source: trunk/src/proj_field.m @ 19

Last change on this file since 19 was 19, checked in by gostiaux, 11 years ago

the private files have been moved down to the root folder

File size: 75.6 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .DimValue= values of the matricx dimensions (matlab vector, same length as .DimName);
15%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
16%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
17%
18%INPUT
19% ObjectData: structure characterizing the projection object
20%    .Style : style of projection object
21%    .ProjMode=type of projection ;
22%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
23%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
24%    .ProjAngle=angle of projection;
25%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
26%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
27
28%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
29%    .Txt: error message, transmitted to the projection
30%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
31%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
32%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
33% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
34%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
35%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
36%            .ListDimName: cell listing the names of the array dimensions
37%               .DimValue: array dimension values (Matlab vector with the same length as .ListDimName
38%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
39%            .VarDimIndex: cell containing the set of dimension indices (in list .ListDimName) for each variable of .ListVarName
40%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
41%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
42% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
43% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
44%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
45%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
46%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'nb_dim').
47%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
48%                        unstructured coordinate x, y  or z
49%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
50%                is given by the last dimension (called 'nb_dim')
51%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
52%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
53%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
54%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
55%
56% Default role of variables (by name)
57%  vector field:
58%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
59%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
60%    .C, .CName: scalar associated to the vector
61%    .F : equivalent to 'warnflag'
62%    .FF: equivalent to 'errorflag'
63%  scalar field or image:
64%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
65%    .A: scalar, projected on the object
66%    .AX, .AY: positions for the scalar
67%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
68%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
69%
70%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
71%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
72%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
73%     This file is part of the toolbox UVMAT.
74%
75%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
76%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
77%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
78%     (at your option) any later version.
79%
80%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
81%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
82%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
83%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
84%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
85
86function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
87
88if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
89    ProjData=[];
90    return
91end
92%introduce default field properties (reading old standards)
93if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'Coord')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
94    ProjData=FieldData;
95    return
96end
97
98% OBSOLETE
99if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
100    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
101end
102if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
103    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
104end
105if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
106    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
107end
108if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
109    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
110end
111if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
112    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
113end
114if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
115    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
116end
117%%%%%%%%%%
118
119% FieldData=document_field(FieldData);%transform FieldData to the standard format
120% if ~isfield(FieldData,'VarAttribute')
121%     FieldData.VarAttribute={};
122% end
123
124if isequal(ObjectData.Style,'points')
125    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
126elseif isequal(ObjectData.Style,'line')|isequal(ObjectData.Style,'polyline')
127     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
128elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')|isequal(ObjectData.Style,'rectangle')|isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
129    if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')|isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
130        [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
131    else
132        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
133    end
134     %A FAIRE : GERER MASK
135elseif isequal(ObjectData.Style,'plane')
136%         if isfield(FieldData,'NbDim') & isequal(FieldData.NbDim,3)
137%             ProjData= proj_plane3D(FieldData,ObjectData);%
138%         else
139            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
140%         end
141end
142if exist('IndexObj','var')
143    ProjData.IndexObj=IndexObj;%transfer object index
144end
145
146%-----------------------------------------------------------------
147%project on a set of points
148function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
149%-------------------------------------------------------------------
150
151siz=size(ObjectData.Coord);
152width=0;
153if isfield(ObjectData,'Range')
154    width=ObjectData.Range(1,2);
155end
156if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
157    width=max(ObjectData.RangeX);
158end
159if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
160    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
161end
162if isfield(ObjectData,'RangeZ')&~isempty(ObjectData.RangeZ)
163    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
164end
165if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
166    if width==0
167        errormsg='projection range around points needed';
168        return
169    end
170elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
171    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
172        return
173end
174ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
175ProjData.NbDim=0;
176%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
177%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
178
179
180% idimvar=0;
181[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
182if ~isempty(errormsg)
183    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
184    return
185end
186%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
187% CellVarIndex=cells of variable index arrays
188% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
189% icoord=0;
190for icell=1:length(CellVarIndex)
191    if NbDim(icell)==1
192        continue
193    end
194    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
195    VarType=VarTypeCell{icell};
196    ivar_X=VarType.coord_x;
197    ivar_Y=VarType.coord_y;
198    ivar_Z=VarType.coord_z;
199%     ivar_U=VarType.vector_x;
200%     ivar_V=VarType.vector_y;
201%     ivar_W=VarType.vector_z;
202%     ivar_C=VarType.scalar ;
203    ivar_Anc=VarType.ancillary;
204%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
205    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
206    ivar_F=VarType.warnflag;
207    ivar_FF=VarType.errorflag;
208    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
209    if isempty(ivar_X)
210        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
211     
212    else
213        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
214                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
215                    return
216        end
217        if length(ivar_Y)~=1
218                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
219                return
220        end
221        test_grid=0;
222    end
223    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
224    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
225    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
226    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
227    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
