source: trunk/src/proj_field.m @ 660

Last change on this file since 660 was 655, checked in by sommeria, 8 years ago

various bugs corrected

File size: 109.6 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84ProjData=[];
85
86%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
87if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
88    return
89end
90ListProjMode={'projection','interp_lin','interp_tps','inside','outside'};%list of effective projection modes
91if isempty(find(strcmp(ObjectData.ProjMode,ListProjMode), 1))% no projection in case
92    return
93end
94if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
95    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
96        ObjectData.Coord=[0 0];%default
97    else
98        return
99    end
100end
101
102%% apply projection depending on the object type
103switch ObjectData.Type
104    case 'points'
105        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
106    case {'line','polyline'}
107        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
108    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
109        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
110            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
111        else
112            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
113        end
114    case 'plane'
115        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
116    case 'volume'
117        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
118end
119
120%-----------------------------------------------------------------
121%project on a set of points
122function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
123%-------------------------------------------------------------------
124
125siz=size(ObjectData.Coord);
126width=0;
127if isfield(ObjectData,'Range')
128    width=ObjectData.Range(1,2);
129end
130if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
131    width=max(ObjectData.RangeX);
132end
133if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
134    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
135end
136if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
137    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
138end
139if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
140    if width==0
141        errormsg='projection range around points needed';
142        return
143    end
144elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
145    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
146        return
147end
148[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
149ProjData.NbDim=0;
150[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
151if ~isempty(errormsg)
152    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
153    return
154end
155%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
156for icell=1:length(CellInfo)
157    if NbDimArray(icell)<=1
158        continue %projection only for multidimensional fields
159    end
160    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
161    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
162    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
163    ivar_Z=[];
164    if NbDimArray(icell)==3
165        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
166    end
167    ivar_FF=[];
168    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
169        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
170        if numel(ivar_FF)>1
171            errormsg='multiple error flag input';
172            return
173        end
174    end   
175    % select types of  variables to be projected
176   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
177      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
178   for ilist=1:numel(ListProj)
179       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
180           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
181       end
182   end
183   VarIndex=find(check_proj);
184    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
185    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
186    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
187    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
188    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
189    for ivar=VarIndex       
190        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
191        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
192        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
193
194    end
195    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
196        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
197        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
198        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
199        if length(ivar_Z)==1
200            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
201            test3D=1;
202        end
203   
204        for ipoint=1:siz(1)
205           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
206           distX=coord_x-Xpoint(1);
207           distY=coord_y-Xpoint(2);         
208           dist=distX.*distX+distY.*distY;
209           indsel=find(dist<width*width);
210           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
211           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
212           if isequal(length(ivar_FF),1)
213               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
214               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
215               indsel=indsel(~FF);
216           end
217           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
218            for ivar=VarIndex
219               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
220               if isempty(indsel)
221                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
222               else
223                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
224                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
225                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
226                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
227                    end
228               end
229            end
230        end
231    else    %case of structured coordinates
232        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
233            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
234            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
235            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
236            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
237            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
238            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
239            npxy=size(A);         
240            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
241            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
242                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
243            end
244            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
245                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
246                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
247                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
248                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
249                if numel(Coord{idim})==2
250                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
251                else
252                    DCoord=diff(Coord{idim});
253                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
254                    DCoord_max=max(DCoord);
255                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
256                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
257                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
258                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
259                        return
260                    end
261                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
262                    test_coord(idim)=1;
263                end
264            end
265            DX=DCoord_min(2);
266            DY=DCoord_min(1);
267            for ipoint=1:siz(1)
268                xwidth=width/(abs(DX));
269                ywidth=width/(abs(DY));
270                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
271                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
272                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
273                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
274                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
275                j_min=max(1,j_min);
276                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
277                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
278                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
279                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
280                i_int=(i_min:i_plus);
281                j_int=(j_min:j_plus);
282                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
283                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
284                   for ivar=VarIndex   
285                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
286                   end
287                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
288                else
289                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
290                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
291                    for ivar=VarIndex   
292                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
293                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
294                    end
295                end
296            end
297        end
298   end
299end
300
301%-----------------------------------------------------------------
302%project in a patch
303function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
304%-------------------------------------------------------------------
305[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
306
307objectfield=fieldnames(ObjectData);
308widthx=0;
309widthy=0;
310if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
311    widthx=max(ObjectData.RangeX);
312end
313if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
314    widthy=max(ObjectData.RangeY);
315end
316
317%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
318ProjData.NbDim=1;
319ProjData.ListVarName={};
320ProjData.VarDimName={};
321ProjData.VarAttribute={};
322
323CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
324if isfield (FieldData,'VarAttribute')
325    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
326    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
327%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
328        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
329            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
330        end
331        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
332            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
333        end
334    end
335end
336
337%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
338[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
339if ~isempty(errormsg)
340    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
341    return
342end
343
344%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
345for icell=1:length(CellInfo)
346    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
347%     testY=0;
348    test_Amat=0;
349    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
350        continue
351    end
352    ivar_FF=[];
353    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
354    if testfalse
355        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
356        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
357        errorflag=FieldData.(FFName);
358    end
359    % select types of  variables to be projected
360    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
361    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
362    for ilist=1:numel(ListProj)
363        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
364            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
365        end
366    end
367    VarIndex=find(check_proj);
368   
369    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
370    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
371    ivar_Z=[];
372    if NbDim(icell)==3
373        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
374    end
375    if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')%case of unstructured coordinates
376        %nbpoint=numel(FieldData.(FieldData.ListVarName{VarIndex(1)}));
377        for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
378            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
379            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
380        end
381        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
382        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
383        coord_x=FieldData.(XName);
384        coord_y=FieldData.(YName);
385    end
386    % image or 2D matrix
