source: trunk/src/proj_field.m @ 186

Last change on this file since 186 was 186, checked in by sommeria, 13 years ago

introduction Mesh for histograms in proj_field

File size: 98.2 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg=[];%default
84if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
85    ProjData=[];
86    return
87end
88%introduce default field properties (reading old standards)
89if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    ProjData=FieldData;
91    return
92end
93if ~isfield(ObjectData,'Coord')
94    if strcmp(ObjectData.Style,'plane')
95        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
96    else
97        ProjData=FieldData;
98        return
99    end
100end
101       
102%% OBSOLETE
103if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
104    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
105end
106if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
107    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
108end
109if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
110    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
111end
112if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
113    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
114end
115if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
116    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
117end
118if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
119    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
120end
121%%%%%%%%%%
122
123%% apply projection depending on the object style
124switch ObjectData.Style
125    case 'points'
126    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
127    case {'line','polyline'}
128     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
129    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
130        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
131            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
132        else
133            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
134        end
135    case 'plane'
136            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
137    case 'volume'
138        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
139end
140
141
142%-----------------------------------------------------------------
143%project on a set of points
144function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
145%-------------------------------------------------------------------
146
147siz=size(ObjectData.Coord);
148width=0;
149if isfield(ObjectData,'Range')
150    width=ObjectData.Range(1,2);
151end
152if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
153    width=max(ObjectData.RangeX);
154end
155if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
156    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
157end
158if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
159    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
160end
161if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
162    if width==0
163        errormsg='projection range around points needed';
164        return
165    end
166elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
167    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
168        return
169end
170[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
171ProjData.NbDim=0;
172%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
173%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
174
175
176% idimvar=0;
177[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
178if ~isempty(errormsg)
179    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
180    return
181end
182%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
183% CellVarIndex=cells of variable index arrays
184% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
185% icoord=0;
186for icell=1:length(CellVarIndex)
187    if NbDim(icell)==1
188        continue
189    end
190    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
191    VarType=VarTypeCell{icell};
192    ivar_X=VarType.coord_x;
193    ivar_Y=VarType.coord_y;
194    ivar_Z=VarType.coord_z;
195%     ivar_U=VarType.vector_x;
196%     ivar_V=VarType.vector_y;
197%     ivar_W=VarType.vector_z;
198%     ivar_C=VarType.scalar ;
199    ivar_Anc=VarType.ancillary;
200%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
201    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
202    ivar_F=VarType.warnflag;
203    ivar_FF=VarType.errorflag;
204    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
205    if isempty(ivar_X)
206        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
207     
208    else
209        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
210                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
211                    return
212        end
213        if length(ivar_Y)~=1
214                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
215                return
216        end
217        test_grid=0;
218    end
219    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
220    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
221    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
222    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
223    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
224    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
225    for ivar=VarIndex       
226        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
227        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
228        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
229        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
230    end
231    if ~test_grid
232        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
233        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
234        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
235        if length(ivar_Z)==1
236            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
237            test3D=1;
238        end
239        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
240                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
241                    return
242        end     
243        for ipoint=1:siz(1)
244           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
245           distX=coord_x-Xpoint(1);
246           distY=coord_y-Xpoint(2);         
247           dist=distX.*distX+distY.*distY;
248           indsel=find(dist<width*width);
249           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
250           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
251           if isequal(length(ivar_FF),1)
252               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
253               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
254               ind_indsel=find(~FF);
255               indsel=indsel(ind_indsel);
256           end
257           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
258            for ivar=VarIndex
259               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
260               if isempty(indsel)
261                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
262               else
263                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
264                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
265                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
266                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
267                    end
268               end
269            end
270        end
271    else
272        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
273        %case of structured coordinates
274        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
275            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
276            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
277            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
278            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
279            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
280            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
281            npxy=size(A);
282
283% %             nbcolor=1; %default
284%             for idim=1:length(ListDimName)
285%                 DimName=ListDimName{idim};
286%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
287%                    nbcolor=npxy(idim);
288%                    DimIndices(idim)=[];
289%                    npxy(idim)=[];
290%                 end
291%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
292%                     DimIndices(idim)=[];
293%                     npxy(idim)=[];
294%                 end
295%             end 
296            ind_1=find(npxy==1);
297            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
298%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
299            %NbDim=length(DimIndices)%number of space dimensions
300            NbDim=numel(VarType.coord);
301            Coord_z=[];
302            Coord_y=[];
303            Coord_x=[];   
304            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
305                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
306                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
307                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
308                ivar=VarType.coord(idim);
309%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
310                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
311                    if numel(Coord{idim})==2
312                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
313                    else
314                        DCoord=diff(Coord{idim});
315                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
316                        DCoord_max=max(DCoord);
317                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
318                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
319                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
320                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
321                                    return
322                        end               
323                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
324                        test_coord(idim)=1;
325                    end
326%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
327%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
328%                     DCoord_min(idim)=1;%default
329%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
330%                     test_direct(idim)=1;
331%                 end
332            end
333            DX=DCoord_min(2);
334            DY=DCoord_min(1);
335            for ipoint=1:siz(1)
336                xwidth=width/(abs(DX));
337                ywidth=width/(abs(DY));
338                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
339                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
340                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
341                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
342                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
343                j_min=max(1,j_min);
344                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
345                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
346                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
347                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
348                i_int=[i_min:i_plus];
349                j_int=[j_min:j_plus];
350                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
351                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
