
1964        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1965            if test_direct(1)
1966                min_indy=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1967                max_indy=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1968                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1969                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1970            else
1971                min_indy=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1972                max_indy=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1973                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1974                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1975            end             
1976            if test_direct(2)==1
1977                min_indx=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1978                max_indx=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1979                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1980                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1981            else
1982                min_indx=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1983                max_indx=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1984                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1985                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1986            end
1987            min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1988            min_indx=max(min_indx,1);
1989            max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
1990            max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1991            for ivar=VarIndex
1992                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1993                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1994                %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [NbDim-1 NbDim]];
1995                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1996                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1997                end
1998                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx) ;']);
1999            end         
2000        else
2001        % case with rotation and/or interpolation
2002            if isempty(Coord_z) %2D case
2003                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2004                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2005                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2006                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2007                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2008                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2009                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2010                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2011                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
2012                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
2013                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
2014                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
2015                    test_filter=1;
2016                else
2017                    test_filter=0;
2018                end
2019                for ivar=VarIndex
2020                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
2021                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
2022                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2023                    end
2024                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2025                    if test_filter 
2026                         Aclass=class(FieldData.A);
2027                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2028                         if ~isequal(Aclass,'double')
2029                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2030                         end
2031                    end
2032                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2033                    ind_in=find(flagin);
2034                    ind_out=find(~flagin);
2035                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2036                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2037                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
2038                    for icolor=1:nbcolor
2039                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2040                    end
2041                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
2042                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2043                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2044                    end     
2045                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2046                end
2047                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2048                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2049                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2050            else %3D case
2051                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
2052                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2053                    iz_sup=find(test_sup);
2054                    iz=iz_sup(1);
2055                    if iz>=1 & iz<=npz
2056                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2057                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2058                        for ivar=VarIndex
2059                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2060                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2061                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2062                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2063                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2064                            if test_interp(2) | test_interp(3)
2065                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2066                            end
2067                        end
2068                    end
2069                else
2070                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2071                    %TODO: use interp3
2072                    return
2073                end
2074            end
2075        end
2076    end
2077    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
2078    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
2079        if isempty(ivar_V)
2080            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2081            return
2082        end
2083        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2084        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2085        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2086        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2087        if ~isempty(ivar_W)
2088            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2089            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2090            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2091        end
2092        if ~isequal(Psi,0)
2093            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2094            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2095        end
2096    end
2097end
2098
2099%-----------------------------------------------------------------
2100%transmit the global attributes
2101function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2102%-----------------------------------------------------------------
2103% ProjData=FieldData;
2104ProjData=[];%default
2105errormsg=[];%default
2106if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2107    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2108else
2109    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2110end
2111if isfield(FieldData,'Txt')
2112    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2113    return;
2114end
2115for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2116    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2117    if isfield(FieldData,AttrName)
2118        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2119    end
2120end
2121if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2122    if isfield(ObjectData,'CoordUnit')&~isequal(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2123        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2124        return
2125    else
2126         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2127    end
2128end
2129
2130ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2131for ilist=1:length(ListObject)
2132    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2133        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2134        if ~isempty(val)
2135            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2136            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2137        end
2138    end   
2139end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.