source: trunk/src/proj_field.m @ 962

Last change on this file since 962 was 961, checked in by sommeria, 5 years ago

NomType? level introduced

File size: 117.9 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65
66%=======================================================================
67% Copyright 2008-2016, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
68%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
69%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
70%
71%     This file is part of the toolbox UVMAT.
72%
73%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
74%     it under the terms of the GNU General Public License as published
75%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
76%     or (at your option) any later version.
77%
78%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
79%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
80%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
81%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
82%=======================================================================
83
84function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
85errormsg='';%default
86ProjData=[];
87
88%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
89if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    return
91end
92% check list of effective projection modes
93if ~ismember(ObjectData.ProjMode,{'projection','interp_lin','interp_tps','inside','outside'})
94    return
95end
96if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
97    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
98        ObjectData.Coord=[0 0];%default
99    else
100        return
101    end
102end
103
104%% apply projection depending on the object type
105switch ObjectData.Type
106    case 'points'
107        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
108    case {'line','polyline'}
109        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
110    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
111        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
112            if ~exist('VarMesh','var')
113                VarMesh=[];
114            end
115            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh);
116        else
117            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
118        end
119    case {'plane','plane_z'}
120        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
121    case 'volume'
122        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
123end
124
125%-----------------------------------------------------------------
126%project on a set of points
127function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
128%-------------------------------------------------------------------
129
130siz=size(ObjectData.Coord);
131width=0;
132if isfield(ObjectData,'Range')
133    width=ObjectData.Range(1,2);
134end
135if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
136    width=max(ObjectData.RangeX);
137end
138if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
139    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
140end
141if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
142    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
143end
144if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
145    if width==0
146        errormsg='projection range around points needed';
147        return
148    end
149elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
150    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
151        return
152end
153[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
154if ~isempty(errormsg)
155    return
156end
157ProjData.NbDim=0;
158[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
159if ~isempty(errormsg)
160    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
161    return
162end
163%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
164for icell=1:length(CellInfo)
165    if NbDimArray(icell)<=1
166        continue %projection only for multidimensional fields
167    end
168    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
169    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
170    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
171    ivar_Z=[];
172    if NbDimArray(icell)==3
173        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
174    end
175    ivar_FF=[];
176    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
177        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
178        if numel(ivar_FF)>1
179            errormsg='multiple error flag input';
180            return
181        end
182    end   
183    % select types of  variables to be projected
184   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
185      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
186   for ilist=1:numel(ListProj)
187       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
188           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
189       end
190   end
191   VarIndex=find(check_proj);
192    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
193    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
194    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
195    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
196    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
197    for ivar=VarIndex       
198        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
199        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
200        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
201
202    end
203    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
204        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
205        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
206        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
207        if length(ivar_Z)==1
208            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
209            test3D=1;
210        end
211   
212        for ipoint=1:siz(1)
213           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
214           distX=coord_x-Xpoint(1);
215           distY=coord_y-Xpoint(2);         
216           dist=distX.*distX+distY.*distY;
217           indsel=find(dist<width*width);
218           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
219           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
220           if isequal(length(ivar_FF),1)
221               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
222               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
223               indsel=indsel(~FF);
224           end
225           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
226            for ivar=VarIndex
227               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
228               if isempty(indsel)
229                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
230               else
231                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
232                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
233                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
234                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
235                    end
236               end
237            end
238        end
239    else    %case of structured coordinates
240        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
241            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
242            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
243            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
244            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
245            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
246            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
247            npxy=size(A);         
248            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
249            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
250                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
251            end
252            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
253                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
254                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
255                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
256                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
257                if numel(Coord{idim})==2
258                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
259                    test_direct(idim)=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
260                else
261                    DCoord=diff(Coord{idim});
262                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
263                    DCoord_max=max(DCoord);
264                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
265                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
266                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
267                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
268                        return
269                    end
270                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
271                    test_coord(idim)=1;
272                end
273            end
274            DX=DCoord_min(2);
275            DY=DCoord_min(1);
276            for ipoint=1:siz(1)
277                xwidth=width/(abs(DX));
278                ywidth=width/(abs(DY));
279                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
280                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
281                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
282                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
283                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
284                j_min=max(1,j_min);
285                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
286                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
287                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
288                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
289                i_int=(i_min:i_plus);
290                j_int=(j_min:j_plus);
291                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
292                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
293                   for ivar=VarIndex   
294                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
295                   end
296                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
297                else
298                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
299                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
300                    for ivar=VarIndex   
301                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
302                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
303                    end
304                end
305            end
306        end
307   end
308end
309
310%-----------------------------------------------------------------
311%project in a patch
312function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh)%%
313%-------------------------------------------------------------------
314[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
315if ~isempty(errormsg)
316    return
317end
318%objectfield=fieldnames(ObjectData);
319widthx=0;
320widthy=0;
321if isfield(ObjectData,'RangeX') && ~isempty(ObjectData.RangeX)
322    widthx=max(ObjectData.RangeX);
323end
324if isfield(ObjectData,'RangeY') && ~isempty(ObjectData.RangeY)
325    widthy=max(ObjectData.RangeY);
326end
327
328%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
329ProjData.NbDim=1;
330ProjData.ListVarName={};
331ProjData.VarDimName={};
332ProjData.VarAttribute={};
333
334CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
335if isfield (FieldData,'VarAttribute')
336    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
337        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
338            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
339        end
340        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
341            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
342        end
343    end
344end
345
346%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
347[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
348if ~isempty(errormsg)
349    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
350    return
351end
352
353%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
354for icell=1:length(CellInfo)
355    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
356    test_Amat=0;
357    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
358        continue
359    end
360    ivar_FF=[];
361    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
362    if testfalse
363        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
364        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
365        errorflag=FieldData.(FFName);
366    end
367    % select types of  variables to be projected
368    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
369    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
370    for ilist=1:numel(ListProj)
371        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
372            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
373        end
374    end
375    VarIndex=find(check_proj);
376   
377    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
378    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
379    ivar_Z=[];
380    if NbDim(icell)==3
381        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
382    end
383    switch CellInfo{icell}.CoordType
384        case 'scattered' %case of unstructured coordinates
385            for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
386                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
387                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
388            end
389            XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
390            YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
391            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
392            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
393            % image or 2D matrix
394        case 'grid' %case of structured coordinates
395            test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
396            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
397            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
398            AX=FieldData.(AXName);% x coordinate
399            AY=FieldData.(AYName);% y coordinate
400            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
401            DimValue=size(FieldData.(VarName));
402            if length(AX)==2
403                AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
404            end
405            if length(AY)==2
406                AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
407            end
