source: trunk/src/proj_field.m @ 888

Last change on this file since 888 was 888, checked in by sommeria, 8 years ago

'proj_field

File size: 111.7 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65
66%=======================================================================
67% Copyright 2008-2014, LEGI UMR 5519 / CNRS UJF G-INP, Grenoble, France
68%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
69%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
70%
71%     This file is part of the toolbox UVMAT.
72%
73%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
74%     it under the terms of the GNU General Public License as published
75%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
76%     or (at your option) any later version.
77%
78%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
79%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
80%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
81%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
82%=======================================================================
83
84function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
85errormsg='';%default
86ProjData=[];
87
88%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
89if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    return
91end
92ListProjMode={'projection','interp_lin','interp_tps','inside','outside'};%list of effective projection modes
93if isempty(find(strcmp(ObjectData.ProjMode,ListProjMode), 1))% no projection in case
94    return
95end
96if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
97    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
98        ObjectData.Coord=[0 0];%default
99    else
100        return
101    end
102end
103
104%% apply projection depending on the object type
105switch ObjectData.Type
106    case 'points'
107        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
108    case {'line','polyline'}
109        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
110    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
111        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
112            if ~exist('VarMesh','var')
113                VarMesh=[];
114            end
115            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh);
116        else
117            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
118        end
119    case 'plane'
120        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
121    case 'volume'
122        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
123end
124
125% %% take the difference of projected input fields if relevant
126% [CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(ProjData);
127% ind_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
128% ivar=[];
129% ivar_1=[];
130% for icell=1:numel(CellInfo)
131%     if ~isempty(CellInfo{icell})
132%         % if two scalar are in the same cell
133%         if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_scalar') && numel(CellInfo{icell}.VarIndex_scalar)==2 && ProjData.VarAttribute{CellInfo{icell}.VarIndex_scalar(2)}.CheckSub;
134%             ivar=[ivar CellInfo{icell}.VarIndex_scalar(1)];
135%             ivar_1=[ivar_1 CellInfo{icell}.VarIndex_scalar(2)];
136%         end
137%         % if two vector u components are in the same cell
138%         if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x') && numel(CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x)==2 && ProjData.VarAttribute{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x(2)}.CheckSub;
139%             ivar=[ivar CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x(1)];
140%             ivar_1=[ivar_1 CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x(2)];
141%         end
142%          % if two vector v components are in the same cell
143%         if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y') && numel(CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y)==2 && ProjData.VarAttribute{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y(2)}.CheckSub;
144%             ivar=[ivar CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y(1)];
145%             ivar_1=[ivar_1 CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y(2)];
146%         end
147%     end
148% end
149% % subtract fields if relevant
150% for imod=1:numel(ivar)
151%         VarName=ProjData.ListVarName{ivar(imod)};
152%         VarName_1=ProjData.ListVarName{ivar_1(imod)};
153%         ProjData.(VarName)=double(ProjData.(VarName))-double(ProjData.(VarName_1));
154%         ind_remove(ivar_1(imod))=1;
155% end
156% ProjData.ListVarName(find(ind_remove))=[];
157% ProjData.VarDimName(find(ind_remove))=[];
158% ProjData.VarAttribute(find(ind_remove))=[];
159
160%-----------------------------------------------------------------
161%project on a set of points
162function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
163%-------------------------------------------------------------------
164
165siz=size(ObjectData.Coord);
166width=0;
167if isfield(ObjectData,'Range')
168    width=ObjectData.Range(1,2);
169end
170if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
171    width=max(ObjectData.RangeX);
172end
173if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
174    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
175end
176if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
177    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
178end
179if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
180    if width==0
181        errormsg='projection range around points needed';
182        return
183    end
184elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
185    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
186        return
187end
188[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
189if ~isempty(errormsg)
190    return
191end
192ProjData.NbDim=0;
193[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
194if ~isempty(errormsg)
195    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
196    return
197end
198%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
199for icell=1:length(CellInfo)
200    if NbDimArray(icell)<=1
201        continue %projection only for multidimensional fields
202    end
203    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
204    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
205    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
206    ivar_Z=[];
207    if NbDimArray(icell)==3
208        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
209    end
210    ivar_FF=[];
211    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
212        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
213        if numel(ivar_FF)>1
214            errormsg='multiple error flag input';
215            return
216        end
217    end   
218    % select types of  variables to be projected
219   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
220      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
221   for ilist=1:numel(ListProj)
222       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
223           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
224       end
225   end
226   VarIndex=find(check_proj);
227    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
228    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
229    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
230    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
231    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
232    for ivar=VarIndex       
233        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
234        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
235        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
236
237    end
238    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
239        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
240        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
241        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
242        if length(ivar_Z)==1
243            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
244            test3D=1;
245        end
246   
247        for ipoint=1:siz(1)
248           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
249           distX=coord_x-Xpoint(1);
250           distY=coord_y-Xpoint(2);         
251           dist=distX.*distX+distY.*distY;
252           indsel=find(dist<width*width);
253           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
254           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
255           if isequal(length(ivar_FF),1)
256               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
257               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
258               indsel=indsel(~FF);
259           end
260           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
261            for ivar=VarIndex
262               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
263               if isempty(indsel)
264                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
265               else
266                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
267                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
268                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
269                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
270                    end
271               end
272            end
273        end
274    else    %case of structured coordinates
275        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
276            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
277            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
278            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
279            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
280            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
281            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
282            npxy=size(A);         
283            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
284            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
285                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
286            end
287            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
288                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
289                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
290                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
291                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
292                if numel(Coord{idim})==2
293                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
294                    test_direct(idim)=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
295                else
296                    DCoord=diff(Coord{idim});
297                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
298                    DCoord_max=max(DCoord);
299                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
300                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
301                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
302                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
303                        return
304                    end
305                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
306                    test_coord(idim)=1;
307                end
308            end
309            DX=DCoord_min(2);
310            DY=DCoord_min(1);
311            for ipoint=1:siz(1)
312                xwidth=width/(abs(DX));
313                ywidth=width/(abs(DY));
314                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
315                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
316                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
317                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
318                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
319                j_min=max(1,j_min);
320                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
321                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
322                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
323                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
324                i_int=(i_min:i_plus);
325                j_int=(j_min:j_plus);
326                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
327                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
328                   for ivar=VarIndex   
329                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
330                   end
331                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
332                else
333                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
334                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
335                    for ivar=VarIndex   
336                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
337                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
338                    end
339                end
340            end
341        end
342   end
343end
344
345%-----------------------------------------------------------------
346%project in a patch
347function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh)%%
348%-------------------------------------------------------------------
349[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
350if ~isempty(errormsg)
351    return
352end
353%objectfield=fieldnames(ObjectData);
354widthx=0;
355widthy=0;
356if isfield(ObjectData,'RangeX') && ~isempty(ObjectData.RangeX)
357    widthx=max(ObjectData.RangeX);
358end
