source: trunk/src/proj_field.m @ 650

Last change on this file since 650 was 650, checked in by sommeria, 10 years ago

bugs corrected: handles.TimeName? in uvmat, 0_OAR emptied for culter computations with series.

File size: 106.2 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84ProjData=[];
85
86%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
87if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
88    return
89end
90ListProjMode={'projection','interp_lin','interp_tps'};%list of effective projection modes
91if isempty(strcmp(ObjectData.ProjMode,ListProjMode))
92    return
93end
94if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
95    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
96        ObjectData.Coord=[0 0];%default
97    else
98        return
99    end
100end
101
102%% apply projection depending on the object type
103switch ObjectData.Type
104    case 'points'
105        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
106    case {'line','polyline'}
107        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
108    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
109        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
110            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
111        else
112            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
113        end
114    case 'plane'
115        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
116    case 'volume'
117        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
118end
119
120%-----------------------------------------------------------------
121%project on a set of points
122function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
123%-------------------------------------------------------------------
124
125siz=size(ObjectData.Coord);
126width=0;
127if isfield(ObjectData,'Range')
128    width=ObjectData.Range(1,2);
129end
130if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
131    width=max(ObjectData.RangeX);
132end
133if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
134    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
135end
136if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
137    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
138end
139if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
140    if width==0
141        errormsg='projection range around points needed';
142        return
143    end
144elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
145    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
146        return
147end
148[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
149ProjData.NbDim=0;
150[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
151if ~isempty(errormsg)
152    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
153    return
154end
155%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
156for icell=1:length(CellInfo)
157    if NbDimArray(icell)<=1
158        continue %projection only for multidimensional fields
159    end
160    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
161    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
162    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
163    ivar_Z=[];
164    if NbDimArray(icell)==3
165        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
166    end
167    ivar_FF=[];
168    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
169        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
170        if numel(ivar_FF)>1
171            errormsg='multiple error flag input';
172            return
173        end
174    end   
175    % select types of  variables to be projected
176   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
177      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
178   for ilist=1:numel(ListProj)
179       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
180           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
181       end
182   end
183   VarIndex=find(check_proj);
184    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
185    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
186    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
187    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
188    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
189    for ivar=VarIndex       
190        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
191        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
192        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
193
194    end
195    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
196        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
197        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
198        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
199        if length(ivar_Z)==1
200            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
201            test3D=1;
202        end
203   
204        for ipoint=1:siz(1)
205           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
206           distX=coord_x-Xpoint(1);
207           distY=coord_y-Xpoint(2);         
208           dist=distX.*distX+distY.*distY;
209           indsel=find(dist<width*width);
210           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
211           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
212           if isequal(length(ivar_FF),1)
213               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
214               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
215               indsel=indsel(~FF);
216           end
217           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
218            for ivar=VarIndex
219               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
220               if isempty(indsel)
221                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
222               else
223                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
224                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
225                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
226                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
227                    end
228               end
229            end
230        end
231    else    %case of structured coordinates
232        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
233            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
234            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
235            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
236            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
237            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
238            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
239            npxy=size(A);         
240            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
241            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
242                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
243            end
244            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
245                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
246                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
247                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
248                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
249                if numel(Coord{idim})==2
250                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
251                else
252                    DCoord=diff(Coord{idim});
253                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
254                    DCoord_max=max(DCoord);
255                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
256                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
257                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
258                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
259                        return
260                    end
261                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
262                    test_coord(idim)=1;
263                end
264            end
265            DX=DCoord_min(2);
266            DY=DCoord_min(1);
267            for ipoint=1:siz(1)
268                xwidth=width/(abs(DX));
269                ywidth=width/(abs(DY));
270                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
271                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
272                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
273                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
274                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
275                j_min=max(1,j_min);
276                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
277                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
278                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
279                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
280                i_int=(i_min:i_plus);
281                j_int=(j_min:j_plus);
282                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
283                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
284                   for ivar=VarIndex   
285                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
286                   end
287                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
288                else
289                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
290                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
291                    for ivar=VarIndex   
292                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
293                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
294                    end
295                end
296            end
297        end
298   end
299end
300
301%-----------------------------------------------------------------
302%project in a patch
303function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
304%-------------------------------------------------------------------
305[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
306
307objectfield=fieldnames(ObjectData);
308widthx=0;
309widthy=0;
310if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
311    widthx=max(ObjectData.RangeX);
312end
313if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
314    widthy=max(ObjectData.RangeY);
315end
316
317%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
318ProjData.NbDim=1;
319ProjData.ListVarName={};
320ProjData.VarDimName={};
321ProjData.VarAttribute={};
322
323CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
324if isfield (FieldData,'VarAttribute')
325    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
326    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
327%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
328        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
329            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
330        end
331        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
332            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
333        end
334    end
335end
336
337%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
338[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
339if ~isempty(errormsg)
340    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
341    return
342end
343
344%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
345for icell=1:length(CellInfo)
346    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
347%     testY=0;
348    test_Amat=0;
349    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
350        continue
351    end
352    ivar_FF=[];
353    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
354    if testfalse
355        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
356        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
357        errorflag=FieldData.(FFName);
358    end
359    % select types of  variables to be projected
360    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
361    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
362    for ilist=1:numel(ListProj)
363        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
364            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
365        end
366    end
367    VarIndex=find(check_proj);
368   
369    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
370    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
371    ivar_Z=[];
372    if NbDim(icell)==3
373        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
374    end
375    if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')%case of unstructured coordinates
376        %nbpoint=numel(FieldData.(FieldData.ListVarName{VarIndex(1)}));