408            if length(DimValue)==3
409                testcolor=1;
410                npxy(3)=3;
411            else
412                testcolor=0;
413                npxy(3)=1;
414            end
415            [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
416            npxy(1)=length(AY);
417            npxy(2)=length(AX);
418            Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
419            Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
420            for ivar=1:length(VarIndex)
421                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
422                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
423            end
424    end
425    %select the indices in the range of action
426    testin=[];%default
427    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
428        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
429            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
430            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
431            testin=distX<widthx & distY<widthy;
432        elseif test_Amat
433            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
434            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
435            testin=distX<widthx & distY<widthy;
436        end
437    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
438        if strcmp(CoordType,'scattered')
439            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
440        elseif strcmp(CoordType,'grid')
441            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
442        else%calculate the scalar
443            testin=[]; %A REVOIR
444        end
445    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
446        X2Max=widthx*widthx;
447        Y2Max=(widthy)*(widthy);
448        if strcmp(CoordType,'scattered')
449            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
450            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
451            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
452        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
453            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
454            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
455            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
456        end
457    end
458    %selected indices
459    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
460        testin=~testin;
461    end
462    if testfalse
463        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
464    end
465    indsel=find(testin);
466    nbvar=0;
467    VarSize=zeros(size(VarIndex));
468    for ivar=VarIndex
469        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
470        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each co
471        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
472        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color co
473        nbvar=nbvar+1;
474        VarSize(nbvar)=mean((ProjData.([VarName 'Max'])-ProjData.([VarName 'Min']))/100);
475    end
476    if  isempty(VarMesh)% || isnan(VarMesh) % mesh not specified as input, estimate from the bounds
477        VarMesh=mean(VarSize);
478        ord=10^(floor(log10(VarMesh)));%order of magnitude
479        if VarMesh/ord >=5
480            VarMesh=5*ord;
481        elseif VarMesh/ord >=2
482            VarMesh=2*ord;
483        else
484            VarMesh=ord;
485        end
486    end
487    for ivar=VarIndex
488        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
489        LowBound=VarMesh*ceil(ProjData.([VarName 'Min'])/VarMesh);
490        UpperBound=VarMesh*floor(ProjData.([VarName 'Max'])/VarMesh);
491        if numel(indsel)<=1
492            errormsg='only one data point or less for histogram';
493            return
494        elseif isequal(LowBound,UpperBound)
495            errormsg='attempt histogram of uniform field: low bound = high bound';
496            return
497        end       
498        ProjData.(VarName)=LowBound:VarMesh:UpperBound; % list of bin values
499        ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
500        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
501        if test_Amat && testcolor
502            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
503        else
504            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
505        end
506        VarAttribute_var=[];
507        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
508            VarAttribute_var=FieldData.VarAttribute{ivar};
509        end
510      %  VarAttribute_var.Role='coord_x';% the variable is now used as an absissa
511        VarAttribute_histo.Role='histo';
512        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {VarAttribute_var} {VarAttribute_histo} {[]} {[]} {[]}];
513    end
514end
515
516%-----------------------------------------------------------------
517%project on a line
518% AJOUTER flux,circul,error
519% OUTPUT:
520% ProjData: projected field
521%
522function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
523%-----------------------------------------------------------------
524
525%% prepare heading for the projected field
526[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
527if ~isempty(errormsg)
528    return
529end
530ProjData.NbDim=1;
531%initialisation of the input parameters and defaultoutput
532ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
533% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
534width=0;
535if isfield(ObjectData,'RangeY')
536    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
537end
538% default output
539errormsg='';%default
540Xline=[];
541flux=0;
542circul=0;
543liny=ObjectData.Coord(:,2);
544NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
545testfalse=0;
546ListIndex={};
547
548%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
549[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
550if ~isempty(errormsg)
551    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
552    return
553end
554CellInfo=CellInfo(NbDim==2); %keep only the 2D cells
555%%%%%% TODO: treat 1D fields: project as identity so that P o P=P for projection operation
556cell_select=true(size(CellInfo));
557
558for icell=1:length(CellInfo)
559    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
560        if ~strcmp(CellInfo{icell}.ProjModeRequest, ProjMode)
561            cell_select(icell)=0;
562        end
563        if strcmp(ProjMode,'interp_tps')&& ~strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'tps')
564            cell_select(icell)=0;
565        end
566    end
567end
568if isempty(find(cell_select))
569    errormsg=[' invalid projection mode ''' ProjMode ''': use ''interp_tps'' to interpolate spatial derivatives'];
570    return
571end
572CellInfo=CellInfo(cell_select);
573
574%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
575LineCoord=ObjectData.Coord;
576switch ObjectData.Type
577    case 'ellipse'
578        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
579        NbSegment=0;
580    case 'rectangle'
581        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
582        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
583        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
584        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
585    case 'polygon'
586        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
587end
588if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
589    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
590        return% line needs at least 2 points to be defined
591    end
592    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
593    dliny=diff(LineCoord(:,2));
594    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
595    LineLength=sum(dlength);
596    NbSegment=numel(LineLength);
597end
598CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
599
600%     x = a \ \cosh \mu \ \cos \nu
601%
602%     y = a \ \sinh \mu \ \sin \nu
603
604%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
605
606% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
607xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
608if isequal(ProjMode,'projection')
609    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
610        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
611        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
612        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
613        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
614    else
615        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
616        return
617    end
618else % need to define the set of interpolation points
619    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
620        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
621        if CheckClosedLine
622            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
623            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
624            DX_edge=DX/2;
625        else
626            DX_edge=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point, the same for the end point
627        end
628        XI=[];
629        YI=[];
630        ThetaI=[];
631        dlengthI=[];
632        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
633            phi=(DX_edge:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
634            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
635            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
636            dphi=2*pi*DX/LineLength;
637            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
638        else
639            for isegment=1:NbSegment
640                costheta=cos(theta(isegment));
641                sintheta=sin(theta(isegment));
642                %                 XIsegment=LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
643                %                 YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
644                NbInterval=floor((dlength(isegment)-DX_edge)/DX);
645                LastX=DX_edge+DX*NbInterval;
646                NbPoint=NbInterval+1;
647                XIsegment=linspace(LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta,LineCoord(isegment,1)+LastX*costheta,NbPoint);
648                YIsegment=linspace(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta,LineCoord(isegment,2)+LastX*sintheta,NbPoint);
649                XI=[XI XIsegment];
650                YI=[YI YIsegment];
651                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
652                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
653                DX_edge=DX-(dlength(isegment)-LastX);%edge for the next segment set to keep DX=DX_end+DX_edge between two segments
654            end
655        end
656        Xproj=cumsum(dlengthI);
657    else
658        errormsg='abscissa mesh along line DX needed for interpolation';
659        return
660    end
661end
662
663%% loop on variable cells with the same space dimension 2
664ProjData.ListVarName={};
665ProjData.VarDimName={};
666check_abscissa=0;
667for icell=1:length(CellInfo)
668    % list of variable types to be projected
669    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
670    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
671    for ilist=1:numel(ListProj)
672        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
673            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
674        end
675    end
676    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
677   
678    %% identify vector components
679    %testU=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x') &&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y') ;% test for vectors
680    %     if testU
681    %         UName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x};
682    %         VName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y};
683    %         vector_x=FieldData.(UName);
684    %         vector_y=FieldData.(VName);
685    %     end
686    %identify error flag
687    errorflag=0; %default, no error flag
688    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
689        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
690        errorflag=FieldData.(FFName);
691    end
692    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
693    ivar_U=[];
694    ivar_V=[];
695    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
696   
697    %         circul=0;
698    %         flux=0;
699    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
700    switch CellInfo{icell}.CoordType
701        %case of unstructured coordinates
702        case 'scattered'
703%             XName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
704%             YName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
705            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});
706            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});
707           
708            if isequal(ProjMode,'projection')
709                if width==0
710                    errormsg='range of the projection object is missing';
711                    return
712                end
713                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
714                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
715                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
716                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
717                % select the (non false) input data located in the band of projection
718                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
719                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
720                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
721                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
722                coord_x=coord_x(flagsel);
723                coord_y=coord_y(flagsel);
724                costheta=cos(theta);
725                sintheta=sin(theta);
726                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
727                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
728                ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)})=Xproj;
729                for ivar=1:numel(VarIndex)
730                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict variables to the projection band
731                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
732                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
733                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
734                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
735                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
736                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x');
737                            ivar_U=nbvar+ivar;
738                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y');
739                            ivar_V=nbvar+ivar;
740                        end
741                    end
742                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles with continuous lines
