source: trunk/src/proj_field.m @ 412

Last change on this file since 412 was 408, checked in by sommeria, 12 years ago

various bugs corrected in series and uvmat.

File size: 101.9 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84ProjData=[];
85
86%% case of no projection (object is used only as graph display)
87if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
88    return
89end
90
91%% check coincidence of coordinate units
92if isfield(FieldData,'CoordUnit') && isfield(ObjectData,'CoordUnit')&&~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
93    errormsg='inconsistent coord units for field and projection object';
94    return
95end
96   
97%% in the absence of object Type or projection mode, or object coordinaes, the input field is just tranfered without change
98if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
99    ProjData=FieldData;
100    return
101end
102if ~isfield(ObjectData,'Coord')
103    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
104        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
105    else
106        ProjData=FieldData;
107        return
108    end
109end
110       
111%% OBSOLETE
112if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
113    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
114end
115if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
116    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
117end
118if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
119    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
120end
121if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
122    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
123end
124if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
125    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
126end
127if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
128    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
129end
130%%%%%%%%%%
131
132%% apply projection depending on the object type
133switch ObjectData.Type
134    case 'points'
135    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
136    case {'line','polyline'}
137     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
138    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
139        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
140            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
141        else
142            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
143        end
144    case 'plane'
145            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
146    case 'volume'
147        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
148end
149
150%-----------------------------------------------------------------
151%project on a set of points
152function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
153%-------------------------------------------------------------------
154
155siz=size(ObjectData.Coord);
156width=0;
157if isfield(ObjectData,'Range')
158    width=ObjectData.Range(1,2);
159end
160if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
161    width=max(ObjectData.RangeX);
162end
163if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
164    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
165end
166if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
167    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
168end
169if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
170    if width==0
171        errormsg='projection range around points needed';
172        return
173    end
174elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
175    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
176        return
177end
178[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
179ProjData.NbDim=0;
180[CellVarIndex,NbDimCell,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
181if ~isempty(errormsg)
182    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
183    return
184end
185%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
186for icell=1:length(CellVarIndex)
187    if NbDimCell(icell)==1
188        continue
189    end
190    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
191    VarType=VarTypeCell{icell};% structure defining the types of variables in the cell
192    ivar_X=VarType.coord_x;
193    ivar_Y=VarType.coord_y;
194    ivar_Z=VarType.coord_z;
195    ivar_Anc=VarType.ancillary;
196    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
197    ivar_F=VarType.warnflag;
198    ivar_FF=VarType.errorflag;
199    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
200    if isempty(ivar_X)
201        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates     
202    else
203        if length(ivar_X)>1 || length(ivar_Y)>1 || length(ivar_Z)>1
204                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
205                    return
206        end
207        if length(ivar_Y)~=1
208                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
209                return
210        end
211        test_grid=0;
212    end
213    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
214    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
215    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
216    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
217    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
218    for ivar=VarIndex       
219        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
220        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
221        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
222    end
223    if ~test_grid
224        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
225        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
226        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
227        if length(ivar_Z)==1
228            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
229            test3D=1;
230        end
231        if length(ivar_F)>1 || length(ivar_FF)>1
232                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
233                    return
234        end     
235        for ipoint=1:siz(1)
236           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
237           distX=coord_x-Xpoint(1);
238           distY=coord_y-Xpoint(2);         
239           dist=distX.*distX+distY.*distY;
240           indsel=find(dist<width*width);
241           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
242           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
243           if isequal(length(ivar_FF),1)
244               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
245               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
246               indsel=indsel(~FF);
247           end
248           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
249            for ivar=VarIndex
250               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
251               if isempty(indsel)
252                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
253               else
254                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
255                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
256                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
257                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
258                    end
259               end
260            end
261        end
262    else    %case of structured coordinates
263        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
264            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
265            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
266            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
267            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
268            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
269            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
270            npxy=size(A);       
271            NbDim=numel(VarType.coord(VarType.coord>0));%number of space dimensions
272            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
273            if numel(npxy)>NbDim
274                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
275            end
276            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
277                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
278                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
279                ivar=VarType.coord(idim);
280                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
281                if numel(Coord{idim})==2
282                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
283                else
284                    DCoord=diff(Coord{idim});
285                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
286                    DCoord_max=max(DCoord);
287                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
288                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
289                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
290                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
291                        return
292                    end
293                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
294                    test_coord(idim)=1;
295                end
296            end
297            DX=DCoord_min(2);
298            DY=DCoord_min(1);
299            for ipoint=1:siz(1)
300                xwidth=width/(abs(DX));
301                ywidth=width/(abs(DY));
302                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
303                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
304                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
305                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
306                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
307                j_min=max(1,j_min);
308                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
309                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
310                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
311                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
312                i_int=(i_min:i_plus);
313                j_int=(j_min:j_plus);
314                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
315                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
316                   for ivar=VarIndex   
317                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
318                   end
319                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
320                else
321                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
322                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
323                    for ivar=VarIndex   
324                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
325                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
326                    end
327                end
328            end
329        end
330   end
331end
332
333%-----------------------------------------------------------------
334%project in a patch
335function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
336%-------------------------------------------------------------------
337[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
338
339objectfield=fieldnames(ObjectData);
340widthx=0;
341widthy=0;
342if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
343    widthx=max(ObjectData.RangeX);
344end
345if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
346    widthy=max(ObjectData.RangeY);
347end
348
349%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
350ProjData.NbDim=1;
351ProjData.ListVarName={};
352ProjData.VarDimName={};
353ProjData.VarAttribute={};
354
355Mesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
356if isfield (FieldData,'VarAttribute')
357    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
358    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
359%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
