source: trunk/src/proj_field.m @ 935

Last change on this file since 935 was 935, checked in by sommeria, 5 years ago

various improvments

File size: 113.9 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65
66%=======================================================================
67% Copyright 2008-2016, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
68%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
69%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
70%
71%     This file is part of the toolbox UVMAT.
72%
73%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
74%     it under the terms of the GNU General Public License as published
75%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
76%     or (at your option) any later version.
77%
78%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
79%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
80%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
81%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
82%=======================================================================
83
84function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
85errormsg='';%default
86ProjData=[];
87
88%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
89if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    return
91end
92ListProjMode={'projection','interp_lin','interp_tps','inside','outside'};%list of effective projection modes
93if isempty(find(strcmp(ObjectData.ProjMode,ListProjMode), 1))% no projection in case
94    return
95end
96if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
97    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
98        ObjectData.Coord=[0 0];%default
99    else
100        return
101    end
102end
103
104%% apply projection depending on the object type
105switch ObjectData.Type
106    case 'points'
107        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
108    case {'line','polyline'}
109        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
110    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
111        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
112            if ~exist('VarMesh','var')
113                VarMesh=[];
114            end
115            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh);
116        else
117            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
118        end
119    case 'plane'
120        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
121    case 'volume'
122        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
123end
124
125%-----------------------------------------------------------------
126%project on a set of points
127function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
128%-------------------------------------------------------------------
129
130siz=size(ObjectData.Coord);
131width=0;
132if isfield(ObjectData,'Range')
133    width=ObjectData.Range(1,2);
134end
135if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
136    width=max(ObjectData.RangeX);
137end
138if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
139    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
140end
141if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
142    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
143end
144if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
145    if width==0
146        errormsg='projection range around points needed';
147        return
148    end
149elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
150    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
151        return
152end
153[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
154if ~isempty(errormsg)
155    return
156end
157ProjData.NbDim=0;
158[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
159if ~isempty(errormsg)
160    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
161    return
162end
163%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
164for icell=1:length(CellInfo)
165    if NbDimArray(icell)<=1
166        continue %projection only for multidimensional fields
167    end
168    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
169    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
170    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
171    ivar_Z=[];
172    if NbDimArray(icell)==3
173        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
174    end
175    ivar_FF=[];
176    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
177        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
178        if numel(ivar_FF)>1
179            errormsg='multiple error flag input';
180            return
181        end
182    end   
183    % select types of  variables to be projected
184   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
185      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
186   for ilist=1:numel(ListProj)
187       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
188           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
189       end
190   end
191   VarIndex=find(check_proj);
192    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
193    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
194    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
195    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
196    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
197    for ivar=VarIndex       
198        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
199        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
200        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
201
202    end
203    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
204        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
205        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
206        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
207        if length(ivar_Z)==1
208            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
209            test3D=1;
210        end
211   
212        for ipoint=1:siz(1)
213           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
214           distX=coord_x-Xpoint(1);
215           distY=coord_y-Xpoint(2);         
216           dist=distX.*distX+distY.*distY;
217           indsel=find(dist<width*width);
218           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
219           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
220           if isequal(length(ivar_FF),1)
221               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
222               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
223               indsel=indsel(~FF);
224           end
225           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
226            for ivar=VarIndex
227               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
228               if isempty(indsel)
229                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
230               else
231                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
232                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
233                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
234                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
235                    end
236               end
237            end
238        end
239    else    %case of structured coordinates
240        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
241            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
242            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
243            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
244            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
245            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
246            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
247            npxy=size(A);         
248            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
249            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
250                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
251            end
252            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
253                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
254                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
255                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
256                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
257                if numel(Coord{idim})==2
258                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
259                    test_direct(idim)=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
260                else
261                    DCoord=diff(Coord{idim});
262                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
263                    DCoord_max=max(DCoord);
264                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
265                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
266                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
267                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
268                        return
269                    end
270                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
271                    test_coord(idim)=1;
272                end
273            end
274            DX=DCoord_min(2);
275            DY=DCoord_min(1);
276            for ipoint=1:siz(1)
277                xwidth=width/(abs(DX));
278                ywidth=width/(abs(DY));
279                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
280                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
281                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
282                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
283                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
284                j_min=max(1,j_min);
285                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
286                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
287                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
288                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
289                i_int=(i_min:i_plus);
290                j_int=(j_min:j_plus);
291                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
292                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
293                   for ivar=VarIndex   
294                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
295                   end
296                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
297                else
298                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
299                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
300                    for ivar=VarIndex   
301                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
302                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
303                    end
304                end
305            end
306        end
307   end
308end
309
310%-----------------------------------------------------------------
311%project in a patch
312function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh)%%
313%-------------------------------------------------------------------
314[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
315if ~isempty(errormsg)
316    return
317end
318%objectfield=fieldnames(ObjectData);
319widthx=0;
320widthy=0;
321if isfield(ObjectData,'RangeX') && ~isempty(ObjectData.RangeX)
322    widthx=max(ObjectData.RangeX);
323end
324if isfield(ObjectData,'RangeY') && ~isempty(ObjectData.RangeY)
325    widthy=max(ObjectData.RangeY);
326end
327
328%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
329ProjData.NbDim=1;
330ProjData.ListVarName={};
331ProjData.VarDimName={};
332ProjData.VarAttribute={};
333
334CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
335if isfield (FieldData,'VarAttribute')
336    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
337        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
338            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
339        end
340        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
341            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
342        end
343    end
344end
345
346%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
347[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
348if ~isempty(errormsg)
349    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
350    return
351end
352
353%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
354for icell=1:length(CellInfo)
355    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
356    test_Amat=0;
357    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
358        continue
359    end
360    ivar_FF=[];
361    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
362    if testfalse
363        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
364        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
365        errorflag=FieldData.(FFName);
366    end
367    % select types of  variables to be projected
368    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
369    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
370    for ilist=1:numel(ListProj)
371        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
372            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
373        end
374    end
375    VarIndex=find(check_proj);
376   
377    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
378    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
379    ivar_Z=[];
380    if NbDim(icell)==3
381        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
382    end
383    switch CellInfo{icell}.CoordType
384        case 'scattered' %case of unstructured coordinates
385            for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
386                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