743                end
744            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
745                if ~check_abscissa
746                    XName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
747                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
748                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
749                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
750                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
751                    check_abscissa=1; % define abcissa only once
752                end
753                if ~isequal(errorflag,0)
754                    VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
755                    indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
756                    coord_x=coord_x(indsel);
757                    coord_y=coord_y(indsel);
758                    for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
759                        VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
760                        FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
761                    end
762                end
763                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
764                ProjData.X=Xproj;
765                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
766                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
767                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
768                for ivar=1:numel(VarAttribute)
769                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
770                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
771                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
772                            ivar_U=ivar+nbvar;
773                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
774                            ivar_V=ivar+nbvar;
775                        end
776                    end
777                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
778                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
779                end
780            end
781        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
782            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
783                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
784                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
785                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
786                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
787                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
788                end
789                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
790                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'X'}];
791                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
792                ProjData.X=Xproj;
793                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
794                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
795                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
796                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
797                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
798                for ivar=1:numel(VarAttribute)
799                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
800                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
801                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
802                            ivar_U=ivar+nbvar;
803                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
804                            ivar_V=ivar+nbvar;
805                        end
806                    end
807                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
808                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
809                end
810            end
811            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
812           
813        case 'grid'   %case of structured coordinates
814            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
815                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
816            else
817                test_Amat=1;%image or 2D matrix
818                test_interp2=0;%default
819                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
820                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
821                eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
822                eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions
823                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
824                eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
825                npxy=size(A);
826                npx=npxy(2);
827                npy=npxy(1);
828                if numel(AX)==2
829                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
830                else
831                    DX_vec=diff(AX);
832                    DX=max(DX_vec);
833                    DX_min=min(DX_vec);
834                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
835                        test_interp2=1;
836                        DX=DX_min;
837                    end
838                end
839                if numel(AY)==2
840                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
841                else
842                    DY_vec=diff(AY);
843                    DY=max(DY_vec);
844                    DY_min=min(DY_vec);
845                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
846                        test_interp2=1;
847                        DY=DY_min;
848                    end
849                end
850                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
851                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
852                if isfield(ObjectData,'DX')
853                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
854                else
855                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
856                end
857                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
858                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
859                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
860                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
861                if isfield(FieldData,'RangeX')
862                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
863                else
864                    XMin=0;
865                end
866                eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
867                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
868                eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
869                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
870                eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
871                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
872                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
873                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
874                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
875                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
876                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
877                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
878                ind_in=find(flagin);
879                ind_out=find(~flagin);
880                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
881                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
882                nbcolor=1; %color images
883                if numel(npxy)==2
884                    nbcolor=1;
885                elseif length(npxy)==3
886                    nbcolor=npxy(3);
887                else
888                    errormsg='multicomponent field not projected';
889                    display(errormsg)
890                    return
891                end
892                nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
893                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
894                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
895                for ivar=VarIndex
896                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
897                    if test_interp2% interpolate on new grid
898                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI);%TO TEST
899                    end
900                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
901                    if nbcolor==1
902                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
903                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
904                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
905                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
906                    elseif nbcolor==3
907                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
908                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
909                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
910                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
911                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
912                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
913                    end
914                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
915                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
916                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
917                end
918                if nbcolor==3
919                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
920                end
921            end
922    end
923    if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
924        vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U});
925        ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
926        ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
927    end
928end
929
930% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
931% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
932% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
933% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
934% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
935% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
936% %     else
937% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
938% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
939% %     end
940%
941% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
942
943
944%-----------------------------------------------------------------
945%project on a plane
946% AJOUTER flux,circul,error
947function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
948%-----------------------------------------------------------------
949
950%% rotation angles
951PlaneAngle=[0 0 0];
952norm_plane=[0 0 1];
953%cos_om=1;
954%sin_om=0;
955test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
956test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
957% if strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
958%     Delta_x=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
959%     Delta_y=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
960%     Delta_mod=sqrt(Delta_x*Delta_x+Delta_y*Delta_y);
961%     ObjectData.Angle=[0 0 0];
962%     ObjectData.Angle(1)=90*Delta_x/Delta_mod;
963%     ObjectData.Angle(2)=90*Delta_y/Delta_mod;
964% end   
965if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
966    test90y=isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
967    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
968    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
969    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
970    cos_om=cos(om);
971    sin_om=sin(om);
972    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
973    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
974    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
975    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
976    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
977end
978testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0])||~isequal(ObjectData.Coord(1:2),[0 0 ]) ;% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
979
980%% mesh sizes DX and DY
981DX=[];
982DY=[];%default
983if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
984    DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
985elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
986    DX=FieldData.CoordMesh;
987end
988if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
989    DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
990elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
991    DY=FieldData.CoordMesh;
992end
993if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
994    errormsg='DX or DY not defined';
995    return
996end
997InterpMesh=min(DX,DY);%mesh used for interpolation in a slanted plane
998% if strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
999%     InterpMesh=10*InterpMesh;%TODO: temporary, to shorten computation
1000% end
1001
1002%% extrema along each axis
1003testXMin=0;% test if min of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1004testXMax=0;% test if max of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1005testYMin=0;% test if min of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1006testYMax=0;% test if max of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1007if isfield(ObjectData,'RangeX') % rangeX defined by the projection object
1008    XMin=min(ObjectData.RangeX);
1009    XMax=max(ObjectData.RangeX);
1010    testXMin=XMax>XMin;%=1 if XMin defined (i.e. RangeY has two distinct elements)
1011    testXMax=1;% max of X coordinates defined on the projection object
1012end
1013if isfield(ObjectData,'RangeY') % rangeY defined by the projection object
1014    YMin=min(ObjectData.RangeY);
1015    YMax=max(ObjectData.RangeY);
1016    testYMin=YMax>YMin;%=1 if YMin defined (i.e. RangeY has tow distinct elements)
1017    testYMax=1;% max of Y coordinates defined on the projection object
1018end
1019width=0;%default width of the projection band
1020if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1021    width=max(ObjectData.RangeZ);
1022end
1023
1024%% interpolation range
1025thresh2=[];
1026if isfield(ObjectData,'RangeInterp')
1027    thresh2=ObjectData.RangeInterp*ObjectData.RangeInterp;%square of interpolation range (do not interpolate beyond this range)
1028end
1029
1030%% initiate Matlab  structure for physical field
1031[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1032if ~isempty(errormsg)
1033    return
1034end
1035
1036%% reproduce initial plane position and angle
1037if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
1038    if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
