source: trunk/src/proj_field.m @ 388

Last change on this file since 388 was 388, checked in by sommeria, 12 years ago

several bugs corrected
file indexing, color images...

File size: 101.0 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,FieldName)
83errormsg='';%default
84%% case of no projection (object is used only as graph display)
85if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
86    ProjData=[];
87    return
88end
89
90%% in the absence of object Type or projection mode, or object coordinaes, the input field is just tranfered without change
91if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
92    ProjData=FieldData;
93    return
94end
95if ~isfield(ObjectData,'Coord')
96    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
97        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
98    else
99        ProjData=FieldData;
100        return
101    end
102end
103       
104%% OBSOLETE
105if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
106    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
107end
108if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
109    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
110end
111if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
112    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
113end
114if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
115    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
116end
117if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
118    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
119end
120if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
121    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
122end
123%%%%%%%%%%
124
125%% apply projection depending on the object style
126switch ObjectData.Type
127    case 'points'
128    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
129    case {'line','polyline'}
130     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
131    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
132        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
133            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
134        else
135            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
136        end
137    case 'plane'
138            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
139    case 'volume'
140        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
141end
142
143%-----------------------------------------------------------------
144%project on a set of points
145function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
146%-------------------------------------------------------------------
147
148siz=size(ObjectData.Coord);
149width=0;
150if isfield(ObjectData,'Range')
151    width=ObjectData.Range(1,2);
152end
153if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
154    width=max(ObjectData.RangeX);
155end
156if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
157    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
158end
159if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
160    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
161end
162if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
163    if width==0
164        errormsg='projection range around points needed';
165        return
166    end
167elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
168    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
169        return
170end
171[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
172ProjData.NbDim=0;
173[CellVarIndex,NbDimCell,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
174if ~isempty(errormsg)
175    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
176    return
177end
178%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
179for icell=1:length(CellVarIndex)
180    if NbDimCell(icell)==1
181        continue
182    end
183    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
184    VarType=VarTypeCell{icell};% structure defining the types of variables in the cell
185    ivar_X=VarType.coord_x;
186    ivar_Y=VarType.coord_y;
187    ivar_Z=VarType.coord_z;
188    ivar_Anc=VarType.ancillary;
189    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
190    ivar_F=VarType.warnflag;
191    ivar_FF=VarType.errorflag;
192    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
193    if isempty(ivar_X)
194        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates     
195    else
196        if length(ivar_X)>1 || length(ivar_Y)>1 || length(ivar_Z)>1
197                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
198                    return
199        end
200        if length(ivar_Y)~=1
201                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
202                return
203        end
204        test_grid=0;
205    end
206    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
207    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
208    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
209    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
210    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
211    for ivar=VarIndex       
212        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
213        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
214        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
215    end
216    if ~test_grid
217        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
218        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
219        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
220        if length(ivar_Z)==1
221            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
222            test3D=1;
223        end
224        if length(ivar_F)>1 || length(ivar_FF)>1
225                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
226                    return
227        end     
228        for ipoint=1:siz(1)
229           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
230           distX=coord_x-Xpoint(1);
231           distY=coord_y-Xpoint(2);         
232           dist=distX.*distX+distY.*distY;
233           indsel=find(dist<width*width);
234           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
235           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
236           if isequal(length(ivar_FF),1)
237               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
238               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
239               indsel=indsel(~FF);
240           end
241           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
242            for ivar=VarIndex
243               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
244               if isempty(indsel)
245                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
246               else
247                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
248                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
249                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
250                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
251                    end
252               end
253            end
254        end
255    else    %case of structured coordinates
256        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
257            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
258            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
259            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
260            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
261            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
262            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
263            npxy=size(A);       
264            NbDim=numel(VarType.coord(VarType.coord>0));%number of space dimensions
265            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
266            if numel(npxy)>NbDim
267                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
268            end
269            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
270                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
271                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
272                ivar=VarType.coord(idim);
273                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
274                if numel(Coord{idim})==2
275                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
276                else
277                    DCoord=diff(Coord{idim});
278                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
279                    DCoord_max=max(DCoord);
280                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
281                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
282                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
283                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
284                        return
285                    end
286                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
287                    test_coord(idim)=1;
288                end
289            end
290            DX=DCoord_min(2);
291            DY=DCoord_min(1);
292            for ipoint=1:siz(1)
293                xwidth=width/(abs(DX));
294                ywidth=width/(abs(DY));
295                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
296                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
297                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
298                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
299                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
300                j_min=max(1,j_min);
301                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
302                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
303                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
304                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
305                i_int=(i_min:i_plus);
306                j_int=(j_min:j_plus);
307                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
308                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
309                   for ivar=VarIndex   
310                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
311                   end
312                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
313                else
314                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
315                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
316                    for ivar=VarIndex   
317                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
318                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
319                    end
320                end
321            end
322        end
323   end
324end
325
326%-----------------------------------------------------------------
327%project in a patch
328function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
329%-------------------------------------------------------------------
330[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
331
332objectfield=fieldnames(ObjectData);
333widthx=0;
334widthy=0;
335if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
336    widthx=max(ObjectData.RangeX);
337end
338if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
339    widthy=max(ObjectData.RangeY);
340end
341
342%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
343ProjData.NbDim=1;
344ProjData.ListVarName={};
345ProjData.VarDimName={};
346ProjData.VarAttribute={};
347
348Mesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
349if isfield (FieldData,'VarAttribute')
350    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
351    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
352%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
353        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
354            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
