source: trunk/src/proj_field.m @ 295

Last change on this file since 295 was 258, checked in by sommeria, 10 years ago

bug repaired for 1D plot (using get_field)

File size: 102.6 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84%% case of no projection (object is used only as graph display)
85if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
86    ProjData=[];
87    return
88end
89
90%% in the absence of object Style or projection mode, or object coordinaes, the input field is just tranfered without change
91if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
92    ProjData=FieldData;
93    return
94end
95if ~isfield(ObjectData,'Coord')
96    if strcmp(ObjectData.Style,'plane')
97        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
98    else
99        ProjData=FieldData;
100        return
101    end
102end
103       
104%% OBSOLETE
105if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
106    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
107end
108if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
109    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
110end
111if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
112    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
113end
114if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
115    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
116end
117if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
118    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
119end
120if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
121    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
122end
123%%%%%%%%%%
124
125%% apply projection depending on the object style
126switch ObjectData.Style
127    case 'points'
128    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
129    case {'line','polyline'}
130     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
131    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
132        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
133            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
134        else
135            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
136        end
137    case 'plane'
138            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
139    case 'volume'
140        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
141end
142
143%-----------------------------------------------------------------
144%project on a set of points
145function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
146%-------------------------------------------------------------------
147
148siz=size(ObjectData.Coord);
149width=0;
150if isfield(ObjectData,'Range')
151    width=ObjectData.Range(1,2);
152end
153if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
154    width=max(ObjectData.RangeX);
155end
156if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
157    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
158end
159if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
160    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
161end
162if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
163    if width==0
164        errormsg='projection range around points needed';
165        return
166    end
167elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
168    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
169        return
170end
171[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
172ProjData.NbDim=0;
173%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
174%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
175
176
177% idimvar=0;
178[CellVarIndex,NbDimCell,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData)
179if ~isempty(errormsg)
180    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
181    return
182end
183%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
184% CellVarIndex=cells of variable index arrays
185% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
186% icoord=0;
187for icell=1:length(CellVarIndex)
188    if NbDimCell(icell)==1
189        continue
190    end
191    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
192    VarType=VarTypeCell{icell};
193    ivar_X=VarType.coord_x;
194    ivar_Y=VarType.coord_y;
195    ivar_Z=VarType.coord_z;
196%     ivar_U=VarType.vector_x;
197%     ivar_V=VarType.vector_y;
198%     ivar_W=VarType.vector_z;
199%     ivar_C=VarType.scalar ;
200    ivar_Anc=VarType.ancillary;
201%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
202    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
203    ivar_F=VarType.warnflag;
204    ivar_FF=VarType.errorflag;
205    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
206    if isempty(ivar_X)
207        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
208     
209    else
210        if length(ivar_X)>1 || length(ivar_Y)>1 || length(ivar_Z)>1
211                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
212                    return
213        end
214        if length(ivar_Y)~=1
215                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
216                return
217        end
218        test_grid=0;
219    end
220    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
221    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
222    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
223    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
224    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
225    for ivar=VarIndex       
226        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
227        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
228        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
229    end
230    if ~test_grid
231        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
232        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
233        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
234        if length(ivar_Z)==1
235            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
236            test3D=1;
237        end
238        if length(ivar_F)>1 || length(ivar_FF)>1
239                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
240                    return
241        end     
242        for ipoint=1:siz(1)
243           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
244           distX=coord_x-Xpoint(1);
245           distY=coord_y-Xpoint(2);         
246           dist=distX.*distX+distY.*distY;
247           indsel=find(dist<width*width);
248           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
249           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
250           if isequal(length(ivar_FF),1)
251               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
252               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
253               %ind_indsel=find(~FF);
254               indsel=indsel(~FF);
255           end
256           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
257            for ivar=VarIndex
258               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
259               if isempty(indsel)
260                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
261               else
262                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
263                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
264                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
265                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
266                    end
267               end
268            end
269        end
270    else
271        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
272        %case of structured coordinates
273        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
274            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
275            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
276            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
277            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
278            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
279            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
280            npxy=size(A);
281
282% %             nbcolor=1; %default
283%             for idim=1:length(ListDimName)
284%                 DimName=ListDimName{idim};
285%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
286%                    nbcolor=npxy(idim);
287%                    DimIndices(idim)=[];
288%                    npxy(idim)=[];
289%                 end
290%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
291%                     DimIndices(idim)=[];
292%                     npxy(idim)=[];
293%                 end
294%             end 
295            ind_1=find(npxy==1);
296            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
297%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
298            %NbDim=length(DimIndices)%number of space dimensions
299            NbDim=numel(VarType.coord);
300            Coord_z=[];
301            Coord_y=[];
302            Coord_x=[];   
303            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
304                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
305                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
306                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
307                ivar=VarType.coord(idim);
308%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
309                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
310                    if numel(Coord{idim})==2
311                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
312                    else
313                        DCoord=diff(Coord{idim});
314                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
315                        DCoord_max=max(DCoord);
316                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
317                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
318                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
319                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
320                                    return
321                        end               
322                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
323                        test_coord(idim)=1;
324                    end
325%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
326%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
327%                     DCoord_min(idim)=1;%default
328%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
329%                     test_direct(idim)=1;
330%                 end
331            end
332            DX=DCoord_min(2);
333            DY=DCoord_min(1);
334            for ipoint=1:siz(1)
335                xwidth=width/(abs(DX));
336                ywidth=width/(abs(DY));
337                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
338                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
339                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
340                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
341                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
342                j_min=max(1,j_min);
343                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
344                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
345                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
346                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
347                i_int=(i_min:i_plus);
348                j_int=(j_min:j_plus);
349                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
350                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
351                   for ivar=VarIndex   
352                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
353                   end
354                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
355                else
356                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
357                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
358                    for ivar=VarIndex   
359                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