360        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
361            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
362        end
363        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Mesh')
364            Mesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.Mesh;
365        end
366    end
367end
368
369%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
370testfalse=0;
371ListIndex={};
372% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
373idimvar=0;
374[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
375if ~isempty(errormsg)
376    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
377    return
378end
379
380%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
381dimcounter=0;
382for icell=1:length(CellVarIndex)
383    testX=0;
384    testY=0;
385    test_Amat=0;
386    testfalse=0;
387    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
388    VarType=VarTypeCell{icell};
389  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
390    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
391        continue
392    end
393    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
394    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
395    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
396    testproj(VarType.scalar)=1;
397    testproj(VarType.vector_x)=1;
398    testproj(VarType.vector_y)=1;
399    testproj(VarType.vector_z)=1;
400    testproj(VarType.image)=1;
401    testproj(VarType.color)=1;
402    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
403    if testX %case of unstructured coordinates
404         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
405         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
406               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
407            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
408         end
409         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
410         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
411         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
412         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
413    end
414    if testfalse
415        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
416        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
417    end
418    % image or 2D matrix
419    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
420        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
421        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
422        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
423        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
424        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
425        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
426        DimValue=size(FieldData.(VarName));
427       if length(AX)==2
428           AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
429       end
430       if length(AY)==2
431           AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
432       end
433%         for idim=1:length(DimValue)       
434%             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
435%             DCoord_min(idim)=1;%default
436%             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
437%             test_direct(idim)=1;
438%         end
439%         AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
440%         AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
441%         testcolor=find(numel(DimValue)==3);
442        if length(DimValue)==3
443            testcolor=1;
444            npxy(3)=3;
445        else
446            testcolor=0;
447            npxy(3)=1;
448        end
449        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
450        npxy(1)=length(AY);
451        npxy(2)=length(AX);
452        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
453        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
454        for ivar=1:length(VarIndex)
455            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
456            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
457        end
458    end
459%select the indices in the range of action
460    testin=[];%default
461    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
462%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
463%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
464%                 return
465%            end
466       if testX
467            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
468            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
469            testin=distX<widthx & distY<widthy;
470       elseif test_Amat
471           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
472           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
473           testin=distX<widthx & distY<widthy;
474       end
475    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
476        if testX
477            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
478        elseif test_Amat
479           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
480       else%calculate the scalar
481           testin=[]; %A REVOIR
482       end
483    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
484       X2Max=widthx*widthx;
485       Y2Max=(widthy)*(widthy);
486       if testX
487            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
488            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
489            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
490       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
491           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
492           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
493           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
494       end
495    end
496    %selected indices
497    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
498            testin=~testin;
499    end
500    if testfalse
501        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
502    end
503    indsel=find(testin);
504    for ivar=VarIndex
505        if testproj(ivar)
506            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
507            ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each color component
508            ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component 
509            ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color component
510            if isequal(Mesh(ivar),0)
511                eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:,:)),100);']); % default histogram with 100 bins
512            else
513                eval(['ProjData.' VarName '=(ProjData.' VarName 'Min+Mesh(ivar)/2:Mesh(ivar):ProjData.' VarName 'Max);']); % list of bin values
514                eval(['ProjData.' VarName 'Histo=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),ProjData.' VarName ');']); % histogram at predefined bin positions
515            end
516            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
517            if test_Amat && testcolor
518                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
519            else
520               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
521            end
522            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
523        end
524    end
525%     if test_Amat & testcolor
526%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
527%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
528%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
529%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
530%        ProjData.VarDimName
531%     end
532end
533
534
535%-----------------------------------------------------------------
536%project on a line
537% AJOUTER flux,circul,error
538function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
539%-----------------------------------------------------------------
540[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
541if ~isempty(errormsg)
542    return
543end
544ProjData.NbDim=1;
545%initialisation of the input parameters and defaultoutput
546ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
547if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
548% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
549% if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
550width=0;%default width of the projection band
551if isfield(ObjectData,'Range')&&size(ObjectData.Range,2)>=2
552    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
553end
554if isfield(ObjectData,'RangeY')
555    width=max(ObjectData.RangeY);
556end
557
558% default output
559errormsg=[];%default
560Xline=[];
561flux=0;
562circul=0;
563liny=ObjectData.Coord(:,2);
564siz_line=size(ObjectData.Coord);
565if siz_line(1)<2
566    return% line needs at least 2 points to be defined
567end
568testfalse=0;
569ListIndex={};
570
571%angles of the polyline and boundaries of action
572dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
573dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
574theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
575theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
576% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
577if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
578    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
579    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
580    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
581    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
582    for ip=2:siz_line(1)
583        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
584        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
585        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
586        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
587    end
588end
589
590%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
591[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
592if ~isempty(errormsg)
593    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
594    return
595end
596
597% loop on variable cells with the same space dimension
598ProjData.ListVarName={};
599ProjData.VarDimName={};
600for icell=1:length(CellVarIndex)
601    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
602    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
603    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
604        continue
605    end
606    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
607    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
608    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
609    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
610                                             %=0 for vector components, treated separately
611    testproj(VarType.scalar)=1;
612    testproj(VarType.image)=1;
613    testproj(VarType.color)=1;
614    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
615    if testU
616         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
617    end
618    %identify vector components   
619    if testU
620        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
621        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
622        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
623        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
624    end 
625    %identify error flag
626    if testfalse
627        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
628        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
629    end   
630    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
631    if testX
632        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
633            if width==0
634                errormsg='range of the projection object is missing';
635                return     
636            else
637                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
638            end
639        end
640        if ~isequal(ProjMode,'projection')
641            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
642                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
643            else
644                errormsg='DX missing';
645                return
646            end