387    if  strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')%case of structured coordinates
388        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
389        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
390        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
391        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
392        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
393        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
394        DimValue=size(FieldData.(VarName));
395        if length(AX)==2
396            AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
397        end
398        if length(AY)==2
399            AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
400        end
401        if length(DimValue)==3
402            testcolor=1;
403            npxy(3)=3;
404        else
405            testcolor=0;
406            npxy(3)=1;
407        end
408        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
409        npxy(1)=length(AY);
410        npxy(2)=length(AX);
411        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
412        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
413        for ivar=1:length(VarIndex)
414            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
415            FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
416        end
417    end
418    %select the indices in the range of action
419    testin=[];%default
420    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
421        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
422            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
423            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
424            testin=distX<widthx & distY<widthy;
425        elseif test_Amat
426            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
427            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
428            testin=distX<widthx & distY<widthy;
429        end
430    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
431        if strcmp(CoordType,'scattered')
432            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
433        elseif strcmp(CoordType,'grid')
434            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
435        else%calculate the scalar
436            testin=[]; %A REVOIR
437        end
438    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
439        X2Max=widthx*widthx;
440        Y2Max=(widthy)*(widthy);
441        if strcmp(CoordType,'scattered')
442            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
443            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
444            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
445        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
446            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
447            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
448            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
449        end
450    end
451    %selected indices
452    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
453        testin=~testin;
454    end
455    if testfalse
456        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
457    end
458    indsel=find(testin);
459    for ivar=VarIndex
460        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
461        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each color component
462        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
463        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color component
464        if isequal(CoordMesh(ivar),0)
465            [ProjData.([VarName 'Histo']),ProjData.(VarName)]=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:,:)),100); % default histogram with 100 bins
466        else
467            ProjData.(VarName)=ProjData.([VarName 'Min'])+CoordMesh(ivar)/2:CoordMesh(ivar):ProjData.([VarName 'Max']); % list of bin values
468            ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
469        end
470        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
471        if test_Amat && testcolor
472            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
473        else
474            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
475        end
476        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
477        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
478        end
479    end
480end
481
482
483%-----------------------------------------------------------------
484%project on a line
485% AJOUTER flux,circul,error
486% OUTPUT:
487% ProjData: projected field
488%
489function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
490%-----------------------------------------------------------------
491[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
492if ~isempty(errormsg)
493    return
494end
495ProjData.NbDim=1;
496%initialisation of the input parameters and defaultoutput
497ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
498% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
499width=0;
500if isfield(ObjectData,'RangeY')
501    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
502end
503% default output
504errormsg='';%default
505Xline=[];
506flux=0;
507circul=0;
508liny=ObjectData.Coord(:,2);
509NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
510testfalse=0;
511ListIndex={};
512
513
514%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
515LineCoord=ObjectData.Coord;
516switch ObjectData.Type
517    case 'ellipse'
518        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
519        NbSegment=0;
520    case 'rectangle'
521        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
522        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
523        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
524        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
525    case 'polygon'
526        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
527end
528if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
529    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
530        return% line needs at least 2 points to be defined
531    end
532    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
533    dliny=diff(LineCoord(:,2));
534    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
535    LineLength=sum(dlength);
536    NbSegment=numel(LineLength);
537end
538CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
539
540%     x = a \ \cosh \mu \ \cos \nu
541%
542%     y = a \ \sinh \mu \ \sin \nu
543
544%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
545
546% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
547xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
548if isequal(ProjMode,'projection')
549    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
550        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
551        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
552        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
553        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
554    else
555        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
556        return
557    end
558else % need to define the set of interpolation points
559    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
560        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
561        if CheckClosedLine
562            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
563            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
564            DX_end=DX/2;
565        else
566            DX_end=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point
567        end
568        XI=[];
569        YI=[];
570        ThetaI=[];
571        dlengthI=[];
572        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
573            phi=(DX_end:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
574            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
575            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
576            dphi=2*pi*DX/LineLength;
577            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
578        else
579            for isegment=1:NbSegment
580                costheta=cos(theta(isegment));
581                sintheta=sin(theta(isegment));
582                XIsegment=(LineCoord(isegment,1)+DX_end*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
583                YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_end*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
584                XI=[XI XIsegment];
585                YI=[YI YIsegment];
586                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
587                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
588                DX_end=DX_end+DX-(dlength(isegment)-DX*(numel(XIsegment)-1));
589            end
590        end
591        Xproj=cumsum(dlengthI);
592    else
593        errormsg='mesh DX needed for interpolation';
594        return
595    end
596end
597
598
599%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
600[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
601if ~isempty(errormsg)
602    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
603    return
604end
605CellInfo=CellInfo(NbDim==2); %keep only the 2D cells
606%%%%%% TODO: treat 1D fields: project as identity so that P o P=P for projection operation
607
608%% loop on variable cells with the same space dimension 2
609ProjData.ListVarName={};
610ProjData.VarDimName={};
611for icell=1:length(CellInfo)
612    % list of variable types to be projected
613    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
614    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
615    for ilist=1:numel(ListProj)
616        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
617            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
618        end
619    end
620    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
621   
622    %% identify vector components
623    testU=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x') &&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y') ;% test for vectors
624%     if testU
625%         UName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x};
626%         VName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y};
627%         vector_x=FieldData.(UName);
628%         vector_y=FieldData.(VName);
629%     end
630    %identify error flag
631    errorflag=0; %default, no error flag
632    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
633        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
634        errorflag=FieldData.(FFName);
635    end
636    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
637    ivar_U=[];
638    ivar_V=[];
639    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
640   
641    %         circul=0;
642    %         flux=0;
643    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
644    switch CellInfo{icell}.CoordType
645        %case of unstructured coordinates
646        case 'scattered'
647            XName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
648            YName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
649            coord_x=FieldData.(XName);
650            coord_y=FieldData.(YName);
651            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
652            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
653            nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
654            ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
655            if isequal(ProjMode,'projection')
656                if width==0
657                    errormsg='range of the projection object is missing';
658                    return
659                end
660                % select the (non false) input data located in the band of projection
661                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
662                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
663                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
664                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
665                coord_x=coord_x(flagsel);
666                coord_y=coord_y(flagsel);
667                costheta=cos(theta);
668                sintheta=sin(theta);
669                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
670                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
671                ProjData.(XName)=Xproj;
672                for ivar=1:numel(VarIndex)
673                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict vrtibles to the projection band
674                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
675                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
676                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
677                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
678                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
679                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x');
680                            ivar_U=ivar;
681                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y');
682                            ivar_V=ivar;
683                        end
684                    end
