source: trunk/src/proj_field.m @ 966

Last change on this file since 966 was 966, checked in by sommeria, 5 years ago

3D projection improved

File size: 118.0 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Type : type of projection object
20%    .ProjMode=mode of projection ;
21%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .FieldList: cell array of strings representing the fields to calculate
30%    .CoordMesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_cells)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65
66%=======================================================================
67% Copyright 2008-2016, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
68%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
69%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) legi.cnrs.fr
70%
71%     This file is part of the toolbox UVMAT.
72%
73%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
74%     it under the terms of the GNU General Public License as published
75%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
76%     or (at your option) any later version.
77%
78%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
79%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
80%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
81%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
82%=======================================================================
83
84function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,VarMesh)
85errormsg='';%default
86ProjData=[];
87
88%% check input projection object: type, projection mode and Coord:
89if ~isfield(ObjectData,'Type')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    return
91end
92% check list of effective projection modes
93if ~ismember(ObjectData.ProjMode,{'projection','interp_lin','interp_tps','inside','outside'})
94    return
95end
96if ~isfield(ObjectData,'Coord')||isempty(ObjectData.Coord)
97    if strcmp(ObjectData.Type,'plane')
98        ObjectData.Coord=[0 0];%default
99    else
100        return
101    end
102end
103
104%% apply projection depending on the object type
105switch ObjectData.Type
106    case 'points'
107        [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
108    case {'line','polyline'}
109        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
110    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
111        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
112            if ~exist('VarMesh','var')
113                VarMesh=[];
114            end
115            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh);
116        else
117            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
118        end
119    case {'plane','plane_z'}
120        [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
121    case 'volume'
122        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
123end
124
125%-----------------------------------------------------------------
126%project on a set of points
127function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
128%-------------------------------------------------------------------
129
130siz=size(ObjectData.Coord);
131width=0;
132if isfield(ObjectData,'Range')
133    width=ObjectData.Range(1,2);
134end
135if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
136    width=max(ObjectData.RangeX);
137end
138if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
139    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
140end
141if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
142    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
143end
144if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
145    if width==0
146        errormsg='projection range around points needed';
147        return
148    end
149elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
150    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
151        return
152end
153[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
154if ~isempty(errormsg)
155    return
156end
157ProjData.NbDim=0;
158[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
159if ~isempty(errormsg)
160    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
161    return
162end
163%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
164for icell=1:length(CellInfo)
165    if NbDimArray(icell)<=1
166        continue %projection only for multidimensional fields
167    end
168    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
169    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
170    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
171    ivar_Z=[];
172    if NbDimArray(icell)==3
173        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
174    end
175    ivar_FF=[];
176    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
177        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
178        if numel(ivar_FF)>1
179            errormsg='multiple error flag input';
180            return
181        end
182    end   
183    % select types of  variables to be projected
184   ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
185      check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
186   for ilist=1:numel(ListProj)
187       if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
188           check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
189       end
190   end
191   VarIndex=find(check_proj);
192    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
193    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
194    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
195    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
196    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
197    for ivar=VarIndex       
198        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
199        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];% add the current variable to the list of projected variables
200        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}]; % projected VarName has a single dimension called 'nb_points' (set of projection points)
201
202    end
203    if strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
204        coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
205        coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
206        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
207        if length(ivar_Z)==1
208            coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Z});
209            test3D=1;
210        end
211   
212        for ipoint=1:siz(1)
213           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
214           distX=coord_x-Xpoint(1);
215           distY=coord_y-Xpoint(2);         
216           dist=distX.*distX+distY.*distY;
217           indsel=find(dist<width*width);
218           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
219           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
220           if isequal(length(ivar_FF),1)
221               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
222               FF=FieldData.(FFName)(indsel);
223               indsel=indsel(~FF);
224           end
225           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
226            for ivar=VarIndex
227               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
228               if isempty(indsel)
229                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=NaN;
230               else
231                    Var=FieldData.(VarName)(indsel);
232                    ProjData.(VarName)(ipoint,1)=mean(Var);
233                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')
234                         ProjData.(VarName)(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2));
235                    end
236               end
237            end
238        end
239    else    %case of structured coordinates
240        if  strcmp( CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
241            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
242            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
243            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
244            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
245            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};% a single variable assumed in the current cell
246            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
247            npxy=size(A);         
248            %update VarDimName in case of components (non coordinate dimensions e;g. color components)
249            if numel(npxy)>NbDimArray(icell)
250                ProjData.VarDimName{end}={'nb_points','component'};
251            end
252            for idim=1:NbDimArray(icell) %loop on space dimensions
253                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
254                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
255                ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);
256                Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}); % position for the first index
257                if numel(Coord{idim})==2
258                    DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
259                    test_direct(idim)=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
260                else
261                    DCoord=diff(Coord{idim});
262                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
263                    DCoord_max=max(DCoord);
264                    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
265                    test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
266                    if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
267                        errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
268                        return
269                    end
270                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
271                    test_coord(idim)=1;
272                end
273            end
274            DX=DCoord_min(2);
275            DY=DCoord_min(1);
276            for ipoint=1:siz(1)
277                xwidth=width/(abs(DX));
278                ywidth=width/(abs(DY));
279                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
280                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
281                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
282                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
283                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
284                j_min=max(1,j_min);
285                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
286                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
287                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
288                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
289                i_int=(i_min:i_plus);
290                j_int=(j_min:j_plus);
291                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
292                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
293                   for ivar=VarIndex   
294                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
295                   end
296                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
297                else
298                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
299                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
300                    for ivar=VarIndex   
301                        Avalue=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})(j_int,i_int,:);
302                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));
303                    end
304                end
305            end
306        end
307   end
308end
309
310%-----------------------------------------------------------------
311%project in a patch
312function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData,VarMesh)%%