647        end
648        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
649        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
650        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
651        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
652    end   
653    %initiate projection
654    for ivar=1:length(VarIndex)
655        ProjLine{ivar}=[];
656    end
657    XLine=[];
658    linelengthtot=0;
659
660%         circul=0;
661%         flux=0;
662  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
663   %case of unstructured coordinates
664    if testX   
665        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
666            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
667            %select the vector indices in the range of action
668            if testfalse
669                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
670            else
671                flagsel=ones(size(coord_x));
672            end
673            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
674                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
675                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
676                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
677                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
678            end
679            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
680            X_sel=coord_x(indsel);
681            Y_sel=coord_y(indsel);
682            nbvar=0;
683            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
684                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
685                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
686            end   
687            if testU
688                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
689                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
690            end
691            if isequal(ProjMode,'projection')
692                sintheta=sin(theta(ip));
693                costheta=cos(theta(ip));
694                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
695                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
696                for ivar=1:numel(ProjVar)
697                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
698                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
699                     end
700                end
701            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
702                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
703                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
704                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
705                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
706                for ivar=1:numel(ProjVar)
707                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
708                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
709                     end
710                end
711            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
712                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
713                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
714                siz=size(X_sel);
715                xregij=cos(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
716                yregij=sin(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
717                xij=X_sel*ones(1,npoint);
718                yij=Y_sel*ones(1,npoint);
719                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
720                norm=Aij'*ones(siz(1),1);
721                for ivar=1:numel(ProjVar)
722                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
723                        ProjVar{ivar}=Aij'*ProjVar{ivar}./norm;
724                     end
725                end             
726            end
727            %prolongate the total record
728            for ivar=1:numel(ProjVar)
729                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
730                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
731                  end
732            end
733            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
734            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
735            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
736            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
737        end
738        ProjData.X=XLine';
739        cur_index=1;
740        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
741        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
742        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
743        for iselect=1:numel(VarIndex)
744            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
745            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
746            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
747            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
748            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
749            if strcmp(ProjMode,'projection')
750                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
751            else
752                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
753            end
754        end
755   
756    %case of structured coordinates
757    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
758        if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
759            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
760        else
761            test_Amat=1;%image or 2D matrix
762            test_interp2=0;%default
763%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
764            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
765            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
766            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
767            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
768            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
769            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
770            npxy=size(A);
771            npx=npxy(2);
772            npy=npxy(1);
773            if numel(AX)==2
774                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
775            else
776                DX_vec=diff(AX);
777                DX=max(DX_vec);
778                DX_min=min(DX_vec);
779                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
780                    test_interp2=1;
781                    DX=DX_min;
782                end   
783            end
784            if numel(AY)==2
785                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
786            else
787                DY_vec=diff(AY);
788                DY=max(DY_vec);
789                DY_min=min(DY_vec);
790                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
791                   test_interp2=1;
792                    DY=DY_min;
793                end     
794            end             
795            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
796            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
797            if isfield(ObjectData,'DX')
798                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
799            else
800                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
801            end
802            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
803            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
804            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
805            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
806            if isfield(FieldData,'RangeX')
807                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
808            else
809                XMin=0;
810            end
811            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
812            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
813            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
814            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
815            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
816            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
817            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
818            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
819            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
820            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
821            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
822            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
823            ind_in=find(flagin);
824            ind_out=find(~flagin);
825            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
826            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
827            nbcolor=1; %color images
828            if numel(npxy)==2
829                nbcolor=1;
830            elseif length(npxy)==3
831                nbcolor=npxy(3);
832            else
833                errormsg='multicomponent field not projected';
834                display(errormsg)
835                return
836            end
837            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
838            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
839            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
840            for ivar=VarIndex
841                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
842                if test_interp2% interpolate on new grid
843                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
844                end
845                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
846                if nbcolor==1
847                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
848                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
849                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
850                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
851                elseif nbcolor==3
852                    vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
853                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
854                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
855                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
856                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
857                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
858                end 
859                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
860                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
861                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
862            end
863            if testU
864                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
865                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
866                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
867                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
868            end
869            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
870            if nbcolor==3
871                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
872            end
873        end     
874    end
875end
876
877% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
878% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
879% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
880% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
881% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
882% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
883% %     else
884% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
885% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
886% %     end
887%
888% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
889
890
891%-----------------------------------------------------------------
892%project on a plane
893% AJOUTER flux,circul,error
894 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