228    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
229    for ivar=VarIndex       
230        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
231        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
232        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
233        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
234    end
235    if ~test_grid
236        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
237        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
238        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
239        if length(ivar_Z)==1
240            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
241            test3D=1;
242        end
243%         if length(ivar_U)>1 | length(ivar_V)>1 | length(ivar_W)>1
244%                  warndlg_uvmat('multiple vector input in proj_field.m','ERROR')
245%                     return
246%         end
247        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
248                 warndlg_uvmat('multiple flag input in proj_field.m','ERROR')
249                    return
250        end
251       
252        for ipoint=1:siz(1)
253           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
254           distX=coord_x-Xpoint(1);
255           distY=coord_y-Xpoint(2);         
256           dist=distX.*distX+distY.*distY;
257           indsel=find(dist<width*width);
258           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
259           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
260           if isequal(length(ivar_FF),1)
261               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
262               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
263               ind_indsel=find(~FF);
264               indsel=indsel(ind_indsel);
265           end
266           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
267            for ivar=VarIndex
268               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
269               if isempty(indsel)
270                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
271               else
272                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
273                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
274                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
275                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
276                    end
277               end
278            end
279        end
280    else
281        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
282        %case of structured coordinates
283        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
284            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
285            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
286            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
287            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
288            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
289            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
290            npxy=size(A);
291
292% %             nbcolor=1; %default
293%             for idim=1:length(ListDimName)
294%                 DimName=ListDimName{idim};
295%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
296%                    nbcolor=npxy(idim);
297%                    DimIndices(idim)=[];
298%                    npxy(idim)=[];
299%                 end
300%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
301%                     DimIndices(idim)=[];
302%                     npxy(idim)=[];
303%                 end
304%             end 
305            ind_1=find(npxy==1);
306            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
307%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
308            %nb_dim=length(DimIndices)%number of space dimensions
309            nb_dim=numel(VarType.coord);
310            Coord_z=[];
311            Coord_y=[];
312            Coord_x=[];   
313            for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
314                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
315                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
316                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
317                ivar=VarType.coord(idim);
318%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
319                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
320                    if numel(Coord{idim})==2
321                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
322                    else
323                        DCoord=diff(Coord{idim});
324                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
325                        DCoord_max=max(DCoord);
326                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
327                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
328                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
329                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
330                                    return
331                        end               
332                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
333                        test_coord(idim)=1;
334                    end
335%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
336%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
337%                     DCoord_min(idim)=1;%default
338%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
339%                     test_direct(idim)=1;
340%                 end
341            end
342            DX=DCoord_min(2);
343            DY=DCoord_min(1);
344            for ipoint=1:siz(1)
345                xwidth=width/(abs(DX));
346                ywidth=width/(abs(DY));
347                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
348                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
349                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
350                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
351                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
352                j_min=max(1,j_min);
353                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
354                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
355                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
356                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
357                i_int=[i_min:i_plus];
358                j_int=[j_min:j_plus];
359                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
360                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
361                   for ivar=VarIndex   
362                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
363                   end
364                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
365                else
366                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
367                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
368                    for ivar=VarIndex   
369                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
370                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
371                    end
372                end
373            end
374        end
375   end
376end
377
378%-----------------------------------------------------------------
379%project in a patch
380function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
381%-------------------------------------------------------------------
382ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
383
384objectfield=fieldnames(ObjectData);
385widthx=0;
386widthy=0;
387if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
388    widthx=max(ObjectData.RangeX);
389end
390if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
391    widthy=max(ObjectData.RangeY);
392end
393
394%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
395ProjData.NbDim=1;
396ProjData.ListDimName={};%name of dimension
397ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
398ProjData.ListVarName={};
399%ProjData.VarDimIndex={};
400ProjData.VarDimName={};
401if isfield (FieldData,'ListVarAttribute')
402    ProjData.ListVarAttribute=FieldData.ListVarAttribute;%list of variable attribute names
403    for iattr=1:length(ProjData.ListVarAttribute)%initialization of variable attribute values
404        AttrName=ProjData.ListVarAttribute{iattr};
405        eval(['ProjData.' AttrName '={};'])
406    end;
407end
408
409%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
410testfalse=0;
411ListIndex={};
412% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
413idimvar=0;
414[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
415if ~isempty(errormsg)
416    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
417    return
418end
419
420%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
421dimcounter=0;
422for icell=1:length(CellVarIndex)
423    testX=0;
424    testY=0;
425    test_Amat=0;
426    testfalse=0;
427    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
428    VarType=VarTypeCell{icell};
429  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
430    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
431        continue
432    end
433    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
