source: trunk/src/proj_field.m @ 648

Last change on this file since 648 was 648, checked in by sommeria, 7 years ago

get_field updated, several bugs corrected,open_uvmat suppressd

File size: 105.1 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84ProjData=[];
85
86%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
87if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
88    return
89end
90ListProjMode={'projection','interp_lin','interp_tps'};%list of effective projection modes
91if isempty(strcmp(ObjectData.ProjMode,ListProjMode))
92    return
93end
94if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
95    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
96        ObjectData.Coord=[0 0];%default
97    else
98        return
99    end
100end
101
102%% apply projection depending on the object type
103switch ObjectData.Type
104    case 'points'
105        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
106    case {'line','polyline'}
107        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
108    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
109        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
110            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
111        else
112            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
113        end
114    case 'plane'
115        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
116    case 'volume'
117        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
118end
119
120%-----------------------------------------------------------------
121%project on a set of points
122function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
123%-------------------------------------------------------------------
124
125siz=size(ObjectData.Coord);
126width=0;
127if isfield(ObjectData,'Range')
128    width=ObjectData.Range(1,2);
129end
130if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
131    width=max(ObjectData.RangeX);
132end
133if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
134    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
135end
136if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
137    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
138end
139if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
140    if width==0
141        errormsg='projection range around points needed';
142        return
143    end
144elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
145    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
146        return
147end
148[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
149ProjData.NbDim=0;
150[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
151if ~isempty(errormsg)
152    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
153    return
154end
155%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
156for icell=1:length(CellInfo)
157    if NbDimArray(icell)<=1
158        continue %projection only for multidimensional fields
159    end
160    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
161    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
162    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
163    ivar_Z=[];
164    if NbDimArray(icell)==3
165        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
166    end
167    ivar_FF=[];
168    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
169        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
170        if numel(ivar_FF)>1
171            errormsg='multiple error flag input';
172            return
173        end
174    end   
175    % select types of  variables to be projected
176   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
177      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
178   for ilist=1:numel(ListProj)
179       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
180           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
181       end
182   end
183   VarIndex=find(check_proj);
184    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
185    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
186    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
187    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
188    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
189    for ivar=VarIndex       
190        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
191        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
192        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
193
194    end
195    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
196        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
197        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
198        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
199        if length(ivar_Z)==1
200            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
201            test3D=1;
202        end
203   
204        for ipoint=1:siz(1)
205           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
206           distX=coord_x-Xpoint(1);
207           distY=coord_y-Xpoint(2);         
208           dist=distX.*distX+distY.*distY;
209           indsel=find(dist<width*width);
210           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
211           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
212           if isequal(length(ivar_FF),1)
213               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
214               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
215               indsel=indsel(~FF);
216           end
217           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
218            for ivar=VarIndex
219               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
220               if isempty(indsel)
221                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
222               else
223                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
224                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
225                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
226                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
227                    end
228               end
229            end
230        end
231    else    %case of structured coordinates
232        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
233            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
234            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
235            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
236            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
237            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
238            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
239            npxy=size(A);         
240            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
241            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
242                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
243            end
244            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
245                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
246                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
247                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
248                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
249                if numel(Coord{idim})==2
250                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
251                else
252                    DCoord=diff(Coord{idim});
253                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
254                    DCoord_max=max(DCoord);
255                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
256                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
257                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
258                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
259                        return
260                    end
261                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
262                    test_coord(idim)=1;
263                end
264            end
265            DX=DCoord_min(2);
266            DY=DCoord_min(1);
267            for ipoint=1:siz(1)
268                xwidth=width/(abs(DX));
269                ywidth=width/(abs(DY));
270                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
271                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
272                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
273                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
274                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
275                j_min=max(1,j_min);
276                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
277                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
278                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
279                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
280                i_int=(i_min:i_plus);
281                j_int=(j_min:j_plus);
282                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
283                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
284                   for ivar=VarIndex   
285                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
286                   end
287                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
288                else
289                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
290                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
291                    for ivar=VarIndex   
292                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
293                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
294                    end
295                end
296            end
297        end
298   end
299end
300
301%-----------------------------------------------------------------
302%project in a patch
303function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
304%-------------------------------------------------------------------
305[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
306
307objectfield=fieldnames(ObjectData);
308widthx=0;
309widthy=0;
310if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
311    widthx=max(ObjectData.RangeX);
312end
313if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
314    widthy=max(ObjectData.RangeY);
315end
316
317%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
318ProjData.NbDim=1;
319ProjData.ListVarName={};
320ProjData.VarDimName={};
321ProjData.VarAttribute={};
322
323CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
324if isfield (FieldData,'VarAttribute')
325    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
326    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
327%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
328        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
329            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
330        end
331        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
332            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
333        end
334    end
335end
336
337%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
338[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
339if ~isempty(errormsg)
340    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
341    return
342end
343
344%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
345for icell=1:length(CellInfo)
346    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
347%     testY=0;
348    test_Amat=0;
349    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
350        continue
351    end
352    ivar_FF=[];
353    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
354    if testfalse
355        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
356        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
357        errorflag=FieldData.(FFName);
358    end
359    % select types of  variables to be projected
360    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
361    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
362    for ilist=1:numel(ListProj)
363        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
364            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
365        end
366    end
367    VarIndex=find(check_proj);
368   
369    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
370    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
371    ivar_Z=[];
372    if NbDim(icell)==3
373        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
374    end
375    if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')%case of unstructured coordinates