685                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles with continuous lines
686                end
687            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
688                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
689                ProjData.X=Xproj;
690                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
691                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
692                for ivar=1:numel(VarAttribute)
693                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
694                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
695                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
696                            ivar_U=ivar;
697                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
698                            ivar_V=ivar;
699                        end
700                    end
701                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
702                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
703                end
704            end
705        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
706            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
707                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
708                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
709                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
710                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
711                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
712                end
713                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
714                ProjData.X=Xproj;
715%                 ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
716%                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
717                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
718                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
719                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
720                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
721                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
722                for ivar=1:numel(VarAttribute)
723                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
724                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
725                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
726                            ivar_U=ivar;
727                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
728                            ivar_V=ivar;
729                        end
730                    end
731                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
732                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
733                end
734            end
735            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
736           
737        case 'grid'   %case of structured coordinates
738            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
739                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
740            else
741                test_Amat=1;%image or 2D matrix
742                test_interp2=0;%default
743                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
744                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
745                eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
746                eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions
747                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
748                eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
749                npxy=size(A);
750                npx=npxy(2);
751                npy=npxy(1);
752                if numel(AX)==2
753                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
754                else
755                    DX_vec=diff(AX);
756                    DX=max(DX_vec);
757                    DX_min=min(DX_vec);
758                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
759                        test_interp2=1;
760                        DX=DX_min;
761                    end
762                end
763                if numel(AY)==2
764                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
765                else
766                    DY_vec=diff(AY);
767                    DY=max(DY_vec);
768                    DY_min=min(DY_vec);
769                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
770                        test_interp2=1;
771                        DY=DY_min;
772                    end
773                end
774                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
775                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
776                if isfield(ObjectData,'DX')
777                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
778                else
779                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
780                end
781                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
782                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
783                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
784                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
785                if isfield(FieldData,'RangeX')
786                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
787                else
788                    XMin=0;
789                end
790                eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
791                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
792                eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
793                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
794                eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
795                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
796                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
797                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
798                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
799                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
800                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
801                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
802                ind_in=find(flagin);
803                ind_out=find(~flagin);
804                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
805                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
806                nbcolor=1; %color images
807                if numel(npxy)==2
808                    nbcolor=1;
809                elseif length(npxy)==3
810                    nbcolor=npxy(3);
811                else
812                    errormsg='multicomponent field not projected';
813                    display(errormsg)
814                    return
815                end
816                nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
817                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
818                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
819                for ivar=VarIndex
820                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
821                    if test_interp2% interpolate on new grid
822                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI);%TO TEST
823                    end
824                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
825                    if nbcolor==1
826                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
827                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
828                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
829                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
830                    elseif nbcolor==3
831                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
832                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
833                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
834                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
835                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
836                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
837                    end
838                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
839                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
840                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
841                end
842                if nbcolor==3
843                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
844                end
845            end
846    end
847    if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
848        vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_U});
849         ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_V});
850          ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{nbvar+ivar_V});
851    end
852       
853end
854
855% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
856% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
857% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
858% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
859% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
860% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
861% %     else
862% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
863% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
864% %     end
865%
866% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
867
868
869%-----------------------------------------------------------------
870%project on a plane
871% AJOUTER flux,circul,error
872function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
873%-----------------------------------------------------------------
874
875%% rotation angles
876PlaneAngle=[0 0 0];
877norm_plane=[0 0 1];
878cos_om=1;
879sin_om=0;
880test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
881test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
882if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
883    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
884    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
885    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
886    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
887    cos_om=cos(om);
888    sin_om=sin(om);
889    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
890    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
891    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
892    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
893    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
894end
895testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0])||~isequal(ObjectData.Coord(1:2),[0 0 ]) ;% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
896
897%% mesh sizes DX and DY
898DX=[];
899DY=[];%default
900if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
901    DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
902elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
903    DX=FieldData.CoordMesh;
904end
905if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
906    DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
907elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
908    DY=FieldData.CoordMesh;
909end
910if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
911    errormsg='DX or DY not defined';
912    return
913end
914
915%% extrema along each axis
916testXMin=0;
917testXMax=0;
918testYMin=0;
919testYMax=0;
920if isfield(ObjectData,'RangeX')
921    XMin=min(ObjectData.RangeX);
922    XMax=max(ObjectData.RangeX);
923    testXMin=XMax>XMin;
924    testXMax=1;% range restriction along X
925    % else
926    %     XMin=FieldData.XMin;%default
927    %     XMax=FieldData.XMax;%default
928end
929if isfield(ObjectData,'RangeY')
930    YMin=min(ObjectData.RangeY);
931    YMax=max(ObjectData.RangeY);
932    testYMin=YMax>YMin;
933    testYMax=1;
934    % else
935    %     YMin=FieldData.YMin;%default
936    %     YMax=FieldData.YMax;%default
937end
938width=0;%default width of the projection band
939if isfield(ObjectData,'RangeZ')
940    width=max(ObjectData.RangeZ);
941end
942
943%% initiate Matlab  structure for physical field
944[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
945if ~isempty(errormsg)
946    return
947end
948
949%% reproduce initial plane position and angle
950if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
951    if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
952        if ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
953            errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
954            return
955        end
956    else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
957        ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
958    end
959    if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
960        if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
961            if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
962                errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
963                return
964            end
