source: trunk/src/proj_field.m @ 213

Last change on this file since 213 was 213, checked in by sommeria, 13 years ago

bug corrected for 3D geometry calib: tilt angles

File size: 101.0 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84%% case of no projection (object is used only as graph display)
85if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
86    ProjData=[];
87    return
88end
89
90%% in the absence of object Style or projection mode, or object coordinaes, the input field is just tranfered without change
91if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
92    ProjData=FieldData;
93    return
94end
95if ~isfield(ObjectData,'Coord')
96    if strcmp(ObjectData.Style,'plane')
97        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
98    else
99        ProjData=FieldData;
100        return
101    end
102end
103       
104%% OBSOLETE
105if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
106    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
107end
108if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
109    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
110end
111if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
112    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
113end
114if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
115    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
116end
117if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
118    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
119end
120if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
121    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
122end
123%%%%%%%%%%
124
125%% apply projection depending on the object style
126switch ObjectData.Style
127    case 'points'
128    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
129    case {'line','polyline'}
130     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
131    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
132        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
133            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
134        else
135            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
136        end
137    case 'plane'
138            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
139    case 'volume'
140        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
141end
142
143%-----------------------------------------------------------------
144%project on a set of points
145function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
146%-------------------------------------------------------------------
147
148siz=size(ObjectData.Coord);
149width=0;
150if isfield(ObjectData,'Range')
151    width=ObjectData.Range(1,2);
152end
153if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
154    width=max(ObjectData.RangeX);
155end
156if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
157    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
158end
159if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
160    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
161end
162if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
163    if width==0
164        errormsg='projection range around points needed';
165        return
166    end
167elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
168    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
169        return
170end
171[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
172ProjData.NbDim=0;
173%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
174%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
175
176
177% idimvar=0;
178[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
179if ~isempty(errormsg)
180    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
181    return
182end
183%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
184% CellVarIndex=cells of variable index arrays
185% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
186% icoord=0;
187for icell=1:length(CellVarIndex)
188    if NbDim(icell)==1
189        continue
190    end
191    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
192    VarType=VarTypeCell{icell};
193    ivar_X=VarType.coord_x;
194    ivar_Y=VarType.coord_y;
195    ivar_Z=VarType.coord_z;
196%     ivar_U=VarType.vector_x;
197%     ivar_V=VarType.vector_y;
198%     ivar_W=VarType.vector_z;
199%     ivar_C=VarType.scalar ;
200    ivar_Anc=VarType.ancillary;
201%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
202    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
203    ivar_F=VarType.warnflag;
204    ivar_FF=VarType.errorflag;
205    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
206    if isempty(ivar_X)
207        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
208     
209    else
210        if length(ivar_X)>1 || length(ivar_Y)>1 || length(ivar_Z)>1
211                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
212                    return
213        end
214        if length(ivar_Y)~=1
215                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
216                return
217        end
218        test_grid=0;
219    end
220    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
221    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
222    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
223    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
224    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
225    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
226    for ivar=VarIndex       
227        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
228        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
229        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
230        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
231    end
232    if ~test_grid
233        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
234        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
235        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
236        if length(ivar_Z)==1
237            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
238            test3D=1;
239        end
240        if length(ivar_F)>1 || length(ivar_FF)>1
241                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
242                    return
243        end     
244        for ipoint=1:siz(1)
245           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
246           distX=coord_x-Xpoint(1);
247           distY=coord_y-Xpoint(2);         
248           dist=distX.*distX+distY.*distY;
249           indsel=find(dist<width*width);
250           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
251           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
252           if isequal(length(ivar_FF),1)
253               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
254               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
255               ind_indsel=find(~FF);
256               indsel=indsel(ind_indsel);
257           end
258           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
259            for ivar=VarIndex
260               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
261               if isempty(indsel)
262                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
263               else
264                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
265                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
266                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
267                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
268                    end
269               end
270            end
271        end
272    else
273        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
274        %case of structured coordinates
275        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
276            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
277            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
278            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
279            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
280            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
281            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
282            npxy=size(A);
283
284% %             nbcolor=1; %default
285%             for idim=1:length(ListDimName)
286%                 DimName=ListDimName{idim};
287%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
288%                    nbcolor=npxy(idim);
289%                    DimIndices(idim)=[];
290%                    npxy(idim)=[];
291%                 end
292%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
293%                     DimIndices(idim)=[];
294%                     npxy(idim)=[];
295%                 end
296%             end 
297            ind_1=find(npxy==1);
298            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
299%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
300            %NbDim=length(DimIndices)%number of space dimensions
301            NbDim=numel(VarType.coord);
302            Coord_z=[];
303            Coord_y=[];
304            Coord_x=[];   
305            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
306                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
307                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
308                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
309                ivar=VarType.coord(idim);
310%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
311                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
312                    if numel(Coord{idim})==2
313                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
314                    else
315                        DCoord=diff(Coord{idim});
316                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
317                        DCoord_max=max(DCoord);
318                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
319                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
320                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
321                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
322                                    return
323                        end               
324                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
325                        test_coord(idim)=1;
326                    end
327%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
328%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
329%                     DCoord_min(idim)=1;%default
330%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
331%                     test_direct(idim)=1;
332%                 end
333            end
334            DX=DCoord_min(2);
335            DY=DCoord_min(1);
336            for ipoint=1:siz(1)
337                xwidth=width/(abs(DX));
338                ywidth=width/(abs(DY));
339                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
340                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
341                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
342                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
343                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
344                j_min=max(1,j_min);
345                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
346                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
347                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
348                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
349                i_int=(i_min:i_plus);
350                j_int=(j_min:j_plus);
351                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
352                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
353                   for ivar=VarIndex   
354                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