376        %nbpoint=numel(FieldData.(FieldData.ListVarName{VarIndex(1)}));
377        for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
378            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
379            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
380        end
381        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
382        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
383        coord_x=FieldData.(XName);
384        coord_y=FieldData.(YName);
385    end
386    % image or 2D matrix
387    if  strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')%case of structured coordinates
388        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
389        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
390        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
391        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
392        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
393        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
394        DimValue=size(FieldData.(VarName));
395        if length(AX)==2
396            AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
397        end
398        if length(AY)==2
399            AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
400        end
401        if length(DimValue)==3
402            testcolor=1;
403            npxy(3)=3;
404        else
405            testcolor=0;
406            npxy(3)=1;
407        end
408        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
409        npxy(1)=length(AY);
410        npxy(2)=length(AX);
411        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
412        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
413        for ivar=1:length(VarIndex)
414            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
415            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
416        end
417    end
418    %select the indices in the range of action
419    testin=[];%default
420    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
421        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
422            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
423            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
424            testin=distX<widthx & distY<widthy;
425        elseif test_Amat
426            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
427            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
428            testin=distX<widthx & distY<widthy;
429        end
430    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
431        if strcmp(CoordType,'scattered')
432            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
433        elseif strcmp(CoordType,'grid')
434            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
435        else%calculate the scalar
436            testin=[]; %A REVOIR
437        end
438    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
439        X2Max=widthx*widthx;
440        Y2Max=(widthy)*(widthy);
441        if strcmp(CoordType,'scattered')
442            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
443            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
444            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
445        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
446            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
447            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
448            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
449        end
450    end
451    %selected indices
452    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
453        testin=~testin;
454    end
455    if testfalse
456        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
457    end
458    indsel=find(testin);
459    for ivar=VarIndex
460        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
461        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each color component
462        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
463        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color component
464        if isequal(CoordMesh(ivar),0)
465            [ProjData.([VarName 'Histo']),ProjData.(VarName)]=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:,:)),100); % default histogram with 100 bins
466        else
467            ProjData.(VarName)=ProjData.([VarName 'Min'])+CoordMesh(ivar)/2:CoordMesh(ivar):ProjData.([VarName 'Max']); % list of bin values
468            ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
469        end
470        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
471        if test_Amat && testcolor
472            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
473        else
474            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
475        end
476        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
477        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
478        end
479    end
480end
481
482
483%-----------------------------------------------------------------
484%project on a line
485% AJOUTER flux,circul,error
486% OUTPUT:
487% ProjData: projected field
488%
489function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
490%-----------------------------------------------------------------
491[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
492if ~isempty(errormsg)
493    return
494end
495ProjData.NbDim=1;
496%initialisation of the input parameters and defaultoutput
497ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
498% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
499width=0;
500if isfield(ObjectData,'RangeY')
501    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
502end
503% default output
504errormsg='';%default
505Xline=[];
506flux=0;
507circul=0;
508liny=ObjectData.Coord(:,2);
509NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
510testfalse=0;
511ListIndex={};
512
513
514%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
515LineCoord=ObjectData.Coord;
516switch ObjectData.Type
517    case 'ellipse'
518        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
519        NbSegment=0;
520    case 'rectangle'
521        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
522        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
523        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
524        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
525    case 'polygon'
526        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
527end
528if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
529    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
530        return% line needs at least 2 points to be defined
531    end
532    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
533    dliny=diff(LineCoord(:,2));
534    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
535    LineLength=sum(dlength);
536    NbSegment=numel(LineLength);
537end
538CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
539
540%     x = a \ \cosh \mu \ \cos \nu
541%
542%     y = a \ \sinh \mu \ \sin \nu
543
544%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
545
546% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
547xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
548if isequal(ProjMode,'projection')
549    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
550        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
551        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
552        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
553        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
554    else
555        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
556        return
557    end
558else % need to define the set of interpolation points
559    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
560        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
561        if CheckClosedLine
562            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
563            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
564            DX_end=DX/2;
565        else
566            DX_end=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point
567        end
568        XI=[];
569        YI=[];
570        ThetaI=[];
571        dlengthI=[];
572        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
573            phi=(DX_end:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
574            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
575            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
576            dphi=2*pi*DX/LineLength;
577            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
578        else
579            for isegment=1:NbSegment
580                costheta=cos(theta(isegment));
581                sintheta=sin(theta(isegment));
582                XIsegment=(LineCoord(isegment,1)+DX_end*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
583                YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_end*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
584                XI=[XI XIsegment];
585                YI=[YI YIsegment];
586                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
587                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
588                DX_end=DX_end+DX-(dlength(isegment)-DX*(numel(XIsegment)-1));
589            end
590        end
591        Xproj=cumsum(dlengthI);
592    else
593        errormsg='mesh DX needed for interpolation';
594        return
595    end
596end
597
598
599%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
600[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
601if ~isempty(errormsg)
602    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
603    return
604end
605CellInfo=CellInfo(NbDim==2); %keep only the 2D cells
606%%%%%% TODO: treat 1D fields: project as identity so that P o P=P for projection operation
607
608%% loop on variable cells with the same space dimension 2
609ProjData.ListVarName={};
610ProjData.VarDimName={};
611for icell=1:length(CellInfo)
612    % list of variable types to be projected
613    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
614    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
615    for ilist=1:numel(ListProj)
616        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
617            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
618        end
619    end
620    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
621   
622    %% identify vector components
623    testU=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x') &&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y') ;% test for vectors
624    if testU
625        UName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x};
626        VName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y};
627        vector_x=FieldData.(UName);
628        vector_y=FieldData.(VName);
629    end
630    %identify error flag
631    errorflag=0; %default, no error flag
632    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
633        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
634        errorflag=FieldData.(FFName);
635    end
636    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
637    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
638   
639    %         circul=0;
640    %         flux=0;
641    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
642    switch CellInfo{icell}.CoordType
643        %case of unstructured coordinates
644        case 'scattered'
645            XName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
646            YName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
647            coord_x=FieldData.(XName);
648            coord_y=FieldData.(YName);
649            if isequal(ProjMode,'projection')
650                if width==0
651                    errormsg='range of the projection object is missing';
652                    return
653                end
654                % select the (non false) input data located in the band of projection
655                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
656                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
657                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
658                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
659                coord_x=coord_x(flagsel);
660                coord_y=coord_y(flagsel);
661                costheta=cos(theta);
662                sintheta=sin(theta);
663                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
664                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