313%-------------------------------------------------------------------
314[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
315if ~isempty(errormsg)
316    return
317end
318%objectfield=fieldnames(ObjectData);
319widthx=0;
320widthy=0;
321if isfield(ObjectData,'RangeX') && ~isempty(ObjectData.RangeX)
322    widthx=max(ObjectData.RangeX);
323end
324if isfield(ObjectData,'RangeY') && ~isempty(ObjectData.RangeY)
325    widthy=max(ObjectData.RangeY);
326end
327
328%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
329ProjData.NbDim=1;
330ProjData.ListVarName={};
331ProjData.VarDimName={};
332ProjData.VarAttribute={};
333
334CoordMesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
335if isfield (FieldData,'VarAttribute')
336    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
337        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
338            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
339        end
340        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'CoordMesh')
341            CoordMesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.CoordMesh;
342        end
343    end
344end
345
346%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
347[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
348if ~isempty(errormsg)
349    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
350    return
351end
352
353%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
354for icell=1:length(CellInfo)
355    CoordType=CellInfo{icell}.CoordType;
356    test_Amat=0;
357    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
358        continue
359    end
360    ivar_FF=[];
361    testfalse=isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');
362    if testfalse
363        ivar_FF=CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag;
364        FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
365        errorflag=FieldData.(FFName);
366    end
367    % select types of  variables to be projected
368    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
369    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
370    for ilist=1:numel(ListProj)
371        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
372            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
373        end
374    end
375    VarIndex=find(check_proj);
376   
377    ivar_X=CellInfo{icell}.CoordIndex(end);
378    ivar_Y=CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1);
379    ivar_Z=[];
380    if NbDim(icell)==3
381        ivar_Z=CellInfo{icell}.CoordIndex(1);
382    end
383    switch CellInfo{icell}.CoordType
384        case 'scattered' %case of unstructured coordinates
385            for ivar=[VarIndex ivar_X ivar_Y ivar_FF]
386                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
387                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),[],1);
388            end
389            XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
390            YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
391            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_X});
392            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar_Y});
393            % image or 2D matrix
394        case 'grid' %case of structured coordinates
395            test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
396            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
397            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
398            AX=FieldData.(AXName);% x coordinate
399            AY=FieldData.(AYName);% y coordinate
400            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
401            DimValue=size(FieldData.(VarName));
402            if length(AX)==2
403                AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
404            end
405            if length(AY)==2
406                AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
407            end
408            if length(DimValue)==3
409                testcolor=1;
410                npxy(3)=3;
411            else
412                testcolor=0;
413                npxy(3)=1;
414            end
415            [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
416            npxy(1)=length(AY);
417            npxy(2)=length(AX);
418            Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
419            Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
420            for ivar=1:length(VarIndex)
421                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
422                FieldData.(VarName)=reshape(FieldData.(VarName),npxy(1)*npxy(2),npxy(3)); % keep only non false vectors
423            end
424    end
425    %select the indices in the range of action
426    testin=[];%default
427    if isequal(ObjectData.Type,'rectangle')
428        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'scattered')
429            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
430            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
431            testin=distX<widthx & distY<widthy;
432        elseif test_Amat
433            distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
434            distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
435            testin=distX<widthx & distY<widthy;
436        end
437    elseif isequal(ObjectData.Type,'polygon')
438        if strcmp(CoordType,'scattered')
439            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
440        elseif strcmp(CoordType,'grid')
441            testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
442        else%calculate the scalar
443            testin=[]; %A REVOIR
444        end
445    elseif isequal(ObjectData.Type,'ellipse')
446        X2Max=widthx*widthx;
447        Y2Max=(widthy)*(widthy);
448        if strcmp(CoordType,'scattered')
449            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
450            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
451            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
452        elseif strcmp(CoordType,'grid') %case of usual 2x2 matrix
453            distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
454            distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
455            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
456        end
457    end
458    %selected indices
459    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
460        testin=~testin;
461    end
462    if testfalse
463        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors
464    end
465    indsel=find(testin);
466    nbvar=0;
467    VarSize=zeros(size(VarIndex));
468    for ivar=VarIndex
469        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
470        ProjData.([VarName 'Mean'])=mean(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the mean in the selected region, for each co
471        ProjData.([VarName 'Min'])=min(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the min in the selected region , for each color component
472        ProjData.([VarName 'Max'])=max(double(FieldData.(VarName)(indsel,:))); % take the max in the selected region , for each color co
473        nbvar=nbvar+1;
474        VarSize(nbvar)=mean((ProjData.([VarName 'Max'])-ProjData.([VarName 'Min']))/100);
475    end
476    if  isempty(VarMesh)% || isnan(VarMesh) % mesh not specified as input, estimate from the bounds
477        VarMesh=mean(VarSize);
478        ord=10^(floor(log10(VarMesh)));%order of magnitude
479        if VarMesh/ord >=5
480            VarMesh=5*ord;
481        elseif VarMesh/ord >=2
482            VarMesh=2*ord;
483        else
484            VarMesh=ord;
485        end
486    end
487    for ivar=VarIndex
488        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
489        LowBound=VarMesh*ceil(ProjData.([VarName 'Min'])/VarMesh);
490        UpperBound=VarMesh*floor(ProjData.([VarName 'Max'])/VarMesh);
491        if numel(indsel)<=1
492            errormsg='only one data point or less for histogram';
493            return
494        elseif isequal(LowBound,UpperBound)
495            errormsg='attempt histogram of uniform field: low bound = high bound';
496            return
497        end       
498        ProjData.(VarName)=LowBound:VarMesh:UpperBound; % list of bin values
499        ProjData.([VarName 'Histo'])=hist(double(FieldData.(VarName)(indsel,:)),ProjData.(VarName)); % histogram at predefined bin positions
500        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
501        if test_Amat && testcolor
502            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'} {'rgb'} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
503        else
504            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'one'} {'one'} {'one'}];
505        end
506        VarAttribute_var=[];
507        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&& numel(FieldData.VarAttribute)>=ivar
508            VarAttribute_var=FieldData.VarAttribute{ivar};
509        end
510      %  VarAttribute_var.Role='coord_x';% the variable is now used as an absissa
511        VarAttribute_histo.Role='histo';
512        ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute {VarAttribute_var} {VarAttribute_histo} {[]} {[]} {[]}];
513    end
514end
515
516%-----------------------------------------------------------------
517%project on a line
518% AJOUTER flux,circul,error
519% OUTPUT:
520% ProjData: projected field
521%
522function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
523%-----------------------------------------------------------------
524
525%% prepare heading for the projected field
526[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
527if ~isempty(errormsg)
528    return
529end
530ProjData.NbDim=1;
531%initialisation of the input parameters and defaultoutput
532ProjMode=ObjectData.ProjMode; %rmq: ProjMode always defined from input={'projection','interp_lin','interp_tps'}
533% ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
534width=0;
535if isfield(ObjectData,'RangeY')
536    width=max(ObjectData.RangeY);%Rangey needed bfor mode 'projection'
537end
538% default output
539errormsg='';%default
540Xline=[];
541flux=0;
542circul=0;
543liny=ObjectData.Coord(:,2);
544NbPoints=size(ObjectData.Coord,1);
545testfalse=0;
546ListIndex={};
547
548%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
549[CellInfo,NbDim,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
550if ~isempty(errormsg)
551    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
552    return
553end
554CellInfo=CellInfo(NbDim>=2); %keep only the 2D cells
555%%%%%% TODO: treat 1D fields: project as identity so that P o P=P for projection operation
556cell_select=true(size(CellInfo));
557
558for icell=1:length(CellInfo)
559    if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
560        if ~strcmp(CellInfo{icell}.ProjModeRequest, ProjMode)
561            cell_select(icell)=0;
562        end
563        if strcmp(ProjMode,'interp_tps')&& ~strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'tps')
564            cell_select(icell)=0;
565        end
566    end
567end
568if isempty(find(cell_select))
569    errormsg=[' invalid projection mode ''' ProjMode ''': use ''interp_tps'' to interpolate spatial derivatives'];
570    return
571end
572CellInfo=CellInfo(cell_select);
573
574%% projection line: object types selected from  proj_field='line','polyline','polygon','rectangle','ellipse':
575LineCoord=ObjectData.Coord;
576switch ObjectData.Type
577    case 'ellipse'
578        LineLength=2*pi*ObjectData.RangeX*ObjectData.RangeY;
579        NbSegment=0;
580    case 'rectangle'
581        LineCoord([1 4],1)=ObjectData.Coord(1,1)-ObjectData.RangeX;
582        LineCoord([1 2],2)=ObjectData.Coord(1,2)-ObjectData.RangeY;
583        LineCoord([2 3],1)=ObjectData.Coord(1,1)+ObjectData.RangeX;
584        LineCoord([4 1],2)=ObjectData.Coord(1,2)+ObjectData.RangeY;
585    case 'polygon'
586        LineCoord(NbPoints+1)=LineCoord(1);
587end