377        for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
378            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
379            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
380        end
381        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
382        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
383        coord_x=FieldData.(XName);
384        coord_y=FieldData.(YName);
385    end
386    % image or 2D matrix
387    if  strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')%case of structured coordinates
388        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
389        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
390        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
391        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
392        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
393        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
394        DimValue=size(FieldData.(VarName));
395        if length(AX)==2
396            AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
397        end
398        if length(AY)==2
399            AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
400        end
401        if length(DimValue)==3
402            testcolor=1;
403            npxy(3)=3;
404        else
405            testcolor=0;
406            npxy(3)=1;
407        end
408        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
409        npxy(1)=length(AY);
410        npxy(2)=length(AX);
411        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
412        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
413        for ivar=1:length(VarIndex)
414            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
415            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
416        end
417    end
418    %select the indices in the range of action
419    testin=[];%default
420    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
421        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
422            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
423            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
424            testin=distX<widthx & distY<widthy;
425        elseif test_Amat
426            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
427            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
428            testin=distX<widthx & distY<widthy;
429        end
430    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
431        if strcmp(CoordType,'scattered')
432            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
433        elseif strcmp(CoordType,'grid')
434            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
435        else%calculate the scalar
436            testin=[]; %A REVOIR
437        end
438    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
439        X2Max=widthx*widthx;
440        Y2Max=(widthy)*(widthy);
441        if strcmp(CoordType,'scattered')
442            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
443            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
444            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
445        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
446            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
447            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
448            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
449        end
450    end
451    %selected indices
452    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
453        testin=~testin;
454    end
455    if testfalse
456        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
457    end
458    indsel=find(testin);
459    for ivar=VarIndex
460        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
461        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each color component
462        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
463        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color component
464        if isequal(CoordMesh(ivar),0)
465            [ProjData.([VarName 'Histo']),ProjData.(VarName)]=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:,:)),100); % default histogram with 100 bins
466        else
467            ProjData.(VarName)=ProjData.([VarName 'Min'])+CoordMesh(ivar)/2:CoordMesh(ivar):ProjData.([VarName 'Max']); % list of bin values
468            ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
469        end
470        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
471        if test_Amat && testcolor
472            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
473        else
474            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
475        end
476        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
477        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
478        end
479    end
480end
481
482
483%-----------------------------------------------------------------
484%project on a line
485% AJOUTER flux,circul,error
486% OUTPUT:
487% ProjData: projected field
488%
489function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
490%-----------------------------------------------------------------
491[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
492if ~isempty(errormsg)
493    return
494end
495ProjData.NbDim=1;
496%initialisation of the input parameters and defaultoutput
497ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
498% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
499width=0;
500if isfield(ObjectData,'RangeY')
501    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
502end
503% default output
504errormsg='';%default
505Xline=[];
506flux=0;
507circul=0;
508liny=ObjectData.Coord(:,2);
509NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
510testfalse=0;
511ListIndex={};
512
513
514%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
515LineCoord=ObjectData.Coord;
516switch ObjectData.Type
517    case 'ellipse'
518        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
519        NbSegment=0;
520    case 'rectangle'
521        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
522        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
523        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
524        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
525    case 'polygon'
526        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
527end
528if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
529    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
530        return% line needs at least 2 points to be defined
531    end
532    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
533    dliny=diff(LineCoord(:,2));
534    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
535    LineLength=sum(dlength);
536    NbSegment=numel(LineLength);
537end
538CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
539
540%     x = a \ \cosh \mu \ \cos \nu
541%
542%     y = a \ \sinh \mu \ \sin \nu
543
544%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
545
546% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
547xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
548if isequal(ProjMode,'projection')
549    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
550        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
551        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
552        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
553        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
554    else
555        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
556        return
557    end
558else % need to define the set of interpolation points
559    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
560        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
561        if CheckClosedLine
562            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
563            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
564            DX_end=DX/2;
565        else
566            DX_end=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point
567        end
568        XI=[];
569        YI=[];
570        ThetaI=[];
571        dlengthI=[];
572        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
573            phi=(DX_end:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
574            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
575            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
576            dphi=2*pi*DX/LineLength;
577            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
578        else
579            for isegment=1:NbSegment
580                costheta=cos(theta(isegment));
581                sintheta=sin(theta(isegment));
582                XIsegment=(LineCoord(isegment,1)+DX_end*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
583                YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_end*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
584                XI=[XI XIsegment];
585                YI=[YI YIsegment];
586                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
587                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
588                DX_end=DX_end+DX-(dlength(isegment)-DX*(numel(XIsegment)-1));
589            end
590        end
591        Xproj=cumsum(dlengthI);
592    else
593        errormsg='mesh DX needed for interpolation';
594        return
595    end
596end
597
598
599%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
600[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
601if ~isempty(errormsg)
602    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
603    return
604end
605CellInfo=CellInfo(NbDim==2); %keep only the 2D cells
606%%%%%% TODO: treat 1D fields: project as identity so that P o P=P for projection operation
607
608%% loop on variable cells with the same space dimension 2
609ProjData.ListVarName={};
610ProjData.VarDimName={};
611for icell=1:length(CellInfo)
612    % list of variable types to be projected
613    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
614    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
615    for ilist=1:numel(ListProj)
616        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
617            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
618        end
619    end
620    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
621   
622    %% identify vector components
623    testU=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x') &&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y') ;% test for vectors
624%     if testU
625%         UName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x};
626%         VName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y};
627%         vector_x=FieldData.(UName);
628%         vector_y=FieldData.(VName);
629%     end
630    %identify error flag
631    errorflag=0; %default, no error flag
632    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
633        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
634        errorflag=FieldData.(FFName);
635    end
636    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
637    ivar_U=[];
638    ivar_V=[];
639    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
640   
641    %         circul=0;
642    %         flux=0;
643    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
644    switch CellInfo{icell}.CoordType
645        %case of unstructured coordinates
646        case 'scattered'
647            XName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
648            YName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
649            coord_x=FieldData.(XName);
650            coord_y=FieldData.(YName);
651            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
652            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
653            nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
654            ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
655            if isequal(ProjMode,'projection')
656                if width==0
657                    errormsg='range of the projection object is missing';
658                    return
659                end
660                % select the (non false) input data located in the band of projection
661                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
662                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
663                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
664                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
665                coord_x=coord_x(flagsel);
666                coord_y=coord_y(flagsel);
667                costheta=cos(theta);
668                sintheta=sin(theta);
669                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