355        end
356        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Mesh')
357            Mesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.Mesh;
358        end
359    end
360end
361
362%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
363testfalse=0;
364ListIndex={};
365% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
366idimvar=0;
367[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
368if ~isempty(errormsg)
369    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
370    return
371end
372
373%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
374dimcounter=0;
375for icell=1:length(CellVarIndex)
376    testX=0;
377    testY=0;
378    test_Amat=0;
379    testfalse=0;
380    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
381    VarType=VarTypeCell{icell};
382  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
383    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
384        continue
385    end
386    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
387    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
388    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
389    testproj(VarType.scalar)=1;
390    testproj(VarType.vector_x)=1;
391    testproj(VarType.vector_y)=1;
392    testproj(VarType.vector_z)=1;
393    testproj(VarType.image)=1;
394    testproj(VarType.color)=1;
395    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
396    if testX %case of unstructured coordinates
397         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
398         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
399               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
400            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
401         end
402         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
403         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
404         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
405         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
406    end
407    if testfalse
408        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
409        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
410    end
411    % image or 2D matrix
412    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
413        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
414        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
415        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
416        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
417        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
418        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
419        DimValue=size(FieldData.(VarName));
420       if length(AX)==2
421           AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
422       end
423       if length(AY)==2
424           AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
425       end
426%         for idim=1:length(DimValue)       
427%             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
428%             DCoord_min(idim)=1;%default
429%             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
430%             test_direct(idim)=1;
431%         end
432%         AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
433%         AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
434%         testcolor=find(numel(DimValue)==3);
435        if length(DimValue)==3
436            testcolor=1;
437            npxy(3)=3;
438        else
439            testcolor=0;
440            npxy(3)=1;
441        end
442        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
443        npxy(1)=length(AY);
444        npxy(2)=length(AX);
445        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
446        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
447        for ivar=1:length(VarIndex)
448            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
449            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
450        end
451    end
452%select the indices in the range of action
453    testin=[];%default
454    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
455%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
456%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
457%                 return
458%            end
459       if testX
460            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
461            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
462            testin=distX<widthx & distY<widthy;
463       elseif test_Amat
464           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
465           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
466           testin=distX<widthx & distY<widthy;
467       end
468    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
469        if testX
470            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
471        elseif test_Amat
472           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
473       else%calculate the scalar
474           testin=[]; %A REVOIR
475       end
476    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
477       X2Max=widthx*widthx;
478       Y2Max=(widthy)*(widthy);
479       if testX
480            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
481            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
482            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
483       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
484           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
485           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
486           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
487       end
488    end
489    %selected indices
490    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
491            testin=~testin;
492    end
493    if testfalse
494        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
495    end
496    indsel=find(testin);
497    for ivar=VarIndex
498        if testproj(ivar)
499            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
500            ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each color component
501            ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component 
502            ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color component
503            if isequal(Mesh(ivar),0)
504                eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:,:)),100);']); % default histogram with 100 bins
505            else
506                eval(['ProjData.' VarName '=(ProjData.' VarName 'Min+Mesh(ivar)/2:Mesh(ivar):ProjData.' VarName 'Max);']); % list of bin values
507                eval(['ProjData.' VarName 'Histo=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),ProjData.' VarName ');']); % histogram at predefined bin positions
508            end
509            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
510            if test_Amat && testcolor
511                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
512            else
513               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
514            end
515            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
516        end
517    end
518%     if test_Amat & testcolor
519%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
520%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
521%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
522%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
523%        ProjData.VarDimName
524%     end
525end
526
527
528%-----------------------------------------------------------------
529%project on a line
530% AJOUTER flux,circul,error
531function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
532%-----------------------------------------------------------------
533[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
534if ~isempty(errormsg)
535    return
536end
537ProjData.NbDim=1;
538%initialisation of the input parameters and defaultoutput
539ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
540if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
541% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
542% if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
543width=0;%default width of the projection band
544if isfield(ObjectData,'Range')&&size(ObjectData.Range,2)>=2
545    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
546end
547if isfield(ObjectData,'RangeY')
548    width=max(ObjectData.RangeY);
549end
550
551% default output
552errormsg=[];%default
553Xline=[];
554flux=0;
555circul=0;
556liny=ObjectData.Coord(:,2);
557siz_line=size(ObjectData.Coord);
558if siz_line(1)<2
559    return% line needs at least 2 points to be defined
560end
561testfalse=0;
562ListIndex={};
563
564%angles of the polyline and boundaries of action
565dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
566dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
567theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
568theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
569% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
570if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
571    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
572    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
573    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
574    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
575    for ip=2:siz_line(1)
576        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
577        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
578        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
579        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
580    end
581end
582
583%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
584[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
585if ~isempty(errormsg)
586    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
587    return
588end
589
590% loop on variable cells with the same space dimension
591ProjData.ListVarName={};
592ProjData.VarDimName={};
593for icell=1:length(CellVarIndex)
594    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
595    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
596    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
597        continue
598    end
599    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
600    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
601    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
602    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
603                                             %=0 for vector components, treated separately
604    testproj(VarType.scalar)=1;
605    testproj(VarType.image)=1;
606    testproj(VarType.color)=1;
607    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
608    if testU
609         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
610    end
611    %identify vector components   
612    if testU
613        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
614        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
615        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
616        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
617    end 
618    %identify error flag
619    if testfalse
620        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
621        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
622    end   
623    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
624    if testX
625        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
626            if width==0
627                errormsg='range of the projection object is missing';
628                return     
629            else
630                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
631            end
632        end
633        if ~isequal(ProjMode,'projection')
634            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
635                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
636            else
637                errormsg='DX missing';
638                return