895%-----------------------------------------------------------------
896
897%% initialisation of the input parameters of the projection plane
898ProjMode='projection';%direct projection by default
899if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
900
901%% axis origin
902if isempty(ObjectData.Coord)
903    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
904    ObjectData.Coord(1,2)=0;
905    ObjectData.Coord(1,3)=0;
906end
907
908%% rotation angles
909PlaneAngle=[0 0 0];
910norm_plane=[0 0 1];
911cos_om=1;
912sin_om=0;
913test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
914test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
915if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
916    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
917    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
918    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
919    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
920    cos_om=cos(om);
921    sin_om=sin(om);
922    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
923    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
924    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
925    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
926    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
927end
928testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
929
930%% mesh sizes DX and DY
931DX=0;
932DY=0; %default
933if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
934     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
935end
936if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
937     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
938end
939if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
940        errormsg='DX or DY missing';
941        display(errormsg)
942        return
943end
944
945%% extrema along each axis
946testXMin=0;
947testXMax=0;
948testYMin=0;
949testYMax=0;
950if isfield(ObjectData,'RangeX')
951        XMin=min(ObjectData.RangeX);
952        XMax=max(ObjectData.RangeX);
953        testXMin=XMax>XMin;
954        testXMax=1;
955end
956if isfield(ObjectData,'RangeY')
957        YMin=min(ObjectData.RangeY);
958        YMax=max(ObjectData.RangeY);
959        testYMin=YMax>YMin;
960        testYMax=1;
961end
962width=0;%default width of the projection band
963if isfield(ObjectData,'RangeZ')
964        width=max(ObjectData.RangeZ);
965end
966
967%% initiate Matlab  structure for physical field
968[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
969ProjData.NbDim=2;
970ProjData.ListVarName={};
971ProjData.VarDimName={};
972if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
973    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
974elseif isfield(FieldData,'Mesh')
975    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
976end
977error=0;%default
978flux=0;
979testfalse=0;
980ListIndex={};
981
982%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
983%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
984%-----------------------------------------------------------------
985idimvar=0;
986
987[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
988if ~isempty(errormsg)
989    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
990    return
991end
992
993% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
994% CellVarIndex=cells of variable index arrays
995ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
996% icoord=0;
997nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
998nbvar=0;
999for icell=1:length(CellVarIndex)
1000    NbDim=NbDimVec(icell);
1001    if NbDim<2
1002        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1003    end
1004    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1005    VarType=VarTypeCell{icell};
1006    ivar_X=VarType.coord_x;
1007    ivar_Y=VarType.coord_y;
1008    ivar_Z=VarType.coord_z;
1009    ivar_U=VarType.vector_x;
1010    ivar_V=VarType.vector_y;
1011    ivar_W=VarType.vector_z;
1012    %    ivar_C=VarType.scalar ;
1013    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1014    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1015    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1016    ivar_F=VarType.warnflag;
1017    ivar_FF=VarType.errorflag;
1018    check_unstructured_coord=(~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y))||~isempty(VarType.coord_tps);
1019    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1020    if ischar(DimCell)
1021        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1022    end
1023   
1024    %% case of input fields with unstructured coordinates
1025    coord_z=0;%default
1026    if check_unstructured_coord
1027        if ~isempty(ivar_X)% case of tps excluded. TODO similar procedure
1028            XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1029            YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1030            coord_x=FieldData.(XName);
1031            coord_y=FieldData.(YName);
1032            if length(ivar_Z)==1
1033                ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1034                coord_z=FieldData.(ZName);
1035            end
1036           
1037            % translate  initial coordinates
1038            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1039            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1040            if ~isempty(ivar_Z)
1041                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1042            end
1043           
1044            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1045            if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1046                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1047                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1048                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1049                size(indcut)
1050                for ivar=VarIndex
1051                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1052                    eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1053                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE
1054                end
1055                coord_x=coord_x(indcut);
1056                coord_y=coord_y(indcut);
1057                coord_z=coord_z(indcut);
1058            end
1059           
1060            %rotate coordinates if needed:
1061            Psi=PlaneAngle(1);
1062            Theta=PlaneAngle(2);
1063            Phi=PlaneAngle(3);
1064            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1065                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1066                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1067                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1068                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1069               
1070                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1071            else
1072                coord_X=coord_x;
1073                coord_Y=coord_y;
1074            end
1075           
1076            %restriction to the range of x and y if imposed
1077            testin=ones(size(coord_X)); %default
1078            testbound=0;
1079            if testXMin
1080                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1081                testbound=1;
1082            end
1083            if testXMax
1084                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1085                testbound=1;
1086            end
1087            if testYMin
1088                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1089                testbound=1;
1090            end
1091            if testYMin
1092                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1093                testbound=1;
1094            end
1095            if testbound
1096                indcut=find(testin);
1097                if isempty(indcut)
1098                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1099                    return
1100                end
1101                for ivar=VarIndex
1102                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1103                    eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1104                end
1105                coord_X=coord_X(indcut);
1106                coord_Y=coord_Y(indcut);
1107                if length(ivar_Z)==1
1108                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1109                end
1110            end
1111        end
1112        % different cases of projection
1113        switch ObjectData.ProjMode
1114            case 'projection'
1115                for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1116                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1117                    if ivar==ivar_X %x coordinate
1118                        eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1119                    elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1120                        eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1121                    elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1122                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1123                    end
1124                    if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1125                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1126                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1127                        nbvar=nbvar+1;
1128                        if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1129                            ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1130                        end
1131                    end
1132                end
1133            case 'interp'%interpolate data on a regular grid
1134                coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1135                coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1136                DimCell={'coord_y','coord_x'};
1137                ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1138                ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};
1139                nbcoord=2;
1140                ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1141                ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1142                if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1143                if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1144                if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1145                if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1146                if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1147                if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1148                if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1149                if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1150                if ~isequal(ivar_FF,0)
1151                    VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1152                    indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1153                    coord_X=coord_X(indsel);
1154                    coord_Y=coord_Y(indsel);
1155                end
1156               
1157                FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1158                testFF=0;
1159                for ivar=VarIndex
1160                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1161                    if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)
1162                        ivar_new=ivar_new+1;
1163                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1164                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1165                        if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1166                            ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1167                        end
1168                        if  ~isequal(ivar_FF,0)
1169                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1170                        end