1039        if isfield(ProjData,'.PlaneCoord') && ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1040            errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
1041            return
1042        end
1043    else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
1044        ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
1045    end
1046    if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
1047        if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
1048            if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1049                errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
1050                return
1051            end
1052        else
1053            ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
1054        end
1055    end
1056end
1057ProjData.NbDim=2;
1058ProjData.ListVarName={};
1059ProjData.VarDimName={};
1060ProjData.VarAttribute={};
1061if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
1062    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1063elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1064    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1065end
1066%error=0;%default
1067%flux=0;
1068%testfalse=0;
1069%ListIndex={};
1070
1071%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1072[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
1073
1074if ~isempty(errormsg)
1075    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1076    return
1077end
1078check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
1079
1080ProjMode=cell(size(CellInfo));
1081for icell=1:numel(CellInfo)
1082    ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;% projection mode of the plane object
1083end
1084    icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
1085if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')&& ~strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')% TODO:rationalize
1086    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
1087    if ~testYMin
1088        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return
1089    end
1090    if ~testYMax
1091        errormsg='max Y value not defined for the projection grid';return
1092    end
1093    if ~testXMin
1094        errormsg='min X value not defined for the projection grid';return
1095    end
1096    if ~testXMax
1097        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
1098    end
1099else
1100    %% case of a grid requested by the input field
1101    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1102        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
1103            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
1104                case 'interp_lin'
1105                    ProjMode{icell}='interp_lin';
1106                case 'interp_tps'
1107                    ProjMode{icell}='interp_tps';
1108            end
1109        end
1110        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1111            check_grid(icell)=1;
1112        end
1113        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')&&NbDimArray(icell)>=2
1114            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
1115                icell_grid=icell;
1116                ProjMode{icell}='projection';
1117            end
1118            check_grid(icell)=1;
1119        end
1120    end
1121    if ~isempty(find(check_grid))% if a grid is requested by the input field
1122        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
1123            if ~isfield(FieldData,'XMax')
1124                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
1125            end
1126        end
1127    end
1128end
1129if ~isempty(find(check_grid))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1130    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1131        AYName='coord_y';
1132        AXName='coord_x';
1133        if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')||strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
1134            ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1135            ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
1136            coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
1137            coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
1138        else
1139            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1140            ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
1141            coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
1142            coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
1143        end
1144        [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1145        ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
1146%         XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1147%         YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1148    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
1149        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
1150        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1151        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1152        AYDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%
1153        AXDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%
1154         ProjData.VarDimName={AYDimName,AXDimName};
1155        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
1156        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
1157    end
1158    ProjData.ListVarName={AYName,AXName};
1159   
1160    ProjData.VarAttribute={[],[]};
1161end
1162   
1163%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1164% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
1165% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1166%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1167% icoord=0;
1168nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1169%nbvar=0;
1170vector_x_proj=[];
1171vector_y_proj=[];
1172for icell=1:length(CellInfo)
1173    NbDim=NbDimArray(icell);
1174    if NbDim<2
1175        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1176    end
1177    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1178    %dimensions
1179    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1180    if ischar(DimCell)
1181        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1182    end
1183    coord_z=0;%default
1184    ListVarName={};% initiate list of projected variables for cell # icell
1185    VarDimName={};% initiate coresponding list of dimensions for cell # icell
1186    VarAttribute={};% initiate coresponding list of var attributes  for cell # icell
1187    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1188    switch CellInfo{icell}.CoordType
1189       
1190        case 'scattered'
1191            %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1192            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1193                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1194            end
1195            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});% initial x coordinates
1196            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});% initial y coordinates
1197            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1198            if check3D
1199                coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1200            end
1201           
1202            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1203            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1204            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1205            if check3D
1206                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1207            end
1208           
1209            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1210            if check3D &&  width > 0
1211                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1212                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1213                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1214                for ivar=VarIndex
1215                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1216                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1217                end
1218                coord_x=coord_x(indcut);
1219                coord_y=coord_y(indcut);
1220                coord_z=coord_z(indcut);
1221            end
1222           
1223            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1224            Psi=PlaneAngle(1);
1225            Theta=PlaneAngle(2);
1226            Phi=PlaneAngle(3);
1227            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1228                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1229                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1230                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1231                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1232                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1233            else
1234                coord_X=coord_x;
1235                coord_Y=coord_y;
1236            end
1237           
1238            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1239            testin=ones(size(coord_X)); %default
1240            testbound=0;
1241            if testXMin
1242                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1243                testbound=1;
1244            end
1245            if testXMax
1246                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1247                testbound=1;
1248            end
1249            if testYMin
1250                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1251                testbound=1;
1252            end
1253            if testYMin
1254                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1255                testbound=1;
1256            end
1257            if testbound
1258                indcut=find(testin);
1259                if isempty(indcut)
1260                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1261                    return
1262                end
1263                for ivar=VarIndex
1264                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1265                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1266                end
1267                coord_X=coord_X(indcut);
1268                coord_Y=coord_Y(indcut);
1269                if check3D
1270                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1271                end
1272            end
1273           
1274            % two cases of projection for scattered coordinates
1275            switch ProjMode{icell}
1276                case 'projection'
1277                    nbvar=0;
1278                    %nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1279                    for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1280                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1281                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1282                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1283                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1284                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1285                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1286                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1287                        end
1288                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1289                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1290                            VarDimName=[VarDimName DimCell];
1291                            nbvar=nbvar+1;
1292                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1293                                VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1294                            end
1295                        end
1296                    end
1297                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1298                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1299                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1300                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1301                        coord_X=coord_X(indsel);
1302                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1303                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1304                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1305                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1306                        end
1307                    end
1308                    % interpolate and calculate field on the grid
1309                   
1310                    [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1311                   
1312                    % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1313                    if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1314                        F=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_X,'nearest');
1315                        G=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_Y,'nearest');
1316                    else
1317                        F=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_X,'nearest');
1318                        G=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_Y,'nearest');
1319                    end
1320                    Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1321                    Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1322                    Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1323                    if ~isempty(thresh2)
1324                        for ivar=1:numel(VarVal)
1325                            VarVal{ivar}(Dist>thresh2)=NaN;% % put to NaN interpolated positions further than 4 meshes from initial data
1326                        end
1327                    end
1328                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1329                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1330                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1331                        ListVarName={};% no new variable
1332                        VarAttribute={};
1333                    else
1334                        VarDimName=cell(size(ListVarName));
1335                        for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1336                            ListVarName{ilist}=regexprep(ListVarName{ilist},'(.+','');
1337                            if ~isempty(find(strcmp(ListVarName{ilist},ProjData.ListVarName)))
1338                                ListVarName{ilist}=[ListVarName{ilist} '_1'];
1339                            end
1340                            ProjData.(ListVarName{ilist})=VarVal{ilist};
1341                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1342                        end
1343                    end
1344                    if isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&& isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1345                    vector_x_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x; %preserve for next cell