359if isfield(ObjectData,'RangeY') && ~isempty(ObjectData.RangeY)
360    widthy=max(ObjectData.RangeY);
361end
362
363%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
364ProjData.NbDim=1;
365ProjData.ListVarName={};
366ProjData.VarDimName={};
367ProjData.VarAttribute={};
368
369CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
370if isfield (FieldData,'VarAttribute')
371    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
372        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
373            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
374        end
375        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
376            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
377        end
378    end
379end
380
381%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
382[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
383if ~isempty(errormsg)
384    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
385    return
386end
387
388%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
389for icell=1:length(CellInfo)
390    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
391    test_Amat=0;
392    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
393        continue
394    end
395    ivar_FF=[];
396    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
397    if testfalse
398        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
399        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
400        errorflag=FieldData.(FFName);
401    end
402    % select types of  variables to be projected
403    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
404    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
405    for ilist=1:numel(ListProj)
406        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
407            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
408        end
409    end
410    VarIndex=find(check_proj);
411   
412    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
413    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
414    ivar_Z=[];
415    if NbDim(icell)==3
416        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
417    end
418    switch CellInfo{icell}.CoordType
419        case 'scattered' %case of unstructured coordinates
420            for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
421                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
422                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
423            end
424            XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
425            YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
426            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
427            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
428            % image or 2D matrix
429        case 'grid' %case of structured coordinates
430            test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
431            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
432            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
433            AX=FieldData.(AXName);% x coordinate
434            AY=FieldData.(AYName);% y coordinate
435            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
436            DimValue=size(FieldData.(VarName));
437            if length(AX)==2
438                AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
439            end
440            if length(AY)==2
441                AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
442            end
443            if length(DimValue)==3
444                testcolor=1;
445                npxy(3)=3;
446            else
447                testcolor=0;
448                npxy(3)=1;
449            end
450            [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
451            npxy(1)=length(AY);
452            npxy(2)=length(AX);
453            Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
454            Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
455            for ivar=1:length(VarIndex)
456                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
457                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
458            end
459    end
460    %select the indices in the range of action
461    testin=[];%default
462    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
463        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
464            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
465            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
466            testin=distX<widthx & distY<widthy;
467        elseif test_Amat
468            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
469            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
470            testin=distX<widthx & distY<widthy;
471        end
472    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
473        if strcmp(CoordType,'scattered')
474            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
475        elseif strcmp(CoordType,'grid')
476            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
477        else%calculate the scalar
478            testin=[]; %A REVOIR
479        end
480    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
481        X2Max=widthx*widthx;
482        Y2Max=(widthy)*(widthy);
483        if strcmp(CoordType,'scattered')
484            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
485            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
486            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
487        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
488            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
489            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
490            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
491        end
492    end
493    %selected indices
494    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
495        testin=~testin;
496    end
497    if testfalse
498        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
499    end
500    indsel=find(testin);
501    nbvar=0;
502    VarSize=zeros(size(VarIndex));
503    for ivar=VarIndex
504        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
505        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each co
506        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
507        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color co
508        nbvar=nbvar+1;
509        VarSize(nbvar)=mean((ProjData.([VarName 'Max'])-ProjData.([VarName 'Min']))/100);
510    end
511    if  isempty(VarMesh)% || isnan(VarMesh) % mesh not specified as input, estimate from the bounds
512        VarMesh=mean(VarSize);
513        ord=10^(floor(log10(VarMesh)));%order of magnitude
514        if VarMesh/ord >=5
515            VarMesh=5*ord;
516        elseif VarMesh/ord >=2
517            VarMesh=2*ord;
518        else
519            VarMesh=ord;
520        end
521    end
522    for ivar=VarIndex
523        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
524        LowBound=VarMesh*ceil(ProjData.([VarName 'Min'])/VarMesh);
525        UpperBound=VarMesh*floor(ProjData.([VarName 'Max'])/VarMesh);
526        if numel(indsel)<=1
527            errormsg='only one data point or less for histogram';
528            return
529        elseif isequal(LowBound,UpperBound)
530            errormsg='attempt histogram of uniform field: low bound = high bound';
531            return
532        end       
533        ProjData.(VarName)=LowBound:VarMesh:UpperBound; % list of bin values
534        ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
535        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
536        if test_Amat && testcolor
537            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
538        else
539            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
540        end
541        VarAttribute_var=[];
542        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
543            VarAttribute_var=FieldData.VarAttribute{ivar};
544        end
545      %  VarAttribute_var.Role='coord_x';% the variable is now used as an absissa
546        VarAttribute_histo.Role='histo';
547        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {VarAttribute_var} {VarAttribute_histo} {[]} {[]} {[]}];
548    end
549end
550
551%-----------------------------------------------------------------
552%project on a line
553% AJOUTER flux,circul,error
554% OUTPUT:
555% ProjData: projected field
556%
557function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
558%-----------------------------------------------------------------
559[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
560if ~isempty(errormsg)
561    return
562end
563ProjData.NbDim=1;
564%initialisation of the input parameters and defaultoutput
565ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
566% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
567width=0;
568if isfield(ObjectData,'RangeY')
569    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
570end
571% default output
572errormsg='';%default
573Xline=[];
574flux=0;
575circul=0;
576liny=ObjectData.Coord(:,2);
577NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
578testfalse=0;
579ListIndex={};
580
581
582%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
583LineCoord=ObjectData.Coord;
584switch ObjectData.Type
585    case 'ellipse'
586        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
587        NbSegment=0;
588    case 'rectangle'
589        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
590        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
591        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
592        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
593    case 'polygon'
594        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
595end
596if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
597    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
598        return% line needs at least 2 points to be defined
599    end
600    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
601    dliny=diff(LineCoord(:,2));
602    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
603    LineLength=sum(dlength);
604    NbSegment=numel(LineLength);
605end
606CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
607
608%     x = a \ \cosh \mu \ \cos \nu
609%
610%     y = a \ \sinh \mu \ \sin \nu
611
612%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
613
614% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
615xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
616if isequal(ProjMode,'projection')
617    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
618        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
619        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
620        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
621        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
622    else
623        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
624        return
625    end
626else % need to define the set of interpolation points
627    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
628        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
629        if CheckClosedLine
630            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
631            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
632            DX_edge=DX/2;
633        else
634            DX_edge=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point, the same for the end point
635        end
636        XI=[];
637        YI=[];
638        ThetaI=[];
639        dlengthI=[];
640        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
641            phi=(DX_edge:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
642            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
643            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
644            dphi=2*pi*DX/LineLength;
645            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
646        else
647            for isegment=1:NbSegment
648                costheta=cos(theta(isegment));
649                sintheta=sin(theta(isegment));
650                %                 XIsegment=LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
651                %                 YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
652                NbInterval=floor((dlength(isegment)-DX_edge)/DX);
653                LastX=DX_edge+DX*NbInterval;
654                NbPoint=NbInterval+1;
655                XIsegment=linspace(LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta,LineCoord(isegment,1)+LastX*costheta,NbPoint);
656                YIsegment=linspace(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta,LineCoord(isegment,2)+LastX*sintheta,NbPoint);
657                XI=[XI XIsegment];
658                YI=[YI YIsegment];
659                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
660                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
661                DX_edge=DX-(dlength(isegment)-LastX);%edge for the next segment set to keep DX=DX_end+DX_edge between two segments
662            end
663        end
664        Xproj=cumsum(dlengthI);
665    else
666        errormsg='abscissa mesh along line DX needed for interpolation';
667        return
668    end
669end
670
671
672%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
673[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
674if ~isempty(errormsg)
675    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
676    return
677end
678CellInfo=CellInfo(NbDim==2); %keep only the 2D cells
679%%%%%% TODO: treat 1D fields: project as identity so that P o P=P for projection operation
680