355                   end
356                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
357                else
358                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
359                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
360                    for ivar=VarIndex   
361                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
362                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
363                    end
364                end
365            end
366        end
367   end
368end
369
370%-----------------------------------------------------------------
371%project in a patch
372function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
373%-------------------------------------------------------------------
374[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
375
376objectfield=fieldnames(ObjectData);
377widthx=0;
378widthy=0;
379if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
380    widthx=max(ObjectData.RangeX);
381end
382if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
383    widthy=max(ObjectData.RangeY);
384end
385
386%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
387ProjData.NbDim=1;
388ProjData.ListVarName={};
389ProjData.VarDimName={};
390ProjData.VarAttribute={};
391
392Mesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
393if isfield (FieldData,'VarAttribute')
394    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
395    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
396%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
397        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
398            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
399        end
400        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Mesh')
401            Mesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.Mesh;
402        end
403    end
404end
405
406%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
407testfalse=0;
408ListIndex={};
409% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
410idimvar=0;
411[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
412if ~isempty(errormsg)
413    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
414    return
415end
416
417%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
418dimcounter=0;
419for icell=1:length(CellVarIndex)
420    testX=0;
421    testY=0;
422    test_Amat=0;
423    testfalse=0;
424    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
425    VarType=VarTypeCell{icell};
426  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
427    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
428        continue
429    end
430    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
431    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
432    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
433    testproj(VarType.scalar)=1;
434    testproj(VarType.vector_x)=1;
435    testproj(VarType.vector_y)=1;
436    testproj(VarType.vector_z)=1;
437    testproj(VarType.image)=1;
438    testproj(VarType.color)=1;
439    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
440    if testX %case of unstructured coordinates
441         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
442         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
443               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
444            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
445         end
446         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
447         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
448         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
449         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
450    end
451    if testfalse
452        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
453        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
454    end
455    % image or 2D matrix
456    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
457        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
458        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
459        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
460        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
461        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
462        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
463        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
464       if length(AX)==2
465           AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
466       end
467       if length(AY)==2
468           AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
469       end
470%         for idim=1:length(DimValue)       
471%             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
472%             DCoord_min(idim)=1;%default
473%             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
474%             test_direct(idim)=1;
475%         end
476%         AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
477%         AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
478        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
479        if length(DimValue)==3
480            testcolor=1;
481            npxy(3)=3;
482        else
483            testcolor=0;
484            npxy(3)=1;
485        end
486        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
487        npxy(1)=length(AY);
488        npxy(2)=length(AX);
489        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
490        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
491        for ivar=1:length(VarIndex)
492            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
493            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
494        end
495    end
496%select the indices in the range of action
497    testin=[];%default
498    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
499%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
500%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
501%                 return
502%            end
503       if testX
504            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
505            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
506            testin=distX<widthx & distY<widthy;
507       elseif test_Amat
508           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
509           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
510           testin=distX<widthx & distY<widthy;
511       end
512    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
513        if testX
514            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
515        elseif test_Amat
516           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
517       else%calculate the scalar
518           testin=[]; %A REVOIR
519       end
520    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
521       X2Max=widthx*widthx;
522       Y2Max=(widthy)*(widthy);
523       if testX
524            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
525            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
526            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
527       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
528           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
529           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
530           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
531       end
532    end
533    %selected indices
534    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
535            testin=~testin;
536    end
537    if testfalse
538        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
539    end
540    indsel=find(testin);
541    for ivar=VarIndex
542        if testproj(ivar)
543            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
544            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
545            eval(['ProjData.' VarName 'Min=min(min(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
546            eval(['ProjData.' VarName 'Max=max(max(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
547            if isequal(Mesh(ivar),0)
548                eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % default histogram with 100 bins
549            else
550                eval(['ProjData.' VarName '=(ProjData.' VarName 'Min+Mesh(ivar)/2:Mesh(ivar):ProjData.' VarName 'Max);']); % list of bin values
551                eval(['ProjData.' VarName 'Histo=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),ProjData.' VarName ');']); % histogram at predefined bin positions
552            end
553            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
554            if test_Amat && testcolor
555                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
556            else
557               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'} {'nbpoint'} {'nbpoint'}];
558            end
559            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
560        end
561    end
562%     if test_Amat & testcolor
563%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
564%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
565%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
566%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
567%        ProjData.VarDimName
568%     end
569end
570
571
572%-----------------------------------------------------------------
573%project on a line
574% AJOUTER flux,circul,error
575function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
576%-----------------------------------------------------------------
577[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
578if ~isempty(errormsg)
579    return
580end
581ProjData.NbDim=1;
582%initialisation of the input parameters and defaultoutput
583ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
584if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
585ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
586if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
587width=0;%default width of the projection band
588if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
589    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
590end
591if isfield(ObjectData,'RangeY')
592    width=max(ObjectData.RangeY);
593end
594
595% default output
596errormsg=[];%default
597Xline=[];
598flux=0;
599circul=0;
600liny=ObjectData.Coord(:,2);
601siz_line=size(ObjectData.Coord);
602if siz_line(1)<2
603    return% line needs at least 2 points to be defined
604end
605testfalse=0;
606ListIndex={};
607
608%angles of the polyline and boundaries of action
609dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
610dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
611theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
612theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
613% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
614if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
615    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
616    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
617    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
618    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
619    for ip=2:siz_line(1)
620        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
621        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
622        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
623        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
624    end
625end
626
627%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
628[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
629if ~isempty(errormsg)
630    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
631    return
632end
633
634% loop on variable cells with the same space dimension
635ProjData.ListVarName={};
636ProjData.VarDimName={};
637for icell=1:length(CellVarIndex)
638    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
639    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
640    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
641        continue
642    end
