source: trunk/src/proj_field.m @ 501

Last change on this file since 501 was 494, checked in by sommeria, 9 years ago

various bugs corrected after testing in Windows OS. Introduction
of filter tps

File size: 105.7 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84ProjData=[];
85
86%% case of no projection (object is used only as graph display)
87if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
88    return
89end
90
91%% check coincidence of coordinate units
92if isfield(FieldData,'CoordUnit') && isfield(ObjectData,'CoordUnit')&&~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
93    errormsg='inconsistent coord units for field and projection object';
94    return
95end
96   
97%% in the absence of object Type or projection mode, or object coordinaes, the input field is just tranfered without change
98if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
99    ProjData=FieldData;
100    return
101end
102if ~isfield(ObjectData,'Coord')
103    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
104        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
105    else
106        ProjData=FieldData;
107        return
108    end
109end
110       
111%% OBSOLETE
112if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
113    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
114end
115if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
116    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
117end
118if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
119    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
120end
121if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
122    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
123end
124if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
125    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
126end
127if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
128    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
129end
130%%%%%%%%%%
131
132%% apply projection depending on the object type
133switch ObjectData.Type
134    case 'points'
135    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
136    case {'line','polyline'}
137     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
138    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
139        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
140            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
141        else
142            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
143        end
144    case 'plane'
145            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
146    case 'volume'
147        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
148end
149
150%-----------------------------------------------------------------
151%project on a set of points
152function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
153%-------------------------------------------------------------------
154
155siz=size(ObjectData.Coord);
156width=0;
157if isfield(ObjectData,'Range')
158    width=ObjectData.Range(1,2);
159end
160if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
161    width=max(ObjectData.RangeX);
162end
163if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
164    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
165end
166if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
167    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
168end
169if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
170    if width==0
171        errormsg='projection range around points needed';
172        return
173    end
174elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
175    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
176        return
177end
178[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
179ProjData.NbDim=0;
180[CellVarIndex,NbDimCell,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
181if ~isempty(errormsg)
182    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
183    return
184end
185%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
186for icell=1:length(CellVarIndex)
187    if NbDimCell(icell)==1
188        continue
189    end
190    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
191    VarType=VarTypeCell{icell};% structure defining the types of variables in the cell
192    ivar_X=VarType.coord_x;
193    ivar_Y=VarType.coord_y;
194    ivar_Z=VarType.coord_z;
195    ivar_Anc=VarType.ancillary;
196    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
197    ivar_F=VarType.warnflag;
198    ivar_FF=VarType.errorflag;
199    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
200    if isempty(ivar_X)
201        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates     
202    else
203        if length(ivar_X)>1 || length(ivar_Y)>1 || length(ivar_Z)>1
204                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
205                    return
206        end
207        if length(ivar_Y)~=1
208                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
209                return
210        end
211        test_grid=0;
212    end
213    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
214    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
215    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
216    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
217    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
218    for ivar=VarIndex       
219        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
220        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
221        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
222    end
223    if ~test_grid
224        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
225        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
226        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
227        if length(ivar_Z)==1
228            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
229            test3D=1;
230        end
231        if length(ivar_F)>1 || length(ivar_FF)>1
232                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
233                    return
234        end     
235        for ipoint=1:siz(1)
236           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
237           distX=coord_x-Xpoint(1);
238           distY=coord_y-Xpoint(2);         
239           dist=distX.*distX+distY.*distY;
240           indsel=find(dist<width*width);
241           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
242           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
243           if isequal(length(ivar_FF),1)
244               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
245               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
246               indsel=indsel(~FF);
247           end
248           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
249            for ivar=VarIndex
250               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
251               if isempty(indsel)
252                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
253               else
254                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
255                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
256                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
257                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
258                    end
259               end
260            end
261        end
262    else    %case of structured coordinates
263        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
264            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
265            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
266            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
267            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
268            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
269            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
270            npxy=size(A);       
271            NbDim=numel(VarType.coord(VarType.coord>0));%number of space dimensions
272            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
273            if numel(npxy)>NbDim
274                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
275            end
276            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
277                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
278                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
279                ivar=VarType.coord(idim);
280                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
281                if numel(Coord{idim})==2
282                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
283                else
284                    DCoord=diff(Coord{idim});
285                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
286                    DCoord_max=max(DCoord);
287                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
288                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
289                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
290                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
291                        return
292                    end
293                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
294                    test_coord(idim)=1;
295                end
296            end
297            DX=DCoord_min(2);
298            DY=DCoord_min(1);
299            for ipoint=1:siz(1)
300                xwidth=width/(abs(DX));
301                ywidth=width/(abs(DY));
302                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
303                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
304                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
305                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
306                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
307                j_min=max(1,j_min);
308                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
309                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
310                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
311                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
312                i_int=(i_min:i_plus);
313                j_int=(j_min:j_plus);
314                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
315                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
316                   for ivar=VarIndex   
317                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
318                   end
319                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
320                else
321                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
322                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
323                    for ivar=VarIndex   
324                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
325                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
326                    end
327                end
328            end
329        end
330   end
331end
332
333%-----------------------------------------------------------------
334%project in a patch
335function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
336%-------------------------------------------------------------------
337[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
338
339objectfield=fieldnames(ObjectData);
340widthx=0;
341widthy=0;
342if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
343    widthx=max(ObjectData.RangeX);
344end
345if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
346    widthy=max(ObjectData.RangeY);
347end
348
349%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
350ProjData.NbDim=1;
351ProjData.ListVarName={};
352ProjData.VarDimName={};
353ProjData.VarAttribute={};
354
355Mesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
356if isfield (FieldData,'VarAttribute')
357    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
358    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
359%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
360        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
361            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
362        end
363        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Mesh')
364            Mesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.Mesh;
365        end
366    end
367end
368
369%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
370testfalse=0;