681%% loop on variable cells with the same space dimension 2
682ProjData.ListVarName={};
683ProjData.VarDimName={};
684check_abscissa=0;
685for icell=1:length(CellInfo)
686    % list of variable types to be projected
687    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
688    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
689    for ilist=1:numel(ListProj)
690        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
691            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
692        end
693    end
694    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
695   
696    %% identify vector components
697    %testU=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x') &&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y') ;% test for vectors
698    %     if testU
699    %         UName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x};
700    %         VName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y};
701    %         vector_x=FieldData.(UName);
702    %         vector_y=FieldData.(VName);
703    %     end
704    %identify error flag
705    errorflag=0; %default, no error flag
706    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
707        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
708        errorflag=FieldData.(FFName);
709    end
710    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
711    ivar_U=[];
712    ivar_V=[];
713    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
714   
715    %         circul=0;
716    %         flux=0;
717    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
718    switch CellInfo{icell}.CoordType
719        %case of unstructured coordinates
720        case 'scattered'
721%             XName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
722%             YName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
723            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});
724            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});
725           
726            if isequal(ProjMode,'projection')
727                if width==0
728                    errormsg='range of the projection object is missing';
729                    return
730                end
731                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
732                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
733                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
734                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
735                % select the (non false) input data located in the band of projection
736                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
737                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
738                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
739                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
740                coord_x=coord_x(flagsel);
741                coord_y=coord_y(flagsel);
742                costheta=cos(theta);
743                sintheta=sin(theta);
744                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
745                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
746                ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)})=Xproj;
747                for ivar=1:numel(VarIndex)
748                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict variables to the projection band
749                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
750                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
751                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
752                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
753                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
754                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x');
755                            ivar_U=nbvar+ivar;
756                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y');
757                            ivar_V=nbvar+ivar;
758                        end
759                    end
760                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles with continuous lines
761                end
762            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
763                if ~check_abscissa
764                    XName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
765                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
766                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
767                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
768                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
769                    check_abscissa=1; % define abcissa only once
770                end
771                if ~isequal(errorflag,0)
772                    VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
773                    indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
774                    coord_x=coord_x(indsel);
775                    coord_y=coord_y(indsel);
776                    for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
777                        VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
778                        FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
779                    end
780                end
781                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
782                ProjData.X=Xproj;
783                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
784                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
785                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
786                for ivar=1:numel(VarAttribute)
787                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
788                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
789                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
790                            ivar_U=ivar+nbvar;
791                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
792                            ivar_V=ivar+nbvar;
793                        end
794                    end
795                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
796                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
797                end
798            end
799        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
800            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
801                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
802                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
803                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
804                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
805                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
806                end
807                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
808                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'X'}];
809                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
810                ProjData.X=Xproj;
811                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
812                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
813                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
814                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
815                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
816                for ivar=1:numel(VarAttribute)
817                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
818                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
819                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
820                            ivar_U=ivar+nbvar;
821                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
822                            ivar_V=ivar+nbvar;
823                        end
824                    end
825                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
826                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
827                end
828            end
829            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
830           
831        case 'grid'   %case of structured coordinates
832            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
833                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
834            else
835                test_Amat=1;%image or 2D matrix
836                test_interp2=0;%default
837                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
838                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
839                eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
840                eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions
841                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
842                eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
843                npxy=size(A);
844                npx=npxy(2);
845                npy=npxy(1);
846                if numel(AX)==2
847                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
848                else
849                    DX_vec=diff(AX);
850                    DX=max(DX_vec);
851                    DX_min=min(DX_vec);
852                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
853                        test_interp2=1;
854                        DX=DX_min;
855                    end
856                end
857                if numel(AY)==2
858                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
859                else
860                    DY_vec=diff(AY);
861                    DY=max(DY_vec);
862                    DY_min=min(DY_vec);
863                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
864                        test_interp2=1;
865                        DY=DY_min;
866                    end
867                end
868                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
869                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
870                if isfield(ObjectData,'DX')
871                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
872                else
873                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
874                end
875                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
876                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
877                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
878                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
879                if isfield(FieldData,'RangeX')
880                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
881                else
882                    XMin=0;
883                end
884                eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
885                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
886                eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
887                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
888                eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
889                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
890                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
891                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
892                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
893                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
894                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
895                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
896                ind_in=find(flagin);
897                ind_out=find(~flagin);
898                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
899                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
900                nbcolor=1; %color images
901                if numel(npxy)==2
902                    nbcolor=1;
903                elseif length(npxy)==3
904                    nbcolor=npxy(3);
905                else
906                    errormsg='multicomponent field not projected';
907                    display(errormsg)
908                    return
909                end
910                nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
911                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
912                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
913                for ivar=VarIndex
914                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
915                    if test_interp2% interpolate on new grid
916                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI);%TO TEST
917                    end
918                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
919                    if nbcolor==1
920                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
921                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
922                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
923                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
924                    elseif nbcolor==3
925                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
926                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
927                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
928                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
929                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
930                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
931                    end
