source: trunk/src/proj_field.m @ 651

Last change on this file since 651 was 651, checked in by sommeria, 7 years ago

various bugs corrected. Introduction of campaign lists in Open menu

File size: 104.1 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84ProjData=[];
85
86%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
87if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
88    return
89end
90ListProjMode={'projection','interp_lin','interp_tps'};%list of effective projection modes
91if isempty(strcmp(ObjectData.ProjMode,ListProjMode))
92    return
93end
94if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
95    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
96        ObjectData.Coord=[0 0];%default
97    else
98        return
99    end
100end
101
102%% apply projection depending on the object type
103switch ObjectData.Type
104    case 'points'
105        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
106    case {'line','polyline'}
107        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
108    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
109        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
110            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
111        else
112            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
113        end
114    case 'plane'
115        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
116    case 'volume'
117        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
118end
119
120%-----------------------------------------------------------------
121%project on a set of points
122function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
123%-------------------------------------------------------------------
124
125siz=size(ObjectData.Coord);
126width=0;
127if isfield(ObjectData,'Range')
128    width=ObjectData.Range(1,2);
129end
130if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
131    width=max(ObjectData.RangeX);
132end
133if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
134    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
135end
136if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
137    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
138end
139if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
140    if width==0
141        errormsg='projection range around points needed';
142        return
143    end
144elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
145    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
146        return
147end
148[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
149ProjData.NbDim=0;
150[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
151if ~isempty(errormsg)
152    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
153    return
154end
155%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
156for icell=1:length(CellInfo)
157    if NbDimArray(icell)<=1
158        continue %projection only for multidimensional fields
159    end
160    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
161    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
162    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
163    ivar_Z=[];
164    if NbDimArray(icell)==3
165        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
166    end
167    ivar_FF=[];
168    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
169        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
170        if numel(ivar_FF)>1
171            errormsg='multiple error flag input';
172            return
173        end
174    end   
175    % select types of  variables to be projected
176   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
177      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
178   for ilist=1:numel(ListProj)
179       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
180           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
181       end
182   end
183   VarIndex=find(check_proj);
184    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
185    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
186    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
187    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
188    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
189    for ivar=VarIndex       
190        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
191        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
192        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
193
194    end
195    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
196        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
197        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
198        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
199        if length(ivar_Z)==1
200            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
201            test3D=1;
202        end
203   
204        for ipoint=1:siz(1)
205           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
206           distX=coord_x-Xpoint(1);
207           distY=coord_y-Xpoint(2);         
208           dist=distX.*distX+distY.*distY;
209           indsel=find(dist<width*width);
210           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
211           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
212           if isequal(length(ivar_FF),1)
213               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
214               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
215               indsel=indsel(~FF);
216           end
217           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
218            for ivar=VarIndex
219               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
220               if isempty(indsel)
221                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
222               else
223                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
224                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
225                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
226                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
227                    end
228               end
229            end
230        end
231    else    %case of structured coordinates
232        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
233            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
234            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
235            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
236            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
237            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
238            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
239            npxy=size(A);         
240            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
241            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
242                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
243            end
244            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
245                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
246                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
247                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
248                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
249                if numel(Coord{idim})==2
250                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
251                else
252                    DCoord=diff(Coord{idim});
253                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
254                    DCoord_max=max(DCoord);
255                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
256                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
257                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
258                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
259                        return
260                    end
261                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
262                    test_coord(idim)=1;
263                end
264            end
265            DX=DCoord_min(2);
266            DY=DCoord_min(1);
267            for ipoint=1:siz(1)
268                xwidth=width/(abs(DX));
269                ywidth=width/(abs(DY));
270                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
271                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
272                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
273                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
274                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
275                j_min=max(1,j_min);
276                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
277                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
278                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
279                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
280                i_int=(i_min:i_plus);
281                j_int=(j_min:j_plus);
282                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
283                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
284                   for ivar=VarIndex   
285                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
286                   end
287                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
288                else
289                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
290                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
291                    for ivar=VarIndex   
292                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
293                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
294                    end
295                end
296            end
297        end
298   end
299end
300
301%-----------------------------------------------------------------
302%project in a patch
303function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
304%-------------------------------------------------------------------
305[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
306
307objectfield=fieldnames(ObjectData);
308widthx=0;
309widthy=0;
310if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
311    widthx=max(ObjectData.RangeX);
312end
313if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
314    widthy=max(ObjectData.RangeY);
315end
316
317%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
318ProjData.NbDim=1;
319ProjData.ListVarName={};
320ProjData.VarDimName={};
321ProjData.VarAttribute={};
322
323CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
324if isfield (FieldData,'VarAttribute')
325    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
326    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
327%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
328        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
329            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
330        end
331        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
332            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
333        end
334    end
335end
336
337%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
338[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
339if ~isempty(errormsg)
340    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
341    return
342end
343
344%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
345for icell=1:length(CellInfo)
346    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
347%     testY=0;
348    test_Amat=0;
349    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
350        continue
351    end
352    ivar_FF=[];
353    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
354    if testfalse
355        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
356        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
357        errorflag=FieldData.(FFName);
358    end
359    % select types of  variables to be projected
360    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
361    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
362    for ilist=1:numel(ListProj)
363        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
364            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
365        end
366    end
367    VarIndex=find(check_proj);
368   
369    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
370    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
371    ivar_Z=[];
