source: trunk/src/proj_field.m @ 74

Last change on this file since 74 was 72, checked in by sommeria, 14 years ago

ima2vol: write image volumes in 16 bits (test for civ_3D)
plot-text removed: put as a sub-function of plot_field
uvmat: movie stops in case of error in reding files
bug fixes for reading 3D vel fields

File size: 73.6 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .DimValue= values of the matricx dimensions (matlab vector, same length as .DimName);
15%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
16%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
17%
18%INPUT
19% ObjectData: structure characterizing the projection object
20%    .Style : style of projection object
21%    .ProjMode=type of projection ;
22%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
23%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
24%    .ProjAngle=angle of projection;
25%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
26%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
27
28%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
29%    .Txt: error message, transmitted to the projection
30%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
31%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
32%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
33% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
34%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
35%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
36%            .ListDimName: cell listing the names of the array dimensions
37%               .DimValue: array dimension values (Matlab vector with the same length as .ListDimName
38%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
39%            .VarDimIndex: cell containing the set of dimension indices (in list .ListDimName) for each variable of .ListVarName
40%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
41%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
42% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
43% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
44%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
45%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
46%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'nb_dim').
47%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
48%                        unstructured coordinate x, y  or z
49%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
50%                is given by the last dimension (called 'nb_dim')
51%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
52%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
53%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
54%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
55%
56% Default role of variables (by name)
57%  vector field:
58%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
59%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
60%    .C, .CName: scalar associated to the vector
61%    .F : equivalent to 'warnflag'
62%    .FF: equivalent to 'errorflag'
63%  scalar field or image:
64%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
65%    .A: scalar, projected on the object
66%    .AX, .AY: positions for the scalar
67%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
68%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
69%
70%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
71%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
72%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
73%     This file is part of the toolbox UVMAT.
74%
75%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
76%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
77%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
78%     (at your option) any later version.
79%
80%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
81%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
82%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
83%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
84%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
85
86function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
87
88if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
89    ProjData=[];
90    return
91end
92%introduce default field properties (reading old standards)
93if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'Coord')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
94    ProjData=FieldData;
95    return
96end
97
98% OBSOLETE
99if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
100    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
101end
102if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
103    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
104end
105if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
106    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
107end
108if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
109    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
110end
111if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
112    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
113end
114if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
115    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
116end
117%%%%%%%%%%
118
119% FieldData=document_field(FieldData);%transform FieldData to the standard format
120% if ~isfield(FieldData,'VarAttribute')
121%     FieldData.VarAttribute={};
122% end
123
124if isequal(ObjectData.Style,'points')
125    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
126elseif isequal(ObjectData.Style,'line')|isequal(ObjectData.Style,'polyline')
127     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
128elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')|isequal(ObjectData.Style,'rectangle')|isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
129    if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')|isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
130        [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
131    else
132        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
133    end
134     %A FAIRE : GERER MASK
135elseif isequal(ObjectData.Style,'plane')
136%         if isfield(FieldData,'NbDim') & isequal(FieldData.NbDim,3)
137%             ProjData= proj_plane3D(FieldData,ObjectData);%
138%         else
139            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
140%         end
141end
142if exist('IndexObj','var')
143    ProjData.IndexObj=IndexObj;%transfer object index
144end
145
146%-----------------------------------------------------------------
147%project on a set of points
148function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
149%-------------------------------------------------------------------
150
151siz=size(ObjectData.Coord);
152width=0;
153if isfield(ObjectData,'Range')
154    width=ObjectData.Range(1,2);
155end
156if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
157    width=max(ObjectData.RangeX);
158end
159if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
160    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
161end
162if isfield(ObjectData,'RangeZ')&~isempty(ObjectData.RangeZ)
163    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
164end
165if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
166    if width==0
167        errormsg='projection range around points needed';
168        return
169    end
170elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
171    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
172        return
173end
174ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
175ProjData.NbDim=0;
176%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
177%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
178
179
180% idimvar=0;
181[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
182if ~isempty(errormsg)
183    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
184    return
185end
186%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
187% CellVarIndex=cells of variable index arrays
188% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
189% icoord=0;
190for icell=1:length(CellVarIndex)
191    if NbDim(icell)==1
192        continue
193    end
194    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
195    VarType=VarTypeCell{icell};
196    ivar_X=VarType.coord_x;
197    ivar_Y=VarType.coord_y;
198    ivar_Z=VarType.coord_z;
199%     ivar_U=VarType.vector_x;
200%     ivar_V=VarType.vector_y;
201%     ivar_W=VarType.vector_z;
202%     ivar_C=VarType.scalar ;
203    ivar_Anc=VarType.ancillary;
204%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
205    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
206    ivar_F=VarType.warnflag;
207    ivar_FF=VarType.errorflag;
208    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
209    if isempty(ivar_X)
210        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
211     
212    else
213        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
214                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
215                    return
216        end
217        if length(ivar_Y)~=1
218                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