352                   for ivar=VarIndex   
353                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
354                   end
355                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
356                else
357                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
358                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
359                    for ivar=VarIndex   
360                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
361                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
362                    end
363                end
364            end
365        end
366   end
367end
368
369%-----------------------------------------------------------------
370%project in a patch
371function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
372%-------------------------------------------------------------------
373[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
374
375objectfield=fieldnames(ObjectData);
376widthx=0;
377widthy=0;
378if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
379    widthx=max(ObjectData.RangeX);
380end
381if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
382    widthy=max(ObjectData.RangeY);
383end
384
385%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
386ProjData.NbDim=1;
387ProjData.ListVarName={};
388ProjData.VarDimName={};
389
390Mesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
391if isfield (FieldData,'VarAttribute')
392    ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
393    for iattr=1:length(ProjData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
394%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
395        if isfield(ProjData.VarAttribute{iattr},'Unit')
396            unit{iattr}=ProjData.VarAttribute{iattr}.Unit;
397        end
398        if isfield(ProjData.VarAttribute{iattr},'Mesh')
399            Mesh(iattr)=ProjData.VarAttribute{iattr}.Mesh;
400        end
401    end
402end
403
404%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
405testfalse=0;
406ListIndex={};
407% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
408idimvar=0;
409[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
410if ~isempty(errormsg)
411    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
412    return
413end
414
415%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
416dimcounter=0;
417for icell=1:length(CellVarIndex)
418    testX=0;
419    testY=0;
420    test_Amat=0;
421    testfalse=0;
422    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
423    VarType=VarTypeCell{icell};
424  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
425    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
426        continue
427    end
428    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
429    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
430    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
431    testproj(VarType.scalar)=1;
432    testproj(VarType.vector_x)=1;
433    testproj(VarType.vector_y)=1;
434    testproj(VarType.vector_z)=1;
435    testproj(VarType.image)=1;
436    testproj(VarType.color)=1;
437    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
438    if testX %case of unstructured coordinates
439         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
440         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
441               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
442            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
443         end
444         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
445         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
446         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
447         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
448    end
449    if testfalse
450        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
451        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
452    end
453    % image or 2D matrix
454    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
455        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
456        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
457        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
458        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
459        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
460        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
461        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
462       if length(AX)==2
463           AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
464       end
465       if length(AY)==2
466           AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
467       end
468%         for idim=1:length(DimValue)       
469%             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
470%             DCoord_min(idim)=1;%default
471%             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
472%             test_direct(idim)=1;
473%         end
474%         AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
475%         AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
476        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
477        if length(DimValue)==3
478            testcolor=1;
479            npxy(3)=3;
480        else
481            testcolor=0;
482            npxy(3)=1;
483        end
484        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
485        npxy(1)=length(AY);
486        npxy(2)=length(AX);
487        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
488        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
489        for ivar=1:length(VarIndex)
490            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
491            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
492        end
493    end
494%select the indices in the range of action
495    testin=[];%default
496    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
497%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
498%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
499%                 return
500%            end
501       if testX
502            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
503            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
504            testin=distX<widthx & distY<widthy;
505       elseif test_Amat
506           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
507           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
508           testin=distX<widthx & distY<widthy;
509       end
510    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
511        if testX
512            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
513        elseif test_Amat
514           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
515       else%calculate the scalar
516           testin=[]; %A REVOIR
517       end
518    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
519       X2Max=widthx*widthx;
520       Y2Max=(widthy)*(widthy);
521       if testX
522            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
523            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
524            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
525       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
526           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
527           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
528           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
529       end
530    end
531    %selected indices
532    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
533            testin=~testin;
534    end
535    if testfalse
536        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
537    end
538    indsel=find(testin);
539    for ivar=VarIndex
540        if testproj(ivar)
541            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
542            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
543            eval(['ProjData.' VarName 'Min=min(min(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
544            eval(['ProjData.' VarName 'Max=max(max(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
545            if isequal(Mesh(ivar),0)
546                eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % default histogram with 100 bins
547            else
548                eval(['ProjData.' VarName '=(ProjData.' VarName 'Min+Mesh(ivar)/2:Mesh(ivar):ProjData.' VarName 'Max);']); % list of bin values
549                eval(['ProjData.' VarName 'Histo=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),ProjData.' VarName ');']); % histogram at predefined bin positions
550            end
551            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
552            if test_Amat && testcolor
553                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
554            else
555               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
556            end
557        end
558    end
559%     if test_Amat & testcolor
560%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
561%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
562%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
563%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
564%        ProjData.VarDimName
565%     end
566end
567
568
569%-----------------------------------------------------------------
570%project on a line
571% AJOUTER flux,circul,error
572function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
573%-----------------------------------------------------------------
574[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
575if ~isempty(errormsg)
576    return
577end
578ProjData.NbDim=1;
579%initialisation of the input parameters and defaultoutput
580ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
581if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
582ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
583if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
584width=0;%default width of the projection band
585if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
586    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
587end
588if isfield(ObjectData,'RangeY')
589    width=max(ObjectData.RangeY);
590end
591
592% default output
593errormsg=[];%default
594Xline=[];
595flux=0;
596circul=0;
597liny=ObjectData.Coord(:,2);
598siz_line=size(ObjectData.Coord);
599if siz_line(1)<2
600    return% line needs at least 2 points to be defined
601end
602testfalse=0;
603ListIndex={};
604
605%angles of the polyline and boundaries of action
606dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
607dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
608theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
609theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
610% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
611if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
612    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
613    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
614    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
615    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
616    for ip=2:siz_line(1)
617        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
618        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
619        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
620        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
621    end
622end
623
624%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
625[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
626if ~isempty(errormsg)
627    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
628    return
629end
630
631% loop on variable cells with the same space dimension