1346                    vector_y_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y; %preserve for next cell
1347                    end
1348            end
1349           
1350        case 'tps'
1351            %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1352            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1353                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1354               
1355               
1356                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1357                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1358                checkUV=0;
1359                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1360                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
1361                    checkUV=1;
1362                end
1363               
1364                %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1365                Psi=PlaneAngle(1);
1366                Theta=PlaneAngle(2);
1367                Phi=PlaneAngle(3);
1368                if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1369                    new_XI=XI*cos(Phi) - YI*sin(Phi)+ObjectData.Coord(1);
1370                    YI=XI *sin(Phi) + YI *cos(Phi)+ObjectData.Coord(2);
1371                    XI=new_XI;
1372                    %                 if checkUV
1373                    %                     UValue=cos(Phi)*FieldVar(:,:,1)+ sin(Phi)*FieldVar(:,:,2);
1374                    %                     FieldVar(:,:,2)=-sin(Phi)*FieldVar(:,:,1)+ cos(Phi)*FieldVar(:,:,2);
1375                    %                     FieldVar(:,:,1)=UValue;
1376                    %                 end
1377                end
1378               
1379                % interpolate data using thin plate spline
1380                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
1381               
1382                % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1383                Coord=permute(Coord,[1 3 2]);
1384                Coord=reshape(Coord,size(Coord,1)*size(Coord,2),2);
1385                if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1386                    F=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1387                    G=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1388                else
1389                    F=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1390                    G=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1391                end
1392                Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1393                Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1394                Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1395                ListVarName=(fieldnames(DataOut))';
1396                VarDimName=cell(size(ListVarName));
1397                for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1398                    VarName=ListVarName{ilist};
1399                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1400                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1401                    if ~isempty(thresh2)
1402                        ProjData.(VarName)(Dist>thresh2)=NaN;% put to NaN interpolated positions further than RangeInterp from initial data
1403                    end
1404                end
1405            end
1406           
1407        case 'grid'
1408            %% case of input fields defined on a structured  grid
1409            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1410            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1411            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1412            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1413           % nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1414            if NbDim>=3
1415                if NbDim>3
1416                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1417                    return
1418                else
1419                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1420                        nbcolor=DimValue(3);
1421                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1422                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1423                    end
1424                end
1425            end
1426            Coord_z=[];
1427            Coord_y=[];
1428            Coord_x=[];
1429           
1430            if testangle
1431                ProjMode{icell}='interp_lin'; %request linear interpolation for projection on a tilted plane
1432            end
1433           
1434            if isequal(ProjMode{icell},'projection')% && (~testangle || test90y || test90x)
1435                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1436                    ListVarName=[ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1437                    VarDimName=[VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)];
1438                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1439                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1440                    end
1441                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1442                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1443                    for ivar=VarIndex
1444                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1445                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1446                    end
1447                else
1448                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1449                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1450                    if NbDim==3
1451                        Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});
1452                    end
1453                    if numel(Coord{NbDim-1})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1454                        DY=(Coord{NbDim-1}(2)-Coord{NbDim-1}(1))/(DimValue(1)-1);
1455                    end
1456                    if numel(Coord{NbDim})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1457                        DX=(Coord{NbDim}(2)-Coord{NbDim}(1))/(DimValue(2)-1);
1458                    end
1459                    if testYMax
1460                         YIndexMax=(YMax-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1461                        if testYMin%test_direct(indY)
1462                            YIndexMin=(YMin-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1463                        else
1464                            YIndexMin=1;
1465                        end         
1466                    else
1467                        YIndexMax=numel(Coord{NbDim-1});
1468                        YIndexMin=1;
1469                    end
1470                    if testXMax
1471                         XIndexMax=(XMax-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1472                        if testYMin%test_direct(indY)
1473                            XIndexMin=(XMin-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1474                        else
1475                            XIndexMin=1;
1476                        end         
1477                    else
1478                        XIndexMax=numel(Coord{NbDim});
1479                        XIndexMin=1;
1480                    end
1481                    YIndexRange(1)=ceil(min(YIndexMin,YIndexMax));%first y index to select from the previous field
1482                    YIndexRange(1)=max(YIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1483                    YIndexRange(2)=floor(max(YIndexMin,YIndexMax));%last y index to select from the previous field
1484                    YIndexRange(2)=min(YIndexRange(2),DimValue(NbDim-1));% limit to the last available index
1485                    XIndexRange(1)=ceil(min(XIndexMin,XIndexMax));%first x index to select from the previous field
1486                    XIndexRange(1)=max(XIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1487                    XIndexRange(2)=floor(max(XIndexMin,XIndexMax));%last x index to select from the previous field
1488                    XIndexRange(2)=min(XIndexRange(2),DimValue(NbDim));% limit to the last available index
1489                    if test90y
1490                        ind_new=[3 2 1];
1491                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1492                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1493                        for ivar=VarIndex
1494                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1495                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1496                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1497                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1498                            ProjData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),ind_new);% permute x and z indices for 90 degree rotation
1499                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1500                        end
1501                        ProjData.(AYName)=[Ybound(1) Ybound(2)]; %record the new (projected ) y coordinates
1502                        ProjData.(AXName)=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)]; %record the new (projected ) x coordinates
1503                    else
1504                        if NbDim==3
1505                            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(numel(Coord{1})-1);
1506                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1507                            DimValue(1)=[];
1508                            test_direct=1;%TOdo; GENERALIZE, SEE CASE OF points
1509                            if test_direct(1)
1510                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1511                            else
1512                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1513                            end
1514                        end
1515                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1516                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1517                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1518                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1519                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1520                                VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1521                            end
1522                            if NbDim==3
1523                                ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end)));
1524                            else
1525                                ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName)(YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end),:);
1526                            end
1527                        end
1528                        if testXMax
1529                         ProjData.(AXName)=Coord{NbDim}(1)+DX*(XIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1530                        else
1531                          ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1532                        end
1533                        if testYMax
1534                            ProjData.(AYName)=Coord{NbDim-1}(1)+DY*(YIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1535                        else
1536                          ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1537                        end                           
1538                    end
1539                end
1540            else       % case with interpolation on a grid
1541                if NbDim==2 %2D case
1542                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1543                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1544                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1545                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1546                        test_interp_tps=1;
1547                    else
1548                        test_interp_tps=0;
1549                    end
1550                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1551                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1552                    if ~(testXMin && testYMin)% % if the range of the projected coordinates is not fully defined by the projection object, find the extrema of the projected field
1553                        xcorner=[min(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) min(Coord{NbDim})]-ObjectData.Coord(1,1);% corner absissa of the original grid with respect to the new origin
1554                        ycorner=[min(Coord{NbDim-1}) min(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1})]-ObjectData.Coord(1,2);% corner ordinates of the original grid
1555                        xcor_new=xcorner*cos(PlaneAngle(3))+ycorner*sin(PlaneAngle(3));%coordinates of the corners in new frame
1556                        ycor_new=-xcorner*sin(PlaneAngle(3))+ycorner*cos(PlaneAngle(3));
1557                        if ~testXMin
1558                            XMin=min(xcor_new);
1559                        end
1560                        if ~testXMax
1561                            XMax=max(xcor_new);
1562                        end
1563                        if ~testYMin
1564                            YMin=min(ycor_new);
1565                        end
1566                        if ~testYMax
1567                            YMax=max(ycor_new);
1568                        end
1569                    end
1570                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1571                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1572                    ProjData.(AYName)=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)]; %record the new (projected ) y coordinates
1573                    ProjData.(AXName)=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)]; %record the new (projected ) x coordinates
1574                    [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1575                    XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1576                    YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1577                    if numel(Coord{1})==2% x coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1578                        Coord{1}=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(1));
1579                    end
1580                    if numel(Coord{2})==2% y coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1581                        Coord{2}=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(2));
1582                    end
1583                    [X,Y]=meshgrid(Coord{2},Coord{1});%initial coordinates
1584                    %name of error flag variable
1585                    FFName='FF';%default name (if not already used)
1586                    if isfield(ProjData,'FF')
1587                        ind=1;
1588                        while isfield(ProjData,['FF_' num2str(ind)])
1589                            ind=ind+1;