665                for ivar=1:numel(VarIndex)
666                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict vrtibles to the projection band
667                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
668                end
669                % project the velocity components if vectors are projected
670                if testU
671                    vector_x=ProjData.(UName);
672                    ProjData.(UName)=costheta*vector_x+sintheta*ProjData.(VName);% longitudinal component
673                    ProjData.(VName)=-sintheta*vector_x+costheta*ProjData.(VName);%transverse component
674                end
675            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
676                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
677                ProjData.X=Xproj;
678                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
679                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
680                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
681                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
682                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
683                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
684                for ivar=1:numel(VarAttribute)
685                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
686                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
687                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
688                end
689            end
690        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
691            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
692                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
693                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
694                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
695                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
696                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
697                end
698                %                 coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
699                %                 coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
700                %                 np_x=numel(coord_x_proj);
701                %                 np_y=numel(coord_y_proj);
702                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
703                ProjData.X=Xproj;
704                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
705                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
706                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
707                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
708                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
709                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
710                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
711                for ivar=1:numel(VarAttribute)
712                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
713                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
714                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
715                end
716            end
717            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
718           
719        case 'grid'   %case of structured coordinates
720            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
721                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
722            else
723                test_Amat=1;%image or 2D matrix
724                test_interp2=0;%default
725                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
726                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
727                eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
728                eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions
729                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
730                eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
731                npxy=size(A);
732                npx=npxy(2);
733                npy=npxy(1);
734                if numel(AX)==2
735                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
736                else
737                    DX_vec=diff(AX);
738                    DX=max(DX_vec);
739                    DX_min=min(DX_vec);
740                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
741                        test_interp2=1;
742                        DX=DX_min;
743                    end
744                end
745                if numel(AY)==2
746                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
747                else
748                    DY_vec=diff(AY);
749                    DY=max(DY_vec);
750                    DY_min=min(DY_vec);
751                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
752                        test_interp2=1;
753                        DY=DY_min;
754                    end
755                end
756                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
757                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
758                if isfield(ObjectData,'DX')
759                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
760                else
761                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
762                end
763                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
764                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
765                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
766                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
767                if isfield(FieldData,'RangeX')
768                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
769                else
770                    XMin=0;
771                end
772                eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
773                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
774                eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
775                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
776                eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
777                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
778                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
779                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
780                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
781                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
782                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
783                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
784                ind_in=find(flagin);
785                ind_out=find(~flagin);
786                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
787                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
788                nbcolor=1; %color images
789                if numel(npxy)==2
790                    nbcolor=1;
791                elseif length(npxy)==3
792                    nbcolor=npxy(3);
793                else
794                    errormsg='multicomponent field not projected';
795                    display(errormsg)
796                    return
797                end
798                nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
799                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
800                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
801                for ivar=VarIndex
802                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
803                    if test_interp2% interpolate on new grid
804                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI);%TO TEST
805                    end
806                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
807                    if nbcolor==1
808                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
809                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
810                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
811                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
812                    elseif nbcolor==3
813                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
814                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
815                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
816                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
817                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
818                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
819                    end
820                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
821                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
822                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
823                end
824                if testU
825                    vector_x =ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x});
826                    vector_y =ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y});
827                    ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;
828                    ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;
829                end
830                ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
831                if nbcolor==3
832                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
833                end
834            end
835    end
836end
837
838% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
839% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
840% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
841% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
842% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
843% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
844% %     else
845% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
846% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
847% %     end
848%
849% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
850
851
852%-----------------------------------------------------------------
853%project on a plane
854% AJOUTER flux,circul,error
855function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
856%-----------------------------------------------------------------
857
858%% rotation angles
859PlaneAngle=[0 0 0];
860norm_plane=[0 0 1];
861cos_om=1;
862sin_om=0;
863test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
864test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
865if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
866    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
867    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
868    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
869    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
870    cos_om=cos(om);
871    sin_om=sin(om);
872    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
873    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
874    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
875    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
876    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
877end
878testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
879
880%% mesh sizes DX and DY
881DX=[];
882DY=[];%default
883if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
884     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
885elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
886     DX=FieldData.CoordMesh;
887end
888if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
889     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
890elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
891     DY=FieldData.CoordMesh;
892end
893if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
894        errormsg='DX or DY not defined';
895        return
896end
897
898%% extrema along each axis
899testXMin=0;
900testXMax=0;
901testYMin=0;
902testYMax=0;
903
904if isfield(ObjectData,'RangeX')
905        XMin=min(ObjectData.RangeX);
906        XMax=max(ObjectData.RangeX);
907        testXMin=XMax>XMin;
908        testXMax=1;% range restriction along X
909else
910    XMin=FieldData.XMin;%default
911XMax=FieldData.XMax;%default
912end
913if isfield(ObjectData,'RangeY')
914        YMin=min(ObjectData.RangeY);
915        YMax=max(ObjectData.RangeY);
916        testYMin=YMax>YMin;
917        testYMax=1;
918else
919    YMin=FieldData.YMin;%default
920YMax=FieldData.YMax;%default
921end