632ProjData.ListVarName={};
633ProjData.VarDimName={};
634for icell=1:length(CellVarIndex)
635    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
636    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
637    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
638        continue
639    end
640    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
641    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
642    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
643    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
644                                             %=0 for vector components, treated separately
645    testproj(VarType.scalar)=1;
646    testproj(VarType.image)=1;
647    testproj(VarType.color)=1;
648    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
649    if testU
650         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
651    end
652    %identify vector components   
653    if testU
654        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
655        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
656        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
657        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
658    end 
659    %identify error flag
660    if testfalse
661        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
662        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
663    end   
664    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
665    if testX
666        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
667            if width==0
668                errormsg='range of the projection object is missing';
669                return     
670            else
671                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
672            end
673        end
674        if ~isequal(ProjMode,'projection')
675            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
676                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
677            else
678                errormsg='DX missing';
679                return
680            end
681        end
682        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
683        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
684        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
685        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
686    end   
687    %initiate projection
688    for ivar=1:length(VarIndex)
689        ProjLine{ivar}=[];
690    end
691    XLine=[];
692    linelengthtot=0;
693
694%         circul=0;
695%         flux=0;
696  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
697   %case of unstructured coordinates
698    if testX   
699        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
700            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
701            %select the vector indices in the range of action
702            if testfalse
703                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
704            else
705                flagsel=ones(size(coord_x));
706            end
707            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
708                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
709                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
710                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
711                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
712            end
713            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
714            X_sel=coord_x(indsel);
715            Y_sel=coord_y(indsel);
716            nbvar=0;
717            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
718                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
719                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
720            end   
721            if testU
722                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
723                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
724            end
725            if isequal(ProjMode,'projection')
726                sintheta=sin(theta(ip));
727                costheta=cos(theta(ip));
728                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
729                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
730                for ivar=1:numel(ProjVar)
731                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
732                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
733                     end
734                end
735            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
736                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
737                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
738                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
739                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
740                for ivar=1:numel(ProjVar)
741                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
742                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
743                     end
744                end
745            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
746                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
747                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
748                siz=size(X_sel);
749                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
750                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
751                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
752                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
753                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
754                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
755                for ivar=1:numel(ProjVar)
756                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
757                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
758                     end
759                end             
760            end
761            %prolongate the total record
762            for ivar=1:numel(ProjVar)
763                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
764                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
765                  end
766            end
767            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
768            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
769            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
770            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
771        end
772        ProjData.X=XLine';
773        cur_index=1;
774        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
775        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
776        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
777        for iselect=1:numel(VarIndex)
778            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
779            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
780            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
781            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
782            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
783            if strcmp(ProjMode,'projection')
784                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
785            else
786                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
787            end
788        end
789   
790    %case of structured coordinates
791    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
792        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
793            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
794        else
795            test_Amat=1;%image or 2D matrix
796            test_interp2=0;%default
797%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
798            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
799            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
800            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
801            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
802            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
803            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
804            npxy=size(A);
805            npx=npxy(2);
806            npy=npxy(1);
807            if numel(AX)==2
808                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
809            else
810                DX_vec=diff(AX);
811                DX=max(DX_vec);
812                DX_min=min(DX_vec);
813                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
814                    test_interp2=1;
815                    DX=DX_min;
816                end   
817            end
818            if numel(AY)==2
819                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
820            else
821                DY_vec=diff(AY);
822                DY=max(DY_vec);
823                DY_min=min(DY_vec);
824                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
825                   test_interp2=1;
826                    DY=DY_min;
827                end     
828            end             
829            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
830            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
831            if isfield(ObjectData,'DX')
832                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
833            else
834                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
835            end
836            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
837            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
838            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
839            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
840            if isfield(FieldData,'RangeX')
841                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
842            else
843                XMin=0;
844            end
845            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
846            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
847            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
848            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
849            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
850            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
851            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
852            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
853            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
854            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
855            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
856            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
857            ind_in=find(flagin);
858            ind_out=find(~flagin);
859            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
860            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
861            nbcolor=1; %color images
862            if numel(npxy)==2
863                nbcolor=1;
864            elseif length(npxy)==3
865                nbcolor=npxy(3);
866            else
867                errormsg='multicomponent field not projected';
868                display(errormsg)
869                return
870            end
871            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
872            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
873            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
874            for ivar=VarIndex
875                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
