source: trunk/src/proj_field.m @ 356

Last change on this file since 356 was 329, checked in by sommeria, 9 years ago

bugs repaired in series, default size of view_field changed. ';' added in proj_field

File size: 102.2 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84%% case of no projection (object is used only as graph display)
85if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
86    ProjData=[];
87    return
88end
89
90%% in the absence of object Style or projection mode, or object coordinaes, the input field is just tranfered without change
91if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
92    ProjData=FieldData;
93    return
94end
95if ~isfield(ObjectData,'Coord')
96    if strcmp(ObjectData.Style,'plane')
97        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
98    else
99        ProjData=FieldData;
100        return
101    end
102end
103       
104%% OBSOLETE
105if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
106    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
107end
108if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
109    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
110end
111if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
112    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
113end
114if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
115    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
116end
117if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
118    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
119end
120if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
121    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
122end
123%%%%%%%%%%
124
125%% apply projection depending on the object style
126switch ObjectData.Style
127    case 'points'
128    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
129    case {'line','polyline'}
130     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
131    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
132        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
133            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
134        else
135            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
136        end
137    case 'plane'
138            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
139    case 'volume'
140        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
141end
142
143%-----------------------------------------------------------------
144%project on a set of points
145function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
146%-------------------------------------------------------------------
147
148siz=size(ObjectData.Coord);
149width=0;
150if isfield(ObjectData,'Range')
151    width=ObjectData.Range(1,2);
152end
153if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
154    width=max(ObjectData.RangeX);
155end
156if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
157    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
158end
159if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
160    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
161end
162if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
163    if width==0
164        errormsg='projection range around points needed';
165        return
166    end
167elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
168    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
169        return
170end
171[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
172ProjData.NbDim=0;
173[CellVarIndex,NbDimCell,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
174if ~isempty(errormsg)
175    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
176    return
177end
178%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
179for icell=1:length(CellVarIndex)
180    if NbDimCell(icell)==1
181        continue
182    end
183    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
184    VarType=VarTypeCell{icell};
185    ivar_X=VarType.coord_x;
186    ivar_Y=VarType.coord_y;
187    ivar_Z=VarType.coord_z;
188    ivar_Anc=VarType.ancillary;
189    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
190    ivar_F=VarType.warnflag;
191    ivar_FF=VarType.errorflag;
192    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
193    if isempty(ivar_X)
194        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates     
195    else
196        if length(ivar_X)>1 || length(ivar_Y)>1 || length(ivar_Z)>1
197                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
198                    return
199        end
200        if length(ivar_Y)~=1
201                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
202                return
203        end
204        test_grid=0;
205    end
206    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
207    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
208    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
209    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
210    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
211    for ivar=VarIndex       
212        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
213        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
214        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
215    end
216    if ~test_grid
217        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
218        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
219        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
220        if length(ivar_Z)==1
221            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
222            test3D=1;
223        end
224        if length(ivar_F)>1 || length(ivar_FF)>1
225                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
226                    return
227        end     
228        for ipoint=1:siz(1)
229           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
230           distX=coord_x-Xpoint(1);
231           distY=coord_y-Xpoint(2);         
232           dist=distX.*distX+distY.*distY;
233           indsel=find(dist<width*width);
234           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
235           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
236           if isequal(length(ivar_FF),1)
237               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
238               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
239               %ind_indsel=find(~FF);
240               indsel=indsel(~FF);
241           end
242           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
243            for ivar=VarIndex
244               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
245               if isempty(indsel)
246                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
247               else
248                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
249                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
250                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
251                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
252                    end
253               end
254            end
255        end
256    else
257        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
258        %case of structured coordinates
259        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
260            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
261            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
262            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
263            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
264            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
265            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
266            npxy=size(A);
267
268% %             nbcolor=1; %default
269%             for idim=1:length(ListDimName)
270%                 DimName=ListDimName{idim};
271%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
272%                    nbcolor=npxy(idim);
273%                    DimIndices(idim)=[];
274%                    npxy(idim)=[];
275%                 end
276%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
277%                     DimIndices(idim)=[];
278%                     npxy(idim)=[];
279%                 end
280%             end 
281            ind_1=find(npxy==1);
282            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
283%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
284            %NbDim=length(DimIndices)%number of space dimensions
285            NbDim=numel(VarType.coord);
286            Coord_z=[];
287            Coord_y=[];
288            Coord_x=[];   
289            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
290                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
291                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
292                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
293                ivar=VarType.coord(idim);
294%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
295                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
296                    if numel(Coord{idim})==2
297                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
298                    else
299                        DCoord=diff(Coord{idim});
300                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
301                        DCoord_max=max(DCoord);
302                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
303                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
304                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
305                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
306                                    return
307                        end               
308                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
309                        test_coord(idim)=1;
310                    end
311%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
312%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
313%                     DCoord_min(idim)=1;%default
314%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
315%                     test_direct(idim)=1;
316%                 end
317            end
318            DX=DCoord_min(2);
319            DY=DCoord_min(1);
320            for ipoint=1:siz(1)
321                xwidth=width/(abs(DX));
322                ywidth=width/(abs(DY));
323                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
324                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
325                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
326                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
327                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
328                j_min=max(1,j_min);
329                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
330                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
331                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
332                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
333                i_int=(i_min:i_plus);
334                j_int=(j_min:j_plus);
335                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
336                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
337                   for ivar=VarIndex   
338                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
339                   end
340                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
341                else
342                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
343                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
344                    for ivar=VarIndex   
345                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
346                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
347                    end
348                end
349            end
350        end
351   end
352end
353
354%-----------------------------------------------------------------
355%project in a patch
356function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
