source: trunk/src/proj_field.m @ 964

Last change on this file since 964 was 964, checked in by sommeria, 5 years ago

level + 3D projection

File size: 118.2 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65
66%=======================================================================
67% Copyright 2008-2016, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
68%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
69%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
70%
71%     This file is part of the toolbox UVMAT.
72%
73%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
74%     it under the terms of the GNU General Public License as published
75%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
76%     or (at your option) any later version.
77%
78%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
79%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
80%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
81%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
82%=======================================================================
83
84function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
85errormsg='';%default
86ProjData=[];
87
88%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
89if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    return
91end
92% check list of effective projection modes
93if ~ismember(ObjectData.ProjMode,{'projection','interp_lin','interp_tps','inside','outside'})
94    return
95end
96if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
97    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
98        ObjectData.Coord=[0 0];%default
99    else
100        return
101    end
102end
103
104%% apply projection depending on the object type
105switch ObjectData.Type
106    case 'points'
107        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
108    case {'line','polyline'}
109        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
110    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
111        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
112            if ~exist('VarMesh','var')
113                VarMesh=[];
114            end
115            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh);
116        else
117            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
118        end
119    case {'plane','plane_z'}
120        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
121    case 'volume'
122        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
123end
124
125%-----------------------------------------------------------------
126%project on a set of points
127function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
128%-------------------------------------------------------------------
129
130siz=size(ObjectData.Coord);
131width=0;
132if isfield(ObjectData,'Range')
133    width=ObjectData.Range(1,2);
134end
135if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
136    width=max(ObjectData.RangeX);
137end
138if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
139    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
140end
141if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
142    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
143end
144if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
145    if width==0
146        errormsg='projection range around points needed';
147        return
148    end
149elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
150    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
151        return
152end
153[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
154if ~isempty(errormsg)
155    return
156end
157ProjData.NbDim=0;
158[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
159if ~isempty(errormsg)
160    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
161    return
162end
163%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
164for icell=1:length(CellInfo)
165    if NbDimArray(icell)<=1
166        continue %projection only for multidimensional fields
167    end
168    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
169    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
170    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
171    ivar_Z=[];
172    if NbDimArray(icell)==3
173        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
174    end
175    ivar_FF=[];
176    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
177        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
178        if numel(ivar_FF)>1
179            errormsg='multiple error flag input';
180            return
181        end
182    end   
183    % select types of  variables to be projected
184   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
185      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
186   for ilist=1:numel(ListProj)
187       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
188           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
189       end
190   end
191   VarIndex=find(check_proj);
192    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
193    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
194    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
195    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
196    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
197    for ivar=VarIndex       
198        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
199        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
200        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
201
202    end
203    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
204        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
205        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
206        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
207        if length(ivar_Z)==1
208            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
209            test3D=1;
210        end
211   
212        for ipoint=1:siz(1)
213           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
214           distX=coord_x-Xpoint(1);
215           distY=coord_y-Xpoint(2);         
216           dist=distX.*distX+distY.*distY;
217           indsel=find(dist<width*width);
218           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
219           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
220           if isequal(length(ivar_FF),1)
221               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
222               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
223               indsel=indsel(~FF);
224           end
225           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
226            for ivar=VarIndex
227               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
228               if isempty(indsel)
229                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
230               else
231                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
232                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
233                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
234                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
235                    end
236               end
237            end
238        end
239    else    %case of structured coordinates
240        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
241            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
242            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
243            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
244            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
245            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
246            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
247            npxy=size(A);         
248            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
249            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
250                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
251            end
252            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
253                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
254                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
255                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
256                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
257                if numel(Coord{idim})==2
258                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
259                    test_direct(idim)=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
260                else
261                    DCoord=diff(Coord{idim});
262                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
263                    DCoord_max=max(DCoord);
264                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
265                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
266                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
267                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
268                        return
269                    end
270                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
271                    test_coord(idim)=1;
272                end
273            end
274            DX=DCoord_min(2);
275            DY=DCoord_min(1);
276            for ipoint=1:siz(1)
277                xwidth=width/(abs(DX));
278                ywidth=width/(abs(DY));
279                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
280                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
281                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
282                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
283                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
284                j_min=max(1,j_min);
285                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
286                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
287                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
288                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
289                i_int=(i_min:i_plus);
290                j_int=(j_min:j_plus);
291                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
292                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
293                   for ivar=VarIndex   
294                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
295                   end
296                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
297                else
298                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
299                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
300                    for ivar=VarIndex   
301                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
302                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
303                    end
304                end
305            end
306        end
307   end
308end
309
310%-----------------------------------------------------------------
311%project in a patch
312function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh)%%
313%-------------------------------------------------------------------
314[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
315if ~isempty(errormsg)
316    return
317end
318%objectfield=fieldnames(ObjectData);
319widthx=0;
320widthy=0;
321if isfield(ObjectData,'RangeX') && ~isempty(ObjectData.RangeX)
322    widthx=max(ObjectData.RangeX);
323end
324if isfield(ObjectData,'RangeY') && ~isempty(ObjectData.RangeY)
325    widthy=max(ObjectData.RangeY);
326end
327
328%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
329ProjData.NbDim=1;
330ProjData.ListVarName={};
331ProjData.VarDimName={};
332ProjData.VarAttribute={};
333
334CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
335if isfield (FieldData,'VarAttribute')
336    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
337        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
338            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
339        end
340        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
341            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
342        end
343    end
344end
345
346%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
347[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
348if ~isempty(errormsg)
349    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
350    return
351end
352
353%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
354for icell=1:length(CellInfo)
355    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
356    test_Amat=0;
357    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
358        continue
359    end
360    ivar_FF=[];
361    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
362    if testfalse
363        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
364        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
365        errorflag=FieldData.(FFName);
366    end
367    % select types of  variables to be projected
368    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
369    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
370    for ilist=1:numel(ListProj)
371        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
372            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
373        end
374    end
375    VarIndex=find(check_proj);
376   
377    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
378    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
379    ivar_Z=[];
380    if NbDim(icell)==3
381        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
382    end
383    switch CellInfo{icell}.CoordType
384        case 'scattered' %case of unstructured coordinates
385            for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
386                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
387                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
388            end
389            XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
390            YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
391            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
392            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
393            % image or 2D matrix
394        case 'grid' %case of structured coordinates
395            test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
396            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
397            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
398            AX=FieldData.(AXName);% x coordinate
399            AY=FieldData.(AYName);% y coordinate
400            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
401            DimValue=size(FieldData.(VarName));
402            if length(AX)==2
403                AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
404            end
405            if length(AY)==2
406                AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
407            end
408            if length(DimValue)==3
409                testcolor=1;