387                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
388            end
389            XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
390            YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
391            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
392            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
393            % image or 2D matrix
394        case 'grid' %case of structured coordinates
395            test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
396            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
397            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
398            AX=FieldData.(AXName);% x coordinate
399            AY=FieldData.(AYName);% y coordinate
400            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
401            DimValue=size(FieldData.(VarName));
402            if length(AX)==2
403                AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
404            end
405            if length(AY)==2
406                AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
407            end
408            if length(DimValue)==3
409                testcolor=1;
410                npxy(3)=3;
411            else
412                testcolor=0;
413                npxy(3)=1;
414            end
415            [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
416            npxy(1)=length(AY);
417            npxy(2)=length(AX);
418            Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
419            Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
420            for ivar=1:length(VarIndex)
421                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
422                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
423            end
424    end
425    %select the indices in the range of action
426    testin=[];%default
427    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
428        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
429            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
430            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
431            testin=distX<widthx & distY<widthy;
432        elseif test_Amat
433            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
434            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
435            testin=distX<widthx & distY<widthy;
436        end
437    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
438        if strcmp(CoordType,'scattered')
439            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
440        elseif strcmp(CoordType,'grid')
441            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
442        else%calculate the scalar
443            testin=[]; %A REVOIR
444        end
445    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
446        X2Max=widthx*widthx;
447        Y2Max=(widthy)*(widthy);
448        if strcmp(CoordType,'scattered')
449            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
450            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
451            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
452        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
453            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
454            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
455            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
456        end
457    end
458    %selected indices
459    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
460        testin=~testin;
461    end
462    if testfalse
463        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
464    end
465    indsel=find(testin);
466    nbvar=0;
467    VarSize=zeros(size(VarIndex));
468    for ivar=VarIndex
469        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
470        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each co
471        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
472        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color co
473        nbvar=nbvar+1;
474        VarSize(nbvar)=mean((ProjData.([VarName 'Max'])-ProjData.([VarName 'Min']))/100);
475    end
476    if  isempty(VarMesh)% || isnan(VarMesh) % mesh not specified as input, estimate from the bounds
477        VarMesh=mean(VarSize);
478        ord=10^(floor(log10(VarMesh)));%order of magnitude
479        if VarMesh/ord >=5
480            VarMesh=5*ord;
481        elseif VarMesh/ord >=2
482            VarMesh=2*ord;
483        else
484            VarMesh=ord;
485        end
486    end
487    for ivar=VarIndex
488        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
489        LowBound=VarMesh*ceil(ProjData.([VarName 'Min'])/VarMesh);
490        UpperBound=VarMesh*floor(ProjData.([VarName 'Max'])/VarMesh);
491        if numel(indsel)<=1
492            errormsg='only one data point or less for histogram';
493            return
494        elseif isequal(LowBound,UpperBound)
495            errormsg='attempt histogram of uniform field: low bound = high bound';
496            return
497        end       
498        ProjData.(VarName)=LowBound:VarMesh:UpperBound; % list of bin values
499        ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
500        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
501        if test_Amat && testcolor
502            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
503        else
504            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
505        end
506        VarAttribute_var=[];
507        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
508            VarAttribute_var=FieldData.VarAttribute{ivar};
509        end
510      %  VarAttribute_var.Role='coord_x';% the variable is now used as an absissa
511        VarAttribute_histo.Role='histo';
512        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {VarAttribute_var} {VarAttribute_histo} {[]} {[]} {[]}];
513    end
514end
515
516%-----------------------------------------------------------------
517%project on a line
518% AJOUTER flux,circul,error
519% OUTPUT:
520% ProjData: projected field
521%
522function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
523%-----------------------------------------------------------------
524
525%% prepare heading for the projected field
526[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
527if ~isempty(errormsg)
528    return
529end
530ProjData.NbDim=1;
531%initialisation of the input parameters and defaultoutput
532ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
533% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
534width=0;
535if isfield(ObjectData,'RangeY')
536    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
537end
538% default output
539errormsg='';%default
540Xline=[];
541flux=0;
542circul=0;
543liny=ObjectData.Coord(:,2);
544NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
545testfalse=0;
546ListIndex={};
547
548%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
549[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
550if ~isempty(errormsg)
551    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
552    return
553end
554CellInfo=CellInfo(NbDim==2); %keep only the 2D cells
555%%%%%% TODO: treat 1D fields: project as identity so that P o P=P for projection operation
556cell_select=true(size(CellInfo));
557
558for icell=1:length(CellInfo)
559    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
560        if ~strcmp(CellInfo{icell}.ProjModeRequest, ProjMode)
561            cell_select(icell)=0;
562        end
563        if strcmp(ProjMode,'interp_tps')&& ~strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'tps')
564            cell_select(icell)=0;
565        end
566    end
567end
568if isempty(find(cell_select))
569    errormsg=[' invalid projection mode ''' ProjMode ''': use ''interp_tps'' to interpolate spatial derivatives'];
570    return
571end
572CellInfo=CellInfo(cell_select);
573
574%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
575LineCoord=ObjectData.Coord;
576switch ObjectData.Type
577    case 'ellipse'
578        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
579        NbSegment=0;
580    case 'rectangle'
581        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
582        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
583        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
584        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
585    case 'polygon'
586        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
587end
588if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
589    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
590        return% line needs at least 2 points to be defined
591    end
592    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
593    dliny=diff(LineCoord(:,2));
594    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
595    LineLength=sum(dlength);
596    NbSegment=numel(LineLength);
597end
598CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
599
600%     x = a \ \cosh \mu \ \cos \nu
601%
602%     y = a \ \sinh \mu \ \sin \nu
603
604%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
605
606% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
607xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
608if isequal(ProjMode,'projection')
609    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
610        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
611        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
612        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
613        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
614    else
615        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
616        return
617    end
618else % need to define the set of interpolation points
619    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
620        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
621        if CheckClosedLine
622            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
623            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
624            DX_edge=DX/2;
625        else
626            DX_edge=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point, the same for the end point
627        end
628        XI=[];
629        YI=[];
630        ThetaI=[];
631        dlengthI=[];
632        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
633            phi=(DX_edge:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
634            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
635            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
636            dphi=2*pi*DX/LineLength;
637            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
638        else
639            for isegment=1:NbSegment
640                costheta=cos(theta(isegment));
641                sintheta=sin(theta(isegment));
642                %                 XIsegment=LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
643                %                 YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
644                NbInterval=floor((dlength(isegment)-DX_edge)/DX);
645                LastX=DX_edge+DX*NbInterval;
646                NbPoint=NbInterval+1;
647                XIsegment=linspace(LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta,LineCoord(isegment,1)+LastX*costheta,NbPoint);
648                YIsegment=linspace(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta,LineCoord(isegment,2)+LastX*sintheta,NbPoint);
649                XI=[XI XIsegment];
650                YI=[YI YIsegment];
651                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
652                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
653                DX_edge=DX-(dlength(isegment)-LastX);%edge for the next segment set to keep DX=DX_end+DX_edge between two segments
654            end
655        end
656        Xproj=cumsum(dlengthI);
657    else
658        errormsg='abscissa mesh along line DX needed for interpolation';
659        return
660    end
661end
662
663%% loop on variable cells with the same space dimension 2
664ProjData.ListVarName={};
665ProjData.VarDimName={};
666check_abscissa=0;
667for icell=1:length(CellInfo)
668    % list of variable types to be projected
669    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
670    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
671    for ilist=1:numel(ListProj)
672        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
673            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
674        end
675    end
676    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
677   
678    %% identify vector components
679    %testU=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x') &&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y') ;% test for vectors
680    %     if testU
681    %         UName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x};
682    %         VName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y};
683    %         vector_x=FieldData.(UName);
684    %         vector_y=FieldData.(VName);
685    %     end
686    %identify error flag
687    errorflag=0; %default, no error flag
688    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
689        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
690        errorflag=FieldData.(FFName);
691    end
692    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
693    ivar_U=[];
694    ivar_V=[];
695    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
696   
697    %         circul=0;
698    %         flux=0;
699    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
700    switch CellInfo{icell}.CoordType
701        %case of unstructured coordinates
702        case 'scattered'
703%             XName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
704%             YName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
705            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});
706            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});
707           