372    if NbDim(icell)==3
373        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
374    end
375    if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')%case of unstructured coordinates
376        %nbpoint=numel(FieldData.(FieldData.ListVarName{VarIndex(1)}));
377        for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
378            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
379            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
380        end
381        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
382        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
383        coord_x=FieldData.(XName);
384        coord_y=FieldData.(YName);
385    end
386    % image or 2D matrix
387    if  strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')%case of structured coordinates
388        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
389        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
390        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
391        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
392        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
393        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
394        DimValue=size(FieldData.(VarName));
395        if length(AX)==2
396            AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
397        end
398        if length(AY)==2
399            AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
400        end
401        if length(DimValue)==3
402            testcolor=1;
403            npxy(3)=3;
404        else
405            testcolor=0;
406            npxy(3)=1;
407        end
408        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
409        npxy(1)=length(AY);
410        npxy(2)=length(AX);
411        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
412        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
413        for ivar=1:length(VarIndex)
414            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
415            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
416        end
417    end
418    %select the indices in the range of action
419    testin=[];%default
420    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
421        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
422            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
423            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
424            testin=distX<widthx & distY<widthy;
425        elseif test_Amat
426            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
427            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
428            testin=distX<widthx & distY<widthy;
429        end
430    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
431        if strcmp(CoordType,'scattered')
432            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
433        elseif strcmp(CoordType,'grid')
434            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
435        else%calculate the scalar
436            testin=[]; %A REVOIR
437        end
438    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
439        X2Max=widthx*widthx;
440        Y2Max=(widthy)*(widthy);
441        if strcmp(CoordType,'scattered')
442            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
443            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
444            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
445        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
446            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
447            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
448            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
449        end
450    end
451    %selected indices
452    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
453        testin=~testin;
454    end
455    if testfalse
456        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
457    end
458    indsel=find(testin);
459    for ivar=VarIndex
460        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
461        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each color component
462        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
463        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color component
464        if isequal(CoordMesh(ivar),0)
465            [ProjData.([VarName 'Histo']),ProjData.(VarName)]=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:,:)),100); % default histogram with 100 bins
466        else
467            ProjData.(VarName)=ProjData.([VarName 'Min'])+CoordMesh(ivar)/2:CoordMesh(ivar):ProjData.([VarName 'Max']); % list of bin values
468            ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
469        end
470        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
471        if test_Amat && testcolor
472            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
473        else
474            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
475        end
476        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
477        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
478        end
479    end
480end
481
482
483%-----------------------------------------------------------------
484%project on a line
485% AJOUTER flux,circul,error
486% OUTPUT:
487% ProjData: projected field
488%
489function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
490%-----------------------------------------------------------------
491[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
492if ~isempty(errormsg)
493    return
494end
495ProjData.NbDim=1;
496%initialisation of the input parameters and defaultoutput
497ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
498% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
499width=0;
500if isfield(ObjectData,'RangeY')
501    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
502end
503% default output
504errormsg='';%default
505Xline=[];
506flux=0;
507circul=0;
508liny=ObjectData.Coord(:,2);
509NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
510testfalse=0;
511ListIndex={};
512
513
514%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
515LineCoord=ObjectData.Coord;
516switch ObjectData.Type
517    case 'ellipse'
518        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
519        NbSegment=0;
520    case 'rectangle'
521        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
522        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
523        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
524        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
525    case 'polygon'
526        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
527end
528if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
529    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
530        return% line needs at least 2 points to be defined
531    end
532    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
533    dliny=diff(LineCoord(:,2));
534    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
535    LineLength=sum(dlength);
536    NbSegment=numel(LineLength);
537end
538CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
539
540%     x = a \ \cosh \mu \ \cos \nu
541%
542%     y = a \ \sinh \mu \ \sin \nu
543
544%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
545
546% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
547xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
548if isequal(ProjMode,'projection')
549    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
550        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
551        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
552        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
553        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
554    else
555        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
556        return
557    end
558else % need to define the set of interpolation points
559    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
560        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
561        if CheckClosedLine
562            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
563            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
564            DX_end=DX/2;
565        else
566            DX_end=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point
567        end
568        XI=[];
569        YI=[];
570        ThetaI=[];
571        dlengthI=[];
572        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
573            phi=(DX_end:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
574            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
575            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
576            dphi=2*pi*DX/LineLength;
577            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
578        else
579            for isegment=1:NbSegment
580                costheta=cos(theta(isegment));
581                sintheta=sin(theta(isegment));
582                XIsegment=(LineCoord(isegment,1)+DX_end*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
583                YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_end*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
584                XI=[XI XIsegment];
585                YI=[YI YIsegment];
586                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
587                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
588                DX_end=DX_end+DX-(dlength(isegment)-DX*(numel(XIsegment)-1));
589            end
590        end
591        Xproj=cumsum(dlengthI);
592    else
593        errormsg='mesh DX needed for interpolation';
594        return
595    end
596end
597
598
599%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
600[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
601if ~isempty(errormsg)
602    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
603    return
604end
605CellInfo=CellInfo(NbDim==2); %keep only the 2D cells
606%%%%%% TODO: treat 1D fields: project as identity so that P o P=P for projection operation
607
608%% loop on variable cells with the same space dimension 2
609ProjData.ListVarName={};
610ProjData.VarDimName={};
611for icell=1:length(CellInfo)
612    % list of variable types to be projected
613    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
614    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
615    for ilist=1:numel(ListProj)
616        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
617            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
618        end
619    end
620    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
621   
622    %% identify vector components
623    testU=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x') &&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y') ;% test for vectors
624%     if testU
625%         UName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x};
626%         VName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y};
627%         vector_x=FieldData.(UName);
628%         vector_y=FieldData.(VName);
629%     end
630    %identify error flag
631    errorflag=0; %default, no error flag
632    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
633        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
634        errorflag=FieldData.(FFName);
635    end
636    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
637    ivar_U=[];
638    ivar_V=[];
639    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
640   
641    %         circul=0;
642    %         flux=0;
643    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
644    switch CellInfo{icell}.CoordType
645        %case of unstructured coordinates
646        case 'scattered'
647            XName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
648            YName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
649            coord_x=FieldData.(XName);
650            coord_y=FieldData.(YName);
651            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
652            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
653            nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
654            ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
655            if isequal(ProjMode,'projection')
656                if width==0
657                    errormsg='range of the projection object is missing';
658                    return
659                end
660                % select the (non false) input data located in the band of projection