1171                        ProjData.(VarName)=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.(VarName)),coord_x_proj,coord_y_proj');
1172                        varline=reshape(ProjData.(VarName),1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1173                        FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1174                        indnan=find(FFlag);
1175                        if~isempty(indnan)
1176                            varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1177                            ProjData.(VarName)=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1178                            FF(indnan)=ones(size(indnan));
1179                            testFF=1;
1180                        end
1181                        if ivar==ivar_U
1182                            ivar_U=ivar_new;
1183                        end
1184                        if ivar==ivar_V
1185                            ivar_V=ivar_new;
1186                        end
1187                        if ivar==ivar_W
1188                            ivar_W=ivar_new;
1189                        end
1190                    end
1191                end
1192                if testFF
1193                    ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1194                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1195                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1196                    ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1197                end
1198            case 'filter'
1199                if ~isempty(VarType.coord_tps)
1200                     %Coord_tps=FieldData.ListVarName{VarType.coord_tps};
1201                     %TODO: possibly translate and rotate coordiantes translate  initial coordinates
1202                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1203                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1204                    np_x=numel(coord_x_proj);
1205                    np_y=numel(coord_y_proj);
1206                    [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj');
1207                    XI=reshape(XI,[],1)+ObjectData.Coord(1,1);
1208                    YI=reshape(YI,[],1)+ObjectData.Coord(1,2);
1209                    ProjData=calc_field(FieldData.FieldList,FieldData,[XI YI]);
1210                    for ilist=3:length(ProjData.ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1211                        VarName=ProjData.ListVarName{ilist};
1212                        ProjData.(VarName)=reshape(ProjData.(VarName),np_y,np_x);
1213                    end
1214                    ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1215                    ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1216                end
1217        end
1218        %% case of input fields defined on a structured  grid
1219    else
1220        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1221        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1222        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1223        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1224        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1225        if NbDim>=3
1226            if NbDim>3
1227                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1228                return
1229            else
1230                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1231                    nbcolor=DimValue(3);
1232                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1233                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1234                end
1235            end
1236        end
1237        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1238        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1239        if testangle% TODO modify name also in case of origin shift in x or y
1240            AYProjName='Y';
1241            AXProjName='X';
1242            count=0;
1243            %modify coordinate names if they are already used
1244            while ~(isempty(find(strcmp('AXName',ProjData.ListVarName),1)) && isempty(find(strcmp('AYName',ProjData.ListVarName),1)))
1245                count=count+1;
1246                AYProjName=[AYProjName '_' num2str(count)];
1247                AXProjName=[AXProjName '_' num2str(count)];
1248            end
1249        else
1250            AYProjName=AYName;% (name preserved on projection)
1251            AXProjName=AXName;%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1252        end
1253        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1254        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYProjName} {AXProjName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1255        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYProjName} {AXProjName}];
1256        Coord_z=[];
1257        Coord_y=[];
1258        Coord_x=[];
1259       
1260        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1261            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1262            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1263            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1264                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1265                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1266                    DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1267                else
1268                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1269                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1270                    DCoord_max=max(DCoord);
1271                    %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1272                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1273                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1274                        return
1275                    end
1276                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1277                end
1278                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1279            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1280                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1281                DCoord_min(idim)=1;%default
1282                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1283                test_direct(idim)=1;
1284            end
1285        end
1286        if DY==0
1287            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1288        end
1289        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1290        if DX==0
1291            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1292        end
1293        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1294        for idim=1:NbDim
1295            if test_interp(idim)
1296                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1297            end
1298        end
1299        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1300        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1301        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1302        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1303        DAX=DCoord_min(NbDim);
1304        DAY=DCoord_min(NbDim-1);
1305        minAX=min(Coord_x);
1306        maxAX=max(Coord_x);
1307        minAY=min(Coord_y);
1308        maxAY=max(Coord_y);
1309        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1310        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1311        xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1312        ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1313        if ~testXMax
1314            XMax=max(xcor_new);
1315        end
1316        if ~testXMin
1317            XMin=min(xcor_new);
1318        end
1319        if ~testYMax
1320            YMax=max(ycor_new);
1321        end
1322        if ~testYMin
1323            YMin=min(ycor_new);
1324        end
1325        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1326        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1327        if DX==0
1328            DX=DXinit;
1329        end
1330        if DY==0
1331            DY=DYinit;
1332        end
1333        if NbDim==3
1334            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1335            if ~test_direct(1)
1336                DZ=-DZ;
1337            end
1338            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1339            test_direct_z=test_direct(1);
1340        end
1341        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1342        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);
1343        if test_direct_y
1344            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1345        else
1346            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1347        end
1348        if test_direct_x
1349            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1350        else
1351            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1352        end
1353        % case with no  interpolation
1354        if isequal(ProjMode,'projection') && (~testangle || test90y || test90x)
1355            if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax
1356                ProjData=FieldData;% no change by projection
1357            else
1358                indY=NbDim-1;
1359                if test_direct(indY)
1360                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1361                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1362                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1363                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1364                else
1365                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1366                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1367                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1368                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1369                end
1370                if test_direct(NbDim)==1
1371                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1372                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1373                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1374                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1375                else
1376                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1377                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1378                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1379                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1380                end
1381                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1382                min_indx=max(min_indx,1);
1383               
1384                if test90y
1385                    ind_new=[3 2 1];
1386                    DimCell={AYProjName,AXProjName};
1387                    %                     DimValue=DimValue(ind_new);
1388                    iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1389                    for ivar=VarIndex
1390                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1391                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1392                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1393                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1394                        eval(['ProjData.' VarName '=permute(FieldData.' VarName ',ind_new);'])% permute x and z indices for 90 degree rotation
1395                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(ProjData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1396                    end
1397                    eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1398                    eval(['ProjData.' AXProjName '=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1399                else
1400                    if NbDim==3
1401                        DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1402                        DimValue(1)=[];
1403                        if test_direct(1)
1404                            iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1405                        else