371ListIndex={};
372% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
373idimvar=0;
374[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
375if ~isempty(errormsg)
376    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
377    return
378end
379
380%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
381dimcounter=0;
382for icell=1:length(CellVarIndex)
383    testX=0;
384    testY=0;
385    test_Amat=0;
386    testfalse=0;
387    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
388    VarType=VarTypeCell{icell};
389  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
390    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
391        continue
392    end
393    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
394    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
395    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
396    testproj(VarType.scalar)=1;
397    testproj(VarType.vector_x)=1;
398    testproj(VarType.vector_y)=1;
399    testproj(VarType.vector_z)=1;
400    testproj(VarType.image)=1;
401    testproj(VarType.color)=1;
402    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
403    if testX %case of unstructured coordinates
404         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
405         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
406               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
407            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
408         end
409         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
410         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
411         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
412         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
413    end
414    if testfalse
415        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
416        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
417    end
418    % image or 2D matrix
419    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
420        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
421        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
422        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
423        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
424        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
425        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
426        DimValue=size(FieldData.(VarName));
427       if length(AX)==2
428           AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
429       end
430       if length(AY)==2
431           AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
432       end
433%         for idim=1:length(DimValue)       
434%             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
435%             DCoord_min(idim)=1;%default
436%             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
437%             test_direct(idim)=1;
438%         end
439%         AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
440%         AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
441%         testcolor=find(numel(DimValue)==3);
442        if length(DimValue)==3
443            testcolor=1;
444            npxy(3)=3;
445        else
446            testcolor=0;
447            npxy(3)=1;
448        end
449        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
450        npxy(1)=length(AY);
451        npxy(2)=length(AX);
452        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
453        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
454        for ivar=1:length(VarIndex)
455            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
456            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
457        end
458    end
459%select the indices in the range of action
460    testin=[];%default
461    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
462%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
463%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
464%                 return
465%            end
466       if testX
467            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
468            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
469            testin=distX<widthx & distY<widthy;
470       elseif test_Amat
471           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
472           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
473           testin=distX<widthx & distY<widthy;
474       end
475    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
476        if testX
477            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
478        elseif test_Amat
479           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
480       else%calculate the scalar
481           testin=[]; %A REVOIR
482       end
483    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
484       X2Max=widthx*widthx;
485       Y2Max=(widthy)*(widthy);
486       if testX
487            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
488            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
489            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
490       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
491           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
492           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
493           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
494       end
495    end
496    %selected indices
497    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
498            testin=~testin;
499    end
500    if testfalse
501        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
502    end
503    indsel=find(testin);
504    for ivar=VarIndex
505        if testproj(ivar)
506            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
507            ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each color component
508            ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component 
509            ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color component
510            if isequal(Mesh(ivar),0)
511                eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:,:)),100);']); % default histogram with 100 bins
512            else
513                eval(['ProjData.' VarName '=(ProjData.' VarName 'Min+Mesh(ivar)/2:Mesh(ivar):ProjData.' VarName 'Max);']); % list of bin values
514                eval(['ProjData.' VarName 'Histo=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),ProjData.' VarName ');']); % histogram at predefined bin positions
515            end
516            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
517            if test_Amat && testcolor
518                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
519            else
520               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
521            end
522            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
523        end
524    end
525%     if test_Amat & testcolor
526%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
527%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
528%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
529%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
530%        ProjData.VarDimName
531%     end
532end
533
534
535%-----------------------------------------------------------------
536%project on a line
537% AJOUTER flux,circul,error
538% OUTPUT:
539% ProjData: projected field
540%
541function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
542%-----------------------------------------------------------------
543[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
544if ~isempty(errormsg)
545    return
546end
547ProjData.NbDim=1;
548%initialisation of the input parameters and defaultoutput
549ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
550if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
551% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
552
553width=0;%default width of the projection band
554if isfield(ObjectData,'Range')&&size(ObjectData.Range,2)>=2
555    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
556end
557if isfield(ObjectData,'RangeY')
558    width=max(ObjectData.RangeY);
559end
560
561% default output
562errormsg=[];%default
563Xline=[];
564flux=0;
565circul=0;
566liny=ObjectData.Coord(:,2);
567siz_line=size(ObjectData.Coord);
568if siz_line(1)<2
569    return% line needs at least 2 points to be defined
570end
571testfalse=0;
572ListIndex={};
573
574%% angles of the polyline and boundaries of action
575dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
576dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
577theta=angle(dlinx+1i*dliny);%angle of each segment
578theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
579% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
580xsup=zeros(1,siz_line(1)); xinf=zeros(1,siz_line(1)); ysup=zeros(1,siz_line(1)); yinf=zeros(1,siz_line(1));
581if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
582    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
583    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
584    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
585    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
586    for ip=2:siz_line(1)
587        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
588        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
589        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
590        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
591    end
592end
593
594%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
595[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
596if ~isempty(errormsg)
597    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
598    return
599end
600
601%% loop on variable cells with the same space dimension
602ProjData.ListVarName={};
603ProjData.VarDimName={};
604testproj=zeros(size(FieldData.ListVarName));
605for icell=1:length(CellVarIndex)
606    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
607    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
608    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
609        continue
610    end
611    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
612    test_tps=~isempty(VarType.coord_tps);
613    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
614    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
615    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
616                                             %=0 for vector components, treated separately
617    testproj([VarType.scalar VarType.image VarType.color VarType.vector_x VarType.vector_y])=1;
618    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
619
620    %identify vector components   
621    if testU
622        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
623        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
624        vector_x=FieldData.(UName);
625        vector_y=FieldData.(VName);
626    end 
627    %identify error flag
628    if testfalse
629        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
630        errorflag=FieldData.(FFName);
631    end   
632    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
633    if testX
634        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
635            if width==0
636                errormsg='range of the projection object is missing';
637                return     
638            else
639                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
640            end
641        end
642        if ~isequal(ProjMode,'projection')
643            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
644                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
645            else
646                errormsg='DX missing';
647                return
648            end
649        end
650        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
651        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
652        coord_x=FieldData.(XName);   
653        coord_y=FieldData.(YName);
654    end   
655    %initiate projection
656    for ivar=1:length(VarIndex)
657        ProjLine{ivar}=[];
658    end
659    XLine=[];
660    linelengthtot=0;
661
662%         circul=0;
663%         flux=0;
664  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
665   %case of unstructured coordinates
666    if testX   
667        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
668            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
669            %select the vector indices in the range of action
670            if testfalse