922width=0;%default width of the projection band
923if isfield(ObjectData,'RangeZ')
924        width=max(ObjectData.RangeZ);
925end
926
927%% initiate Matlab  structure for physical field
928[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
929if ~isempty(errormsg)
930    return
931end
932
933%% reproduce initial plane position and angle
934if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
935   if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
936       if ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
937           errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
938           return
939       end
940   else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
941       ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
942   end
943   if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
944       if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
945           if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
946           errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
947           return
948           end
949       else
950        ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
951       end
952    end
953end
954ProjData.NbDim=2;
955ProjData.ListVarName={};
956ProjData.VarDimName={};
957ProjData.VarAttribute={};
958if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
959    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
960elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
961    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
962end
963error=0;%default
964flux=0;
965testfalse=0;
966ListIndex={};
967
968%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
969[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
970if ~isempty(errormsg)
971    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
972    return
973end
974
975%% projection modes
976check_grid=0;
977ProjMode=cell(size(CellInfo));
978for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
979    ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;
980    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
981        switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
982            case 'interp_lin'
983                ProjMode{icell}='interp_lin';
984            case 'interp_tps'
985                ProjMode{icell}='interp_tps';
986        end
987    end
988    if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
989        check_grid=1;
990    end
991end
992
993%% define the new coordinates in case of interpolation on a grid
994if check_grid% TODO: recalculate coordinates to get the bounds in the rotated coordinates
995    ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
996    ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'}; 
997    ProjData.VarAttribute={[],[]};
998    ProjData.coord_y=[YMin YMax];
999    ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1000end
1001
1002%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1003% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1004% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1005ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1006% icoord=0;
1007nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1008nbvar=0;
1009vector_x_proj=[];
1010vector_y_proj=[];
1011for icell=1:length(CellInfo)
1012    NbDim=NbDimArray(icell);
1013    if NbDim<2
1014        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1015    end
1016    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1017    ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1018    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1019        ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps;
1020        ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps;
1021    elseif isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1022        ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x;
1023        ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y;
1024    end
1025    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_z')
1026        ivar_W=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_z;
1027    end
1028    %dimensions
1029    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1030    if ischar(DimCell)
1031        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1032    end
1033    coord_z=0;%default
1034
1035    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1036    switch CellInfo{icell}.CoordType
1037       
1038        %% case of input fields with unstructured coordinates
1039        case 'scattered'
1040            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1041                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1042            end
1043            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});% initial x coordinates
1044            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});% initial y coordinates
1045            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1046            if check3D
1047                coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1048            end
1049           
1050            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1051            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1052            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1053            if check3D
1054                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1055            end
1056           
1057            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1058            if check3D&&  width > 0
1059                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1060                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1061                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1062                for ivar=VarIndex
1063                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1064                    eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1065                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE
1066                end
1067                coord_x=coord_x(indcut);
1068                coord_y=coord_y(indcut);
1069                coord_z=coord_z(indcut);
1070            end
1071           
1072            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1073            Psi=PlaneAngle(1);
1074            Theta=PlaneAngle(2);
1075            Phi=PlaneAngle(3);
1076            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1077                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1078                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1079                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1080                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER               
1081                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1082            else
1083                coord_X=coord_x;
1084                coord_Y=coord_y;
1085            end
1086           
1087            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1088            testin=ones(size(coord_X)); %default
1089            testbound=0;
1090            if testXMin
1091                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1092                testbound=1;
1093            end
1094            if testXMax
1095                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1096                testbound=1;
1097            end
1098            if testYMin
1099                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1100                testbound=1;
1101            end
1102            if testYMin
1103                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1104                testbound=1;
1105            end
1106            if testbound
1107                indcut=find(testin);
1108                if isempty(indcut)
1109                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1110                    return
1111                end
1112                for ivar=VarIndex
1113                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1114                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1115                end
1116                coord_X=coord_X(indcut);
1117                coord_Y=coord_Y(indcut);
1118                if check3D
1119                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1120                end
1121            end
1122           
1123            % different cases of projection
1124            switch ProjMode{icell}
1125                case 'projection' 
1126                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1127                    for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1128                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1129                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1130                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1131                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1132                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1133                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1134                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1135                        end
1136                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1137                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1138                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1139                            nbvar=nbvar+1;
1140                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1141                                ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1142                            end
1143                        end
1144                    end
1145                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1146                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1147                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1148                    [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);
1149                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1150                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1151                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1152                        coord_X=coord_X(indsel);
1153                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1154                    end
1155%                     testFF=0;
1156%                     nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1157                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1158                        VarName_x=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x};
1159                        VarName_y=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y};
1160                        if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1161                            FieldData.(VarName_x)=FieldData.(VarName_x)(indsel);
1162                            FieldData.(VarName_y)=FieldData.(VarName_y)(indsel);
1163                        end
1164                        %FieldVar=cat(2,FieldData.(VarName_x),FieldData.(VarName_y));
1165                        if ~isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') || ~CellInfo{icell}.CheckSub
1166                            vector_x_proj=numel(ProjData.ListVarName)+1;
1167                            vector_y_proj=numel(ProjData.ListVarName)+2;
1168                        end
1169                    end
1170                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_scalar')
1171                        VarName_scalar=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_scalar};
1172                        if isfield(CellInfo{icell},'errorflag') && ~isempty(CellInfo{icell}.errorflag)
1173                            FieldData.(VarName_scalar)=FieldData.(VarName_scalar)(indsel);
1174                        end
1175                    end
1176                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_ancillary')% do not project ancillary data with interp
1177                        FieldData=rmfield(FieldData,FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_ancillary});
1178                    end
1179                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_warnflag')% do not project ancillary data with interp
1180                        FieldData=rmfield(FieldData,FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_warnflag});
1181                    end
1182                    % interpolate and calculate field on the grid
1183                    [VarVal,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1184                   