708            if isequal(ProjMode,'projection')
709                if width==0
710                    errormsg='range of the projection object is missing';
711                    return
712                end
713                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
714                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
715                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
716                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
717                % select the (non false) input data located in the band of projection
718                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
719                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
720                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
721                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
722                coord_x=coord_x(flagsel);
723                coord_y=coord_y(flagsel);
724                costheta=cos(theta);
725                sintheta=sin(theta);
726                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
727                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
728                ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)})=Xproj;
729                for ivar=1:numel(VarIndex)
730                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict variables to the projection band
731                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
732                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
733                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
734                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
735                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
736                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x');
737                            ivar_U=nbvar+ivar;
738                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y');
739                            ivar_V=nbvar+ivar;
740                        end
741                    end
742                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles with continuous lines
743                end
744            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
745                if ~check_abscissa
746                    XName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
747                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
748                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
749                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
750                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
751                    check_abscissa=1; % define abcissa only once
752                end
753                if ~isequal(errorflag,0)
754                    VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
755                    indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
756                    coord_x=coord_x(indsel);
757                    coord_y=coord_y(indsel);
758                    for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
759                        VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
760                        FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
761                    end
762                end
763                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
764                ProjData.X=Xproj;
765                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
766                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
767                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
768                for ivar=1:numel(VarAttribute)
769                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
770                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
771                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
772                            ivar_U=ivar+nbvar;
773                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
774                            ivar_V=ivar+nbvar;
775                        end
776                    end
777                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
778                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
779                end
780            end
781        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
782            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
783                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
784                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
785                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
786                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
787                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
788                end
789                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
790                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'X'}];
791                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
792                ProjData.X=Xproj;
793                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
794                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
795                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
796                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
797                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
798                for ivar=1:numel(VarAttribute)
799                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
800                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
801                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
802                            ivar_U=ivar+nbvar;
803                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
804                            ivar_V=ivar+nbvar;
805                        end
806                    end
807                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
808                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
809                end
810            end
811            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
812           
813        case 'grid'   %case of structured coordinates
814            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
815                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
816            else
817                test_Amat=1;%image or 2D matrix
818                test_interp2=0;%default
819                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
820                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
821                eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
822                eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions
823                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
824                eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
825                npxy=size(A);
826                npx=npxy(2);
827                npy=npxy(1);
828                if numel(AX)==2
829                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
830                else
831                    DX_vec=diff(AX);
832                    DX=max(DX_vec);
833                    DX_min=min(DX_vec);
834                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
835                        test_interp2=1;
836                        DX=DX_min;
837                    end
838                end
839                if numel(AY)==2
840                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
841                else
842                    DY_vec=diff(AY);
843                    DY=max(DY_vec);
844                    DY_min=min(DY_vec);
845                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
846                        test_interp2=1;
847                        DY=DY_min;
848                    end
849                end
850                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
851                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
852                if isfield(ObjectData,'DX')
853                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
854                else
855                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
856                end
857                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
858                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
859                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
860                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
861                if isfield(FieldData,'RangeX')
862                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
863                else
864                    XMin=0;
865                end
866                eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
867                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
868                eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
869                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
870                eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
871                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
872                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
873                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
874                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
875                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
876                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
877                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
878                ind_in=find(flagin);
879                ind_out=find(~flagin);
880                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
881                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
882                nbcolor=1; %color images
883                if numel(npxy)==2
884                    nbcolor=1;
885                elseif length(npxy)==3
886                    nbcolor=npxy(3);
887                else
888                    errormsg='multicomponent field not projected';
889                    display(errormsg)
890                    return
891                end
892                nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
893                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
894                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
895                for ivar=VarIndex
896                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
897                    if test_interp2% interpolate on new grid
898                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI);%TO TEST
899                    end
900                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
901                    if nbcolor==1
902                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
903                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
904                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
905                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
906                    elseif nbcolor==3
907                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
908                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
909                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
910                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
911                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
912                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
913                    end
914                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
915                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
916                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
917                end
918                if nbcolor==3
919                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
920                end
921            end
922    end
923    if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
924        vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U});
925        ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
926        ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
927    end
928end
929
930% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
931% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
932% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
933% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
934% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
935% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
936% %     else
937% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
938% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
939% %     end
940%
941% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
942
943
944%-----------------------------------------------------------------
945%project on a plane
946% AJOUTER flux,circul,error
947function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
948%-----------------------------------------------------------------
949
950%% rotation angles
951PlaneAngle=[0 0 0];
952norm_plane=[0 0 1];
953%cos_om=1;
954%sin_om=0;
955test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
956test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
957if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
958    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
959    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
960    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
961    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
962    cos_om=cos(om);
963    sin_om=sin(om);
964    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
965    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
966    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
967    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