639            end
640        end
641        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
642        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
643        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
644        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
645    end   
646    %initiate projection
647    for ivar=1:length(VarIndex)
648        ProjLine{ivar}=[];
649    end
650    XLine=[];
651    linelengthtot=0;
652
653%         circul=0;
654%         flux=0;
655  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
656   %case of unstructured coordinates
657    if testX   
658        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
659            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
660            %select the vector indices in the range of action
661            if testfalse
662                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
663            else
664                flagsel=ones(size(coord_x));
665            end
666            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
667                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
668                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
669                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
670                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
671            end
672            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
673            X_sel=coord_x(indsel);
674            Y_sel=coord_y(indsel);
675            nbvar=0;
676            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
677                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
678                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
679            end   
680            if testU
681                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
682                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
683            end
684            if isequal(ProjMode,'projection')
685                sintheta=sin(theta(ip));
686                costheta=cos(theta(ip));
687                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
688                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
689                for ivar=1:numel(ProjVar)
690                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
691                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
692                     end
693                end
694            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
695                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
696                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
697                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
698                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
699                for ivar=1:numel(ProjVar)
700                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
701                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
702                     end
703                end
704            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
705                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
706                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
707                siz=size(X_sel);
708                xregij=cos(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
709                yregij=sin(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
710                xij=X_sel*ones(1,npoint);
711                yij=Y_sel*ones(1,npoint);
712                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
713                norm=Aij'*ones(siz(1),1);
714                for ivar=1:numel(ProjVar)
715                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
716                        ProjVar{ivar}=Aij'*ProjVar{ivar}./norm;
717                     end
718                end             
719            end
720            %prolongate the total record
721            for ivar=1:numel(ProjVar)
722                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
723                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
724                  end
725            end
726            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
727            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
728            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
729            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
730        end
731        ProjData.X=XLine';
732        cur_index=1;
733        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
734        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
735        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
736        for iselect=1:numel(VarIndex)
737            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
738            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
739            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
740            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
741            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
742            if strcmp(ProjMode,'projection')
743                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
744            else
745                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
746            end
747        end
748   
749    %case of structured coordinates
750    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
751        if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
752            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
753        else
754            test_Amat=1;%image or 2D matrix
755            test_interp2=0;%default
756%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
757            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
758            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
759            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
760            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
761            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
762            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
763            npxy=size(A);
764            npx=npxy(2);
765            npy=npxy(1);
766            if numel(AX)==2
767                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
768            else
769                DX_vec=diff(AX);
770                DX=max(DX_vec);
771                DX_min=min(DX_vec);
772                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
773                    test_interp2=1;
774                    DX=DX_min;
775                end   
776            end
777            if numel(AY)==2
778                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
779            else
780                DY_vec=diff(AY);
781                DY=max(DY_vec);
782                DY_min=min(DY_vec);
783                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
784                   test_interp2=1;
785                    DY=DY_min;
786                end     
787            end             
788            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
789            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
790            if isfield(ObjectData,'DX')
791                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
792            else
793                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
794            end
795            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
796            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
797            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
798            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
799            if isfield(FieldData,'RangeX')
800                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
801            else
802                XMin=0;
803            end
804            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
805            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
806            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
807            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
808            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
809            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
810            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
811            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
812            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
813            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
814            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
815            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
816            ind_in=find(flagin);
817            ind_out=find(~flagin);
818            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
819            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
820            nbcolor=1; %color images
821            if numel(npxy)==2
822                nbcolor=1;
823            elseif length(npxy)==3
824                nbcolor=npxy(3);
825            else
826                errormsg='multicomponent field not projected';
827                display(errormsg)
828                return
829            end
830            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
831            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
832            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
833            for ivar=VarIndex
834                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
835                if test_interp2% interpolate on new grid
836                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
837                end
838                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
839                if nbcolor==1
840                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
841                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
842                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
843                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
844                elseif nbcolor==3
845                    vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
846                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
847                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
848                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
849                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
850                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
851                end 
852                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
853                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
854                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
855            end
856            if testU
857                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
858                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
859                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
860                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
861            end
862            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
863            if nbcolor==3
864                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
865            end
866        end     
867    end
868end
869
870% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
871% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
872% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
873% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
874% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
875% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
876% %     else
877% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
878% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
879% %     end
880%
881% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
882
883