360                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
361                    end
362                end
363            end
364        end
365   end
366end
367
368%-----------------------------------------------------------------
369%project in a patch
370function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
371%-------------------------------------------------------------------
372[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
373
374objectfield=fieldnames(ObjectData);
375widthx=0;
376widthy=0;
377if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
378    widthx=max(ObjectData.RangeX);
379end
380if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
381    widthy=max(ObjectData.RangeY);
382end
383
384%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
385ProjData.NbDim=1;
386ProjData.ListVarName={};
387ProjData.VarDimName={};
388ProjData.VarAttribute={};
389
390Mesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
391if isfield (FieldData,'VarAttribute')
392    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
393    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
394%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
395        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
396            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
397        end
398        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Mesh')
399            Mesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.Mesh;
400        end
401    end
402end
403
404%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
405testfalse=0;
406ListIndex={};
407% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
408idimvar=0;
409[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
410if ~isempty(errormsg)
411    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
412    return
413end
414
415%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
416dimcounter=0;
417for icell=1:length(CellVarIndex)
418    testX=0;
419    testY=0;
420    test_Amat=0;
421    testfalse=0;
422    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
423    VarType=VarTypeCell{icell};
424  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
425    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
426        continue
427    end
428    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
429    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
430    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
431    testproj(VarType.scalar)=1;
432    testproj(VarType.vector_x)=1;
433    testproj(VarType.vector_y)=1;
434    testproj(VarType.vector_z)=1;
435    testproj(VarType.image)=1;
436    testproj(VarType.color)=1;
437    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
438    if testX %case of unstructured coordinates
439         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
440         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
441               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
442            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
443         end
444         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
445         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
446         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
447         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
448    end
449    if testfalse
450        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
451        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
452    end
453    % image or 2D matrix
454    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
455        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
456        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
457        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
458        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
459        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
460        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
461        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
462       if length(AX)==2
463           AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
464       end
465       if length(AY)==2
466           AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
467       end
468%         for idim=1:length(DimValue)       
469%             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
470%             DCoord_min(idim)=1;%default
471%             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
472%             test_direct(idim)=1;
473%         end
474%         AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
475%         AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
476        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
477        if length(DimValue)==3
478            testcolor=1;
479            npxy(3)=3;
480        else
481            testcolor=0;
482            npxy(3)=1;
483        end
484        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
485        npxy(1)=length(AY);
486        npxy(2)=length(AX);
487        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
488        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
489        for ivar=1:length(VarIndex)
490            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
491            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
492        end
493    end
494%select the indices in the range of action
495    testin=[];%default
496    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
497%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
498%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
499%                 return
500%            end
501       if testX
502            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
503            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
504            testin=distX<widthx & distY<widthy;
505       elseif test_Amat
506           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
507           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
508           testin=distX<widthx & distY<widthy;
509       end
510    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
511        if testX
512            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
513        elseif test_Amat
514           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
515       else%calculate the scalar
516           testin=[]; %A REVOIR
517       end
518    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
519       X2Max=widthx*widthx;
520       Y2Max=(widthy)*(widthy);
521       if testX
522            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
523            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
524            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
525       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
526           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
527           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
528           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
529       end
530    end
531    %selected indices
532    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
533            testin=~testin;
534    end
535    if testfalse
536        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
537    end
538    indsel=find(testin);
539    for ivar=VarIndex
540        if testproj(ivar)
541            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
542            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
543            eval(['ProjData.' VarName 'Min=min(min(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
544            eval(['ProjData.' VarName 'Max=max(max(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
545            if isequal(Mesh(ivar),0)
546                eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % default histogram with 100 bins
547            else
548                eval(['ProjData.' VarName '=(ProjData.' VarName 'Min+Mesh(ivar)/2:Mesh(ivar):ProjData.' VarName 'Max);']); % list of bin values
549                eval(['ProjData.' VarName 'Histo=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),ProjData.' VarName ');']); % histogram at predefined bin positions
550            end
551            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
552            if test_Amat && testcolor
553                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
554            else
555               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'} {'nbpoint'} {'nbpoint'}];
556            end
557            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
558        end
559    end
560%     if test_Amat & testcolor
561%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
562%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
563%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
564%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
565%        ProjData.VarDimName
566%     end
567end
568
569
570%-----------------------------------------------------------------
571%project on a line
572% AJOUTER flux,circul,error
573function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
574%-----------------------------------------------------------------
575[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
576if ~isempty(errormsg)
577    return
578end
579ProjData.NbDim=1;
580%initialisation of the input parameters and defaultoutput
581ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
582if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
583ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
584if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
585width=0;%default width of the projection band
586if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
587    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
588end
589if isfield(ObjectData,'RangeY')
590    width=max(ObjectData.RangeY);
591end
592
593% default output
594errormsg=[];%default
595Xline=[];
596flux=0;
597circul=0;
598liny=ObjectData.Coord(:,2);
599siz_line=size(ObjectData.Coord);
600if siz_line(1)<2
601    return% line needs at least 2 points to be defined
602end
603testfalse=0;
604ListIndex={};
605
606%angles of the polyline and boundaries of action
607dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
608dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
609theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
610theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
611% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
612if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
613    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
614    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
615    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
616    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
617    for ip=2:siz_line(1)
618        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
619        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
620        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
621        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
622    end
623end
624
625%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
626[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
627if ~isempty(errormsg)
628    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
629    return
630end
631
632% loop on variable cells with the same space dimension
633ProjData.ListVarName={};
634ProjData.VarDimName={};
635for icell=1:length(CellVarIndex)
636    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
637    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
638    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
639        continue
640    end
641    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
642    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
643    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
644    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
645                                             %=0 for vector components, treated separately
646    testproj(VarType.scalar)=1;
647    testproj(VarType.image)=1;
648    testproj(VarType.color)=1;
649    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
650    if testU
651         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