219                return
220        end
221        test_grid=0;
222    end
223    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
224    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
225    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
226    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
227    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
228    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
229    for ivar=VarIndex       
230        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
231        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
232        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
233        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
234    end
235    if ~test_grid
236        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
237        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
238        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
239        if length(ivar_Z)==1
240            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
241            test3D=1;
242        end
243        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
244                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
245                    return
246        end     
247        for ipoint=1:siz(1)
248           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
249           distX=coord_x-Xpoint(1);
250           distY=coord_y-Xpoint(2);         
251           dist=distX.*distX+distY.*distY;
252           indsel=find(dist<width*width);
253           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
254           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
255           if isequal(length(ivar_FF),1)
256               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
257               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
258               ind_indsel=find(~FF);
259               indsel=indsel(ind_indsel);
260           end
261           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
262            for ivar=VarIndex
263               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
264               if isempty(indsel)
265                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
266               else
267                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
268                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
269                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
270                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
271                    end
272               end
273            end
274        end
275    else
276        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
277        %case of structured coordinates
278        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
279            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
280            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
281            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
282            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
283            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
284            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
285            npxy=size(A);
286
287% %             nbcolor=1; %default
288%             for idim=1:length(ListDimName)
289%                 DimName=ListDimName{idim};
290%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
291%                    nbcolor=npxy(idim);
292%                    DimIndices(idim)=[];
293%                    npxy(idim)=[];
294%                 end
295%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
296%                     DimIndices(idim)=[];
297%                     npxy(idim)=[];
298%                 end
299%             end 
300            ind_1=find(npxy==1);
301            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
302%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
303            %nb_dim=length(DimIndices)%number of space dimensions
304            nb_dim=numel(VarType.coord);
305            Coord_z=[];
306            Coord_y=[];
307            Coord_x=[];   
308            for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
309                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
310                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
311                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
312                ivar=VarType.coord(idim);
313%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
314                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
315                    if numel(Coord{idim})==2
316                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
317                    else
318                        DCoord=diff(Coord{idim});
319                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
320                        DCoord_max=max(DCoord);
321                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
322                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
323                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
324                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
325                                    return
326                        end               
327                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
328                        test_coord(idim)=1;
329                    end
330%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
331%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
332%                     DCoord_min(idim)=1;%default
333%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
334%                     test_direct(idim)=1;
335%                 end
336            end
337            DX=DCoord_min(2);
338            DY=DCoord_min(1);
339            for ipoint=1:siz(1)
340                xwidth=width/(abs(DX));
341                ywidth=width/(abs(DY));
342                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
343                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
344                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
345                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
346                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
347                j_min=max(1,j_min);
348                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
349                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
350                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
351                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
352                i_int=[i_min:i_plus];
353                j_int=[j_min:j_plus];
354                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
355                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
356                   for ivar=VarIndex   
357                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
358                   end
359                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
360                else
361                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
362                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
363                    for ivar=VarIndex   
364                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
365                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
366                    end
367                end
368            end
369        end
370   end
371end
372
373%-----------------------------------------------------------------
374%project in a patch
375function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
376%-------------------------------------------------------------------
377ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
378
379objectfield=fieldnames(ObjectData);
380widthx=0;
381widthy=0;
382if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
383    widthx=max(ObjectData.RangeX);
384end
385if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
386    widthy=max(ObjectData.RangeY);
387end
388
389%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
390ProjData.NbDim=1;
391ProjData.ListDimName={};%name of dimension
392ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
393ProjData.ListVarName={};
394%ProjData.VarDimIndex={};
395ProjData.VarDimName={};
396if isfield (FieldData,'ListVarAttribute')
397    ProjData.ListVarAttribute=FieldData.ListVarAttribute;%list of variable attribute names
398    for iattr=1:length(ProjData.ListVarAttribute)%initialization of variable attribute values
399        AttrName=ProjData.ListVarAttribute{iattr};
400        eval(['ProjData.' AttrName '={};'])
401    end;
402end
403
404%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
405testfalse=0;
406ListIndex={};
407% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
408idimvar=0;
409[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
410if ~isempty(errormsg)
411    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