968    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
969end
970testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0])||~isequal(ObjectData.Coord(1:2),[0 0 ]) ;% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
971
972%% mesh sizes DX and DY
973DX=[];
974DY=[];%default
975if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
976    DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
977elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
978    DX=FieldData.CoordMesh;
979end
980if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
981    DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
982elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
983    DY=FieldData.CoordMesh;
984end
985if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
986    errormsg='DX or DY not defined';
987    return
988end
989
990%% extrema along each axis
991testXMin=0;% test if min of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
992testXMax=0;% test if max of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
993testYMin=0;% test if min of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
994testYMax=0;% test if max of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
995if isfield(ObjectData,'RangeX') % rangeX defined by the projection object
996    XMin=min(ObjectData.RangeX);
997    XMax=max(ObjectData.RangeX);
998    testXMin=XMax>XMin;%=1 if XMin defined (i.e. RangeY has two distinct elements)
999    testXMax=1;% max of X coordinates defined on the projection object
1000end
1001if isfield(ObjectData,'RangeY') % rangeY defined by the projection object
1002    YMin=min(ObjectData.RangeY);
1003    YMax=max(ObjectData.RangeY);
1004    testYMin=YMax>YMin;%=1 if YMin defined (i.e. RangeY has tow distinct elements)
1005    testYMax=1;% max of Y coordinates defined on the projection object
1006end
1007width=0;%default width of the projection band
1008if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1009    width=max(ObjectData.RangeZ);
1010end
1011
1012%% interpolation range
1013thresh2=[];
1014if isfield(ObjectData,'RangeInterp')
1015    thresh2=ObjectData.RangeInterp*ObjectData.RangeInterp;%square of interpolation range (do not interpolate beyond this range)
1016end
1017
1018%% initiate Matlab  structure for physical field
1019[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1020if ~isempty(errormsg)
1021    return
1022end
1023
1024%% reproduce initial plane position and angle
1025if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
1026    if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
1027        if isfield(ProjData,'.PlaneCoord') && ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1028            errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
1029            return
1030        end
1031    else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
1032        ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
1033    end
1034    if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
1035        if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
1036            if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1037                errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
1038                return
1039            end
1040        else
1041            ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
1042        end
1043    end
1044end
1045ProjData.NbDim=2;
1046ProjData.ListVarName={};
1047ProjData.VarDimName={};
1048ProjData.VarAttribute={};
1049if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
1050    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1051elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1052    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1053end
1054%error=0;%default
1055%flux=0;
1056%testfalse=0;
1057%ListIndex={};
1058
1059%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1060[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
1061
1062if ~isempty(errormsg)
1063    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1064    return
1065end
1066check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
1067
1068ProjMode=cell(size(CellInfo));
1069for icell=1:numel(CellInfo)
1070    ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;% projection mode of the plane object
1071end
1072    icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
1073if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')
1074    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
1075    if ~testYMin
1076        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return
1077    end
1078    if ~testYMax
1079        errormsg='max Y value not defined for the projection grid';return
1080    end
1081    if ~testXMin
1082        errormsg='min X value not defined for the projection grid';return
1083    end
1084    if ~testXMax
1085        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
1086    end
1087else
1088    %% case of a grid requested by the input field
1089    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1090        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
1091            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
1092                case 'interp_lin'
1093                    ProjMode{icell}='interp_lin';
1094                case 'interp_tps'
1095                    ProjMode{icell}='interp_tps';
1096            end
1097        end
1098        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1099            check_grid(icell)=1;
1100        end
1101        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')&&NbDimArray(icell)>=2
1102            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
1103                icell_grid=icell;
1104                ProjMode{icell}='projection';
1105            end
1106            check_grid(icell)=1;
1107        end
1108    end
1109    if ~isempty(find(check_grid))% if a grid is requested by the input field
1110        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
1111            if ~isfield(FieldData,'XMax')
1112                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
1113            end
1114        end
1115    end
1116end
1117if ~isempty(find(check_grid))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1118    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1119        AYName='coord_y';
1120        AXName='coord_x';
1121        if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')
1122            ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1123            ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
1124            coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
1125            coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
1126        else
1127            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1128            ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
1129            coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
1130            coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
1131        end
1132        [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1133        ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
1134%         XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1135%         YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1136    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
1137        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
1138        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1139        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1140        AYDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%
1141        AXDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%
1142         ProjData.VarDimName={AYDimName,AXDimName};
1143        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
1144        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
1145    end
1146    ProjData.ListVarName={AYName,AXName};
1147   
1148    ProjData.VarAttribute={[],[]};
1149end
1150   
1151%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1152% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
1153% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1154%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1155% icoord=0;
1156nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1157%nbvar=0;
1158vector_x_proj=[];
1159vector_y_proj=[];
1160for icell=1:length(CellInfo)
1161    NbDim=NbDimArray(icell);
1162    if NbDim<2
1163        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1164    end
1165    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1166    %dimensions
1167    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1168    if ischar(DimCell)
1169        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1170    end
1171    coord_z=0;%default
1172    ListVarName={};% initiate list of projected variables for cell # icell
1173    VarDimName={};% initiate coresponding list of dimensions for cell # icell
1174    VarAttribute={};% initiate coresponding list of var attributes  for cell # icell
1175    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1176    switch CellInfo{icell}.CoordType
1177       
1178        case 'scattered'
1179            %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1180            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1181                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1182            end
1183            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});% initial x coordinates
1184            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});% initial y coordinates
1185            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1186            if check3D
1187                coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1188            end
1189           
1190            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1191            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1192            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1193            if check3D
1194                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1195            end
1196           
1197            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1198            if check3D &&  width > 0
1199                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1200                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1201                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1202                for ivar=VarIndex
1203                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1204                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1205                end
1206                coord_x=coord_x(indcut);
1207                coord_y=coord_y(indcut);
1208                coord_z=coord_z(indcut);
1209            end
1210           
1211            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1212            Psi=PlaneAngle(1);
1213            Theta=PlaneAngle(2);
1214            Phi=PlaneAngle(3);
1215            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1216                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1217                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1218                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1219                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1220                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1221            else
1222                coord_X=coord_x;
1223                coord_Y=coord_y;
1224            end
1225           
1226            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1227            testin=ones(size(coord_X)); %default
1228            testbound=0;
1229            if testXMin
1230                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1231                testbound=1;
1232            end
1233            if testXMax
1234                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1235                testbound=1;
1236            end
1237            if testYMin
1238                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1239                testbound=1;
1240            end
1241            if testYMin
1242                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1243                testbound=1;
1244            end
1245            if testbound
1246                indcut=find(testin);
1247                if isempty(indcut)
1248                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1249                    return
1250                end
1251                for ivar=VarIndex
1252                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1253                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1254                end
1255                coord_X=coord_X(indcut);
1256                coord_Y=coord_Y(indcut);
1257                if check3D
1258                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1259                end
1260            end
1261           
1262            % two cases of projection for scattered coordinates
1263            switch ProjMode{icell}
1264                case 'projection'
1265                    nbvar=0;
1266                    %nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1267                    for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1268                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1269                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1270                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1271                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1272                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1273                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1274                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1275                        end
1276                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1277                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1278                            VarDimName=[VarDimName DimCell];