932                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
933                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
934                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
935                end
936                if nbcolor==3
937                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
938                end
939            end
940    end
941    if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
942        vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U});
943        ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
944        ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
945    end
946end
947
948% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
949% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
950% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
951% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
952% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
953% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
954% %     else
955% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
956% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
957% %     end
958%
959% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
960
961
962%-----------------------------------------------------------------
963%project on a plane
964% AJOUTER flux,circul,error
965function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
966%-----------------------------------------------------------------
967
968%% rotation angles
969PlaneAngle=[0 0 0];
970norm_plane=[0 0 1];
971cos_om=1;
972sin_om=0;
973test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
974test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
975if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
976    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
977    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
978    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
979    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
980    cos_om=cos(om);
981    sin_om=sin(om);
982    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
983    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
984    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
985    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
986    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
987end
988testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0])||~isequal(ObjectData.Coord(1:2),[0 0 ]) ;% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
989
990%% mesh sizes DX and DY
991DX=[];
992DY=[];%default
993if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
994    DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
995elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
996    DX=FieldData.CoordMesh;
997end
998if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
999    DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1000elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1001    DY=FieldData.CoordMesh;
1002end
1003if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
1004    errormsg='DX or DY not defined';
1005    return
1006end
1007
1008%% extrema along each axis
1009testXMin=0;% test if min of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1010testXMax=0;% test if max of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1011testYMin=0;% test if min of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1012testYMax=0;% test if max of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1013if isfield(ObjectData,'RangeX') % rangeX defined by the projection object
1014    XMin=min(ObjectData.RangeX);
1015    XMax=max(ObjectData.RangeX);
1016    testXMin=XMax>XMin;%=1 if XMin defined (i.e. RangeY has two distinct elements)
1017    testXMax=1;% max of X coordinates defined on the projection object
1018end
1019if isfield(ObjectData,'RangeY') % rangeY defined by the projection object
1020    YMin=min(ObjectData.RangeY);
1021    YMax=max(ObjectData.RangeY);
1022    testYMin=YMax>YMin;%=1 if YMin defined (i.e. RangeY has tow distinct elements)
1023    testYMax=1;% max of Y coordinates defined on the projection object
1024end
1025width=0;%default width of the projection band
1026if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1027    width=max(ObjectData.RangeZ);
1028end
1029
1030%% initiate Matlab  structure for physical field
1031[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1032if ~isempty(errormsg)
1033    return
1034end
1035
1036%% reproduce initial plane position and angle
1037if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
1038    if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
1039        if isfield(ProjData,'.PlaneCoord') && ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1040            errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
1041            return
1042        end
1043    else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
1044        ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
1045    end
1046    if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
1047        if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
1048            if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1049                errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
1050                return
1051            end
1052        else
1053            ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
1054        end
1055    end
1056end
1057ProjData.NbDim=2;
1058ProjData.ListVarName={};
1059ProjData.VarDimName={};
1060ProjData.VarAttribute={};
1061if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
1062    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1063elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1064    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1065end
1066error=0;%default
1067flux=0;
1068testfalse=0;
1069ListIndex={};
1070
1071%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1072[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
1073
1074if ~isempty(errormsg)
1075    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1076    return
1077end
1078check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
1079
1080ProjMode=cell(size(CellInfo));
1081for icell=1:numel(CellInfo)
1082    ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;% projection mode of the plane object
1083end
1084    icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
1085if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')
1086    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
1087    if ~testYMin
1088        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return
1089    end
1090    if ~testYMax
1091        errormsg='max Y value not defined for the projection grid';return
1092    end
1093    if ~testXMin
1094        errormsg='min X value not defined for the projection grid';return
1095    end
1096    if ~testXMax
1097        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
1098    end
1099else
1100    %% case of a grid requested by the input field
1101    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1102        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
1103            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
1104                case 'interp_lin'
1105                    ProjMode{icell}='interp_lin';
1106                case 'interp_tps'
1107                    ProjMode{icell}='interp_tps';
1108            end
1109        end
1110        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1111            check_grid(icell)=1;
1112        end
1113        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')&&NbDimArray(icell)>=2
1114            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
1115                icell_grid=icell;
1116                ProjMode{icell}='projection';
1117            end
1118            check_grid(icell)=1;
1119        end
1120    end
1121    if ~isempty(find(check_grid))% if a grid is requested by the input field
1122        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
1123            if ~isfield(FieldData,'XMax')
1124                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
1125            end
1126        end
1127    end
1128end
1129if ~isempty(find(check_grid))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1130    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1131        AYName='coord_y';
1132        AXName='coord_x';
1133        if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')
1134            ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1135            ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
1136            coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
1137            coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
1138        else
1139            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1140            ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
1141            coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
1142            coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
1143        end
1144        [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1145%         XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1146%         YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1147    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
1148        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
1149        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1150        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1151        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
1152        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
1153    end
1154    ProjData.ListVarName={AYName,AXName};
1155    ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
1156    ProjData.VarAttribute={[],[]};
1157end
1158   
1159%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1160% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
1161% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1162%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1163% icoord=0;
1164nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1165%nbvar=0;
1166vector_x_proj=[];
1167vector_y_proj=[];
1168for icell=1:length(CellInfo)
1169    NbDim=NbDimArray(icell);
1170    if NbDim<2
1171        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1172    end
1173    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1174    %dimensions
1175    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1176    if ischar(DimCell)
1177        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1178    end
1179    coord_z=0;%default
1180    ListVarName={};% initiate list of projected variables for cell # icell
1181    VarDimName={};% initiate coresponding list of dimensions for cell # icell
1182    VarAttribute={};% initiate coresponding list of var attributes  for cell # icell
1183    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1184    switch CellInfo{icell}.CoordType
1185       
1186        case 'scattered'
1187            %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1188            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1189                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1190            end
1191            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});% initial x coordinates
1192            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});% initial y coordinates
1193            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1194            if check3D
1195                coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1196            end
1197           
1198            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1199            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1200            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1201            if check3D
1202                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1203            end
1204           
1205            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1206            if check3D &&  width > 0
1207                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1208                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1209                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1210                for ivar=VarIndex
1211                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1212                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1213                end
1214                coord_x=coord_x(indcut);
1215                coord_y=coord_y(indcut);
1216                coord_z=coord_z(indcut);
1217            end
1218           
1219            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1220            Psi=PlaneAngle(1);
1221            Theta=PlaneAngle(2);
1222            Phi=PlaneAngle(3);
1223            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1224                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1225                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1226                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1227                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1228                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1229            else
1230                coord_X=coord_x;
1231                coord_Y=coord_y;
1232            end
1233           
1234            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1235            testin=ones(size(coord_X)); %default
1236            testbound=0;
1237            if testXMin
1238                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1239                testbound=1;
1240            end
1241            if testXMax
1242                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1243                testbound=1;