643    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
644    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
645    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
646    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
647                                             %=0 for vector components, treated separately
648    testproj(VarType.scalar)=1;
649    testproj(VarType.image)=1;
650    testproj(VarType.color)=1;
651    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
652    if testU
653         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
654    end
655    %identify vector components   
656    if testU
657        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
658        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
659        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
660        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
661    end 
662    %identify error flag
663    if testfalse
664        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
665        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
666    end   
667    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
668    if testX
669        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
670            if width==0
671                errormsg='range of the projection object is missing';
672                return     
673            else
674                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
675            end
676        end
677        if ~isequal(ProjMode,'projection')
678            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
679                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
680            else
681                errormsg='DX missing';
682                return
683            end
684        end
685        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
686        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
687        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
688        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
689    end   
690    %initiate projection
691    for ivar=1:length(VarIndex)
692        ProjLine{ivar}=[];
693    end
694    XLine=[];
695    linelengthtot=0;
696
697%         circul=0;
698%         flux=0;
699  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
700   %case of unstructured coordinates
701    if testX   
702        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
703            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
704            %select the vector indices in the range of action
705            if testfalse
706                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
707            else
708                flagsel=ones(size(coord_x));
709            end
710            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
711                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
712                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
713                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
714                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
715            end
716            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
717            X_sel=coord_x(indsel);
718            Y_sel=coord_y(indsel);
719            nbvar=0;
720            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
721                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
722                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
723            end   
724            if testU
725                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
726                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
727            end
728            if isequal(ProjMode,'projection')
729                sintheta=sin(theta(ip));
730                costheta=cos(theta(ip));
731                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
732                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
733                for ivar=1:numel(ProjVar)
734                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
735                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
736                     end
737                end
738            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
739                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
740                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
741                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
742                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
743                for ivar=1:numel(ProjVar)
744                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
745                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
746                     end
747                end
748            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
749                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
750                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
751                siz=size(X_sel);
752                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
753                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
754                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
755                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
756                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
757                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
758                for ivar=1:numel(ProjVar)
759                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
760                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
761                     end
762                end             
763            end
764            %prolongate the total record
765            for ivar=1:numel(ProjVar)
766                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
767                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
768                  end
769            end
770            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
771            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
772            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
773            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
774        end
775        ProjData.X=XLine';
776        cur_index=1;
777        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
778        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
779        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
780        for iselect=1:numel(VarIndex)
781            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
782            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
783            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
784            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
785            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
786            if strcmp(ProjMode,'projection')
787                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
788            else
789                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
790            end
791        end
792   
793    %case of structured coordinates
794    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
795        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
796            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
797        else
798            test_Amat=1;%image or 2D matrix
799            test_interp2=0;%default
800%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
801            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
802            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
803            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
804            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
805            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
806            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
807            npxy=size(A);
808            npx=npxy(2);
809            npy=npxy(1);
810            if numel(AX)==2
811                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
812            else
813                DX_vec=diff(AX);
814                DX=max(DX_vec);
815                DX_min=min(DX_vec);
816                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
817                    test_interp2=1;
818                    DX=DX_min;
819                end   
820            end
821            if numel(AY)==2
822                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
823            else
824                DY_vec=diff(AY);
825                DY=max(DY_vec);
826                DY_min=min(DY_vec);
827                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
828                   test_interp2=1;
829                    DY=DY_min;
830                end     
831            end             
832            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
833            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
834            if isfield(ObjectData,'DX')
835                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
836            else
837                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
838            end
839            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
840            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
841            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
842            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
843            if isfield(FieldData,'RangeX')
844                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
845            else
846                XMin=0;
847            end
848            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
849            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
850            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
851            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
852            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
853            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
854            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
855            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
856            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
857            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
858            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
859            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
860            ind_in=find(flagin);
861            ind_out=find(~flagin);
862            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
863            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
864            nbcolor=1; %color images
865            if numel(npxy)==2
866                nbcolor=1;
867            elseif length(npxy)==3
868                nbcolor=npxy(3);
869            else
870                errormsg='multicomponent field not projected';
871                display(errormsg)
872                return
873            end
874            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
875            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
876            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
877            for ivar=VarIndex
878                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
879                if test_interp2% interpolate on new grid
880                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
881                end
882                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
883                if nbcolor==1
884                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
885                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
886                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
887                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