588if ~strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
589    if ~strcmp(ObjectData.Type,'rectangle') && NbPoints<2
590        return% line needs at least 2 points to be defined
591    end
592    dlinx=diff(LineCoord(:,1));
593    dliny=diff(LineCoord(:,2));
594    [theta,dlength]=cart2pol(dlinx,dliny);%angle and length of each segment
595    LineLength=sum(dlength);
596    NbSegment=numel(LineLength);
597end
598CheckClosedLine=~isempty(find(strcmp(ObjectData.Type,{'rectangle','ellipse','polygon'})));
599
600%     x = a \ \cosh \mu \ \cos \nu
601%
602%     y = a \ \sinh \mu \ \sin \nu
603
604%% angles of the polyline and boundaries of action for mode 'projection'
605
606% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'interp_tps')
607xsup=zeros(1,NbPoints); xinf=zeros(1,NbPoints); ysup=zeros(1,NbPoints); yinf=zeros(1,NbPoints);
608if isequal(ProjMode,'projection')
609    if strcmp(ObjectData.Type,'line')
610        xsup=ObjectData.Coord(:,1)-width*sin(theta);
611        xinf=ObjectData.Coord(:,1)+width*sin(theta);
612        ysup=ObjectData.Coord(:,2)+width*cos(theta);
613        yinf=ObjectData.Coord(:,2)-width*cos(theta);
614    else
615        errormsg='mode projection only available for simple line, use interpolation otherwise';
616        return
617    end
618else % need to define the set of interpolation points
619    if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
620        DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
621        if CheckClosedLine
622            NbPoint=ceil(LineLength/DX);
623            DX=LineLength/NbPoint;%adjust DX to get an integer nbre of intervals in a closed line
624            DX_edge=DX/2;
625        else
626            DX_edge=(LineLength-DX*floor(LineLength/DX))/2;%margin from the first point and first interpolation point, the same for the end point
627        end
628        XI=[];
629        YI=[];
630        ThetaI=[];
631        dlengthI=[];
632        if strcmp(ObjectData.Type,'ellipse')
633            phi=(DX_edge:DX:LineLength)*2*pi/LineLength;
634            XI=ObjectData.RangeX*cos(phi);
635            YI=ObjectData.RangeY*sin(phi);
636            dphi=2*pi*DX/LineLength;
637            [ThetaI,dlengthI]=cart2pol(-ObjectData.RangeX*sin(phi)*dphi,ObjectData.RangeY*cos(phi)*dphi);
638        else
639            for isegment=1:NbSegment
640                costheta=cos(theta(isegment));
641                sintheta=sin(theta(isegment));
642                %                 XIsegment=LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta:DX*costheta:LineCoord(isegment+1,1));
643                %                 YIsegment=(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta:DX*sintheta:LineCoord(isegment+1,2));
644                NbInterval=floor((dlength(isegment)-DX_edge)/DX);
645                LastX=DX_edge+DX*NbInterval;
646                NbPoint=NbInterval+1;
647                XIsegment=linspace(LineCoord(isegment,1)+DX_edge*costheta,LineCoord(isegment,1)+LastX*costheta,NbPoint);
648                YIsegment=linspace(LineCoord(isegment,2)+DX_edge*sintheta,LineCoord(isegment,2)+LastX*sintheta,NbPoint);
649                XI=[XI XIsegment];
650                YI=[YI YIsegment];
651                ThetaI=[ThetaI theta(isegment)*ones(1,numel(XIsegment))];
652                dlengthI=[dlengthI DX*ones(1,numel(XIsegment))];
653                DX_edge=DX-(dlength(isegment)-LastX);%edge for the next segment set to keep DX=DX_end+DX_edge between two segments
654            end
655        end
656        Xproj=cumsum(dlengthI);
657    else
658        errormsg='abscissa mesh along line DX needed for interpolation';
659        return
660    end
661end
662
663%% loop on variable cells with the same space dimension 2
664ProjData.ListVarName={};
665ProjData.VarDimName={};
666check_abscissa=0;
667for icell=1:length(CellInfo)
668    % list of variable types to be projected
669    ListProj={'VarIndex_scalar','VarIndex_image','VarIndex_color','VarIndex_vector_x','VarIndex_vector_y'};
670    check_proj=false(size(FieldData.ListVarName));
671    for ilist=1:numel(ListProj)
672        if isfield(CellInfo{icell},ListProj{ilist})
673            check_proj(CellInfo{icell}.(ListProj{ilist}))=1;
674        end
675    end
676    VarIndex=find(check_proj);% indices of the variables to be projected
677   
678    %identify error flag
679    errorflag=0; %default, no error flag
680    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag');% test for error flag
681        FFName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
682        errorflag=FieldData.(FFName);
683    end
684    VarName=FieldData.ListVarName(VarIndex);% cell array of the names of variables to pje
685    ivar_U=[];
686    ivar_V=[];
687    %% check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
688   
689    %         circul=0;
690    %         flux=0;
691    %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
692    switch CellInfo{icell}.CoordType
693        %case of unstructured coordinates
694        case 'scattered'
695            %             XName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
696            %             YName= FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
697            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});
698            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});
699           
700            if isequal(ProjMode,'projection')
701                if width==0
702                    errormsg='range of the projection object is missing';
703                    return
704                end
705                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
706                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
707                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
708                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
709                % select the (non false) input data located in the band of projection
710                flagsel=(errorflag==0) & ((coord_y -yinf(1))*(xinf(2)-xinf(1))>(coord_x-xinf(1))*(yinf(2)-yinf(1))) ...
711                    & ((coord_y -ysup(1))*(xsup(2)-xsup(1))<(coord_x-xsup(1))*(ysup(2)-ysup(1))) ...
712                    & ((coord_y -yinf(2))*(xsup(2)-xinf(2))>(coord_x-xinf(2))*(ysup(2)-yinf(2))) ...
713                    & ((coord_y -yinf(1))*(xsup(1)-xinf(1))<(coord_x-xinf(1))*(ysup(1)-yinf(1)));
714                coord_x=coord_x(flagsel);
715                coord_y=coord_y(flagsel);
716                costheta=cos(theta);
717                sintheta=sin(theta);
718                Xproj=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1))*costheta + (coord_y-ObjectData.Coord(1,2))*sintheta; %projection on the line
719                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);% sort points by increasing absissa along the projection line
720                ProjData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)})=Xproj;
721                for ivar=1:numel(VarIndex)
722                    ProjData.(VarName{ivar})=FieldData.(VarName{ivar})(flagsel);% restrict variables to the projection band
723                    ProjData.(VarName{ivar})=ProjData.(VarName{ivar})(indsort);% sort by absissa
724                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar}];
725                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName FieldData.ListVarName(CellInfo{icell}.CoordIndex(end))];
726                    ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};%reproduce var attribute
727                    if isfield(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar},'Role')
728                        if  strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_x');
729                            ivar_U=nbvar+ivar;
730                        elseif strcmp(ProjData.VarAttribute{nbvar+ivar}.Role,'vector_y');
731                            ivar_V=nbvar+ivar;
732                        end
733                    end
734                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='discrete';% will promote plots of the profiles with continuous lines
735                end
736            elseif isequal(ProjMode,'interp_lin')  %filtering %linear interpolation:
737                if ~check_abscissa
738                    XName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
739                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
740                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
741                    nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
742                    ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
743                    check_abscissa=1; % define abcissa only once
744                end
745                if ~isequal(errorflag,0)
746                    VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
747                    indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
748                    coord_x=coord_x(indsel);
749                    coord_y=coord_y(indsel);
750                    for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
751                        VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
752                        FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
753                    end
754                end
755                [ProjVar,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_x coord_y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
756                ProjData.X=Xproj;
757                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
758                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListFieldProj];
759                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
760                for ivar=1:numel(VarAttribute)
761                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
762                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
763                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
764                            ivar_U=ivar+nbvar;
765                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
766                            ivar_V=ivar+nbvar;
767                        end
768                    end
769                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
770                    ProjData.(ListFieldProj{ivar})=ProjVar{ivar};
771                end
772            end
773        case 'tps'%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
774            if strcmp(ProjMode,'interp_tps')
775                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
776                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
777                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
778                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
779                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
780                end
781                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
782                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'X'}];
783                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
784                ProjData.X=Xproj;
785                nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
786                ProjData.VarAttribute{nbvar}.long_name='abscissa along line';
787                ProjVarName=(fieldnames(DataOut))';
788                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ProjVarName];
789                ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
790                for ivar=1:numel(VarAttribute)
791                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'X'}];
792                    if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
793                        if  strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x');
794                            ivar_U=ivar+nbvar;
795                        elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y');
796                            ivar_V=ivar+nbvar;