876                if test_interp2% interpolate on new grid
877                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
878                end
879                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
880                if nbcolor==1
881                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
882                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
883                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
884                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
885                elseif nbcolor==3
886                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
887                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
888                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
889                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
890                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
891                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
892                end 
893                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
894                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
895                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
896            end
897            if testU
898                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
899                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
900                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
901                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
902            end
903            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
904            if nbcolor==3
905                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
906            end
907        end     
908    end
909end
910
911% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
912% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
913% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
914% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
915% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
916% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
917% %     else
918% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
919% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
920% %     end
921%
922% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
923
924
925%-----------------------------------------------------------------
926%project on a plane
927% AJOUTER flux,circul,error
928 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
929%-----------------------------------------------------------------
930
931%% initialisation of the input parameters of the projection plane
932ProjMode='projection';%direct projection by default
933if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
934
935%axis origin
936if isempty(ObjectData.Coord)
937    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
938    ObjectData.Coord(1,2)=0;
939    ObjectData.Coord(1,3)=0;
940end
941
942%rotation angles
943Phi=0;%default
944Theta=0;
945Psi=0;
946if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
947    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
948end
949if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
950    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
951end
952if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
953    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
954end
955
956%components of the unity vector normal to the projection plane
957NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
958NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
959NormVec_Z=cos(Theta);
960
961%mesh sizes DX and DY
962DX=0;
963DY=0; %default
964if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
965     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
966end
967if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
968     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
969end
970if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
971        errormsg='DX or DY missing';
972        display(errormsg)
973        return
974end
975
976%extrema along each axis
977testXMin=0;
978testXMax=0;
979testYMin=0;
980testYMax=0;
981if isfield(ObjectData,'RangeX')
982        XMin=min(ObjectData.RangeX);
983        XMax=max(ObjectData.RangeX);
984        testXMin=XMax>XMin;
985        testXMax=1;
986end
987if isfield(ObjectData,'RangeY')
988        YMin=min(ObjectData.RangeY);
989        YMax=max(ObjectData.RangeY);
990        testYMin=YMax>YMin;
991        testYMax=1;
992end
993width=0;%default width of the projection band
994if isfield(ObjectData,'RangeZ')
995        width=max(ObjectData.RangeZ);
996end
997
998% initiate Matlab  structure for physical field
999[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1000ProjData.NbDim=2;
1001ProjData.ListVarName={};
1002ProjData.VarDimName={};
1003if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1004    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1005elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1006    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1007end
1008
1009error=0;%default
1010flux=0;
1011testfalse=0;
1012ListIndex={};
1013
1014%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1015%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1016%-----------------------------------------------------------------
1017idimvar=0;
1018[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1019if ~isempty(errormsg)
1020    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1021    return
1022end
1023
1024% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1025% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1026ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1027icoord=0;
1028nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1029nbvar=0;
1030for icell=1:length(CellVarIndex)
1031    NbDim=NbDimVec(icell);
1032    if NbDim<2
1033        continue
1034    end
1035    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1036    VarType=VarTypeCell{icell};
1037    ivar_X=VarType.coord_x;
1038    ivar_Y=VarType.coord_y;
1039    ivar_Z=VarType.coord_z;
1040    ivar_U=VarType.vector_x;
1041    ivar_V=VarType.vector_y;
1042    ivar_W=VarType.vector_z;
1043    ivar_C=VarType.scalar ;
1044    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1045    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1046    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1047    ivar_F=VarType.warnflag;
1048    ivar_FF=VarType.errorflag;
1049    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1050    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1051    if ischar(DimCell)
1052        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1053    end
1054
1055%% case of input fields with unstructured coordinates
1056    if testX
1057        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1058        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1059        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1060        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1061        if length(ivar_Z)==1
1062            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1063            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1064        end
1065
1066        % translate  initial coordinates
1067        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1068        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1069        if ~isempty(ivar_Z)
1070            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1071        end
1072       
1073        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1074        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1075            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1076            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1077            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1078            for ivar=VarIndex
1079                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1080                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1081                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1082            end
1083            coord_x=coord_x(indcut);
1084            coord_y=coord_y(indcut);
1085            coord_z=coord_z(indcut);
1086        end
1087
1088       %rotate coordinates if needed
1089        if isequal(Phi,0)
1090            coord_X=coord_x;
1091            coord_Y=coord_y;
1092            if ~isequal(Theta,0)
1093                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1094            end
1095        else
1096            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1097            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1098        end
1099        if ~isempty(ivar_Z)
1100            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1101        end
1102        if ~isequal(Psi,0)
1103                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1104                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1105        end
1106       
1107        %restriction to the range of x and y if imposed
1108        testin=ones(size(coord_X)); %default
1109        testbound=0;
1110        if testXMin
1111            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1112            testbound=1;
1113        end
1114        if testXMax
1115            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1116            testbound=1;
1117        end
1118        if testYMin
1119            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1120            testbound=1;
1121        end
1122        if testYMin
1123            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1124            testbound=1;
1125        end
1126        if testbound
1127            indcut=find(testin);
1128            for ivar=VarIndex
1129                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1130                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1131            end
1132            coord_X=coord_X(indcut);
1133            coord_Y=coord_Y(indcut);
1134            if length(ivar_Z)==1
1135                coord_Z=coord_Z(indcut);
1136            end
1137        end
1138        % different cases of projection
1139        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1140            %the list of dimension
1141            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1142            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1143             %length(coord_X)];
1144
1145            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1146                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1147                if ivar==ivar_X %x coordinate
1148                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1149                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1150                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1151                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1152                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1153                end
1154                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1155                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1156                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1157                    nbvar=nbvar+1;
1158                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1159                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1160                    end
1161                end
1162            end 