1244            end
1245            if testYMin
1246                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1247                testbound=1;
1248            end
1249            if testYMin
1250                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1251                testbound=1;
1252            end
1253            if testbound
1254                indcut=find(testin);
1255                if isempty(indcut)
1256                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1257                    return
1258                end
1259                for ivar=VarIndex
1260                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1261                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1262                end
1263                coord_X=coord_X(indcut);
1264                coord_Y=coord_Y(indcut);
1265                if check3D
1266                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1267                end
1268            end
1269           
1270            % two cases of projection for scattered coordinates
1271            switch ProjMode{icell}
1272                case 'projection'
1273                    nbvar=0;
1274                    %nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1275                    for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1276                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1277                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1278                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1279                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1280                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1281                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1282                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1283                        end
1284                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1285                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1286                            VarDimName=[VarDimName DimCell];
1287                            nbvar=nbvar+1;
1288                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1289                                VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1290                            end
1291                        end
1292                    end
1293                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1294                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1295                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1296                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1297                        coord_X=coord_X(indsel);
1298                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1299                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1300                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1301                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1302                        end
1303                    end
1304                    % interpolate and calculate field on the grid
1305                   
1306                    [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1307                   
1308                    % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMaesh)
1309                    F=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_X,'nearest');
1310                    G=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_Y,'nearest');
1311                    Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1312                    Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1313                    Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1314                    for ivar=1:numel(VarVal)
1315                        VarVal{ivar}(Dist>2*ProjData.CoordMesh)=NaN;% put to NaN interpolated positions too far from initial data
1316                    end 
1317                   
1318                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1319                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1320                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1321                        ListVarName={};% no new variable
1322                        VarAttribute={};
1323                    else
1324                        VarDimName=cell(size(ListVarName));
1325                        for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1326                            ListVarName{ilist}=regexprep(ListVarName{ilist},'(.+','');
1327                            if ~isempty(find(strcmp(ListVarName{ilist},ProjData.ListVarName)))
1328                                ListVarName{ilist}=[ListVarName{ilist} '_1'];
1329                            end
1330                            ProjData.(ListVarName{ilist})=VarVal{ilist};
1331                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1332                        end
1333                    end
1334                    if isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&& isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1335                    vector_x_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x; %preserve for next cell
1336                    vector_y_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y; %preserve for next cell
1337                    end
1338            end
1339           
1340        case 'tps'
1341            %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1342            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1343                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1344                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1345                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1346                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1347                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
1348                end
1349                % interpolate data using thin plate spline
1350                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
1351               
1352                % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMaesh)
1353                F=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_X,'nearest');
1354                G=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_Y,'nearest');
1355                Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1356                Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1357                Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1358                for ivar=1:numel(VarVal)
1359                    VarVal{ivar}(Dist>2*ProjData.CoordMesh)=NaN;% put to NaN interpolated positions too far from initial data
1360                end
1361               
1362                ListVarName=(fieldnames(DataOut))';
1363                VarDimName=cell(size(ListVarName));
1364                for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1365                    VarName=ListVarName{ilist};
1366                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1367                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1368                end
1369            end
1370           
1371        case 'grid'
1372            %% case of input fields defined on a structured  grid
1373            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1374            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1375            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1376            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1377            nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1378            if NbDim>=3
1379                if NbDim>3
1380                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1381                    return
1382                else
1383                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1384                        nbcolor=DimValue(3);
1385                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1386                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1387                    end
1388                end
1389            end
1390            Coord_z=[];
1391            Coord_y=[];
1392            Coord_x=[];
1393           
1394            if testangle
1395                ProjMode{icell}='interp_lin'; %request linear interpolation for projection on a tilted plane
1396            end
1397           
1398            if isequal(ProjMode{icell},'projection')% && (~testangle || test90y || test90x)
1399                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1400                    ListVarName=[ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1401                    VarDimName=[VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)];
1402                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1403                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1404                    end
1405                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1406                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1407                    for ivar=VarIndex
1408                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1409                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1410                    end
1411                else
1412                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1413                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1414                    if NbDim==3
1415                        Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});
1416                    end
1417                    if numel(Coord{NbDim-1})==2
1418                        DY=(Coord{NbDim-1}(2)-Coord{NbDim-1}(1))/(DimValue(1)-1);
1419                    end
1420                    if numel(Coord{NbDim})==2
1421                        DX=(Coord{NbDim}(2)-Coord{NbDim}(1))/(DimValue(2)-1);
1422                    end
1423                    if testYMax
1424                         YIndexMax=(YMax-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1425                        if testYMin%test_direct(indY)
1426                            YIndexMin=(YMin-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1427                        else
1428                            YIndexMin=1;
1429                        end         
1430                    else
1431                        YIndexMax=Coord{NbDim-1}(end)/DY;
1432                        YIndexMin=1;
1433                    end
1434                    if testXMax
1435                         XIndexMax=(XMax-Coord{NbDim}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1436                        if testYMin%test_direct(indY)
1437                            XIndexMin=(XMin-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1438                        else
1439                            XIndexMin=1;
1440                        end         
1441                    else
1442                        XIndexMax=Coord{NbDim}(end)/DX;
1443                        XIndexMin=1;
1444                    end
1445                    YIndexRange(1)=ceil(min(YIndexMin,YIndexMax));%first y index to select from the previous field
1446                    YIndexRange(1)=max(YIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1447                    YIndexRange(2)=floor(max(YIndexMin,YIndexMax));%last y index to select from the previous field
1448                    YIndexRange(2)=min(YIndexRange(2),DimValue(NbDim-1));% limit to the last available index
1449                    XIndexRange(1)=ceil(min(XIndexMin,XIndexMax));%first x index to select from the previous field
1450                    XIndexRange(1)=max(XIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1451                    XIndexRange(2)=floor(max(XIndexMin,XIndexMax));%last x index to select from the previous field
1452                    XIndexRange(2)=min(XIndexRange(2),DimValue(NbDim));% limit to the last available index
1453                    if test90y
1454                        ind_new=[3 2 1];
1455                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1456                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1457                        for ivar=VarIndex
1458                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1459                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1460                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1461                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1462                            ProjData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),ind_new);% permute x and z indices for 90 degree rotation
1463                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1464                        end
1465                        ProjData.(AYName)=[Ybound(1) Ybound(2)]; %record the new (projected ) y coordinates
1466                        ProjData.(AXName)=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)]; %record the new (projected ) x coordinates
1467                    else
1468                        if NbDim==3
1469                            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(numel(Coord{1})-1);
1470                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1471                            DimValue(1)=[];
1472                            test_direct=1;%TOdo; GENERALIZE, SEE CASE OF points
1473                            if test_direct(1)
1474                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1475                            else
1476                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1477                            end