884%-----------------------------------------------------------------
885%project on a plane
886% AJOUTER flux,circul,error
887 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData,FieldName)
888%-----------------------------------------------------------------
889
890%% initialisation of the input parameters of the projection plane
891ProjMode='projection';%direct projection by default
892if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
893
894%axis origin
895if isempty(ObjectData.Coord)
896    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
897    ObjectData.Coord(1,2)=0;
898    ObjectData.Coord(1,3)=0;
899end
900
901%rotation angles
902PlaneAngle=[0 0 0];
903norm_plane=[0 0 1];
904cos_om=1;
905sin_om=0;
906test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
907test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
908if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
909    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
910    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
911    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
912    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
913    cos_om=cos(om);
914    sin_om=sin(om);
915    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
916    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
917    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
918    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
919    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
920end
921testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
922
923%mesh sizes DX and DY
924DX=0;
925DY=0; %default
926if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
927     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
928end
929if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
930     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
931end
932if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
933        errormsg='DX or DY missing';
934        display(errormsg)
935        return
936end
937
938%extrema along each axis
939testXMin=0;
940testXMax=0;
941testYMin=0;
942testYMax=0;
943if isfield(ObjectData,'RangeX')
944        XMin=min(ObjectData.RangeX);
945        XMax=max(ObjectData.RangeX);
946        testXMin=XMax>XMin;
947        testXMax=1;
948end
949if isfield(ObjectData,'RangeY')
950        YMin=min(ObjectData.RangeY);
951        YMax=max(ObjectData.RangeY);
952        testYMin=YMax>YMin;
953        testYMax=1;
954end
955width=0;%default width of the projection band
956if isfield(ObjectData,'RangeZ')
957        width=max(ObjectData.RangeZ);
958end
959
960% initiate Matlab  structure for physical field
961[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
962ProjData.NbDim=2;
963ProjData.ListVarName={};
964ProjData.VarDimName={};
965if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
966    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
967elseif isfield(FieldData,'Mesh')
968    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
969end
970
971error=0;%default
972flux=0;
973testfalse=0;
974ListIndex={};
975
976%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
977%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
978%-----------------------------------------------------------------
979idimvar=0;
980
981[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
982if ~isempty(errormsg)
983    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
984    return
985end
986
987% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
988% CellVarIndex=cells of variable index arrays
989ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
990icoord=0;
991nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
992nbvar=0;
993for icell=1:length(CellVarIndex)
994    NbDim=NbDimVec(icell);
995    if NbDim<2
996        continue
997    end
998    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
999    VarType=VarTypeCell{icell};
1000    ivar_X=VarType.coord_x;
1001    ivar_Y=VarType.coord_y;
1002    ivar_Z=VarType.coord_z;
1003    ivar_U=VarType.vector_x;
1004    ivar_V=VarType.vector_y;
1005    ivar_W=VarType.vector_z;
1006    ivar_C=VarType.scalar ;
1007    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1008    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1009    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1010    ivar_F=VarType.warnflag;
1011    ivar_FF=VarType.errorflag;
1012    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1013    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1014    if ischar(DimCell)
1015        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1016    end
1017   
1018    %% case of input fields with unstructured coordinates
1019    if testX
1020        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1021        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1022        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1023        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1024        if length(ivar_Z)==1
1025            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1026            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1027        end
1028       
1029        % translate  initial coordinates
1030        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1031        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1032        if ~isempty(ivar_Z)
1033            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1034        end
1035       
1036        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1037        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1038            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1039            fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1040            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1041            size(indcut)
1042            for ivar=VarIndex
1043                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1044                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1045                % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE
1046            end
1047            coord_x=coord_x(indcut);
1048            coord_y=coord_y(indcut);
1049            coord_z=coord_z(indcut);
1050        end
1051       
1052        %rotate coordinates if needed:
1053        if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1054            %             coord_X=coord_x;
1055            %             coord_Y=coord_y;
1056            %             if ~isequal(Theta,0)
1057            %                 coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1058            %             end
1059            %         else
1060            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1061            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1062            %         end
1063            %         if ~isempty(ivar_Z)
1064            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1065            %         end
1066            %         if testangle
1067            coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1068            coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1069        else
1070            coord_X=coord_x;
1071            coord_Y=coord_y;
1072        end
1073       
1074        %restriction to the range of x and y if imposed
1075        testin=ones(size(coord_X)); %default
1076        testbound=0;
1077        if testXMin
1078            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1079            testbound=1;
1080        end
1081        if testXMax
1082            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1083            testbound=1;
1084        end
1085        if testYMin
1086            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1087            testbound=1;
1088        end
1089        if testYMin
1090            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1091            testbound=1;
1092        end
1093        if testbound
1094            indcut=find(testin);
1095            for ivar=VarIndex
1096                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1097                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1098            end
1099            coord_X=coord_X(indcut);
1100            coord_Y=coord_Y(indcut);
1101            if length(ivar_Z)==1
1102                coord_Z=coord_Z(indcut);
1103            end
1104        end
1105        % different cases of projection
1106        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1107            %the list of dimension
1108            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1109            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1110            %length(coord_X)];
1111           
1112            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1113                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1114                if ivar==ivar_X %x coordinate
1115                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1116                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1117                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1118                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1119                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1120                end
1121                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1122                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1123                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1124                    nbvar=nbvar+1;
1125                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1126                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1127                    end
1128                end
1129            end
1130        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1131            if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1132                rho=1000;%smoothing parameter, (small for strong smoothing)
1133            else
1134                rho=0;
1135            end
1136            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1137            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1138            if isfield(FieldData,[VarName '_tps'])
1139                [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj');
1140                XI=reshape(XI,[],1);
1141                YI=reshape(YI,[],1);         
1142            end
1143            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1144            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1145            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};
1146            nbcoord=2;
1147            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1148            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1149            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1150            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1151            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1152            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1153            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1154            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1155            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1156            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1157            if ~isequal(ivar_FF,0)
1158                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1159                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1160                coord_X=coord_X(indsel);
1161                coord_Y=coord_Y(indsel);
1162            end
1163            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1164            testFF=0;
1165            if ~isempty(FieldName)
1166                FieldData=calc_field(FieldName,FieldData,XI,YI);
1167            end
1168            for ivar=VarIndex
1169                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1170                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)
1171                    ivar_new=ivar_new+1;