797                        end
798                    end
799                    ProjData.VarAttribute{ivar+nbvar}.Role='continuous';% will promote plots of the profiles with continuous lines
800                    ProjData.(ProjVarName{ivar})=DataOut.(ProjVarName{ivar});
801                end
802            end
803            %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
804           
805        case 'grid'   %case of structured coordinates
806            if ~isequal(ObjectData.Type,'line')% exclude polyline
807                errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Type 'for structured coordinates'];
808                return
809            end%
810            test_interp2=0;%default
811            AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)};
812            AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)};
813            AX=FieldData.(AXName);% set of x positions
814            AY=FieldData.(AYName);% set of y positions
815            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
816            npxy=size(FieldData.(AName));
817            if max(NbDim)==3 % 3D case
818               
819            else
820                npx=npxy(2);
821                npy=npxy(1);
822                if numel(AX)==2
823                    DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
824                else
825                    DX_vec=diff(AX);
826                    DX=max(DX_vec);
827                    DX_min=min(DX_vec);
828                    if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
829                        test_interp2=1;
830                        DX=DX_min;
831                    end
832                end
833                if numel(AY)==2
834                    DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
835                else
836                    DY_vec=diff(AY);
837                    DY=max(DY_vec);
838                    DY_min=min(DY_vec);
839                    if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
840                        test_interp2=1;
841                        DY=DY_min;
842                    end
843                end
844                AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
845                AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
846                if isfield(ObjectData,'DX')
847                    DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
848                else
849                    DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
850                end
851                dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
852                dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
853                linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
854                theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line
855                if isfield(FieldData,'RangeX')
856                    XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
857                else
858                    XMin=0;
859                end
860                eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
861                y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
862                eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
863                npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
864                eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
865                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
866                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
867                XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
868                YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
869                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
870                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
871                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
872                ind_in=find(flagin);
873                ind_out=find(~flagin);
874                ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
875                ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
876                nbcolor=1; %color images
877                if numel(npxy)==2
878                    nbcolor=1;
879                elseif length(npxy)==3
880                    nbcolor=npxy(3);
881                else
882                    errormsg='multicomponent field not projected';
883                    display(errormsg)
884                    return
885                end
886                nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
887                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
888                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
889                for ivar=VarIndex
890                    %VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
891                    if test_interp2% interpolate on new grid
892                        FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})=interp2(FieldData.(AXName),FieldData.(AYName),FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}),AXI,AYI);%TO TEST
893                    end
894                    vec_A=reshape(squeeze(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar})),npx*npy,nbcolor); %put the original image in colum
895                    if nbcolor==1
896                        vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
897                        vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
898                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
899                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar}) =sum(A_out,1)/npY;
900                    elseif nbcolor==3
901                        vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
902                        vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
903                        vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
904                        vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
905                        A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
906                        ProjData.(FieldData.ListVarName{ivar})=squeeze(sum(A_out,1)/npY);
907                    end
908                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName FieldData.ListVarName{ivar}];
909                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
910                    ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
911                end
912                if nbcolor==3
913                    ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
914                end
915            end
916    end
917end
918if ~isempty(ivar_U) && ~isempty(ivar_V)
919    vector_x =ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U});
920    ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_U}) =cos(theta)*vector_x+sin(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
921    ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V}) =-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*ProjData.(ProjData.ListVarName{ivar_V});
922end
923end
924
925% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
926% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
927% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
928% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
929% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
930% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
931% %     else
932% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
933% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
934% %     end
935%
936% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
937
938
939%-----------------------------------------------------------------
940%project on a plane
941% AJOUTER flux,circul,error
942function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
943%-----------------------------------------------------------------
944
945%% rotation angles
946PlaneAngle=[0 0];
947norm_plane=[0 0 1];
948%cos_om=1;
949%sin_om=0;
950test90x=0;%=1 for 90 degree rotation alround x axis
951test90y=0;%=1 for 90 degree rotation alround y axis
952% if strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
953%     Delta_x=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
954%     Delta_y=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
955%     Delta_mod=sqrt(Delta_x*Delta_x+Delta_y*Delta_y);
956%     ObjectData.Angle=[0 0 0];
957%     ObjectData.Angle(1)=90*Delta_x/Delta_mod;
958%     ObjectData.0(2)=90*Delta_y/Delta_mod;
959% end   
960if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 2])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0])
961    test90y=0;%isequal(ObjectData.Angle,[0 90 0]);
962    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
963    %     om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
964    %     OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
965    %     cos_om=cos(om);
966    %     sin_om=sin(om);
967    %     coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
968    %     %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
969    %     norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
970    %     norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
971    %     norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
972   
973    M1=[cos(PlaneAngle(1)) sin(PlaneAngle(1)) 0;-sin(PlaneAngle(1)) cos(PlaneAngle(1)) 0;0 0 1];
974    M2=[1 0 0;0 cos(PlaneAngle(2)) sin(PlaneAngle(2));0 -sin(PlaneAngle(2)) cos(PlaneAngle(2))];
975    M=M2*M1;% first rotate in the x,y plane with angle PlaneAngle(1), then slant around the new x axis0 with angle PlaneAngle(2)
976    norm_plane=M*[0 0 1]';
977   
978end
979testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0])||~isequal(ObjectData.Coord(1:2),[0 0 ]) ;% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
980
981%% mesh sizes DX and DY
982DX=[];
983DY=[];%default
984if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
985    DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
986elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
987    DX=FieldData.CoordMesh;
988end
989if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
990    DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
991elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
992    DY=FieldData.CoordMesh;
993end
994if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (isempty(DX)||isempty(DY))
995    errormsg='DX or DY not defined';
996    return
997end
998InterpMesh=min(DX,DY);%mesh used for interpolation in a slanted plane
999% if strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
1000%     InterpMesh=10*InterpMesh;%TODO: temporary, to shorten computation
1001% end
1002
1003%% extrema along each axis
1004testXMin=0;% test if min of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1005testXMax=0;% test if max of X coordinates defined on the projection object, =0 by default
1006testYMin=0;% test if min of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1007testYMax=0;% test if max of Y coordinates defined on the projection object, =0 by default
1008if isfield(ObjectData,'RangeX') % rangeX defined by the projection object
1009    XMin=min(ObjectData.RangeX);
1010    XMax=max(ObjectData.RangeX);
1011    testXMin=XMax>XMin;%=1 if XMin defined (i.e. RangeY has two distinct elements)
1012    testXMax=1;% max of X coordinates defined on the projection object
1013end
1014if isfield(ObjectData,'RangeY') % rangeY defined by the projection object
1015    YMin=min(ObjectData.RangeY);
1016    YMax=max(ObjectData.RangeY);
1017    testYMin=YMax>YMin;%=1 if YMin defined (i.e. RangeY has tow distinct elements)
1018    testYMax=1;% max of Y coordinates defined on the projection object
1019end
1020width=0;%default width of the projection band
1021if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1022    width=max(ObjectData.RangeZ);
1023end
1024
1025%% interpolation range
1026thresh2=[];
1027if isfield(ObjectData,'RangeInterp')