652    end
653    %identify vector components   
654    if testU
655        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
656        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
657        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
658        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
659    end 
660    %identify error flag
661    if testfalse
662        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
663        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
664    end   
665    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
666    if testX
667        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
668            if width==0
669                errormsg='range of the projection object is missing';
670                return     
671            else
672                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
673            end
674        end
675        if ~isequal(ProjMode,'projection')
676            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
677                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
678            else
679                errormsg='DX missing';
680                return
681            end
682        end
683        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
684        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
685        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
686        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
687    end   
688    %initiate projection
689    for ivar=1:length(VarIndex)
690        ProjLine{ivar}=[];
691    end
692    XLine=[];
693    linelengthtot=0;
694
695%         circul=0;
696%         flux=0;
697  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
698   %case of unstructured coordinates
699    if testX   
700        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
701            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
702            %select the vector indices in the range of action
703            if testfalse
704                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
705            else
706                flagsel=ones(size(coord_x));
707            end
708            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
709                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
710                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
711                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
712                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
713            end
714            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
715            X_sel=coord_x(indsel);
716            Y_sel=coord_y(indsel);
717            nbvar=0;
718            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
719                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
720                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
721            end   
722            if testU
723                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
724                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
725            end
726            if isequal(ProjMode,'projection')
727                sintheta=sin(theta(ip));
728                costheta=cos(theta(ip));
729                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
730                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
731                for ivar=1:numel(ProjVar)
732                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
733                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
734                     end
735                end
736            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
737                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
738                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
739                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
740                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
741                for ivar=1:numel(ProjVar)
742                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
743                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
744                     end
745                end
746            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
747                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
748                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
749                siz=size(X_sel);
750                xregij=cos(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
751                yregij=sin(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
752                xij=X_sel*ones(1,npoint);
753                yij=Y_sel*ones(1,npoint);
754                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
755                norm=Aij'*ones(siz(1),1);
756                for ivar=1:numel(ProjVar)
757                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
758                        ProjVar{ivar}=Aij'*ProjVar{ivar}./norm;
759                     end
760                end             
761            end
762            %prolongate the total record
763            for ivar=1:numel(ProjVar)
764                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
765                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
766                  end
767            end
768            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
769            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
770            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
771            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
772        end
773        ProjData.X=XLine';
774        cur_index=1;
775        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
776        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
777        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
778        for iselect=1:numel(VarIndex)
779            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
780            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
781            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
782            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
783            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
784            if strcmp(ProjMode,'projection')
785                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
786            else
787                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
788            end
789        end
790   
791    %case of structured coordinates
792    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
793        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
794            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
795        else
796            test_Amat=1;%image or 2D matrix
797            test_interp2=0;%default
798%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
799            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
800            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
801            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
802            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
803            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
804            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
805            npxy=size(A);
806            npx=npxy(2);
807            npy=npxy(1);
808            if numel(AX)==2
809                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
810            else
811                DX_vec=diff(AX);
812                DX=max(DX_vec);
813                DX_min=min(DX_vec);
814                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
815                    test_interp2=1;
816                    DX=DX_min;
817                end   
818            end
819            if numel(AY)==2
820                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
821            else
822                DY_vec=diff(AY);
823                DY=max(DY_vec);
824                DY_min=min(DY_vec);
825                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
826                   test_interp2=1;
827                    DY=DY_min;
828                end     
829            end             
830            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
831            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
832            if isfield(ObjectData,'DX')
833                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
834            else
835                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
836            end
837            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
838            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
839            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
840            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
841            if isfield(FieldData,'RangeX')
842                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
843            else
844                XMin=0;
845            end
846            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
847            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
848            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
849            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
850            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
851            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
852            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
853            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
854            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
855            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
856            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
857            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
858            ind_in=find(flagin);
859            ind_out=find(~flagin);
860            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
861            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
862            nbcolor=1; %color images
863            if numel(npxy)==2
864                nbcolor=1;
865            elseif length(npxy)==3
866                nbcolor=npxy(3);
867            else
868                errormsg='multicomponent field not projected';
869                display(errormsg)
870                return
871            end
872            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
873            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
874            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
875            for ivar=VarIndex
876                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
877                if test_interp2% interpolate on new grid
878                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
879                end
880                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
881                if nbcolor==1
882                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
883                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
884                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
885                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
886                elseif nbcolor==3
887                    vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
888                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
889                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
890                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
891                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
892                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
893                end 
894                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
895                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
896                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
897            end
898            if testU
899                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
900                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