965        else
966            ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
967        end
968    end
969end
970ProjData.NbDim=2;
971ProjData.ListVarName={};
972ProjData.VarDimName={};
973ProjData.VarAttribute={};
974if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
975    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
976elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
977    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
978end
979error=0;%default
980flux=0;
981testfalse=0;
982ListIndex={};
983
984%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
985[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
986
987if ~isempty(errormsg)
988    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
989    return
990end
991check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
992
993ProjMode=cell(size(CellInfo));
994for icell=1:numel(CellInfo)
995    ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;% projection mode of the plane object
996end
997    icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
998if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')
999    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
1000    if ~testYMin
1001        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return
1002    end
1003    if ~testYMax
1004        errormsg='max Y value not defined for the projection grid';return
1005    end
1006    if ~testXMin
1007        errormsg='min X value not defined for the projection grid';return
1008    end
1009    if ~testXMax
1010        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
1011    end
1012else
1013    %% case of a grid requested by the input field
1014
1015    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1016        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
1017            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
1018                case 'interp_lin'
1019                    ProjMode{icell}='interp_lin';
1020                case 'interp_tps'
1021                    ProjMode{icell}='interp_tps';
1022            end
1023        end
1024        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1025            check_grid(icell)=1;
1026        end
1027        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')&&NbDimArray(icell)>=2
1028            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
1029                icell_grid=icell;
1030                ProjMode{icell}='projection';
1031            end
1032            check_grid(icell)=1;
1033        end
1034    end
1035    if ~isempty(find(check_grid))% if a grid is requested by the input field
1036        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
1037            if ~isfield(FieldData,'XMax')
1038                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
1039%             CellIndex=find(check_grid);
1040%             for igrid=1:numel(CellIndex)
1041%                 icell=CellIndex(igrid);% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1042%                 NbDim=NbDimArray(icell);
1043%                 for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1044%                     ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1045%                     Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar});% coord values for the input field
1046%                     if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1047%                         
1048%                         
1049%                         
1050%                     else
1051%                                                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1052%                             DCoord_min(idim)=1;%default
1053%                             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1054%                             test_direct(idim)=1;
1055%                     end
1056%                 % default bounds, case of gridded data
1057%                 if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
1058%                     % find default mesh
1059%                     for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1060%                         test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1061%                         ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1062%                         DimValue=size(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}));
1063%                         if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1064%                             Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar});% coord values for the input field
1065%                             if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1066%                                 DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1067%                                 Coord{idim}=linspace(Coord{idim}(1),Coord{idim}(2),DimValue(idim));
1068%                             else
1069%                                 DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1070%                                 DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1071%                                 DCoord_max=max(DCoord);
1072%                                 if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1073%                                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1074%                                     return
1075%                                 end
1076%                                 test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1077%                             end
1078%                             test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1079%                         else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1080% %                             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1081% %                             DCoord_min(idim)=1;%default
1082% %                             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1083% %                             test_direct(idim)=1;
1084%                         end
1085%                     end
1086%                     if isempty(DY)
1087%                         DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1088%                     end
1089%                     npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1090%                     if isempty(DX)
1091%                         DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1092%                     end
1093%                     npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1094%                     for idim=1:NbDim
1095%                         if test_interp(idim)
1096%                             DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1097%                         end
1098%                     end
1099%                     Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1100%                     test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1101%                     Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1102%                     test_direct_x=test_direct(NbDim);
1103%                     DAX=DCoord_min(NbDim);
1104%                     DAY=DCoord_min(NbDim-1);
1105%                     minAX=min(Coord_x);
1106%                     maxAX=max(Coord_x);
1107%                     minAY=min(Coord_y);
1108%                     maxAY=max(Coord_y);
1109%                     xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);% image corners in the new coordiantes
1110%                     ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1111%                     xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1112%                     ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1113%                     if ~testXMax
1114%                         XMax(igrid)=max(xcor_new);
1115%                     end
1116%                     if ~testXMin
1117%                         XMin(igrid)=min(xcor_new);
1118%                     end
1119%                     if ~testYMax
1120%                         YMax(igrid)=max(ycor_new);
1121%                     end
1122%                     if ~testYMin
1123%                         YMin(igrid)=min(ycor_new);
1124%                     end
1125%                     DX(igrid)=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1126%                     DY(igrid)=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1127%                     if NbDim==3
1128%                         DZ(igrid)=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1129%                         if ~test_direct(1)
1130%                             DZ=-DZ;
1131%                         end
1132%                         Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1133%                         test_direct_z=test_direct(1);
1134%                     end
1135%                 else
1136%                     
1137%                 end
1138%                 YMax=max(YMax);
1139%                 YMin=min(YMin);
1140%                 XMax=max(XMax);
1141%                 XMin=min(XMin);
1142            end
1143        end
1144    end
1145end
1146if ~isempty(find(check_grid))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1147    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1148        AYName='coord_y';
1149        AXName='coord_x';
1150        if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')
1151            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1152        ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
1153        coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
1154        coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
1155        else
1156        ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1157        ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
1158        coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
1159        coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
1160        end
1161        [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1162        XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1163        YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1164    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
1165        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
1166        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1167        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1168        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
1169        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
1170    end
1171            ProjData.ListVarName={AYName,AXName};
1172        ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
1173        ProjData.VarAttribute={[],[]};
1174end
1175   
1176%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1177% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
1178% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1179%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1180% icoord=0;
1181nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1182%nbvar=0;
1183vector_x_proj=[];
1184vector_y_proj=[];
1185for icell=1:length(CellInfo)
1186    NbDim=NbDimArray(icell);
1187    if NbDim<2
1188        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1189    end
1190    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1191    %     ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1192    %     if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1193    %         ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps;
1194    %         ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps;
1195    %     elseif isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1196    %         ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x;
1197    %         ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y;
1198    %     end
1199    %     if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_z')
1200    %         ivar_W=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_z;
1201    %     end
1202    %dimensions
1203    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1204    if ischar(DimCell)
1205        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1206    end
1207    coord_z=0;%default
1208    ListVarName={};% initiate list of projected variables for cell # icell
1209    VarDimName={};% initiate coresponding list of dimensions for cell # icell
1210    VarAttribute={};% initiate coresponding list of var attributes  for cell # icell
1211    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1212    switch CellInfo{icell}.CoordType
1213       
1214        case 'scattered'
1215            %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1216            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1217                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1218            end
1219            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});% initial x coordinates
1220            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});% initial y coordinates
1221            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1222            if check3D
1223                coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1224            end
1225           