434    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
435    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
436    testproj(VarType.scalar)=1;
437    testproj(VarType.vector_x)=1;
438    testproj(VarType.vector_y)=1;
439    testproj(VarType.vector_z)=1;
440    testproj(VarType.image)=1;
441    testproj(VarType.color)=1;
442    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
443    if testX %case of unstructured coordinates
444         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
445         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
446               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
447            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
448         end
449         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
450         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
451         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
452         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
453    end
454    if testfalse
455        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
456        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
457    end
458    % image or 2D matrix
459    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
460        test_Amat=1;%image or 2D matrix
461        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
462        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
463        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
464        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
465        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
466        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
467        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
468%                     errormsg='multicomponent field not projected';
469
470        for idim=1:length(DimValue)       
471            Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
472            DCoord_min(idim)=1;%default
473            Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
474            test_direct(idim)=1;
475%             if isfield(FieldData,'VarAttribute')
476%                 for ivar=VarIndex
477%                     if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar & isfield(FieldData.VarAttribute{ivar},Coord_i_str)% if there is a variable  attribute named Coord_1, _2 or _3
478%                         eval(['Coord_i=FieldData.VarAttribute{ivar}.' Coord_i_str ';']);%'range x
479%                         if isnumeric(Coord_i)
480%                              if length(Coord_i)>=2
481%                                 Coord{idim}=[Coord_i(1) Coord_i(end)];
482%                                 %test_direct(idim)=(Coord{idim}(2)>Coord{idim}(1));
483%                              else
484%                                 warndlg_uvmat(['two values needed for ' Coord_i_str 'in proj_field.m'],'ERROR')
485%                                 return
486%                              end
487%                          else
488%                             warndlg_uvmat(['non numerical coordinate attributes' Coord_i_str 'in proj_field.m'],'ERROR')
489%                             return
490%                          end
491%                          %test_coord(idim)=1;
492%                          DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/(DimValue(idim)-1);
493%                     end
494%                 end
495%             end
496        end
497        AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
498        AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
499        if length(DimValue)==3
500            testcolor=1;
501            npxy(3)=3;
502        else
503            testcolor=0;
504            npxy(3)=1;
505        end
506        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
507        npxy(1)=length(AY);
508        npxy(2)=length(AX);
509        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
510        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
511        for ivar=1:length(VarIndex)
512            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
513            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
514        end
515    end
516%select the indices in the range of action
517    testin=[];%default
518    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
519%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
520%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
521%                 return
522%            end
523       if testX
524            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
525            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
526            testin=distX<widthx & distY<widthy;
527       elseif test_Amat
528           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
529           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
530           testin=distX<widthx & distY<widthy;
531       end
532    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
533        if testX
534            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
535        elseif test_Amat
536           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
537       else%calculate the scalar
538           testin=[]; %A REVOIR
539       end
540    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
541       X2Max=widthx*widthx;
542       Y2Max=(widthy)*(widthy);
543       if testX
544            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
545            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
546            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
547       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
548           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
549           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
550           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
551       end
552    end
553    %selected indices
554    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
555            testin=~testin;
556    end
557    if testfalse
558        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
559    end
560    indsel=find(testin);
561    for ivar=VarIndex
562        if testproj(ivar)
563            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
564            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
565            eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % keep only non false vectors
566            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
567            if test_Amat && testcolor
568                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
569            else
570               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
571            end
572        end
573    end
574%     if test_Amat & testcolor
575%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
576%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
577%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
578%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
579%        ProjData.VarDimName
580%     end
581end
582
583
584
585%-----------------------------------------------------------------
586%project on a line
587% AJOUTER flux,circul,error
588function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
589%-----------------------------------------------------------------
590ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
591ProjData.NbDim=1;
592
593%initialisation of the input parameters and defaultoutput
594ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
595if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
596ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
597if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
598width=0;%default width of the projection band
599if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
600    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
601end
602if isfield(ObjectData,'RangeY')
603    width=max(ObjectData.RangeY);
604end
605
606% default output
607errormsg=[];%default
608Xline=[];
609flux=0;
610circul=0;
611liny=ObjectData.Coord(:,2);
612siz_line=size(ObjectData.Coord);
613if siz_line(1)<2
614    return% line needs at least 2 points to be defined
615end
616testfalse=0;
617ListIndex={};
618
619%angles of the polyline and boundaries of action
620dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
621dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
622theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
623theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
624% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
625if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
626    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
627    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
628    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
629    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
630    for ip=2:siz_line(1)
631        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
632        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
633        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
634        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
635    end
636end
637
638%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
639[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
640if ~isempty(errormsg)
641    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