1279                            nbvar=nbvar+1;
1280                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1281                                VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1282                            end
1283                        end
1284                    end
1285                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1286                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1287                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1288                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1289                        coord_X=coord_X(indsel);
1290                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1291                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1292                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1293                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1294                        end
1295                    end
1296                    % interpolate and calculate field on the grid
1297                   
1298                    [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1299                   
1300                    % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1301                    if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1302                        F=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_X,'nearest');
1303                        G=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_Y,'nearest');
1304                    else
1305                        F=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_X,'nearest');
1306                        G=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_Y,'nearest');
1307                    end
1308                    Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1309                    Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1310                    Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1311                    if ~isempty(thresh2)
1312                        for ivar=1:numel(VarVal)
1313                            VarVal{ivar}(Dist>thresh2)=NaN;% % put to NaN interpolated positions further than 4 meshes from initial data
1314                        end
1315                    end
1316                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1317                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1318                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1319                        ListVarName={};% no new variable
1320                        VarAttribute={};
1321                    else
1322                        VarDimName=cell(size(ListVarName));
1323                        for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1324                            ListVarName{ilist}=regexprep(ListVarName{ilist},'(.+','');
1325                            if ~isempty(find(strcmp(ListVarName{ilist},ProjData.ListVarName)))
1326                                ListVarName{ilist}=[ListVarName{ilist} '_1'];
1327                            end
1328                            ProjData.(ListVarName{ilist})=VarVal{ilist};
1329                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1330                        end
1331                    end
1332                    if isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&& isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1333                    vector_x_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x; %preserve for next cell
1334                    vector_y_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y; %preserve for next cell
1335                    end
1336            end
1337           
1338        case 'tps'
1339            %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1340            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1341                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1342               
1343               
1344                coord_x=Coord(:,1,:);% initial x coordinates
1345            coord_y=Coord(:,2,:);% initial y coordinates
1346            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1347            if check3D
1348                coord_z=Coord(:,3,:);
1349            end
1350           
1351            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1352            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1353            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1354            if check3D
1355                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1356            end
1357           
1358            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1359            if check3D &&  width > 0
1360                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1361                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1362                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1363                for ivar=VarIndex
1364                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1365                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1366                end
1367                coord_x=coord_x(indcut);
1368                coord_y=coord_y(indcut);
1369                coord_z=coord_z(indcut);
1370            end
1371           
1372            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1373            Psi=PlaneAngle(1);
1374            Theta=PlaneAngle(2);
1375            Phi=PlaneAngle(3);
1376            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1377                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1378                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1379                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1380                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1381                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1382            else
1383                coord_X=coord_x;
1384                coord_Y=coord_y;
1385            end
1386           
1387            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1388
1389               
1390                Coord(:,1,:)=coord_X;% initial x coordinates
1391            Coord(:,2,:)=coord_Y;% initial y coordinates
1392               
1393               
1394                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1395                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1396                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1397                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
1398                end
1399                % interpolate data using thin plate spline
1400                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
1401               
1402                % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1403                Coord=permute(Coord,[1 3 2]);
1404                Coord=reshape(Coord,size(Coord,1)*size(Coord,2),2);
1405                if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1406                    F=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1407                    G=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1408                else
1409                    F=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1410                    G=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1411                end
1412                Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1413                Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1414                Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1415                ListVarName=(fieldnames(DataOut))';
1416                VarDimName=cell(size(ListVarName));
1417                for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1418                    VarName=ListVarName{ilist};
1419                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1420                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1421                    if ~isempty(thresh2)
1422                        ProjData.(VarName)(Dist>thresh2)=NaN;% put to NaN interpolated positions further than RangeInterp from initial data
1423                    end
1424                end
1425            end
1426           
1427        case 'grid'
1428            %% case of input fields defined on a structured  grid
1429            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1430            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1431            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1432            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1433            nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1434            if NbDim>=3
1435                if NbDim>3
1436                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1437                    return
1438                else
1439                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1440                        nbcolor=DimValue(3);
1441                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1442                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1443                    end
1444                end
1445            end
1446            Coord_z=[];
1447            Coord_y=[];
1448            Coord_x=[];
1449           
1450            if testangle
1451                ProjMode{icell}='interp_lin'; %request linear interpolation for projection on a tilted plane
1452            end
1453           
1454            if isequal(ProjMode{icell},'projection')% && (~testangle || test90y || test90x)
1455                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1456                    ListVarName=[ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1457                    VarDimName=[VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)];
1458                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1459                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1460                    end
1461                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1462                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1463                    for ivar=VarIndex
1464                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1465                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1466                    end
1467                else
1468                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1469                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1470                    if NbDim==3
1471                        Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});
1472                    end
1473                    if numel(Coord{NbDim-1})==2
1474                        DY=(Coord{NbDim-1}(2)-Coord{NbDim-1}(1))/(DimValue(1)-1);
1475                    end
1476                    if numel(Coord{NbDim})==2
1477                        DX=(Coord{NbDim}(2)-Coord{NbDim}(1))/(DimValue(2)-1);
1478                    end
1479                    if testYMax
1480                         YIndexMax=(YMax-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1481                        if testYMin%test_direct(indY)
1482                            YIndexMin=(YMin-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1483                        else
1484                            YIndexMin=1;
1485                        end         
1486                    else
1487                        YIndexMax=Coord{NbDim-1}(end)/DY;
1488                        YIndexMin=1;
1489                    end
1490                    if testXMax
1491                         XIndexMax=(XMax-Coord{NbDim}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1492                        if testYMin%test_direct(indY)
1493                            XIndexMin=(XMin-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1494                        else
1495                            XIndexMin=1;
1496                        end         
1497                    else
1498                        XIndexMax=Coord{NbDim}(end)/DX;
1499                        XIndexMin=1;
1500                    end
1501                    YIndexRange(1)=ceil(min(YIndexMin,YIndexMax));%first y index to select from the previous field
1502                    YIndexRange(1)=max(YIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1503                    YIndexRange(2)=floor(max(YIndexMin,YIndexMax));%last y index to select from the previous field
1504                    YIndexRange(2)=min(YIndexRange(2),DimValue(NbDim-1));% limit to the last available index
1505                    XIndexRange(1)=ceil(min(XIndexMin,XIndexMax));%first x index to select from the previous field
1506                    XIndexRange(1)=max(XIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1507                    XIndexRange(2)=floor(max(XIndexMin,XIndexMax));%last x index to select from the previous field
1508                    XIndexRange(2)=min(XIndexRange(2),DimValue(NbDim));% limit to the last available index
1509                    if test90y
1510                        ind_new=[3 2 1];
1511                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1512                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1513                        for ivar=VarIndex
1514                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1515                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1516                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1517                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1518                            ProjData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),ind_new);% permute x and z indices for 90 degree rotation
1519                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1520                        end
1521                        ProjData.(AYName)=[Ybound(1) Ybound(2)]; %record the new (projected ) y coordinates