1163        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1164            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1165            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1166            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1167            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1168            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1169            nbcoord=2; 
1170            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1171            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1172            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1173            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1174            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1175            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1176            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1177            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1178            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1179            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1180            if ~isequal(ivar_FF,0)
1181                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1182                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1183                coord_X=coord_X(indsel);
1184                coord_Y=coord_Y(indsel);
1185            end
1186            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1187            testFF=0;
1188            for ivar=VarIndex
1189                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1190                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1191                    ivar_new=ivar_new+1;
1192                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1193                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1194                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1195                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1196                    end
1197                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1198                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1199                    end
1200                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1201                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1202                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1203                    indnan=find(FFlag);
1204                    if~isempty(indnan)
1205                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1206                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1207                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1208                        testFF=1;
1209                    end
1210                    if ivar==ivar_U
1211                        ivar_U=ivar_new;
1212                    end
1213                    if ivar==ivar_V
1214                        ivar_V=ivar_new;
1215                    end
1216                    if ivar==ivar_W
1217                        ivar_W=ivar_new;
1218                    end
1219                end
1220            end
1221            if testFF
1222                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1223                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1224               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1225                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1226            end
1227        end
1228       
1229%% case of input fields defined on a structured  grid
1230    else
1231        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1232        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1233        DimValue(find(DimValue==1))=[];%remove singleton dimensions       
1234        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1235        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1236        if NbDim>=3
1237            if NbDim>3
1238                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1239                return
1240            else
1241                VarType.coord
1242                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1243                    nbcolor=DimValue(3);
1244                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1245                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1246                end
1247            end
1248        end
1249        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1250        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1251        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1252        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1253        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1254        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1255        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1256
1257%         for idim=1:length(ListDimName)
1258%             DimName=ListDimName{idim};
1259%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1260%                nbcolor=DimValue(idim);
1261%                DimValue(idim)=[];
1262%             end
1263%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1264%                 DimValue(idim)=[];
1265%             end
1266%         end 
1267        Coord_z=[];
1268        Coord_y=[];
1269        Coord_x=[];   
1270
1271        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1272            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1273            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1274            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1275                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1276                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1277                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1278                else
1279                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1280                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1281                    DCoord_max=max(DCoord);
1282                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1283                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1284                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1285                                return
1286                    end               
1287                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1288                end
1289                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1290            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1291                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1292                DCoord_min(idim)=1;%default
1293                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1294                test_direct(idim)=1;
1295            end
1296        end
1297        if DY==0
1298            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1299        end
1300        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1301        if DX==0
1302            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1303        end
1304        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1305        for idim=[1:NbDim]
1306            if test_interp(idim)
1307                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1308            end
1309        end       
1310        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1311        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1312        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1313        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1314        DAX=DCoord_min(NbDim);
1315        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1316        minAX=min(Coord_x);
1317        maxAX=max(Coord_x);
1318        minAY=min(Coord_y);
1319        maxAY=max(Coord_y);
1320        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1321        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1322        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1323        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1324        if ~testXMax
1325            XMax=max(xcor_new);
1326        end
1327        if ~testXMin
1328            XMin=min(xcor_new);
1329        end
1330        if ~testYMax
1331            YMax=max(ycor_new);
1332        end
1333        if ~testYMin
1334            YMin=min(ycor_new);
1335        end
1336        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1337        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1338        if DX==0
1339            DX=DXinit;
1340        end
1341        if DY==0
1342            DY=DYinit;
1343        end
1344        if NbDim==3
1345            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1346            if ~test_direct(1)
1347                DZ=-DZ;
1348            end
1349            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1350            test_direct_z=test_direct(1);
1351        end
1352        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1353        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1354        if test_direct_y
1355            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1356        else
1357            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1358        end
1359        if test_direct_x
1360            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1361        else
1362            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1363        end
1364       
1365        % case with no rotation and interpolation
1366        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1367            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
1368                ProjData=FieldData;
1369            else
1370                indY=NbDim-1;
1371                if test_direct(indY)
1372                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1373                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1374                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1375                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1376                else
1377                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1378                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1379                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1380                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1381                end   
1382                if test_direct(NbDim)==1
1383                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1384                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1385                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1386                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1387                else
1388                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1389                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1390                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1391                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1392                end
1393                if NbDim==3
1394                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1395                    DimValue(1)=[];
1396                                        %structured coordinates
1397                    if test_direct(1)
1398                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1399                    else
1400                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1401                    end
1402                end
1403                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1404                min_indx=max(min_indx,1);
1405                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