642    return
643end
644
645% loop on variable cells with the same space dimension
646ProjData.ListVarName={};
647ProjData.VarDimName={};
648for icell=1:length(CellVarIndex)
649    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
650    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
651    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
652        continue
653    end
654    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
655    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
656    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
657    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
658                                             %=0 for vector components, treated separately
659    testproj(VarType.scalar)=1;
660    testproj(VarType.image)=1;
661    testproj(VarType.color)=1;
662    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
663    if testU
664         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
665    end
666    %identify vector components   
667    if testU
668        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
669        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
670        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
671        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
672    end 
673    %identify error flag
674    if testfalse
675        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
676        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
677    end   
678    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
679    if testX
680        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
681            if width==0
682                errormsg='range of the projection object is missing';
683                return     
684            else
685                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
686            end
687        end
688        if ~isequal(ProjMode,'projection')
689            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
690                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
691            else
692                errormsg='DX missing';
693                return
694            end
695        end
696        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
697        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
698        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
699        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
700    end   
701    %initiate projection
702    for ivar=1:length(VarIndex)
703        ProjLine{ivar}=[];
704    end
705    XLine=[];
706    linelengthtot=0;
707
708%         circul=0;
709%         flux=0;
710  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
711   %case of unstructured coordinates
712    if testX   
713        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
714            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
715            %select the vector indices in the range of action
716            if testfalse
717                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
718            else
719                flagsel=ones(size(coord_x));
720            end
721            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
722                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
723                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
724                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
725                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
726            end
727            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
728            X_sel=coord_x(indsel);
729            Y_sel=coord_y(indsel);
730            nbvar=0;
731            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
732                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
733                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
734            end   
735            if testU
736                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
737                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
738            end
739            if isequal(ProjMode,'projection')
740                sintheta=sin(theta(ip));
741                costheta=cos(theta(ip));
742                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
743                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
744                for ivar=1:numel(ProjVar)
745                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
746                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
747                     end
748                end
749            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
750                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
751                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
752                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
753                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
754                for ivar=1:numel(ProjVar)
755                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
756                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
757                     end
758                end
759            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
760                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
761                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
762                siz=size(X_sel);
763                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
764                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
765                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
766                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
767                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
768                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
769                for ivar=1:numel(ProjVar)
770                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
771                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
772                     end
773                end             
774            end
775            %prolongate the total record
776            for ivar=1:numel(ProjVar)
777                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
778                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
779                  end
780            end
781            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
782            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
783            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
784            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
785        end
786        ProjData.X=XLine';
787        cur_index=1;
788        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
789        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
790        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
791        for iselect=1:numel(VarIndex)
792            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
793            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
794            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
795            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
796            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
797        end
798   
799    %case of structured coordinates
800    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
801        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
802            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
803        else
804            test_Amat=1;%image or 2D matrix
805            test_interp2=0;%default
806%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
807            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
808            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
809            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
810            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
811            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
812            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
813            npxy=size(A);
814            npx=npxy(2);
815            npy=npxy(1);
816            if numel(AX)==2
817                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
818            else
819                DX_vec=diff(AX);
820                DX=max(DX_vec);
821                DX_min=min(DX_vec);
822                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
823                    test_interp2=1;
824                    DX=DX_min;
825                end   
826            end
827            if numel(AY)==2
828                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
829            else
830                DY_vec=diff(AY);
831                DY=max(DY_vec);
832                DY_min=min(DY_vec);
833                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
834                   test_interp2=1;
835                    DY=DY_min;
836                end     
837            end             
838            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
839            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
840            if isfield(ObjectData,'DX')
841                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