1406                            iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1407                        end
1408                    end
1409                    max_indy=min(max_indy,DimValue(1));%introduce bounds in y and x indices
1410                    max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1411                    for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1412                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1413                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1414                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1415                        if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1416                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1417                        end
1418                        if NbDim==3
1419                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1420                        else
1421                            eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1422                        end
1423                    end
1424                    eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1425                    eval(['ProjData.' AXProjName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1426                end
1427            end
1428        else       % case with rotation and/or interpolation
1429            if NbDim==2 %2D case
1430                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1431                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1432                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1433                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1434                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1435                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1436                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1437                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1438                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1439                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1440                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1441                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1442                    test_filter=1;
1443                else
1444                    test_filter=0;
1445                end
1446                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1447                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1448                for ivar=VarIndex
1449                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1450                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid
1451                        eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1452                    end
1453                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1454                    if test_filter
1455                        Aclass=class(FieldData.A);
1456                        eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1457                        if ~isequal(Aclass,'double')
1458                            eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1459                        end
1460                    end
1461                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line
1462                    %ind_in=find(flagin);
1463                    ind_out=find(~flagin);
1464                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1465                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1466                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1467                    for icolor=1:nbcolor
1468                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1469                    end
1470                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1471                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1472                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1473                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1474                    end
1475                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1476                end
1477                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur
1478                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1479                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1480                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1481            elseif ~testangle
1482                % unstructured z coordinate
1483                test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1484                iz_sup=find(test_sup);
1485                iz=iz_sup(1);
1486                if iz>=1 & iz<=npz
1487                    %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1488                    %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1489                    for ivar=VarIndex
1490                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1491                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1492                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1493                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1494                        %TODO : do a vertical average for a thick plane
1495                        if test_interp(2) || test_interp(3)
1496                            eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1497                        end
1498                    end
1499                end
1500            else
1501                errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1502                %TODO: use interp3
1503                return
1504            end
1505        end
1506    end
1507   
1508    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1509    if testangle && length(ivar_U)==1
1510        if isempty(ivar_V)
1511            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1512            return
1513        end
1514        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1515        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};
1516        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1517        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1518        if ~isempty(ivar_W)
1519            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1520            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1521            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1522        end
1523        if ~isequal(Psi,0)
1524            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1525            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1526        end
1527    end
1528end
1529
1530%-----------------------------------------------------------------
1531%projection in a volume
1532 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1533%-----------------------------------------------------------------
1534ProjData=FieldData;%default output
1535
1536%% initialisation of the input parameters of the projection plane
1537ProjMode='projection';%direct projection by default
1538if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1539
1540%% axis origin
1541if isempty(ObjectData.Coord)
1542    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1543    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1544    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1545end
1546
1547%% rotation angles
1548VolumeAngle=[0 0 0];
1549norm_plane=[0 0 1];
1550if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1551    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1552    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1553    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1554    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1555    cos_om=cos(pi*om/180);
1556    sin_om=sin(pi*om/180);
1557    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1558    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1559    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1560    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1561    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1562end
1563testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1564
1565%% mesh sizes DX, DY, DZ
1566DX=0;
1567DY=0; %default
1568DZ=0;
1569if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1570     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1571end
1572if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1573     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1574end
1575if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1576     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1577end
1578if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1579        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1580        return
1581end
1582
1583%% extrema along each axis
1584testXMin=0;
1585testXMax=0;
1586testYMin=0;
1587testYMax=0;
1588if isfield(ObjectData,'RangeX')
1589        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1590        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1591        testXMin=XMax>XMin;
1592        testXMax=1;
1593end
1594if isfield(ObjectData,'RangeY')
1595        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1596        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1597        testYMin=YMax>YMin;
1598        testYMax=1;
1599end
1600width=0;%default width of the projection band
1601if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1602        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1603        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1604        testZMin=ZMax>ZMin;
1605        testZMax=1;
1606end
1607
1608%% initiate Matlab  structure for physical field
1609[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1610ProjData.NbDim=3;
1611ProjData.ListVarName={};
1612ProjData.VarDimName={};
1613if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1614    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1615elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1616    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1617end
1618
1619error=0;%default
1620flux=0;
1621testfalse=0;
1622ListIndex={};
1623
1624%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1625%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1626%-----------------------------------------------------------------
1627idimvar=0;
1628[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1629if ~isempty(errormsg)
1630    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1631    return
1632end
1633
1634% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1635% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1636ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1637icoord=0;
1638nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1639nbvar=0;
1640for icell=1:length(CellVarIndex)
1641    NbDim=NbDimVec(icell);
1642    if NbDim<3
1643        continue
1644    end
1645    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1646    VarType=VarTypeCell{icell};
1647    ivar_X=VarType.coord_x;
1648    ivar_Y=VarType.coord_y;
1649    ivar_Z=VarType.coord_z;
1650    ivar_U=VarType.vector_x;
1651    ivar_V=VarType.vector_y;
1652    ivar_W=VarType.vector_z;
1653    ivar_C=VarType.scalar ;
1654    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1655    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1656    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1657    ivar_F=VarType.warnflag;
1658    ivar_FF=VarType.errorflag;
1659    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1660    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1661    if ischar(DimCell)
1662        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1663    end
1664
1665%% case of input fields with unstructured coordinates
1666    if check_unstructured_coord
1667        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1668        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1669        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1670        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1671        if length(ivar_Z)==1