357%-------------------------------------------------------------------
358[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
359
360objectfield=fieldnames(ObjectData);
361widthx=0;
362widthy=0;
363if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
364    widthx=max(ObjectData.RangeX);
365end
366if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
367    widthy=max(ObjectData.RangeY);
368end
369
370%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
371ProjData.NbDim=1;
372ProjData.ListVarName={};
373ProjData.VarDimName={};
374ProjData.VarAttribute={};
375
376Mesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
377if isfield (FieldData,'VarAttribute')
378    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
379    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
380%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
381        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
382            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
383        end
384        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Mesh')
385            Mesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.Mesh;
386        end
387    end
388end
389
390%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
391testfalse=0;
392ListIndex={};
393% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
394idimvar=0;
395[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
396if ~isempty(errormsg)
397    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
398    return
399end
400
401%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
402dimcounter=0;
403for icell=1:length(CellVarIndex)
404    testX=0;
405    testY=0;
406    test_Amat=0;
407    testfalse=0;
408    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
409    VarType=VarTypeCell{icell};
410  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
411    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
412        continue
413    end
414    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
415    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
416    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
417    testproj(VarType.scalar)=1;
418    testproj(VarType.vector_x)=1;
419    testproj(VarType.vector_y)=1;
420    testproj(VarType.vector_z)=1;
421    testproj(VarType.image)=1;
422    testproj(VarType.color)=1;
423    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
424    if testX %case of unstructured coordinates
425         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
426         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
427               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
428            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
429         end
430         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
431         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
432         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
433         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
434    end
435    if testfalse
436        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
437        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
438    end
439    % image or 2D matrix
440    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
441        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
442        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
443        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
444        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
445        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
446        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
447        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
448       if length(AX)==2
449           AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
450       end
451       if length(AY)==2
452           AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
453       end
454%         for idim=1:length(DimValue)       
455%             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
456%             DCoord_min(idim)=1;%default
457%             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
458%             test_direct(idim)=1;
459%         end
460%         AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
461%         AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
462        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
463        if length(DimValue)==3
464            testcolor=1;
465            npxy(3)=3;
466        else
467            testcolor=0;
468            npxy(3)=1;
469        end
470        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
471        npxy(1)=length(AY);
472        npxy(2)=length(AX);
473        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
474        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
475        for ivar=1:length(VarIndex)
476            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
477            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
478        end
479    end
480%select the indices in the range of action
481    testin=[];%default
482    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
483%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
484%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
485%                 return
486%            end
487       if testX
488            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
489            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
490            testin=distX<widthx & distY<widthy;
491       elseif test_Amat
492           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
493           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
494           testin=distX<widthx & distY<widthy;
495       end
496    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
497        if testX
498            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
499        elseif test_Amat
500           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
501       else%calculate the scalar
502           testin=[]; %A REVOIR
503       end
504    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
505       X2Max=widthx*widthx;
506       Y2Max=(widthy)*(widthy);
507       if testX
508            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
509            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
510            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
511       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
512           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
513           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
514           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
515       end
516    end
517    %selected indices
518    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
519            testin=~testin;
520    end
521    if testfalse
522        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
523    end
524    indsel=find(testin);
525    for ivar=VarIndex
526        if testproj(ivar)
527            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
528            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
529            eval(['ProjData.' VarName 'Min=min(min(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
530            eval(['ProjData.' VarName 'Max=max(max(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
531            if isequal(Mesh(ivar),0)
532                eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % default histogram with 100 bins
533            else
534                eval(['ProjData.' VarName '=(ProjData.' VarName 'Min+Mesh(ivar)/2:Mesh(ivar):ProjData.' VarName 'Max);']); % list of bin values
535                eval(['ProjData.' VarName 'Histo=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),ProjData.' VarName ');']); % histogram at predefined bin positions
536            end
537            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
538            if test_Amat && testcolor
539                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
540            else
541               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'} {'nbpoint'} {'nbpoint'}];
542            end
543            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
544        end
545    end
546%     if test_Amat & testcolor
547%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
548%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
549%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
550%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
551%        ProjData.VarDimName
552%     end
553end
554
555
556%-----------------------------------------------------------------
557%project on a line
558% AJOUTER flux,circul,error
559function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
560%-----------------------------------------------------------------
561[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
562if ~isempty(errormsg)
563    return
564end
565ProjData.NbDim=1;
566%initialisation of the input parameters and defaultoutput
567ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
568if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
569ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
570if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
571width=0;%default width of the projection band
572if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
573    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
574end
575if isfield(ObjectData,'RangeY')
576    width=max(ObjectData.RangeY);
577end
578
579% default output
580errormsg=[];%default
581Xline=[];
582flux=0;
583circul=0;
584liny=ObjectData.Coord(:,2);
585siz_line=size(ObjectData.Coord);
586if siz_line(1)<2
587    return% line needs at least 2 points to be defined
588end
589testfalse=0;
590ListIndex={};
591
592%angles of the polyline and boundaries of action
593dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
594dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
595theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
596theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
597% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
598if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
599    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
600    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
601    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
602    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
603    for ip=2:siz_line(1)
604        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
605        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
606        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
607        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
608    end
609end
610
611%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
612[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
613if ~isempty(errormsg)
614    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
615    return
616end
617
618% loop on variable cells with the same space dimension
619ProjData.ListVarName={};
620ProjData.VarDimName={};
621for icell=1:length(CellVarIndex)
622    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
623    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
624    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
625        continue
626    end
627    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
628    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
629    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
630    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
631                                             %=0 for vector components, treated separately
632    testproj(VarType.scalar)=1;
633    testproj(VarType.image)=1;
634    testproj(VarType.color)=1;
635    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
636    if testU
637         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
638    end
639    %identify vector components   
640    if testU
641        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
642        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
643        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