842            else
843                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
844            end
845            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
846            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
847            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
848            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
849            if isfield(FieldData,'RangeX')
850                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
851            else
852                XMin=0;
853            end
854            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
855            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
856            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
857            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
858            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
859            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
860            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
861            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
862            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
863            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
864            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
865            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
866            ind_in=find(flagin);
867            ind_out=find(~flagin);
868            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
869            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
870            nbcolor=1; %color images
871            if numel(npxy)==2
872                nbcolor=1;
873            elseif length(npxy)==3
874                nbcolor=npxy(3);
875            else
876                errormsg='multicomponent field not projected';
877                display(errormsg)
878                return
879            end
880            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
881            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
882            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
883            for ivar=VarIndex
884                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
885                if test_interp2% interpolate on new grid
886                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
887                end
888                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
889                if nbcolor==1
890                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
891                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
892                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
893                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
894                elseif nbcolor==3
895                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
896                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
897                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
898                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
899                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
900                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
901                end 
902                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
903                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
904            end
905            if testU
906                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
907                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
908                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
909                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
910            end
911            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
912            if nbcolor==3
913                ProjData.VarDimName{end}={XName,'rgb'};
914            end
915        end     
916    end
917end
918
919% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
920% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
921% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
922% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
923% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
924% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
925% %     else
926% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
927% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
928% %     end
929%
930% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
931
932
933%-----------------------------------------------------------------
934%project on a plane
935% AJOUTER flux,circul,error
936 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
937%-----------------------------------------------------------------
938
939%initialisation of the input parameters of the projection plane
940%-----------------------------------------------------------------
941ProjMode='projection';%direct projection by default
942if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
943
944%axis origin
945if isempty(ObjectData.Coord)
946    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
947    ObjectData.Coord(1,2)=0;
948    ObjectData.Coord(1,3)=0;
949end
950
951%rotation angles
952Phi=0;%default
953Theta=0;
954Psi=0;
955if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
956    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
957end
958if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
959    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
960end
961if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
962    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
963end
964
965%components of the unity vector normal to the projection plane
966NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
967NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
968NormVec_Z=cos(Theta);
969
970% test for 3D fields
971test3D=0;
972if isfield(FieldData,'NbDim')
973    test3D=isequal(FieldData.NbDim,3);
974end
975test3C=test3D; %default 3 vel components
976
977%mesh sizes DX and DY
978DX=0;
979DY=0; %default
980if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
981     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
982end
983if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
984     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
985end
986if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
987        errormsg='DX or DY missing';
988        display(errormsg)
989        return
990end
991
992%extrema along each axis
993testXMin=0;
994testXMax=0;
995testYMin=0;
996testYMax=0;
997if isfield(ObjectData,'RangeX')
998        XMin=min(ObjectData.RangeX);
999        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1000        testXMin=XMax>XMin;
1001        testXMax=1;
1002end
1003if isfield(ObjectData,'RangeY')
1004        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1005        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1006        testYMin=YMax>YMin;
1007        testYMax=1;
1008end
1009width=0;%default width of the projection band
1010if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1011        width=max(ObjectData.RangeZ);
1012end
1013
1014% initiate Matlab  structure for physical field
1015ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1016ProjData.NbDim=2;
1017ProjData.ListDimName={};%name of dimension
1018ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
1019ProjData.ListVarName={};
1020ProjData.VarDimName={};
1021
1022error=0;%default
1023flux=0;
1024testfalse=0;
1025ListIndex={};
1026
1027%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1028%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1029%-----------------------------------------------------------------
1030idimvar=0;
1031[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1032if ~isempty(errormsg)
1033    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1034    return
1035end
1036%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1037% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1038ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1039icoord=0;
1040nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1041for icell=1:length(CellVarIndex)
1042    if NbDim(icell)<2
1043        continue
1044    end
1045    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1046    VarType=VarTypeCell{icell};
1047    ivar_X=VarType.coord_x;
1048    ivar_Y=VarType.coord_y;
1049    ivar_Z=VarType.coord_z;
1050    ivar_U=VarType.vector_x;
1051    ivar_V=VarType.vector_y;
1052    ivar_W=VarType.vector_z;
1053    ivar_C=VarType.scalar ;
1054    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1055    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1056    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1057    ivar_F=VarType.warnflag;
1058    ivar_FF=VarType.errorflag;
1059    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1060    %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
1061    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1062    if ischar(DimCell)
1063        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1064    end
1065   
1066%case of input fields with unstructured coordinates
1067    if testX