1478                        end
1479                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1480                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1481                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1482                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1483                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1484                                VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1485                            end
1486                            if NbDim==3
1487                                ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end)));
1488                            else
1489                                ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName)(YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end),:);
1490                            end
1491                        end
1492                        if testXMax
1493                         ProjData.(AXName)=Coord{NbDim}(1)+DX*(XIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1494                        else
1495                          ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1496                        end
1497                        if testYMax
1498                            ProjData.(AYName)=Coord{NbDim-1}(1)+DY*(YIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1499                        else
1500                          ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1501                        end                           
1502                    end
1503                end
1504            else       % case with interpolation on a grid
1505                if NbDim==2 %2D case
1506                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1507                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1508                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1509                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1510                        test_interp_tps=1;
1511                    else
1512                        test_interp_tps=0;
1513                    end
1514                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1515                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1516                    if ~(testXMin && testYMin)% % if the range of the projected coordinates is not fully defined by the projection object, find the extrema of the projected field
1517                        xcorner=[min(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) min(Coord{NbDim})]-ObjectData.Coord(1,1);% corner absissa of the original grid with respect to the new origin
1518                        ycorner=[min(Coord{NbDim-1}) min(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1})]-ObjectData.Coord(1,2);% corner ordinates of the original grid
1519                        xcor_new=xcorner*cos(PlaneAngle(3))+ycorner*sin(PlaneAngle(3));%coordinates of the corners in new frame
1520                        ycor_new=-xcorner*sin(PlaneAngle(3))+ycorner*cos(PlaneAngle(3));
1521                        if ~testXMin
1522                            XMin=min(xcor_new);
1523                        end
1524                        if ~testXMax
1525                            XMax=max(xcor_new);
1526                        end
1527                        if ~testYMin
1528                            YMin=min(ycor_new);
1529                        end
1530                        if ~testYMax
1531                            YMax=max(ycor_new);
1532                        end
1533                    end
1534                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1535                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1536                    ProjData.(AYName)=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)]; %record the new (projected ) y coordinates
1537                    ProjData.(AXName)=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)]; %record the new (projected ) x coordinates
1538                    [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1539                    XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1540                    YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1541                    if numel(Coord{1})==2% x coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1542                        Coord{1}=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(1));
1543                    end
1544                    if numel(Coord{2})==2% y coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1545                        Coord{2}=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(2));
1546                    end
1547                    [X,Y]=meshgrid(Coord{2},Coord{1});%initial coordinates
1548                    %name of error flag variable
1549                    FFName='FF';%default name (if not already used)
1550                    if isfield(ProjData,'FF')
1551                        ind=1;
1552                        while isfield(ProjData,['FF_' num2str(ind)])
1553                            ind=ind+1;
1554                        end
1555                        FFName=['FF_' num2str(ind)];% append an index to the name of error flag, FF_1,FF_2...
1556                    end
1557                    % project all variables in the cell
1558                    for ivar=VarIndex
1559                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1560                        if size(FieldData.(VarName),3)==1
1561                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,'*linear');%interpolation fct
1562                        else
1563                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,1)),XI,YI,'*linear');
1564                            for icolor=2:size(FieldData.(VarName),3)% project 'color' components
1565                                ProjData.(VarName)=cat(3,ProjData.(VarName),interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,icolor)),XI,YI,'*linear'));
1566                            end
1567                        end
1568                        if isa(FieldData.(VarName),'uint8')
1569                            ProjData.(VarName)=uint8(ProjData.(VarName));%put result to integer 8 bits if the initial field is integer (image)
1570                        elseif isa(FieldData.(VarName),'uint16')
1571                            ProjData.(VarName)=uint16(ProjData.(VarName));%put result to integer 16 bits if the initial field is integer (image)
1572                        end
1573                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1574                        DimCell(1:2)={AYName,AXName};
1575                        VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1576                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1577                            VarAttribute{length(ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1578                        end;
1579                        ProjData.(FFName)=isnan(ProjData.(VarName));%detact NaN (points outside the interpolation range)
1580                        ProjData.(VarName)(ProjData.(FFName))=0; %set to 0 the NaN data
1581                    end
1582                    %update list of variables with error flag
1583                    ListVarName=[ListVarName FFName];
1584                    VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1585                    VarAttribute{numel(ListVarName)}.Role='errorflag';
1586                elseif ~testangle
1587                    % unstructured z coordinate
1588                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1589                    iz_sup=find(test_sup);
1590                    iz=iz_sup(1);
1591                    if iz>=1 & iz<=npz
1592                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1593                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1594                        for ivar=VarIndex
1595                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1596                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1597                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1598                            ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1599                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1600                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1601                                ProjData.(VarName)=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.(VarName),Coord_x,Coord_y);
1602                            end
1603                        end
1604                    end
1605                else
1606                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1607                    %TODO: use interp_lin3
1608                    return
1609                end
1610            end
1611    end
1612    % update the global list of projected variables:
1613    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListVarName];
1614    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1615    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1616   
1617    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1618    if testangle
1619        ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1620        for ivar=1:numel(VarAttribute)
1621            if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
1622                if strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
1623                    ivar_U=ivar;
1624                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
1625                    ivar_V=ivar;
1626                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_z')
1627                    ivar_W=ivar;
1628                end
1629            end
1630        end
1631        if ~isempty(ivar_U)
1632            if isempty(ivar_V)
1633                msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1634                return
1635            else
1636                UName=ListVarName{ivar_U};
1637                VName=ListVarName{ivar_V};
1638                ProjData.(UName)=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName);
1639                ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName));
1640                if ~isempty(ivar_W)
1641                    WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1642                    ProjData.(VName)=ProjData.(VName)+ ProjData.(WName)*sin(Theta);%
1643                    ProjData.(WName)=NormVec_X*ProjData.(UName)+ NormVec_Y*ProjData.(VName)+ NormVec_Z* ProjData.(WName);
1644                end
1645            end
1646        end
1647    end
1648end
1649% %prepare substraction in case of two input fields
1650% SubData.ListVarName={};
1651% SubData.VarDimName={};
1652% SubData.VarAttribute={};
1653% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1654% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1655%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1656%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1657%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1658%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1659%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1660%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1661%         check_remove(iproj)=1;
1662%     end
1663% end
1664% if ~isempty(find(check_remove))
1665%     ind_remove=find(check_remove);
1666%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1667%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1668%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1669%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1670% end
1671
1672%-----------------------------------------------------------------
1673%projection in a volume
1674function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1675
1676%-----------------------------------------------------------------
1677ProjData=FieldData;%default output
1678
1679%% axis origin
1680if isempty(ObjectData.Coord)
1681    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1682    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1683    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1684end
1685
1686%% rotation angles
1687VolumeAngle=[0 0 0];
1688norm_plane=[0 0 1];
1689if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1690    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1691    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1692    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1693    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1694    cos_om=cos(pi*om/180);
1695    sin_om=sin(pi*om/180);
1696    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1697    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1698    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1699    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1700    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1701end
1702testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1703
1704%% mesh sizes DX, DY, DZ
1705DX=0;
1706DY=0; %default
1707DZ=0;
1708if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1709     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1710end
1711if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1712     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1713end
1714if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1715     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1716end
1717if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1718        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1719        return
1720end
1721
1722%% extrema along each axis
1723testXMin=0;
1724testXMax=0;
1725testYMin=0;
1726testYMax=0;
1727if isfield(ObjectData,'RangeX')