670                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
671                ProjData.(XName)=Xproj;
672                for ivar=1:numel(VarIndex)
673                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict vrtibles to the projection band
674                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
675                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
676                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
677                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
678                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
679                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x');
680                            ivar_U=ivar;
681                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y');
682                            ivar_V=ivar;
683                        end
684                    end
685                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles with continuous lines
686                end
687            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
688                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
689                ProjData.X=Xproj;
690                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
691                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
692                for ivar=1:numel(VarAttribute)
693                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
694                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
695                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
696                            ivar_U=ivar;
697                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
698                            ivar_V=ivar;
699                        end
700                    end
701                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
702                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
703                end
704            end
705        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
706            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
707                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
708                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
709                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
710                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
711                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
712                end
713                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
714                ProjData.X=Xproj;
715%                 ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
716%                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
717                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
718                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
719                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
720                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
721                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
722                for ivar=1:numel(VarAttribute)
723                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
724                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
725                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
726                            ivar_U=ivar;
727                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
728                            ivar_V=ivar;
729                        end
730                    end
731                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
732                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
733                end
734            end
735            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
736           
737        case 'grid'   %case of structured coordinates
738            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
739                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
740            else
741                test_Amat=1;%image or 2D matrix
742                test_interp2=0;%default
743                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
744                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
745                eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
746                eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions
747                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
748                eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
749                npxy=size(A);
750                npx=npxy(2);
751                npy=npxy(1);
752                if numel(AX)==2
753                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
754                else
755                    DX_vec=diff(AX);
756                    DX=max(DX_vec);
757                    DX_min=min(DX_vec);
758                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
759                        test_interp2=1;
760                        DX=DX_min;
761                    end
762                end
763                if numel(AY)==2
764                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
765                else
766                    DY_vec=diff(AY);
767                    DY=max(DY_vec);
768                    DY_min=min(DY_vec);
769                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
770                        test_interp2=1;
771                        DY=DY_min;
772                    end
773                end
774                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
775                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
776                if isfield(ObjectData,'DX')
777                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
778                else
779                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
780                end
781                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
782                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
783                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
784                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
785                if isfield(FieldData,'RangeX')
786                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
787                else
788                    XMin=0;
789                end
790                eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
791                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
792                eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
793                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
794                eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
795                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
796                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
797                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
798                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
799                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
800                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
801                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
802                ind_in=find(flagin);
803                ind_out=find(~flagin);
804                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
805                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
806                nbcolor=1; %color images
807                if numel(npxy)==2
808                    nbcolor=1;
809                elseif length(npxy)==3
810                    nbcolor=npxy(3);
811                else
812                    errormsg='multicomponent field not projected';
813                    display(errormsg)
814                    return
815                end
816                nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
817                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
818                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
819                for ivar=VarIndex
820                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
821                    if test_interp2% interpolate on new grid
822                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI);%TO TEST
823                    end
824                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
825                    if nbcolor==1
826                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
827                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
828                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
829                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
830                    elseif nbcolor==3
831                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
832                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
833                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
834                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
835                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
836                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
837                    end
838                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
839                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
840                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
841                end
842                if nbcolor==3
843                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
844                end
845            end
846    end
847    if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
848        vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_U});
849         ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_V});
850          ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_V});
851    end
852       
853end
854
855% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
856% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
857% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
858% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
859% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
860% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
861% %     else
862% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
863% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
864% %     end
865%
866% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
867
868
869%-----------------------------------------------------------------
870%project on a plane
871% AJOUTER flux,circul,error
872function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
873%-----------------------------------------------------------------
874
875%% rotation angles
876PlaneAngle=[0 0 0];
877norm_plane=[0 0 1];
878cos_om=1;
879sin_om=0;
880test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
881test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
882if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
883    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
884    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
885    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
886    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
887    cos_om=cos(om);
888    sin_om=sin(om);
889    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
890    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
891    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
892    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
893    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
894end
895testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
896
897%% mesh sizes DX and DY
898DX=[];
899DY=[];%default
900if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
901     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
902elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
903     DX=FieldData.CoordMesh;
904end
905if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
906     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
907elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
908     DY=FieldData.CoordMesh;
909end
910if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
911        errormsg='DX or DY not defined';
912        return
913end
914
915%% extrema along each axis
916testXMin=0;
917testXMax=0;
918testYMin=0;
919testYMax=0;
920
921if isfield(ObjectData,'RangeX')
922        XMin=min(ObjectData.RangeX);
923        XMax=max(ObjectData.RangeX);
924        testXMin=XMax>XMin;
925        testXMax=1;% range restriction along X
926else
927    XMin=FieldData.XMin;%default
928XMax=FieldData.XMax;%default