1590                        end
1591                        FFName=['FF_' num2str(ind)];% append an index to the name of error flag, FF_1,FF_2...
1592                    end
1593                    % project all variables in the cell
1594                    for ivar=VarIndex
1595                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1596                        if size(FieldData.(VarName),3)==1
1597                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,'*linear');%interpolation fct
1598                        else
1599                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,1)),XI,YI,'*linear');
1600                            for icolor=2:size(FieldData.(VarName),3)% project 'color' components
1601                                ProjData.(VarName)=cat(3,ProjData.(VarName),interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,icolor)),XI,YI,'*linear'));
1602                            end
1603                        end
1604                        if isa(FieldData.(VarName),'uint8')
1605                            ProjData.(VarName)=uint8(ProjData.(VarName));%put result to integer 8 bits if the initial field is integer (image)
1606                        elseif isa(FieldData.(VarName),'uint16')
1607                            ProjData.(VarName)=uint16(ProjData.(VarName));%put result to integer 16 bits if the initial field is integer (image)
1608                        end
1609                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1610                        DimCell(1:2)={AYName,AXName};
1611                        VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1612                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1613                            VarAttribute{length(ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1614                        end;
1615                        ProjData.(FFName)=isnan(ProjData.(VarName));%detact NaN (points outside the interpolation range)
1616                        ProjData.(VarName)(ProjData.(FFName))=0; %set to 0 the NaN data
1617                    end
1618                    %update list of variables with error flag
1619                    ListVarName=[ListVarName FFName];
1620                    VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1621                    VarAttribute{numel(ListVarName)}.Role='errorflag';
1622                elseif ~testangle
1623                    % unstructured z coordinate
1624                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1625                    iz_sup=find(test_sup);
1626                    iz=iz_sup(1);
1627                    if iz>=1 & iz<=npz
1628                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1629                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1630                        for ivar=VarIndex
1631                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1632                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1633                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1634                            ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1635                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1636                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1637                                ProjData.(VarName)=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.(VarName),Coord_x,Coord_y);
1638                            end
1639                        end
1640                    end
1641                else   %projection of structured coordinates on oblique plane
1642                    % determine the boundaries of the projected field,
1643                    % first find the 8 summits of the initial volume in the
1644                    Angle=ObjectData.Angle*pi/180;
1645                    % new coordinates
1646                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});%initial z coordinates
1647                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});%initial y coordinates
1648                    Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});%initial x coordinates
1649                    summit=zeros(3,8);% initialize summit coordinates
1650                    summit(1,1:4)=[Coord{3}(1) Coord{3}(end) Coord{3}(1) Coord{3}(end)];%square
1651                    summit(2,1:4)=[Coord{2}(1) Coord{2}(1) Coord{2}(end) Coord{2}(end)];% square at z= Coord{1}(1)
1652                    summit(1:2,5:8)=summit(1:2,1:4);
1653                    summit(3,:)=[Coord{1}(1)*ones(1,4) Coord{1}(end)*ones(1,4)];
1654                    %Mrot_inv=rodrigues(-PlaneAngle);
1655                    newsummit=zeros(3,8);% initialize the rotated summit coordinates
1656                    ObjectData.Coord=ObjectData.Coord';
1657                    if size(ObjectData.Coord,2)<3
1658                    ObjectData.Coord=[ObjectData.Coord; 0];%add z origin at z=0 by default
1659                    end
1660                    M2=[cos(Angle(2)) sin(Angle(2)) 0;-sin(Angle(2)) cos(Angle(2)) 0;0 0 1];
1661                    M1=[1 0 0;0 cos(Angle(1)) sin(Angle(1));0 -sin(Angle(1)) cos(Angle(1))];
1662                    M=M1*M2;
1663                    M_inv=inv(M);
1664                   
1665                    for isummit=1:8% TODO: introduce a function for rotation of n points (to use also for scattered data)
1666                        newsummit(:,isummit)=M*(summit(:,isummit)-(ObjectData.Coord));
1667                    end
1668                    coord_x_proj=min(newsummit(1,:)):InterpMesh: max(newsummit(1,:));% set of coordinqtes in the projection plane
1669                    coord_y_proj=min(newsummit(2,:)):InterpMesh: max(newsummit(2,:));
1670                    coord_z_proj=-width:width;
1671                    %Mrot=rodrigues(PlaneAngle);% inverse rotation matrix
1672                    Origin=M_inv*[coord_x_proj(1);coord_y_proj(1);coord_z_proj(1)]+ObjectData.Coord;
1673                    npx=numel(coord_x_proj);
1674                    npy=numel(coord_y_proj);
1675                    npz=numel(coord_z_proj);
1676                   
1677                    %modangle=sqrt(PlaneAngle(1)*PlaneAngle(1)+PlaneAngle(2)*PlaneAngle(2));
1678%                     cosphi=PlaneAngle(1)/modangle;
1679%                     sinphi=PlaneAngle(2)/modangle;
1680                    iX=[coord_x_proj(end)-coord_x_proj(1);0;0]/(npx-1);
1681                    iY=[0;coord_y_proj(end)-coord_y_proj(1);0]/(npy-1);
1682                    iZ=[0;0;coord_z_proj(end)-coord_z_proj(1)]/(npz-1);
1683%                     iX(1:2)=[cosphi -sinphi;sinphi cosphi]*iX(1:2);
1684%                     iY(1:2)=[-cosphi -sinphi;sinphi cosphi]*iY(1:2);
1685                   
1686                    ix=M_inv*iX;%  vector along the new x coordinates transformed into old coordinates
1687                    iy=M_inv*iY;% vector along y coordinates
1688                    iz=M_inv*iZ;% vector along z coordinates
1689
1690                    [Grid_x,Grid_y,Grid_z]=meshgrid(0:npx-1,0:npy-1,0:npz-1);
1691                    if ismatrix(Grid_x)% add a singleton in case of a single z value
1692                        Grid_x=shiftdim(Grid_x,-1);
1693                        Grid_y=shiftdim(Grid_y,-1);
1694                        Grid_z=shiftdim(Grid_z,-1);
1695                    end
1696                    XI=Origin(1)+ix(1)*Grid_x+iy(1)*Grid_y+iz(1)*Grid_z;
1697                    YI=Origin(2)+ix(2)*Grid_x+iy(2)*Grid_y+iz(2)*Grid_z;
1698                    ZI=Origin(3)+ix(3)*Grid_x+iy(3)*Grid_y+iz(3)*Grid_z;
1699                   [X,Y,Z]=meshgrid(Coord{3},Coord{2},Coord{1});% mesh in the initial coordinates
1700                    for ivar=VarIndex
1701                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1702                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1703                            VarDimName=[VarDimName {{'coord_y','coord_x'}}];
1704                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1705                            FieldData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),[2 3 1]);
1706                            ProjData.coord_x=coord_x_proj;
1707                            ProjData.coord_y=coord_y_proj;
1708                            ProjData.(VarName)=interp3(X,Y,Z,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,ZI,'*linear');
1709                            ProjData.(VarName)=nanmean(ProjData.(VarName),3);
1710                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName));
1711                    end
1712                end
1713            end
1714    end
1715    % update the global list of projected variables:
1716    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListVarName];
1717    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1718    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1719   
1720    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1721    if testangle
1722        ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1723        for ivar=1:numel(VarAttribute)
1724            if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
1725                if strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
1726                    ivar_U=ivar;
1727                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
1728                    ivar_V=ivar;
1729                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_z')
1730                    ivar_W=ivar;
1731                end
1732            end
1733        end
1734        if ~isempty(ivar_U)
1735            if isempty(ivar_V)
1736                msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1737                return
1738            else
1739                UName=ListVarName{ivar_U};
1740                VName=ListVarName{ivar_V};
1741                UValue=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName);
1742                ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName));
1743                ProjData.(UName)=UValue;
1744                if ~isempty(ivar_W)
1745                    WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1746                    VValue=ProjData.(VName)+ ProjData.(WName)*sin(Theta);%
1747                    ProjData.(WName)=NormVec_X*ProjData.(UName)+ NormVec_Y*ProjData.(VName)+ NormVec_Z* ProjData.(WName);
1748                    ProjData.(VName)=VValue;
1749                end
1750            end
1751        end
1752    end
1753end
1754% %prepare substraction in case of two input fields
1755% SubData.ListVarName={};
1756% SubData.VarDimName={};
1757% SubData.VarAttribute={};
1758% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1759% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1760%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1761%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1762%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1763%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1764%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1765%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1766%         check_remove(iproj)=1;
1767%     end
1768% end
1769% if ~isempty(find(check_remove))
1770%     ind_remove=find(check_remove);
1771%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1772%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1773%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1774%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1775% end
1776
1777%-----------------------------------------------------------------
1778%projection in a volume
1779function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1780
1781%-----------------------------------------------------------------
1782ProjData=FieldData;%default output
1783
1784%% axis origin
1785if isempty(ObjectData.Coord)
1786    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1787    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1788    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1789end
1790
1791%% rotation angles
1792VolumeAngle=[0 0 0];
1793norm_plane=[0 0 1];
1794if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1795    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1796    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1797    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1798    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1799    cos_om=cos(pi*om/180);
1800    sin_om=sin(pi*om/180);
1801    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1802    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1803    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1804    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1805    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1806end
1807testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1808
1809%% mesh sizes DX, DY, DZ
1810DX=0;
1811DY=0; %default
1812DZ=0;
1813if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1814     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1815end
1816if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1817     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1818end
1819if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1820     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1821end
1822if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1823        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1824        return
1825end
1826
1827%% extrema along each axis
1828testXMin=0;
1829testXMax=0;
1830testYMin=0;
1831testYMax=0;
1832if isfield(ObjectData,'RangeX')
1833        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1834        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1835        testXMin=XMax>XMin;
1836        testXMax=1;
1837end
1838if isfield(ObjectData,'RangeY')