1522                        ProjData.(AXName)=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)]; %record the new (projected ) x coordinates
1523                    else
1524                        if NbDim==3
1525                            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(numel(Coord{1})-1);
1526                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1527                            DimValue(1)=[];
1528                            test_direct=1;%TOdo; GENERALIZE, SEE CASE OF points
1529                            if test_direct(1)
1530                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1531                            else
1532                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1533                            end
1534                        end
1535                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1536                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1537                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1538                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1539                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1540                                VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1541                            end
1542                            if NbDim==3
1543                                ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end)));
1544                            else
1545                                ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName)(YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end),:);
1546                            end
1547                        end
1548                        if testXMax
1549                         ProjData.(AXName)=Coord{NbDim}(1)+DX*(XIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1550                        else
1551                          ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1552                        end
1553                        if testYMax
1554                            ProjData.(AYName)=Coord{NbDim-1}(1)+DY*(YIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1555                        else
1556                          ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1557                        end                           
1558                    end
1559                end
1560            else       % case with interpolation on a grid
1561                if NbDim==2 %2D case
1562                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1563                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1564                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1565                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1566                        test_interp_tps=1;
1567                    else
1568                        test_interp_tps=0;
1569                    end
1570                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1571                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1572                    if ~(testXMin && testYMin)% % if the range of the projected coordinates is not fully defined by the projection object, find the extrema of the projected field
1573                        xcorner=[min(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) min(Coord{NbDim})]-ObjectData.Coord(1,1);% corner absissa of the original grid with respect to the new origin
1574                        ycorner=[min(Coord{NbDim-1}) min(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1})]-ObjectData.Coord(1,2);% corner ordinates of the original grid
1575                        xcor_new=xcorner*cos(PlaneAngle(3))+ycorner*sin(PlaneAngle(3));%coordinates of the corners in new frame
1576                        ycor_new=-xcorner*sin(PlaneAngle(3))+ycorner*cos(PlaneAngle(3));
1577                        if ~testXMin
1578                            XMin=min(xcor_new);
1579                        end
1580                        if ~testXMax
1581                            XMax=max(xcor_new);
1582                        end
1583                        if ~testYMin
1584                            YMin=min(ycor_new);
1585                        end
1586                        if ~testYMax
1587                            YMax=max(ycor_new);
1588                        end
1589                    end
1590                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1591                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1592                    ProjData.(AYName)=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)]; %record the new (projected ) y coordinates
1593                    ProjData.(AXName)=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)]; %record the new (projected ) x coordinates
1594                    [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1595                    XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1596                    YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1597                    if numel(Coord{1})==2% x coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1598                        Coord{1}=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(1));
1599                    end
1600                    if numel(Coord{2})==2% y coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1601                        Coord{2}=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(2));
1602                    end
1603                    [X,Y]=meshgrid(Coord{2},Coord{1});%initial coordinates
1604                    %name of error flag variable
1605                    FFName='FF';%default name (if not already used)
1606                    if isfield(ProjData,'FF')
1607                        ind=1;
1608                        while isfield(ProjData,['FF_' num2str(ind)])
1609                            ind=ind+1;
1610                        end
1611                        FFName=['FF_' num2str(ind)];% append an index to the name of error flag, FF_1,FF_2...
1612                    end
1613                    % project all variables in the cell
1614                    for ivar=VarIndex
1615                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1616                        if size(FieldData.(VarName),3)==1
1617                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,'*linear');%interpolation fct
1618                        else
1619                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,1)),XI,YI,'*linear');
1620                            for icolor=2:size(FieldData.(VarName),3)% project 'color' components
1621                                ProjData.(VarName)=cat(3,ProjData.(VarName),interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,icolor)),XI,YI,'*linear'));
1622                            end
1623                        end
1624                        if isa(FieldData.(VarName),'uint8')
1625                            ProjData.(VarName)=uint8(ProjData.(VarName));%put result to integer 8 bits if the initial field is integer (image)
1626                        elseif isa(FieldData.(VarName),'uint16')
1627                            ProjData.(VarName)=uint16(ProjData.(VarName));%put result to integer 16 bits if the initial field is integer (image)
1628                        end
1629                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1630                        DimCell(1:2)={AYName,AXName};
1631                        VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1632                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1633                            VarAttribute{length(ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1634                        end;
1635                        ProjData.(FFName)=isnan(ProjData.(VarName));%detact NaN (points outside the interpolation range)
1636                        ProjData.(VarName)(ProjData.(FFName))=0; %set to 0 the NaN data
1637                    end
1638                    %update list of variables with error flag
1639                    ListVarName=[ListVarName FFName];
1640                    VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1641                    VarAttribute{numel(ListVarName)}.Role='errorflag';
1642                elseif ~testangle
1643                    % unstructured z coordinate
1644                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1645                    iz_sup=find(test_sup);
1646                    iz=iz_sup(1);
1647                    if iz>=1 & iz<=npz
1648                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1649                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1650                        for ivar=VarIndex
1651                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1652                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1653                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1654                            ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1655                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1656                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1657                                ProjData.(VarName)=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.(VarName),Coord_x,Coord_y);
1658                            end
1659                        end
1660                    end
1661                else
1662                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1663                    %TODO: use interp_lin3
1664                    return
1665                end
1666            end
1667    end
1668    % update the global list of projected variables:
1669    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListVarName];
1670    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1671    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1672   
1673    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1674    if testangle
1675        ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1676        for ivar=1:numel(VarAttribute)
1677            if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
1678                if strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
1679                    ivar_U=ivar;
1680                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
1681                    ivar_V=ivar;
1682                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_z')
1683                    ivar_W=ivar;
1684                end
1685            end
1686        end
1687        if ~isempty(ivar_U)
1688            if isempty(ivar_V)
1689                msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1690                return
1691            else
1692                UName=ListVarName{ivar_U};
1693                VName=ListVarName{ivar_V};
1694                UValue=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName);
1695                ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName));
1696                ProjData.(UName)=UValue;
1697                if ~isempty(ivar_W)
1698                    WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1699                    VValue=ProjData.(VName)+ ProjData.(WName)*sin(Theta);%
1700                    ProjData.(WName)=NormVec_X*ProjData.(UName)+ NormVec_Y*ProjData.(VName)+ NormVec_Z* ProjData.(WName);
1701                    ProjData.(VName)=VValue;
1702                end
1703            end
1704        end
1705    end
1706end
1707% %prepare substraction in case of two input fields
1708% SubData.ListVarName={};
1709% SubData.VarDimName={};
1710% SubData.VarAttribute={};
1711% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1712% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1713%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1714%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1715%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1716%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1717%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1718%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1719%         check_remove(iproj)=1;
1720%     end
1721% end
1722% if ~isempty(find(check_remove))
1723%     ind_remove=find(check_remove);
1724%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1725%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1726%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1727%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1728% end
1729
1730%-----------------------------------------------------------------
1731%projection in a volume
1732function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1733
1734%-----------------------------------------------------------------
1735ProjData=FieldData;%default output
1736
1737%% axis origin
1738if isempty(ObjectData.Coord)
1739    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1740    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1741    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1742end
1743
1744%% rotation angles
1745VolumeAngle=[0 0 0];
1746norm_plane=[0 0 1];
1747if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1748    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1749    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1750    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1751    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1752    cos_om=cos(pi*om/180);
1753    sin_om=sin(pi*om/180);
1754    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1755    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1756    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1757    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1758    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1759end
1760testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1761
1762%% mesh sizes DX, DY, DZ
1763DX=0;
1764DY=0; %default
1765DZ=0;
1766if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1767     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1768end
1769if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1770     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1771end