1172                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1173                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1174                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1175                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1176                    end
1177                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1178                        FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1179                    end
1180%                     if isfield(FieldData,[VarName '_tps'])
1181%                         [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj');
1182%                         XI=reshape(XI,[],1);
1183%                         YI=reshape(YI,[],1);
1184%                         
1185                   if ~isempty(FieldName)
1186                        ProjData.(VarName)=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.(VarName)),coord_x_proj,coord_y_proj',rho);
1187                    end
1188                    varline=reshape(ProjData.(VarName),1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1189                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1190                    indnan=find(FFlag);
1191                    if~isempty(indnan)
1192                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1193                        ProjData.(VarName)=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1194                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1195                        testFF=1;
1196                    end
1197                    if ivar==ivar_U
1198                        ivar_U=ivar_new;
1199                    end
1200                    if ivar==ivar_V
1201                        ivar_V=ivar_new;
1202                    end
1203                    if ivar==ivar_W
1204                        ivar_W=ivar_new;
1205                    end
1206                end
1207            end
1208            if testFF
1209                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1210                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1211                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1212                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1213            end
1214        end
1215       
1216        %% case of input fields defined on a structured  grid
1217    else
1218        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1219        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1220        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1221        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1222        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1223        if NbDim>=3
1224            if NbDim>3
1225                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1226                return
1227            else
1228                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1229                    nbcolor=DimValue(3);
1230                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1231                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1232                end
1233            end
1234        end
1235        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1236        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1237        if testangle% TODO modify name also in case of origin shift in x or y
1238            AYProjName='Y';
1239            AXProjName='X';
1240            count=0;
1241            %modify coordinate names if they are already used
1242            while ~(isempty(find(strcmp('AXName',ProjData.ListVarName),1)) && isempty(find(strcmp('AYName',ProjData.ListVarName),1)))
1243                count=count+1;
1244                AYProjName=[AYProjName '_' num2str(count)];
1245                AXProjName=[AXProjName '_' num2str(count)];
1246            end
1247        else
1248            AYProjName=AYName;% (name preserved on projection)
1249            AXProjName=AXName;%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1250        end
1251        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1252        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYProjName} {AXProjName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1253        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYProjName} {AXProjName}];
1254        Coord_z=[];
1255        Coord_y=[];
1256        Coord_x=[];
1257       
1258        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1259            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1260            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1261            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1262                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1263                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1264                    DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1265                else
1266                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1267                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1268                    DCoord_max=max(DCoord);
1269                    %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1270                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1271                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1272                        return
1273                    end
1274                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1275                end
1276                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1277            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1278                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1279                DCoord_min(idim)=1;%default
1280                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1281                test_direct(idim)=1;
1282            end
1283        end
1284        if DY==0
1285            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1286        end
1287        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1288        if DX==0
1289            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1290        end
1291        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1292        for idim=1:NbDim
1293            if test_interp(idim)
1294                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1295            end
1296        end
1297        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1298        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1299        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1300        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1301        DAX=DCoord_min(NbDim);
1302        DAY=DCoord_min(NbDim-1);
1303        minAX=min(Coord_x);
1304        maxAX=max(Coord_x);
1305        minAY=min(Coord_y);
1306        maxAY=max(Coord_y);
1307        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1308        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1309        xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1310        ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1311        if ~testXMax
1312            XMax=max(xcor_new);
1313        end
1314        if ~testXMin
1315            XMin=min(xcor_new);
1316        end
1317        if ~testYMax
1318            YMax=max(ycor_new);
1319        end
1320        if ~testYMin
1321            YMin=min(ycor_new);
1322        end
1323        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1324        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1325        if DX==0
1326            DX=DXinit;
1327        end
1328        if DY==0
1329            DY=DYinit;
1330        end
1331        if NbDim==3
1332            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1333            if ~test_direct(1)
1334                DZ=-DZ;
1335            end
1336            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1337            test_direct_z=test_direct(1);
1338        end
1339        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1340        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);
1341        if test_direct_y
1342            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1343        else
1344            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1345        end
1346        if test_direct_x
1347            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1348        else
1349            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1350        end
1351        % case with no  interpolation
1352        if isequal(ProjMode,'projection') && (~testangle || test90y || test90x)
1353            if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax
1354                ProjData=FieldData;% no change by projection
1355            else
1356                indY=NbDim-1;
1357                if test_direct(indY)
1358                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1359                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1360                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1361                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1362                else
1363                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1364                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1365                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1366                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1367                end
1368                if test_direct(NbDim)==1
1369                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1370                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1371                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1372                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1373                else
1374                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1375                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1376                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);                         
1377                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1378                end
1379                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1380                min_indx=max(min_indx,1);
1381
1382                if test90y
1383                    ind_new=[3 2 1];
1384                    DimCell={AYProjName,AXProjName};
1385%                     DimValue=DimValue(ind_new);
1386                    iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1387                    for ivar=VarIndex
1388                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1389                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1390                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1391                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1392                        eval(['ProjData.' VarName '=permute(FieldData.' VarName ',ind_new);'])% permute x and z indices for 90 degree rotation
1393                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(ProjData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1394                    end
1395                    eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1396                    eval(['ProjData.' AXProjName '=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1397                else
1398                    if NbDim==3
1399                        DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1400                        DimValue(1)=[];
1401                        if test_direct(1)
1402                            iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1403                        else
1404                            iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1405                        end
1406                    end
1407                    max_indy=min(max_indy,DimValue(1));%introduce bounds in y and x indices