661                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
662                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
663                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
664                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
665                coord_x=coord_x(flagsel);
666                coord_y=coord_y(flagsel);
667                costheta=cos(theta);
668                sintheta=sin(theta);
669                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
670                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
671                ProjData.(XName)=Xproj;
672                for ivar=1:numel(VarIndex)
673                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict vrtibles to the projection band
674                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
675                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
676                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
677                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
678                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
679                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x');
680                            ivar_U=ivar;
681                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y');
682                            ivar_V=ivar;
683                        end
684                    end
685                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles with continuous lines
686                end
687            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
688                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
689                ProjData.X=Xproj;
690                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
691                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
692                for ivar=1:numel(VarAttribute)
693                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
694                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
695                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
696                            ivar_U=ivar;
697                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
698                            ivar_V=ivar;
699                        end
700                    end
701                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
702                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
703                end
704            end
705        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
706            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
707                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
708                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
709                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
710                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
711                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
712                end
713                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
714                ProjData.X=Xproj;
715%                 ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
716%                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
717                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
718                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
719                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
720                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
721                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
722                for ivar=1:numel(VarAttribute)
723                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
724                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
725                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
726                            ivar_U=ivar;
727                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
728                            ivar_V=ivar;
729                        end
730                    end
731                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
732                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
733                end
734            end
735            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
736           
737        case 'grid'   %case of structured coordinates
738            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
739                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
740            else
741                test_Amat=1;%image or 2D matrix
742                test_interp2=0;%default
743                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
744                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
745                eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
746                eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions
747                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
748                eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
749                npxy=size(A);
750                npx=npxy(2);
751                npy=npxy(1);
752                if numel(AX)==2
753                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
754                else
755                    DX_vec=diff(AX);
756                    DX=max(DX_vec);
757                    DX_min=min(DX_vec);
758                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
759                        test_interp2=1;
760                        DX=DX_min;
761                    end
762                end
763                if numel(AY)==2
764                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
765                else
766                    DY_vec=diff(AY);
767                    DY=max(DY_vec);
768                    DY_min=min(DY_vec);
769                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
770                        test_interp2=1;
771                        DY=DY_min;
772                    end
773                end
774                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
775                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
776                if isfield(ObjectData,'DX')
777                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
778                else
779                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
780                end
781                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
782                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
783                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
784                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
785                if isfield(FieldData,'RangeX')
786                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
787                else
788                    XMin=0;
789                end
790                eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
791                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
792                eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
793                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
794                eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
795                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
796                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
797                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
798                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
799                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
800                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
801                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
802                ind_in=find(flagin);
803                ind_out=find(~flagin);
804                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
805                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
806                nbcolor=1; %color images
807                if numel(npxy)==2
808                    nbcolor=1;
809                elseif length(npxy)==3
810                    nbcolor=npxy(3);
811                else
812                    errormsg='multicomponent field not projected';
813                    display(errormsg)
814                    return
815                end
816                nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
817                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
818                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
819                for ivar=VarIndex
820                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
821                    if test_interp2% interpolate on new grid
822                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI);%TO TEST
823                    end
824                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
825                    if nbcolor==1
826                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
827                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
828                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
829                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
830                    elseif nbcolor==3
831                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
832                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
833                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
834                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
835                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
836                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
837                    end
838                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
839                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
840                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
841                end
842                if nbcolor==3
843                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
844                end
845            end
846    end
847    if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
848        vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_U});
849         ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_V});
850          ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_V});
851    end
852       
853end
854
855% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
856% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
857% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
858% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
859% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
860% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
861% %     else
862% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
863% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
864% %     end
865%
866% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
867
868
869%-----------------------------------------------------------------
870%project on a plane
871% AJOUTER flux,circul,error
872function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
873%-----------------------------------------------------------------
874
875%% rotation angles
876PlaneAngle=[0 0 0];
877norm_plane=[0 0 1];
878cos_om=1;
879sin_om=0;
880test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
881test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
882if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
883    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
884    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
885    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
886    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
887    cos_om=cos(om);
888    sin_om=sin(om);
889    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
890    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
891    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
892    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
893    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
894end
895testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
896
897%% mesh sizes DX and DY
898DX=[];
899DY=[];%default
900if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
901     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
902elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
903     DX=FieldData.CoordMesh;
904end
905if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
906     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
907elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
908     DY=FieldData.CoordMesh;
909end
910if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
911        errormsg='DX or DY not defined';
912        return
913end
914
915%% extrema along each axis
916testXMin=0;
917testXMax=0;
918testYMin=0;
919testYMax=0;
920
921if isfield(ObjectData,'RangeX')
922        XMin=min(ObjectData.RangeX);
923        XMax=max(ObjectData.RangeX);
924        testXMin=XMax>XMin;
925        testXMax=1;% range restriction along X
926else
927    XMin=FieldData.XMin;%default
928XMax=FieldData.XMax;%default
929end
930if isfield(ObjectData,'RangeY')
931        YMin=min(ObjectData.RangeY);
932        YMax=max(ObjectData.RangeY);
933        testYMin=YMax>YMin;
934        testYMax=1;
935else
936    YMin=FieldData.YMin;%default
937YMax=FieldData.YMax;%default
938end
939width=0;%default width of the projection band
940if isfield(ObjectData,'RangeZ')
941        width=max(ObjectData.RangeZ);
942end
943
944%% initiate Matlab  structure for physical field
945[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
946if ~isempty(errormsg)
947    return
948end
949
950%% reproduce initial plane position and angle
951if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
952   if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
953       if ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
954           errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
955           return
956       end
957   else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
958       ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
959   end
960   if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
961       if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
962           if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
963           errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
964           return
965           end
966       else
967        ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
968       end
969    end
970end
971ProjData.NbDim=2;
972ProjData.ListVarName={};
973ProjData.VarDimName={};
974ProjData.VarAttribute={};
975if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
976    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
977elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
978    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
979end
980error=0;%default
981flux=0;
982testfalse=0;
983ListIndex={};
984
985%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
986[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
987if ~isempty(errormsg)
988    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
989    return
990end
991
992%% projection modes
993check_grid=0;
994ProjMode=cell(size(CellInfo));
995for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
996    ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;
997    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
998        switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
999            case 'interp_lin'
1000                ProjMode{icell}='interp_lin';
1001            case 'interp_tps'
1002                ProjMode{icell}='interp_tps';
1003        end
1004    end
1005    if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1006        check_grid=1;
1007    end
1008end
1009
1010%% define the new coordinates in case of interpolation on a grid
1011if check_grid% TODO: recalculate coordinates to get the bounds in the rotated coordinates
1012    ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1013    ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'}; 
1014    ProjData.VarAttribute={[],[]};
1015    ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1016    ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1017end
1018
1019%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1020% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1021% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1022ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1023% icoord=0;
1024nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1025nbvar=0;
1026vector_x_proj=[];
1027vector_y_proj=[];
1028for icell=1:length(CellInfo)
1029    NbDim=NbDimArray(icell);
1030    if NbDim<2
1031        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1032    end
1033    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1034    ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1035    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1036        ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps;
1037        ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps;
1038    elseif isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1039        ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x;
1040        ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y;
1041    end
1042    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_z')
1043        ivar_W=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_z;
1044    end
1045    %dimensions
1046    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1047    if ischar(DimCell)
1048        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1049    end
1050    coord_z=0;%default
1051
1052    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1053    switch CellInfo{icell}.CoordType
1054       
1055        case 'scattered'
1056        %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1057            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1058                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1059            end
1060            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});% initial x coordinates
1061            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});% initial y coordinates
1062            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1063            if check3D
1064                coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1065            end
1066           
1067            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1068            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1069            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1070            if check3D
1071                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1072            end
1073           
1074            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1075            if check3D &&  width > 0
1076                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1077                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1078                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1079                for ivar=VarIndex
1080                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1081                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1082                end
1083                coord_x=coord_x(indcut);
1084                coord_y=coord_y(indcut);
1085                coord_z=coord_z(indcut);
1086            end
1087           
1088            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1089            Psi=PlaneAngle(1);
1090            Theta=PlaneAngle(2);
1091            Phi=PlaneAngle(3);
1092            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1093                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1094                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1095                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1096                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER               
1097                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1098            else
1099                coord_X=coord_x;
1100                coord_Y=coord_y;
1101            end
1102           
1103            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1104            testin=ones(size(coord_X)); %default
1105            testbound=0;
1106            if testXMin
1107                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1108                testbound=1;
1109            end
1110            if testXMax
1111                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1112                testbound=1;
1113            end
1114            if testYMin
1115                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1116                testbound=1;
1117            end
1118            if testYMin
1119                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1120                testbound=1;
1121            end
1122            if testbound
1123                indcut=find(testin);
1124                if isempty(indcut)
1125                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1126                    return
1127                end
1128                for ivar=VarIndex
1129                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1130                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1131                end
1132                coord_X=coord_X(indcut);
1133                coord_Y=coord_Y(indcut);
1134                if check3D
1135                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1136                end
1137            end
1138           
1139            % two cases of projection
1140            switch ProjMode{icell}
1141                case 'projection' 
1142                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1143                    for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1144                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1145                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1146                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1147                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1148                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1149                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1150                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1151                        end
1152                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1153                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1154                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1155                            nbvar=nbvar+1;
1156                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1157                                ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1158                            end
1159                        end
1160                    end
1161                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1162                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1163                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1164                    [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);
1165                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1166                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1167                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1168                        coord_X=coord_X(indsel);
1169                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1170                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1171                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1172                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1173                        end
1174                    end
1175                    % interpolate and calculate field on the grid
1176                    [VarVal,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1177                   
1178                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1179                        ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1180                        ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(ProjData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1181                    else
1182                        VarDimName=cell(size(ListFieldProj));
1183                        for ilist=1:numel(ListFieldProj)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1184                            ListFieldProj{ilist}=regexprep(ListFieldProj{ilist},'(.+','');
1185                            if ~isempty(find(strcmp(ListFieldProj{ilist},ProjData.ListVarName)))
1186                                ListFieldProj{ilist}=[ListFieldProj{ilist} '_1'];