1772if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1773     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1774end
1775if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1776        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1777        return
1778end
1779
1780%% extrema along each axis
1781testXMin=0;
1782testXMax=0;
1783testYMin=0;
1784testYMax=0;
1785if isfield(ObjectData,'RangeX')
1786        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1787        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1788        testXMin=XMax>XMin;
1789        testXMax=1;
1790end
1791if isfield(ObjectData,'RangeY')
1792        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1793        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1794        testYMin=YMax>YMin;
1795        testYMax=1;
1796end
1797width=0;%default width of the projection band
1798if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1799        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1800        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1801        testZMin=ZMax>ZMin;
1802        testZMax=1;
1803end
1804
1805%% initiate Matlab  structure for physical field
1806[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1807if ~isempty(errormsg)
1808    return
1809end
1810
1811ProjData.NbDim=3;
1812ProjData.ListVarName={};
1813ProjData.VarDimName={};
1814if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1815    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1816elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1817    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1818end
1819
1820error=0;%default
1821flux=0;
1822testfalse=0;
1823ListIndex={};
1824
1825%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1826%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1827%-----------------------------------------------------------------
1828idimvar=0;
1829% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1830% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1831ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1832icoord=0;
1833nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1834nbvar=0;
1835for icell=1:length(CellVarIndex)
1836    NbDim=NbDimVec(icell);
1837    if NbDim<3
1838        continue
1839    end
1840    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1841    VarType=VarTypeCell{icell};
1842    ivar_X=VarType.coord_x;
1843    ivar_Y=VarType.coord_y;
1844    ivar_Z=VarType.coord_z;
1845    ivar_U=VarType.vector_x;
1846    ivar_V=VarType.vector_y;
1847    ivar_W=VarType.vector_z;
1848    ivar_C=VarType.scalar ;
1849    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1850    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1851    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1852    ivar_F=VarType.warnflag;
1853    ivar_FF=VarType.errorflag;
1854    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1855    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1856    if ischar(DimCell)
1857        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1858    end
1859
1860%% case of input fields with unstructured coordinates
1861    if check_unstructured_coord
1862        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1863        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1864        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1865        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1866        if length(ivar_Z)==1
1867            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1868            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1869        end
1870
1871        % translate  initial coordinates
1872        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1873        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1874        if ~isempty(ivar_Z)
1875            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1876        end
1877       
1878        % selection of the vectors in the projection range
1879%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1880%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1881%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1882%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1883%             for ivar=VarIndex
1884%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1885%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1886%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1887%             end
1888%             coord_x=coord_x(indcut);
1889%             coord_y=coord_y(indcut);
1890%             coord_z=coord_z(indcut);
1891%         end
1892
1893       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1894       if testangle
1895           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1896           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1897           if ~isempty(ivar_Z)
1898               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1899           end
1900           
1901           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1902           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1903           
1904       else
1905           coord_X=coord_x;
1906           coord_Y=coord_y;
1907           coord_Z=coord_z;
1908       end
1909        %restriction to the range of x and y if imposed
1910        testin=ones(size(coord_X)); %default
1911        testbound=0;
1912        if testXMin
1913            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1914            testbound=1;
1915        end
1916        if testXMax
1917            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1918            testbound=1;
1919        end
1920        if testYMin
1921            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1922            testbound=1;
1923        end
1924        if testYMax
1925            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1926            testbound=1;
1927        end
1928        if testbound
1929            indcut=find(testin);
1930            for ivar=VarIndex
1931                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1932                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1933            end
1934            coord_X=coord_X(indcut);
1935            coord_Y=coord_Y(indcut);
1936            if length(ivar_Z)==1
1937                coord_Z=coord_Z(indcut);
1938            end
1939        end
1940        % different cases of projection
1941        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1942            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1943                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1944                if ivar==ivar_X %x coordinate
1945                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1946                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1947                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1948                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1949                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1950                end
1951                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1952                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1953                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1954                    nbvar=nbvar+1;
1955                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1956                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1957                    end
1958                end
1959            end 
1960        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
1961            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1962            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1963            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1964            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1965            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1966            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1967            nbcoord=2; 
1968            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1969            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1970            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1971            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1972            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1973            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1974            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1975            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1976            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1977            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1978            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1979            if ~isequal(ivar_FF,0)
1980                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1981                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1982                coord_X=coord_X(indsel);
1983                coord_Y=coord_Y(indsel);
1984            end
1985            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1986            testFF=0;
1987            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1988            for ivar=VarIndex
1989                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1990                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1991                    ivar_new=ivar_new+1;
1992                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1993                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1994                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1995                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1996                    end
1997                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1998                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1999                    end
2000                    % linear interpolation
2001                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
2002                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
2003%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
2004%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
2005%                     indnan=find(FFlag);
2006%                     if ~isempty(indnan)
2007%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
2008%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
2009%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
2010%                         testFF=1;
2011%                     end
2012                    if ivar==ivar_U
2013                        ivar_U=ivar_new;
2014                    end
2015                    if ivar==ivar_V
2016                        ivar_V=ivar_new;
2017                    end
2018                    if ivar==ivar_W
2019                        ivar_W=ivar_new;
2020                    end
2021                end
2022            end
2023            if testFF
2024                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
2025                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
2026               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2027                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
2028            end
2029        end
2030       
2031%% case of input fields defined on a structured  grid
2032    else
2033        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
2034        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
2035        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
2036        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
2037        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
2038        if NbDim>=3
2039            if NbDim>3
2040                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
2041                return
2042            else
2043                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
2044                    nbcolor=DimValue(3);
2045                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
2046                    NbDim=2;% space dimension set to 2
2047                end
2048            end
2049        end
2050        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
2051        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
2052        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
2053        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
2054        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
2055        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
2056        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
2057
2058%         for idim=1:length(ListDimName)
2059%             DimName=ListDimName{idim};
2060%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
2061%                nbcolor=DimValue(idim);
2062%                DimValue(idim)=[];
2063%             end
2064%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
2065%                 DimValue(idim)=[];
2066%             end
2067%         end 
2068        Coord_z=[];
2069        Coord_y=[];
2070        Coord_x=[];   
2071
2072        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
2073            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
2074            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
2075            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
2076                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
2077                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
2078                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
2079                else
2080                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
2081                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
2082                    DCoord_max=max(DCoord);
2083                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
2084                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