1226            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1227            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1228            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1229            if check3D
1230                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1231            end
1232           
1233            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1234            if check3D &&  width > 0
1235                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1236                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1237                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1238                for ivar=VarIndex
1239                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1240                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1241                end
1242                coord_x=coord_x(indcut);
1243                coord_y=coord_y(indcut);
1244                coord_z=coord_z(indcut);
1245            end
1246           
1247            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1248            Psi=PlaneAngle(1);
1249            Theta=PlaneAngle(2);
1250            Phi=PlaneAngle(3);
1251            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1252                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1253                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1254                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1255                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1256                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1257            else
1258                coord_X=coord_x;
1259                coord_Y=coord_y;
1260            end
1261           
1262            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1263            testin=ones(size(coord_X)); %default
1264            testbound=0;
1265            if testXMin
1266                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1267                testbound=1;
1268            end
1269            if testXMax
1270                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1271                testbound=1;
1272            end
1273            if testYMin
1274                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1275                testbound=1;
1276            end
1277            if testYMin
1278                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1279                testbound=1;
1280            end
1281            if testbound
1282                indcut=find(testin);
1283                if isempty(indcut)
1284                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1285                    return
1286                end
1287                for ivar=VarIndex
1288                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1289                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1290                end
1291                coord_X=coord_X(indcut);
1292                coord_Y=coord_Y(indcut);
1293                if check3D
1294                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1295                end
1296            end
1297           
1298            % two cases of projection for scattered coordinates
1299            switch ProjMode{icell}
1300                case 'projection'
1301                    nbvar=0;
1302                    %nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1303                    for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1304                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1305                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1306                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1307                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1308                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1309                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1310                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1311                        end
1312                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1313                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1314                            VarDimName=[VarDimName DimCell];
1315                            nbvar=nbvar+1;
1316                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1317                                VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1318                            end
1319                        end
1320                    end
1321                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1322                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1323                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1324                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1325                        coord_X=coord_X(indsel);
1326                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1327                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1328                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1329                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1330                        end
1331                    end
1332                    % interpolate and calculate field on the grid
1333                    [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1334                   
1335                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1336                        ProjData.(ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1337                        ProjData.(ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1338                    else
1339                        VarDimName=cell(size(ListVarName));
1340                        for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1341                            ListVarName{ilist}=regexprep(ListVarName{ilist},'(.+','');
1342                            if ~isempty(find(strcmp(ListVarName{ilist},ProjData.ListVarName)))
1343                                ListVarName{ilist}=[ListVarName{ilist} '_1'];
1344                            end
1345                            ProjData.(ListVarName{ilist})=VarVal{ilist};
1346                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1347                        end
1348                    end
1349            end
1350           
1351        case 'tps'
1352            %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1353            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1354                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1355                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1356                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1357                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1358                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
1359                end
1360                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
1361                ListVarName=(fieldnames(DataOut))';
1362                VarDimName=cell(size(ListVarName));
1363                for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1364                    VarName=ListVarName{ilist};
1365                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1366                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1367                end
1368            end
1369           
1370        case 'grid'
1371            %% case of input fields defined on a structured  grid
1372            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1373            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1374            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1375            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1376            nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1377            if NbDim>=3
1378                if NbDim>3
1379                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1380                    return
1381                else
1382                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1383                        nbcolor=DimValue(3);
1384                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1385                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1386                    end
1387                end
1388            end
1389            Coord_z=[];
1390            Coord_y=[];
1391            Coord_x=[];
1392           
1393           
1394           
1395            %             % default bounds
1396            %             minAX=min(Coord_x);
1397            %             maxAX=max(Coord_x);
1398            %             minAY=min(Coord_y);
1399            %             maxAY=max(Coord_y);
1400            %             xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);% image corners in the new coordiantes
1401            %             ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1402            %             xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1403            %             ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1404            %             if ~testXMax
1405            %                 XMax=max(xcor_new);
1406            %             end
1407            %             if ~testXMin
1408            %                 XMin=min(xcor_new);
1409            %             end
1410            %             if ~testYMax
1411            %                 YMax=max(ycor_new);
1412            %             end
1413            %             if ~testYMin
1414            %                 YMin=min(ycor_new);
1415            %             end
1416            %             DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1417            %             DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1418            %             if DX==0
1419            %                 DX=DXinit;
1420            %             end
1421            %             if DY==0
1422            %                 DY=DYinit;
1423            %             end
1424            %             if NbDim==3
1425            %                 DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1426            %                 if ~test_direct(1)
1427            %                     DZ=-DZ;
1428            %                 end
1429            %                 Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1430            %                 test_direct_z=test_direct(1);
1431            %             end
1432            %define new coordiantes if not already done by the definition of a projection grid
1433            if ~check_grid
1434               
1435               
1436            end
1437           
1438            if testangle
1439                ProjMode{icell}='interp_lin'; %request linear interpolation for projection on a tilted plane
1440            end
1441           
1442            %             npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1443            %             npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);
1444            %             if test_direct_y
1445            %                 coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1446            %             else
1447            %                 coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1448            %             end
1449            %             if test_direct_x
1450            %                 coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1451            %             else
1452            %                 coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1453            %             end
1454            if isequal(ProjMode{icell},'projection')% && (~testangle || test90y || test90x)
1455                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1456                    ListVarName=[ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1457                    VarDimName=[VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)];
1458                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1459                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1460                    end
1461                   
1462                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1463                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1464                    for ivar=VarIndex
1465                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1466                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1467                    end
1468                else
1469                    indY=NbDim-1;
1470                    if test_direct(indY)
1471                        min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1472                        max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1473                        Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1474                        Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1475                    else
1476                        min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1477                        max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1478                        Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1479                        Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1480                    end