644        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
645    end 
646    %identify error flag
647    if testfalse
648        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
649        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
650    end   
651    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
652    if testX
653        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
654            if width==0
655                errormsg='range of the projection object is missing';
656                return     
657            else
658                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
659            end
660        end
661        if ~isequal(ProjMode,'projection')
662            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
663                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
664            else
665                errormsg='DX missing';
666                return
667            end
668        end
669        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
670        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
671        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
672        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
673    end   
674    %initiate projection
675    for ivar=1:length(VarIndex)
676        ProjLine{ivar}=[];
677    end
678    XLine=[];
679    linelengthtot=0;
680
681%         circul=0;
682%         flux=0;
683  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
684   %case of unstructured coordinates
685    if testX   
686        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
687            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
688            %select the vector indices in the range of action
689            if testfalse
690                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
691            else
692                flagsel=ones(size(coord_x));
693            end
694            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
695                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
696                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
697                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
698                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
699            end
700            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
701            X_sel=coord_x(indsel);
702            Y_sel=coord_y(indsel);
703            nbvar=0;
704            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
705                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
706                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
707            end   
708            if testU
709                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
710                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
711            end
712            if isequal(ProjMode,'projection')
713                sintheta=sin(theta(ip));
714                costheta=cos(theta(ip));
715                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
716                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
717                for ivar=1:numel(ProjVar)
718                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
719                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
720                     end
721                end
722            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
723                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
724                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
725                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
726                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
727                for ivar=1:numel(ProjVar)
728                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
729                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
730                     end
731                end
732            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
733                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
734                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
735                siz=size(X_sel);
736                xregij=cos(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
737                yregij=sin(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
738                xij=X_sel*ones(1,npoint);
739                yij=Y_sel*ones(1,npoint);
740                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
741                norm=Aij'*ones(siz(1),1);
742                for ivar=1:numel(ProjVar)
743                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
744                        ProjVar{ivar}=Aij'*ProjVar{ivar}./norm;
745                     end
746                end             
747            end
748            %prolongate the total record
749            for ivar=1:numel(ProjVar)
750                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
751                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
752                  end
753            end
754            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
755            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
756            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
757            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
758        end
759        ProjData.X=XLine';
760        cur_index=1;
761        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
762        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
763        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
764        for iselect=1:numel(VarIndex)
765            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
766            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
767            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
768            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
769            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
770            if strcmp(ProjMode,'projection')
771                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
772            else
773                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
774            end
775        end
776   
777    %case of structured coordinates
778    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
779        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
780            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
781        else
782            test_Amat=1;%image or 2D matrix
783            test_interp2=0;%default
784%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
785            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
786            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
787            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
788            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
789            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
790            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
791            npxy=size(A);
792            npx=npxy(2);
793            npy=npxy(1);
794            if numel(AX)==2
795                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
796            else
797                DX_vec=diff(AX);
798                DX=max(DX_vec);
799                DX_min=min(DX_vec);
800                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
801                    test_interp2=1;
802                    DX=DX_min;
803                end   
804            end
805            if numel(AY)==2
806                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
807            else
808                DY_vec=diff(AY);
809                DY=max(DY_vec);
810                DY_min=min(DY_vec);
811                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
812                   test_interp2=1;
813                    DY=DY_min;
814                end     
815            end             
816            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
817            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
818            if isfield(ObjectData,'DX')
819                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
820            else
821                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
822            end
823            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
824            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
825            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
826            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
827            if isfield(FieldData,'RangeX')
828                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
829            else
830                XMin=0;
831            end
832            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
833            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
834            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
835            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
836            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
837            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
838            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
839            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
840            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
841            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
842            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
843            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
844            ind_in=find(flagin);
845            ind_out=find(~flagin);
846            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
847            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
848            nbcolor=1; %color images
849            if numel(npxy)==2
850                nbcolor=1;
851            elseif length(npxy)==3
852                nbcolor=npxy(3);
853            else
854                errormsg='multicomponent field not projected';
855                display(errormsg)
856                return
857            end
858            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
859            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
860            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
861            for ivar=VarIndex
862                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
863                if test_interp2% interpolate on new grid
864                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
865                end
866                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
867                if nbcolor==1
868                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
869                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
870                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
871                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
872                elseif nbcolor==3
873                    vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
874                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
875                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
876                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
877                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
878                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
879                end 
880                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
881                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
882                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
883            end
884            if testU
885                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
886                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
887                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
888                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
889            end
890            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