2085                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
2086                                return
2087                    end               
2088                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
2089                end
2090                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
2091            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
2092                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
2093                DCoord_min(idim)=1;%default
2094                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
2095                test_direct(idim)=1;
2096            end
2097        end
2098        if DY==0
2099            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
2100        end
2101        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
2102        if DX==0
2103            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
2104        end
2105        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
2106        for idim=1:NbDim
2107            if test_interp(idim)
2108                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
2109            end
2110        end       
2111        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
2112        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
2113        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
2114        test_direct_x=test_direct(NbDim);
2115        DAX=DCoord_min(NbDim);
2116        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
2117        minAX=min(Coord_x);
2118        maxAX=max(Coord_x);
2119        minAY=min(Coord_y);
2120        maxAY=max(Coord_y);
2121        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
2122        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
2123        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
2124        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
2125        if ~testXMax
2126            XMax=max(xcor_new);
2127        end
2128        if ~testXMin
2129            XMin=min(xcor_new);
2130        end
2131        if ~testYMax
2132            YMax=max(ycor_new);
2133        end
2134        if ~testYMin
2135            YMin=min(ycor_new);
2136        end
2137        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
2138        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
2139        if DX==0
2140            DX=DXinit;
2141        end
2142        if DY==0
2143            DY=DYinit;
2144        end
2145        if NbDim==3
2146            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2147            if ~test_direct(1)
2148                DZ=-DZ;
2149            end
2150            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2151            test_direct_z=test_direct(1);
2152        end
2153        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2154        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2155        if test_direct_y
2156            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2157        else
2158            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2159        end
2160        if test_direct_x
2161            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2162        else
2163            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2164        end
2165       
2166        % case with no rotation and interpolation
2167        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2168            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2169                ProjData=FieldData;
2170            else
2171                indY=NbDim-1;
2172                if test_direct(indY)
2173                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2174                    YIndexFirst=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2175                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2176                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(YIndexFirst-1);
2177                else
2178                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2179                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2180                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2181                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2182                end   
2183                if test_direct(NbDim)==1
2184                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2185                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2186                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2187                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2188                else
2189                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2190                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2191                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2192                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2193                end
2194                if NbDim==3
2195                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2196                    DimValue(1)=[];
2197                                        %structured coordinates
2198                    if test_direct(1)
2199                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2200                    else
2201                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2202                    end
2203                end
2204                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2205                min_indx=max(min_indx,1);
2206                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2207                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2208                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2209                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2210                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2211                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2212                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2213                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2214                    end
2215                    if NbDim==3
2216                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2217                    else
2218                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2219                    end
2220                end 
2221                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2222                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2223            end
2224        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2225            if NbDim==2 %2D case
2226                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2227                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2228                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2229                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2230                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2231                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2232                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2233                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2234                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2235                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2236                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2237                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2238                    test_interp_tps=1;
2239                else
2240                    test_interp_tps=0;
2241                end
2242                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2243                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2244                for ivar=VarIndex
2245                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2246                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2247                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2248                    end
2249                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2250                    if test_interp_tps 
2251                         Aclass=class(FieldData.A);
2252                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2253                         if ~isequal(Aclass,'double')
2254                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2255                         end
2256                    end
2257                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2258                    %ind_in=find(flagin);
2259                    ind_out=find(~flagin);
2260                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2261                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2262                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2263                    for icolor=1:nbcolor
2264                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2265                    end
2266                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2267                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2268                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2269                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2270                    end     
2271                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2272                end
2273                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antï¿œrieur 
2274                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2275                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2276                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2277            else %3D case
2278                if ~testangle     
2279                    % unstructured z coordinate
2280                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2281                    iz_sup=find(test_sup);
2282                    iz=iz_sup(1);
2283                    if iz>=1 & iz<=npz
2284                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2285                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2286                        for ivar=VarIndex
2287                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2288                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2289                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2290                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2291                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2292                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2293                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2294                            end
2295                        end
2296                    end
2297                else
2298                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2299                    %TODO: use interp3
2300                    return
2301                end
2302            end
2303        end
2304    end
2305
2306    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2307    if testangle
2308        if isempty(ivar_V)
2309            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2310            return
2311        end
2312        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2313        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2314        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2315        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2316        if ~isempty(ivar_W)
2317            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2318            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2319            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2320        end
2321        if ~isequal(Psi,0)
2322            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2323            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2324        end
2325    end
2326end
2327
2328%------------------------------------------------------------------------
2329%--- transfer the global attributes
2330function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2331%------------------------------------------------------------------------
2332ProjData=[];%default
2333errormsg='';%default
2334
2335%% transfer error
2336if isfield(FieldData,'Txt')
2337    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2338    return;
2339end
2340
2341%% transfer global attributes
2342if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2343    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2344else
2345    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2346end
2347for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2348    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2349    if isfield(FieldData,AttrName)
2350        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2351    end
2352end
2353
2354%% transfer coordinate unit
2355if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2356    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2357end
2358if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2359    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2360        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2361        return
2362    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2363         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2364    end
2365end
2366
2367%% store the properties of the projection object
2368ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2369for ilist=1:length(ListObject)
2370    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2371        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2372        if ~isempty(val)
2373            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2374            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2375        end
2376    end   
2377end
2378
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.