888                elseif nbcolor==3
889                    vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
890                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
891                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
892                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
893                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
894                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
895                end 
896                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
897                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
898                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
899            end
900            if testU
901                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
902                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
903                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
904                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
905            end
906            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
907            if nbcolor==3
908                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
909            end
910        end     
911    end
912end
913
914% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
915% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
916% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
917% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
918% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
919% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
920% %     else
921% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
922% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
923% %     end
924%
925% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
926
927
928%-----------------------------------------------------------------
929%project on a plane
930% AJOUTER flux,circul,error
931 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
932%-----------------------------------------------------------------
933
934%% initialisation of the input parameters of the projection plane
935ProjMode='projection';%direct projection by default
936if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
937
938%axis origin
939if isempty(ObjectData.Coord)
940    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
941    ObjectData.Coord(1,2)=0;
942    ObjectData.Coord(1,3)=0;
943end
944
945%rotation angles
946PlaneAngle=[0 0 0];
947norm_plane=[0 0 1];
948cos_om=1;
949sin_om=0;
950if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
951    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
952    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
953    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
954    cos_om=cos(om);
955    sin_om=sin(om);
956    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
957    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
958    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
959    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
960    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
961end
962testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);
963% Phi=0;%default
964% Theta=0;
965% Psi=0;
966% if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
967%     Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
968% end
969% if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
970%     Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
971% end
972% if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
973%     Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
974% end
975
976%components of the unity vector normal to the projection plane
977% NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
978% NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
979% NormVec_Z=cos(Theta);
980
981%mesh sizes DX and DY
982DX=0;
983DY=0; %default
984if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
985     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
986end
987if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
988     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
989end
990if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
991        errormsg='DX or DY missing';
992        display(errormsg)
993        return
994end
995
996%extrema along each axis
997testXMin=0;
998testXMax=0;
999testYMin=0;
1000testYMax=0;
1001if isfield(ObjectData,'RangeX')
1002        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1003        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1004        testXMin=XMax>XMin;
1005        testXMax=1;
1006end
1007if isfield(ObjectData,'RangeY')
1008        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1009        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1010        testYMin=YMax>YMin;
1011        testYMax=1;
1012end
1013width=0;%default width of the projection band
1014if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1015        width=max(ObjectData.RangeZ);
1016end
1017
1018% initiate Matlab  structure for physical field
1019[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1020ProjData.NbDim=2;
1021ProjData.ListVarName={};
1022ProjData.VarDimName={};
1023if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1024    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1025elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1026    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1027end
1028
1029error=0;%default
1030flux=0;
1031testfalse=0;
1032ListIndex={};
1033
1034%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1035%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1036%-----------------------------------------------------------------
1037idimvar=0;
1038
1039[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1040if ~isempty(errormsg)
1041    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1042    return
1043end
1044
1045% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1046% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1047ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1048icoord=0;
1049nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1050nbvar=0;
1051for icell=1:length(CellVarIndex)
1052    NbDim=NbDimVec(icell);
1053    if NbDim<2
1054        continue
1055    end
1056    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1057    VarType=VarTypeCell{icell};
1058    ivar_X=VarType.coord_x;
1059    ivar_Y=VarType.coord_y;
1060    ivar_Z=VarType.coord_z;
1061    ivar_U=VarType.vector_x;
1062    ivar_V=VarType.vector_y;
1063    ivar_W=VarType.vector_z;
1064    ivar_C=VarType.scalar ;
1065    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1066    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1067    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1068    ivar_F=VarType.warnflag;
1069    ivar_FF=VarType.errorflag;
1070    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1071    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1072    if ischar(DimCell)
1073        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1074    end
1075
1076%% case of input fields with unstructured coordinates
1077    if testX
1078        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1079        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1080        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1081        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1082        if length(ivar_Z)==1
1083            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1084            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1085        end
1086
1087        % translate  initial coordinates
1088        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1089        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1090        if ~isempty(ivar_Z)
1091            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1092        end
1093       
1094        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1095        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1096            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1097            fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane           
1098            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1099            size(indcut)
1100            for ivar=VarIndex
1101                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1102                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1103                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1104            end
1105            coord_x=coord_x(indcut);
1106            coord_y=coord_y(indcut);
1107            coord_z=coord_z(indcut);
1108        end
1109
1110       %rotate coordinates if needed
1111        if testangle
1112%             coord_X=coord_x;
1113%             coord_Y=coord_y;
1114%             if ~isequal(Theta,0)
1115%                 coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1116%             end
1117%         else
1118            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1119            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1120%         end
1121%         if ~isempty(ivar_Z)
1122            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1123%         end
1124%         if testangle
1125                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1126                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1127        else
1128            coord_X=coord_x;
1129            coord_Y=coord_y;
1130        end
1131       
1132        %restriction to the range of x and y if imposed
1133        testin=ones(size(coord_X)); %default
1134        testbound=0;
1135        if testXMin
1136            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1137            testbound=1;
1138        end
1139        if testXMax
1140            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1141            testbound=1;
1142        end
1143        if testYMin
1144            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1145            testbound=1;
1146        end
1147        if testYMin
1148            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1149            testbound=1;
1150        end
1151        if testbound
1152            indcut=find(testin);
1153            for ivar=VarIndex
1154                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1155                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1156            end
1157            coord_X=coord_X(indcut);
1158            coord_Y=coord_Y(indcut);
1159            if length(ivar_Z)==1
1160                coord_Z=coord_Z(indcut);
1161            end
1162        end
1163        % different cases of projection
1164        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1165            %the list of dimension
1166            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1167            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1168             %length(coord_X)];
1169
1170            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1171                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1172                if ivar==ivar_X %x coordinate
1173                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1174                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1175                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1176                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1177                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1178                end
1179                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1180                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1181                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1182                    nbvar=nbvar+1;
1183                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1184                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1185                    end
1186                end