891            if nbcolor==3
892                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
893            end
894        end     
895    end
896end
897
898% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
899% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
900% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
901% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
902% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
903% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
904% %     else
905% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
906% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
907% %     end
908%
909% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
910
911
912%-----------------------------------------------------------------
913%project on a plane
914% AJOUTER flux,circul,error
915 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
916%-----------------------------------------------------------------
917
918%% initialisation of the input parameters of the projection plane
919ProjMode='projection';%direct projection by default
920if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
921
922%axis origin
923if isempty(ObjectData.Coord)
924    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
925    ObjectData.Coord(1,2)=0;
926    ObjectData.Coord(1,3)=0;
927end
928
929%rotation angles
930PlaneAngle=[0 0 0];
931norm_plane=[0 0 1];
932cos_om=1;
933sin_om=0;
934test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
935test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
936if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
937    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
938    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
939    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
940    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
941    cos_om=cos(om);
942    sin_om=sin(om);
943    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
944    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
945    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
946    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
947    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
948end
949testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
950
951% Phi=0;%default
952% Theta=0;
953% Psi=0;
954% if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
955%     Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
956% end
957% if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
958%     Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
959% end
960% if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
961%     Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
962% end
963
964%components of the unity vector normal to the projection plane
965% NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
966% NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
967% NormVec_Z=cos(Theta);
968
969%mesh sizes DX and DY
970DX=0;
971DY=0; %default
972if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
973     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
974end
975if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
976     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
977end
978if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
979        errormsg='DX or DY missing';
980        display(errormsg)
981        return
982end
983
984%extrema along each axis
985testXMin=0;
986testXMax=0;
987testYMin=0;
988testYMax=0;
989if isfield(ObjectData,'RangeX')
990        XMin=min(ObjectData.RangeX);
991        XMax=max(ObjectData.RangeX);
992        testXMin=XMax>XMin;
993        testXMax=1;
994end
995if isfield(ObjectData,'RangeY')
996        YMin=min(ObjectData.RangeY);
997        YMax=max(ObjectData.RangeY);
998        testYMin=YMax>YMin;
999        testYMax=1;
1000end
1001width=0;%default width of the projection band
1002if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1003        width=max(ObjectData.RangeZ);
1004end
1005
1006% initiate Matlab  structure for physical field
1007[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1008ProjData.NbDim=2;
1009ProjData.ListVarName={};
1010ProjData.VarDimName={};
1011if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1012    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1013elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1014    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1015end
1016
1017error=0;%default
1018flux=0;
1019testfalse=0;
1020ListIndex={};
1021
1022%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1023%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1024%-----------------------------------------------------------------
1025idimvar=0;
1026
1027[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1028if ~isempty(errormsg)
1029    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1030    return
1031end
1032
1033% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1034% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1035ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1036icoord=0;
1037nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1038nbvar=0;
1039for icell=1:length(CellVarIndex)
1040    NbDim=NbDimVec(icell);
1041    if NbDim<2
1042        continue
1043    end
1044    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1045    VarType=VarTypeCell{icell};
1046    ivar_X=VarType.coord_x;
1047    ivar_Y=VarType.coord_y;
1048    ivar_Z=VarType.coord_z;
1049    ivar_U=VarType.vector_x;
1050    ivar_V=VarType.vector_y;
1051    ivar_W=VarType.vector_z;
1052    ivar_C=VarType.scalar ;
1053    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1054    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1055    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1056    ivar_F=VarType.warnflag;
1057    ivar_FF=VarType.errorflag;
1058    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1059    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1060    if ischar(DimCell)
1061        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1062    end
1063   
1064    %% case of input fields with unstructured coordinates
1065    if testX
1066        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1067        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1068        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1069        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1070        if length(ivar_Z)==1
1071            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1072            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1073        end
1074       
1075        % translate  initial coordinates
1076        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1077        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1078        if ~isempty(ivar_Z)
1079            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1080        end
1081       
1082        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1083        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1084            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1085            fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1086            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1087            size(indcut)
1088            for ivar=VarIndex
1089                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1090                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1091                % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE
1092            end
1093            coord_x=coord_x(indcut);
1094            coord_y=coord_y(indcut);
1095            coord_z=coord_z(indcut);
1096        end
1097       
1098        %rotate coordinates if needed:
1099        if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1100            %             coord_X=coord_x;
1101            %             coord_Y=coord_y;
1102            %             if ~isequal(Theta,0)
1103            %                 coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1104            %             end
1105            %         else
1106            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1107            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1108            %         end
1109            %         if ~isempty(ivar_Z)
1110            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1111            %         end
1112            %         if testangle
1113            coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1114            coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1115        else
1116            coord_X=coord_x;
1117            coord_Y=coord_y;
1118        end
1119       
1120        %restriction to the range of x and y if imposed
1121        testin=ones(size(coord_X)); %default
1122        testbound=0;
1123        if testXMin
1124            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1125            testbound=1;
1126        end
1127        if testXMax
1128            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1129            testbound=1;
1130        end
1131        if testYMin
1132            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1133            testbound=1;
1134        end
1135        if testYMin
1136            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1137            testbound=1;
1138        end
1139        if testbound
1140            indcut=find(testin);
1141            for ivar=VarIndex
1142                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1143                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1144            end
1145            coord_X=coord_X(indcut);
1146            coord_Y=coord_Y(indcut);
1147            if length(ivar_Z)==1
1148                coord_Z=coord_Z(indcut);
1149            end
1150        end
1151        % different cases of projection
1152        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1153            %the list of dimension
1154            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1155            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1156            %length(coord_X)];
1157           
1158            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1159                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1160                if ivar==ivar_X %x coordinate
1161                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1162                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1163                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1164                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1165                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1166                end
1167                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1168                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1169                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1170                    nbvar=nbvar+1;
1171                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1172                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1173                    end
1174                end
1175            end
1176        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1177            if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1178                rho=1000;%smoothing parameter, (small for strong smoothing)
1179            else
1180                rho=0;
1181            end
1182            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1183            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1184            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1185            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1186            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};
1187            nbcoord=2;