1481                    if test_direct(NbDim)==1
1482                        min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1483                        max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1484                        Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1485                        Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1486                    else
1487                        min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1488                        max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1489                        Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1490                        Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1491                    end
1492                    min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1493                    min_indx=max(min_indx,1);
1494                    if test90y
1495                        ind_new=[3 2 1];
1496                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1497                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1498                        for ivar=VarIndex
1499                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1500                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1501                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1502                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1503                            eval(['ProjData.' VarName '=permute(FieldData.' VarName ',ind_new);'])% permute x and z indices for 90 degree rotation
1504                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(ProjData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1505                        end
1506                        eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1507                        eval(['ProjData.' AXName '=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1508                    else
1509                        if NbDim==3
1510                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1511                            DimValue(1)=[];
1512                            if test_direct(1)
1513                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1514                            else
1515                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1516                            end
1517                        end
1518                        max_indy=min(max_indy,DimValue(1));%introduce bounds in y and x indices
1519                        max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1520                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1521                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1522                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1523                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1524                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1525                                VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1526                            end
1527                            if NbDim==3
1528                                eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1529                            else
1530                                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1531                            end
1532                        end
1533                        eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1534                        eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1535                    end
1536                end
1537            else       % case with interpolation
1538                if NbDim==2 %2D case
1539                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1540                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1541                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1542                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1543                        test_interp_tps=1;
1544                    else
1545                        test_interp_tps=0;
1546                    end
1547                    %                     ProjData.coord_y=[YMin YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1548                    %                     ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1549                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1550                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1551                    [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1552                    XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1553                    YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1554                    [X,Y]=meshgrid(Coord{2},Coord{1});%initial coordiantes
1555                    for ivar=VarIndex
1556                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1557                        %                         if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid
1558                        if size(FieldData.(VarName),3)==1
1559                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,'*linear');
1560                        else
1561                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,1)),XI,YI,'*linear');
1562                            for icolor=2:size(FieldData.(VarName),3)
1563                                ProjData.(VarName)=cat(3,ProjData.(VarName),interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,icolor)),XI,YI,'*linear')); %TO TEST
1564                            end
1565                        end
1566                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1567                        DimCell(1:2)={AYName,AXName};
1568                        VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1569                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1570                            VarAttribute{length(ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1571                        end;
1572                    end
1573                elseif ~testangle
1574                    % unstructured z coordinate
1575                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1576                    iz_sup=find(test_sup);
1577                    iz=iz_sup(1);
1578                    if iz>=1 & iz<=npz
1579                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1580                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1581                        for ivar=VarIndex
1582                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1583                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1584                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1585                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1586                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1587                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1588                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1589                            end
1590                        end
1591                    end
1592                else
1593                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1594                    %TODO: use interp_lin3
1595                    return
1596                end
1597            end
1598    end
1599    % update the global list of projected variables:
1600    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListVarName];
1601    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1602    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1603   
1604    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1605    if testangle
1606        ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1607        for ivar=1:numel(VarAttribute)
1608            if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
1609                if strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
1610                    ivar_U=ivar;
1611                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
1612                    ivar_V=ivar;
1613                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_z')
1614                    ivar_W=ivar;
1615                end
1616            end
1617        end
1618        if ~isempty(ivar_U)
1619            if isempty(ivar_V)
1620                msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1621                return
1622            else
1623                UName=ListVarName{ivar_U};
1624                VName=ListVarName{ivar_V};
1625                ProjData.(UName)=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName);
1626                ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName));
1627                if ~isempty(ivar_W)
1628                    WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1629                    eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1630                    eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1631                end
1632                %                 if ~isequal(Psi,0)
1633                %                     eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1634                %                     eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1635                %                 end
1636            end
1637        end
1638    end
1639end
1640% %prepare substraction in case of two input fields
1641% SubData.ListVarName={};
1642% SubData.VarDimName={};
1643% SubData.VarAttribute={};
1644% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1645% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1646%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1647%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1648%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1649%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1650%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1651%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1652%         check_remove(iproj)=1;
1653%     end
1654% end
1655% if ~isempty(find(check_remove))
1656%     ind_remove=find(check_remove);
1657%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1658%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1659%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1660%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1661% end
1662
1663%-----------------------------------------------------------------
1664%projection in a volume
1665function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1666
1667%-----------------------------------------------------------------
1668ProjData=FieldData;%default output
1669
1670%% axis origin
1671if isempty(ObjectData.Coord)
1672    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1673    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1674    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1675end
1676
1677%% rotation angles
1678VolumeAngle=[0 0 0];
1679norm_plane=[0 0 1];
1680if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1681    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1682    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1683    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1684    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1685    cos_om=cos(pi*om/180);
1686    sin_om=sin(pi*om/180);
1687    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1688    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1689    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1690    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1691    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1692end
1693testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1694
1695%% mesh sizes DX, DY, DZ
1696DX=0;
1697DY=0; %default
1698DZ=0;
1699if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1700     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1701end
1702if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1703     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1704end
1705if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1706     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1707end
1708if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1709        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1710        return
1711end
1712
1713%% extrema along each axis
1714testXMin=0;
1715testXMax=0;
1716testYMin=0;
1717testYMax=0;
1718if isfield(ObjectData,'RangeX')
1719        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1720        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1721        testXMin=XMax>XMin;
1722        testXMax=1;
1723end
1724if isfield(ObjectData,'RangeY')
1725        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1726        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1727        testYMin=YMax>YMin;
1728        testYMax=1;
1729end
1730width=0;%default width of the projection band
1731if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1732        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1733        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1734        testZMin=ZMax>ZMin;
1735        testZMax=1;
1736end
1737
1738%% initiate Matlab  structure for physical field
1739[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1740ProjData.NbDim=3;
1741ProjData.ListVarName={};