1406                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1407                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1408                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1409                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1410                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1411                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1412                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1413                    end
1414                    if NbDim==3
1415                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1416                    else
1417                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1418                    end
1419                end 
1420                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1421                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1422            end
1423        else       % case with rotation and/or interpolation
1424            if NbDim==2 %2D case
1425                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1426                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1427                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1428                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1429                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1430                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1431                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1432                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1433                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1434                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1435                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1436                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1437                    test_filter=1;
1438                else
1439                    test_filter=0;
1440                end
1441                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1442                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1443                for ivar=VarIndex
1444                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1445                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
1446                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1447                    end
1448                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1449                    if test_filter 
1450                         Aclass=class(FieldData.A);
1451                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1452                         if ~isequal(Aclass,'double')
1453                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1454                         end
1455                    end
1456                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
1457                    ind_in=find(flagin);
1458                    ind_out=find(~flagin);
1459                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1460                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1461                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1462                    for icolor=1:nbcolor
1463                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1464                    end
1465                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1466                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1467                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1468                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1469                    end     
1470                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1471                end
1472                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1473                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1474                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1475                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1476            else %3D case
1477                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1478                    % unstructured z coordinate
1479                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1480                    iz_sup=find(test_sup);
1481                    iz=iz_sup(1);
1482                    if iz>=1 & iz<=npz
1483                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1484                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1485                        for ivar=VarIndex
1486                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1487                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1488                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
1489                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1490                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1491                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1492                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1493                            end
1494                        end
1495                    end
1496                else
1497                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1498                    %TODO: use interp3
1499                    return
1500                end
1501            end
1502        end
1503    end
1504
1505    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1506    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
1507        if isempty(ivar_V)
1508            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1509            return
1510        end
1511        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1512        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1513        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1514        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1515        if ~isempty(ivar_W)
1516            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1517            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1518            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1519        end
1520        if ~isequal(Psi,0)
1521            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1522            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1523        end
1524    end
1525end
1526
1527%-----------------------------------------------------------------
1528%project in a volume
1529% A FAIRE ....(copie de proj_plane)
1530 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1531%-----------------------------------------------------------------
1532
1533%initialisation of the input parameters of the projection plane
1534%-----------------------------------------------------------------
1535ProjMode='projection';%direct projection by default
1536if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1537
1538%axis origin
1539if isempty(ObjectData.Coord)
1540    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the volume set to [0 0] by default
1541    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1542    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1543end
1544
1545%rotation angles
1546Phi=0;%default
1547Theta=0;
1548Psi=0;
1549if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
1550    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
1551end
1552if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
1553    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
1554end
1555if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
1556    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
1557end
1558
1559%components of the unity vector normal to the projection plane
1560NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
1561NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
1562NormVec_Z=cos(Theta);
1563
1564% test for 3D fields
1565test3D=0;
1566if isfield(FieldData,'NbDim')
1567    test3D=isequal(FieldData.NbDim,3);
1568end
1569test3C=test3D; %default 3 vel components
1570
1571%mesh sizes DX and DY
1572DX=0;
1573DY=0; %default
1574if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1575     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1576end
1577if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1578     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1579end
1580if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
1581        errormsg='DX or DY missing';
1582        display(errormsg)
1583        return
1584end
1585if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1586     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1587end
1588
1589%extrema along each axis
1590testXMin=0;
1591testXMax=0;
1592testYMin=0;
1593testYMax=0;
1594if isfield(ObjectData,'RangeX')
1595        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1596        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1597        testXMin=XMax>XMin;
1598        testXMax=1;
1599end
1600if isfield(ObjectData,'RangeY')
1601        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1602        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1603        testYMin=YMax>YMin;
1604        testYMax=1;
1605end
1606width=0;%default width of the projection band
1607if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1608      ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1609        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1610        testZMin=YMax>YMin;
1611        testZMax=1;
1612%         width=max(ObjectData.RangeZ);
1613end
1614
1615% initiate Matlab  structure for physical field
1616[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1617ProjData.NbDim=3;
1618%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
1619%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
1620ProjData.ListVarName={};
1621ProjData.VarDimName={};
1622
1623error=0;%default
1624flux=0;
1625testfalse=0;
1626ListIndex={};
1627
1628%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1629%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1630%-----------------------------------------------------------------
1631idimvar=0;
1632[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1633if ~isempty(errormsg)
1634    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1635    return
1636end
1637%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1638% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1639ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1640icoord=0;
1641nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1642for icell=1:length(CellVarIndex)
1643    if NbDim(icell)<2
1644        continue
1645    end
1646    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1647    VarType=VarTypeCell{icell};
1648    ivar_X=VarType.coord_x;
1649    ivar_Y=VarType.coord_y;
1650    ivar_Z=VarType.coord_z;
1651    ivar_U=VarType.vector_x;
1652    ivar_V=VarType.vector_y;
1653    ivar_W=VarType.vector_z;
1654    ivar_C=VarType.scalar ;
1655    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1656    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1657    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1658    ivar_F=VarType.warnflag;
1659    ivar_FF=VarType.errorflag;
1660    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1661    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1662    if ischar(DimCell)
1663        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1664    end
1665   
1666%case of input fields with unstructured coordinates
1667    if testX
1668        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1669        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1670        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1671        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1672        if length(ivar_Z)==1