1188            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1189            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1190            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1191            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1192            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1193            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1194            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1195            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1196            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1197            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1198            if ~isequal(ivar_FF,0)
1199                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1200                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1201                coord_X=coord_X(indsel);
1202                coord_Y=coord_Y(indsel);
1203            end
1204            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1205            testFF=0;
1206            for ivar=VarIndex
1207                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1208                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)
1209                    ivar_new=ivar_new+1;
1210                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1211                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1212                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1213                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1214                    end
1215                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1216                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1217                    end
1218                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'',rho);'])
1219                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1220                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1221                    indnan=find(FFlag);
1222                    if~isempty(indnan)
1223                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1224                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1225                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1226                        testFF=1;
1227                    end
1228                    if ivar==ivar_U
1229                        ivar_U=ivar_new;
1230                    end
1231                    if ivar==ivar_V
1232                        ivar_V=ivar_new;
1233                    end
1234                    if ivar==ivar_W
1235                        ivar_W=ivar_new;
1236                    end
1237                end
1238            end
1239            if testFF
1240                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1241                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1242                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1243                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1244            end
1245        end
1246       
1247        %% case of input fields defined on a structured  grid
1248    else
1249        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1250        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1251        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1252        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1253        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1254        if NbDim>=3
1255            if NbDim>3
1256                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1257                return
1258            else
1259                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1260                    nbcolor=DimValue(3);
1261                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1262                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1263                end
1264            end
1265        end
1266        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1267        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1268        if testangle% TODO modify name also in case of origin shift in x or y
1269            AYProjName='Y';
1270            AXProjName='X';
1271            count=0;
1272            %modify coordinate names if they are already used
1273            while ~(isempty(find(strcmp('AXName',ProjData.ListVarName),1)) && isempty(find(strcmp('AYName',ProjData.ListVarName),1)))
1274                count=count+1;
1275                AYProjName=[AYProjName '_' num2str(count)];
1276                AXProjName=[AXProjName '_' num2str(count)];
1277            end
1278        else
1279            AYProjName=AYName;% (name preserved on projection)
1280            AXProjName=AXName;%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1281        end
1282        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1283        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYProjName} {AXProjName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1284        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYProjName} {AXProjName}];
1285        Coord_z=[];
1286        Coord_y=[];
1287        Coord_x=[];
1288       
1289        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1290            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1291            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1292            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1293                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1294                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1295                    DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1296                else
1297                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1298                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1299                    DCoord_max=max(DCoord);
1300                    %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1301                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1302                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1303                        return
1304                    end
1305                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1306                end
1307                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1308            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1309                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1310                DCoord_min(idim)=1;%default
1311                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1312                test_direct(idim)=1;
1313            end
1314        end
1315        if DY==0
1316            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1317        end
1318        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1319        if DX==0
1320            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1321        end
1322        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1323        for idim=1:NbDim
1324            if test_interp(idim)
1325                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1326            end
1327        end
1328        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1329        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1330        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1331        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1332        DAX=DCoord_min(NbDim);
1333        DAY=DCoord_min(NbDim-1);
1334        minAX=min(Coord_x);
1335        maxAX=max(Coord_x);
1336        minAY=min(Coord_y);
1337        maxAY=max(Coord_y);
1338        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1339        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1340        xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1341        ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1342        if ~testXMax
1343            XMax=max(xcor_new);
1344        end
1345        if ~testXMin
1346            XMin=min(xcor_new);
1347        end
1348        if ~testYMax
1349            YMax=max(ycor_new);
1350        end
1351        if ~testYMin
1352            YMin=min(ycor_new);
1353        end
1354        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1355        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1356        if DX==0
1357            DX=DXinit;
1358        end
1359        if DY==0
1360            DY=DYinit;
1361        end
1362        if NbDim==3
1363            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1364            if ~test_direct(1)
1365                DZ=-DZ;
1366            end
1367            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1368            test_direct_z=test_direct(1);
1369        end
1370        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1371        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);
1372        if test_direct_y
1373            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1374        else
1375            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1376        end
1377        if test_direct_x
1378            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1379        else
1380            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1381        end
1382        % case with no  interpolation
1383        if isequal(ProjMode,'projection') && (~testangle || test90y || test90x)
1384            if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax
1385                ProjData=FieldData;% no change by projection
1386            else
1387                indY=NbDim-1;
1388                if test_direct(indY)
1389                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1390                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1391                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1392                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1393                else
1394                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1395                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1396                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1397                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1398                end
1399                if test_direct(NbDim)==1
1400                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1401                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1402                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1403                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1404                else
1405                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1406                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1407                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);                         
1408                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1409                end
1410                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1411                min_indx=max(min_indx,1);
1412
1413                if test90y
1414                    ind_new=[3 2 1];
1415                    DimCell={AYProjName,AXProjName};
1416%                     DimValue=DimValue(ind_new);
1417                    iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1418                    for ivar=VarIndex
1419                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1420                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1421                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1422                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1423                        eval(['ProjData.' VarName '=permute(FieldData.' VarName ',ind_new);'])% permute x and z indices for 90 degree rotation
1424                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(ProjData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1425                    end
1426                    eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1427                    eval(['ProjData.' AXProjName '=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1428                else
1429                    if NbDim==3
1430                        DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1431                        DimValue(1)=[];
1432                        if test_direct(1)
1433                            iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1434                        else