1028    thresh2=ObjectData.RangeInterp*ObjectData.RangeInterp;%square of interpolation range (do not interpolate beyond this range)
1029end
1030
1031%% initiate Matlab  structure for physical field
1032[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1033if ~isempty(errormsg)
1034    return
1035end
1036
1037%% reproduce initial plane position and angle
1038if isfield(FieldData,'PlaneCoord')&&length(FieldData.PlaneCoord)==3&& isfield(ProjData,'ProjObjectCoord')
1039    if length(ProjData.ProjObjectCoord)==3% if the projection plane has a z coordinate
1040        if isfield(ProjData,'.PlaneCoord') && ~isequal(ProjData.PlaneCoord(3),ProjData.ProjObjectCoord) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1041            errormsg='inconsistent z position for field and projection plane';
1042            return
1043        end
1044    else % the z coordinate is set only by the field plane (by calibration)
1045        ProjData.ProjObjectCoord(3)=FieldData.PlaneCoord(3);
1046    end
1047    if isfield(FieldData,'PlaneAngle')
1048        if isfield(ProjData,'ProjObjectAngle')
1049            if ~isequal(FieldData.PlaneAngle,ProjData.ProjObjectAngle) %check the consistency with the z coordinate of the field plane (set by calibration)
1050                errormsg='inconsistent plane angle for field and projection plane';
1051                return
1052            end
1053        else
1054            ProjData.ProjObjectAngle=FieldData.PlaneAngle;
1055        end
1056    end
1057end
1058ProjData.NbDim=2;
1059ProjData.ListVarName={};
1060ProjData.VarDimName={};
1061ProjData.VarAttribute={};
1062if ~isempty(DX) && ~isempty(DY)
1063    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1064elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1065    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1066end
1067%error=0;%default
1068%flux=0;
1069%testfalse=0;
1070%ListIndex={};
1071
1072%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1073[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
1074
1075if ~isempty(errormsg)
1076    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1077    return
1078end
1079check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
1080
1081ProjMode=cell(size(CellInfo));
1082for icell=1:numel(CellInfo)
1083    ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;% projection mode of the plane object
1084end
1085    icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
1086if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')&& ~strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')% TODO:rationalize
1087    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
1088    if ~testYMin
1089        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return
1090    end
1091    if ~testYMax
1092        errormsg='max Y value not defined for the projection grid';return
1093    end
1094    if ~testXMin
1095        errormsg='min X value not defined for the projection grid';return
1096    end
1097    if ~testXMax
1098        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
1099    end
1100else
1101    %% case of a grid requested by the input field
1102    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
1103        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
1104            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
1105                case 'interp_lin'
1106                    ProjMode{icell}='interp_lin';
1107                case 'interp_tps'
1108                    ProjMode{icell}='interp_tps';
1109            end
1110        end
1111        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1112            check_grid(icell)=1;
1113        end
1114        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')&&NbDimArray(icell)>=2
1115            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
1116                icell_grid=icell;
1117                ProjMode{icell}='projection';
1118            end
1119            check_grid(icell)=1;
1120        end
1121    end
1122    if ~isempty(find(check_grid))% if a grid is requested by the input field
1123        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
1124            if ~isfield(FieldData,'XMax')
1125                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
1126            end
1127        end
1128    end
1129end
1130if ~isempty(find(check_grid))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1131    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
1132        AYName='coord_y';
1133        AXName='coord_x';
1134        if strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')||strcmp(ObjectData.Type,'plane_z')
1135            ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1136            ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
1137            coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
1138            coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
1139        else
1140            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
1141            ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
1142            coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
1143            coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
1144        end
1145        [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1146        ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
1147%         XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1148%         YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1149    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
1150        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
1151        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1152        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1153        AYDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%
1154        AXDimName=FieldData.VarDimName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%
1155         ProjData.VarDimName={AYDimName,AXDimName};
1156        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
1157        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
1158    end
1159    ProjData.ListVarName={AYName,AXName};
1160   
1161    ProjData.VarAttribute={[],[]};
1162end
1163   
1164%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1165% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
1166% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1167%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1168% icoord=0;
1169nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1170%nbvar=0;
1171vector_x_proj=[];
1172vector_y_proj=[];
1173for icell=1:length(CellInfo)
1174    NbDim=NbDimArray(icell);
1175    if NbDim<2
1176        continue % only cells represnting 2D or 3D fields are involved
1177    end
1178    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1179    %dimensions
1180    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1181    if ischar(DimCell)
1182        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1183    end
1184    coord_z=0;%default
1185    ListVarName={};% initiate list of projected variables for cell # icell
1186    VarDimName={};% initiate coresponding list of dimensions for cell # icell
1187    VarAttribute={};% initiate coresponding list of var attributes  for cell # icell
1188    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1189    switch CellInfo{icell}.CoordType
1190       
1191        case 'scattered'
1192            %% case of input fields with unstructured coordinates (applies for projMode ='projection' or 'interp_lin')
1193            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1194                continue %skip for next cell (needs tps field cell)
1195            end
1196            coord_x=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end)});% initial x coordinates
1197            coord_y=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)});% initial y coordinates
1198            check3D=(numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==3);
1199            if check3D
1200                coord_z=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1201            end
1202           
1203            % translate  initial coordinates to account for the new origin
1204            coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1205            coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1206            if check3D
1207                coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1208            end
1209           
1210            % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1211            if check3D &&  width > 0
1212                %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1213                fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane
1214                indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1215                for ivar=VarIndex
1216                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1217                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1218                end
1219                coord_x=coord_x(indcut);
1220                coord_y=coord_y(indcut);
1221                coord_z=coord_z(indcut);
1222            end
1223           
1224            %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1225            Psi=PlaneAngle(1);
1226            Theta=PlaneAngle(2);
1227           % Phi=PlaneAngle(3);
1228            if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1229                coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1230                coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1231                coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1232                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1233                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1234            else
1235                coord_X=coord_x;
1236                coord_Y=coord_y;
1237            end
1238           
1239            %restriction to the range of X and Y if imposed by the projection object
1240            testin=ones(size(coord_X)); %default
1241            testbound=0;
1242            if testXMin
1243                testin=testin & (coord_X >= XMin);
1244                testbound=1;
1245            end
1246            if testXMax
1247                testin=testin & (coord_X <= XMax);
1248                testbound=1;
1249            end
1250            if testYMin
1251                testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1252                testbound=1;
1253            end
1254            if testYMin
1255                testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1256                testbound=1;
1257            end
1258            if testbound
1259                indcut=find(testin);
1260                if isempty(indcut)
1261                    errormsg='data outside the bounds of the projection object';
1262                    return
1263                end
1264                for ivar=VarIndex
1265                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1266                    FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indcut);
1267                end
1268                coord_X=coord_X(indcut);
1269                coord_Y=coord_Y(indcut);
1270                if check3D
1271                    coord_Z=coord_Z(indcut);
1272                end
1273            end
1274           
1275            % two cases of projection for scattered coordinates
1276            switch ProjMode{icell}
1277                case 'projection'
1278                    nbvar=0;
1279                    %nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
1280                    for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1281                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1282                        if ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end)
1283                            ProjData.(VarName)=coord_X;