1187            end 
1188        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1189            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1190            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1191            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1192            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1193            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1194            nbcoord=2; 
1195            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1196            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1197            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1198            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1199            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1200            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1201            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1202            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1203            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1204            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1205            if ~isequal(ivar_FF,0)
1206                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1207                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1208                coord_X=coord_X(indsel);
1209                coord_Y=coord_Y(indsel);
1210            end
1211            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1212            testFF=0;
1213            for ivar=VarIndex
1214                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1215                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1216                    ivar_new=ivar_new+1;
1217                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1218                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1219                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1220                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1221                    end
1222                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1223                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1224                    end
1225                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1226                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1227                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1228                    indnan=find(FFlag);
1229                    if~isempty(indnan)
1230                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1231                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1232                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1233                        testFF=1;
1234                    end
1235                    if ivar==ivar_U
1236                        ivar_U=ivar_new;
1237                    end
1238                    if ivar==ivar_V
1239                        ivar_V=ivar_new;
1240                    end
1241                    if ivar==ivar_W
1242                        ivar_W=ivar_new;
1243                    end
1244                end
1245            end
1246            if testFF
1247                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1248                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1249               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1250                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1251            end
1252        end
1253       
1254%% case of input fields defined on a structured  grid
1255    else
1256        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1257        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1258        DimValue(find(DimValue==1))=[];%remove singleton dimensions       
1259        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1260        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1261        if NbDim>=3
1262            if NbDim>3
1263                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1264                return
1265            else
1266                VarType.coord
1267                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1268                    nbcolor=DimValue(3);
1269                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1270                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1271                end
1272            end
1273        end
1274        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1275        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1276        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1277        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1278        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1279        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1280        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1281
1282%         for idim=1:length(ListDimName)
1283%             DimName=ListDimName{idim};
1284%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1285%                nbcolor=DimValue(idim);
1286%                DimValue(idim)=[];
1287%             end
1288%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1289%                 DimValue(idim)=[];
1290%             end
1291%         end 
1292        Coord_z=[];
1293        Coord_y=[];
1294        Coord_x=[];   
1295
1296        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1297            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1298            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1299            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1300                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1301                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1302                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1303                else
1304                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1305                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1306                    DCoord_max=max(DCoord);
1307                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1308                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1309                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1310                                return
1311                    end               
1312                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1313                end
1314                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1315            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1316                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1317                DCoord_min(idim)=1;%default
1318                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1319                test_direct(idim)=1;
1320            end
1321        end
1322        if DY==0
1323            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1324        end
1325        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1326        if DX==0
1327            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1328        end
1329        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1330        for idim=1:NbDim
1331            if test_interp(idim)
1332                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1333            end
1334        end       
1335        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1336        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1337        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1338        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1339        DAX=DCoord_min(NbDim);
1340        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1341        minAX=min(Coord_x);
1342        maxAX=max(Coord_x);
1343        minAY=min(Coord_y);
1344        maxAY=max(Coord_y);
1345        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1346        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1347        xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1348        ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1349        if ~testXMax
1350            XMax=max(xcor_new);
1351        end
1352        if ~testXMin
1353            XMin=min(xcor_new);
1354        end
1355        if ~testYMax
1356            YMax=max(ycor_new);
1357        end
1358        if ~testYMin
1359            YMin=min(ycor_new);
1360        end
1361        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1362        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1363        if DX==0
1364            DX=DXinit;
1365        end
1366        if DY==0
1367            DY=DYinit;
1368        end
1369        if NbDim==3
1370            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1371            if ~test_direct(1)
1372                DZ=-DZ;
1373            end
1374            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1375            test_direct_z=test_direct(1);
1376        end
1377        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1378        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1379        if test_direct_y
1380            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1381        else
1382            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1383        end
1384        if test_direct_x
1385            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1386        else
1387            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1388        end
1389       
1390        % case with no rotation and interpolation
1391        if isequal(ProjMode,'projection') && ~testangle
1392            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
1393                ProjData=FieldData;
1394            else
1395                indY=NbDim-1;
1396                if test_direct(indY)
1397                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1398                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1399                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1400                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1401                else
1402                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1403                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1404                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1405                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1406                end   
1407                if test_direct(NbDim)==1
1408                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1409                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1410                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1411                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1412                else
1413                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1414                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1415                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1416                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1417                end
1418                if NbDim==3
1419                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1420                    DimValue(1)=[];
1421                                        %structured coordinates
1422                    if test_direct(1)
1423                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1424                    else
1425                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1426                    end
1427                end
1428                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1429                min_indx=max(min_indx,1);
1430                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