1185                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1186                        ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1187                        ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1188                    else
1189                        VarDimName=cell(size(ListFieldProj));
1190                        for ilist=1:numel(ListFieldProj)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1191                            ListFieldProj{ilist}=regexprep(ListFieldProj{ilist},'(.+','');
1192                            if ~isempty(find(strcmp(ListFieldProj{ilist},ProjData.ListVarName)))
1193                                ListFieldProj{ilist}=[ListFieldProj{ilist} '_1'];
1194                            end                       
1195                            ProjData.(ListFieldProj{ilist})=VarVal{ilist};
1196                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1197                        end
1198                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
1199                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1200                        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1201                    end
1202            end
1203
1204            %% case of tps interpolation (applies only in interp_tps mode and for spatial derivatives)
1205        case 'tps'
1206            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1207                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1208                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1209                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1210                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1211                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
1212                end
1213                coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1214                coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1215                np_x=numel(coord_x_proj);
1216                np_y=numel(coord_y_proj);
1217                [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj');
1218                XI=XI+ObjectData.Coord(1,1);
1219                YI=YI+ObjectData.Coord(1,2);
1220                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));   
1221                ListFieldProj=(fieldnames(DataOut))';
1222                VarDimName=cell(size(ListFieldProj));
1223                for ilist=1:numel(ListFieldProj)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1224                    VarName=ListFieldProj{ilist};
1225                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1226                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1227                end
1228                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
1229                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1230                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1231            end
1232           
1233            %% case of input fields defined on a structured  grid
1234        case 'grid'         
1235            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1236            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1237            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1238            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1239            nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1240            if NbDim>=3
1241                if NbDim>3
1242                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1243                    return
1244                else
1245                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1246                        nbcolor=DimValue(3);
1247                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1248                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1249                    end
1250                end
1251            end
1252            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1253            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1254            if testangle% TODO modify name also in case of origin shift in x or y
1255                AYProjName='Y';
1256                AXProjName='X';
1257                count=0;
1258                %modify coordinate names if they are already used
1259                while ~(isempty(find(strcmp('AXName',ProjData.ListVarName),1)) && isempty(find(strcmp('AYName',ProjData.ListVarName),1)))
1260                    count=count+1;
1261                    AYProjName=[AYProjName '_' num2str(count)];
1262                    AXProjName=[AXProjName '_' num2str(count)];
1263                end
1264            else
1265                AYProjName=AYName;% (name preserved on projection)
1266                AXProjName=AXName;%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1267            end
1268            ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1269            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYProjName} {AXProjName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1270            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYProjName} {AXProjName}];
1271            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {[]} {[]}];
1272            Coord_z=[];
1273            Coord_y=[];
1274            Coord_x=[];     
1275            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1276                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1277                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1278                if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1279                    Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar});% coord values for the input field
1280                    if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1281                        DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1282                    else
1283                        DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1284                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1285                        DCoord_max=max(DCoord);
1286                        if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1287                            msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1288                            return
1289                        end
1290                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1291                    end
1292                    test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1293                else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1294                    Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1295                    DCoord_min(idim)=1;%default
1296                    Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1297                    test_direct(idim)=1;
1298                end
1299            end
1300            if isempty(DY)
1301                DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1302            end
1303            npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1304            if isempty(DX)
1305                DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1306            end
1307            npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1308            for idim=1:NbDim
1309                if test_interp(idim)
1310                    DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1311                end
1312            end
1313            Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1314            test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1315            Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1316            test_direct_x=test_direct(NbDim);
1317            DAX=DCoord_min(NbDim);
1318            DAY=DCoord_min(NbDim-1);
1319            minAX=min(Coord_x);
1320            maxAX=max(Coord_x);
1321            minAY=min(Coord_y);
1322            maxAY=max(Coord_y);
1323            xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1324            ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1325            xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1326            ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1327            if ~testXMax
1328                XMax=max(xcor_new);
1329            end
1330            if ~testXMin
1331                XMin=min(xcor_new);
1332            end
1333            if ~testYMax
1334                YMax=max(ycor_new);
1335            end
1336            if ~testYMin
1337                YMin=min(ycor_new);
1338            end
1339            DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1340            DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1341            if DX==0
1342                DX=DXinit;
1343            end
1344            if DY==0
1345                DY=DYinit;
1346            end
1347            if NbDim==3
1348                DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1349                if ~test_direct(1)
1350                    DZ=-DZ;
1351                end
1352                Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1353                test_direct_z=test_direct(1);
1354            end
1355            npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1356            npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);
1357            if test_direct_y
1358                coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1359            else
1360                coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1361            end
1362            if test_direct_x
1363                coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1364            else
1365                coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1366            end
1367            % case with no interpolation
1368            if isequal(ProjMode{icell},'projection') && (~testangle || test90y || test90x)
1369                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1370                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1371                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)]; 
1372                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1373                    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1374                    end
1375                    ProjData.(AYProjName)=FieldData.(AYName);
1376                    ProjData.(AXProjName)=FieldData.(AXName);
1377                    for ivar=VarIndex
1378                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1379                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1380                    end
1381                else
1382                    indY=NbDim-1;
1383                    if test_direct(indY)
1384                        min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1385                        max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1386                        Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1387                        Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1388                    else
1389                        min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1390                        max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1391                        Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1392                        Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1393                    end
1394                    if test_direct(NbDim)==1
1395                        min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1396                        max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1397                        Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1398                        Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1399                    else
1400                        min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1401                        max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1402                        Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1403                        Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1404                    end
1405                    min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1406                    min_indx=max(min_indx,1);                 
1407                    if test90y
1408                        ind_new=[3 2 1];
1409                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1410                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1411                        for ivar=VarIndex