1742ProjData.VarDimName={};
1743if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1744    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1745elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1746    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1747end
1748
1749error=0;%default
1750flux=0;
1751testfalse=0;
1752ListIndex={};
1753
1754%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1755%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1756%-----------------------------------------------------------------
1757idimvar=0;
1758% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1759% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1760ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1761icoord=0;
1762nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1763nbvar=0;
1764for icell=1:length(CellVarIndex)
1765    NbDim=NbDimVec(icell);
1766    if NbDim<3
1767        continue
1768    end
1769    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1770    VarType=VarTypeCell{icell};
1771    ivar_X=VarType.coord_x;
1772    ivar_Y=VarType.coord_y;
1773    ivar_Z=VarType.coord_z;
1774    ivar_U=VarType.vector_x;
1775    ivar_V=VarType.vector_y;
1776    ivar_W=VarType.vector_z;
1777    ivar_C=VarType.scalar ;
1778    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1779    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1780    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1781    ivar_F=VarType.warnflag;
1782    ivar_FF=VarType.errorflag;
1783    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1784    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1785    if ischar(DimCell)
1786        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1787    end
1788
1789%% case of input fields with unstructured coordinates
1790    if check_unstructured_coord
1791        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1792        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1793        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1794        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1795        if length(ivar_Z)==1
1796            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1797            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1798        end
1799
1800        % translate  initial coordinates
1801        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1802        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1803        if ~isempty(ivar_Z)
1804            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1805        end
1806       
1807        % selection of the vectors in the projection range
1808%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1809%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1810%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1811%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1812%             for ivar=VarIndex
1813%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1814%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1815%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1816%             end
1817%             coord_x=coord_x(indcut);
1818%             coord_y=coord_y(indcut);
1819%             coord_z=coord_z(indcut);
1820%         end
1821
1822       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1823       if testangle
1824           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1825           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1826           if ~isempty(ivar_Z)
1827               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1828           end
1829           
1830           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1831           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1832           
1833       else
1834           coord_X=coord_x;
1835           coord_Y=coord_y;
1836           coord_Z=coord_z;
1837       end
1838        %restriction to the range of x and y if imposed
1839        testin=ones(size(coord_X)); %default
1840        testbound=0;
1841        if testXMin
1842            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1843            testbound=1;
1844        end
1845        if testXMax
1846            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1847            testbound=1;
1848        end
1849        if testYMin
1850            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1851            testbound=1;
1852        end
1853        if testYMax
1854            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1855            testbound=1;
1856        end
1857        if testbound
1858            indcut=find(testin);
1859            for ivar=VarIndex
1860                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1861                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1862            end
1863            coord_X=coord_X(indcut);
1864            coord_Y=coord_Y(indcut);
1865            if length(ivar_Z)==1
1866                coord_Z=coord_Z(indcut);
1867            end
1868        end
1869        % different cases of projection
1870        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1871            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1872                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1873                if ivar==ivar_X %x coordinate
1874                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1875                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1876                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1877                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1878                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1879                end
1880                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1881                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1882                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1883                    nbvar=nbvar+1;
1884                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1885                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1886                    end
1887                end
1888            end 
1889        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
1890            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1891            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1892            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1893            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1894            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1895            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1896            nbcoord=2; 
1897            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1898            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1899            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1900            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1901            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1902            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1903            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1904            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1905            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1906            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1907            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1908            if ~isequal(ivar_FF,0)
1909                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1910                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1911                coord_X=coord_X(indsel);
1912                coord_Y=coord_Y(indsel);
1913            end
1914            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1915            testFF=0;
1916            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1917            for ivar=VarIndex
1918                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1919                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1920                    ivar_new=ivar_new+1;
1921                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1922                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1923                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1924                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1925                    end
1926                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1927                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1928                    end
1929                    % linear interpolation
1930                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
1931                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
1932%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1933%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1934%                     indnan=find(FFlag);
1935%                     if~isempty(indnan)
1936%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1937%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1938%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1939%                         testFF=1;
1940%                     end
1941                    if ivar==ivar_U
1942                        ivar_U=ivar_new;
1943                    end
1944                    if ivar==ivar_V
1945                        ivar_V=ivar_new;
1946                    end
1947                    if ivar==ivar_W
1948                        ivar_W=ivar_new;
1949                    end
1950                end
1951            end
1952            if testFF
1953                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1954                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1955               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1956                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1957            end
1958        end
1959       
1960%% case of input fields defined on a structured  grid
1961    else
1962        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1963        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1964        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1965        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1966        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1967        if NbDim>=3
1968            if NbDim>3
1969                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1970                return
1971            else
1972                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1973                    nbcolor=DimValue(3);
1974                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1975                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1976                end
1977            end
1978        end
1979        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1980        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1981        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1982        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1983        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1984        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1985        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1986
1987%         for idim=1:length(ListDimName)
1988%             DimName=ListDimName{idim};
1989%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1990%                nbcolor=DimValue(idim);
1991%                DimValue(idim)=[];
1992%             end
1993%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1994%                 DimValue(idim)=[];
1995%             end
1996%         end 
1997        Coord_z=[];
1998        Coord_y=[];
1999        Coord_x=[];   
2000
2001        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
2002            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
2003            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
2004            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
2005                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
2006                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
2007                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
2008                else
2009                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
2010                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
2011                    DCoord_max=max(DCoord);
2012                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
2013                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
2014                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
2015                                return
2016                    end               
2017                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
2018                end
2019                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
2020            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
2021                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
2022                DCoord_min(idim)=1;%default
2023                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
2024                test_direct(idim)=1;
2025            end
2026        end
2027        if DY==0