410                npxy(3)=3;
411            else
412                testcolor=0;
413                npxy(3)=1;
414            end
415            [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
416            npxy(1)=length(AY);
417            npxy(2)=length(AX);
418            Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
419            Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
420            for ivar=1:length(VarIndex)
421                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
422                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
423            end
424    end
425    %select the indices in the range of action
426    testin=[];%default
427    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
428        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
429            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
430            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
431            testin=distX<widthx & distY<widthy;
432        elseif test_Amat
433            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
434            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
435            testin=distX<widthx & distY<widthy;
436        end
437    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
438        if strcmp(CoordType,'scattered')
439            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
440        elseif strcmp(CoordType,'grid')
441            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
442        else%calculate the scalar
443            testin=[]; %A REVOIR
444        end
445    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
446        X2Max=widthx*widthx;
447        Y2Max=(widthy)*(widthy);
448        if strcmp(CoordType,'scattered')
449            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
450            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
451            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
452        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
453            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
454            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
455            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
456        end
457    end
458    %selected indices
459    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
460        testin=~testin;
461    end
462    if testfalse
463        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
464    end
465    indsel=find(testin);
466    nbvar=0;
467    VarSize=zeros(size(VarIndex));
468    for ivar=VarIndex
469        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
470        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each co
471        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
472        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color co
473        nbvar=nbvar+1;
474        VarSize(nbvar)=mean((ProjData.([VarName 'Max'])-ProjData.([VarName 'Min']))/100);
475    end
476    if  isempty(VarMesh)% || isnan(VarMesh) % mesh not specified as input, estimate from the bounds
477        VarMesh=mean(VarSize);
478        ord=10^(floor(log10(VarMesh)));%order of magnitude
479        if VarMesh/ord >=5
480            VarMesh=5*ord;
481        elseif VarMesh/ord >=2
482            VarMesh=2*ord;
483        else
484            VarMesh=ord;
485        end
486    end
487    for ivar=VarIndex
488        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
489        LowBound=VarMesh*ceil(ProjData.([VarName 'Min'])/VarMesh);
490        UpperBound=VarMesh*floor(ProjData.([VarName 'Max'])/VarMesh);
491        if numel(indsel)<=1
492            errormsg='only one data point or less for histogram';
493            return
494        elseif isequal(LowBound,UpperBound)
495            errormsg='attempt histogram of uniform field: low bound = high bound';
496            return
497        end       
498        ProjData.(VarName)=LowBound:VarMesh:UpperBound; % list of bin values
499        ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
500        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
501        if test_Amat && testcolor
502            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
503        else
504            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
505        end
506        VarAttribute_var=[];
507        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
508            VarAttribute_var=FieldData.VarAttribute{ivar};
509        end
510      %  VarAttribute_var.Role='coord_x';% the variable is now used as an absissa
511        VarAttribute_histo.Role='histo';
512        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {VarAttribute_var} {VarAttribute_histo} {[]} {[]} {[]}];
513    end
514end
515
516%-----------------------------------------------------------------
517%project on a line
518% AJOUTER flux,circul,error
519% OUTPUT:
520% ProjData: projected field
521%
522function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
523%-----------------------------------------------------------------
524
525%% prepare heading for the projected field
526[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
527if ~isempty(errormsg)
528    return
529end
530ProjData.NbDim=1;
531%initialisation of the input parameters and defaultoutput
532ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
533% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
534width=0;
535if isfield(ObjectData,'RangeY')
536    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
537end
538% default output
539errormsg='';%default
540Xline=[];
541flux=0;
542circul=0;
543liny=ObjectData.Coord(:,2);
544NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
545testfalse=0;
546ListIndex={};
547
548%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
549[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
550if ~isempty(errormsg)
551    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
552    return
553end
554CellInfo=CellInfo(NbDim==2); %keep only the 2D cells
555%%%%%% TODO: treat 1D fields: project as identity so that P o P=P for projection operation
556cell_select=true(size(CellInfo));
557
558for icell=1:length(CellInfo)
559    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
560        if ~strcmp(CellInfo{icell}.ProjModeRequest, ProjMode)
561            cell_select(icell)=0;
562        end
563        if strcmp(ProjMode,'interp_tps')&& ~strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'tps')
564            cell_select(icell)=0;
565        end
566    end
567end
568if isempty(find(cell_select))
569    errormsg=[' invalid projection mode ''' ProjMode ''': use ''interp_tps'' to interpolate spatial derivatives'];
570    return
571end
572CellInfo=CellInfo(cell_select);
573
574%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
575LineCoord=ObjectData.Coord;
576switch ObjectData.Type
577    case 'ellipse'
578        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
579        NbSegment=0;
580    case 'rectangle'
581        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
582        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
583        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
584        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
585    case 'polygon'
586        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
587end
588if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
589    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
590        return% line needs at least 2 points to be defined
591    end
592    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
593    dliny=diff(LineCoord(:,2));
594    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
595    LineLength=sum(dlength);
596    NbSegment=numel(LineLength);
597end
598CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
599
600%     x = a \ \cosh \mu \ \cos \nu
601%
602%     y = a \ \sinh \mu \ \sin \nu
603
604%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
605
606% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
607xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
608if isequal(ProjMode,'projection')
609    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
610        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
611        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
612        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
613        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
614    else
615        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
616        return
617    end
618else % need to define the set of interpolation points
619    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
620        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
621        if CheckClosedLine
622            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
623            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
624            DX_edge=DX/2;
625        else
626            DX_edge=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point, the same for the end point
627        end
628        XI=[];
629        YI=[];
630        ThetaI=[];
631        dlengthI=[];
632        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
633            phi=(DX_edge:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
634            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
635            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
636            dphi=2*pi*DX/LineLength;
637            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
638        else
639            for isegment=1:NbSegment
640                costheta=cos(theta(isegment));
641                sintheta=sin(theta(isegment));
642                %                 XIsegment=LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
643                %                 YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
644                NbInterval=floor((dlength(isegment)-DX_edge)/DX);
645                LastX=DX_edge+DX*NbInterval;
646                NbPoint=NbInterval+1;
647                XIsegment=linspace(LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta,LineCoord(isegment,1)+LastX*costheta,NbPoint);
648                YIsegment=linspace(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta,LineCoord(isegment,2)+LastX*sintheta,NbPoint);
649                XI=[XI XIsegment];
650                YI=[YI YIsegment];
651                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
652                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
653                DX_edge=DX-(dlength(isegment)-LastX);%edge for the next segment set to keep DX=DX_end+DX_edge between two segments
654            end
655        end
656        Xproj=cumsum(dlengthI);
657    else
658        errormsg='abscissa mesh along line DX needed for interpolation';
659        return
660    end
661end
662
663%% loop on variable cells with the same space dimension 2
664ProjData.ListVarName={};
665ProjData.VarDimName={};
666check_abscissa=0;
667for icell=1:length(CellInfo)
668    % list of variable types to be projected
669    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
670    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
671    for ilist=1:numel(ListProj)
672        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
673            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
674        end
675    end
676    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
677   
678    %% identify vector components
679    %testU=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x') &&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y') ;% test for vectors
680    %     if testU
681    %         UName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x};
682    %         VName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y};
683    %         vector_x=FieldData.(UName);
684    %         vector_y=FieldData.(VName);
685    %     end
686    %identify error flag
687    errorflag=0; %default, no error flag
688    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
689        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
690        errorflag=FieldData.(FFName);
691    end
692    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
693    ivar_U=[];
694    ivar_V=[];
695    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
696   
697    %         circul=0;
698    %         flux=0;
699    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
700    switch CellInfo{icell}.CoordType
701        %case of unstructured coordinates
702        case 'scattered'
703%             XName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
704%             YName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
705            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});
706            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});
707           
708            if isequal(ProjMode,'projection')
709                if width==0
710                    errormsg='range of the projection object is missing';
711                    return
712                end
713                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
714                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
715                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
716                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
717                % select the (non false) input data located in the band of projection
718                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
719                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
720                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
721                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
722                coord_x=coord_x(flagsel);
723                coord_y=coord_y(flagsel);
724                costheta=cos(theta);
725                sintheta=sin(theta);
726                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
727                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
728                ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)})=Xproj;
729                for ivar=1:numel(VarIndex)
730                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict variables to the projection band
731                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
732                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
733                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
734                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
735                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
736                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x');
737                            ivar_U=nbvar+ivar;
738                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y');
739                            ivar_V=nbvar+ivar;
740                        end
741                    end
742                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles with continuous lines
743                end
744            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
745                if ~check_abscissa