1412                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1413                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1414                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1415                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1416                            eval(['ProjData.' VarName '=permute(FieldData.' VarName ',ind_new);'])% permute x and z indices for 90 degree rotation
1417                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(ProjData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1418                        end
1419                        eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1420                        eval(['ProjData.' AXProjName '=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1421                    else
1422                        if NbDim==3
1423                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1424                            DimValue(1)=[];
1425                            if test_direct(1)
1426                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1427                            else
1428                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1429                            end
1430                        end
1431                        max_indy=min(max_indy,DimValue(1));%introduce bounds in y and x indices
1432                        max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1433                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1434                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1435                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1436                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1437                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1438                                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1439                            end
1440                            if NbDim==3
1441                                eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1442                            else
1443                                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1444                            end
1445                        end
1446                        eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1447                        eval(['ProjData.' AXProjName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1448                    end
1449                end
1450            else       % case with rotation and/or interpolation
1451                if NbDim==2 %2D case
1452                    [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1453                    XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1454                    YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1455                    XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1456                    YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1457                    XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1458                    YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1459                    flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1460                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1461                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1462                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1463                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1464                        test_interp_tps=1;
1465                    else
1466                        test_interp_tps=0;
1467                    end
1468                    eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1469                    eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1470                    for ivar=VarIndex
1471                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1472                        if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid
1473                            eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1474                        end
1475                        eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line
1476                        %ind_in=find(flagin);
1477                        ind_out=find(~flagin);
1478                        ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1479                        ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1480                        vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1481                        for icolor=1:nbcolor
1482                            vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1483                        end
1484                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1485                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1486                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1487                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1488                        end
1489                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1490                    end
1491                    ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antï¿œrieur
1492                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1493                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1494                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1495                elseif ~testangle
1496                    % unstructured z coordinate
1497                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1498                    iz_sup=find(test_sup);
1499                    iz=iz_sup(1);
1500                    if iz>=1 & iz<=npz
1501                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1502                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1503                        for ivar=VarIndex
1504                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1505                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1506                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1507                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1508                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1509                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1510                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1511                            end
1512                        end
1513                    end
1514                else
1515                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1516                    %TODO: use interp_lin3
1517                    return
1518                end
1519            end
1520    end
1521   
1522    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1523    if testangle && length(ivar_U)==1
1524        if isempty(ivar_V)
1525            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1526            return
1527        end
1528        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1529        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};
1530        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1531        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1532        if ~isempty(ivar_W)
1533            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1534            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1535            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1536        end
1537        if ~isequal(Psi,0)
1538            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1539            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1540        end
1541    end
1542end
1543
1544% %prepare substraction in case of two input fields
1545% SubData.ListVarName={};
1546% SubData.VarDimName={};
1547% SubData.VarAttribute={};
1548% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1549% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1550%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1551%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1552%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1553%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1554%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1555%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1556%         check_remove(iproj)=1;       
1557%     end
1558% end
1559% if ~isempty(find(check_remove))
1560%     ind_remove=find(check_remove);
1561%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1562%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1563%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1564%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1565% end   
1566
1567%-----------------------------------------------------------------
1568%projection in a volume
1569 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1570%-----------------------------------------------------------------
1571ProjData=FieldData;%default output
1572
1573%% axis origin
1574if isempty(ObjectData.Coord)
1575    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1576    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1577    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1578end
1579
1580%% rotation angles
1581VolumeAngle=[0 0 0];
1582norm_plane=[0 0 1];
1583if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1584    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1585    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1586    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1587    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1588    cos_om=cos(pi*om/180);
1589    sin_om=sin(pi*om/180);
1590    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1591    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1592    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1593    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1594    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1595end
1596testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1597
1598%% mesh sizes DX, DY, DZ
1599DX=0;
1600DY=0; %default
1601DZ=0;
1602if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1603     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1604end
1605if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1606     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1607end
1608if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1609     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1610end
1611if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1612        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1613        return
1614end
1615
1616%% extrema along each axis
1617testXMin=0;
1618testXMax=0;
1619testYMin=0;
1620testYMax=0;
1621if isfield(ObjectData,'RangeX')
1622        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1623        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1624        testXMin=XMax>XMin;
1625        testXMax=1;
1626end
1627if isfield(ObjectData,'RangeY')
1628        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1629        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1630        testYMin=YMax>YMin;
1631        testYMax=1;
1632end
1633width=0;%default width of the projection band
1634if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1635        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1636        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1637        testZMin=ZMax>ZMin;
1638        testZMax=1;
1639end
1640
1641%% initiate Matlab  structure for physical field
1642[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1643ProjData.NbDim=3;
1644ProjData.ListVarName={};
1645ProjData.VarDimName={};
1646if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1647    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1648elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1649    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1650end
1651
1652error=0;%default
1653flux=0;
1654testfalse=0;
1655ListIndex={};
1656
1657%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1658%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1659%-----------------------------------------------------------------
1660idimvar=0;
1661% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1662% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1663ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1664icoord=0;
1665nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1666nbvar=0;
1667for icell=1:length(CellVarIndex)
1668    NbDim=NbDimVec(icell);
1669    if NbDim<3
1670        continue
1671    end
1672    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1673    VarType=VarTypeCell{icell};
1674    ivar_X=VarType.coord_x;
1675    ivar_Y=VarType.coord_y;
1676    ivar_Z=VarType.coord_z;
1677    ivar_U=VarType.vector_x;
1678    ivar_V=VarType.vector_y;