901                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
902                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
903            end
904            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
905            if nbcolor==3
906                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
907            end
908        end     
909    end
910end
911
912% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
913% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
914% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
915% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
916% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
917% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
918% %     else
919% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
920% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
921% %     end
922%
923% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
924
925
926%-----------------------------------------------------------------
927%project on a plane
928% AJOUTER flux,circul,error
929 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
930%-----------------------------------------------------------------
931
932%% initialisation of the input parameters of the projection plane
933ProjMode='projection';%direct projection by default
934if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
935
936%axis origin
937if isempty(ObjectData.Coord)
938    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
939    ObjectData.Coord(1,2)=0;
940    ObjectData.Coord(1,3)=0;
941end
942
943%rotation angles
944PlaneAngle=[0 0 0];
945norm_plane=[0 0 1];
946cos_om=1;
947sin_om=0;
948test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
949test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
950if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
951    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
952    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
953    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
954    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
955    cos_om=cos(om);
956    sin_om=sin(om);
957    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
958    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
959    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
960    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
961    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
962end
963testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
964
965% Phi=0;%default
966% Theta=0;
967% Psi=0;
968% if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
969%     Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
970% end
971% if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
972%     Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
973% end
974% if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
975%     Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
976% end
977
978%components of the unity vector normal to the projection plane
979% NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
980% NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
981% NormVec_Z=cos(Theta);
982
983%mesh sizes DX and DY
984DX=0;
985DY=0; %default
986if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
987     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
988end
989if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
990     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
991end
992if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
993        errormsg='DX or DY missing';
994        display(errormsg)
995        return
996end
997
998%extrema along each axis
999testXMin=0;
1000testXMax=0;
1001testYMin=0;
1002testYMax=0;
1003if isfield(ObjectData,'RangeX')
1004        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1005        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1006        testXMin=XMax>XMin;
1007        testXMax=1;
1008end
1009if isfield(ObjectData,'RangeY')
1010        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1011        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1012        testYMin=YMax>YMin;
1013        testYMax=1;
1014end
1015width=0;%default width of the projection band
1016if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1017        width=max(ObjectData.RangeZ);
1018end
1019
1020% initiate Matlab  structure for physical field
1021[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1022ProjData.NbDim=2;
1023ProjData.ListVarName={};
1024ProjData.VarDimName={};
1025if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1026    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1027elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1028    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1029end
1030
1031error=0;%default
1032flux=0;
1033testfalse=0;
1034ListIndex={};
1035
1036%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1037%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1038%-----------------------------------------------------------------
1039idimvar=0;
1040
1041[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1042if ~isempty(errormsg)
1043    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1044    return
1045end
1046
1047% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1048% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1049ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1050icoord=0;
1051nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1052nbvar=0;
1053for icell=1:length(CellVarIndex)
1054    NbDim=NbDimVec(icell);
1055    if NbDim<2
1056        continue
1057    end
1058    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1059    VarType=VarTypeCell{icell};
1060    ivar_X=VarType.coord_x;
1061    ivar_Y=VarType.coord_y;
1062    ivar_Z=VarType.coord_z;
1063    ivar_U=VarType.vector_x;
1064    ivar_V=VarType.vector_y;
1065    ivar_W=VarType.vector_z;
1066    ivar_C=VarType.scalar ;
1067    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1068    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1069    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1070    ivar_F=VarType.warnflag;
1071    ivar_FF=VarType.errorflag;
1072    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1073    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1074    if ischar(DimCell)
1075        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1076    end
1077   
1078    %% case of input fields with unstructured coordinates
1079    if testX
1080        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1081        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1082        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1083        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1084        if length(ivar_Z)==1
1085            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1086            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1087        end
1088       
1089        % translate  initial coordinates
1090        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1091        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1092        if ~isempty(ivar_Z)
1093            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1094        end
1095       
1096        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1097        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1098            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1099            fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1100            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1101            size(indcut)
1102            for ivar=VarIndex
1103                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1104                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1105                % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE
1106            end
1107            coord_x=coord_x(indcut);
1108            coord_y=coord_y(indcut);
1109            coord_z=coord_z(indcut);
1110        end
1111       
1112        %rotate coordinates if needed:
1113        if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1114            %             coord_X=coord_x;
1115            %             coord_Y=coord_y;
1116            %             if ~isequal(Theta,0)
1117            %                 coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1118            %             end
1119            %         else
1120            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1121            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1122            %         end
1123            %         if ~isempty(ivar_Z)
1124            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1125            %         end
1126            %         if testangle
1127            coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1128            coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1129        else
1130            coord_X=coord_x;
1131            coord_Y=coord_y;
1132        end
1133       
1134        %restriction to the range of x and y if imposed
1135        testin=ones(size(coord_X)); %default
1136        testbound=0;
1137        if testXMin
1138            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1139            testbound=1;
1140        end
1141        if testXMax
1142            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1143            testbound=1;
1144        end
1145        if testYMin
1146            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1147            testbound=1;
1148        end
1149        if testYMin
1150            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1151            testbound=1;
1152        end
1153        if testbound
1154            indcut=find(testin);
1155            for ivar=VarIndex
1156                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1157                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1158            end
1159            coord_X=coord_X(indcut);
1160            coord_Y=coord_Y(indcut);
1161            if length(ivar_Z)==1
1162                coord_Z=coord_Z(indcut);
1163            end
1164        end
1165        % different cases of projection
1166        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1167            %the list of dimension
1168            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1169            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1170            %length(coord_X)];
1171           
1172            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1173                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1174                if ivar==ivar_X %x coordinate
1175                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1176                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1177                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1178                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1179                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1180                end
1181                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1182                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1183                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1184                    nbvar=nbvar+1;
1185                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1186                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1187                    end
1188                end
1189            end
1190        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1191            if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1192                rho=1000;%smoothing parameter, (small for strong smoothing)
1193            else
1194                rho=0;
1195            end
1196            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1197            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1198            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1199            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1200            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};
1201            nbcoord=2;