1408                    max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1409                    for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1410                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1411                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1412                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1413                        if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1414                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1415                        end
1416                        if NbDim==3
1417                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1418                        else
1419                            eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1420                        end
1421                    end
1422                    eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1423                    eval(['ProjData.' AXProjName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1424                end
1425            end
1426        else       % case with rotation and/or interpolation
1427            if NbDim==2 %2D case
1428                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1429                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1430                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1431                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1432                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1433                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1434                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1435                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1436                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1437                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1438                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1439                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1440                    test_filter=1;
1441                else
1442                    test_filter=0;
1443                end
1444                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1445                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1446                for ivar=VarIndex
1447                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1448                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid
1449                        eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1450                    end
1451                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1452                    if test_filter
1453                        Aclass=class(FieldData.A);
1454                        eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1455                        if ~isequal(Aclass,'double')
1456                            eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1457                        end
1458                    end
1459                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line
1460                    %ind_in=find(flagin);
1461                    ind_out=find(~flagin);
1462                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1463                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1464                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1465                    for icolor=1:nbcolor
1466                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1467                    end
1468                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1469                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1470                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1471                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1472                    end
1473                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1474                end
1475                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur
1476                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1477                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1478                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1479            elseif ~testangle
1480                % unstructured z coordinate
1481                test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1482                iz_sup=find(test_sup);
1483                iz=iz_sup(1);
1484                if iz>=1 & iz<=npz
1485                    %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1486                    %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1487                    for ivar=VarIndex
1488                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1489                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1490                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1491                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1492                        %TODO : do a vertical average for a thick plane
1493                        if test_interp(2) || test_interp(3)
1494                            eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1495                        end
1496                    end
1497                end
1498            else
1499                errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1500                %TODO: use interp3
1501                return
1502            end
1503        end
1504    end
1505   
1506    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1507    if testangle && length(ivar_U)==1
1508        if isempty(ivar_V)
1509            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1510            return
1511        end
1512        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1513        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};
1514        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1515        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1516        if ~isempty(ivar_W)
1517            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1518            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1519            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1520        end
1521        if ~isequal(Psi,0)
1522            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1523            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1524        end
1525    end
1526end
1527
1528%-----------------------------------------------------------------
1529%projection in a volume
1530 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1531%-----------------------------------------------------------------
1532ProjData=FieldData;%default output
1533
1534%% initialisation of the input parameters of the projection plane
1535ProjMode='projection';%direct projection by default
1536if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1537
1538%% axis origin
1539if isempty(ObjectData.Coord)
1540    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1541    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1542    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1543end
1544
1545%% rotation angles
1546VolumeAngle=[0 0 0];
1547norm_plane=[0 0 1];
1548if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1549    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1550    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1551    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1552    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1553    cos_om=cos(pi*om/180);
1554    sin_om=sin(pi*om/180);
1555    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1556    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1557    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1558    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1559    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1560end
1561testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1562
1563%% mesh sizes DX, DY, DZ
1564DX=0;
1565DY=0; %default
1566DZ=0;
1567if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1568     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1569end
1570if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1571     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1572end
1573if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1574     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1575end
1576if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1577        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1578        return
1579end
1580
1581%% extrema along each axis
1582testXMin=0;
1583testXMax=0;
1584testYMin=0;
1585testYMax=0;
1586if isfield(ObjectData,'RangeX')
1587        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1588        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1589        testXMin=XMax>XMin;
1590        testXMax=1;
1591end
1592if isfield(ObjectData,'RangeY')
1593        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1594        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1595        testYMin=YMax>YMin;
1596        testYMax=1;
1597end
1598width=0;%default width of the projection band
1599if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1600        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1601        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1602        testZMin=ZMax>ZMin;
1603        testZMax=1;
1604end
1605
1606%% initiate Matlab  structure for physical field
1607[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1608ProjData.NbDim=3;
1609ProjData.ListVarName={};
1610ProjData.VarDimName={};
1611if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1612    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1613elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1614    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1615end
1616
1617error=0;%default
1618flux=0;
1619testfalse=0;
1620ListIndex={};
1621
1622%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1623%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1624%-----------------------------------------------------------------
1625idimvar=0;
1626[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1627if ~isempty(errormsg)
1628    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1629    return
1630end
1631
1632% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1633% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1634ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1635icoord=0;
1636nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1637nbvar=0;
1638for icell=1:length(CellVarIndex)
1639    NbDim=NbDimVec(icell);
1640    if NbDim<3
1641        continue
1642    end
1643    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1644    VarType=VarTypeCell{icell};
1645    ivar_X=VarType.coord_x;
1646    ivar_Y=VarType.coord_y;
1647    ivar_Z=VarType.coord_z;
1648    ivar_U=VarType.vector_x;
1649    ivar_V=VarType.vector_y;
1650    ivar_W=VarType.vector_z;
1651    ivar_C=VarType.scalar ;
1652    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1653    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1654    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1655    ivar_F=VarType.warnflag;
1656    ivar_FF=VarType.errorflag;
1657    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1658    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1659    if ischar(DimCell)
1660        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1661    end
1662
1663%% case of input fields with unstructured coordinates
1664    if testX
1665        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1666        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1667        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1668        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1669        if length(ivar_Z)==1
1670            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1671            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1672        end
1673
1674        % translate  initial coordinates