746                    XName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
747                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
748                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
749                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
750                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
751                    check_abscissa=1; % define abcissa only once
752                end
753                if ~isequal(errorflag,0)
754                    VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
755                    indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
756                    coord_x=coord_x(indsel);
757                    coord_y=coord_y(indsel);
758                    for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
759                        VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
760                        FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
761                    end
762                end
763                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
764                ProjData.X=Xproj;
765                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
766                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
767                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
768                for ivar=1:numel(VarAttribute)
769                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
770                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
771                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
772                            ivar_U=ivar+nbvar;
773                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
774                            ivar_V=ivar+nbvar;
775                        end
776                    end
777                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
778                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
779                end
780            end
781        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
782            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
783                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
784                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
785                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
786                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
787                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
788                end
789                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
790                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'X'}];
791                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
792                ProjData.X=Xproj;
793                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
794                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
795                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
796                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
797                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
798                for ivar=1:numel(VarAttribute)
799                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
800                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
801                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
802                            ivar_U=ivar+nbvar;
803                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
804                            ivar_V=ivar+nbvar;
805                        end
806                    end
807                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
808                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
809                end
810            end
811            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
812           
813        case 'grid'   %case of structured coordinates
814            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
815                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates']; %
816            else
817                test_Amat=1;%image or 2D matrix
818                test_interp2=0;%default
819                AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
820                AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
821                eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
822                eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions
823                AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
824                eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
825                npxy=size(A);
826                npx=npxy(2);
827                npy=npxy(1);
828                if numel(AX)==2
829                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
830                else
831                    DX_vec=diff(AX);
832                    DX=max(DX_vec);
833                    DX_min=min(DX_vec);
834                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
835                        test_interp2=1;
836                        DX=DX_min;
837                    end
838                end
839                if numel(AY)==2
840                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
841                else
842                    DY_vec=diff(AY);
843                    DY=max(DY_vec);
844                    DY_min=min(DY_vec);
845                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
846                        test_interp2=1;
847                        DY=DY_min;
848                    end
849                end
850                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
851                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
852                if isfield(ObjectData,'DX')
853                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
854                else
855                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
856                end
857                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
858                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
859                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
860                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
861                if isfield(FieldData,'RangeX')
862                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
863                else
864                    XMin=0;
865                end
866                eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
867                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
868                eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
869                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
870                eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
871                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
872                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
873                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
874                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
875                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
876                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
877                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
878                ind_in=find(flagin);
879                ind_out=find(~flagin);
880                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
881                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
882                nbcolor=1; %color images
883                if numel(npxy)==2
884                    nbcolor=1;
885                elseif length(npxy)==3
886                    nbcolor=npxy(3);
887                else
888                    errormsg='multicomponent field not projected';
889                    display(errormsg)
890                    return
891                end
892                nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
893                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
894                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
895                for ivar=VarIndex
896                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
897                    if test_interp2% interpolate on new grid
898                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI);%TO TEST
899                    end
900                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
901                    if nbcolor==1
902                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
903                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
904                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
905                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
906                    elseif nbcolor==3
907                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
908                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
909                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
910                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
911                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
912                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
913                    end
914                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
915                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
916                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
917                end
918                if nbcolor==3
919                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
920                end
921            end
922    end
923    if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
924        vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U});
925        ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
926        ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
927    end
928end
929
930% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
931% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
932% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
933% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
934% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
935% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
936% %     else
937% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
938% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
939% %     end
940%
941% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
942
943
944%-----------------------------------------------------------------
945%project on a plane
946% AJOUTER flux,circul,error
947function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
948%-----------------------------------------------------------------
949
950%% rotation angles
951PlaneAngle=[0 0 0];
952norm_plane=[0 0 1];
953%cos_om=1;
954%sin_om=0;
955test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
956test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
957% if strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
958%     Delta_x=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
959%     Delta_y=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
960%     Delta_mod=sqrt(Delta_x*Delta_x+Delta_y*Delta_y);
961%     ObjectData.Angle=[0 0 0];
962%     ObjectData.Angle(1)=90*Delta_x/Delta_mod;
963%     ObjectData.Angle(2)=90*Delta_y/Delta_mod;
964% end   
965if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
966    test90y=0;%isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
967    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
968%     om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
969%     OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
970%     cos_om=cos(om);
971%     sin_om=sin(om);
972%     coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
973%     %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
974%     norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
975%     norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
976%     norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
977   
978M2=[cos(PlaneAngle(2)) sin(PlaneAngle(2)) 0;-sin(PlaneAngle(2)) cos(PlaneAngle(2)) 0;0 0 1];
979M1=[1 0 0;0 cos(PlaneAngle(1)) sin(PlaneAngle(1));0 -sin(PlaneAngle(1)) cos(PlaneAngle(1))];
980M=M1*M2;
981norm_plane=M*[0 0 1]';
982   
983end
984testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0])||~isequal(ObjectData.Coord(1:2),[0 0 ]) ;% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
985
986%% mesh sizes DX and DY
987DX=[];
988DY=[];%default
989if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
990    DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
991elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
992    DX=FieldData.CoordMesh;
993end
994if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
995    DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
996elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
997    DY=FieldData.CoordMesh;
998end
999if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
1000    errormsg='DX or DY not defined';
1001    return
1002end
1003InterpMesh=min(DX,DY);%mesh used for interpolation in a slanted plane
1004% if strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
1005%     InterpMesh=10*InterpMesh;%TODO: temporary, to shorten computation
1006% end
1007
1008%% extrema along each axis
1009testXMin=0;% test if min of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1010testXMax=0;% test if max of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1011testYMin=0;% test if min of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1012testYMax=0;% test if max of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1013if isfield(ObjectData,'RangeX') % rangeX defined by the projection object
1014    XMin=min(ObjectData.RangeX);
1015    XMax=max(ObjectData.RangeX);
1016    testXMin=XMax>XMin;%=1 if XMin defined (i.e. RangeY has two distinct elements)
1017    testXMax=1;% max of X coordinates defined on the projection object
1018end
1019if isfield(ObjectData,'RangeY') % rangeY defined by the projection object
1020    YMin=min(ObjectData.RangeY);
1021    YMax=max(ObjectData.RangeY);
1022    testYMin=YMax>YMin;%=1 if YMin defined (i.e. RangeY has tow distinct elements)
1023    testYMax=1;% max of Y coordinates defined on the projection object
1024end
1025width=0;%default width of the projection band
1026if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1027    width=max(ObjectData.RangeZ);
1028end
1029
1030%% interpolation range
1031thresh2=[];
1032if isfield(ObjectData,'RangeInterp')
1033    thresh2=ObjectData.RangeInterp*ObjectData.RangeInterp;%square of interpolation range (do not interpolate beyond this range)
1034end
1035
1036%% initiate Matlab  structure for physical field
1037[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1038if ~isempty(errormsg)
1039    return
1040end
1041
1042%% reproduce initial plane position and angle
1043if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