671                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
672            else
673                flagsel=ones(size(coord_x));
674            end
675            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
676                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
677                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
678                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
679                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
680            end
681            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
682            X_sel=coord_x(indsel);
683            Y_sel=coord_y(indsel);
684            nbvar=0;
685            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
686                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
687                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
688            end   
689            if testU
690                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
691                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
692            end
693            if isequal(ProjMode,'projection')
694                sintheta=sin(theta(ip));
695                costheta=cos(theta(ip));
696                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
697                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
698                for ivar=1:numel(ProjVar)
699                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
700                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
701                     end
702                end
703            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
704                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
705                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
706                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
707                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
708                for ivar=1:numel(ProjVar)
709                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
710                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
711                     end
712                end
713            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
714                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
715                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
716                siz=size(X_sel);
717                xregij=cos(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
718                yregij=sin(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
719                xij=X_sel*ones(1,npoint);
720                yij=Y_sel*ones(1,npoint);
721                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
722                norm=Aij'*ones(siz(1),1);
723                for ivar=1:numel(ProjVar)
724                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
725                        ProjVar{ivar}=Aij'*ProjVar{ivar}./norm;
726                     end
727                end             
728            end
729            %prolongate the total record
730            for ivar=1:numel(ProjVar)
731                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
732                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
733                  end
734            end
735            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
736            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
737            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
738            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
739        end
740        ProjData.X=XLine';
741        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
742        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
743        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
744        for iselect=1:numel(VarIndex)
745            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
746            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
747            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
748            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
749            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
750            if strcmp(ProjMode,'projection')
751                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
752            else
753                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
754            end
755        end
756   
757    %case of structured coordinates
758    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
759        if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
760            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
761        else
762            test_Amat=1;%image or 2D matrix
763            test_interp2=0;%default
764%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
765            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
766            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
767            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
768            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
769            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
770            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
771            npxy=size(A);
772            npx=npxy(2);
773            npy=npxy(1);
774            if numel(AX)==2
775                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
776            else
777                DX_vec=diff(AX);
778                DX=max(DX_vec);
779                DX_min=min(DX_vec);
780                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
781                    test_interp2=1;
782                    DX=DX_min;
783                end   
784            end
785            if numel(AY)==2
786                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
787            else
788                DY_vec=diff(AY);
789                DY=max(DY_vec);
790                DY_min=min(DY_vec);
791                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
792                   test_interp2=1;
793                    DY=DY_min;
794                end     
795            end             
796            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
797            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
798            if isfield(ObjectData,'DX')
799                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
800            else
801                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
802            end
803            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
804            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
805            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
806            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
807            if isfield(FieldData,'RangeX')
808                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
809            else
810                XMin=0;
811            end
812            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
813            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
814            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
815            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
816            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
817            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
818            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
819            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
820            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
821            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
822            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
823            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
824            ind_in=find(flagin);
825            ind_out=find(~flagin);
826            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
827            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
828            nbcolor=1; %color images
829            if numel(npxy)==2
830                nbcolor=1;
831            elseif length(npxy)==3
832                nbcolor=npxy(3);
833            else
834                errormsg='multicomponent field not projected';
835                display(errormsg)
836                return
837            end
838            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
839            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
840            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
841            for ivar=VarIndex
842                %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
843                if test_interp2% interpolate on new grid
844                    FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI);%TO TEST
845                end
846                vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
847                if nbcolor==1
848                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
849                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
850                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
851                    ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
852                elseif nbcolor==3
853                    vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
854                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
855                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
856                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
857                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
858                    ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
859                end 
860                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
861                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
862                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
863            end
864            if testU
865                 vector_x =ProjData.(FieldData.ListVarName{VarType.vector_x});
866                 vector_y =ProjData.(FieldData.ListVarName{VarType.vector_y});
867                 ProjData.(FieldData.ListVarName{VarType.vector_x}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;
868                 ProjData.(FieldData.ListVarName{VarType.vector_y}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;
869            end
870            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
871            if nbcolor==3
872                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
873            end
874        end
875    elseif test_tps
876         if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
877                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
878                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
879                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1)
880                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2)
881%                 coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
882%                 coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
883                DataOut=calc_field(FieldData.FieldList,FieldData,cat(3,xreg,yreg));
884                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName DataOut.ListVarName];
885                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DataOut.VarDimName];
886                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute DataOut.VarAttribute];   
887                DataOut.ListVarName(1)=[];
888                DataOut.VarDimName(1)=[];
889                DataOut.VarAttribute(1)=[];
890                for ilist=2:length(DataOut.ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
891                    VarName=DataOut.ListVarName{ilist};
892                     ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
893                end
894                ProjData.coord_x=Xproj;
895         end
896    end
897end
898
899% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
900% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
901% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
902% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
903% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
904% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
905% %     else
906% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
907% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
908% %     end
909%
910% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
911
912
913%-----------------------------------------------------------------
914%project on a plane
915% AJOUTER flux,circul,error
916 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
917%-----------------------------------------------------------------
918
919%% initialisation of the input parameters of the projection plane
920ProjMode='projection';%direct projection by default
921if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
922
923%% axis origin
924if isempty(ObjectData.Coord)
925    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
926    ObjectData.Coord(1,2)=0;
927    ObjectData.Coord(1,3)=0;
928end
929
930%% rotation angles
931PlaneAngle=[0 0 0];
932norm_plane=[0 0 1];
933cos_om=1;
934sin_om=0;
935test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
936test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
937if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
938    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
939    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
940    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
941    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
942    cos_om=cos(om);
943    sin_om=sin(om);
944    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
945    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
946    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
947    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
948    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
949end
950testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
951
952%% mesh sizes DX and DY
953DX=0;
954DY=0; %default
955if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
956     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
957end
958if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
959     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
960end
961if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
962        errormsg='DX or DY missing';
963        display(errormsg)
964        return
965end
966
967%% extrema along each axis
968testXMin=0;
969testXMax=0;
970testYMin=0;
971testYMax=0;
972if isfield(ObjectData,'RangeX')
973        XMin=min(ObjectData.RangeX);
974        XMax=max(ObjectData.RangeX);
975        testXMin=XMax>XMin;
976        testXMax=1;
977end
978if isfield(ObjectData,'RangeY')
979        YMin=min(ObjectData.RangeY);
980        YMax=max(ObjectData.RangeY);
981        testYMin=YMax>YMin;
982        testYMax=1;
983end
984width=0;%default width of the projection band
985if isfield(ObjectData,'RangeZ')
986        width=max(ObjectData.RangeZ);
987end
988
989%% initiate Matlab  structure for physical field
990[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
991ProjData.NbDim=2;
992ProjData.ListVarName={};
993ProjData.VarDimName={};
994ProjData.VarAttribute={};
995if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
996    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
997elseif isfield(FieldData,'Mesh')
998    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
999end
1000error=0;%default
1001flux=0;
1002testfalse=0;
1003ListIndex={};
1004
1005%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1006%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1007%-----------------------------------------------------------------
1008idimvar=0;
1009
1010[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1011if ~isempty(errormsg)
1012    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1013    return
1014end
1015
1016% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1017% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1018ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1019% icoord=0;
1020nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1021nbvar=0;
1022for icell=1:length(CellVarIndex)
1023    NbDim=NbDimVec(icell);
1024    if NbDim<2
1025        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1026    end
1027    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1028    VarType=VarTypeCell{icell};
1029%     ivar_X=VarType.coord_x;
1030%     ivar_Y=VarType.coord_y;
1031%     ivar_Z=VarType.coord_z;
1032    ivar_U=VarType.vector_x;
1033    ivar_V=VarType.vector_y;
1034    if ~isempty(VarType.vector_x_tps)&&~isempty(VarType.vector_y_tps)
1035        ivar_U=VarType.vector_x_tps;
1036        ivar_V=VarType.vector_y_tps;
1037    end
1038    ivar_W=VarType.vector_z;
1039%     ivar_Anc=VarType.ancillary;
1040%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
1041%     test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1042%     ivar_F=VarType.warnflag;
1043%     ivar_FF=VarType.errorflag;
1044
1045    %type of coordinates
1046    if ~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y)
1047        CoordType='unstructured';
1048    elseif ~isempty(VarType.coord_tps)
1049        CoordType='tps';
1050    else
1051        CoordType='structured';
1052    end
1053   
1054    %dimensions
1055    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1056    if ischar(DimCell)
1057        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1058    end
1059    coord_z=0;%default
1060   
1061    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1062    switch CoordType
1063       
1064        %% case of input fields with unstructured coordinates
1065        case 'unstructured'
1066            if strcmp(ObjectData.ProjMode,'filter')
1067                continue %skip for filter (needs tps)
1068            end
1069            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{VarType.coord_x});
1070            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{VarType.coord_y});
1071            if ~isempty(VarType.coord_z)
1072                coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{VarType.coord_z});
1073            end
1074           
1075            % translate  initial coordinates
1076            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1077            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1078            if ~isempty(VarType.coord_z)
1079                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1080            end
1081           
1082            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1083            if ~isempty(VarType.coord_z) &&  width > 0
1084                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1085                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1086                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1087                size(indcut)
1088                for ivar=VarIndex
1089                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1090                    eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1091                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE
1092                end
1093                coord_x=coord_x(indcut);
1094                coord_y=coord_y(indcut);
1095                coord_z=coord_z(indcut);
1096            end
1097           
1098            %rotate coordinates if needed:
1099            Psi=PlaneAngle(1);
1100            Theta=PlaneAngle(2);
1101            Phi=PlaneAngle(3);
1102            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1103                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1104                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1105                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1106                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1107               
1108                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1109            else
1110                coord_X=coord_x;
1111                coord_Y=coord_y;
1112            end
1113           
1114            %restriction to the range of x and y if imposed
1115            testin=ones(size(coord_X)); %default
1116            testbound=0;
1117            if testXMin
1118                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1119                testbound=1;
1120            end
1121            if testXMax
1122                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1123                testbound=1;
1124            end
1125            if testYMin
1126                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1127                testbound=1;
1128            end
1129            if testYMin
1130                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1131                testbound=1;
1132            end
1133            if testbound
1134                indcut=find(testin);
1135                if isempty(indcut)
1136                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1137                    return
1138                end
1139                for ivar=VarIndex
1140                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1141                    eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1142                end
1143                coord_X=coord_X(indcut);
1144                coord_Y=coord_Y(indcut);
1145                if ~isempty(VarType.coord_z)
1146                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1147                end
1148            end
1149           
1150            % different cases of projection
1151            switch ObjectData.ProjMode
1152                case 'projection'
1153                    for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1154                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1155                        if ivar==VarType.coord_x %x coordinate
1156                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1157                        elseif ivar==VarType.coord_y  % y coordinate
1158                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1159                        elseif isempty(VarType.coord_z) || ivar~=VarType.coord_z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1160                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1161                        end
1162                        if isempty(VarType.coord_z) || ivar~=VarType.coord_z
1163                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1164                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1165                            nbvar=nbvar+1;
1166                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1167                                ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1168                            end
1169                        end
1170                    end
1171                case 'interp'%interpolate data on a regular grid
1172                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1173                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1174                    DimCell={'coord_y','coord_x'};
1175                    ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1176                    ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};
1177                    nbcoord=2;
1178                    ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1179                    ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1180%                     if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1181%                     if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1182%                     if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1183%                     if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1184%                     if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1185%                     if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1186%                     if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1187%                     if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1188                  %  if ~isequal(ivar_FF,0)
1189                   if ~isempty(VarType.errorflag)
1190                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
1191                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1192                        coord_X=coord_X(indsel);
1193                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1194                    end
1195                   
1196                    FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1197                    testFF=0;
1198                    %for ivar=VarIndex % loop on field variables to project
1199                    for ivar=[VarType.scalar VarType.vector_x VarType.vector_y]
1200                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1201%                         if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF ||...