929end
930if isfield(ObjectData,'RangeY')
931        YMin=min(ObjectData.RangeY);
932        YMax=max(ObjectData.RangeY);
933        testYMin=YMax>YMin;
934        testYMax=1;
935else
936    YMin=FieldData.YMin;%default
937YMax=FieldData.YMax;%default
938end
939width=0;%default width of the projection band
940if isfield(ObjectData,'RangeZ')
941        width=max(ObjectData.RangeZ);
942end
943
944%% initiate Matlab  structure for physical field
945[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
946if ~isempty(errormsg)
947    return
948end
949
950%% reproduce initial plane position and angle
951if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
952   if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
953       if ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
954           errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
955           return
956       end
957   else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
958       ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
959   end
960   if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
961       if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
962           if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
963           errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
964           return
965           end
966       else
967        ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
968       end
969    end
970end
971ProjData.NbDim=2;
972ProjData.ListVarName={};
973ProjData.VarDimName={};
974ProjData.VarAttribute={};
975if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
976    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
977elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
978    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
979end
980error=0;%default
981flux=0;
982testfalse=0;
983ListIndex={};
984
985%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
986[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
987if ~isempty(errormsg)
988    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
989    return
990end
991
992%% projection modes
993check_grid=0;
994ProjMode=cell(size(CellInfo));
995for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
996    ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;
997    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
998        switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
999            case 'interp_lin'
1000                ProjMode{icell}='interp_lin';
1001            case 'interp_tps'
1002                ProjMode{icell}='interp_tps';
1003        end
1004    end
1005    if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1006        check_grid=1;
1007    end
1008end
1009
1010%% define the new coordinates in case of interpolation on a grid
1011if check_grid% TODO: recalculate coordinates to get the bounds in the rotated coordinates
1012    ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1013    ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'}; 
1014    ProjData.VarAttribute={[],[]};
1015    ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1016    ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1017end
1018
1019%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1020% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1021% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1022ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1023% icoord=0;
1024nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1025nbvar=0;
1026vector_x_proj=[];
1027vector_y_proj=[];
1028for icell=1:length(CellInfo)
1029    NbDim=NbDimArray(icell);
1030    if NbDim<2
1031        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1032    end
1033    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1034    ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1035    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1036        ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps;
1037        ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps;
1038    elseif isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1039        ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x;
1040        ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y;
1041    end
1042    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_z')
1043        ivar_W=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_z;
1044    end
1045    %dimensions
1046    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1047    if ischar(DimCell)
1048        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1049    end
1050    coord_z=0;%default
1051
1052    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1053    switch CellInfo{icell}.CoordType
1054       
1055        %% case of input fields with unstructured coordinates
1056        case 'scattered'
1057            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1058                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1059            end
1060            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});% initial x coordinates
1061            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});% initial y coordinates
1062            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1063            if check3D
1064                coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1065            end
1066           
1067            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1068            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1069            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1070            if check3D
1071                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1072            end
1073           
1074            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1075            if check3D&&  width > 0
1076                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1077                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1078                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1079                for ivar=VarIndex
1080                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1081                    eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1082                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE
1083                end
1084                coord_x=coord_x(indcut);
1085                coord_y=coord_y(indcut);
1086                coord_z=coord_z(indcut);
1087            end
1088           
1089            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1090            Psi=PlaneAngle(1);
1091            Theta=PlaneAngle(2);
1092            Phi=PlaneAngle(3);
1093            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1094                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1095                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1096                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1097                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER               
1098                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1099            else
1100                coord_X=coord_x;
1101                coord_Y=coord_y;
1102            end
1103           
1104            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1105            testin=ones(size(coord_X)); %default
1106            testbound=0;
1107            if testXMin
1108                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1109                testbound=1;
1110            end
1111            if testXMax
1112                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1113                testbound=1;
1114            end
1115            if testYMin
1116                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1117                testbound=1;
1118            end
1119            if testYMin
1120                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1121                testbound=1;
1122            end
1123            if testbound
1124                indcut=find(testin);
1125                if isempty(indcut)
1126                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1127                    return
1128                end
1129                for ivar=VarIndex
1130                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1131                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1132                end
1133                coord_X=coord_X(indcut);
1134                coord_Y=coord_Y(indcut);
1135                if check3D
1136                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1137                end
1138            end
1139           
1140            % different cases of projection
1141            switch ProjMode{icell}
1142                case 'projection' 
1143                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1144                    for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1145                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1146                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1147                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1148                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1149                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1150                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1151                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1152                        end
1153                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1154                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1155                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1156                            nbvar=nbvar+1;
1157                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1158                                ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1159                            end
1160                        end
1161                    end
1162                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1163                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1164                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1165                    [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);
1166                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1167                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1168                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1169                        coord_X=coord_X(indsel);
1170                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1171                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1172                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1173                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1174                        end
1175                    end
1176%                     testFF=0;
1177%                     nbvar=numel(ProjData.ListVarName);                           
1178%                     if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1179%                         VarName_x=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x};
1180%                         VarName_y=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y};
1181%                         if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1182%                             FieldData.(VarName_x)=FieldData.(VarName_x)(indsel);
1183%                             FieldData.(VarName_y)=FieldData.(VarName_y)(indsel);
1184%                         end
1185%                         %FieldVar=cat(2,FieldData.(VarName_x),FieldData.(VarName_y));
1186%                         if ~isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') || ~CellInfo{icell}.CheckSub
1187%                             vector_x_proj=numel(ProjData.ListVarName)+1;
1188%                             vector_y_proj=numel(ProjData.ListVarName)+2;
1189%                         end
1190%                     end
1191%                     if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_scalar')
1192%                         VarName_scalar=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_scalar};
1193%                         if isfield(CellInfo{icell},'errorflag') && ~isempty(CellInfo{icell}.errorflag)
1194%                             FieldData.(VarName_scalar)=FieldData.(VarName_scalar)(indsel);
1195%                         end
1196%                     end
1197%                     if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_ancillary')% do not project ancillary data with interp
1198%                         FieldData=rmfield(FieldData,FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_ancillary});
1199%                     end
1200%                     if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_warnflag')% do not project ancillary data with interp