1431                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1432                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1433                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1434                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1435                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1436                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1437                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1438                    end
1439                    if NbDim==3
1440                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1441                    else
1442                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1443                    end
1444                end 
1445                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1446                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1447            end
1448        else       % case with rotation and/or interpolation
1449            if NbDim==2 %2D case
1450                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1451                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1452                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1453                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1454                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1455                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1456                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1457                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1458                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1459                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1460                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1461                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1462                    test_filter=1;
1463                else
1464                    test_filter=0;
1465                end
1466                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1467                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1468                for ivar=VarIndex
1469                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1470                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
1471                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1472                    end
1473                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1474                    if test_filter 
1475                         Aclass=class(FieldData.A);
1476                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1477                         if ~isequal(Aclass,'double')
1478                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1479                         end
1480                    end
1481                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
1482                    %ind_in=find(flagin);
1483                    ind_out=find(~flagin);
1484                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1485                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1486                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1487                    for icolor=1:nbcolor
1488                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1489                    end
1490                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1491                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1492                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1493                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1494                    end     
1495                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1496                end
1497                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1498                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1499                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1500                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1501            else %3D case
1502                if ~testangle     
1503                    % unstructured z coordinate
1504                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1505                    iz_sup=find(test_sup);
1506                    iz=iz_sup(1);
1507                    if iz>=1 & iz<=npz
1508                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1509                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1510                        for ivar=VarIndex
1511                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1512                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1513                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
1514                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1515                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1516                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1517                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1518                            end
1519                        end
1520                    end
1521                else
1522                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1523                    %TODO: use interp3
1524                    return
1525                end
1526            end
1527        end
1528    end
1529
1530    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1531    if testangle && length(ivar_U)==1
1532        if isempty(ivar_V)
1533            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1534            return
1535        end
1536        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1537        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1538        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1539        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1540        if ~isempty(ivar_W)
1541            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1542            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1543            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1544        end
1545        if ~isequal(Psi,0)
1546            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1547            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1548        end
1549    end
1550end
1551
1552%-----------------------------------------------------------------
1553%projection in a volume
1554 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1555%-----------------------------------------------------------------
1556ProjData=FieldData;%default output
1557
1558%% initialisation of the input parameters of the projection plane
1559ProjMode='projection';%direct projection by default
1560if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1561
1562%% axis origin
1563if isempty(ObjectData.Coord)
1564    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1565    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1566    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1567end
1568
1569%% rotation angles
1570VolumeAngle=[0 0 0];
1571norm_plane=[0 0 1];
1572if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1573    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1574    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1575    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1576    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1577    cos_om=cos(pi*om/180);
1578    sin_om=sin(pi*om/180);
1579    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1580    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1581    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1582    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1583    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1584end
1585testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1586
1587%% mesh sizes DX, DY, DZ
1588DX=0;
1589DY=0; %default
1590DZ=0;
1591if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1592     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1593end
1594if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1595     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1596end
1597if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1598     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1599end
1600if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1601        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1602        return
1603end
1604
1605%% extrema along each axis
1606testXMin=0;
1607testXMax=0;
1608testYMin=0;
1609testYMax=0;
1610if isfield(ObjectData,'RangeX')
1611        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1612        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1613        testXMin=XMax>XMin;
1614        testXMax=1;
1615end
1616if isfield(ObjectData,'RangeY')
1617        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1618        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1619        testYMin=YMax>YMin;
1620        testYMax=1;
1621end
1622width=0;%default width of the projection band
1623if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1624        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1625        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1626        testZMin=ZMax>ZMin;
1627        testZMax=1;
1628end
1629
1630%% initiate Matlab  structure for physical field
1631[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1632ProjData.NbDim=3;
1633ProjData.ListVarName={};
1634ProjData.VarDimName={};
1635if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1636    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1637elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1638    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1639end
1640
1641error=0;%default
1642flux=0;
1643testfalse=0;
1644ListIndex={};
1645
1646%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1647%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1648%-----------------------------------------------------------------
1649idimvar=0;
1650[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1651if ~isempty(errormsg)
1652    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1653    return
1654end
1655
1656% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1657% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1658ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1659icoord=0;
1660nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1661nbvar=0;
1662for icell=1:length(CellVarIndex)
1663    NbDim=NbDimVec(icell);
1664    if NbDim<3
1665        continue
1666    end
1667    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1668    VarType=VarTypeCell{icell};
1669    ivar_X=VarType.coord_x;
1670    ivar_Y=VarType.coord_y;
1671    ivar_Z=VarType.coord_z;
1672    ivar_U=VarType.vector_x;
1673    ivar_V=VarType.vector_y;
1674    ivar_W=VarType.vector_z;
1675    ivar_C=VarType.scalar ;
1676    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1677    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1678    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1679    ivar_F=VarType.warnflag;
1680    ivar_FF=VarType.errorflag;
1681    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1682    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1683    if ischar(DimCell)
1684        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1685    end
1686
1687%% case of input fields with unstructured coordinates
1688    if testX
1689        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1690        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1691        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1692        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1693        if length(ivar_Z)==1
1694            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1695            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1696        end
1697
1698        % translate  initial coordinates
1699        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1700        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1701        if ~isempty(ivar_Z)