1679    ivar_W=VarType.vector_z;
1680    ivar_C=VarType.scalar ;
1681    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1682    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1683    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1684    ivar_F=VarType.warnflag;
1685    ivar_FF=VarType.errorflag;
1686    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1687    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1688    if ischar(DimCell)
1689        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1690    end
1691
1692%% case of input fields with unstructured coordinates
1693    if check_unstructured_coord
1694        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1695        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1696        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1697        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1698        if length(ivar_Z)==1
1699            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1700            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1701        end
1702
1703        % translate  initial coordinates
1704        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1705        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1706        if ~isempty(ivar_Z)
1707            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1708        end
1709       
1710        % selection of the vectors in the projection range
1711%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1712%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1713%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1714%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1715%             for ivar=VarIndex
1716%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1717%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1718%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1719%             end
1720%             coord_x=coord_x(indcut);
1721%             coord_y=coord_y(indcut);
1722%             coord_z=coord_z(indcut);
1723%         end
1724
1725       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1726       if testangle
1727           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1728           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1729           if ~isempty(ivar_Z)
1730               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1731           end
1732           
1733           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1734           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1735           
1736       else
1737           coord_X=coord_x;
1738           coord_Y=coord_y;
1739           coord_Z=coord_z;
1740       end
1741        %restriction to the range of x and y if imposed
1742        testin=ones(size(coord_X)); %default
1743        testbound=0;
1744        if testXMin
1745            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1746            testbound=1;
1747        end
1748        if testXMax
1749            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1750            testbound=1;
1751        end
1752        if testYMin
1753            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1754            testbound=1;
1755        end
1756        if testYMax
1757            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1758            testbound=1;
1759        end
1760        if testbound
1761            indcut=find(testin);
1762            for ivar=VarIndex
1763                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1764                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1765            end
1766            coord_X=coord_X(indcut);
1767            coord_Y=coord_Y(indcut);
1768            if length(ivar_Z)==1
1769                coord_Z=coord_Z(indcut);
1770            end
1771        end
1772        % different cases of projection
1773        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1774            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1775                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1776                if ivar==ivar_X %x coordinate
1777                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1778                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1779                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1780                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1781                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1782                end
1783                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1784                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1785                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1786                    nbvar=nbvar+1;
1787                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1788                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1789                    end
1790                end
1791            end 
1792        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
1793            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1794            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1795            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1796            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1797            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1798            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1799            nbcoord=2; 
1800            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1801            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1802            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1803            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1804            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1805            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1806            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1807            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1808            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1809            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1810            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1811            if ~isequal(ivar_FF,0)
1812                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1813                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1814                coord_X=coord_X(indsel);
1815                coord_Y=coord_Y(indsel);
1816            end
1817            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1818            testFF=0;
1819            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1820            for ivar=VarIndex
1821                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1822                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1823                    ivar_new=ivar_new+1;
1824                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1825                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1826                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1827                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1828                    end
1829                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1830                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1831                    end
1832                    % linear interpolation
1833                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
1834                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
1835%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1836%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1837%                     indnan=find(FFlag);
1838%                     if~isempty(indnan)
1839%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1840%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1841%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1842%                         testFF=1;
1843%                     end
1844                    if ivar==ivar_U
1845                        ivar_U=ivar_new;
1846                    end
1847                    if ivar==ivar_V
1848                        ivar_V=ivar_new;
1849                    end
1850                    if ivar==ivar_W
1851                        ivar_W=ivar_new;
1852                    end
1853                end
1854            end
1855            if testFF
1856                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1857                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1858               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1859                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1860            end
1861        end
1862       
1863%% case of input fields defined on a structured  grid
1864    else
1865        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1866        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1867        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1868        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1869        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1870        if NbDim>=3
1871            if NbDim>3
1872                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1873                return
1874            else
1875                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1876                    nbcolor=DimValue(3);
1877                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1878                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1879                end
1880            end
1881        end
1882        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1883        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1884        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1885        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1886        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1887        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1888        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1889
1890%         for idim=1:length(ListDimName)
1891%             DimName=ListDimName{idim};
1892%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1893%                nbcolor=DimValue(idim);
1894%                DimValue(idim)=[];
1895%             end
1896%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1897%                 DimValue(idim)=[];
1898%             end
1899%         end 
1900        Coord_z=[];
1901        Coord_y=[];
1902        Coord_x=[];   
1903
1904        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1905            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1906            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1907            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1908                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1909                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1910                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1911                else
1912                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1913                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1914                    DCoord_max=max(DCoord);
1915                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1916                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1917                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1918                                return
1919                    end               
1920                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1921                end
1922                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1923            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1924                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1925                DCoord_min(idim)=1;%default
1926                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1927                test_direct(idim)=1;
1928            end
1929        end
1930        if DY==0
1931            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1932        end
1933        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1934        if DX==0
1935            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1936        end
1937        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1938        for idim=1:NbDim
1939            if test_interp(idim)
1940                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1941            end
1942        end       