1435                            iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1436                        end
1437                    end
1438                    max_indy=min(max_indy,DimValue(1));%introduce bounds in y and x indices
1439                    max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1440                    for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1441                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1442                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1443                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1444                        if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1445                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1446                        end
1447                        if NbDim==3
1448                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1449                        else
1450                            eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1451                        end
1452                    end
1453                    eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1454                    eval(['ProjData.' AXProjName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1455                end
1456            end
1457        else       % case with rotation and/or interpolation
1458            if NbDim==2 %2D case
1459                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1460                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1461                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1462                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1463                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1464                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1465                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1466                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1467                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1468                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1469                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1470                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1471                    test_filter=1;
1472                else
1473                    test_filter=0;
1474                end
1475                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1476                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1477                for ivar=VarIndex
1478                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1479                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid
1480                        eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1481                    end
1482                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1483                    if test_filter
1484                        Aclass=class(FieldData.A);
1485                        eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1486                        if ~isequal(Aclass,'double')
1487                            eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1488                        end
1489                    end
1490                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line
1491                    %ind_in=find(flagin);
1492                    ind_out=find(~flagin);
1493                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1494                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1495                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1496                    for icolor=1:nbcolor
1497                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1498                    end
1499                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1500                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1501                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1502                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1503                    end
1504                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1505                end
1506                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur
1507                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1508                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1509                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1510            elseif ~testangle
1511                % unstructured z coordinate
1512                test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1513                iz_sup=find(test_sup);
1514                iz=iz_sup(1);
1515                if iz>=1 & iz<=npz
1516                    %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1517                    %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1518                    for ivar=VarIndex
1519                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1520                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1521                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1522                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1523                        %TODO : do a vertical average for a thick plane
1524                        if test_interp(2) || test_interp(3)
1525                            eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1526                        end
1527                    end
1528                end
1529            else
1530                errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1531                %TODO: use interp3
1532                return
1533            end
1534        end
1535    end
1536   
1537    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1538    if testangle && length(ivar_U)==1
1539        if isempty(ivar_V)
1540            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1541            return
1542        end
1543        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1544        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};
1545        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1546        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1547        if ~isempty(ivar_W)
1548            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1549            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1550            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1551        end
1552        if ~isequal(Psi,0)
1553            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1554            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1555        end
1556    end
1557end
1558ProjData
1559ProjData.VarDimName{3}
1560
1561%-----------------------------------------------------------------
1562%projection in a volume
1563 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1564%-----------------------------------------------------------------
1565ProjData=FieldData;%default output
1566
1567%% initialisation of the input parameters of the projection plane
1568ProjMode='projection';%direct projection by default
1569if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1570
1571%% axis origin
1572if isempty(ObjectData.Coord)
1573    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1574    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1575    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1576end
1577
1578%% rotation angles
1579VolumeAngle=[0 0 0];
1580norm_plane=[0 0 1];
1581if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1582    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1583    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1584    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1585    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1586    cos_om=cos(pi*om/180);
1587    sin_om=sin(pi*om/180);
1588    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1589    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1590    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1591    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1592    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1593end
1594testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1595
1596%% mesh sizes DX, DY, DZ
1597DX=0;
1598DY=0; %default
1599DZ=0;
1600if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1601     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1602end
1603if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1604     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1605end
1606if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1607     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1608end
1609if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1610        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1611        return
1612end
1613
1614%% extrema along each axis
1615testXMin=0;
1616testXMax=0;
1617testYMin=0;
1618testYMax=0;
1619if isfield(ObjectData,'RangeX')
1620        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1621        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1622        testXMin=XMax>XMin;
1623        testXMax=1;
1624end
1625if isfield(ObjectData,'RangeY')
1626        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1627        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1628        testYMin=YMax>YMin;
1629        testYMax=1;
1630end
1631width=0;%default width of the projection band
1632if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1633        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1634        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1635        testZMin=ZMax>ZMin;
1636        testZMax=1;
1637end
1638
1639%% initiate Matlab  structure for physical field
1640[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1641ProjData.NbDim=3;
1642ProjData.ListVarName={};
1643ProjData.VarDimName={};
1644if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1645    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1646elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1647    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1648end
1649
1650error=0;%default
1651flux=0;
1652testfalse=0;
1653ListIndex={};
1654
1655%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1656%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1657%-----------------------------------------------------------------
1658idimvar=0;
1659[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1660if ~isempty(errormsg)
1661    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1662    return
1663end
1664
1665% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1666% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1667ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1668icoord=0;
1669nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1670nbvar=0;
1671for icell=1:length(CellVarIndex)
1672    NbDim=NbDimVec(icell);
1673    if NbDim<3
1674        continue
1675    end
1676    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1677    VarType=VarTypeCell{icell};
1678    ivar_X=VarType.coord_x;
1679    ivar_Y=VarType.coord_y;
1680    ivar_Z=VarType.coord_z;
1681    ivar_U=VarType.vector_x;
1682    ivar_V=VarType.vector_y;
1683    ivar_W=VarType.vector_z;
1684    ivar_C=VarType.scalar ;
1685    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1686    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1687    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1688    ivar_F=VarType.warnflag;
1689    ivar_FF=VarType.errorflag;
1690    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1691    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1692    if ischar(DimCell)
1693        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1694    end
1695
1696%% case of input fields with unstructured coordinates
1697    if testX
1698        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1699        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1700        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1701        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1702        if length(ivar_Z)==1