1202            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1203            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1204            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1205            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1206            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1207            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1208            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1209            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1210            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1211            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1212            if ~isequal(ivar_FF,0)
1213                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1214                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1215                coord_X=coord_X(indsel);
1216                coord_Y=coord_Y(indsel);
1217            end
1218            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1219            testFF=0;
1220            for ivar=VarIndex
1221                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1222                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)
1223                    ivar_new=ivar_new+1;
1224                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1225                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1226                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1227                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1228                    end
1229                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1230                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1231                    end
1232                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'',rho);'])
1233                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1234                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1235                    indnan=find(FFlag);
1236                    if~isempty(indnan)
1237                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1238                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1239                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1240                        testFF=1;
1241                    end
1242                    if ivar==ivar_U
1243                        ivar_U=ivar_new;
1244                    end
1245                    if ivar==ivar_V
1246                        ivar_V=ivar_new;
1247                    end
1248                    if ivar==ivar_W
1249                        ivar_W=ivar_new;
1250                    end
1251                end
1252            end
1253            if testFF
1254                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1255                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1256                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1257                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1258            end
1259        end
1260       
1261        %% case of input fields defined on a structured  grid
1262    else
1263        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1264        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1265        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1266        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1267        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1268        if NbDim>=3
1269            if NbDim>3
1270                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1271                return
1272            else
1273                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1274                    nbcolor=DimValue(3);
1275                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1276                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1277                end
1278            end
1279        end
1280        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1281        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1282        if testangle% TODO modify name also in case of origin shift in x or y
1283            AYProjName='Y';
1284            AXProjName='X';
1285            count=0;
1286            %modify coordinate names if they are already used
1287            while ~(isempty(find(strcmp('AXName',ProjData.ListVarName),1)) && isempty(find(strcmp('AYName',ProjData.ListVarName),1)))
1288                count=count+1;
1289                AYProjName=[AYProjName '_' num2str(count)];
1290                AXProjName=[AXProjName '_' num2str(count)];
1291            end
1292        else
1293            AYProjName=AYName;% (name preserved on projection)
1294            AXProjName=AXName;%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1295        end
1296        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1297        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYProjName} {AXProjName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1298        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYProjName} {AXProjName}];
1299        Coord_z=[];
1300        Coord_y=[];
1301        Coord_x=[];
1302       
1303        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1304            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1305            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1306            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1307                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1308                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1309                    DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1310                else
1311                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1312                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1313                    DCoord_max=max(DCoord);
1314                    %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1315                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1316                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1317                        return
1318                    end
1319                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1320                end
1321                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1322            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1323                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1324                DCoord_min(idim)=1;%default
1325                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1326                test_direct(idim)=1;
1327            end
1328        end
1329        if DY==0
1330            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1331        end
1332        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1333        if DX==0
1334            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1335        end
1336        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1337        for idim=1:NbDim
1338            if test_interp(idim)
1339                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1340            end
1341        end
1342        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1343        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1344        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1345        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1346        DAX=DCoord_min(NbDim);
1347        DAY=DCoord_min(NbDim-1);
1348        minAX=min(Coord_x);
1349        maxAX=max(Coord_x);
1350        minAY=min(Coord_y);
1351        maxAY=max(Coord_y);
1352        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1353        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1354        xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1355        ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1356        if ~testXMax
1357            XMax=max(xcor_new);
1358        end
1359        if ~testXMin
1360            XMin=min(xcor_new);
1361        end
1362        if ~testYMax
1363            YMax=max(ycor_new);
1364        end
1365        if ~testYMin
1366            YMin=min(ycor_new);
1367        end
1368        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1369        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1370        if DX==0
1371            DX=DXinit;
1372        end
1373        if DY==0
1374            DY=DYinit;
1375        end
1376        if NbDim==3
1377            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1378            if ~test_direct(1)
1379                DZ=-DZ;
1380            end
1381            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1382            test_direct_z=test_direct(1);
1383        end
1384        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1385        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);
1386        if test_direct_y
1387            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1388        else
1389            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1390        end
1391        if test_direct_x
1392            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1393        else
1394            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1395        end
1396        % case with no  interpolation
1397        if isequal(ProjMode,'projection') && (~testangle || test90y || test90x)
1398            if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax
1399                ProjData=FieldData;% no change by projection
1400            else
1401                indY=NbDim-1;
1402                if test_direct(indY)
1403                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1404                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1405                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1406                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1407                else
1408                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1409                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1410                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1411                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1412                end
1413                if test_direct(NbDim)==1
1414                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1415                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1416                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1417                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1418                else
1419                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1420                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1421                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);                         
1422                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1423                end
1424                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1425                min_indx=max(min_indx,1);
1426
1427                if test90y
1428                    ind_new=[3 2 1];
1429                    DimCell={AYProjName,AXProjName};
1430%                     DimValue=DimValue(ind_new);
1431                    iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1432                    for ivar=VarIndex
1433                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1434                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1435                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1436                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1437                        eval(['ProjData.' VarName '=permute(FieldData.' VarName ',ind_new);'])% permute x and z indices for 90 degree rotation
1438                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(ProjData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1439                    end
1440                    eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1441                    eval(['ProjData.' AXProjName '=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1442                else
1443                    if NbDim==3