1187                            end                       
1188                            ProjData.(ListFieldProj{ilist})=VarVal{ilist};
1189                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1190                        end
1191                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
1192                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1193                        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1194                    end
1195            end
1196
1197        case 'tps'
1198        %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1199            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1200                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1201                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1202                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1203                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1204                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
1205                end
1206                coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1207                coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1208                np_x=numel(coord_x_proj);
1209                np_y=numel(coord_y_proj);
1210                [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj');
1211                XI=XI+ObjectData.Coord(1,1);
1212                YI=YI+ObjectData.Coord(1,2);
1213                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));   
1214                ListFieldProj=(fieldnames(DataOut))';
1215                VarDimName=cell(size(ListFieldProj));
1216                for ilist=1:numel(ListFieldProj)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1217                    VarName=ListFieldProj{ilist};
1218                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1219                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1220                end
1221                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
1222                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1223                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1224            end
1225           
1226            %% case of input fields defined on a structured  grid
1227        case 'grid'         
1228            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1229            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1230            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1231            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1232            nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1233            if NbDim>=3
1234                if NbDim>3
1235                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1236                    return
1237                else
1238                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1239                        nbcolor=DimValue(3);
1240                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1241                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1242                    end
1243                end
1244            end
1245            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1246            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1247            if testangle% TODO modify name also in case of origin shift in x or y
1248                AYProjName='Y';
1249                AXProjName='X';
1250                count=0;
1251                %modify coordinate names if they are already used
1252                while ~(isempty(find(strcmp('AXName',ProjData.ListVarName),1)) && isempty(find(strcmp('AYName',ProjData.ListVarName),1)))
1253                    count=count+1;
1254                    AYProjName=[AYProjName '_' num2str(count)];
1255                    AXProjName=[AXProjName '_' num2str(count)];
1256                end
1257            else
1258                AYProjName=AYName;% (name preserved on projection)
1259                AXProjName=AXName;%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1260            end
1261            ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1262            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYProjName} {AXProjName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1263            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYProjName} {AXProjName}];
1264            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {[]} {[]}];
1265            Coord_z=[];
1266            Coord_y=[];
1267            Coord_x=[];     
1268            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1269                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1270                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1271                if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1272                    Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar});% coord values for the input field
1273                    if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1274                        DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1275                    else
1276                        DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1277                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1278                        DCoord_max=max(DCoord);
1279                        if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1280                            msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1281                            return
1282                        end
1283                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1284                    end
1285                    test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1286                else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1287                    Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1288                    DCoord_min(idim)=1;%default
1289                    Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1290                    test_direct(idim)=1;
1291                end
1292            end
1293            if isempty(DY)
1294                DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1295            end
1296            npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1297            if isempty(DX)
1298                DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1299            end
1300            npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1301            for idim=1:NbDim
1302                if test_interp(idim)
1303                    DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1304                end
1305            end
1306            Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1307            test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1308            Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1309            test_direct_x=test_direct(NbDim);
1310            DAX=DCoord_min(NbDim);
1311            DAY=DCoord_min(NbDim-1);
1312            minAX=min(Coord_x);
1313            maxAX=max(Coord_x);
1314            minAY=min(Coord_y);
1315            maxAY=max(Coord_y);
1316            xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1317            ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1318            xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1319            ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1320            if ~testXMax
1321                XMax=max(xcor_new);
1322            end
1323            if ~testXMin
1324                XMin=min(xcor_new);
1325            end
1326            if ~testYMax
1327                YMax=max(ycor_new);
1328            end
1329            if ~testYMin
1330                YMin=min(ycor_new);
1331            end
1332            DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1333            DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1334            if DX==0
1335                DX=DXinit;
1336            end
1337            if DY==0
1338                DY=DYinit;
1339            end
1340            if NbDim==3
1341                DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1342                if ~test_direct(1)
1343                    DZ=-DZ;
1344                end
1345                Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1346                test_direct_z=test_direct(1);
1347            end
1348            npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1349            npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);
1350            if test_direct_y
1351                coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1352            else
1353                coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1354            end
1355            if test_direct_x
1356                coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1357            else
1358                coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1359            end
1360            % case with no interpolation
1361            if isequal(ProjMode{icell},'projection') && (~testangle || test90y || test90x)
1362                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1363                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1364                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)]; 
1365                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1366                    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1367                    end
1368                    ProjData.(AYProjName)=FieldData.(AYName);
1369                    ProjData.(AXProjName)=FieldData.(AXName);
1370                    for ivar=VarIndex
1371                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1372                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1373                    end
1374                else
1375                    indY=NbDim-1;
1376                    if test_direct(indY)
1377                        min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1378                        max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1379                        Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1380                        Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1381                    else
1382                        min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1383                        max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1384                        Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1385                        Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1386                    end
1387                    if test_direct(NbDim)==1
1388                        min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1389                        max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1390                        Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1391                        Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1392                    else
1393                        min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1394                        max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1395                        Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1396                        Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1397                    end
1398                    min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1399                    min_indx=max(min_indx,1);                 
1400                    if test90y
1401                        ind_new=[3 2 1];
1402                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1403                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1404                        for ivar=VarIndex
1405                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1406                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1407                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1408                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1409                            eval(['ProjData.' VarName '=permute(FieldData.' VarName ',ind_new);'])% permute x and z indices for 90 degree rotation
1410                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(ProjData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1411                        end