1044    if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
1045        if isfield(ProjData,'.PlaneCoord') && ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1046            errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
1047            return
1048        end
1049    else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
1050        ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
1051    end
1052    if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
1053        if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
1054            if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1055                errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
1056                return
1057            end
1058        else
1059            ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
1060        end
1061    end
1062end
1063ProjData.NbDim=2;
1064ProjData.ListVarName={};
1065ProjData.VarDimName={};
1066ProjData.VarAttribute={};
1067if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
1068    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1069elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1070    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1071end
1072%error=0;%default
1073%flux=0;
1074%testfalse=0;
1075%ListIndex={};
1076
1077%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1078[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
1079
1080if ~isempty(errormsg)
1081    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1082    return
1083end
1084check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
1085
1086ProjMode=cell(size(CellInfo));
1087for icell=1:numel(CellInfo)
1088    ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;% projection mode of the plane object
1089end
1090    icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
1091if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')&& ~strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')% TODO:rationalize
1092    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
1093    if ~testYMin
1094        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return
1095    end
1096    if ~testYMax
1097        errormsg='max Y value not defined for the projection grid';return
1098    end
1099    if ~testXMin
1100        errormsg='min X value not defined for the projection grid';return
1101    end
1102    if ~testXMax
1103        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
1104    end
1105else
1106    %% case of a grid requested by the input field
1107    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1108        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
1109            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
1110                case 'interp_lin'
1111                    ProjMode{icell}='interp_lin';
1112                case 'interp_tps'
1113                    ProjMode{icell}='interp_tps';
1114            end
1115        end
1116        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1117            check_grid(icell)=1;
1118        end
1119        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')&&NbDimArray(icell)>=2
1120            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
1121                icell_grid=icell;
1122                ProjMode{icell}='projection';
1123            end
1124            check_grid(icell)=1;
1125        end
1126    end
1127    if ~isempty(find(check_grid))% if a grid is requested by the input field
1128        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
1129            if ~isfield(FieldData,'XMax')
1130                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
1131            end
1132        end
1133    end
1134end
1135if ~isempty(find(check_grid))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1136    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1137        AYName='coord_y';
1138        AXName='coord_x';
1139        if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')||strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
1140            ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1141            ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
1142            coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
1143            coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
1144        else
1145            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1146            ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
1147            coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
1148            coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
1149        end
1150        [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1151        ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
1152%         XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1153%         YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1154    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
1155        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
1156        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1157        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1158        AYDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%
1159        AXDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%
1160         ProjData.VarDimName={AYDimName,AXDimName};
1161        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
1162        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
1163    end
1164    ProjData.ListVarName={AYName,AXName};
1165   
1166    ProjData.VarAttribute={[],[]};
1167end
1168   
1169%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1170% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
1171% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1172%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1173% icoord=0;
1174nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1175%nbvar=0;
1176vector_x_proj=[];
1177vector_y_proj=[];
1178for icell=1:length(CellInfo)
1179    NbDim=NbDimArray(icell);
1180    if NbDim<2
1181        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1182    end
1183    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1184    %dimensions
1185    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1186    if ischar(DimCell)
1187        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1188    end
1189    coord_z=0;%default
1190    ListVarName={};% initiate list of projected variables for cell # icell
1191    VarDimName={};% initiate coresponding list of dimensions for cell # icell
1192    VarAttribute={};% initiate coresponding list of var attributes  for cell # icell
1193    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1194    switch CellInfo{icell}.CoordType
1195       
1196        case 'scattered'
1197            %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1198            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1199                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1200            end
1201            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});% initial x coordinates
1202            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});% initial y coordinates
1203            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1204            if check3D
1205                coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1206            end
1207           
1208            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1209            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1210            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1211            if check3D
1212                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1213            end
1214           
1215            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1216            if check3D &&  width > 0
1217                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1218                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1219                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1220                for ivar=VarIndex
1221                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1222                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1223                end
1224                coord_x=coord_x(indcut);
1225                coord_y=coord_y(indcut);
1226                coord_z=coord_z(indcut);
1227            end
1228           
1229            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1230            Psi=PlaneAngle(1);
1231            Theta=PlaneAngle(2);
1232           % Phi=PlaneAngle(3);
1233            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1234                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1235                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1236                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1237                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1238                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1239            else
1240                coord_X=coord_x;
1241                coord_Y=coord_y;
1242            end
1243           
1244            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1245            testin=ones(size(coord_X)); %default
1246            testbound=0;
1247            if testXMin
1248                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1249                testbound=1;
1250            end
1251            if testXMax
1252                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1253                testbound=1;
1254            end
1255            if testYMin
1256                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1257                testbound=1;
1258            end
1259            if testYMin
1260                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1261                testbound=1;
1262            end
1263            if testbound
1264                indcut=find(testin);
1265                if isempty(indcut)
1266                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1267                    return
1268                end
1269                for ivar=VarIndex
1270                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1271                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1272                end
1273                coord_X=coord_X(indcut);
1274                coord_Y=coord_Y(indcut);
1275                if check3D
1276                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1277                end
1278            end
1279           
1280            % two cases of projection for scattered coordinates
1281            switch ProjMode{icell}
1282                case 'projection'
1283                    nbvar=0;
1284                    %nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1285                    for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1286                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1287                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1288                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1289                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1290                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1291                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1292                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1293                        end
1294                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1295                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1296                            VarDimName=[VarDimName DimCell];
1297                            nbvar=nbvar+1;
1298                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1299                                VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1300                            end
1301                        end
1302                    end
1303                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1304                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1305                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1306                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1307                        coord_X=coord_X(indsel);
1308                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1309                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1310                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1311                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1312                        end
1313                    end
1314                    % interpolate and calculate field on the grid
1315                   
1316                    [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1317                   
1318                    % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1319                    if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1320                        F=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_X,'nearest');
1321                        G=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_Y,'nearest');
1322                    else
1323                        F=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_X,'nearest');
1324                        G=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_Y,'nearest');
1325                    end
1326                    Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1327                    Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1328                    Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1329                    if ~isempty(thresh2)
1330                        for ivar=1:numel(VarVal)
1331                            VarVal{ivar}(Dist>thresh2)=NaN;% % put to NaN interpolated positions further than 4 meshes from initial data
1332                        end
1333                    end
1334                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1335                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1336                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1337                        ListVarName={};% no new variable
1338                        VarAttribute={};
1339                    else
1340                        VarDimName=cell(size(ListVarName));
1341                        for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1342                            ListVarName{ilist}=regexprep(ListVarName{ilist},'(.+','');
1343                            if ~isempty(find(strcmp(ListVarName{ilist},ProjData.ListVarName)))
1344                                ListVarName{ilist}=[ListVarName{ilist} '_1'];
1345                            end
1346                            ProjData.(ListVarName{ilist})=VarVal{ilist};
1347                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1348                        end
1349                    end
1350                    if isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&& isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1351                    vector_x_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x; %preserve for next cell