1201%                         FieldData=rmfield(FieldData,FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_warnflag});
1202%                     end
1203                    % interpolate and calculate field on the grid
1204                    [VarVal,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1205                   
1206                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1207                        ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1208                        ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1209                    else
1210                        VarDimName=cell(size(ListFieldProj));
1211                        for ilist=1:numel(ListFieldProj)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1212                            ListFieldProj{ilist}=regexprep(ListFieldProj{ilist},'(.+','');
1213                            if ~isempty(find(strcmp(ListFieldProj{ilist},ProjData.ListVarName)))
1214                                ListFieldProj{ilist}=[ListFieldProj{ilist} '_1'];
1215                            end                       
1216                            ProjData.(ListFieldProj{ilist})=VarVal{ilist};
1217                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1218                        end
1219                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
1220                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1221                        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1222                    end
1223            end
1224
1225            %% case of tps interpolation (applies only in interp_tps mode and for spatial derivatives)
1226        case 'tps'
1227            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1228                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1229                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1230                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1231                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1232                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
1233                end
1234                coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1235                coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1236                np_x=numel(coord_x_proj);
1237                np_y=numel(coord_y_proj);
1238                [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj');
1239                XI=XI+ObjectData.Coord(1,1);
1240                YI=YI+ObjectData.Coord(1,2);
1241                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));   
1242                ListFieldProj=(fieldnames(DataOut))';
1243                VarDimName=cell(size(ListFieldProj));
1244                for ilist=1:numel(ListFieldProj)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1245                    VarName=ListFieldProj{ilist};
1246                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1247                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1248                end
1249                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
1250                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1251                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1252            end
1253           
1254            %% case of input fields defined on a structured  grid
1255        case 'grid'         
1256            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1257            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1258            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1259            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1260            nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1261            if NbDim>=3
1262                if NbDim>3
1263                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1264                    return
1265                else
1266                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1267                        nbcolor=DimValue(3);
1268                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1269                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1270                    end
1271                end
1272            end
1273            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1274            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1275            if testangle% TODO modify name also in case of origin shift in x or y
1276                AYProjName='Y';
1277                AXProjName='X';
1278                count=0;
1279                %modify coordinate names if they are already used
1280                while ~(isempty(find(strcmp('AXName',ProjData.ListVarName),1)) && isempty(find(strcmp('AYName',ProjData.ListVarName),1)))
1281                    count=count+1;
1282                    AYProjName=[AYProjName '_' num2str(count)];
1283                    AXProjName=[AXProjName '_' num2str(count)];
1284                end
1285            else
1286                AYProjName=AYName;% (name preserved on projection)
1287                AXProjName=AXName;%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1288            end
1289            ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1290            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYProjName} {AXProjName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1291            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYProjName} {AXProjName}];
1292            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {[]} {[]}];
1293            Coord_z=[];
1294            Coord_y=[];
1295            Coord_x=[];     
1296            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1297                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1298                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1299                if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1300                    Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar});% coord values for the input field
1301                    if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1302                        DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1303                    else
1304                        DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1305                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1306                        DCoord_max=max(DCoord);
1307                        if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1308                            msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1309                            return
1310                        end
1311                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1312                    end
1313                    test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1314                else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1315                    Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1316                    DCoord_min(idim)=1;%default
1317                    Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1318                    test_direct(idim)=1;
1319                end
1320            end
1321            if isempty(DY)
1322                DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1323            end
1324            npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1325            if isempty(DX)
1326                DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1327            end
1328            npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1329            for idim=1:NbDim
1330                if test_interp(idim)
1331                    DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1332                end
1333            end
1334            Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1335            test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1336            Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1337            test_direct_x=test_direct(NbDim);
1338            DAX=DCoord_min(NbDim);
1339            DAY=DCoord_min(NbDim-1);
1340            minAX=min(Coord_x);
1341            maxAX=max(Coord_x);
1342            minAY=min(Coord_y);
1343            maxAY=max(Coord_y);
1344            xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1345            ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1346            xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1347            ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1348            if ~testXMax
1349                XMax=max(xcor_new);
1350            end
1351            if ~testXMin
1352                XMin=min(xcor_new);
1353            end
1354            if ~testYMax
1355                YMax=max(ycor_new);
1356            end
1357            if ~testYMin
1358                YMin=min(ycor_new);
1359            end
1360            DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1361            DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1362            if DX==0
1363                DX=DXinit;
1364            end
1365            if DY==0
1366                DY=DYinit;
1367            end
1368            if NbDim==3
1369                DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1370                if ~test_direct(1)
1371                    DZ=-DZ;
1372                end
1373                Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1374                test_direct_z=test_direct(1);
1375            end
1376            npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1377            npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);
1378            if test_direct_y
1379                coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1380            else
1381                coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1382            end
1383            if test_direct_x
1384                coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1385            else
1386                coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1387            end
1388            % case with no interpolation
1389            if isequal(ProjMode{icell},'projection') && (~testangle || test90y || test90x)
1390                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1391                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1392                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)]; 
1393                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1394                    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1395                    end
1396                    ProjData.(AYProjName)=FieldData.(AYName);
1397                    ProjData.(AXProjName)=FieldData.(AXName);
1398                    for ivar=VarIndex
1399                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1400                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1401                    end
1402                else
1403                    indY=NbDim-1;
1404                    if test_direct(indY)
1405                        min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1406                        max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1407                        Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1408                        Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1409                    else
1410                        min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1411                        max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1412                        Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1413                        Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1414                    end
1415                    if test_direct(NbDim)==1
1416                        min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1417                        max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1418                        Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1419                        Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1420                    else
1421                        min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1422                        max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1423                        Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1424                        Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1425                    end
1426                    min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1427                    min_indx=max(min_indx,1);                 