412    return
413end
414
415%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
416dimcounter=0;
417for icell=1:length(CellVarIndex)
418    testX=0;
419    testY=0;
420    test_Amat=0;
421    testfalse=0;
422    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
423    VarType=VarTypeCell{icell};
424  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
425    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
426        continue
427    end
428    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
429    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
430    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
431    testproj(VarType.scalar)=1;
432    testproj(VarType.vector_x)=1;
433    testproj(VarType.vector_y)=1;
434    testproj(VarType.vector_z)=1;
435    testproj(VarType.image)=1;
436    testproj(VarType.color)=1;
437    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
438    if testX %case of unstructured coordinates
439         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
440         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
441               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
442            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
443         end
444         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
445         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
446         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
447         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
448    end
449    if testfalse
450        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
451        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
452    end
453    % image or 2D matrix
454    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
455        test_Amat=1;%image or 2D matrix
456        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
457        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
458        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
459        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
460        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
461        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
462        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
463%                     errormsg='multicomponent field not projected';
464
465        for idim=1:length(DimValue)       
466            Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
467            DCoord_min(idim)=1;%default
468            Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
469            test_direct(idim)=1;
470        end
471        AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
472        AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
473        if length(DimValue)==3
474            testcolor=1;
475            npxy(3)=3;
476        else
477            testcolor=0;
478            npxy(3)=1;
479        end
480        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
481        npxy(1)=length(AY);
482        npxy(2)=length(AX);
483        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
484        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
485        for ivar=1:length(VarIndex)
486            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
487            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
488        end
489    end
490%select the indices in the range of action
491    testin=[];%default
492    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
493%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
494%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
495%                 return
496%            end
497       if testX
498            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
499            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
500            testin=distX<widthx & distY<widthy;
501       elseif test_Amat
502           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
503           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
504           testin=distX<widthx & distY<widthy;
505       end
506    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
507        if testX
508            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
509        elseif test_Amat
510           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
511       else%calculate the scalar
512           testin=[]; %A REVOIR
513       end
514    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
515       X2Max=widthx*widthx;
516       Y2Max=(widthy)*(widthy);
517       if testX
518            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
519            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
520            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
521       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
522           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
523           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
524           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
525       end
526    end
527    %selected indices
528    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
529            testin=~testin;
530    end
531    if testfalse
532        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
533    end
534    indsel=find(testin);
535    for ivar=VarIndex
536        if testproj(ivar)
537            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
538            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
539            eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % keep only non false vectors
540            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
541            if test_Amat && testcolor
542                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
543            else
544               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
545            end
546        end
547    end
548%     if test_Amat & testcolor
549%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
550%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
551%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
552%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
553%        ProjData.VarDimName
554%     end
555end
556
557
558
559%-----------------------------------------------------------------
560%project on a line
561% AJOUTER flux,circul,error
562function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
563%-----------------------------------------------------------------
564ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
565ProjData.NbDim=1;
566
567%initialisation of the input parameters and defaultoutput
568ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
569if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
570ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
571if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
572width=0;%default width of the projection band
573if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
574    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
575end
576if isfield(ObjectData,'RangeY')
577    width=max(ObjectData.RangeY);
578end
579
580% default output
581errormsg=[];%default
582Xline=[];
583flux=0;
584circul=0;
585liny=ObjectData.Coord(:,2);
586siz_line=size(ObjectData.Coord);
587if siz_line(1)<2
588    return% line needs at least 2 points to be defined
589end
590testfalse=0;
591ListIndex={};
592
593%angles of the polyline and boundaries of action
594dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
595dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
596theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
597theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
598% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
599if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
600    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
601    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
602    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
603    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
604    for ip=2:siz_line(1)
605        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
606        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
607        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
608        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
609    end
610end
611
612%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
613[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
614if ~isempty(errormsg)
615    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
616    return
617end
618
619% loop on variable cells with the same space dimension
620ProjData.ListVarName={};
621ProjData.VarDimName={};
622for icell=1:length(CellVarIndex)
623    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
624    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
625    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
626        continue
627    end
628    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
629    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