1202%                                 ( numel(test_anc)>=ivar && test_anc(ivar)==1))
1203                            ivar_new=ivar_new+1;
1204                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1205                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1206                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1207                                ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1208                            end
1209                            %if  ~isequal(ivar_FF,0)
1210                            if ~isempty(VarType.errorflag)
1211                                FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1212                            end
1213                            ProjData.(VarName)=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.(VarName)),coord_x_proj,coord_y_proj');
1214                            varline=reshape(ProjData.(VarName),1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1215                            FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1216                            indnan=find(FFlag);
1217                            if~isempty(indnan)
1218                                varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1219                                ProjData.(VarName)=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1220                                FF(indnan)=ones(size(indnan));
1221                                testFF=1;
1222                            end
1223                            if ivar==ivar_U
1224                                ivar_U=ivar_new;
1225                            end
1226                            if ivar==ivar_V
1227                                ivar_V=ivar_new;
1228                            end
1229                            if ivar==ivar_W
1230                                ivar_W=ivar_new;
1231                            end
1232%                         end
1233                    end
1234                    if testFF
1235                        ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1236                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1237                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1238                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1239                    end
1240%                     case 'filter'%interpolate data on a regular grid
1241%                         errormsg='tps required for filter option'
1242                       
1243            end
1244           
1245            %% case of tps interpolation (applies only in filter mode)
1246        case 'tps'
1247            if strcmp(ObjectData.ProjMode,'filter')
1248                coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1249                coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1250                np_x=numel(coord_x_proj);
1251                np_y=numel(coord_y_proj);
1252                [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj');
1253                XI=XI+ObjectData.Coord(1,1);
1254                YI=YI+ObjectData.Coord(1,2);
1255                DataOut=calc_field(FieldData.FieldList,FieldData,cat(3,XI,YI));
1256                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName DataOut.ListVarName];
1257                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DataOut.VarDimName];
1258                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute DataOut.VarAttribute];   
1259                for ilist=1:length(DataOut.ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1260                    VarName=DataOut.ListVarName{ilist};
1261%                     ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1262                    if ilist>=3
1263                    ProjData.(VarName)=reshape(DataOut.(VarName),np_y,np_x);
1264                    end
1265                end
1266                ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1267                ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1268            end
1269           
1270            %% case of input fields defined on a structured  grid
1271        case 'structured'
1272           
1273            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1274            eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1275            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1276            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1277            nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1278            if NbDim>=3
1279                if NbDim>3
1280                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1281                    return
1282                else
1283                    if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1284                        nbcolor=DimValue(3);
1285                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1286                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1287                    end
1288                end
1289            end
1290            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1291            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1292            if testangle% TODO modify name also in case of origin shift in x or y
1293                AYProjName='Y';
1294                AXProjName='X';
1295                count=0;
1296                %modify coordinate names if they are already used
1297                while ~(isempty(find(strcmp('AXName',ProjData.ListVarName),1)) && isempty(find(strcmp('AYName',ProjData.ListVarName),1)))
1298                    count=count+1;
1299                    AYProjName=[AYProjName '_' num2str(count)];
1300                    AXProjName=[AXProjName '_' num2str(count)];
1301                end
1302            else
1303                AYProjName=AYName;% (name preserved on projection)
1304                AXProjName=AXName;%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1305            end
1306            ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1307            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYProjName} {AXProjName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1308            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYProjName} {AXProjName}];
1309            Coord_z=[];
1310            Coord_y=[];
1311            Coord_x=[];
1312           
1313            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1314                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1315                ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1316                if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1317                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1318                    if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1319                        DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1320                    else
1321                        DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1322                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1323                        DCoord_max=max(DCoord);
1324                        %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1325                        if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1326                            msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1327                            return
1328                        end
1329                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1330                    end
1331                    test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1332                else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1333                    Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1334                    DCoord_min(idim)=1;%default
1335                    Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1336                    test_direct(idim)=1;
1337                end
1338            end
1339            if DY==0
1340                DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1341            end
1342            npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1343            if DX==0
1344                DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1345            end
1346            npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1347            for idim=1:NbDim
1348                if test_interp(idim)
1349                    DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1350                end
1351            end
1352            Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1353            test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1354            Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1355            test_direct_x=test_direct(NbDim);
1356            DAX=DCoord_min(NbDim);
1357            DAY=DCoord_min(NbDim-1);
1358            minAX=min(Coord_x);
1359            maxAX=max(Coord_x);
1360            minAY=min(Coord_y);
1361            maxAY=max(Coord_y);
1362            xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1363            ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1364            xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1365            ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1366            if ~testXMax
1367                XMax=max(xcor_new);
1368            end
1369            if ~testXMin
1370                XMin=min(xcor_new);
1371            end
1372            if ~testYMax
1373                YMax=max(ycor_new);
1374            end
1375            if ~testYMin
1376                YMin=min(ycor_new);
1377            end
1378            DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1379            DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1380            if DX==0
1381                DX=DXinit;
1382            end
1383            if DY==0
1384                DY=DYinit;
1385            end
1386            if NbDim==3
1387                DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1388                if ~test_direct(1)
1389                    DZ=-DZ;
1390                end
1391                Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1392                test_direct_z=test_direct(1);
1393            end
1394            npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1395            npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);
1396            if test_direct_y
1397                coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1398            else
1399                coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1400            end
1401            if test_direct_x
1402                coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1403            else
1404                coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1405            end
1406            % case with no  interpolation
1407            if isequal(ProjMode,'projection') && (~testangle || test90y || test90x)
1408                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax
1409                    ProjData=FieldData;% no change by projection
1410                else
1411                    indY=NbDim-1;
1412                    if test_direct(indY)
1413                        min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1414                        max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1415                        Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1416                        Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1417                    else
1418                        min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1419                        max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1420                        Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1421                        Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1422                    end
1423                    if test_direct(NbDim)==1
1424                        min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1425                        max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1426                        Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1427                        Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1428                    else
1429                        min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1430                        max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1431                        Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1432                        Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1433                    end