1672            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1673            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1674        end
1675
1676        % translate  initial coordinates
1677        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1678        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1679        if ~isempty(ivar_Z)
1680            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1681        end
1682       
1683        % selection of the vectors in the projection range
1684%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1685%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1686%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1687%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1688%             for ivar=VarIndex
1689%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1690%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1691%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1692%             end
1693%             coord_x=coord_x(indcut);
1694%             coord_y=coord_y(indcut);
1695%             coord_z=coord_z(indcut);
1696%         end
1697
1698       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1699       if testangle
1700           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1701           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1702           if ~isempty(ivar_Z)
1703               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1704           end
1705           
1706           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1707           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1708           
1709       else
1710           coord_X=coord_x;
1711           coord_Y=coord_y;
1712           coord_Z=coord_z;
1713       end
1714        %restriction to the range of x and y if imposed
1715        testin=ones(size(coord_X)); %default
1716        testbound=0;
1717        if testXMin
1718            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1719            testbound=1;
1720        end
1721        if testXMax
1722            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1723            testbound=1;
1724        end
1725        if testYMin
1726            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1727            testbound=1;
1728        end
1729        if testYMax
1730            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1731            testbound=1;
1732        end
1733        if testbound
1734            indcut=find(testin);
1735            for ivar=VarIndex
1736                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1737                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1738            end
1739            coord_X=coord_X(indcut);
1740            coord_Y=coord_Y(indcut);
1741            if length(ivar_Z)==1
1742                coord_Z=coord_Z(indcut);
1743            end
1744        end
1745        % different cases of projection
1746        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1747            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1748                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1749                if ivar==ivar_X %x coordinate
1750                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1751                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1752                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1753                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1754                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1755                end
1756                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1757                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1758                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1759                    nbvar=nbvar+1;
1760                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1761                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1762                    end
1763                end
1764            end 
1765        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1766            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1767            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1768            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1769            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1770            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1771            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1772            nbcoord=2; 
1773            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1774            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1775            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1776            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1777            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1778            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1779            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1780            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1781            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1782            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1783            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1784            if ~isequal(ivar_FF,0)
1785                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1786                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1787                coord_X=coord_X(indsel);
1788                coord_Y=coord_Y(indsel);
1789            end
1790            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1791            testFF=0;
1792            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1793            for ivar=VarIndex
1794                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1795                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1796                    ivar_new=ivar_new+1;
1797                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1798                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1799                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1800                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1801                    end
1802                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1803                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1804                    end
1805                    eval(['InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '))'])
1806                    eval(['ProjData.' VarName '=InterpFct(X,Y,Z);'])
1807%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1808%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1809%                     indnan=find(FFlag);
1810%                     if~isempty(indnan)
1811%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1812%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1813%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1814%                         testFF=1;
1815%                     end
1816                    if ivar==ivar_U
1817                        ivar_U=ivar_new;
1818                    end
1819                    if ivar==ivar_V
1820                        ivar_V=ivar_new;
1821                    end
1822                    if ivar==ivar_W
1823                        ivar_W=ivar_new;
1824                    end
1825                end
1826            end
1827            if testFF
1828                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1829                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1830               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1831                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1832            end
1833        end
1834       
1835%% case of input fields defined on a structured  grid
1836    else
1837        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1838        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1839        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1840        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1841        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1842        if NbDim>=3
1843            if NbDim>3
1844                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1845                return
1846            else
1847                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1848                    nbcolor=DimValue(3);
1849                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1850                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1851                end
1852            end
1853        end
1854        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1855        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1856        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1857        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1858        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1859        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1860        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1861
1862%         for idim=1:length(ListDimName)
1863%             DimName=ListDimName{idim};
1864%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1865%                nbcolor=DimValue(idim);
1866%                DimValue(idim)=[];
1867%             end
1868%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1869%                 DimValue(idim)=[];
1870%             end
1871%         end 
1872        Coord_z=[];
1873        Coord_y=[];
1874        Coord_x=[];   
1875
1876        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1877            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1878            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1879            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1880                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1881                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1882                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1883                else
1884                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1885                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1886                    DCoord_max=max(DCoord);
1887                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1888                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1889                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1890                                return
1891                    end               
1892                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1893                end
1894                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1895            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1896                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1897                DCoord_min(idim)=1;%default
1898                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1899                test_direct(idim)=1;
1900            end
1901        end
1902        if DY==0
1903            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1904        end
1905        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1906        if DX==0
1907            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1908        end
1909        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1910        for idim=1:NbDim
1911            if test_interp(idim)
1912                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1913            end
1914        end       
1915        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1916        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1917        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1918        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1919        DAX=DCoord_min(NbDim);
1920        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1921        minAX=min(Coord_x);
1922        maxAX=max(Coord_x);
1923        minAY=min(Coord_y);
1924        maxAY=max(Coord_y);