1412                        eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1413                        eval(['ProjData.' AXProjName '=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1414                    else
1415                        if NbDim==3
1416                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1417                            DimValue(1)=[];
1418                            if test_direct(1)
1419                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1420                            else
1421                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1422                            end
1423                        end
1424                        max_indy=min(max_indy,DimValue(1));%introduce bounds in y and x indices
1425                        max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1426                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1427                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1428                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1429                            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1430                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1431                                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1432                            end
1433                            if NbDim==3
1434                                eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1435                            else
1436                                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1437                            end
1438                        end
1439                        eval(['ProjData.' AYProjName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1440                        eval(['ProjData.' AXProjName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1441                    end
1442                end
1443            else       % case with rotation and/or interpolation
1444                if NbDim==2 %2D case
1445                    [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1446                    XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1447                    YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1448                    XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1449                    YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1450                    XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1451                    YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1452                    flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1453                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1454                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1455                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1456                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1457                        test_interp_tps=1;
1458                    else
1459                        test_interp_tps=0;
1460                    end
1461                    eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1462                    eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1463                    for ivar=VarIndex
1464                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1465                        if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid
1466                            eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1467                        end
1468                        eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line
1469                        %ind_in=find(flagin);
1470                        ind_out=find(~flagin);
1471                        ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1472                        ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1473                        vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1474                        for icolor=1:nbcolor
1475                            vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1476                        end
1477                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1478                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1479                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1480                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1481                        end
1482                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1483                    end
1484                    ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antï¿œrieur
1485                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1486                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1487                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1488                elseif ~testangle
1489                    % unstructured z coordinate
1490                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1491                    iz_sup=find(test_sup);
1492                    iz=iz_sup(1);
1493                    if iz>=1 & iz<=npz
1494                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1495                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1496                        for ivar=VarIndex
1497                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1498                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1499                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1500                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1501                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1502                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1503                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1504                            end
1505                        end
1506                    end
1507                else
1508                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1509                    %TODO: use interp_lin3
1510                    return
1511                end
1512            end
1513    end
1514   
1515    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1516    if testangle && length(ivar_U)==1
1517        if isempty(ivar_V)
1518            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1519            return
1520        end
1521        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1522        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};
1523        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1524        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1525        if ~isempty(ivar_W)
1526            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1527            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1528            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1529        end
1530        if ~isequal(Psi,0)
1531            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1532            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1533        end
1534    end
1535end
1536
1537% %prepare substraction in case of two input fields
1538% SubData.ListVarName={};
1539% SubData.VarDimName={};
1540% SubData.VarAttribute={};
1541% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1542% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1543%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1544%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1545%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1546%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1547%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1548%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1549%         check_remove(iproj)=1;       
1550%     end
1551% end
1552% if ~isempty(find(check_remove))
1553%     ind_remove=find(check_remove);
1554%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1555%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1556%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1557%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1558% end   
1559
1560%-----------------------------------------------------------------
1561%projection in a volume
1562 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1563%-----------------------------------------------------------------
1564ProjData=FieldData;%default output
1565
1566%% axis origin
1567if isempty(ObjectData.Coord)
1568    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1569    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1570    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1571end
1572
1573%% rotation angles
1574VolumeAngle=[0 0 0];
1575norm_plane=[0 0 1];
1576if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1577    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1578    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1579    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1580    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1581    cos_om=cos(pi*om/180);
1582    sin_om=sin(pi*om/180);
1583    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1584    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1585    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1586    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1587    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1588end
1589testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1590
1591%% mesh sizes DX, DY, DZ
1592DX=0;
1593DY=0; %default
1594DZ=0;
1595if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1596     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1597end
1598if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1599     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1600end
1601if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1602     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1603end
1604if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1605        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1606        return
1607end
1608
1609%% extrema along each axis
1610testXMin=0;
1611testXMax=0;
1612testYMin=0;
1613testYMax=0;
1614if isfield(ObjectData,'RangeX')
1615        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1616        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1617        testXMin=XMax>XMin;
1618        testXMax=1;
1619end
1620if isfield(ObjectData,'RangeY')
1621        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1622        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1623        testYMin=YMax>YMin;
1624        testYMax=1;
1625end
1626width=0;%default width of the projection band
1627if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1628        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1629        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1630        testZMin=ZMax>ZMin;
1631        testZMax=1;
1632end
1633
1634%% initiate Matlab  structure for physical field
1635[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1636ProjData.NbDim=3;
1637ProjData.ListVarName={};
1638ProjData.VarDimName={};
1639if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1640    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1641elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1642    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1643end
1644
1645error=0;%default
1646flux=0;
1647testfalse=0;
1648ListIndex={};
1649
1650%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1651%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1652%-----------------------------------------------------------------
1653idimvar=0;
1654% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1655% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1656ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1657icoord=0;
1658nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1659nbvar=0;
1660for icell=1:length(CellVarIndex)
1661    NbDim=NbDimVec(icell);
1662    if NbDim<3
1663        continue
1664    end
1665    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1666    VarType=VarTypeCell{icell};
1667    ivar_X=VarType.coord_x;
1668    ivar_Y=VarType.coord_y;
1669    ivar_Z=VarType.coord_z;
1670    ivar_U=VarType.vector_x;
1671    ivar_V=VarType.vector_y;
1672    ivar_W=VarType.vector_z;
1673    ivar_C=VarType.scalar ;
1674    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1675    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1676    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1677    ivar_F=VarType.warnflag;
1678    ivar_FF=VarType.errorflag;