1284                        elseif ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(end-1)  % y coordinate
1285                            ProjData.(VarName)=coord_Y;
1286                        elseif ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1)) % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1287                            ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);
1288                        end
1289                        if ~(check3D && ivar==CellInfo{icell}.CoordIndex(1))
1290                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1291                            VarDimName=[VarDimName DimCell];
1292                            nbvar=nbvar+1;
1293                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1294                                VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1295                            end
1296                        end
1297                    end
1298                case 'interp_lin'%interpolate data on a regular grid
1299                    if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_errorflag')
1300                        VarName_FF=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_errorflag};
1301                        indsel=find(FieldData.(VarName_FF)==0);
1302                        coord_X=coord_X(indsel);
1303                        coord_Y=coord_Y(indsel);
1304                        for ivar=1:numel(CellInfo{icell}.VarIndex)
1305                            VarName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex(ivar)};
1306                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
1307                        end
1308                    end
1309                    % interpolate and calculate field on the grid
1310                   
1311                    [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,CellInfo{icell}.FieldName,XI,YI);
1312                   
1313                    % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1314                    if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1315                        F=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_X,'nearest');
1316                        G=scatteredInterpolant(coord_X, coord_Y,coord_Y,'nearest');
1317                    else
1318                        F=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_X,'nearest');
1319                        G=TriScatteredInterp([coord_X coord_Y],coord_Y,'nearest');
1320                    end
1321                    Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1322                    Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1323                    Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1324                    if ~isempty(thresh2)
1325                        for ivar=1:numel(VarVal)
1326                            VarVal{ivar}(Dist>thresh2)=NaN;% % put to NaN interpolated positions further than 4 meshes from initial data
1327                        end
1328                    end
1329                    if isfield(CellInfo{icell},'CheckSub') && CellInfo{icell}.CheckSub && ~isempty(vector_x_proj)
1330                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_x_proj})-VarVal{1};
1331                        ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})=ProjData.(FieldData.ListVarName{vector_y_proj})-VarVal{2};
1332                        ListVarName={};% no new variable
1333                        VarAttribute={};
1334                    else
1335                        VarDimName=cell(size(ListVarName));
1336                        for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1337                            ListVarName{ilist}=regexprep(ListVarName{ilist},'(.+','');
1338                            if ~isempty(find(strcmp(ListVarName{ilist},ProjData.ListVarName)))
1339                                ListVarName{ilist}=[ListVarName{ilist} '_1'];
1340                            end
1341                            ProjData.(ListVarName{ilist})=VarVal{ilist};
1342                            VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1343                        end
1344                    end
1345                    if isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&& isfield (CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
1346                    vector_x_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x; %preserve for next cell
1347                    vector_y_proj=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y; %preserve for next cell
1348                    end
1349            end
1350           
1351        case 'tps'
1352            %% case of tps data (applies only in interp_tps mode)
1353            if strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
1354                Coord=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex});
1355               
1356               
1357                NbCentres=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.NbCentres_tps});
1358                SubRange=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.SubRange_tps});
1359                checkUV=0;
1360                if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
1361                    FieldVar=cat(3,FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps}),FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps}));
1362                    checkUV=1;
1363                end
1364               
1365                %rotate coordinates if needed: coord_X,coord_Y= = coordinates in the new plane
1366                Psi=PlaneAngle(1);
1367                Theta=PlaneAngle(2);
1368               % Phi=PlaneAngle(3);
1369                if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
1370                    new_XI=XI*cos(Phi) - YI*sin(Phi)+ObjectData.Coord(1);
1371                    YI=XI *sin(Phi) + YI *cos(Phi)+ObjectData.Coord(2);
1372                    XI=new_XI;
1373                    %                 if checkUV
1374                    %                     UValue=cos(Phi)*FieldVar(:,:,1)+ sin(Phi)*FieldVar(:,:,2);
1375                    %                     FieldVar(:,:,2)=-sin(Phi)*FieldVar(:,:,1)+ cos(Phi)*FieldVar(:,:,2);
1376                    %                     FieldVar(:,:,1)=UValue;
1377                    %                 end
1378                end
1379               
1380                % interpolate data using thin plate spline
1381                [DataOut,VarAttribute,errormsg]=calc_field_tps(Coord,NbCentres,SubRange,FieldVar,CellInfo{icell}.FieldName,cat(3,XI,YI));
1382               
1383                % set to NaN interpolation points which are too far from any initial data (more than 2 CoordMesh)
1384                Coord=permute(Coord,[1 3 2]);
1385                Coord=reshape(Coord,size(Coord,1)*size(Coord,2),2);
1386                if exist('scatteredInterpolant','file')%recent Matlab versions
1387                    F=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1388                    G=scatteredInterpolant(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1389                else
1390                    F=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,1),'nearest');
1391                    G=TriScatteredInterp(Coord,Coord(:,2),'nearest');
1392                end
1393                Distx=F(XI,YI)-XI;% diff of x coordinates with the nearest measurement point
1394                Disty=G(XI,YI)-YI;% diff of y coordinates with the nearest measurement point
1395                Dist=Distx.*Distx+Disty.*Disty;
1396                ListVarName=(fieldnames(DataOut))';
1397                VarDimName=cell(size(ListVarName));
1398                for ilist=1:numel(ListVarName)% reshape data, excluding coordinates (ilist=1-2), TODO: rationalise
1399                    VarName=ListVarName{ilist};
1400                    VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
1401                    ProjData.(VarName)=DataOut.(VarName);
1402                    if ~isempty(thresh2)
1403                        ProjData.(VarName)(Dist>thresh2)=NaN;% put to NaN interpolated positions further than RangeInterp from initial data
1404                    end
1405                end
1406            end
1407           
1408        case 'grid'
1409            %% case of input fields defined on a structured  grid
1410            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1411            DimValue=size(FieldData.(VarName));%input matrix dimensions
1412            DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions
1413            NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1414           % nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1415            if NbDim>=3
1416                if NbDim>3
1417                    errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1418                    return
1419                else
1420                    if numel(CellInfo{icell}.CoordIndex)==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1421                        nbcolor=DimValue(3);
1422                        DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1423                        NbDim=2;% space dimension set to 2
1424                    end
1425                end
1426            end
1427            Coord_z=[];
1428            Coord_y=[];
1429            Coord_x=[];
1430           
1431            if testangle
1432                ProjMode{icell}='interp_lin'; %request linear interpolation for projection on a tilted plane
1433            end
1434           
1435            if isequal(ProjMode{icell},'projection')% && (~testangle || test90y || test90x)
1436                if  NbDim==2 && ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax% no range restriction
1437                    ListVarName=[ListVarName FieldData.ListVarName(VarIndex)];
1438                    VarDimName=[VarDimName FieldData.VarDimName(VarIndex)];
1439                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')
1440                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
1441                    end
1442                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1443                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1444                    for ivar=VarIndex
1445                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1446                        ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName);% no change by projection
1447                    end
1448                else
1449                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1450                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1451                    if NbDim==3
1452                        Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});
1453                    end
1454                    if numel(Coord{NbDim-1})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1455                        DY=(Coord{NbDim-1}(2)-Coord{NbDim-1}(1))/(DimValue(1)-1);
1456                    end
1457                    if numel(Coord{NbDim})==2% case of coordinate defined only by the first and last values
1458                        DX=(Coord{NbDim}(2)-Coord{NbDim}(1))/(DimValue(2)-1);
1459                    end
1460                    if testYMax
1461                         YIndexMax=(YMax-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1462                        if testYMin%test_direct(indY)
1463                            YIndexMin=(YMin-Coord{NbDim-1}(1))/DY+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1464                        else
1465                            YIndexMin=1;
1466                        end         
1467                    else
1468                        YIndexMax=numel(Coord{NbDim-1});
1469                        YIndexMin=1;
1470                    end
1471                    if testXMax
1472                         XIndexMax=(XMax-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the max y value for the new field