1702            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1703        end
1704       
1705        % selection of the vectors in the projection range
1706%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1707%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1708%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1709%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1710%             for ivar=VarIndex
1711%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1712%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1713%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1714%             end
1715%             coord_x=coord_x(indcut);
1716%             coord_y=coord_y(indcut);
1717%             coord_z=coord_z(indcut);
1718%         end
1719
1720       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1721       if testangle
1722           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1723           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1724           if ~isempty(ivar_Z)
1725               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1726           end
1727           
1728           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1729           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1730           
1731       else
1732           coord_X=coord_x;
1733           coord_Y=coord_y;
1734           coord_Z=coord_z;
1735       end
1736        %restriction to the range of x and y if imposed
1737        testin=ones(size(coord_X)); %default
1738        testbound=0;
1739        if testXMin
1740            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1741            testbound=1;
1742        end
1743        if testXMax
1744            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1745            testbound=1;
1746        end
1747        if testYMin
1748            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1749            testbound=1;
1750        end
1751        if testYMin
1752            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1753            testbound=1;
1754        end
1755        if testbound
1756            indcut=find(testin);
1757            for ivar=VarIndex
1758                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1759                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1760            end
1761            coord_X=coord_X(indcut);
1762            coord_Y=coord_Y(indcut);
1763            if length(ivar_Z)==1
1764                coord_Z=coord_Z(indcut);
1765            end
1766        end
1767        % different cases of projection
1768        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1769            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1770                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1771                if ivar==ivar_X %x coordinate
1772                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1773                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1774                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1775                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1776                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1777                end
1778                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1779                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1780                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1781                    nbvar=nbvar+1;
1782                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1783                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1784                    end
1785                end
1786            end 
1787        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1788            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1789            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1790            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1791            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1792            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1793            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1794            nbcoord=2; 
1795            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1796            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1797            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1798            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1799            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1800            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1801            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1802            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1803            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1804            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1805            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1806            if ~isequal(ivar_FF,0)
1807                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1808                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1809                coord_X=coord_X(indsel);
1810                coord_Y=coord_Y(indsel);
1811            end
1812            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1813            testFF=0;
1814            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1815            for ivar=VarIndex
1816                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1817                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1818                    ivar_new=ivar_new+1;
1819                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1820                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1821                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1822                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1823                    end
1824                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1825                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1826                    end
1827                    eval(['InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '))'])
1828                    eval(['ProjData.' VarName '=InterpFct(X,Y,Z);'])
1829%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1830%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1831%                     indnan=find(FFlag);
1832%                     if~isempty(indnan)
1833%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1834%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1835%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1836%                         testFF=1;
1837%                     end
1838                    if ivar==ivar_U
1839                        ivar_U=ivar_new;
1840                    end
1841                    if ivar==ivar_V
1842                        ivar_V=ivar_new;
1843                    end
1844                    if ivar==ivar_W
1845                        ivar_W=ivar_new;
1846                    end
1847                end
1848            end
1849            if testFF
1850                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1851                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1852               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1853                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1854            end
1855        end
1856       
1857%% case of input fields defined on a structured  grid
1858    else
1859        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1860        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1861        DimValue(find(DimValue==1))=[];%remove singleton dimensions       
1862        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1863        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1864        if NbDim>=3
1865            if NbDim>3
1866                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1867                return
1868            else
1869                VarType.coord
1870                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1871                    nbcolor=DimValue(3);
1872                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1873                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1874                end
1875            end
1876        end
1877        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1878        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1879        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1880        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1881        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1882        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1883        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1884
1885%         for idim=1:length(ListDimName)
1886%             DimName=ListDimName{idim};
1887%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1888%                nbcolor=DimValue(idim);
1889%                DimValue(idim)=[];
1890%             end
1891%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1892%                 DimValue(idim)=[];
1893%             end
1894%         end 
1895        Coord_z=[];
1896        Coord_y=[];
1897        Coord_x=[];   
1898
1899        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1900            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1901            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1902            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1903                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1904                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1905                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1906                else
1907                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1908                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1909                    DCoord_max=max(DCoord);
1910                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1911                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1912                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1913                                return
1914                    end               
1915                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1916                end
1917                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1918            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1919                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1920                DCoord_min(idim)=1;%default
1921                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1922                test_direct(idim)=1;
1923            end
1924        end
1925        if DY==0
1926            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1927        end
1928        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1929        if DX==0
1930            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1931        end
1932        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1933        for idim=1:NbDim
1934            if test_interp(idim)
1935                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1936            end
1937        end       
1938        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1939        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1940        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1941        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1942        DAX=DCoord_min(NbDim);
1943        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1944        minAX=min(Coord_x);
1945        maxAX=max(Coord_x);
1946        minAY=min(Coord_y);
1947        maxAY=max(Coord_y);
1948        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1949        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1950        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1951        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1952        if ~testXMax