630    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
631    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
632                                             %=0 for vector components, treated separately
633    testproj(VarType.scalar)=1;
634    testproj(VarType.image)=1;
635    testproj(VarType.color)=1;
636    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
637    if testU
638         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
639    end
640    %identify vector components   
641    if testU
642        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
643        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
644        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
645        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
646    end 
647    %identify error flag
648    if testfalse
649        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
650        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
651    end   
652    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
653    if testX
654        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
655            if width==0
656                errormsg='range of the projection object is missing';
657                return     
658            else
659                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
660            end
661        end
662        if ~isequal(ProjMode,'projection')
663            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
664                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
665            else
666                errormsg='DX missing';
667                return
668            end
669        end
670        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
671        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
672        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
673        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
674    end   
675    %initiate projection
676    for ivar=1:length(VarIndex)
677        ProjLine{ivar}=[];
678    end
679    XLine=[];
680    linelengthtot=0;
681
682%         circul=0;
683%         flux=0;
684  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
685   %case of unstructured coordinates
686    if testX   
687        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
688            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
689            %select the vector indices in the range of action
690            if testfalse
691                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
692            else
693                flagsel=ones(size(coord_x));
694            end
695            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
696                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
697                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
698                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
699                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
700            end
701            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
702            X_sel=coord_x(indsel);
703            Y_sel=coord_y(indsel);
704            nbvar=0;
705            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
706                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
707                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
708            end   
709            if testU
710                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
711                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
712            end
713            if isequal(ProjMode,'projection')
714                sintheta=sin(theta(ip));
715                costheta=cos(theta(ip));
716                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
717                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
718                for ivar=1:numel(ProjVar)
719                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
720                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
721                     end
722                end
723            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
724                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
725                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
726                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
727                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
728                for ivar=1:numel(ProjVar)
729                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
730                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
731                     end
732                end
733            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
734                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
735                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
736                siz=size(X_sel);
737                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
738                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
739                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
740                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
741                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
742                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
743                for ivar=1:numel(ProjVar)
744                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
745                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
746                     end
747                end             
748            end
749            %prolongate the total record
750            for ivar=1:numel(ProjVar)
751                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
752                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
753                  end
754            end
755            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
756            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
757            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
758            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
759        end
760        ProjData.X=XLine';
761        cur_index=1;
762        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
763        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
764        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
765        for iselect=1:numel(VarIndex)
766            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
767            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
768            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
769            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
770            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
771            if strcmp(ProjMode,'projection')
772                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
773            else
774                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
775            end
776        end
777   
778    %case of structured coordinates
779    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
780        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
781            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
782        else
783            test_Amat=1;%image or 2D matrix
784            test_interp2=0;%default
785%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
786            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
787            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
788            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
789            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
790            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
791            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
792            npxy=size(A);
793            npx=npxy(2);
794            npy=npxy(1);
795            if numel(AX)==2
796                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
797            else
798                DX_vec=diff(AX);
799                DX=max(DX_vec);
800                DX_min=min(DX_vec);
801                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
802                    test_interp2=1;
803                    DX=DX_min;
804                end   
805            end
806            if numel(AY)==2
807                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
808            else
809                DY_vec=diff(AY);
810                DY=max(DY_vec);
811                DY_min=min(DY_vec);
812                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
813                   test_interp2=1;
814                    DY=DY_min;
815                end     
816            end             
817            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
818            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
819            if isfield(ObjectData,'DX')
820                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