1434                    min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1435                    min_indx=max(min_indx,1);
1436                   
1437                    if test90y
1438                        ind_new=[3 2 1];
1439                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1440                        %                     DimValue=DimValue(ind_new);
1441                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1442                        for ivar=VarIndex
1443                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1444                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1445                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1446                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1447                            eval(['ProjData.' VarName '=permute(FieldData.' VarName ',ind_new);'])% permute x and z indices for 90 degree rotation
1448                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(ProjData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1449                        end
1450                        eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1451                        eval(['ProjData.' AXProjName '=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1452                    else
1453                        if NbDim==3
1454                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1455                            DimValue(1)=[];
1456                            if test_direct(1)
1457                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1458                            else
1459                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1460                            end
1461                        end
1462                        max_indy=min(max_indy,DimValue(1));%introduce bounds in y and x indices
1463                        max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1464                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1465                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1466                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1467                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1468                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1469                                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1470                            end
1471                            if NbDim==3
1472                                eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1473                            else
1474                                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1475                            end
1476                        end
1477                        eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1478                        eval(['ProjData.' AXProjName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1479                    end
1480                end
1481            else       % case with rotation and/or interpolation
1482                if NbDim==2 %2D case
1483                    [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1484                    XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1485                    YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1486                    XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1487                    YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1488                    XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1489                    YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1490                    flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1491                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1492                        npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1493                        npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1494                        Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1495                        test_filter=1;
1496                    else
1497                        test_filter=0;
1498                    end
1499                    eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1500                    eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1501                    for ivar=VarIndex
1502                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1503                        if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid
1504                            eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1505                        end
1506                        %filter the field (image) if option 'filter' is used
1507                        if test_filter
1508                            Aclass=class(FieldData.A);
1509                            eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1510                            if ~isequal(Aclass,'double')
1511                                eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1512                            end
1513                        end
1514                        eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line
1515                        %ind_in=find(flagin);
1516                        ind_out=find(~flagin);
1517                        ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1518                        ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1519                        vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1520                        for icolor=1:nbcolor
1521                            vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1522                        end
1523                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1524                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1525                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1526                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1527                        end
1528                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1529                    end
1530                    ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur
1531                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1532                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1533                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1534                elseif ~testangle
1535                    % unstructured z coordinate
1536                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1537                    iz_sup=find(test_sup);
1538                    iz=iz_sup(1);
1539                    if iz>=1 & iz<=npz
1540                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1541                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1542                        for ivar=VarIndex
1543                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1544                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1545                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1546                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1547                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1548                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1549                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1550                            end
1551                        end
1552                    end
1553                else
1554                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1555                    %TODO: use interp3
1556                    return
1557                end
1558            end
1559    end
1560   
1561    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1562    if testangle && length(ivar_U)==1
1563        if isempty(ivar_V)
1564            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1565            return
1566        end
1567        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1568        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};
1569        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1570        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1571        if ~isempty(ivar_W)
1572            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1573            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1574            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1575        end
1576        if ~isequal(Psi,0)
1577            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1578            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1579        end
1580    end
1581end
1582
1583%-----------------------------------------------------------------
1584%projection in a volume
1585 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1586%-----------------------------------------------------------------
1587ProjData=FieldData;%default output
1588
1589%% initialisation of the input parameters of the projection plane
1590ProjMode='projection';%direct projection by default
1591if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1592
1593%% axis origin
1594if isempty(ObjectData.Coord)
1595    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1596    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1597    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1598end
1599
1600%% rotation angles
1601VolumeAngle=[0 0 0];
1602norm_plane=[0 0 1];
1603if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1604    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1605    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1606    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1607    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1608    cos_om=cos(pi*om/180);
1609    sin_om=sin(pi*om/180);
1610    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1611    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1612    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1613    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1614    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1615end
1616testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1617
1618%% mesh sizes DX, DY, DZ
1619DX=0;
1620DY=0; %default
1621DZ=0;
1622if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1623     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1624end
1625if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1626     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1627end
1628if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1629     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1630end
1631if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1632        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1633        return
1634end
1635
1636%% extrema along each axis
1637testXMin=0;
1638testXMax=0;
1639testYMin=0;
1640testYMax=0;
1641if isfield(ObjectData,'RangeX')
1642        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1643        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1644        testXMin=XMax>XMin;
1645        testXMax=1;
1646end
1647if isfield(ObjectData,'RangeY')
1648        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1649        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1650        testYMin=YMax>YMin;
1651        testYMax=1;
1652end
1653width=0;%default width of the projection band
1654if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1655        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1656        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1657        testZMin=ZMax>ZMin;
1658        testZMax=1;
1659end
1660
1661%% initiate Matlab  structure for physical field
1662[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1663ProjData.NbDim=3;
1664ProjData.ListVarName={};
1665ProjData.VarDimName={};
1666if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1667    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1668elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1669    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1670end
1671
1672error=0;%default
1673flux=0;
1674testfalse=0;
1675ListIndex={};
1676
1677%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1678%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1679%-----------------------------------------------------------------
1680idimvar=0;
1681[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1682if ~isempty(errormsg)
1683    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1684    return
1685end
1686
1687% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1688% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1689ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1690icoord=0;
1691nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1692nbvar=0;
1693for icell=1:length(CellVarIndex)