2028            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
2029        end
2030        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
2031        if DX==0
2032            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
2033        end
2034        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
2035        for idim=1:NbDim
2036            if test_interp(idim)
2037                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
2038            end
2039        end       
2040        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
2041        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
2042        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
2043        test_direct_x=test_direct(NbDim);
2044        DAX=DCoord_min(NbDim);
2045        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
2046        minAX=min(Coord_x);
2047        maxAX=max(Coord_x);
2048        minAY=min(Coord_y);
2049        maxAY=max(Coord_y);
2050        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
2051        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
2052        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
2053        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
2054        if ~testXMax
2055            XMax=max(xcor_new);
2056        end
2057        if ~testXMin
2058            XMin=min(xcor_new);
2059        end
2060        if ~testYMax
2061            YMax=max(ycor_new);
2062        end
2063        if ~testYMin
2064            YMin=min(ycor_new);
2065        end
2066        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
2067        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
2068        if DX==0
2069            DX=DXinit;
2070        end
2071        if DY==0
2072            DY=DYinit;
2073        end
2074        if NbDim==3
2075            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2076            if ~test_direct(1)
2077                DZ=-DZ;
2078            end
2079            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2080            test_direct_z=test_direct(1);
2081        end
2082        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2083        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2084        if test_direct_y
2085            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2086        else
2087            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2088        end
2089        if test_direct_x
2090            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2091        else
2092            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2093        end
2094       
2095        % case with no rotation and interpolation
2096        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2097            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2098                ProjData=FieldData;
2099            else
2100                indY=NbDim-1;
2101                if test_direct(indY)
2102                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2103                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2104                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2105                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
2106                else
2107                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2108                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2109                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2110                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2111                end   
2112                if test_direct(NbDim)==1
2113                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2114                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2115                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2116                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2117                else
2118                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2119                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2120                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2121                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2122                end
2123                if NbDim==3
2124                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2125                    DimValue(1)=[];
2126                                        %structured coordinates
2127                    if test_direct(1)
2128                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2129                    else
2130                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2131                    end
2132                end
2133                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2134                min_indx=max(min_indx,1);
2135                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2136                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2137                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2138                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2139                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2140                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2141                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2142                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2143                    end
2144                    if NbDim==3
2145                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2146                    else
2147                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2148                    end
2149                end 
2150                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2151                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2152            end
2153        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2154            if NbDim==2 %2D case
2155                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2156                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2157                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2158                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2159                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2160                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2161                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2162                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2163                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2164                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2165                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2166                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2167                    test_interp_tps=1;
2168                else
2169                    test_interp_tps=0;
2170                end
2171                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2172                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2173                for ivar=VarIndex
2174                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2175                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2176                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2177                    end
2178                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2179                    if test_interp_tps 
2180                         Aclass=class(FieldData.A);
2181                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2182                         if ~isequal(Aclass,'double')
2183                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2184                         end
2185                    end
2186                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2187                    %ind_in=find(flagin);
2188                    ind_out=find(~flagin);
2189                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2190                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2191                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2192                    for icolor=1:nbcolor
2193                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2194                    end
2195                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2196                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2197                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2198                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2199                    end     
2200                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2201                end
2202                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antï¿œrieur 
2203                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2204                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2205                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2206            else %3D case
2207                if ~testangle     
2208                    % unstructured z coordinate
2209                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2210                    iz_sup=find(test_sup);
2211                    iz=iz_sup(1);
2212                    if iz>=1 & iz<=npz
2213                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2214                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2215                        for ivar=VarIndex
2216                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2217                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2218                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2219                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2220                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2221                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2222                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2223                            end
2224                        end
2225                    end
2226                else
2227                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2228                    %TODO: use interp3
2229                    return
2230                end
2231            end
2232        end
2233    end
2234
2235    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2236    if testangle
2237        if isempty(ivar_V)
2238            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2239            return
2240        end
2241        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2242        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2243        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2244        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2245        if ~isempty(ivar_W)
2246            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2247            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2248            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2249        end
2250        if ~isequal(Psi,0)
2251            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2252            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2253        end
2254    end
2255end
2256
2257%------------------------------------------------------------------------
2258%--- transfer the global attributes
2259function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2260%------------------------------------------------------------------------
2261ProjData=[];%default
2262errormsg='';%default
2263
2264%% transfer error
2265if isfield(FieldData,'Txt')
2266    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2267    return;
2268end
2269
2270%% transfer global attributes
2271if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2272    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2273else
2274    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2275end
2276for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2277    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2278    if isfield(FieldData,AttrName)
2279        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2280    end
2281end
2282
2283%% transfer coordinate unit
2284if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2285    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2286end
2287if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2288    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2289        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2290        return
2291    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2292         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2293    end
2294end
2295
2296%% store the properties of the projection object
2297ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2298for ilist=1:length(ListObject)
2299    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2300        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2301        if ~isempty(val)
2302            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2303            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2304        end
2305    end   
2306end
2307
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.