1352                    vector_y_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y; %preserve for next cell
1353                    end
1354            end
1355           
1356        case 'tps'
1357            %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1358            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1359                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1360               
1361               
1362                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1363                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1364                checkUV=0;
1365                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1366                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
1367                    checkUV=1;
1368                end
1369               
1370                %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1371                Psi=PlaneAngle(1);
1372                Theta=PlaneAngle(2);
1373               % Phi=PlaneAngle(3);
1374                if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1375                    new_XI=XI*cos(Phi) - YI*sin(Phi)+ObjectData.Coord(1);
1376                    YI=XI *sin(Phi) + YI *cos(Phi)+ObjectData.Coord(2);
1377                    XI=new_XI;
1378                    %                 if checkUV
1379                    %                     UValue=cos(Phi)*FieldVar(:,:,1)+ sin(Phi)*FieldVar(:,:,2);
1380                    %                     FieldVar(:,:,2)=-sin(Phi)*FieldVar(:,:,1)+ cos(Phi)*FieldVar(:,:,2);
1381                    %                     FieldVar(:,:,1)=UValue;
1382                    %                 end
1383                end
1384               
1385                % interpolate data using thin plate spline
1386                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
1387               
1388                % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1389                Coord=permute(Coord,[1 3 2]);
1390                Coord=reshape(Coord,size(Coord,1)*size(Coord,2),2);
1391                if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1392                    F=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1393                    G=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1394                else
1395                    F=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1396                    G=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1397                end
1398                Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1399                Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1400                Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1401                ListVarName=(fieldnames(DataOut))';
1402                VarDimName=cell(size(ListVarName));
1403                for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1404                    VarName=ListVarName{ilist};
1405                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1406                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1407                    if ~isempty(thresh2)
1408                        ProjData.(VarName)(Dist>thresh2)=NaN;% put to NaN interpolated positions further than RangeInterp from initial data
1409                    end
1410                end
1411            end
1412           
1413        case 'grid'
1414            %% case of input fields defined on a structured  grid
1415            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1416            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1417            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1418            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1419           % nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1420            if NbDim>=3
1421                if NbDim>3
1422                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1423                    return
1424                else
1425                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1426                        nbcolor=DimValue(3);
1427                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1428                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1429                    end
1430                end
1431            end
1432            Coord_z=[];
1433            Coord_y=[];
1434            Coord_x=[];
1435           
1436            if testangle
1437                ProjMode{icell}='interp_lin'; %request linear interpolation for projection on a tilted plane
1438            end
1439           
1440            if isequal(ProjMode{icell},'projection')% && (~testangle || test90y || test90x)
1441                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1442                    ListVarName=[ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1443                    VarDimName=[VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)];
1444                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1445                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1446                    end
1447                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1448                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1449                    for ivar=VarIndex
1450                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1451                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1452                    end
1453                else
1454                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1455                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1456                    if NbDim==3
1457                        Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});
1458                    end
1459                    if numel(Coord{NbDim-1})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1460                        DY=(Coord{NbDim-1}(2)-Coord{NbDim-1}(1))/(DimValue(1)-1);
1461                    end
1462                    if numel(Coord{NbDim})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1463                        DX=(Coord{NbDim}(2)-Coord{NbDim}(1))/(DimValue(2)-1);
1464                    end
1465                    if testYMax
1466                         YIndexMax=(YMax-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1467                        if testYMin%test_direct(indY)
1468                            YIndexMin=(YMin-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1469                        else
1470                            YIndexMin=1;
1471                        end         
1472                    else
1473                        YIndexMax=numel(Coord{NbDim-1});
1474                        YIndexMin=1;
1475                    end
1476                    if testXMax
1477                         XIndexMax=(XMax-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1478                        if testYMin%test_direct(indY)
1479                            XIndexMin=(XMin-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1480                        else
1481                            XIndexMin=1;
1482                        end         
1483                    else
1484                        XIndexMax=numel(Coord{NbDim});
1485                        XIndexMin=1;
1486                    end
1487                    YIndexRange(1)=ceil(min(YIndexMin,YIndexMax));%first y index to select from the previous field
1488                    YIndexRange(1)=max(YIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1489                    YIndexRange(2)=floor(max(YIndexMin,YIndexMax));%last y index to select from the previous field
1490                    YIndexRange(2)=min(YIndexRange(2),DimValue(NbDim-1));% limit to the last available index
1491                    XIndexRange(1)=ceil(min(XIndexMin,XIndexMax));%first x index to select from the previous field
1492                    XIndexRange(1)=max(XIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1493                    XIndexRange(2)=floor(max(XIndexMin,XIndexMax));%last x index to select from the previous field
1494                    XIndexRange(2)=min(XIndexRange(2),DimValue(NbDim));% limit to the last available index
1495                    if test90y
1496                        ind_new=[3 2 1];
1497                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1498                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1499                        for ivar=VarIndex
1500                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1501                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1502                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1503                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1504                            ProjData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),ind_new);% permute x and z indices for 90 degree rotation
1505                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1506                        end
1507                        ProjData.(AYName)=[Ybound(1) Ybound(2)]; %record the new (projected ) y coordinates
1508                        ProjData.(AXName)=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)]; %record the new (projected ) x coordinates
1509                    else
1510                        if NbDim==3
1511                            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(numel(Coord{1})-1);
1512                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1513                            DimValue(1)=[];
1514                            test_direct=1;%TOdo; GENERALIZE, SEE CASE OF points
1515                            if test_direct(1)
1516                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1517                            else
1518                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1519                            end
1520                        end
1521                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1522                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1523                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1524                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1525                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1526                                VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1527                            end
1528                            if NbDim==3
1529                                ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end)));
1530                            else
1531                                ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName)(YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end),:);
1532                            end
1533                        end
1534                        if testXMax
1535                         ProjData.(AXName)=Coord{NbDim}(1)+DX*(XIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1536                        else
1537                          ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1538                        end
1539                        if testYMax
1540                            ProjData.(AYName)=Coord{NbDim-1}(1)+DY*(YIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1541                        else
1542                          ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1543                        end                           
1544                    end
1545                end
1546            else       % case with interpolation on a grid
1547                if NbDim==2 %2D case
1548                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1549                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1550                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1551                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1552                        test_interp_tps=1;
1553                    else
1554                        test_interp_tps=0;
1555                    end
1556                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1557                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1558                    if ~(testXMin && testYMin)% % if the range of the projected coordinates is not fully defined by the projection object, find the extrema of the projected field
1559                        xcorner=[min(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) min(Coord{NbDim})]-ObjectData.Coord(1,1);% corner absissa of the original grid with respect to the new origin
1560                        ycorner=[min(Coord{NbDim-1}) min(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1})]-ObjectData.Coord(1,2);% corner ordinates of the original grid
1561                        xcor_new=xcorner*cos(PlaneAngle(3))+ycorner*sin(PlaneAngle(3));%coordinates of the corners in new frame
1562                        ycor_new=-xcorner*sin(PlaneAngle(3))+ycorner*cos(PlaneAngle(3));
1563                        if ~testXMin
1564                            XMin=min(xcor_new);
1565                        end
1566                        if ~testXMax
1567                            XMax=max(xcor_new);
1568                        end
1569                        if ~testYMin
1570                            YMin=min(ycor_new);
1571                        end
1572                        if ~testYMax
1573                            YMax=max(ycor_new);
1574                        end
1575                    end
1576                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1577                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1578                    ProjData.(AYName)=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)]; %record the new (projected ) y coordinates
1579                    ProjData.(AXName)=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)]; %record the new (projected ) x coordinates
1580                    [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1581                    XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1582                    YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1583                    if numel(Coord{1})==2% x coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1584                        Coord{1}=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(1));
1585                    end
1586                    if numel(Coord{2})==2% y coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1587                        Coord{2}=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(2));
1588                    end
1589                    [X,Y]=meshgrid(Coord{2},Coord{1});%initial coordinates
1590                    %name of error flag variable
1591                    FFName='FF';%default name (if not already used)
1592                    if isfield(ProjData,'FF')
1593                        ind=1;
1594                        while isfield(ProjData,['FF_' num2str(ind)])
1595                            ind=ind+1;