1694    NbDim=NbDimVec(icell);
1695    if NbDim<3
1696        continue
1697    end
1698    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1699    VarType=VarTypeCell{icell};
1700    ivar_X=VarType.coord_x;
1701    ivar_Y=VarType.coord_y;
1702    ivar_Z=VarType.coord_z;
1703    ivar_U=VarType.vector_x;
1704    ivar_V=VarType.vector_y;
1705    ivar_W=VarType.vector_z;
1706    ivar_C=VarType.scalar ;
1707    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1708    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1709    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1710    ivar_F=VarType.warnflag;
1711    ivar_FF=VarType.errorflag;
1712    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1713    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1714    if ischar(DimCell)
1715        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1716    end
1717
1718%% case of input fields with unstructured coordinates
1719    if check_unstructured_coord
1720        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1721        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1722        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1723        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1724        if length(ivar_Z)==1
1725            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1726            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1727        end
1728
1729        % translate  initial coordinates
1730        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1731        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1732        if ~isempty(ivar_Z)
1733            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1734        end
1735       
1736        % selection of the vectors in the projection range
1737%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1738%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1739%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1740%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1741%             for ivar=VarIndex
1742%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1743%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1744%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1745%             end
1746%             coord_x=coord_x(indcut);
1747%             coord_y=coord_y(indcut);
1748%             coord_z=coord_z(indcut);
1749%         end
1750
1751       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1752       if testangle
1753           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1754           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1755           if ~isempty(ivar_Z)
1756               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1757           end
1758           
1759           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1760           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1761           
1762       else
1763           coord_X=coord_x;
1764           coord_Y=coord_y;
1765           coord_Z=coord_z;
1766       end
1767        %restriction to the range of x and y if imposed
1768        testin=ones(size(coord_X)); %default
1769        testbound=0;
1770        if testXMin
1771            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1772            testbound=1;
1773        end
1774        if testXMax
1775            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1776            testbound=1;
1777        end
1778        if testYMin
1779            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1780            testbound=1;
1781        end
1782        if testYMax
1783            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1784            testbound=1;
1785        end
1786        if testbound
1787            indcut=find(testin);
1788            for ivar=VarIndex
1789                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1790                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1791            end
1792            coord_X=coord_X(indcut);
1793            coord_Y=coord_Y(indcut);
1794            if length(ivar_Z)==1
1795                coord_Z=coord_Z(indcut);
1796            end
1797        end
1798        % different cases of projection
1799        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1800            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1801                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1802                if ivar==ivar_X %x coordinate
1803                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1804                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1805                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1806                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1807                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1808                end
1809                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1810                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1811                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1812                    nbvar=nbvar+1;
1813                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1814                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1815                    end
1816                end
1817            end 
1818        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1819            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1820            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1821            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1822            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1823            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1824            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1825            nbcoord=2; 
1826            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1827            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1828            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1829            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1830            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1831            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1832            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1833            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1834            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1835            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1836            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1837            if ~isequal(ivar_FF,0)
1838                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1839                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1840                coord_X=coord_X(indsel);
1841                coord_Y=coord_Y(indsel);
1842            end
1843            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1844            testFF=0;
1845            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1846            for ivar=VarIndex
1847                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1848                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1849                    ivar_new=ivar_new+1;
1850                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1851                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1852                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1853                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1854                    end
1855                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1856                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1857                    end
1858                    eval(['InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '))'])
1859                    eval(['ProjData.' VarName '=InterpFct(X,Y,Z);'])
1860%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1861%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1862%                     indnan=find(FFlag);
1863%                     if~isempty(indnan)
1864%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1865%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1866%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1867%                         testFF=1;
1868%                     end
1869                    if ivar==ivar_U
1870                        ivar_U=ivar_new;
1871                    end
1872                    if ivar==ivar_V
1873                        ivar_V=ivar_new;
1874                    end
1875                    if ivar==ivar_W
1876                        ivar_W=ivar_new;
1877                    end
1878                end
1879            end
1880            if testFF
1881                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1882                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1883               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1884                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1885            end
1886        end
1887       
1888%% case of input fields defined on a structured  grid
1889    else
1890        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1891        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1892        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1893        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1894        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1895        if NbDim>=3
1896            if NbDim>3
1897                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1898                return
1899            else
1900                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1901                    nbcolor=DimValue(3);
1902                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1903                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1904                end
1905            end
1906        end
1907        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1908        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1909        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1910        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1911        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1912        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1913        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1914
1915%         for idim=1:length(ListDimName)
1916%             DimName=ListDimName{idim};
1917%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1918%                nbcolor=DimValue(idim);
1919%                DimValue(idim)=[];
1920%             end
1921%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1922%                 DimValue(idim)=[];
1923%             end
1924%         end 
1925        Coord_z=[];
1926        Coord_y=[];
1927        Coord_x=[];   
1928
1929        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1930            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1931            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1932            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1933                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1934                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1935                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1936                else
1937                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1938                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1939                    DCoord_max=max(DCoord);
1940                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1941                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1942                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1943                                return
1944                    end               
1945                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1946                end
1947                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1948            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1949                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1950                DCoord_min(idim)=1;%default
1951                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1952                test_direct(idim)=1;
1953            end
1954        end
1955        if DY==0
1956            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1957        end
1958        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1959        if DX==0
1960            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1961        end
1962        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1963        for idim=1:NbDim
1964            if test_interp(idim)