1068        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1069        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1070        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1071        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1072        if length(ivar_Z)==1
1073            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1074            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1075        end
1076
1077        % translate  initial coordinates
1078        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1079        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1080        if ~isempty(ivar_Z)
1081            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1082        end
1083       
1084        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1085        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1086            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1087            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1088            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1089            for ivar=VarIndex
1090                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1091                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1092%                 end     
1093                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1094            end
1095            coord_x=coord_x(indcut);
1096            coord_y=coord_y(indcut);
1097            coord_z=coord_z(indcut);
1098        end
1099
1100       %rotate coordinates if needed
1101        if isequal(Phi,0)
1102            coord_X=coord_x;
1103            coord_Y=coord_y;
1104            if ~isequal(Theta,0)
1105                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1106            end
1107        else
1108            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1109            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1110        end
1111        if ~isempty(ivar_Z)
1112            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1113        end
1114        if ~isequal(Psi,0)
1115                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1116                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1117        end
1118       
1119        %restriction to the range of x and y if imposed
1120        testin=ones(size(coord_X)); %default
1121        testbound=0;
1122        if testXMin
1123            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1124            testbound=1;
1125        end
1126        if testXMax
1127            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1128            testbound=1;
1129        end
1130        if testYMin
1131            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1132            testbound=1;
1133        end
1134        if testYMin
1135            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1136            testbound=1;
1137        end
1138        if testbound
1139            indcut=find(testin);
1140            for ivar=VarIndex
1141                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1142                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1143            end
1144            coord_X=coord_X(indcut);
1145            coord_Y=coord_Y(indcut);
1146            if length(ivar_Z)==1
1147                coord_Z=coord_Z(indcut);
1148            end
1149        end
1150        % different cases of projection
1151        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1152            ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.ListDimName(DimIndices(1))];%add the point index to the list of dimensions
1153            ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1154            nbvar=0;
1155            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1156                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1157                if ivar==ivar_X %x coordinate
1158                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1159                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1160                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1161                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1162                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1163                end
1164                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1165                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1166                    ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex DimIndices(1)];
1167                    nbvar=nbvar+1;
1168                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1169                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1170                    end
1171                end
1172            end 
1173        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1174            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1175            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1176            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1177            %ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1178            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1179            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1180            nbcoord=2;
1181            %ProjData.VarDimIndex={};   
1182            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1183            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1184            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1185            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1186            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1187            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1188            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1189            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1190            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1191            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1192            if ~isequal(ivar_FF,0)
1193                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1194                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1195                coord_X=coord_X(indsel);
1196                coord_Y=coord_Y(indsel);
1197            end
1198            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1199            testFF=0;
1200            for ivar=VarIndex
1201                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1202                if ~( ivar==ivar_X | ivar==ivar_Y | ivar==ivar_Z | ivar==ivar_F | ivar==ivar_FF | test_anc(ivar)==1)                 
1203                    ivar_new=ivar_new+1;
1204                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1205                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1206                    %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1 2]}];
1207                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1208                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1209                    end
1210%                     ProjData.VarAttribute{ivar_new}.Coord_2=[XMin XMax];
1211%                     ProjData.VarAttribute{ivar_new}.Coord_1=[YMin YMax];
1212                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1213                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1214                    end
1215                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(coord_X,coord_Y,FieldData.' VarName ',coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1216                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1217                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1218                    indnan=find(FFlag);
1219                    if~isempty(indnan)
1220                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1221                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1222                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1223%                         eval(['ProjData.' VarName '(indnan)=zeros(size(indnan));'])%put NaN to 0
1224%                         FF=FF|FFlag;
1225                        testFF=1;
1226                    end
1227                    if ivar==ivar_U
1228                        ivar_U=ivar_new;
1229                    end
1230                    if ivar==ivar_V
1231                        ivar_V=ivar_new;
1232                    end
1233                    if ivar==ivar_W
1234                        ivar_W=ivar_new;
1235                    end
1236                end
1237            end
1238            if testFF
1239                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1240                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1241              %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1 2]}];
1242               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1243                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1244            end
1245        end
1246%case of fields defined on a structured  grid
1247    else 
1248        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1249        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1250        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1251        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1252        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1253        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1254        ListDimName=FieldData.ListDimName(DimIndices);