1596                        end
1597                        FFName=['FF_' num2str(ind)];% append an index to the name of error flag, FF_1,FF_2...
1598                    end
1599                    % project all variables in the cell
1600                    for ivar=VarIndex
1601                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1602                        if size(FieldData.(VarName),3)==1
1603                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,'*linear');%interpolation fct
1604                        else
1605                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,1)),XI,YI,'*linear');
1606                            for icolor=2:size(FieldData.(VarName),3)% project 'color' components
1607                                ProjData.(VarName)=cat(3,ProjData.(VarName),interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,icolor)),XI,YI,'*linear'));
1608                            end
1609                        end
1610                        if isa(FieldData.(VarName),'uint8')
1611                            ProjData.(VarName)=uint8(ProjData.(VarName));%put result to integer 8 bits if the initial field is integer (image)
1612                        elseif isa(FieldData.(VarName),'uint16')
1613                            ProjData.(VarName)=uint16(ProjData.(VarName));%put result to integer 16 bits if the initial field is integer (image)
1614                        end
1615                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1616                        DimCell(1:2)={AYName,AXName};
1617                        VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1618                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1619                            VarAttribute{length(ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1620                        end;
1621                        ProjData.(FFName)=isnan(ProjData.(VarName));%detact NaN (points outside the interpolation range)
1622                        ProjData.(VarName)(ProjData.(FFName))=0; %set to 0 the NaN data
1623                    end
1624                    %update list of variables with error flag
1625                    ListVarName=[ListVarName FFName];
1626                    VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1627                    VarAttribute{numel(ListVarName)}.Role='errorflag';
1628                elseif ~testangle
1629                    % unstructured z coordinate
1630                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1631                    iz_sup=find(test_sup);
1632                    iz=iz_sup(1);
1633                    if iz>=1 & iz<=npz
1634                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1635                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1636                        for ivar=VarIndex
1637                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1638                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1639                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1640                            ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1641                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1642                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1643                                ProjData.(VarName)=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.(VarName),Coord_x,Coord_y);
1644                            end
1645                        end
1646                    end
1647                else   %projection of structured coordinates on oblique plane
1648                    % determine the boundaries of the projected field,
1649                    % first find the 8 summits of the initial volume in the
1650                    Angle=ObjectData.Angle*pi/180;
1651                    % new coordinates
1652                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});%initial z coordinates
1653                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});%initial y coordinates
1654                    Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});%initial x coordinates
1655                    summit=zeros(3,8);% initialize summit coordinates
1656                    summit(1,1:4)=[Coord{3}(1) Coord{3}(end) Coord{3}(1) Coord{3}(end)];%square
1657                    summit(2,1:4)=[Coord{2}(1) Coord{2}(1) Coord{2}(end) Coord{2}(end)];% square at z= Coord{1}(1)
1658                    summit(1:2,5:8)=summit(1:2,1:4);
1659                    summit(3,:)=[Coord{1}(1)*ones(1,4) Coord{1}(end)*ones(1,4)];
1660                    %Mrot_inv=rodrigues(-PlaneAngle);
1661                    newsummit=zeros(3,8);% initialize the rotated summit coordinates
1662                    ObjectData.Coord=ObjectData.Coord';
1663                    if size(ObjectData.Coord,2)<3
1664                    ObjectData.Coord=[ObjectData.Coord; 0];%add z origin at z=0 by default
1665                    end
1666                    M2=[cos(Angle(2)) sin(Angle(2)) 0;-sin(Angle(2)) cos(Angle(2)) 0;0 0 1];
1667                    M1=[1 0 0;0 cos(Angle(1)) sin(Angle(1));0 -sin(Angle(1)) cos(Angle(1))];
1668                    M=M1*M2;
1669                    M_inv=inv(M);
1670                   
1671                    for isummit=1:8% TODO: introduce a function for rotation of n points (to use also for scattered data)
1672                        newsummit(:,isummit)=M*(summit(:,isummit)-(ObjectData.Coord));
1673                    end
1674                    coord_x_proj=min(newsummit(1,:)):InterpMesh: max(newsummit(1,:));% set of coordinqtes in the projection plane
1675                    coord_y_proj=min(newsummit(2,:)):InterpMesh: max(newsummit(2,:));
1676                    coord_z_proj=-width:width;
1677                    %Mrot=rodrigues(PlaneAngle);% inverse rotation matrix
1678                    Origin=M_inv*[coord_x_proj(1);coord_y_proj(1);coord_z_proj(1)]+ObjectData.Coord;
1679                    npx=numel(coord_x_proj);
1680                    npy=numel(coord_y_proj);
1681                    npz=numel(coord_z_proj);
1682                   
1683                    %modangle=sqrt(PlaneAngle(1)*PlaneAngle(1)+PlaneAngle(2)*PlaneAngle(2));
1684%                     cosphi=PlaneAngle(1)/modangle;
1685%                     sinphi=PlaneAngle(2)/modangle;
1686                    iX=[coord_x_proj(end)-coord_x_proj(1);0;0]/(npx-1);
1687                    iY=[0;coord_y_proj(end)-coord_y_proj(1);0]/(npy-1);
1688                    iZ=[0;0;coord_z_proj(end)-coord_z_proj(1)]/(npz-1);
1689%                     iX(1:2)=[cosphi -sinphi;sinphi cosphi]*iX(1:2);
1690%                     iY(1:2)=[-cosphi -sinphi;sinphi cosphi]*iY(1:2);
1691                   
1692                    ix=M_inv*iX;%  vector along the new x coordinates transformed into old coordinates
1693                    iy=M_inv*iY;% vector along y coordinates
1694                    iz=M_inv*iZ;% vector along z coordinates
1695
1696                    [Grid_x,Grid_y,Grid_z]=meshgrid(0:npx-1,0:npy-1,0:npz-1);
1697                    if ismatrix(Grid_x)% add a singleton in case of a single z value
1698                        Grid_x=shiftdim(Grid_x,-1);
1699                        Grid_y=shiftdim(Grid_y,-1);
1700                        Grid_z=shiftdim(Grid_z,-1);
1701                    end
1702                    XI=Origin(1)+ix(1)*Grid_x+iy(1)*Grid_y+iz(1)*Grid_z;
1703                    YI=Origin(2)+ix(2)*Grid_x+iy(2)*Grid_y+iz(2)*Grid_z;
1704                    ZI=Origin(3)+ix(3)*Grid_x+iy(3)*Grid_y+iz(3)*Grid_z;
1705                   [X,Y,Z]=meshgrid(Coord{3},Coord{2},Coord{1});% mesh in the initial coordinates
1706                    for ivar=VarIndex
1707                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1708                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1709                            VarDimName=[VarDimName {{'coord_y','coord_x'}}];
1710                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1711                            FieldData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),[2 3 1]);
1712                            ProjData.coord_x=coord_x_proj;
1713                            ProjData.coord_y=coord_y_proj;
1714                            ProjData.(VarName)=interp3(X,Y,Z,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,ZI,'*linear');
1715                            ProjData.(VarName)=nanmean(ProjData.(VarName),3);
1716                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName));
1717                    end
1718                end
1719            end
1720    end
1721    % update the global list of projected variables:
1722    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListVarName];
1723    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1724    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1725   
1726    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1727    if testangle
1728        ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1729        for ivar=1:numel(VarAttribute)
1730            if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
1731                if strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
1732                    ivar_U=ivar;
1733                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
1734                    ivar_V=ivar;
1735                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_z')
1736                    ivar_W=ivar;
1737                end
1738            end
1739        end
1740        if ~isempty(ivar_U)
1741            if isempty(ivar_V)
1742                msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1743                return
1744            else
1745                UName=ListVarName{ivar_U};
1746                VName=ListVarName{ivar_V};
1747                UValue=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName);
1748                ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName));
1749                ProjData.(UName)=UValue;
1750                if ~isempty(ivar_W)
1751                    WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1752                    VValue=ProjData.(VName)+ ProjData.(WName)*sin(Theta);%
1753                    ProjData.(WName)=NormVec_X*ProjData.(UName)+ NormVec_Y*ProjData.(VName)+ NormVec_Z* ProjData.(WName);
1754                    ProjData.(VName)=VValue;
1755                end
1756            end
1757        end
1758    end
1759end
1760% %prepare substraction in case of two input fields
1761% SubData.ListVarName={};
1762% SubData.VarDimName={};
1763% SubData.VarAttribute={};
1764% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1765% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1766%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1767%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1768%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1769%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1770%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1771%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1772%         check_remove(iproj)=1;
1773%     end
1774% end
1775% if ~isempty(find(check_remove))
1776%     ind_remove=find(check_remove);
1777%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1778%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1779%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1780%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1781% end
1782
1783%-----------------------------------------------------------------
1784%projection in a volume
1785function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1786
1787%-----------------------------------------------------------------
1788ProjData=FieldData;%default output
1789
1790%% axis origin
1791if isempty(ObjectData.Coord)
1792    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1793    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1794    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1795end
1796
1797%% rotation angles
1798VolumeAngle=[0 0 0];
1799norm_plane=[0 0 1];
1800if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1801    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1802    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1803    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1804    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1805    cos_om=cos(pi*om/180);
1806    sin_om=sin(pi*om/180);
1807    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1808    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1809    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1810    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1811    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1812end
1813testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1814
1815%% mesh sizes DX, DY, DZ
1816DX=0;
1817DY=0; %default
1818DZ=0;
1819if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1820     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1821end
1822if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1823     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1824end
1825if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1826     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1827end
1828if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1829        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1830        return
1831end
1832
1833%% extrema along each axis
1834testXMin=0;
1835testXMax=0;
1836testYMin=0;
1837testYMax=0;
1838if isfield(ObjectData,'RangeX')
1839        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1840        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1841        testXMin=XMax>XMin;
1842        testXMax=1;
1843end
1844if isfield(ObjectData,'RangeY')