1428                    if test90y
1429                        ind_new=[3 2 1];
1430                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1431                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1432                        for ivar=VarIndex
1433                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1434                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1435                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1436                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1437                            eval(['ProjData.' VarName '=permute(FieldData.' VarName ',ind_new);'])% permute x and z indices for 90 degree rotation
1438                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(ProjData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1439                        end
1440                        eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1441                        eval(['ProjData.' AXProjName '=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1442                    else
1443                        if NbDim==3
1444                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1445                            DimValue(1)=[];
1446                            if test_direct(1)
1447                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1448                            else
1449                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1450                            end
1451                        end
1452                        max_indy=min(max_indy,DimValue(1));%introduce bounds in y and x indices
1453                        max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1454                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1455                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1456                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1457                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1458                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1459                                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1460                            end
1461                            if NbDim==3
1462                                eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1463                            else
1464                                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1465                            end
1466                        end
1467                        eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1468                        eval(['ProjData.' AXProjName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1469                    end
1470                end
1471            else       % case with rotation and/or interpolation
1472                if NbDim==2 %2D case
1473                    [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1474                    XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1475                    YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1476                    XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1477                    YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1478                    XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1479                    YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1480                    flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1481                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1482                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1483                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1484                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1485                        test_interp_tps=1;
1486                    else
1487                        test_interp_tps=0;
1488                    end
1489                    eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1490                    eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1491                    for ivar=VarIndex
1492                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1493                        if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid
1494                            eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1495                        end
1496                        eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line
1497                        %ind_in=find(flagin);
1498                        ind_out=find(~flagin);
1499                        ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1500                        ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1501                        vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1502                        for icolor=1:nbcolor
1503                            vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1504                        end
1505                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1506                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1507                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1508                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1509                        end
1510                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1511                    end
1512                    ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antï¿œrieur
1513                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1514                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1515                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1516                elseif ~testangle
1517                    % unstructured z coordinate
1518                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1519                    iz_sup=find(test_sup);
1520                    iz=iz_sup(1);
1521                    if iz>=1 & iz<=npz
1522                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1523                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1524                        for ivar=VarIndex
1525                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1526                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1527                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1528                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1529                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1530                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1531                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1532                            end
1533                        end
1534                    end
1535                else
1536                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1537                    %TODO: use interp_lin3
1538                    return
1539                end
1540            end
1541    end
1542   
1543    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1544    if testangle && length(ivar_U)==1
1545        if isempty(ivar_V)
1546            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1547            return
1548        end
1549        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1550        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};
1551        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1552        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1553        if ~isempty(ivar_W)
1554            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1555            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1556            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1557        end
1558        if ~isequal(Psi,0)
1559            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1560            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1561        end
1562    end
1563end
1564
1565% %prepare substraction in case of two input fields
1566% SubData.ListVarName={};
1567% SubData.VarDimName={};
1568% SubData.VarAttribute={};
1569% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1570% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1571%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1572%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1573%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1574%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1575%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1576%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1577%         check_remove(iproj)=1;       
1578%     end
1579% end
1580% if ~isempty(find(check_remove))
1581%     ind_remove=find(check_remove);
1582%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1583%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1584%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1585%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1586% end   
1587
1588%-----------------------------------------------------------------
1589%projection in a volume
1590 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1591%-----------------------------------------------------------------
1592ProjData=FieldData;%default output
1593
1594%% axis origin
1595if isempty(ObjectData.Coord)
1596    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1597    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1598    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1599end
1600
1601%% rotation angles
1602VolumeAngle=[0 0 0];
1603norm_plane=[0 0 1];
1604if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1605    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1606    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1607    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1608    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1609    cos_om=cos(pi*om/180);
1610    sin_om=sin(pi*om/180);
1611    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1612    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1613    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1614    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1615    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1616end
1617testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1618
1619%% mesh sizes DX, DY, DZ
1620DX=0;
1621DY=0; %default
1622DZ=0;
1623if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1624     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1625end
1626if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1627     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1628end
1629if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1630     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1631end
1632if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1633        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1634        return
1635end
1636
1637%% extrema along each axis
1638testXMin=0;
1639testXMax=0;
1640testYMin=0;
1641testYMax=0;
1642if isfield(ObjectData,'RangeX')
1643        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1644        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1645        testXMin=XMax>XMin;
1646        testXMax=1;
1647end
1648if isfield(ObjectData,'RangeY')
1649        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1650        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1651        testYMin=YMax>YMin;
1652        testYMax=1;
1653end
1654width=0;%default width of the projection band
1655if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1656        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1657        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1658        testZMin=ZMax>ZMin;
1659        testZMax=1;
1660end
1661
1662%% initiate Matlab  structure for physical field
1663[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1664ProjData.NbDim=3;
1665ProjData.ListVarName={};
1666ProjData.VarDimName={};
1667if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1668    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1669elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1670    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1671end
1672
1673error=0;%default
1674flux=0;
1675testfalse=0;
1676ListIndex={};
1677
1678%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1679%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1680%-----------------------------------------------------------------
1681idimvar=0;
1682% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1683% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1684ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1685icoord=0;
1686nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1687nbvar=0;
1688for icell=1:length(CellVarIndex)
1689    NbDim=NbDimVec(icell);
1690    if NbDim<3
1691        continue
1692    end