1679    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1680    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1681    if ischar(DimCell)
1682        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1683    end
1684
1685%% case of input fields with unstructured coordinates
1686    if check_unstructured_coord
1687        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1688        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1689        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1690        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1691        if length(ivar_Z)==1
1692            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1693            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1694        end
1695
1696        % translate  initial coordinates
1697        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1698        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1699        if ~isempty(ivar_Z)
1700            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1701        end
1702       
1703        % selection of the vectors in the projection range
1704%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1705%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1706%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1707%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1708%             for ivar=VarIndex
1709%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1710%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1711%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1712%             end
1713%             coord_x=coord_x(indcut);
1714%             coord_y=coord_y(indcut);
1715%             coord_z=coord_z(indcut);
1716%         end
1717
1718       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1719       if testangle
1720           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1721           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1722           if ~isempty(ivar_Z)
1723               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1724           end
1725           
1726           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1727           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1728           
1729       else
1730           coord_X=coord_x;
1731           coord_Y=coord_y;
1732           coord_Z=coord_z;
1733       end
1734        %restriction to the range of x and y if imposed
1735        testin=ones(size(coord_X)); %default
1736        testbound=0;
1737        if testXMin
1738            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1739            testbound=1;
1740        end
1741        if testXMax
1742            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1743            testbound=1;
1744        end
1745        if testYMin
1746            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1747            testbound=1;
1748        end
1749        if testYMax
1750            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1751            testbound=1;
1752        end
1753        if testbound
1754            indcut=find(testin);
1755            for ivar=VarIndex
1756                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1757                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1758            end
1759            coord_X=coord_X(indcut);
1760            coord_Y=coord_Y(indcut);
1761            if length(ivar_Z)==1
1762                coord_Z=coord_Z(indcut);
1763            end
1764        end
1765        % different cases of projection
1766        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1767            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1768                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1769                if ivar==ivar_X %x coordinate
1770                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1771                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1772                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1773                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1774                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1775                end
1776                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1777                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1778                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1779                    nbvar=nbvar+1;
1780                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1781                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1782                    end
1783                end
1784            end 
1785        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
1786            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1787            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1788            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1789            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1790            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1791            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1792            nbcoord=2; 
1793            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1794            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1795            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1796            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1797            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1798            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1799            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1800            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1801            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1802            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1803            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1804            if ~isequal(ivar_FF,0)
1805                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1806                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1807                coord_X=coord_X(indsel);
1808                coord_Y=coord_Y(indsel);
1809            end
1810            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1811            testFF=0;
1812            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1813            for ivar=VarIndex
1814                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1815                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1816                    ivar_new=ivar_new+1;
1817                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1818                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1819                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1820                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1821                    end
1822                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1823                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1824                    end
1825                    % linear interpolation
1826                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
1827                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
1828%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1829%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1830%                     indnan=find(FFlag);
1831%                     if~isempty(indnan)
1832%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1833%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1834%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1835%                         testFF=1;
1836%                     end
1837                    if ivar==ivar_U
1838                        ivar_U=ivar_new;
1839                    end
1840                    if ivar==ivar_V
1841                        ivar_V=ivar_new;
1842                    end
1843                    if ivar==ivar_W
1844                        ivar_W=ivar_new;
1845                    end
1846                end
1847            end
1848            if testFF
1849                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1850                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1851               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1852                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1853            end
1854        end
1855       
1856%% case of input fields defined on a structured  grid
1857    else
1858        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1859        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1860        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1861        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1862        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1863        if NbDim>=3
1864            if NbDim>3
1865                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1866                return
1867            else
1868                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1869                    nbcolor=DimValue(3);
1870                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1871                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1872                end
1873            end
1874        end
1875        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1876        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1877        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1878        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1879        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1880        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1881        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1882
1883%         for idim=1:length(ListDimName)
1884%             DimName=ListDimName{idim};
1885%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1886%                nbcolor=DimValue(idim);
1887%                DimValue(idim)=[];
1888%             end
1889%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1890%                 DimValue(idim)=[];
1891%             end
1892%         end 
1893        Coord_z=[];
1894        Coord_y=[];
1895        Coord_x=[];   
1896
1897        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1898            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1899            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1900            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1901                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1902                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1903                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1904                else
1905                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1906                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1907                    DCoord_max=max(DCoord);
1908                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1909                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1910                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1911                                return
1912                    end               
1913                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1914                end
1915                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1916            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1917                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1918                DCoord_min(idim)=1;%default
1919                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1920                test_direct(idim)=1;
1921            end
1922        end
1923        if DY==0
1924            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1925        end
1926        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1927        if DX==0
1928            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1929        end
1930        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1931        for idim=1:NbDim
1932            if test_interp(idim)
1933                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1934            end
1935        end       
1936        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1937        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1938        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1939        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1940        DAX=DCoord_min(NbDim);