1473                        if testYMin%test_direct(indY)
1474                            XIndexMin=(XMin-Coord{NbDim}(1))/DX+1;% matrix index corresponding to the min x value for the new field
1475                        else
1476                            XIndexMin=1;
1477                        end         
1478                    else
1479                        XIndexMax=numel(Coord{NbDim});
1480                        XIndexMin=1;
1481                    end
1482                    YIndexRange(1)=ceil(min(YIndexMin,YIndexMax));%first y index to select from the previous field
1483                    YIndexRange(1)=max(YIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1484                    YIndexRange(2)=floor(max(YIndexMin,YIndexMax));%last y index to select from the previous field
1485                    YIndexRange(2)=min(YIndexRange(2),DimValue(NbDim-1));% limit to the last available index
1486                    XIndexRange(1)=ceil(min(XIndexMin,XIndexMax));%first x index to select from the previous field
1487                    XIndexRange(1)=max(XIndexRange(1),1);% avoid bound lower than the first index
1488                    XIndexRange(2)=floor(max(XIndexMin,XIndexMax));%last x index to select from the previous field
1489                    XIndexRange(2)=min(XIndexRange(2),DimValue(NbDim));% limit to the last available index
1490                    if test90y
1491                        ind_new=[3 2 1];
1492                        DimCell={AYProjName,AXProjName};
1493                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,1)-Coord{3}(1))/DX)+1;
1494                        for ivar=VarIndex
1495                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1496                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1497                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1498                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1499                            ProjData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),ind_new);% permute x and z indices for 90 degree rotation
1500                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1501                        end
1502                        ProjData.(AYName)=[Ybound(1) Ybound(2)]; %record the new (projected ) y coordinates
1503                        ProjData.(AXName)=[Coord{1}(end),Coord{1}(1)]; %record the new (projected ) x coordinates
1504                    else
1505                        if NbDim==3
1506                            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(numel(Coord{1})-1);
1507                            DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1508                            DimValue(1)=[];
1509                            test_direct=1;%TOdo; GENERALIZE, SEE CASE OF points
1510                            if test_direct(1)
1511                                iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1512                            else
1513                                iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1514                            end
1515                        end
1516                        for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1517                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1518                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1519                            VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1520                            if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1521                                VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1522                            end
1523                            if NbDim==3
1524                                ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end)));
1525                            else
1526                                ProjData.(VarName)=FieldData.(VarName)(YIndexRange(1):YIndexRange(end),XIndexRange(1):XIndexRange(end),:);
1527                            end
1528                        end
1529                        if testXMax
1530                         ProjData.(AXName)=Coord{NbDim}(1)+DX*(XIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1531                        else
1532                          ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
1533                        end
1534                        if testYMax
1535                            ProjData.(AYName)=Coord{NbDim-1}(1)+DY*(YIndexRange-1); %record the new (projected ) x coordinates
1536                        else
1537                          ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
1538                        end                           
1539                    end
1540                end
1541            else       % case with interpolation on a grid
1542                if NbDim==2 %2D case
1543                    if isequal(ProjMode{icell},'interp_tps')
1544                        npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
1545                        npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
1546                        Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
1547                        test_interp_tps=1;
1548                    else
1549                        test_interp_tps=0;
1550                    end
1551                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});
1552                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});
1553                    if ~(testXMin && testYMin)% % if the range of the projected coordinates is not fully defined by the projection object, find the extrema of the projected field
1554                        xcorner=[min(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) max(Coord{NbDim}) min(Coord{NbDim})]-ObjectData.Coord(1,1);% corner absissa of the original grid with respect to the new origin
1555                        ycorner=[min(Coord{NbDim-1}) min(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1}) max(Coord{NbDim-1})]-ObjectData.Coord(1,2);% corner ordinates of the original grid
1556                        xcor_new=xcorner*cos(PlaneAngle(3))+ycorner*sin(PlaneAngle(3));%coordinates of the corners in new frame
1557                        ycor_new=-xcorner*sin(PlaneAngle(3))+ycorner*cos(PlaneAngle(3));
1558                        if ~testXMin
1559                            XMin=min(xcor_new);
1560                        end
1561                        if ~testXMax
1562                            XMax=max(xcor_new);
1563                        end
1564                        if ~testYMin
1565                            YMin=min(ycor_new);
1566                        end
1567                        if ~testYMax
1568                            YMax=max(ycor_new);
1569                        end
1570                    end
1571                    coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1572                    coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1573                    ProjData.(AYName)=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)]; %record the new (projected ) y coordinates
1574                    ProjData.(AXName)=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)]; %record the new (projected ) x coordinates
1575                    [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1576                    XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
1577                    YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
1578                    if numel(Coord{1})==2% x coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1579                        Coord{1}=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(1));
1580                    end
1581                    if numel(Coord{2})==2% y coordiante defiend by its bounds, get the whole set
1582                        Coord{2}=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),CellInfo{icell}.CoordSize(2));
1583                    end
1584                    [X,Y]=meshgrid(Coord{2},Coord{1});%initial coordinates
1585                    %name of error flag variable
1586                    FFName='FF';%default name (if not already used)
1587                    if isfield(ProjData,'FF')
1588                        ind=1;
1589                        while isfield(ProjData,['FF_' num2str(ind)])
1590                            ind=ind+1;
1591                        end
1592                        FFName=['FF_' num2str(ind)];% append an index to the name of error flag, FF_1,FF_2...
1593                    end
1594                    % project all variables in the cell
1595                    for ivar=VarIndex
1596                        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1597                        if size(FieldData.(VarName),3)==1
1598                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,'*linear');%interpolation fct
1599                        else
1600                            ProjData.(VarName)=interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,1)),XI,YI,'*linear');
1601                            for icolor=2:size(FieldData.(VarName),3)% project 'color' components
1602                                ProjData.(VarName)=cat(3,ProjData.(VarName),interp2(X,Y,double(FieldData.(VarName)(:,:,icolor)),XI,YI,'*linear'));
1603                            end
1604                        end
1605                        if isa(FieldData.(VarName),'uint8')
1606                            ProjData.(VarName)=uint8(ProjData.(VarName));%put result to integer 8 bits if the initial field is integer (image)
1607                        elseif isa(FieldData.(VarName),'uint16')
1608                            ProjData.(VarName)=uint16(ProjData.(VarName));%put result to integer 16 bits if the initial field is integer (image)
1609                        end
1610                        ListVarName=[ListVarName VarName];
1611                        DimCell(1:2)={AYName,AXName};
1612                        VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1613                        if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1614                            VarAttribute{length(ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1615                        end;
1616                        ProjData.(FFName)=isnan(ProjData.(VarName));%detact NaN (points outside the interpolation range)
1617                        ProjData.(VarName)(ProjData.(FFName))=0; %set to 0 the NaN data
1618                    end
1619                    %update list of variables with error flag
1620                    ListVarName=[ListVarName FFName];
1621                    VarDimName=[VarDimName {DimCell}];
1622                    VarAttribute{numel(ListVarName)}.Role='errorflag';
1623                elseif ~testangle
1624                    % unstructured z coordinate
1625                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1626                    iz_sup=find(test_sup);
1627                    iz=iz_sup(1);
1628                    if iz>=1 & iz<=npz
1629                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1630                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1631                        for ivar=VarIndex
1632                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1633                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1634                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1635                            ProjData.(VarName)=squeeze(FieldData.(VarName)(iz,:,:));% select the z index iz
1636                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1637                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1638                                ProjData.(VarName)=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.(VarName),Coord_x,Coord_y);
1639                            end
1640                        end
1641                    end
1642                else   %projection of structured coordinates on oblique plane