1943        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1944        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1945        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1946        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1947        DAX=DCoord_min(NbDim);
1948        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1949        minAX=min(Coord_x);
1950        maxAX=max(Coord_x);
1951        minAY=min(Coord_y);
1952        maxAY=max(Coord_y);
1953        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1954        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1955        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1956        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1957        if ~testXMax
1958            XMax=max(xcor_new);
1959        end
1960        if ~testXMin
1961            XMin=min(xcor_new);
1962        end
1963        if ~testYMax
1964            YMax=max(ycor_new);
1965        end
1966        if ~testYMin
1967            YMin=min(ycor_new);
1968        end
1969        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1970        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1971        if DX==0
1972            DX=DXinit;
1973        end
1974        if DY==0
1975            DY=DYinit;
1976        end
1977        if NbDim==3
1978            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1979            if ~test_direct(1)
1980                DZ=-DZ;
1981            end
1982            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1983            test_direct_z=test_direct(1);
1984        end
1985        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1986        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1987        if test_direct_y
1988            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1989        else
1990            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1991        end
1992        if test_direct_x
1993            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1994        else
1995            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1996        end
1997       
1998        % case with no rotation and interpolation
1999        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2000            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2001                ProjData=FieldData;
2002            else
2003                indY=NbDim-1;
2004                if test_direct(indY)
2005                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2006                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2007                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2008                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
2009                else
2010                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2011                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2012                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2013                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2014                end   
2015                if test_direct(NbDim)==1
2016                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2017                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2018                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2019                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2020                else
2021                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2022                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2023                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2024                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2025                end
2026                if NbDim==3
2027                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2028                    DimValue(1)=[];
2029                                        %structured coordinates
2030                    if test_direct(1)
2031                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2032                    else
2033                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2034                    end
2035                end
2036                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2037                min_indx=max(min_indx,1);
2038                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2039                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2040                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2041                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2042                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2043                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2044                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2045                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2046                    end
2047                    if NbDim==3
2048                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2049                    else
2050                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2051                    end
2052                end 
2053                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2054                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2055            end
2056        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2057            if NbDim==2 %2D case
2058                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2059                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2060                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2061                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2062                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2063                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2064                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2065                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2066                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2067                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2068                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2069                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2070                    test_interp_tps=1;
2071                else
2072                    test_interp_tps=0;
2073                end
2074                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2075                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2076                for ivar=VarIndex
2077                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2078                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2079                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2080                    end
2081                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2082                    if test_interp_tps 
2083                         Aclass=class(FieldData.A);
2084                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2085                         if ~isequal(Aclass,'double')
2086                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2087                         end
2088                    end
2089                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2090                    %ind_in=find(flagin);
2091                    ind_out=find(~flagin);
2092                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2093                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2094                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2095                    for icolor=1:nbcolor
2096                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2097                    end
2098                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2099                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2100                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2101                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2102                    end     
2103                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2104                end
2105                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antï¿œrieur 
2106                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2107                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2108                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2109            else %3D case
2110                if ~testangle     
2111                    % unstructured z coordinate
2112                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2113                    iz_sup=find(test_sup);
2114                    iz=iz_sup(1);
2115                    if iz>=1 & iz<=npz
2116                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2117                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2118                        for ivar=VarIndex
2119                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2120                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2121                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2122                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2123                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2124                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2125                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2126                            end
2127                        end
2128                    end
2129                else
2130                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2131                    %TODO: use interp3
2132                    return
2133                end
2134            end
2135        end
2136    end
2137
2138    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2139    if testangle
2140        if isempty(ivar_V)
2141            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2142            return
2143        end
2144        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2145        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2146        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2147        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2148        if ~isempty(ivar_W)
2149            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2150            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2151            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2152        end
2153        if ~isequal(Psi,0)
2154            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2155            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2156        end
2157    end
2158end
2159
2160%------------------------------------------------------------------------
2161%--- transfer the global attributes
2162function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2163%------------------------------------------------------------------------
2164ProjData=[];%default
2165errormsg='';%default
2166
2167%% transfer error
2168if isfield(FieldData,'Txt')
2169    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2170    return;
2171end
2172
2173%% transfer global attributes
2174if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2175    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2176else
2177    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2178end
2179for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2180    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2181    if isfield(FieldData,AttrName)
2182        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2183    end
2184end
2185
2186%% transfer coordinate unit
2187if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2188    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2189end
2190if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2191    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2192        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2193        return
2194    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2195         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2196    end
2197end
2198
2199%% store the properties of the projection object
2200ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2201for ilist=1:length(ListObject)
2202    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2203        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2204        if ~isempty(val)
2205            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2206            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2207        end
2208    end   
2209end
2210
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.