1953            XMax=max(xcor_new);
1954        end
1955        if ~testXMin
1956            XMin=min(xcor_new);
1957        end
1958        if ~testYMax
1959            YMax=max(ycor_new);
1960        end
1961        if ~testYMin
1962            YMin=min(ycor_new);
1963        end
1964        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1965        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1966        if DX==0
1967            DX=DXinit;
1968        end
1969        if DY==0
1970            DY=DYinit;
1971        end
1972        if NbDim==3
1973            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1974            if ~test_direct(1)
1975                DZ=-DZ;
1976            end
1977            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1978            test_direct_z=test_direct(1);
1979        end
1980        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1981        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1982        if test_direct_y
1983            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1984        else
1985            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1986        end
1987        if test_direct_x
1988            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1989        else
1990            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1991        end
1992       
1993        % case with no rotation and interpolation
1994        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1995            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
1996                ProjData=FieldData;
1997            else
1998                indY=NbDim-1;
1999                if test_direct(indY)
2000                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2001                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2002                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2003                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
2004                else
2005                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2006                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2007                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2008                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2009                end   
2010                if test_direct(NbDim)==1
2011                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2012                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2013                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2014                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2015                else
2016                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2017                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2018                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2019                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2020                end
2021                if NbDim==3
2022                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2023                    DimValue(1)=[];
2024                                        %structured coordinates
2025                    if test_direct(1)
2026                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2027                    else
2028                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2029                    end
2030                end
2031                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2032                min_indx=max(min_indx,1);
2033                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2034                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2035                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2036                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2037                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2038                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2039                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2040                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2041                    end
2042                    if NbDim==3
2043                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2044                    else
2045                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2046                    end
2047                end 
2048                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2049                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2050            end
2051        else       % case with rotation and/or interpolation
2052            if NbDim==2 %2D case
2053                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2054                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2055                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2056                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2057                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2058                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2059                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2060                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2061                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
2062                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
2063                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
2064                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
2065                    test_filter=1;
2066                else
2067                    test_filter=0;
2068                end
2069                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2070                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2071                for ivar=VarIndex
2072                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2073                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2074                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2075                    end
2076                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2077                    if test_filter 
2078                         Aclass=class(FieldData.A);
2079                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2080                         if ~isequal(Aclass,'double')
2081                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2082                         end
2083                    end
2084                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2085                    %ind_in=find(flagin);
2086                    ind_out=find(~flagin);
2087                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2088                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2089                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2090                    for icolor=1:nbcolor
2091                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2092                    end
2093                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2094                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2095                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2096                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2097                    end     
2098                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2099                end
2100                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2101                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2102                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2103                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2104            else %3D case
2105                if ~testangle     
2106                    % unstructured z coordinate
2107                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2108                    iz_sup=find(test_sup);
2109                    iz=iz_sup(1);
2110                    if iz>=1 & iz<=npz
2111                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2112                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2113                        for ivar=VarIndex
2114                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2115                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2116                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2117                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2118                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2119                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2120                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2121                            end
2122                        end
2123                    end
2124                else
2125                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2126                    %TODO: use interp3
2127                    return
2128                end
2129            end
2130        end
2131    end
2132
2133    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2134    if testangle
2135        if isempty(ivar_V)
2136            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2137            return
2138        end
2139        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2140        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2141        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2142        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2143        if ~isempty(ivar_W)
2144            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2145            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2146            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2147        end
2148        if ~isequal(Psi,0)
2149            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2150            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2151        end
2152    end
2153end
2154
2155%------------------------------------------------------------------------
2156%--- transfer the global attributes
2157function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2158%------------------------------------------------------------------------
2159ProjData=[];%default
2160errormsg='';%default
2161
2162%% transfer error
2163if isfield(FieldData,'Txt')
2164    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2165    return;
2166end
2167
2168%% transfer global attributes
2169if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2170    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2171else
2172    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2173end
2174for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2175    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2176    if isfield(FieldData,AttrName)
2177        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2178    end
2179end
2180
2181%% transfer coordinate unit
2182if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2183    if isfield(ObjectData,'CoordUnit')&~isequal(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2184        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2185        return
2186    else
2187         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2188    end
2189end
2190
2191%% store the properties of the projection object
2192ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2193for ilist=1:length(ListObject)
2194    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2195        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2196        if ~isempty(val)
2197            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2198            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2199        end
2200    end   
2201end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.