1693    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1694    VarType=VarTypeCell{icell};
1695    ivar_X=VarType.coord_x;
1696    ivar_Y=VarType.coord_y;
1697    ivar_Z=VarType.coord_z;
1698    ivar_U=VarType.vector_x;
1699    ivar_V=VarType.vector_y;
1700    ivar_W=VarType.vector_z;
1701    ivar_C=VarType.scalar ;
1702    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1703    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1704    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1705    ivar_F=VarType.warnflag;
1706    ivar_FF=VarType.errorflag;
1707    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1708    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1709    if ischar(DimCell)
1710        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1711    end
1712
1713%% case of input fields with unstructured coordinates
1714    if check_unstructured_coord
1715        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1716        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1717        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1718        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1719        if length(ivar_Z)==1
1720            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1721            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1722        end
1723
1724        % translate  initial coordinates
1725        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1726        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1727        if ~isempty(ivar_Z)
1728            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1729        end
1730       
1731        % selection of the vectors in the projection range
1732%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1733%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1734%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1735%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1736%             for ivar=VarIndex
1737%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1738%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1739%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1740%             end
1741%             coord_x=coord_x(indcut);
1742%             coord_y=coord_y(indcut);
1743%             coord_z=coord_z(indcut);
1744%         end
1745
1746       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1747       if testangle
1748           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1749           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1750           if ~isempty(ivar_Z)
1751               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1752           end
1753           
1754           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1755           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1756           
1757       else
1758           coord_X=coord_x;
1759           coord_Y=coord_y;
1760           coord_Z=coord_z;
1761       end
1762        %restriction to the range of x and y if imposed
1763        testin=ones(size(coord_X)); %default
1764        testbound=0;
1765        if testXMin
1766            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1767            testbound=1;
1768        end
1769        if testXMax
1770            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1771            testbound=1;
1772        end
1773        if testYMin
1774            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1775            testbound=1;
1776        end
1777        if testYMax
1778            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1779            testbound=1;
1780        end
1781        if testbound
1782            indcut=find(testin);
1783            for ivar=VarIndex
1784                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1785                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1786            end
1787            coord_X=coord_X(indcut);
1788            coord_Y=coord_Y(indcut);
1789            if length(ivar_Z)==1
1790                coord_Z=coord_Z(indcut);
1791            end
1792        end
1793        % different cases of projection
1794        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1795            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1796                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1797                if ivar==ivar_X %x coordinate
1798                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1799                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1800                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1801                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1802                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1803                end
1804                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1805                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1806                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1807                    nbvar=nbvar+1;
1808                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1809                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1810                    end
1811                end
1812            end 
1813        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
1814            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1815            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1816            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1817            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1818            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1819            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1820            nbcoord=2; 
1821            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1822            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1823            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1824            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1825            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1826            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1827            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1828            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1829            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1830            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1831            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1832            if ~isequal(ivar_FF,0)
1833                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1834                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1835                coord_X=coord_X(indsel);
1836                coord_Y=coord_Y(indsel);
1837            end
1838            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1839            testFF=0;
1840            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1841            for ivar=VarIndex
1842                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1843                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1844                    ivar_new=ivar_new+1;
1845                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1846                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1847                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1848                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1849                    end
1850                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1851                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1852                    end
1853                    % linear interpolation
1854                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
1855                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
1856%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1857%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1858%                     indnan=find(FFlag);
1859%                     if~isempty(indnan)
1860%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1861%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1862%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1863%                         testFF=1;
1864%                     end
1865                    if ivar==ivar_U
1866                        ivar_U=ivar_new;
1867                    end
1868                    if ivar==ivar_V
1869                        ivar_V=ivar_new;
1870                    end
1871                    if ivar==ivar_W
1872                        ivar_W=ivar_new;
1873                    end
1874                end
1875            end
1876            if testFF
1877                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1878                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1879               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1880                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1881            end
1882        end
1883       
1884%% case of input fields defined on a structured  grid
1885    else
1886        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1887        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1888        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1889        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1890        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1891        if NbDim>=3
1892            if NbDim>3
1893                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1894                return
1895            else
1896                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1897                    nbcolor=DimValue(3);
1898                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1899                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1900                end
1901            end
1902        end
1903        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1904        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1905        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1906        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1907        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1908        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1909        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1910
1911%         for idim=1:length(ListDimName)
1912%             DimName=ListDimName{idim};
1913%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1914%                nbcolor=DimValue(idim);
1915%                DimValue(idim)=[];
1916%             end
1917%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1918%                 DimValue(idim)=[];
1919%             end
1920%         end 
1921        Coord_z=[];
1922        Coord_y=[];
1923        Coord_x=[];   
1924
1925        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1926            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1927            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1928            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1929                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1930                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1931                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1932                else
1933                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1934                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1935                    DCoord_max=max(DCoord);
1936                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1937                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1938                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1939                                return
1940                    end               
1941                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1942                end
1943                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1944            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1945                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1946                DCoord_min(idim)=1;%default
1947                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1948                test_direct(idim)=1;
1949            end
1950        end
1951        if DY==0
1952            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1953        end
1954        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1955        if DX==0
1956            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1957        end
1958        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1959        for idim=1:NbDim
1960            if test_interp(idim)
1961                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1962            end
1963        end       