1675        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1676        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1677        if ~isempty(ivar_Z)
1678            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1679        end
1680       
1681        % selection of the vectors in the projection range
1682%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1683%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1684%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1685%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1686%             for ivar=VarIndex
1687%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1688%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1689%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1690%             end
1691%             coord_x=coord_x(indcut);
1692%             coord_y=coord_y(indcut);
1693%             coord_z=coord_z(indcut);
1694%         end
1695
1696       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1697       if testangle
1698           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1699           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1700           if ~isempty(ivar_Z)
1701               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1702           end
1703           
1704           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1705           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1706           
1707       else
1708           coord_X=coord_x;
1709           coord_Y=coord_y;
1710           coord_Z=coord_z;
1711       end
1712        %restriction to the range of x and y if imposed
1713        testin=ones(size(coord_X)); %default
1714        testbound=0;
1715        if testXMin
1716            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1717            testbound=1;
1718        end
1719        if testXMax
1720            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1721            testbound=1;
1722        end
1723        if testYMin
1724            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1725            testbound=1;
1726        end
1727        if testYMax
1728            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1729            testbound=1;
1730        end
1731        if testbound
1732            indcut=find(testin);
1733            for ivar=VarIndex
1734                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1735                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1736            end
1737            coord_X=coord_X(indcut);
1738            coord_Y=coord_Y(indcut);
1739            if length(ivar_Z)==1
1740                coord_Z=coord_Z(indcut);
1741            end
1742        end
1743        % different cases of projection
1744        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1745            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1746                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1747                if ivar==ivar_X %x coordinate
1748                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1749                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1750                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1751                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1752                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1753                end
1754                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1755                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1756                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1757                    nbvar=nbvar+1;
1758                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1759                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1760                    end
1761                end
1762            end 
1763        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1764            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1765            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1766            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1767            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1768            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1769            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1770            nbcoord=2; 
1771            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1772            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1773            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1774            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1775            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1776            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1777            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1778            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1779            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1780            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1781            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1782            if ~isequal(ivar_FF,0)
1783                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1784                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1785                coord_X=coord_X(indsel);
1786                coord_Y=coord_Y(indsel);
1787            end
1788            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1789            testFF=0;
1790            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1791            for ivar=VarIndex
1792                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1793                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1794                    ivar_new=ivar_new+1;
1795                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1796                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1797                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1798                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1799                    end
1800                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1801                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1802                    end
1803                    eval(['InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '))'])
1804                    eval(['ProjData.' VarName '=InterpFct(X,Y,Z);'])
1805%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1806%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1807%                     indnan=find(FFlag);
1808%                     if~isempty(indnan)
1809%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1810%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1811%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1812%                         testFF=1;
1813%                     end
1814                    if ivar==ivar_U
1815                        ivar_U=ivar_new;
1816                    end
1817                    if ivar==ivar_V
1818                        ivar_V=ivar_new;
1819                    end
1820                    if ivar==ivar_W
1821                        ivar_W=ivar_new;
1822                    end
1823                end
1824            end
1825            if testFF
1826                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1827                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1828               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1829                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1830            end
1831        end
1832       
1833%% case of input fields defined on a structured  grid
1834    else
1835        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1836        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1837        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1838        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1839        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1840        if NbDim>=3
1841            if NbDim>3
1842                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1843                return
1844            else
1845                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1846                    nbcolor=DimValue(3);
1847                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1848                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1849                end
1850            end
1851        end
1852        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1853        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1854        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1855        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1856        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1857        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1858        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1859
1860%         for idim=1:length(ListDimName)
1861%             DimName=ListDimName{idim};
1862%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1863%                nbcolor=DimValue(idim);
1864%                DimValue(idim)=[];
1865%             end
1866%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1867%                 DimValue(idim)=[];
1868%             end
1869%         end 
1870        Coord_z=[];
1871        Coord_y=[];
1872        Coord_x=[];   
1873
1874        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1875            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1876            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1877            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1878                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1879                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1880                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1881                else
1882                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1883                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1884                    DCoord_max=max(DCoord);
1885                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1886                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1887                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1888                                return
1889                    end               
1890                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1891                end
1892                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1893            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1894                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1895                DCoord_min(idim)=1;%default
1896                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1897                test_direct(idim)=1;
1898            end
1899        end
1900        if DY==0
1901            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1902        end
1903        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1904        if DX==0
1905            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1906        end
1907        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1908        for idim=1:NbDim
1909            if test_interp(idim)
1910                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1911            end
1912        end       
1913        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1914        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1915        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1916        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1917        DAX=DCoord_min(NbDim);
1918        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1919        minAX=min(Coord_x);
1920        maxAX=max(Coord_x);
1921        minAY=min(Coord_y);
1922        maxAY=max(Coord_y);