821            else
822                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
823            end
824            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
825            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
826            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
827            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
828            if isfield(FieldData,'RangeX')
829                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
830            else
831                XMin=0;
832            end
833            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
834            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
835            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
836            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
837            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
838            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
839            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
840            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
841            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
842            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
843            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
844            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
845            ind_in=find(flagin);
846            ind_out=find(~flagin);
847            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
848            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
849            nbcolor=1; %color images
850            if numel(npxy)==2
851                nbcolor=1;
852            elseif length(npxy)==3
853                nbcolor=npxy(3);
854            else
855                errormsg='multicomponent field not projected';
856                display(errormsg)
857                return
858            end
859            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
860            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
861            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
862            for ivar=VarIndex
863                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
864                if test_interp2% interpolate on new grid
865                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
866                end
867                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
868                if nbcolor==1
869                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
870                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
871                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
872                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
873                elseif nbcolor==3
874                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
875                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
876                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
877                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
878                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
879                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
880                end 
881                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
882                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
883                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
884            end
885            if testU
886                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
887                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
888                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
889                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
890            end
891            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
892            if nbcolor==3
893                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
894            end
895        end     
896    end
897end
898
899% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
900% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
901% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
902% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
903% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
904% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
905% %     else
906% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
907% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
908% %     end
909%
910% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
911
912
913%-----------------------------------------------------------------
914%project on a plane
915% AJOUTER flux,circul,error
916 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
917%-----------------------------------------------------------------
918
919%initialisation of the input parameters of the projection plane
920%-----------------------------------------------------------------
921ProjMode='projection';%direct projection by default
922if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
923
924%axis origin
925if isempty(ObjectData.Coord)
926    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
927    ObjectData.Coord(1,2)=0;
928    ObjectData.Coord(1,3)=0;
929end
930
931%rotation angles
932Phi=0;%default
933Theta=0;
934Psi=0;
935if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
936    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
937end
938if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
939    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
940end
941if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
942    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
943end
944
945%components of the unity vector normal to the projection plane
946NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
947NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
948NormVec_Z=cos(Theta);
949
950% test for 3D fields
951test3D=0;
952if isfield(FieldData,'nb_dim')
953    test3D=isequal(FieldData.nb_dim,3)
954end
955test3C=test3D; %default 3 vel components
956
957%mesh sizes DX and DY
958DX=0;
959DY=0; %default
960if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
961     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
962end
963if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
964     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
965end
966if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
967        errormsg='DX or DY missing';
968        display(errormsg)
969        return
970end
971
972%extrema along each axis
973testXMin=0;
974testXMax=0;
975testYMin=0;
976testYMax=0;
977if isfield(ObjectData,'RangeX')
978        XMin=min(ObjectData.RangeX);
979        XMax=max(ObjectData.RangeX);
980        testXMin=XMax>XMin;
981        testXMax=1;
982end
983if isfield(ObjectData,'RangeY')
984        YMin=min(ObjectData.RangeY);
985        YMax=max(ObjectData.RangeY);
986        testYMin=YMax>YMin;
987        testYMax=1;
988end
989width=0;%default width of the projection band
990if isfield(ObjectData,'RangeZ')
991        width=max(ObjectData.RangeZ);
992end
993
994% initiate Matlab  structure for physical field
995ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
996ProjData.NbDim=2;
997ProjData.ListDimName={};%name of dimension
998ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
999ProjData.ListVarName={};
1000ProjData.VarDimName={};
1001
1002error=0;%default
1003flux=0;
1004testfalse=0;
1005ListIndex={};
1006
1007%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1008%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1009%-----------------------------------------------------------------
1010idimvar=0;
1011[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1012if ~isempty(errormsg)
1013    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1014    return
1015end
1016%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1017% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1018ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1019icoord=0;
1020nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1021for icell=1:length(CellVarIndex)
1022    if NbDim(icell)<2
1023        continue
1024    end
1025    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1026    VarType=VarTypeCell{icell};
1027    ivar_X=VarType.coord_x;
1028    ivar_Y=VarType.coord_y;
1029    ivar_Z=VarType.coord_z;
1030    ivar_U=VarType.vector_x;
1031    ivar_V=VarType.vector_y;
1032    ivar_W=VarType.vector_z;
1033    ivar_C=VarType.scalar ;
1034    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1035    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1036    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1037    ivar_F=VarType.warnflag;
1038    ivar_FF=VarType.errorflag;
1039    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1040    %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
1041    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1042    if ischar(DimCell)