1964        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1965        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1966        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1967        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1968        DAX=DCoord_min(NbDim);
1969        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1970        minAX=min(Coord_x);
1971        maxAX=max(Coord_x);
1972        minAY=min(Coord_y);
1973        maxAY=max(Coord_y);
1974        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1975        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1976        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1977        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1978        if ~testXMax
1979            XMax=max(xcor_new);
1980        end
1981        if ~testXMin
1982            XMin=min(xcor_new);
1983        end
1984        if ~testYMax
1985            YMax=max(ycor_new);
1986        end
1987        if ~testYMin
1988            YMin=min(ycor_new);
1989        end
1990        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1991        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1992        if DX==0
1993            DX=DXinit;
1994        end
1995        if DY==0
1996            DY=DYinit;
1997        end
1998        if NbDim==3
1999            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2000            if ~test_direct(1)
2001                DZ=-DZ;
2002            end
2003            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2004            test_direct_z=test_direct(1);
2005        end
2006        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2007        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2008        if test_direct_y
2009            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2010        else
2011            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2012        end
2013        if test_direct_x
2014            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2015        else
2016            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2017        end
2018       
2019        % case with no rotation and interpolation
2020        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2021            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2022                ProjData=FieldData;
2023            else
2024                indY=NbDim-1;
2025                if test_direct(indY)
2026                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2027                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2028                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2029                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
2030                else
2031                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2032                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2033                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2034                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2035                end   
2036                if test_direct(NbDim)==1
2037                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2038                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2039                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2040                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2041                else
2042                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2043                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2044                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2045                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2046                end
2047                if NbDim==3
2048                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2049                    DimValue(1)=[];
2050                                        %structured coordinates
2051                    if test_direct(1)
2052                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2053                    else
2054                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2055                    end
2056                end
2057                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2058                min_indx=max(min_indx,1);
2059                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2060                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2061                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2062                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2063                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2064                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2065                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2066                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2067                    end
2068                    if NbDim==3
2069                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2070                    else
2071                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2072                    end
2073                end 
2074                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2075                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2076            end
2077        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2078            if NbDim==2 %2D case
2079                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2080                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2081                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2082                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2083                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2084                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2085                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2086                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2087                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2088                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2089                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2090                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2091                    test_interp_tps=1;
2092                else
2093                    test_interp_tps=0;
2094                end
2095                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2096                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2097                for ivar=VarIndex
2098                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2099                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2100                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2101                    end
2102                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2103                    if test_interp_tps 
2104                         Aclass=class(FieldData.A);
2105                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2106                         if ~isequal(Aclass,'double')
2107                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2108                         end
2109                    end
2110                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2111                    %ind_in=find(flagin);
2112                    ind_out=find(~flagin);
2113                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2114                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2115                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2116                    for icolor=1:nbcolor
2117                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2118                    end
2119                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2120                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2121                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2122                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2123                    end     
2124                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2125                end
2126                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antï¿œrieur 
2127                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2128                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2129                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2130            else %3D case
2131                if ~testangle     
2132                    % unstructured z coordinate
2133                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2134                    iz_sup=find(test_sup);
2135                    iz=iz_sup(1);
2136                    if iz>=1 & iz<=npz
2137                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2138                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2139                        for ivar=VarIndex
2140                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2141                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2142                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2143                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2144                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2145                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2146                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2147                            end
2148                        end
2149                    end
2150                else
2151                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2152                    %TODO: use interp3
2153                    return
2154                end
2155            end
2156        end
2157    end
2158
2159    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2160    if testangle
2161        if isempty(ivar_V)
2162            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2163            return
2164        end
2165        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2166        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2167        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2168        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2169        if ~isempty(ivar_W)
2170            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2171            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2172            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2173        end
2174        if ~isequal(Psi,0)
2175            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2176            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2177        end
2178    end
2179end
2180
2181%------------------------------------------------------------------------
2182%--- transfer the global attributes
2183function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2184%------------------------------------------------------------------------
2185ProjData=[];%default
2186errormsg='';%default
2187
2188%% transfer error
2189if isfield(FieldData,'Txt')
2190    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2191    return;
2192end
2193
2194%% transfer global attributes
2195if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2196    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2197else
2198    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2199end
2200for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2201    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2202    if isfield(FieldData,AttrName)
2203        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2204    end
2205end
2206
2207%% transfer coordinate unit
2208if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2209    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2210end
2211if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2212    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2213        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2214        return
2215    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2216         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2217    end
2218end
2219
2220%% store the properties of the projection object
2221ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2222for ilist=1:length(ListObject)
2223    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2224        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2225        if ~isempty(val)
2226            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2227            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2228        end
2229    end   
2230end
2231
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.