1728        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1729        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1730        testXMin=XMax>XMin;
1731        testXMax=1;
1732end
1733if isfield(ObjectData,'RangeY')
1734        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1735        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1736        testYMin=YMax>YMin;
1737        testYMax=1;
1738end
1739width=0;%default width of the projection band
1740if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1741        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1742        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1743        testZMin=ZMax>ZMin;
1744        testZMax=1;
1745end
1746
1747%% initiate Matlab  structure for physical field
1748[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1749if ~isempty(errormsg)
1750    return
1751end
1752
1753ProjData.NbDim=3;
1754ProjData.ListVarName={};
1755ProjData.VarDimName={};
1756if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1757    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1758elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1759    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1760end
1761
1762error=0;%default
1763flux=0;
1764testfalse=0;
1765ListIndex={};
1766
1767%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1768%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1769%-----------------------------------------------------------------
1770idimvar=0;
1771% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1772% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1773ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1774icoord=0;
1775nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1776nbvar=0;
1777for icell=1:length(CellVarIndex)
1778    NbDim=NbDimVec(icell);
1779    if NbDim<3
1780        continue
1781    end
1782    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1783    VarType=VarTypeCell{icell};
1784    ivar_X=VarType.coord_x;
1785    ivar_Y=VarType.coord_y;
1786    ivar_Z=VarType.coord_z;
1787    ivar_U=VarType.vector_x;
1788    ivar_V=VarType.vector_y;
1789    ivar_W=VarType.vector_z;
1790    ivar_C=VarType.scalar ;
1791    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1792    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1793    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1794    ivar_F=VarType.warnflag;
1795    ivar_FF=VarType.errorflag;
1796    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1797    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1798    if ischar(DimCell)
1799        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1800    end
1801
1802%% case of input fields with unstructured coordinates
1803    if check_unstructured_coord
1804        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1805        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1806        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1807        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1808        if length(ivar_Z)==1
1809            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1810            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1811        end
1812
1813        % translate  initial coordinates
1814        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1815        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1816        if ~isempty(ivar_Z)
1817            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1818        end
1819       
1820        % selection of the vectors in the projection range
1821%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1822%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1823%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1824%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1825%             for ivar=VarIndex
1826%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1827%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1828%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1829%             end
1830%             coord_x=coord_x(indcut);
1831%             coord_y=coord_y(indcut);
1832%             coord_z=coord_z(indcut);
1833%         end
1834
1835       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1836       if testangle
1837           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1838           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1839           if ~isempty(ivar_Z)
1840               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1841           end
1842           
1843           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1844           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1845           
1846       else
1847           coord_X=coord_x;
1848           coord_Y=coord_y;
1849           coord_Z=coord_z;
1850       end
1851        %restriction to the range of x and y if imposed
1852        testin=ones(size(coord_X)); %default
1853        testbound=0;
1854        if testXMin
1855            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1856            testbound=1;
1857        end
1858        if testXMax
1859            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1860            testbound=1;
1861        end
1862        if testYMin
1863            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1864            testbound=1;
1865        end
1866        if testYMax
1867            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1868            testbound=1;
1869        end
1870        if testbound
1871            indcut=find(testin);
1872            for ivar=VarIndex
1873                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1874                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1875            end
1876            coord_X=coord_X(indcut);
1877            coord_Y=coord_Y(indcut);
1878            if length(ivar_Z)==1
1879                coord_Z=coord_Z(indcut);
1880            end
1881        end
1882        % different cases of projection
1883        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1884            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1885                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1886                if ivar==ivar_X %x coordinate
1887                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1888                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1889                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1890                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1891                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1892                end
1893                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1894                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1895                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1896                    nbvar=nbvar+1;
1897                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1898                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1899                    end
1900                end
1901            end 
1902        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
1903            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1904            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1905            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1906            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1907            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1908            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1909            nbcoord=2; 
1910            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1911            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1912            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1913            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1914            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1915            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1916            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1917            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1918            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1919            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1920            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1921            if ~isequal(ivar_FF,0)
1922                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1923                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1924                coord_X=coord_X(indsel);
1925                coord_Y=coord_Y(indsel);
1926            end
1927            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1928            testFF=0;
1929            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1930            for ivar=VarIndex
1931                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1932                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1933                    ivar_new=ivar_new+1;
1934                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1935                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1936                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1937                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1938                    end
1939                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1940                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1941                    end
1942                    % linear interpolation
1943                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
1944                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
1945%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1946%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1947%                     indnan=find(FFlag);
1948%                     if ~isempty(indnan)
1949%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1950%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1951%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1952%                         testFF=1;
1953%                     end
1954                    if ivar==ivar_U
1955                        ivar_U=ivar_new;
1956                    end
1957                    if ivar==ivar_V
1958                        ivar_V=ivar_new;
1959                    end
1960                    if ivar==ivar_W
1961                        ivar_W=ivar_new;
1962                    end
1963                end
1964            end
1965            if testFF
1966                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1967                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1968               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1969                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1970            end
1971        end
1972       
1973%% case of input fields defined on a structured  grid
1974    else
1975        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1976        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1977        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1978        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1979        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1980        if NbDim>=3
1981            if NbDim>3
1982                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1983                return
1984            else
1985                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1986                    nbcolor=DimValue(3);
1987                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1988                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1989                end
1990            end
1991        end
1992        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1993        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1994        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1995        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1996        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1997        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1998        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1999
2000%         for idim=1:length(ListDimName)
2001%             DimName=ListDimName{idim};
2002%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
2003%                nbcolor=DimValue(idim);
2004%                DimValue(idim)=[];
2005%             end
2006%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
2007%                 DimValue(idim)=[];
2008%             end
2009%         end 
2010        Coord_z=[];
2011        Coord_y=[];
2012        Coord_x=[];   
2013
2014        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
2015            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
2016            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
2017            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
2018                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
2019                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
2020                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
2021                else
2022                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
2023                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
2024                    DCoord_max=max(DCoord);
2025                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
2026                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
2027                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
2028                                return
2029                    end               
2030                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
2031                end