1043        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1044    end
1045   
1046%case of input fields with unstructured coordinates
1047    if testX
1048        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X}
1049        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y}
1050        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1051        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1052        if length(ivar_Z)==1
1053            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z}
1054            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1055        end
1056
1057        % translate  initial coordinates
1058        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1059        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1060        if ~isempty(ivar_Z)
1061            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1062        end
1063       
1064        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1065        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1066            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1067            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1068            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1069            for ivar=VarIndex
1070                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1071                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1072%                 end     
1073                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1074            end
1075            coord_x=coord_x(indcut);
1076            coord_y=coord_y(indcut);
1077            coord_z=coord_z(indcut);
1078        end
1079
1080       %rotate coordinates if needed
1081        if isequal(Phi,0)
1082            coord_X=coord_x;
1083            coord_Y=coord_y;
1084            if ~isequal(Theta,0)
1085                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1086            end
1087        else
1088            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1089            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1090        end
1091        if ~isempty(ivar_Z)
1092            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1093        end
1094        if ~isequal(Psi,0)
1095                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1096                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1097        end
1098       
1099        %restriction to the range of x and y if imposed
1100        testin=ones(size(coord_X)); %default
1101        testbound=0;
1102        if testXMin
1103            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1104            testbound=1;
1105        end
1106        if testXMax
1107            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1108            testbound=1;
1109        end
1110        if testYMin
1111            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1112            testbound=1;
1113        end
1114        if testYMin
1115            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1116            testbound=1;
1117        end
1118        if testbound
1119            indcut=find(testin);
1120            for ivar=VarIndex
1121                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1122                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1123            end
1124            coord_X=coord_X(indcut);
1125            coord_Y=coord_Y(indcut);
1126            if length(ivar_Z)==1
1127                coord_Z=coord_Z(indcut);
1128            end
1129        end
1130        % different cases of projection
1131        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1132            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName
1133            %FieldData.ListDimName(DimIndices(1))];%add the point index to
1134            %the list of dimension
1135            ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1136            ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1137            nbvar=0;
1138            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1139                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1140                if ivar==ivar_X %x coordinate
1141                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1142                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1143                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1144                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1145                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1146                end
1147                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1148                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1149                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1150                    nbvar=nbvar+1;
1151                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1152                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1153                    end
1154                end
1155            end 
1156        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1157            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1158            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1159            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1160            %ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1161            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1162            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1163            nbcoord=2;
1164            %ProjData.VarDimIndex={};   
1165            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1166            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1167            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1168            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1169            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1170            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1171            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1172            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1173            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1174            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1175            if ~isequal(ivar_FF,0)
1176                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1177                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1178                coord_X=coord_X(indsel);
1179                coord_Y=coord_Y(indsel);
1180            end
1181            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1182            testFF=0;
1183            for ivar=VarIndex
1184                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1185                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1186                    ivar_new=ivar_new+1;
1187                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1188                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1189                    %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1 2]}];
1190                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1191                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1192                    end
1193%                     ProjData.VarAttribute{ivar_new}.Coord_2=[XMin XMax];
1194%                     ProjData.VarAttribute{ivar_new}.Coord_1=[YMin YMax];
1195                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1196                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1197                    end
1198                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1199                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1200                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1201                    indnan=find(FFlag);
1202                    if~isempty(indnan)
1203                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1204                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1205                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1206%                         eval(['ProjData.' VarName '(indnan)=zeros(size(indnan));'])%put NaN to 0
1207%                         FF=FF|FFlag;
1208                        testFF=1;
1209                    end
1210                    if ivar==ivar_U
1211                        ivar_U=ivar_new;
1212                    end
1213                    if ivar==ivar_V
1214                        ivar_V=ivar_new;
1215                    end
1216                    if ivar==ivar_W
1217                        ivar_W=ivar_new;
1218                    end
1219                end
1220            end
1221            if testFF
1222                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1223                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1224              %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1 2]}];
1225               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1226                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1227            end