1444                        DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1445                        DimValue(1)=[];
1446                        if test_direct(1)
1447                            iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1448                        else
1449                            iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1450                        end
1451                    end
1452                    max_indy=min(max_indy,DimValue(1));%introduce bounds in y and x indices
1453                    max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1454                    for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1455                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1456                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1457                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1458                        if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1459                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1460                        end
1461                        if NbDim==3
1462                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1463                        else
1464                            eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1465                        end
1466                    end
1467                    eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1468                    eval(['ProjData.' AXProjName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1469                end
1470            end
1471        else       % case with rotation and/or interpolation
1472            if NbDim==2 %2D case
1473                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1474                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1475                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1476                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1477                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1478                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1479                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1480                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1481                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1482                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1483                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1484                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1485                    test_filter=1;
1486                else
1487                    test_filter=0;
1488                end
1489                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1490                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1491                for ivar=VarIndex
1492                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1493                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid
1494                        eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1495                    end
1496                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1497                    if test_filter
1498                        Aclass=class(FieldData.A);
1499                        eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1500                        if ~isequal(Aclass,'double')
1501                            eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1502                        end
1503                    end
1504                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line
1505                    %ind_in=find(flagin);
1506                    ind_out=find(~flagin);
1507                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1508                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1509                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1510                    for icolor=1:nbcolor
1511                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1512                    end
1513                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1514                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1515                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1516                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1517                    end
1518                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1519                end
1520                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur
1521                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1522                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1523                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1524            elseif ~testangle
1525                % unstructured z coordinate
1526                test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1527                iz_sup=find(test_sup);
1528                iz=iz_sup(1);
1529                if iz>=1 & iz<=npz
1530                    %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1531                    %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1532                    for ivar=VarIndex
1533                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1534                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1535                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1536                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1537                        %TODO : do a vertical average for a thick plane
1538                        if test_interp(2) || test_interp(3)
1539                            eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1540                        end
1541                    end
1542                end
1543            else
1544                errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1545                %TODO: use interp3
1546                return
1547            end
1548        end
1549    end
1550   
1551    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1552    if testangle && length(ivar_U)==1
1553        if isempty(ivar_V)
1554            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1555            return
1556        end
1557        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1558        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};
1559        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1560        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1561        if ~isempty(ivar_W)
1562            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1563            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1564            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1565        end
1566        if ~isequal(Psi,0)
1567            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1568            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1569        end
1570    end
1571end
1572ProjData
1573ProjData.VarDimName{3}
1574
1575%-----------------------------------------------------------------
1576%projection in a volume
1577 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1578%-----------------------------------------------------------------
1579ProjData=FieldData;%default output
1580
1581%% initialisation of the input parameters of the projection plane
1582ProjMode='projection';%direct projection by default
1583if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1584
1585%% axis origin
1586if isempty(ObjectData.Coord)
1587    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1588    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1589    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1590end
1591
1592%% rotation angles
1593VolumeAngle=[0 0 0];
1594norm_plane=[0 0 1];
1595if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1596    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1597    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1598    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1599    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1600    cos_om=cos(pi*om/180);
1601    sin_om=sin(pi*om/180);
1602    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1603    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1604    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1605    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1606    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1607end
1608testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1609
1610%% mesh sizes DX, DY, DZ
1611DX=0;
1612DY=0; %default
1613DZ=0;
1614if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1615     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1616end
1617if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1618     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1619end
1620if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1621     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1622end
1623if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1624        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1625        return
1626end
1627
1628%% extrema along each axis
1629testXMin=0;
1630testXMax=0;
1631testYMin=0;
1632testYMax=0;
1633if isfield(ObjectData,'RangeX')
1634        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1635        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1636        testXMin=XMax>XMin;
1637        testXMax=1;
1638end
1639if isfield(ObjectData,'RangeY')
1640        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1641        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1642        testYMin=YMax>YMin;
1643        testYMax=1;
1644end
1645width=0;%default width of the projection band
1646if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1647        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1648        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1649        testZMin=ZMax>ZMin;
1650        testZMax=1;
1651end
1652
1653%% initiate Matlab  structure for physical field
1654[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1655ProjData.NbDim=3;
1656ProjData.ListVarName={};
1657ProjData.VarDimName={};
1658if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1659    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1660elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1661    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1662end
1663
1664error=0;%default
1665flux=0;
1666testfalse=0;
1667ListIndex={};
1668
1669%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1670%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1671%-----------------------------------------------------------------
1672idimvar=0;
1673[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1674if ~isempty(errormsg)
1675    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1676    return
1677end
1678
1679% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1680% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1681ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1682icoord=0;
1683nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1684nbvar=0;
1685for icell=1:length(CellVarIndex)
1686    NbDim=NbDimVec(icell);
1687    if NbDim<3
1688        continue
1689    end
1690    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1691    VarType=VarTypeCell{icell};
1692    ivar_X=VarType.coord_x;
1693    ivar_Y=VarType.coord_y;
1694    ivar_Z=VarType.coord_z;
1695    ivar_U=VarType.vector_x;
1696    ivar_V=VarType.vector_y;
1697    ivar_W=VarType.vector_z;
1698    ivar_C=VarType.scalar ;
1699    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1700    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1701    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1702    ivar_F=VarType.warnflag;
1703    ivar_FF=VarType.errorflag;
1704    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1705    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1706    if ischar(DimCell)
1707        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1708    end
1709
1710%% case of input fields with unstructured coordinates
1711    if testX