1845        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1846        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1847        testYMin=YMax>YMin;
1848        testYMax=1;
1849end
1850width=0;%default width of the projection band
1851if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1852        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1853        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1854        testZMin=ZMax>ZMin;
1855        testZMax=1;
1856end
1857
1858%% initiate Matlab  structure for physical field
1859[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1860if ~isempty(errormsg)
1861    return
1862end
1863
1864ProjData.NbDim=3;
1865ProjData.ListVarName={};
1866ProjData.VarDimName={};
1867if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1868    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1869elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1870    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1871end
1872
1873error=0;%default
1874flux=0;
1875testfalse=0;
1876ListIndex={};
1877
1878%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1879%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1880%-----------------------------------------------------------------
1881idimvar=0;
1882% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1883% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1884ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1885icoord=0;
1886nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1887nbvar=0;
1888for icell=1:length(CellVarIndex)
1889    NbDim=NbDimVec(icell);
1890    if NbDim<3
1891        continue
1892    end
1893    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1894    VarType=VarTypeCell{icell};
1895    ivar_X=VarType.coord_x;
1896    ivar_Y=VarType.coord_y;
1897    ivar_Z=VarType.coord_z;
1898    ivar_U=VarType.vector_x;
1899    ivar_V=VarType.vector_y;
1900    ivar_W=VarType.vector_z;
1901    ivar_C=VarType.scalar ;
1902    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1903    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1904    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1905    ivar_F=VarType.warnflag;
1906    ivar_FF=VarType.errorflag;
1907    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1908    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1909    if ischar(DimCell)
1910        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1911    end
1912
1913%% case of input fields with unstructured coordinates
1914    if check_unstructured_coord
1915        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1916        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1917        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1918        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1919        if length(ivar_Z)==1
1920            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1921            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1922        end
1923
1924        % translate  initial coordinates
1925        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1926        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1927        if ~isempty(ivar_Z)
1928            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1929        end
1930       
1931        % selection of the vectors in the projection range
1932%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1933%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1934%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1935%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1936%             for ivar=VarIndex
1937%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1938%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1939%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1940%             end
1941%             coord_x=coord_x(indcut);
1942%             coord_y=coord_y(indcut);
1943%             coord_z=coord_z(indcut);
1944%         end
1945
1946       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1947       if testangle
1948           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1949           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1950           if ~isempty(ivar_Z)
1951               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1952           end
1953           
1954           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1955           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1956           
1957       else
1958           coord_X=coord_x;
1959           coord_Y=coord_y;
1960           coord_Z=coord_z;
1961       end
1962        %restriction to the range of x and y if imposed
1963        testin=ones(size(coord_X)); %default
1964        testbound=0;
1965        if testXMin
1966            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1967            testbound=1;
1968        end
1969        if testXMax
1970            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1971            testbound=1;
1972        end
1973        if testYMin
1974            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1975            testbound=1;
1976        end
1977        if testYMax
1978            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1979            testbound=1;
1980        end
1981        if testbound
1982            indcut=find(testin);
1983            for ivar=VarIndex
1984                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1985                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1986            end
1987            coord_X=coord_X(indcut);
1988            coord_Y=coord_Y(indcut);
1989            if length(ivar_Z)==1
1990                coord_Z=coord_Z(indcut);
1991            end
1992        end
1993        % different cases of projection
1994        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1995            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1996                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1997                if ivar==ivar_X %x coordinate
1998                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1999                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
2000                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
2001                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
2002                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
2003                end
2004                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
2005                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2006                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
2007                    nbvar=nbvar+1;
2008                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2009                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2010                    end
2011                end
2012            end 
2013        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
2014            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
2015            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
2016            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
2017            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2018            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2019            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
2020            nbcoord=2; 
2021            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
2022            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
2023            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
2024            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
2025            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
2026            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
2027            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
2028            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
2029            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
2030            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
2031            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
2032            if ~isequal(ivar_FF,0)
2033                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
2034                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
2035                coord_X=coord_X(indsel);
2036                coord_Y=coord_Y(indsel);
2037            end
2038            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
2039            testFF=0;
2040            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
2041            for ivar=VarIndex
2042                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2043                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
2044                    ivar_new=ivar_new+1;
2045                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
2046                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2047                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2048                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2049                    end
2050                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
2051                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
2052                    end
2053                    % linear interpolation
2054                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
2055                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
2056%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
2057%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
2058%                     indnan=find(FFlag);
2059%                     if ~isempty(indnan)
2060%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
2061%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
2062%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
2063%                         testFF=1;
2064%                     end
2065                    if ivar==ivar_U
2066                        ivar_U=ivar_new;
2067                    end
2068                    if ivar==ivar_V
2069                        ivar_V=ivar_new;
2070                    end
2071                    if ivar==ivar_W
2072                        ivar_W=ivar_new;
2073                    end
2074                end
2075            end
2076            if testFF
2077                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
2078                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
2079               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2080                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
2081            end
2082        end
2083       
2084%% case of input fields defined on a structured  grid
2085    else
2086        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
2087        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
2088        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
2089        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
2090        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
2091        if NbDim>=3
2092            if NbDim>3
2093                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
2094                return
2095            else
2096                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
2097                    nbcolor=DimValue(3);
2098                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
2099                    NbDim=2;% space dimension set to 2
2100                end
2101            end
2102        end
2103        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
2104        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
2105        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
2106        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
2107        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
2108        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
2109        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
2110
2111%         for idim=1:length(ListDimName)
2112%             DimName=ListDimName{idim};
2113%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
2114%                nbcolor=DimValue(idim);
2115%                DimValue(idim)=[];
2116%             end
2117%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
2118%                 DimValue(idim)=[];
2119%             end
2120%         end 
2121        Coord_z=[];
2122        Coord_y=[];
2123        Coord_x=[];   
2124
2125        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
2126            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
2127            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
2128            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
2129                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
2130                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
2131                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
2132                else
2133                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
2134                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
2135                    DCoord_max=max(DCoord);
2136                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
2137                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
2138                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
2139                                return
2140                    end               
2141                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
2142                end
2143                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
2144            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