1923        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1924        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1925        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1926        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1927        if ~testXMax
1928            XMax=max(xcor_new);
1929        end
1930        if ~testXMin
1931            XMin=min(xcor_new);
1932        end
1933        if ~testYMax
1934            YMax=max(ycor_new);
1935        end
1936        if ~testYMin
1937            YMin=min(ycor_new);
1938        end
1939        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1940        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1941        if DX==0
1942            DX=DXinit;
1943        end
1944        if DY==0
1945            DY=DYinit;
1946        end
1947        if NbDim==3
1948            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1949            if ~test_direct(1)
1950                DZ=-DZ;
1951            end
1952            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1953            test_direct_z=test_direct(1);
1954        end
1955        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1956        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1957        if test_direct_y
1958            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1959        else
1960            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1961        end
1962        if test_direct_x
1963            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1964        else
1965            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1966        end
1967       
1968        % case with no rotation and interpolation
1969        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1970            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
1971                ProjData=FieldData;
1972            else
1973                indY=NbDim-1;
1974                if test_direct(indY)
1975                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1976                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1977                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1978                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1979                else
1980                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1981                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1982                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1983                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1984                end   
1985                if test_direct(NbDim)==1
1986                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1987                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1988                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1989                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1990                else
1991                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1992                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1993                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1994                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1995                end
1996                if NbDim==3
1997                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1998                    DimValue(1)=[];
1999                                        %structured coordinates
2000                    if test_direct(1)
2001                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2002                    else
2003                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2004                    end
2005                end
2006                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2007                min_indx=max(min_indx,1);
2008                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2009                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2010                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2011                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2012                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2013                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2014                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2015                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2016                    end
2017                    if NbDim==3
2018                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2019                    else
2020                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2021                    end
2022                end 
2023                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2024                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2025            end
2026        else       % case with rotation and/or interpolation
2027            if NbDim==2 %2D case
2028                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2029                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2030                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2031                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2032                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2033                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2034                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2035                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2036                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
2037                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
2038                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
2039                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
2040                    test_filter=1;
2041                else
2042                    test_filter=0;
2043                end
2044                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2045                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2046                for ivar=VarIndex
2047                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2048                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2049                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2050                    end
2051                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2052                    if test_filter 
2053                         Aclass=class(FieldData.A);
2054                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2055                         if ~isequal(Aclass,'double')
2056                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2057                         end
2058                    end
2059                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2060                    %ind_in=find(flagin);
2061                    ind_out=find(~flagin);
2062                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2063                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2064                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2065                    for icolor=1:nbcolor
2066                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2067                    end
2068                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2069                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2070                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2071                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2072                    end     
2073                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2074                end
2075                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2076                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2077                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2078                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2079            else %3D case
2080                if ~testangle     
2081                    % unstructured z coordinate
2082                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2083                    iz_sup=find(test_sup);
2084                    iz=iz_sup(1);
2085                    if iz>=1 & iz<=npz
2086                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2087                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2088                        for ivar=VarIndex
2089                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2090                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2091                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2092                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2093                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2094                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2095                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2096                            end
2097                        end
2098                    end
2099                else
2100                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2101                    %TODO: use interp3
2102                    return
2103                end
2104            end
2105        end
2106    end
2107
2108    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2109    if testangle
2110        if isempty(ivar_V)
2111            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2112            return
2113        end
2114        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2115        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2116        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2117        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2118        if ~isempty(ivar_W)
2119            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2120            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2121            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2122        end
2123        if ~isequal(Psi,0)
2124            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2125            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2126        end
2127    end
2128end
2129
2130%------------------------------------------------------------------------
2131%--- transfer the global attributes
2132function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2133%------------------------------------------------------------------------
2134ProjData=[];%default
2135errormsg='';%default
2136
2137%% transfer error
2138if isfield(FieldData,'Txt')
2139    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2140    return;
2141end
2142
2143%% transfer global attributes
2144if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2145    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2146else
2147    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2148end
2149for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2150    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2151    if isfield(FieldData,AttrName)
2152        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2153    end
2154end
2155
2156%% transfer coordinate unit
2157if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2158    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2159        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2160        return
2161    else
2162         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2163    end
2164end
2165
2166%% store the properties of the projection object
2167ListObject={'Type','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2168for ilist=1:length(ListObject)
2169    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2170        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2171        if ~isempty(val)
2172            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2173            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2174        end
2175    end   
2176end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.