1712        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1713        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1714        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1715        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1716        if length(ivar_Z)==1
1717            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1718            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1719        end
1720
1721        % translate  initial coordinates
1722        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1723        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1724        if ~isempty(ivar_Z)
1725            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1726        end
1727       
1728        % selection of the vectors in the projection range
1729%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1730%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1731%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1732%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1733%             for ivar=VarIndex
1734%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1735%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1736%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1737%             end
1738%             coord_x=coord_x(indcut);
1739%             coord_y=coord_y(indcut);
1740%             coord_z=coord_z(indcut);
1741%         end
1742
1743       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1744       if testangle
1745           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1746           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1747           if ~isempty(ivar_Z)
1748               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1749           end
1750           
1751           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1752           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1753           
1754       else
1755           coord_X=coord_x;
1756           coord_Y=coord_y;
1757           coord_Z=coord_z;
1758       end
1759        %restriction to the range of x and y if imposed
1760        testin=ones(size(coord_X)); %default
1761        testbound=0;
1762        if testXMin
1763            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1764            testbound=1;
1765        end
1766        if testXMax
1767            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1768            testbound=1;
1769        end
1770        if testYMin
1771            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1772            testbound=1;
1773        end
1774        if testYMax
1775            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1776            testbound=1;
1777        end
1778        if testbound
1779            indcut=find(testin);
1780            for ivar=VarIndex
1781                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1782                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1783            end
1784            coord_X=coord_X(indcut);
1785            coord_Y=coord_Y(indcut);
1786            if length(ivar_Z)==1
1787                coord_Z=coord_Z(indcut);
1788            end
1789        end
1790        % different cases of projection
1791        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1792            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1793                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1794                if ivar==ivar_X %x coordinate
1795                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1796                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1797                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1798                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1799                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1800                end
1801                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1802                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1803                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1804                    nbvar=nbvar+1;
1805                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1806                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1807                    end
1808                end
1809            end 
1810        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1811            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1812            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1813            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1814            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1815            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1816            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1817            nbcoord=2; 
1818            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1819            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1820            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1821            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1822            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1823            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1824            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1825            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1826            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1827            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1828            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1829            if ~isequal(ivar_FF,0)
1830                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1831                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1832                coord_X=coord_X(indsel);
1833                coord_Y=coord_Y(indsel);
1834            end
1835            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1836            testFF=0;
1837            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1838            for ivar=VarIndex
1839                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1840                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1841                    ivar_new=ivar_new+1;
1842                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1843                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1844                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1845                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1846                    end
1847                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1848                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1849                    end
1850                    eval(['InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '))'])
1851                    eval(['ProjData.' VarName '=InterpFct(X,Y,Z);'])
1852%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1853%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1854%                     indnan=find(FFlag);
1855%                     if~isempty(indnan)
1856%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1857%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1858%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1859%                         testFF=1;
1860%                     end
1861                    if ivar==ivar_U
1862                        ivar_U=ivar_new;
1863                    end
1864                    if ivar==ivar_V
1865                        ivar_V=ivar_new;
1866                    end
1867                    if ivar==ivar_W
1868                        ivar_W=ivar_new;
1869                    end
1870                end
1871            end
1872            if testFF
1873                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1874                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1875               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1876                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1877            end
1878        end
1879       
1880%% case of input fields defined on a structured  grid
1881    else
1882        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1883        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1884        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1885        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1886        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1887        if NbDim>=3
1888            if NbDim>3
1889                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1890                return
1891            else
1892                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1893                    nbcolor=DimValue(3);
1894                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1895                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1896                end
1897            end
1898        end
1899        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1900        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1901        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1902        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1903        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1904        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1905        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1906
1907%         for idim=1:length(ListDimName)
1908%             DimName=ListDimName{idim};
1909%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1910%                nbcolor=DimValue(idim);
1911%                DimValue(idim)=[];
1912%             end
1913%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1914%                 DimValue(idim)=[];
1915%             end
1916%         end 
1917        Coord_z=[];
1918        Coord_y=[];
1919        Coord_x=[];   
1920
1921        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1922            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1923            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1924            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1925                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1926                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1927                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1928                else
1929                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1930                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1931                    DCoord_max=max(DCoord);
1932                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1933                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1934                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1935                                return
1936                    end               
1937                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1938                end
1939                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1940            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1941                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1942                DCoord_min(idim)=1;%default
1943                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1944                test_direct(idim)=1;
1945            end
1946        end
1947        if DY==0
1948            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1949        end
1950        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1951        if DX==0
1952            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1953        end
1954        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1955        for idim=1:NbDim
1956            if test_interp(idim)
1957                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1958            end
1959        end       
1960        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1961        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1962        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1963        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1964        DAX=DCoord_min(NbDim);
1965        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1966        minAX=min(Coord_x);
1967        maxAX=max(Coord_x);