1703            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1704            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1705        end
1706
1707        % translate  initial coordinates
1708        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1709        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1710        if ~isempty(ivar_Z)
1711            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1712        end
1713       
1714        % selection of the vectors in the projection range
1715%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1716%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1717%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1718%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1719%             for ivar=VarIndex
1720%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1721%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1722%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1723%             end
1724%             coord_x=coord_x(indcut);
1725%             coord_y=coord_y(indcut);
1726%             coord_z=coord_z(indcut);
1727%         end
1728
1729       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1730       if testangle
1731           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1732           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1733           if ~isempty(ivar_Z)
1734               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1735           end
1736           
1737           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1738           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1739           
1740       else
1741           coord_X=coord_x;
1742           coord_Y=coord_y;
1743           coord_Z=coord_z;
1744       end
1745        %restriction to the range of x and y if imposed
1746        testin=ones(size(coord_X)); %default
1747        testbound=0;
1748        if testXMin
1749            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1750            testbound=1;
1751        end
1752        if testXMax
1753            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1754            testbound=1;
1755        end
1756        if testYMin
1757            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1758            testbound=1;
1759        end
1760        if testYMax
1761            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1762            testbound=1;
1763        end
1764        if testbound
1765            indcut=find(testin);
1766            for ivar=VarIndex
1767                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1768                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1769            end
1770            coord_X=coord_X(indcut);
1771            coord_Y=coord_Y(indcut);
1772            if length(ivar_Z)==1
1773                coord_Z=coord_Z(indcut);
1774            end
1775        end
1776        % different cases of projection
1777        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1778            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1779                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1780                if ivar==ivar_X %x coordinate
1781                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1782                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1783                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1784                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1785                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1786                end
1787                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1788                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1789                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1790                    nbvar=nbvar+1;
1791                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1792                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1793                    end
1794                end
1795            end 
1796        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1797            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1798            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1799            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1800            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1801            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1802            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1803            nbcoord=2; 
1804            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1805            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1806            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1807            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1808            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1809            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1810            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1811            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1812            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1813            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1814            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1815            if ~isequal(ivar_FF,0)
1816                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1817                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1818                coord_X=coord_X(indsel);
1819                coord_Y=coord_Y(indsel);
1820            end
1821            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1822            testFF=0;
1823            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1824            for ivar=VarIndex
1825                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1826                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1827                    ivar_new=ivar_new+1;
1828                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1829                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1830                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1831                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1832                    end
1833                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1834                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1835                    end
1836                    eval(['InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '))'])
1837                    eval(['ProjData.' VarName '=InterpFct(X,Y,Z);'])
1838%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1839%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1840%                     indnan=find(FFlag);
1841%                     if~isempty(indnan)
1842%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1843%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1844%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1845%                         testFF=1;
1846%                     end
1847                    if ivar==ivar_U
1848                        ivar_U=ivar_new;
1849                    end
1850                    if ivar==ivar_V
1851                        ivar_V=ivar_new;
1852                    end
1853                    if ivar==ivar_W
1854                        ivar_W=ivar_new;
1855                    end
1856                end
1857            end
1858            if testFF
1859                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1860                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1861               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1862                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1863            end
1864        end
1865       
1866%% case of input fields defined on a structured  grid
1867    else
1868        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1869        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1870        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1871        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1872        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1873        if NbDim>=3
1874            if NbDim>3
1875                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1876                return
1877            else
1878                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1879                    nbcolor=DimValue(3);
1880                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1881                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1882                end
1883            end
1884        end
1885        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1886        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1887        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1888        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1889        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1890        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1891        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1892
1893%         for idim=1:length(ListDimName)
1894%             DimName=ListDimName{idim};
1895%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1896%                nbcolor=DimValue(idim);
1897%                DimValue(idim)=[];
1898%             end
1899%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1900%                 DimValue(idim)=[];
1901%             end
1902%         end 
1903        Coord_z=[];
1904        Coord_y=[];
1905        Coord_x=[];   
1906
1907        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1908            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1909            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1910            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1911                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1912                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1913                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1914                else
1915                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1916                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1917                    DCoord_max=max(DCoord);
1918                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1919                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1920                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1921                                return
1922                    end               
1923                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1924                end
1925                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1926            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1927                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1928                DCoord_min(idim)=1;%default
1929                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1930                test_direct(idim)=1;
1931            end
1932        end
1933        if DY==0
1934            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1935        end
1936        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1937        if DX==0
1938            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1939        end
1940        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1941        for idim=1:NbDim
1942            if test_interp(idim)
1943                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1944            end
1945        end       
1946        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1947        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1948        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1949        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1950        DAX=DCoord_min(NbDim);
1951        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1952        minAX=min(Coord_x);
1953        maxAX=max(Coord_x);
1954        minAY=min(Coord_y);
1955        maxAY=max(Coord_y);