1839        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1840        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1841        testYMin=YMax>YMin;
1842        testYMax=1;
1843end
1844width=0;%default width of the projection band
1845if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1846        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1847        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1848        testZMin=ZMax>ZMin;
1849        testZMax=1;
1850end
1851
1852%% initiate Matlab  structure for physical field
1853[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1854if ~isempty(errormsg)
1855    return
1856end
1857
1858ProjData.NbDim=3;
1859ProjData.ListVarName={};
1860ProjData.VarDimName={};
1861if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1862    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1863elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1864    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1865end
1866
1867error=0;%default
1868flux=0;
1869testfalse=0;
1870ListIndex={};
1871
1872%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1873%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1874%-----------------------------------------------------------------
1875idimvar=0;
1876% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1877% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1878ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1879icoord=0;
1880nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1881nbvar=0;
1882for icell=1:length(CellVarIndex)
1883    NbDim=NbDimVec(icell);
1884    if NbDim<3
1885        continue
1886    end
1887    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1888    VarType=VarTypeCell{icell};
1889    ivar_X=VarType.coord_x;
1890    ivar_Y=VarType.coord_y;
1891    ivar_Z=VarType.coord_z;
1892    ivar_U=VarType.vector_x;
1893    ivar_V=VarType.vector_y;
1894    ivar_W=VarType.vector_z;
1895    ivar_C=VarType.scalar ;
1896    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1897    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1898    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1899    ivar_F=VarType.warnflag;
1900    ivar_FF=VarType.errorflag;
1901    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1902    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1903    if ischar(DimCell)
1904        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1905    end
1906
1907%% case of input fields with unstructured coordinates
1908    if check_unstructured_coord
1909        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1910        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1911        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1912        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1913        if length(ivar_Z)==1
1914            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1915            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1916        end
1917
1918        % translate  initial coordinates
1919        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1920        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1921        if ~isempty(ivar_Z)
1922            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1923        end
1924       
1925        % selection of the vectors in the projection range
1926%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1927%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1928%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1929%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1930%             for ivar=VarIndex
1931%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1932%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1933%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1934%             end
1935%             coord_x=coord_x(indcut);
1936%             coord_y=coord_y(indcut);
1937%             coord_z=coord_z(indcut);
1938%         end
1939
1940       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1941       if testangle
1942           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1943           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1944           if ~isempty(ivar_Z)
1945               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1946           end
1947           
1948           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1949           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1950           
1951       else
1952           coord_X=coord_x;
1953           coord_Y=coord_y;
1954           coord_Z=coord_z;
1955       end
1956        %restriction to the range of x and y if imposed
1957        testin=ones(size(coord_X)); %default
1958        testbound=0;
1959        if testXMin
1960            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1961            testbound=1;
1962        end
1963        if testXMax
1964            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1965            testbound=1;
1966        end
1967        if testYMin
1968            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1969            testbound=1;
1970        end
1971        if testYMax
1972            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1973            testbound=1;
1974        end
1975        if testbound
1976            indcut=find(testin);
1977            for ivar=VarIndex
1978                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1979                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1980            end
1981            coord_X=coord_X(indcut);
1982            coord_Y=coord_Y(indcut);
1983            if length(ivar_Z)==1
1984                coord_Z=coord_Z(indcut);
1985            end
1986        end
1987        % different cases of projection
1988        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1989            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1990                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1991                if ivar==ivar_X %x coordinate
1992                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1993                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1994                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1995                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1996                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1997                end
1998                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1999                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2000                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
2001                    nbvar=nbvar+1;
2002                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2003                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2004                    end
2005                end
2006            end 
2007        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
2008            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
2009            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
2010            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
2011            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2012            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2013            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
2014            nbcoord=2; 
2015            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
2016            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
2017            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
2018            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
2019            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
2020            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
2021            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
2022            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
2023            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
2024            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
2025            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
2026            if ~isequal(ivar_FF,0)
2027                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
2028                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
2029                coord_X=coord_X(indsel);
2030                coord_Y=coord_Y(indsel);
2031            end
2032            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
2033            testFF=0;
2034            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
2035            for ivar=VarIndex
2036                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2037                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
2038                    ivar_new=ivar_new+1;
2039                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
2040                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2041                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2042                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2043                    end
2044                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
2045                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
2046                    end
2047                    % linear interpolation
2048                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
2049                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
2050%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
2051%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
2052%                     indnan=find(FFlag);
2053%                     if ~isempty(indnan)
2054%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
2055%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
2056%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
2057%                         testFF=1;
2058%                     end
2059                    if ivar==ivar_U
2060                        ivar_U=ivar_new;
2061                    end
2062                    if ivar==ivar_V
2063                        ivar_V=ivar_new;
2064                    end
2065                    if ivar==ivar_W
2066                        ivar_W=ivar_new;
2067                    end
2068                end
2069            end
2070            if testFF
2071                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
2072                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
2073               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2074                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
2075            end
2076        end
2077       
2078%% case of input fields defined on a structured  grid
2079    else
2080        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
2081        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
2082        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
2083        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
2084        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
2085        if NbDim>=3
2086            if NbDim>3
2087                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
2088                return
2089            else
2090                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
2091                    nbcolor=DimValue(3);
2092                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
2093                    NbDim=2;% space dimension set to 2
2094                end
2095            end
2096        end
2097        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
2098        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
2099        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
2100        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
2101        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
2102        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
2103        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
2104
2105%         for idim=1:length(ListDimName)
2106%             DimName=ListDimName{idim};
2107%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
2108%                nbcolor=DimValue(idim);
2109%                DimValue(idim)=[];
2110%             end
2111%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
2112%                 DimValue(idim)=[];
2113%             end
2114%         end 
2115        Coord_z=[];
2116        Coord_y=[];
2117        Coord_x=[];   
2118
2119        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
2120            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
2121            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
2122            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
2123                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
2124                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
2125                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
2126                else
2127                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
2128                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
2129                    DCoord_max=max(DCoord);
2130                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
2131                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
2132                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
2133                                return
2134                    end               
2135                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
2136                end
2137                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
2138            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