2145                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
2146                DCoord_min(idim)=1;%default
2147                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
2148                test_direct(idim)=1;
2149            end
2150        end
2151        if DY==0
2152            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
2153        end
2154        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
2155        if DX==0
2156            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
2157        end
2158        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
2159        for idim=1:NbDim
2160            if test_interp(idim)
2161                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
2162            end
2163        end       
2164        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
2165        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
2166        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
2167        test_direct_x=test_direct(NbDim);
2168        DAX=DCoord_min(NbDim);
2169        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
2170        minAX=min(Coord_x);
2171        maxAX=max(Coord_x);
2172        minAY=min(Coord_y);
2173        maxAY=max(Coord_y);
2174        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
2175        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
2176        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
2177        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
2178        if ~testXMax
2179            XMax=max(xcor_new);
2180        end
2181        if ~testXMin
2182            XMin=min(xcor_new);
2183        end
2184        if ~testYMax
2185            YMax=max(ycor_new);
2186        end
2187        if ~testYMin
2188            YMin=min(ycor_new);
2189        end
2190        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
2191        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
2192        if DX==0
2193            DX=DXinit;
2194        end
2195        if DY==0
2196            DY=DYinit;
2197        end
2198        if NbDim==3
2199            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2200            if ~test_direct(1)
2201                DZ=-DZ;
2202            end
2203            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2204            test_direct_z=test_direct(1);
2205        end
2206        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2207        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2208        if test_direct_y
2209            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2210        else
2211            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2212        end
2213        if test_direct_x
2214            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2215        else
2216            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2217        end
2218       
2219        % case with no rotation and interpolation
2220        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2221            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2222                ProjData=FieldData;
2223            else
2224                indY=NbDim-1;
2225                if test_direct(indY)
2226                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2227                    YIndexFirst=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2228                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2229                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(YIndexFirst-1);
2230                else
2231                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2232                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2233                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2234                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2235                end   
2236                if test_direct(NbDim)==1
2237                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2238                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2239                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2240                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2241                else
2242                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2243                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2244                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2245                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2246                end
2247                if NbDim==3
2248                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2249                    DimValue(1)=[];
2250                                        %structured coordinates
2251                    if test_direct(1)
2252                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2253                    else
2254                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2255                    end
2256                end
2257                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2258                min_indx=max(min_indx,1);
2259                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2260                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2261                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2262                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2263                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2264                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2265                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2266                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2267                    end
2268                    if NbDim==3
2269                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2270                    else
2271                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2272                    end
2273                end 
2274                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2275                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2276            end
2277        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2278            if NbDim==2 %2D case
2279                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2280                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2281                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2282                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2283                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2284                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2285                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2286                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2287                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2288                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2289                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2290                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2291                    test_interp_tps=1;
2292                else
2293                    test_interp_tps=0;
2294                end
2295                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2296                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2297                for ivar=VarIndex
2298                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2299                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2300                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2301                    end
2302                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2303                    if test_interp_tps 
2304                         Aclass=class(FieldData.A);
2305                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2306                         if ~isequal(Aclass,'double')
2307                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2308                         end
2309                    end
2310                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2311                    %ind_in=find(flagin);
2312                    ind_out=find(~flagin);
2313                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2314                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2315                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2316                    for icolor=1:nbcolor
2317                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2318                    end
2319                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2320                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2321                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2322                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2323                    end     
2324                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2325                end
2326                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga ant???rieur 
2327                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2328                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2329                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2330            else %3D case
2331                if ~testangle     
2332                    % unstructured z coordinate
2333                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2334                    iz_sup=find(test_sup);
2335                    iz=iz_sup(1);
2336                    if iz>=1 & iz<=npz
2337                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2338                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2339                        for ivar=VarIndex
2340                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2341                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2342                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2343                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2344                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2345                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2346                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2347                            end
2348                        end
2349                    end
2350                else
2351                    RotMatrix=rodrigues(om);
2352                   
2353                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2354                    %TODO: use interp3
2355                    return
2356                end
2357            end
2358        end
2359    end
2360
2361    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2362    if testangle
2363        if isempty(ivar_V)
2364            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2365            return
2366        end
2367        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2368        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2369        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2370        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2371        if ~isempty(ivar_W)
2372            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2373            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2374            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2375        end
2376        if ~isequal(Psi,0)
2377            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2378            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2379        end
2380    end
2381end
2382
2383%------------------------------------------------------------------------
2384%--- transfer the global attributes
2385function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2386%------------------------------------------------------------------------
2387ProjData=[];%default
2388errormsg='';%default
2389
2390%% transfer error
2391if isfield(FieldData,'Txt')
2392    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2393    return;
2394end
2395
2396%% transfer global attributes
2397if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2398    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2399else
2400    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2401end
2402for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2403    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2404    if isfield(FieldData,AttrName)
2405        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2406    end
2407end
2408
2409%% transfer coordinate unit
2410if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2411    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2412end
2413if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2414    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2415        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2416        return
2417    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2418         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2419    end
2420end
2421
2422%% store the properties of the projection object
2423ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2424for ilist=1:length(ListObject)
2425    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2426        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2427        if ~isempty(val)
2428            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2429            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2430        end
2431    end   
2432end
2433
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.