1965                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1966            end
1967        end       
1968        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1969        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1970        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1971        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1972        DAX=DCoord_min(NbDim);
1973        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1974        minAX=min(Coord_x);
1975        maxAX=max(Coord_x);
1976        minAY=min(Coord_y);
1977        maxAY=max(Coord_y);
1978        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1979        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1980        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1981        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1982        if ~testXMax
1983            XMax=max(xcor_new);
1984        end
1985        if ~testXMin
1986            XMin=min(xcor_new);
1987        end
1988        if ~testYMax
1989            YMax=max(ycor_new);
1990        end
1991        if ~testYMin
1992            YMin=min(ycor_new);
1993        end
1994        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1995        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1996        if DX==0
1997            DX=DXinit;
1998        end
1999        if DY==0
2000            DY=DYinit;
2001        end
2002        if NbDim==3
2003            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2004            if ~test_direct(1)
2005                DZ=-DZ;
2006            end
2007            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2008            test_direct_z=test_direct(1);
2009        end
2010        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2011        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2012        if test_direct_y
2013            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2014        else
2015            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2016        end
2017        if test_direct_x
2018            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2019        else
2020            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2021        end
2022       
2023        % case with no rotation and interpolation
2024        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2025            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2026                ProjData=FieldData;
2027            else
2028                indY=NbDim-1;
2029                if test_direct(indY)
2030                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2031                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2032                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2033                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
2034                else
2035                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2036                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2037                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2038                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2039                end   
2040                if test_direct(NbDim)==1
2041                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2042                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2043                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2044                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2045                else
2046                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2047                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2048                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2049                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2050                end
2051                if NbDim==3
2052                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2053                    DimValue(1)=[];
2054                                        %structured coordinates
2055                    if test_direct(1)
2056                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2057                    else
2058                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2059                    end
2060                end
2061                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2062                min_indx=max(min_indx,1);
2063                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2064                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2065                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2066                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2067                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2068                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2069                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2070                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2071                    end
2072                    if NbDim==3
2073                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2074                    else
2075                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2076                    end
2077                end 
2078                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2079                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2080            end
2081        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2082            if NbDim==2 %2D case
2083                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2084                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2085                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2086                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2087                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2088                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2089                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2090                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2091                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
2092                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
2093                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
2094                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
2095                    test_filter=1;
2096                else
2097                    test_filter=0;
2098                end
2099                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2100                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2101                for ivar=VarIndex
2102                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2103                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2104                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2105                    end
2106                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2107                    if test_filter 
2108                         Aclass=class(FieldData.A);
2109                         ProjData.(VarName)=filter2(Mfilter,FieldData.(VarName),'valid');
2110                         if ~isequal(Aclass,'double')
2111                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2112                         end
2113                    end
2114                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2115                    %ind_in=find(flagin);
2116                    ind_out=find(~flagin);
2117                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2118                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2119                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2120                    for icolor=1:nbcolor
2121                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2122                    end
2123                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2124                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2125                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2126                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2127                    end     
2128                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2129                end
2130                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2131                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2132                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2133                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2134            else %3D case
2135                if ~testangle     
2136                    % unstructured z coordinate
2137                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2138                    iz_sup=find(test_sup);
2139                    iz=iz_sup(1);
2140                    if iz>=1 & iz<=npz
2141                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2142                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2143                        for ivar=VarIndex
2144                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2145                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2146                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2147                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2148                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2149                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2150                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2151                            end
2152                        end
2153                    end
2154                else
2155                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2156                    %TODO: use interp3
2157                    return
2158                end
2159            end
2160        end
2161    end
2162
2163    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2164    if testangle
2165        if isempty(ivar_V)
2166            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2167            return
2168        end
2169        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2170        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2171        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2172        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2173        if ~isempty(ivar_W)
2174            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2175            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2176            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2177        end
2178        if ~isequal(Psi,0)
2179            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2180            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2181        end
2182    end
2183end
2184
2185%------------------------------------------------------------------------
2186%--- transfer the global attributes
2187function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2188%------------------------------------------------------------------------
2189ProjData=[];%default
2190errormsg='';%default
2191
2192%% transfer error
2193if isfield(FieldData,'Txt')
2194    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2195    return;
2196end
2197
2198%% transfer global attributes
2199if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2200    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2201else
2202    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2203end
2204for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2205    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2206    if isfield(FieldData,AttrName)
2207        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2208    end
2209end
2210
2211%% transfer coordinate unit
2212if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2213    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2214        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2215        return
2216    else
2217         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2218    end
2219end
2220
2221%% store the properties of the projection object
2222ListObject={'Type','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2223for ilist=1:length(ListObject)
2224    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2225        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2226        if ~isempty(val)
2227            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2228            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2229        end
2230    end   
2231end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.