1956        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1957        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1958        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1959        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1960        if ~testXMax
1961            XMax=max(xcor_new);
1962        end
1963        if ~testXMin
1964            XMin=min(xcor_new);
1965        end
1966        if ~testYMax
1967            YMax=max(ycor_new);
1968        end
1969        if ~testYMin
1970            YMin=min(ycor_new);
1971        end
1972        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1973        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1974        if DX==0
1975            DX=DXinit;
1976        end
1977        if DY==0
1978            DY=DYinit;
1979        end
1980        if NbDim==3
1981            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1982            if ~test_direct(1)
1983                DZ=-DZ;
1984            end
1985            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1986            test_direct_z=test_direct(1);
1987        end
1988        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1989        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1990        if test_direct_y
1991            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1992        else
1993            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1994        end
1995        if test_direct_x
1996            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1997        else
1998            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1999        end
2000       
2001        % case with no rotation and interpolation
2002        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2003            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2004                ProjData=FieldData;
2005            else
2006                indY=NbDim-1;
2007                if test_direct(indY)
2008                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2009                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2010                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2011                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
2012                else
2013                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2014                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2015                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2016                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2017                end   
2018                if test_direct(NbDim)==1
2019                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2020                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2021                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2022                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2023                else
2024                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2025                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2026                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2027                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2028                end
2029                if NbDim==3
2030                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2031                    DimValue(1)=[];
2032                                        %structured coordinates
2033                    if test_direct(1)
2034                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2035                    else
2036                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2037                    end
2038                end
2039                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2040                min_indx=max(min_indx,1);
2041                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2042                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2043                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2044                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2045                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2046                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2047                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2048                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2049                    end
2050                    if NbDim==3
2051                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2052                    else
2053                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2054                    end
2055                end 
2056                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2057                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2058            end
2059        else       % case with rotation and/or interpolation
2060            if NbDim==2 %2D case
2061                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2062                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2063                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2064                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2065                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2066                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2067                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2068                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2069                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
2070                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
2071                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
2072                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
2073                    test_filter=1;
2074                else
2075                    test_filter=0;
2076                end
2077                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2078                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2079                for ivar=VarIndex
2080                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2081                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2082                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2083                    end
2084                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2085                    if test_filter 
2086                         Aclass=class(FieldData.A);
2087                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2088                         if ~isequal(Aclass,'double')
2089                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2090                         end
2091                    end
2092                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2093                    %ind_in=find(flagin);
2094                    ind_out=find(~flagin);
2095                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2096                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2097                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2098                    for icolor=1:nbcolor
2099                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2100                    end
2101                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2102                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2103                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2104                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2105                    end     
2106                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2107                end
2108                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2109                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2110                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2111                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2112            else %3D case
2113                if ~testangle     
2114                    % unstructured z coordinate
2115                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2116                    iz_sup=find(test_sup);
2117                    iz=iz_sup(1);
2118                    if iz>=1 & iz<=npz
2119                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2120                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2121                        for ivar=VarIndex
2122                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2123                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2124                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2125                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2126                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2127                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2128                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2129                            end
2130                        end
2131                    end
2132                else
2133                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2134                    %TODO: use interp3
2135                    return
2136                end
2137            end
2138        end
2139    end
2140
2141    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2142    if testangle
2143        if isempty(ivar_V)
2144            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2145            return
2146        end
2147        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2148        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2149        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2150        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2151        if ~isempty(ivar_W)
2152            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2153            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2154            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2155        end
2156        if ~isequal(Psi,0)
2157            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2158            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2159        end
2160    end
2161end
2162
2163%------------------------------------------------------------------------
2164%--- transfer the global attributes
2165function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2166%------------------------------------------------------------------------
2167ProjData=[];%default
2168errormsg='';%default
2169
2170%% transfer error
2171if isfield(FieldData,'Txt')
2172    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2173    return;
2174end
2175
2176%% transfer global attributes
2177if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2178    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2179else
2180    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2181end
2182for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2183    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2184    if isfield(FieldData,AttrName)
2185        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2186    end
2187end
2188
2189%% transfer coordinate unit
2190if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2191    if isfield(ObjectData,'CoordUnit')&~isequal(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2192        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2193        return
2194    else
2195         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2196    end
2197end
2198
2199%% store the properties of the projection object
2200ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2201for ilist=1:length(ListObject)
2202    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2203        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2204        if ~isempty(val)
2205            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2206            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2207        end
2208    end   
2209end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.