2032                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
2033            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
2034                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
2035                DCoord_min(idim)=1;%default
2036                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
2037                test_direct(idim)=1;
2038            end
2039        end
2040        if DY==0
2041            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
2042        end
2043        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
2044        if DX==0
2045            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
2046        end
2047        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
2048        for idim=1:NbDim
2049            if test_interp(idim)
2050                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
2051            end
2052        end       
2053        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
2054        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
2055        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
2056        test_direct_x=test_direct(NbDim);
2057        DAX=DCoord_min(NbDim);
2058        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
2059        minAX=min(Coord_x);
2060        maxAX=max(Coord_x);
2061        minAY=min(Coord_y);
2062        maxAY=max(Coord_y);
2063        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
2064        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
2065        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
2066        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
2067        if ~testXMax
2068            XMax=max(xcor_new);
2069        end
2070        if ~testXMin
2071            XMin=min(xcor_new);
2072        end
2073        if ~testYMax
2074            YMax=max(ycor_new);
2075        end
2076        if ~testYMin
2077            YMin=min(ycor_new);
2078        end
2079        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
2080        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
2081        if DX==0
2082            DX=DXinit;
2083        end
2084        if DY==0
2085            DY=DYinit;
2086        end
2087        if NbDim==3
2088            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2089            if ~test_direct(1)
2090                DZ=-DZ;
2091            end
2092            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2093            test_direct_z=test_direct(1);
2094        end
2095        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2096        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2097        if test_direct_y
2098            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2099        else
2100            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2101        end
2102        if test_direct_x
2103            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2104        else
2105            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2106        end
2107       
2108        % case with no rotation and interpolation
2109        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2110            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2111                ProjData=FieldData;
2112            else
2113                indY=NbDim-1;
2114                if test_direct(indY)
2115                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2116                    YIndexFirst=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2117                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2118                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(YIndexFirst-1);
2119                else
2120                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2121                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2122                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2123                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2124                end   
2125                if test_direct(NbDim)==1
2126                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2127                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2128                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2129                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2130                else
2131                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2132                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2133                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2134                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2135                end
2136                if NbDim==3
2137                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2138                    DimValue(1)=[];
2139                                        %structured coordinates
2140                    if test_direct(1)
2141                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2142                    else
2143                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2144                    end
2145                end
2146                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2147                min_indx=max(min_indx,1);
2148                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2149                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2150                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2151                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2152                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2153                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2154                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2155                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2156                    end
2157                    if NbDim==3
2158                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2159                    else
2160                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2161                    end
2162                end 
2163                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2164                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2165            end
2166        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2167            if NbDim==2 %2D case
2168                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2169                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2170                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2171                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2172                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2173                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2174                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2175                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2176                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2177                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2178                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2179                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2180                    test_interp_tps=1;
2181                else
2182                    test_interp_tps=0;
2183                end
2184                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2185                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2186                for ivar=VarIndex
2187                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2188                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2189                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2190                    end
2191                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2192                    if test_interp_tps 
2193                         Aclass=class(FieldData.A);
2194                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2195                         if ~isequal(Aclass,'double')
2196                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2197                         end
2198                    end
2199                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2200                    %ind_in=find(flagin);
2201                    ind_out=find(~flagin);
2202                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2203                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2204                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2205                    for icolor=1:nbcolor
2206                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2207                    end
2208                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2209                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2210                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2211                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2212                    end     
2213                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2214                end
2215                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antï¿œrieur 
2216                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2217                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2218                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2219            else %3D case
2220                if ~testangle     
2221                    % unstructured z coordinate
2222                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2223                    iz_sup=find(test_sup);
2224                    iz=iz_sup(1);
2225                    if iz>=1 & iz<=npz
2226                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2227                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2228                        for ivar=VarIndex
2229                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2230                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2231                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2232                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2233                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2234                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2235                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2236                            end
2237                        end
2238                    end
2239                else
2240                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2241                    %TODO: use interp3
2242                    return
2243                end
2244            end
2245        end
2246    end
2247
2248    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2249    if testangle
2250        if isempty(ivar_V)
2251            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2252            return
2253        end
2254        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2255        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2256        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2257        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2258        if ~isempty(ivar_W)
2259            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2260            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2261            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2262        end
2263        if ~isequal(Psi,0)
2264            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2265            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2266        end
2267    end
2268end
2269
2270%------------------------------------------------------------------------
2271%--- transfer the global attributes
2272function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2273%------------------------------------------------------------------------
2274ProjData=[];%default
2275errormsg='';%default
2276
2277%% transfer error
2278if isfield(FieldData,'Txt')
2279    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2280    return;
2281end
2282
2283%% transfer global attributes
2284if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2285    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2286else
2287    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2288end
2289for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2290    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2291    if isfield(FieldData,AttrName)
2292        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2293    end
2294end
2295
2296%% transfer coordinate unit
2297if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2298    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2299end
2300if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2301    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2302        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2303        return
2304    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2305         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2306    end
2307end
2308
2309%% store the properties of the projection object
2310ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2311for ilist=1:length(ListObject)
2312    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2313        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2314        if ~isempty(val)
2315            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2316            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2317        end
2318    end   
2319end
2320
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.