1941        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1942        minAX=min(Coord_x);
1943        maxAX=max(Coord_x);
1944        minAY=min(Coord_y);
1945        maxAY=max(Coord_y);
1946        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1947        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1948        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1949        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1950        if ~testXMax
1951            XMax=max(xcor_new);
1952        end
1953        if ~testXMin
1954            XMin=min(xcor_new);
1955        end
1956        if ~testYMax
1957            YMax=max(ycor_new);
1958        end
1959        if ~testYMin
1960            YMin=min(ycor_new);
1961        end
1962        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1963        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1964        if DX==0
1965            DX=DXinit;
1966        end
1967        if DY==0
1968            DY=DYinit;
1969        end
1970        if NbDim==3
1971            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1972            if ~test_direct(1)
1973                DZ=-DZ;
1974            end
1975            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1976            test_direct_z=test_direct(1);
1977        end
1978        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1979        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1980        if test_direct_y
1981            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1982        else
1983            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1984        end
1985        if test_direct_x
1986            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1987        else
1988            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1989        end
1990       
1991        % case with no rotation and interpolation
1992        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1993            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
1994                ProjData=FieldData;
1995            else
1996                indY=NbDim-1;
1997                if test_direct(indY)
1998                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1999                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2000                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2001                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
2002                else
2003                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2004                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2005                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2006                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2007                end   
2008                if test_direct(NbDim)==1
2009                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2010                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2011                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2012                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2013                else
2014                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2015                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2016                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2017                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2018                end
2019                if NbDim==3
2020                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2021                    DimValue(1)=[];
2022                                        %structured coordinates
2023                    if test_direct(1)
2024                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2025                    else
2026                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2027                    end
2028                end
2029                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2030                min_indx=max(min_indx,1);
2031                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2032                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2033                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2034                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2035                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2036                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2037                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2038                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2039                    end
2040                    if NbDim==3
2041                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2042                    else
2043                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2044                    end
2045                end 
2046                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2047                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2048            end
2049        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2050            if NbDim==2 %2D case
2051                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2052                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2053                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2054                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2055                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2056                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2057                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2058                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2059                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2060                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2061                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2062                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2063                    test_interp_tps=1;
2064                else
2065                    test_interp_tps=0;
2066                end
2067                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2068                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2069                for ivar=VarIndex
2070                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2071                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2072                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2073                    end
2074                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2075                    if test_interp_tps 
2076                         Aclass=class(FieldData.A);
2077                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2078                         if ~isequal(Aclass,'double')
2079                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2080                         end
2081                    end
2082                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2083                    %ind_in=find(flagin);
2084                    ind_out=find(~flagin);
2085                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2086                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2087                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2088                    for icolor=1:nbcolor
2089                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2090                    end
2091                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2092                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2093                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2094                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2095                    end     
2096                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2097                end
2098                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antï¿œrieur 
2099                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2100                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2101                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2102            else %3D case
2103                if ~testangle     
2104                    % unstructured z coordinate
2105                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2106                    iz_sup=find(test_sup);
2107                    iz=iz_sup(1);
2108                    if iz>=1 & iz<=npz
2109                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2110                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2111                        for ivar=VarIndex
2112                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2113                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2114                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2115                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2116                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2117                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2118                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2119                            end
2120                        end
2121                    end
2122                else
2123                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2124                    %TODO: use interp3
2125                    return
2126                end
2127            end
2128        end
2129    end
2130
2131    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2132    if testangle
2133        if isempty(ivar_V)
2134            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2135            return
2136        end
2137        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2138        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2139        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2140        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2141        if ~isempty(ivar_W)
2142            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2143            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2144            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2145        end
2146        if ~isequal(Psi,0)
2147            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2148            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2149        end
2150    end
2151end
2152
2153%------------------------------------------------------------------------
2154%--- transfer the global attributes
2155function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2156%------------------------------------------------------------------------
2157ProjData=[];%default
2158errormsg='';%default
2159
2160%% transfer error
2161if isfield(FieldData,'Txt')
2162    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2163    return;
2164end
2165
2166%% transfer global attributes
2167if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2168    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2169else
2170    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2171end
2172for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2173    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2174    if isfield(FieldData,AttrName)
2175        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2176    end
2177end
2178
2179%% transfer coordinate unit
2180if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2181    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2182end
2183if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2184    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2185        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2186        return
2187    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2188         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2189    end
2190end
2191
2192%% store the properties of the projection object
2193ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2194for ilist=1:length(ListObject)
2195    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2196        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2197        if ~isempty(val)
2198            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2199            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2200        end
2201    end   
2202end
2203
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.