1673            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1674            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1675        end
1676
1677        % translate  initial coordinates
1678        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1679        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1680        if ~isempty(ivar_Z)
1681            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1682        end
1683       
1684        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1685        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1686            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1687            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1688            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1689            for ivar=VarIndex
1690                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1691                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1692%                 end     
1693                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1694            end
1695            coord_x=coord_x(indcut);
1696            coord_y=coord_y(indcut);
1697            coord_z=coord_z(indcut);
1698        end
1699
1700       %rotate coordinates if needed
1701        if isequal(Phi,0)
1702            coord_X=coord_x;
1703            coord_Y=coord_y;
1704            if ~isequal(Theta,0)
1705                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1706            end
1707        else
1708            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1709            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1710        end
1711        if ~isempty(ivar_Z)
1712            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1713        end
1714        if ~isequal(Psi,0)
1715                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1716                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1717        end
1718        coord_Z=coord_z; %TO UPDATE
1719        %restriction to the range of x and y if imposed
1720        testin=ones(size(coord_X)); %default
1721        testbound=0;
1722        if testXMin
1723            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1724            testbound=1;
1725        end
1726        if testXMax
1727            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1728            testbound=1;
1729        end
1730        if testYMin
1731            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1732            testbound=1;
1733        end
1734        if testYMin
1735            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1736            testbound=1;
1737        end
1738        if testbound
1739            indcut=find(testin);
1740            for ivar=VarIndex
1741                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1742                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1743            end
1744            coord_X=coord_X(indcut);
1745            coord_Y=coord_Y(indcut);
1746            if length(ivar_Z)==1
1747                coord_Z=coord_Z(indcut);
1748            end
1749        end
1750        % different cases of projection
1751        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1752            %the list of dimension
1753            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1754            %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1755            nbvar=0;
1756            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1757                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1758                if ivar==ivar_X %x coordinate
1759                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1760                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1761                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1762                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1763                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1764                end
1765                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1766                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1767                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1768                    nbvar=nbvar+1;
1769                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1770                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1771                    end
1772                end
1773            end 
1774        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1775            coord_x_proj=(XMin:DX:XMax);
1776            coord_y_proj=(YMin:DY:YMax);
1777            coord_z_proj=(ZMin:DZ:ZMax);
1778            [XI,YI,ZI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj,coord_z_proj);
1779            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1780            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1781            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1782            nbcoord=3; 
1783            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1784            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1785            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1786            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1787            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1788            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1789            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1790            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1791            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1792            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1793            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1794            if ~isequal(ivar_FF,0)
1795                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1796                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1797                coord_X=coord_X(indsel);
1798                coord_Y=coord_Y(indsel);
1799            end
1800            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1801            testFF=0;
1802            size(XI)
1803            size(YI)
1804            size(ZI)
1805            for ivar=VarIndex
1806                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1807                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1808                    ivar_new=ivar_new+1;
1809                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1810                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1811                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1812                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1813                    end
1814                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1815                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1816                    end
1817                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata3(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '),XI,YI,ZI);'])
1818%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1819%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1820%                     indnan=find(FFlag);
1821%                     if~isempty(indnan)
1822%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1823%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1824%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1825%                         testFF=1;
1826%                     end
1827%                     if ivar==ivar_U
1828%                         ivar_U=ivar_new;
1829%                     end
1830%                     if ivar==ivar_V
1831%                         ivar_V=ivar_new;
1832%                     end
1833%                     if ivar==ivar_W
1834%                         ivar_W=ivar_new;
1835%                     end
1836                end
1837            end
1838            if testFF
1839                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1840                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1841               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1842                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1843            end
1844        end
1845%case of fields defined on a structured  grid
1846    else 
1847        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1848        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1849        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1850        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1851        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1852        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1853        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1854        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1855        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1856        nbcolor=1; %default
1857        for idim=1:length(ListDimName)
1858            DimName=ListDimName{idim};
1859            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1860               nbcolor=DimValue(idim);
1861               DimIndices(idim)=[];
1862               DimValue(idim)=[];
1863            end
1864            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1865                DimIndices(idim)=[];
1866                DimValue(idim)=[];
1867            end
1868        end 
1869        ind_1=find(DimValue==1);
1870        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1871%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1872        NbDim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1873        Coord_z=[];
1874        Coord_y=[];
1875        Coord_x=[];   
1876   
1877        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1878            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1879            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1880            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1881                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1882                DCoord=diff(Coord{idim});
1883                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1884                DCoord_max=max(DCoord);
1885                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1886                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1887                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1888                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1889                                return
1890                end               
1891                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1892            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1893                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1894                DCoord_min(idim)=1;%default
1895                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1896                test_direct(idim)=1;
1897            end
1898        end
1899        if NbDim==2
1900            if DY==0
1901                DY=abs(DCoord_min(1));
1902            end
1903            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1904            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1905            if DX==0
1906                DX=abs(DCoord_min(2));
1907            end
1908            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1909            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1910            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1911            test_direct_y=test_direct(1);
1912            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1913            test_direct_x=test_direct(2);