1925        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1926        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1927        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1928        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1929        if ~testXMax
1930            XMax=max(xcor_new);
1931        end
1932        if ~testXMin
1933            XMin=min(xcor_new);
1934        end
1935        if ~testYMax
1936            YMax=max(ycor_new);
1937        end
1938        if ~testYMin
1939            YMin=min(ycor_new);
1940        end
1941        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1942        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1943        if DX==0
1944            DX=DXinit;
1945        end
1946        if DY==0
1947            DY=DYinit;
1948        end
1949        if NbDim==3
1950            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1951            if ~test_direct(1)
1952                DZ=-DZ;
1953            end
1954            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1955            test_direct_z=test_direct(1);
1956        end
1957        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1958        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1959        if test_direct_y
1960            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1961        else
1962            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1963        end
1964        if test_direct_x
1965            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1966        else
1967            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1968        end
1969       
1970        % case with no rotation and interpolation
1971        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1972            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
1973                ProjData=FieldData;
1974            else
1975                indY=NbDim-1;
1976                if test_direct(indY)
1977                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1978                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1979                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1980                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1981                else
1982                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1983                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1984                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1985                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1986                end   
1987                if test_direct(NbDim)==1
1988                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1989                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1990                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1991                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1992                else
1993                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1994                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1995                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1996                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1997                end
1998                if NbDim==3
1999                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2000                    DimValue(1)=[];
2001                                        %structured coordinates
2002                    if test_direct(1)
2003                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2004                    else
2005                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2006                    end
2007                end
2008                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2009                min_indx=max(min_indx,1);
2010                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2011                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2012                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2013                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2014                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2015                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2016                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2017                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2018                    end
2019                    if NbDim==3
2020                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2021                    else
2022                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2023                    end
2024                end 
2025                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2026                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2027            end
2028        else       % case with rotation and/or interpolation
2029            if NbDim==2 %2D case
2030                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2031                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2032                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2033                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2034                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2035                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2036                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2037                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2038                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
2039                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
2040                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
2041                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
2042                    test_filter=1;
2043                else
2044                    test_filter=0;
2045                end
2046                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2047                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2048                for ivar=VarIndex
2049                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2050                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2051                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2052                    end
2053                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2054                    if test_filter 
2055                         Aclass=class(FieldData.A);
2056                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2057                         if ~isequal(Aclass,'double')
2058                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2059                         end
2060                    end
2061                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2062                    %ind_in=find(flagin);
2063                    ind_out=find(~flagin);
2064                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2065                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2066                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2067                    for icolor=1:nbcolor
2068                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2069                    end
2070                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2071                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2072                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2073                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2074                    end     
2075                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2076                end
2077                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2078                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2079                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2080                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2081            else %3D case
2082                if ~testangle     
2083                    % unstructured z coordinate
2084                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2085                    iz_sup=find(test_sup);
2086                    iz=iz_sup(1);
2087                    if iz>=1 & iz<=npz
2088                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2089                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2090                        for ivar=VarIndex
2091                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2092                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2093                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2094                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2095                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2096                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2097                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2098                            end
2099                        end
2100                    end
2101                else
2102                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2103                    %TODO: use interp3
2104                    return
2105                end
2106            end
2107        end
2108    end
2109
2110    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2111    if testangle
2112        if isempty(ivar_V)
2113            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2114            return
2115        end
2116        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2117        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2118        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2119        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2120        if ~isempty(ivar_W)
2121            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2122            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2123            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2124        end
2125        if ~isequal(Psi,0)
2126            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2127            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2128        end
2129    end
2130end
2131
2132%------------------------------------------------------------------------
2133%--- transfer the global attributes
2134function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2135%------------------------------------------------------------------------
2136ProjData=[];%default
2137errormsg='';%default
2138
2139%% transfer error
2140if isfield(FieldData,'Txt')
2141    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2142    return;
2143end
2144
2145%% transfer global attributes
2146if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2147    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2148else
2149    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2150end
2151for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2152    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2153    if isfield(FieldData,AttrName)
2154        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2155    end
2156end
2157
2158%% transfer coordinate unit
2159if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2160    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2161        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2162        return
2163    else
2164         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2165    end
2166end
2167
2168%% store the properties of the projection object
2169ListObject={'Type','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2170for ilist=1:length(ListObject)
2171    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2172        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2173        if ~isempty(val)
2174            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2175            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2176        end
2177    end   
2178end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.