1228        end
1229%case of fields defined on a structured  grid
1230    else 
1231        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1232        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1233        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1234        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1235        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1236        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1237       
1238        %ListDimName=FieldData.ListDimName(DimIndices);
1239        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1240        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1241        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1242        nbcolor=1; %default
1243        for idim=1:length(ListDimName)
1244            DimName=ListDimName{idim};
1245            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1246               nbcolor=DimValue(idim);
1247               DimIndices(idim)=[];
1248               DimValue(idim)=[];
1249            end
1250            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1251                DimIndices(idim)=[];
1252                DimValue(idim)=[];
1253            end
1254        end 
1255        ind_1=find(DimValue==1);
1256        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1257%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1258        nb_dim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1259        Coord_z=[];
1260        Coord_y=[];
1261        Coord_x=[];   
1262   
1263        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1264            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1265            test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
1266            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1267            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1268                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1269                DCoord=diff(Coord{idim});
1270                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1271                DCoord_max=max(DCoord);
1272                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1273                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1274                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1275                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1276                                return
1277                end               
1278                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1279                test_coord(idim)=1;
1280
1281            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1282                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1283                DCoord_min(idim)=1;%default
1284                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1285                test_direct(idim)=1;
1286            end
1287        end
1288        if nb_dim==2
1289            if DY==0
1290                DY=abs(DCoord_min(1));
1291            end
1292            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1293            npy=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1294            if DX==0
1295                DX=abs(DCoord_min(2));
1296            end
1297            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1298            npx=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1299            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1300            test_direct_y=test_direct(1);
1301            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1302            test_direct_x=test_direct(2);
1303            DAX=DCoord_min(2);
1304            DAY=DCoord_min(1);
1305        elseif nb_dim==3
1306            DZ=abs(DCoord_min(1));
1307            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1308            if DY==0
1309                DY=abs(DCoord_min(2));
1310            end
1311            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1312            npy=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1313            if DX==0
1314                DX=abs(DCoord_min(3));
1315            end
1316            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1317            npx=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1318            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1319            test_direct_z=test_direct(1);
1320            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1321            test_direct_y=test_direct(2);
1322            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1323            test_direct_x=test_direct(3);
1324        end 
1325        minAX=min(Coord_x);
1326        maxAX=max(Coord_x);
1327        minAY=min(Coord_y);
1328        maxAY=max(Coord_y);
1329        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1330        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1331        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1332        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1333        if ~testXMax
1334            XMax=max(xcor_new);
1335        end
1336        if ~testXMin
1337            XMin=min(xcor_new);
1338        end
1339        if ~testYMax
1340            YMax=max(ycor_new);
1341        end
1342        if ~testYMin
1343            YMin=min(ycor_new);
1344        end
1345        DXinit=(maxAX-minAX)/(npx-1);
1346        DYinit=(maxAY-minAY)/(npy-1);
1347        if DX==0
1348            DX=DXinit;
1349        end
1350        if DY==0
1351            DY=DYinit;
1352        end
1353        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1354        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1355        if test_direct_y
1356            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1357        else
1358            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1359        end
1360        if test_direct_x
1361            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1362        else
1363            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1364        end
1365       
1366        % case with no rotation and interpolation
1367        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1368            if test_direct(1)
1369                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1370                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1371                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1372                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1373            else
1374                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1375                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1376                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1377                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1378            end             
1379            if test_direct(2)==1
1380                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1381                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1382                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1383                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1384            else
1385                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1386                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1387                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1388                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1389            end
1390            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1391            min_ind2=max(min_ind2,1);
1392            max_ind1=min(max_ind1,npy);
1393            max_ind2=min(max_ind2,npx);
1394            for ivar=VarIndex
1395                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1396%                 if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')% coordinates common to all fields
1397%                     ProjData.ListDimName={'coord_y','coord_x'};
1398%                     ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1399%                 else
1400%                     icoord=icoord+1;
1401%                     ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {['coord_y_' num2str(icoord)],['coord_x_' num2str(icoord)]}];
1402%                     ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1403%                 end
1404                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1405                ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1406                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1407                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1408                end
1409%                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=Xbound;
1410%                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=Ybound;
1411                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1412            end         