2139                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
2140                DCoord_min(idim)=1;%default
2141                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
2142                test_direct(idim)=1;
2143            end
2144        end
2145        if DY==0
2146            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
2147        end
2148        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
2149        if DX==0
2150            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
2151        end
2152        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
2153        for idim=1:NbDim
2154            if test_interp(idim)
2155                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
2156            end
2157        end       
2158        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
2159        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
2160        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
2161        test_direct_x=test_direct(NbDim);
2162        DAX=DCoord_min(NbDim);
2163        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
2164        minAX=min(Coord_x);
2165        maxAX=max(Coord_x);
2166        minAY=min(Coord_y);
2167        maxAY=max(Coord_y);
2168        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
2169        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
2170        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
2171        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
2172        if ~testXMax
2173            XMax=max(xcor_new);
2174        end
2175        if ~testXMin
2176            XMin=min(xcor_new);
2177        end
2178        if ~testYMax
2179            YMax=max(ycor_new);
2180        end
2181        if ~testYMin
2182            YMin=min(ycor_new);
2183        end
2184        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
2185        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
2186        if DX==0
2187            DX=DXinit;
2188        end
2189        if DY==0
2190            DY=DYinit;
2191        end
2192        if NbDim==3
2193            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2194            if ~test_direct(1)
2195                DZ=-DZ;
2196            end
2197            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2198            test_direct_z=test_direct(1);
2199        end
2200        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2201        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2202        if test_direct_y
2203            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2204        else
2205            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2206        end
2207        if test_direct_x
2208            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2209        else
2210            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2211        end
2212       
2213        % case with no rotation and interpolation
2214        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2215            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2216                ProjData=FieldData;
2217            else
2218                indY=NbDim-1;
2219                if test_direct(indY)
2220                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2221                    YIndexFirst=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2222                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2223                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(YIndexFirst-1);
2224                else
2225                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2226                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2227                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2228                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2229                end   
2230                if test_direct(NbDim)==1
2231                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2232                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2233                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2234                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2235                else
2236                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2237                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2238                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2239                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2240                end
2241                if NbDim==3
2242                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2243                    DimValue(1)=[];
2244                                        %structured coordinates
2245                    if test_direct(1)
2246                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2247                    else
2248                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2249                    end
2250                end
2251                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2252                min_indx=max(min_indx,1);
2253                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2254                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2255                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2256                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2257                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2258                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2259                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2260                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2261                    end
2262                    if NbDim==3
2263                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2264                    else
2265                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2266                    end
2267                end 
2268                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2269                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2270            end
2271        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2272            if NbDim==2 %2D case
2273                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2274                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2275                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2276                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2277                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2278                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2279                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2280                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2281                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2282                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2283                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2284                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2285                    test_interp_tps=1;
2286                else
2287                    test_interp_tps=0;
2288                end
2289                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2290                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2291                for ivar=VarIndex
2292                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2293                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2294                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2295                    end
2296                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2297                    if test_interp_tps 
2298                         Aclass=class(FieldData.A);
2299                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2300                         if ~isequal(Aclass,'double')
2301                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2302                         end
2303                    end
2304                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2305                    %ind_in=find(flagin);
2306                    ind_out=find(~flagin);
2307                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2308                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2309                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2310                    for icolor=1:nbcolor
2311                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2312                    end
2313                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2314                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2315                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2316                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2317                    end     
2318                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2319                end
2320                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga ant???rieur 
2321                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2322                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2323                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2324            else %3D case
2325                if ~testangle     
2326                    % unstructured z coordinate
2327                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2328                    iz_sup=find(test_sup);
2329                    iz=iz_sup(1);
2330                    if iz>=1 & iz<=npz
2331                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2332                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2333                        for ivar=VarIndex
2334                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2335                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2336                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2337                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2338                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2339                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2340                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2341                            end
2342                        end
2343                    end
2344                else
2345                    RotMatrix=rodrigues(om);
2346                   
2347                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2348                    %TODO: use interp3
2349                    return
2350                end
2351            end
2352        end
2353    end
2354
2355    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2356    if testangle
2357        if isempty(ivar_V)
2358            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2359            return
2360        end
2361        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2362        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2363        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2364        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2365        if ~isempty(ivar_W)
2366            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2367            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2368            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2369        end
2370        if ~isequal(Psi,0)
2371            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2372            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2373        end
2374    end
2375end
2376
2377%------------------------------------------------------------------------
2378%--- transfer the global attributes
2379function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2380%------------------------------------------------------------------------
2381ProjData=[];%default
2382errormsg='';%default
2383
2384%% transfer error
2385if isfield(FieldData,'Txt')
2386    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2387    return;
2388end
2389
2390%% transfer global attributes
2391if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2392    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2393else
2394    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2395end
2396for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2397    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2398    if isfield(FieldData,AttrName)
2399        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2400    end
2401end
2402
2403%% transfer coordinate unit
2404if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2405    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2406end
2407if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2408    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2409        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2410        return
2411    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2412         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2413    end
2414end
2415
2416%% store the properties of the projection object
2417ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2418for ilist=1:length(ListObject)
2419    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2420        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2421        if ~isempty(val)
2422            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2423            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2424        end
2425    end   
2426end
2427
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.