1968        minAY=min(Coord_y);
1969        maxAY=max(Coord_y);
1970        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1971        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1972        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1973        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1974        if ~testXMax
1975            XMax=max(xcor_new);
1976        end
1977        if ~testXMin
1978            XMin=min(xcor_new);
1979        end
1980        if ~testYMax
1981            YMax=max(ycor_new);
1982        end
1983        if ~testYMin
1984            YMin=min(ycor_new);
1985        end
1986        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1987        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1988        if DX==0
1989            DX=DXinit;
1990        end
1991        if DY==0
1992            DY=DYinit;
1993        end
1994        if NbDim==3
1995            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1996            if ~test_direct(1)
1997                DZ=-DZ;
1998            end
1999            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2000            test_direct_z=test_direct(1);
2001        end
2002        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2003        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2004        if test_direct_y
2005            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2006        else
2007            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2008        end
2009        if test_direct_x
2010            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2011        else
2012            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2013        end
2014       
2015        % case with no rotation and interpolation
2016        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2017            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2018                ProjData=FieldData;
2019            else
2020                indY=NbDim-1;
2021                if test_direct(indY)
2022                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2023                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2024                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2025                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
2026                else
2027                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2028                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2029                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2030                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2031                end   
2032                if test_direct(NbDim)==1
2033                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2034                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2035                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2036                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2037                else
2038                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2039                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2040                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2041                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2042                end
2043                if NbDim==3
2044                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2045                    DimValue(1)=[];
2046                                        %structured coordinates
2047                    if test_direct(1)
2048                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2049                    else
2050                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2051                    end
2052                end
2053                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2054                min_indx=max(min_indx,1);
2055                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2056                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2057                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2058                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2059                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2060                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2061                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2062                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2063                    end
2064                    if NbDim==3
2065                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2066                    else
2067                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2068                    end
2069                end 
2070                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2071                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2072            end
2073        else       % case with rotation and/or interpolation
2074            if NbDim==2 %2D case
2075                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2076                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2077                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2078                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2079                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2080                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2081                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2082                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2083                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
2084                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
2085                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
2086                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
2087                    test_filter=1;
2088                else
2089                    test_filter=0;
2090                end
2091                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2092                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2093                for ivar=VarIndex
2094                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2095                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2096                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2097                    end
2098                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2099                    if test_filter 
2100                         Aclass=class(FieldData.A);
2101                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2102                         if ~isequal(Aclass,'double')
2103                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2104                         end
2105                    end
2106                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2107                    %ind_in=find(flagin);
2108                    ind_out=find(~flagin);
2109                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2110                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2111                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2112                    for icolor=1:nbcolor
2113                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2114                    end
2115                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2116                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2117                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2118                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2119                    end     
2120                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2121                end
2122                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2123                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2124                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2125                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2126            else %3D case
2127                if ~testangle     
2128                    % unstructured z coordinate
2129                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2130                    iz_sup=find(test_sup);
2131                    iz=iz_sup(1);
2132                    if iz>=1 & iz<=npz
2133                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2134                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2135                        for ivar=VarIndex
2136                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2137                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2138                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2139                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2140                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2141                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2142                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2143                            end
2144                        end
2145                    end
2146                else
2147                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2148                    %TODO: use interp3
2149                    return
2150                end
2151            end
2152        end
2153    end
2154
2155    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2156    if testangle
2157        if isempty(ivar_V)
2158            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2159            return
2160        end
2161        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2162        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2163        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2164        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2165        if ~isempty(ivar_W)
2166            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2167            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2168            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2169        end
2170        if ~isequal(Psi,0)
2171            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2172            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2173        end
2174    end
2175end
2176
2177%------------------------------------------------------------------------
2178%--- transfer the global attributes
2179function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2180%------------------------------------------------------------------------
2181ProjData=[];%default
2182errormsg='';%default
2183
2184%% transfer error
2185if isfield(FieldData,'Txt')
2186    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2187    return;
2188end
2189
2190%% transfer global attributes
2191if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2192    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2193else
2194    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2195end
2196for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2197    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2198    if isfield(FieldData,AttrName)
2199        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2200    end
2201end
2202
2203%% transfer coordinate unit
2204if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2205    if isfield(ObjectData,'CoordUnit')&~isequal(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2206        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2207        return
2208    else
2209         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2210    end
2211end
2212
2213%% store the properties of the projection object
2214ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2215for ilist=1:length(ListObject)
2216    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2217        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2218        if ~isempty(val)
2219            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2220            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2221        end
2222    end   
2223end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.