1413        else
1414        % case with rotation and/or interpolation
1415            if isempty(Coord_z) %2D case
1416                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1417                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1418                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1419                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1420                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1421                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1422                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1423                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
1424                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1425                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1426                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1427                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1428                    test_filter=1;
1429                else
1430                    test_filter=0;
1431                end
1432                for ivar=VarIndex
1433                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
1434                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
1435                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1436                    end
1437                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1438                    if test_filter 
1439                         Aclass=class(FieldData.A);
1440                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1441                         if ~isequal(Aclass,'double')
1442                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1443                         end
1444                    end
1445                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',npx*npy,nbcolor);'])%put the original image in line             
1446                    ind_in=find(flagin);
1447                    ind_out=find(~flagin);
1448                    ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
1449                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1450                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1451                    for icolor=1:nbcolor
1452                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1453                    end
1454                    % TODO: A REVOIR:
1455%                     if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp') || isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')% coordinates common to all fields
1456%                         ProjData.ListDimName={'coord_y','coord_x'};
1457%                         ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1458%                     else
1459%                         icoord=icoord+1;
1460%                         ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {['coord_y_' num2str(icoord)],['coord_x_' num2str(icoord)]}];
1461%                         ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1462%                     end
1463                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
1464                   % ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1465                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1466                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1467                    end
1468                    % A REVOIR:
1469%                     if test_direct(2)==1
1470%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMin XMax];
1471%                     else
1472%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMax XMin];
1473%                     end
1474%                     if test_direct(1)==1
1475%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMin YMax];
1476%                     else
1477%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMax YMin];
1478%                     end     
1479                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1480                end
1481                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1482                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1483              %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1484                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1485            else %3D case
1486                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1487                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1488                    iz_sup=find(test_sup);
1489                    iz=iz_sup(1);
1490                    if iz>=1 & iz<=npz
1491                        ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1492                        ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1493                        for ivar=VarIndex
1494                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1495                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1496                          %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-2 nb_dim-1]];
1497                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1498                            % A REVOIR
1499%                             if test_direct_x==1
1500%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMin XMax];
1501%                             else
1502%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMax XMin];
1503%                             end
1504%                             if test_direct_y==1
1505%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMin YMax];
1506%                             else
1507%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMax YMin];
1508%                             end     
1509                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1510                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1511                            if test_interp(2) | test_interp(3)
1512                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1513                            end
1514                        end
1515                    end
1516                else
1517                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1518                    %TODO: use interp3
1519                    return
1520                end
1521            end
1522        end
1523    end
1524    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
1525    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
1526        if isempty(ivar_V)
1527            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1528            return
1529        end
1530        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1531        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1532        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1533        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1534        if ~isempty(ivar_W)
1535            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1536            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1537            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1538        end
1539        if ~isequal(Psi,0)
1540            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1541            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1542        end
1543    end
1544end
1545
1546%-----------------------------------------------------------------
1547%transmit the global attributes
1548function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
1549%-----------------------------------------------------------------
1550% ProjData=FieldData;
1551ProjData=[];%default
1552if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
1553    ProjData.ListGlobalAttribute={};
1554else
1555    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
1556end
1557if isfield(FieldData,'Txt')
1558    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
1559    return;
1560end
1561for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
1562    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
1563    if isfield(FieldData,AttrName)
1564        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
1565    end
1566end
1567if isfield(FieldData,'CoordType')
1568    if isfield(ObjectData,'CoordType')&~isequal(FieldData.CoordType,ObjectData.CoordType)
1569        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordType ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordType ' coordinates'];
1570        return
1571    else
1572         ProjData.CoordType=FieldData.CoordType;
1573    end
1574end
1575
1576ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
1577for ilist=1:length(ListObject)
1578    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
1579        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
1580        if ~isempty(val)
1581            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
1582            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
1583        end
1584    end   
1585end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.