1255        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1256        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1257        nbcolor=1; %default
1258        for idim=1:length(ListDimName)
1259            DimName=ListDimName{idim};
1260            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1261               nbcolor=DimValue(idim);
1262               DimIndices(idim)=[];
1263               DimValue(idim)=[];
1264            end
1265            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1266                DimIndices(idim)=[];
1267                DimValue(idim)=[];
1268            end
1269        end 
1270        ind_1=find(DimValue==1);
1271        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1272%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1273        nb_dim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1274        Coord_z=[];
1275        Coord_y=[];
1276        Coord_x=[];   
1277   
1278        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1279            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1280            test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
1281            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1282            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1283                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1284                DCoord=diff(Coord{idim});
1285                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1286                DCoord_max=max(DCoord);
1287                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1288                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1289                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1290                     warndlg_uvmat(['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'],'ERROR')
1291                                return
1292                end               
1293                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1294                test_coord(idim)=1;
1295
1296            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1297                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1298                DCoord_min(idim)=1;%default
1299                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1300                test_direct(idim)=1;
1301%                 for ivar=VarIndex
1302%                     if  isfield(FieldData.VarAttribute{ivar},Coord_i_str)% if there is a variable  attribute named Coord_1, _2 or _3
1303%                          eval(['Coord{idim}=FieldData.VarAttribute{ivar}.' Coord_i_str ';']);%'range x
1304%                          if isnumeric(Coord{idim})
1305%                              if length(Coord{idim})>=2
1306%                                 test_direct(idim)=(Coord{idim}(2)>Coord{idim}(1));
1307%                              else
1308%                                 warndlg_uvmat(['two values needed for ' Coord_i_str 'in proj_field.m'],'ERROR')
1309%                                 return
1310%                              end
1311%                          else
1312%                             warndlg_uvmat(['non numerical coordinate attributes' Coord_i_str 'in proj_field.m'],'ERROR')
1313%                             return
1314%                          end
1315%                          DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/(DimValue(idim)-1);
1316%                     end
1317%                 end
1318            end
1319        end
1320        if nb_dim==2
1321            if DY==0
1322                DY=abs(DCoord_min(1));
1323            end
1324            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1325            npy=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1326            if DX==0
1327                DX=abs(DCoord_min(2));
1328            end
1329            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1330            npx=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1331            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1332            test_direct_y=test_direct(1);
1333            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1334            test_direct_x=test_direct(2);
1335            DAX=DCoord_min(2);
1336            DAY=DCoord_min(1);
1337        elseif nb_dim==3
1338            DZ=abs(DCoord_min(1));
1339            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1340            if DY==0
1341                DY=abs(DCoord_min(2));
1342            end
1343            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1344            npy=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1345            if DX==0
1346                DX=abs(DCoord_min(3));
1347            end
1348            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1349            npx=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1350            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1351            test_direct_z=test_direct(1);
1352            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1353            test_direct_y=test_direct(2);
1354            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1355            test_direct_x=test_direct(3);
1356        end 
1357        minAX=min(Coord_x);
1358        maxAX=max(Coord_x);
1359        minAY=min(Coord_y);
1360        maxAY=max(Coord_y);
1361        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1362        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1363        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1364        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1365        if ~testXMax
1366            XMax=max(xcor_new);
1367        end
1368        if ~testXMin
1369            XMin=min(xcor_new);
1370        end
1371        if ~testYMax
1372            YMax=max(ycor_new);
1373        end
1374        if ~testYMin
1375            YMin=min(ycor_new);
1376        end
1377        DXinit=(maxAX-minAX)/(npx-1);
1378        DYinit=(maxAY-minAY)/(npy-1);
1379        if DX==0
1380            DX=DXinit;
1381        end
1382        if DY==0
1383            DY=DYinit;
1384        end
1385        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1386        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1387        if test_direct_y
1388            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1389        else
1390            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1391        end
1392        if test_direct_x
1393            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1394        else
1395            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1396        end
1397       
1398        % case with no rotation and interpolation
1399        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1400            if test_direct(1)
1401                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1402                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1403                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1404                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1405            else
1406                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1407                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1408                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1409                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1410            end             
1411            if test_direct(2)==1
1412                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1413                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1414                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1415                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1416            else
1417                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1418                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1419                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1420                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1421            end
1422            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1423            min_ind2=max(min_ind2,1);
1424            max_ind1=min(max_ind1,npy);
1425            max_ind2=min(max_ind2,npx);
1426            for ivar=VarIndex
1427                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1428%                 if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')% coordinates common to all fields
1429%                     ProjData.ListDimName={'coord_y','coord_x'};
1430%                     ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1431%                 else
1432%                     icoord=icoord+1;
1433%                     ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {['coord_y_' num2str(icoord)],['coord_x_' num2str(icoord)]}];
1434%                     ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1435%                 end
1436                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1437                ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1438                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1439                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1440                end