1914            DAX=DCoord_min(2);
1915            DAY=DCoord_min(1);
1916        elseif NbDim==3
1917            DZ=abs(DCoord_min(1));
1918            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1919            if DY==0
1920                DY=abs(DCoord_min(2));
1921            end
1922            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1923            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1924            if DX==0
1925                DX=abs(DCoord_min(3));
1926            end
1927            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1928            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1929            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1930            test_direct_z=test_direct(1);
1931            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1932            test_direct_y=test_direct(2);
1933            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1934            test_direct_x=test_direct(3);
1935        end 
1936        minAX=min(Coord_x);
1937        maxAX=max(Coord_x);
1938        minAY=min(Coord_y);
1939        maxAY=max(Coord_y);
1940        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1941        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1942        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1943        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1944        if ~testXMax
1945            XMax=max(xcor_new);
1946        end
1947        if ~testXMin
1948            XMin=min(xcor_new);
1949        end
1950        if ~testYMax
1951            YMax=max(ycor_new);
1952        end
1953        if ~testYMin
1954            YMin=min(ycor_new);
1955        end
1956        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(2)-1);
1957        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(1)-1);
1958        if DX==0
1959            DX=DXinit;
1960        end
1961        if DY==0
1962            DY=DYinit;
1963        end
1964        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1965        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1966        if test_direct_y
1967            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1968        else
1969            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1970        end
1971        if test_direct_x
1972            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1973        else
1974            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1975        end
1976       
1977        % case with no rotation and interpolation
1978        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1979            if test_direct(1)
1980                min_indy=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1981                max_indy=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1982                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1983                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1984            else
1985                min_indy=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1986                max_indy=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1987                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1988                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1989            end             
1990            if test_direct(2)==1
1991                min_indx=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1992                max_indx=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1993                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1994                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1995            else
1996                min_indx=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1997                max_indx=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1998                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1999                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2000            end
2001            min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2002            min_indx=max(min_indx,1);
2003            max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2004            max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2005            for ivar=VarIndex
2006                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2007                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2008                %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [NbDim-1 NbDim]];
2009                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2010                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2011                end
2012                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx) ;']);
2013            end         
2014        else
2015        % case with rotation and/or interpolation
2016            if isempty(Coord_z) %2D case
2017                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2018                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2019                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2020                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2021                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2022                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2023                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2024                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2025                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
2026                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
2027                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
2028                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
2029                    test_filter=1;
2030                else
2031                    test_filter=0;
2032                end
2033                for ivar=VarIndex
2034                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
2035                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
2036                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2037                    end
2038                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2039                    if test_filter 
2040                         Aclass=class(FieldData.A);
2041                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2042                         if ~isequal(Aclass,'double')
2043                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2044                         end
2045                    end
2046                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2047                    ind_in=find(flagin);
2048                    ind_out=find(~flagin);
2049                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2050                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2051                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
2052                    for icolor=1:nbcolor
2053                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2054                    end
2055                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
2056                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2057                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2058                    end     
2059                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2060                end
2061                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2062                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2063                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2064            else %3D case
2065                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
2066                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2067                    iz_sup=find(test_sup);
2068                    iz=iz_sup(1);
2069                    if iz>=1 & iz<=npz
2070                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2071                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2072                        for ivar=VarIndex
2073                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2074                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2075                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2076                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2077                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2078                            if test_interp(2) | test_interp(3)
2079                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2080                            end
2081                        end
2082                    end
2083                else
2084                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2085                    %TODO: use interp3
2086                    return
2087                end
2088            end
2089        end
2090    end
2091    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
2092    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
2093        if isempty(ivar_V)
2094            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2095            return
2096        end
2097        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2098        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2099        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2100        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2101        if ~isempty(ivar_W)
2102            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2103            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2104            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2105        end
2106        if ~isequal(Psi,0)
2107            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2108            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2109        end
2110    end
2111end
2112
2113%-----------------------------------------------------------------
2114%transmit the global attributes
2115function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2116%-----------------------------------------------------------------
2117% ProjData=FieldData;
2118ProjData=[];%default
2119errormsg=[];%default
2120if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2121    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2122else
2123    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2124end
2125if isfield(FieldData,'Txt')
2126    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2127    return;
2128end
2129for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2130    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2131    if isfield(FieldData,AttrName)
2132        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2133    end
2134end
2135if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2136    if isfield(ObjectData,'CoordUnit')&~isequal(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2137        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2138        return
2139    else
2140         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2141    end
2142end
2143
2144ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2145for ilist=1:length(ListObject)
2146    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2147        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2148        if ~isempty(val)
2149            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2150            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2151        end
2152    end   
2153end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.