1441%                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=Xbound;
1442%                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=Ybound;
1443                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1444            end         
1445        else
1446        % case with rotation and/or interpolation
1447            if isempty(Coord_z) %2D case
1448                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1449                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1450                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1451                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1452                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1453                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1454                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1455                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
1456                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1457                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1458                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1459                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1460                    test_filter=1;
1461                else
1462                    test_filter=0;
1463                end
1464                for ivar=VarIndex
1465                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
1466                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
1467                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1468                    end
1469                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1470                    if test_filter 
1471                         Aclass=class(FieldData.A);
1472                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1473                         if ~isequal(Aclass,'double')
1474                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1475                         end
1476                    end
1477                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',npx*npy,nbcolor);'])%put the original image in line             
1478                    ind_in=find(flagin);
1479                    ind_out=find(~flagin);
1480                    ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
1481                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1482                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1483                    for icolor=1:nbcolor
1484                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1485                    end
1486                    % TODO: A REVOIR:
1487%                     if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp') || isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')% coordinates common to all fields
1488%                         ProjData.ListDimName={'coord_y','coord_x'};
1489%                         ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1490%                     else
1491%                         icoord=icoord+1;
1492%                         ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {['coord_y_' num2str(icoord)],['coord_x_' num2str(icoord)]}];
1493%                         ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1494%                     end
1495                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
1496                   % ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1497                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1498                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1499                    end
1500                    % A REVOIR:
1501%                     if test_direct(2)==1
1502%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMin XMax];
1503%                     else
1504%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMax XMin];
1505%                     end
1506%                     if test_direct(1)==1
1507%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMin YMax];
1508%                     else
1509%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMax YMin];
1510%                     end     
1511                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1512                end
1513                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1514                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1515              %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1516                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1517            else %3D case
1518                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1519                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1520                    iz_sup=find(test_sup);
1521                    iz=iz_sup(1);
1522                    if iz>=1 & iz<=npz
1523                        ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1524                        ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1525                        for ivar=VarIndex
1526                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1527                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1528                          %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-2 nb_dim-1]];
1529                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1530                            % A REVOIR
1531%                             if test_direct_x==1
1532%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMin XMax];
1533%                             else
1534%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMax XMin];
1535%                             end
1536%                             if test_direct_y==1
1537%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMin YMax];
1538%                             else
1539%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMax YMin];
1540%                             end     
1541                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1542                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1543                            if test_interp(2) | test_interp(3)
1544                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1545                            end
1546                        end
1547                    end
1548                else
1549                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1550                    %TODO: use interp3
1551                    return
1552                end
1553            end
1554        end
1555    end
1556    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
1557    if ~isequal(Phi,0) & length(ivar_U)==1
1558        if isempty(ivar_V)
1559            warndlg_uvmat('v velocity component missing in proj_field.m','ERROR')
1560            return
1561        end
1562        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1563        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1564        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1565        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1566        if ~isempty(ivar_W)
1567            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1568            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1569            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1570        end
1571        if ~isequal(Psi,0)
1572            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1573            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1574        end
1575    end
1576end
1577
1578%-----------------------------------------------------------------
1579%transmit the global attributes
1580function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
1581%-----------------------------------------------------------------
1582% ProjData=FieldData;
1583ProjData=[];%default
1584if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
1585    ProjData.ListGlobalAttribute={};
1586else
1587    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
1588end
1589if isfield(FieldData,'Txt')
1590    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
1591    return;
1592end
1593for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
1594    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
1595    if isfield(FieldData,AttrName)
1596        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
1597    end
1598end
1599if isfield(FieldData,'CoordType')
1600    if isfield(ObjectData,'CoordType')&~isequal(FieldData.CoordType,ObjectData.CoordType)
1601        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordType ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordType ' coordinates'];
1602        return
1603    else
1604         ProjData.CoordType=FieldData.CoordType;
1605    end
1606end
1607
1608ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
1609for ilist=1:length(ListObject)
1610    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
1611        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
1612        if ~isempty(val)
1613            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
1614            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
1615        end
1616    end   
1617end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.