1643                    % determine the boundaries of the projected field,
1644                    % first find the 8 summits of the initial volume in the
1645                    PlaneAngle=ObjectData.Angle*pi/180;
1646                    % new coordinates
1647                    Coord{1}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(1)});%initial z coordinates
1648                    Coord{2}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(2)});%initial y coordinates
1649                    Coord{3}=FieldData.(FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(3)});%initial x coordinates
1650                    summit=zeros(3,8);% initialize summit coordinates
1651                    summit(1,1:4)=[Coord{3}(1) Coord{3}(end) Coord{3}(1) Coord{3}(end)];%square
1652                    summit(2,1:4)=[Coord{2}(1) Coord{2}(1) Coord{2}(end) Coord{2}(end)];% square at z= Coord{1}(1)
1653                    summit(1:2,5:8)=summit(1:2,1:4);
1654                    summit(3,:)=[Coord{1}(1)*ones(1,4) Coord{1}(end)*ones(1,4)];
1655                    %Mrot_inv=rodrigues(-PlaneAngle);
1656                    newsummit=zeros(3,8);% initialize the rotated summit coordinates
1657                    ObjectData.Coord=ObjectData.Coord';% set ObjectData.Coord as a vertical vector
1658                    if size(ObjectData.Coord,1)<3
1659                    ObjectData.Coord=[ObjectData.Coord; 0];%add z origin at z=0 by default
1660                    end
1661               
1662                    M1=[cos(PlaneAngle(1)) sin(PlaneAngle(1)) 0;-sin(PlaneAngle(1)) cos(PlaneAngle(1)) 0;0 0 1];
1663                    M2=[1 0 0;0 cos(PlaneAngle(2)) sin(PlaneAngle(2));0 -sin(PlaneAngle(2)) cos(PlaneAngle(2))];
1664                    M=M2*M1;
1665                    M_inv=inv(M);
1666                   
1667                    for isummit=1:8% TODO: introduce a function for rotation of n points (to use also for scattered data)
1668                        newsummit(:,isummit)=M*(summit(:,isummit)-(ObjectData.Coord));
1669                    end
1670                    coord_x_proj=min(newsummit(1,:)):InterpMesh: max(newsummit(1,:));% set of coordinqtes in the projection plane
1671                    coord_y_proj=min(newsummit(2,:)):InterpMesh: max(newsummit(2,:));
1672                    coord_z_proj=-width:width;
1673                    %Mrot=rodrigues(PlaneAngle);% inverse rotation matrix
1674                    Origin=M_inv*[coord_x_proj(1);coord_y_proj(1);coord_z_proj(1)]+ObjectData.Coord;
1675                    npx=numel(coord_x_proj);
1676                    npy=numel(coord_y_proj);
1677                    npz=numel(coord_z_proj);
1678                   
1679                    %modangle=sqrt(PlaneAngle(1)*PlaneAngle(1)+PlaneAngle(2)*PlaneAngle(2));
1680%                     cosphi=PlaneAngle(1)/modangle;
1681%                     sinphi=PlaneAngle(2)/modangle;
1682                    iX=[coord_x_proj(end)-coord_x_proj(1);0;0]/(npx-1);
1683                    iY=[0;coord_y_proj(end)-coord_y_proj(1);0]/(npy-1);
1684                    iZ=[0;0;coord_z_proj(end)-coord_z_proj(1)]/(npz-1);
1685%                     iX(1:2)=[cosphi -sinphi;sinphi cosphi]*iX(1:2);
1686%                     iY(1:2)=[-cosphi -sinphi;sinphi cosphi]*iY(1:2);
1687                   
1688                    ix=M_inv*iX;%  vector along the new x coordinates transformed into old coordinates
1689                    iy=M_inv*iY;% vector along y coordinates
1690                    iz=M_inv*iZ;% vector along z coordinates
1691
1692                    [Grid_x,Grid_y,Grid_z]=meshgrid(0:npx-1,0:npy-1,0:npz-1);
1693                    if ismatrix(Grid_x)% add a singleton in case of a single z value
1694                        Grid_x=shiftdim(Grid_x,-1);
1695                        Grid_y=shiftdim(Grid_y,-1);
1696                        Grid_z=shiftdim(Grid_z,-1);
1697                    end
1698                    XI=Origin(1)+ix(1)*Grid_x+iy(1)*Grid_y+iz(1)*Grid_z;
1699                    YI=Origin(2)+ix(2)*Grid_x+iy(2)*Grid_y+iz(2)*Grid_z;
1700                    ZI=Origin(3)+ix(3)*Grid_x+iy(3)*Grid_y+iz(3)*Grid_z;
1701                   [X,Y,Z]=meshgrid(Coord{3},Coord{2},Coord{1});% mesh in the initial coordinates
1702                    for ivar=VarIndex
1703                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1704                            ListVarName=[ListVarName VarName];
1705                            VarDimName=[VarDimName {{'coord_y','coord_x'}}];
1706                            VarAttribute{length(ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1707                            FieldData.(VarName)=permute(FieldData.(VarName),[2 3 1]);
1708                            ProjData.coord_x=coord_x_proj;
1709                            ProjData.coord_y=coord_y_proj;
1710                            ProjData.(VarName)=interp3(X,Y,Z,double(FieldData.(VarName)),XI,YI,ZI,'*linear');
1711                            ProjData.(VarName)=nanmean(ProjData.(VarName),3);
1712                            ProjData.(VarName)=squeeze(ProjData.(VarName));
1713                    end
1714                end
1715            end
1716    end
1717    % update the global list of projected variables:
1718    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName ListVarName];
1719    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName VarDimName];
1720    ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute VarAttribute];
1721   
1722    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1723    if testangle
1724        ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
1725        for ivar=1:numel(VarAttribute)
1726            if isfield(VarAttribute{ivar},'Role')
1727                if strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_x')
1728                    ivar_U=ivar;
1729                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_y')
1730                    ivar_V=ivar;
1731                elseif strcmp(VarAttribute{ivar}.Role,'vector_z')
1732                    ivar_W=ivar;
1733                end
1734            end
1735        end
1736        if ~isempty(ivar_U)
1737            if isempty(ivar_V)
1738                msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1739                return
1740            else
1741                UName=ListVarName{ivar_U};
1742                VName=ListVarName{ivar_V};
1743                UValue=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName);
1744                ProjData.(VName)=(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.(UName)+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.(VName));
1745                ProjData.(UName)=UValue;
1746                if ~isempty(ivar_W)
1747                    WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1748                    VValue=ProjData.(VName)+ ProjData.(WName)*sin(Theta);%
1749                    ProjData.(WName)=NormVec_X*ProjData.(UName)+ NormVec_Y*ProjData.(VName)+ NormVec_Z* ProjData.(WName);
1750                    ProjData.(VName)=VValue;
1751                end
1752            end
1753        end
1754    end
1755end
1756% %prepare substraction in case of two input fields
1757% SubData.ListVarName={};
1758% SubData.VarDimName={};
1759% SubData.VarAttribute={};
1760% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
1761% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
1762%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
1763%         VarName=ProjData.ListVarName{iproj};
1764%         SubData.ListVarName=[SubData.ListVarName {VarName}];
1765%         SubData.VarDimName=[SubData.VarDimName ProjData.VarDimName{iproj}];
1766%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
1767%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
1768%         check_remove(iproj)=1;
1769%     end
1770% end
1771% if ~isempty(find(check_remove))
1772%     ind_remove=find(check_remove);
1773%     ProjData.ListVarName(ind_remove)=[];
1774%     ProjData.VarDimName(ind_remove)=[];
1775%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
1776%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
1777% end
1778
1779%-----------------------------------------------------------------
1780%projection in a volume
1781function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1782
1783%-----------------------------------------------------------------
1784ProjData=FieldData;%default output
1785
1786%% axis origin
1787if isempty(ObjectData.Coord)
1788    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1789    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1790    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1791end
1792
1793%% rotation angles
1794VolumeAngle=[0 0 0];
1795norm_plane=[0 0 1];
1796if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1797    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1798    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1799    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1800    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1801    cos_om=cos(pi*om/180);
1802    sin_om=sin(pi*om/180);
1803    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1804    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1805    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1806    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1807    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1808end
1809testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1810
1811%% mesh sizes DX, DY, DZ
1812DX=0;
1813DY=0; %default
1814DZ=0;
1815if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1816     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1817end
1818if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1819     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1820end
1821if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1822     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1823end
1824if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1825        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1826        return
1827end
1828
1829%% extrema along each axis
1830testXMin=0;
1831testXMax=0;
1832testYMin=0;
1833testYMax=0;
1834if isfield(ObjectData,'RangeX')
1835        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1836        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1837        testXMin=XMax>XMin;
1838        testXMax=1;
1839end
1840if isfield(ObjectData,'RangeY')
1841        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1842        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1843        testYMin=YMax>YMin;
1844        testYMax=1;
1845end
1846width=0;%default width of the projection band
1847if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1848        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1849        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1850        testZMin=ZMax>ZMin;
1851        testZMax=1;
1852end
1853
1854%% initiate Matlab  structure for physical field
1855[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1856if ~isempty(errormsg)
1857    return
1858end
1859
1860ProjData.NbDim=3;
1861ProjData.ListVarName={};
1862ProjData.VarDimName={};
1863if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1864    ProjData.CoordMesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1865elseif isfield(FieldData,'CoordMesh')
1866    ProjData.CoordMesh=FieldData.CoordMesh;
1867end
1868
1869error=0;%default
1870flux=0;
1871testfalse=0;
1872ListIndex={};
1873
1874%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1875%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1876%-----------------------------------------------------------------
1877idimvar=0;
1878% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1879% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1880ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1881icoord=0;
1882nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1883nbvar=0;
1884for icell=1:length(CellVarIndex)
1885    NbDim=NbDimVec(icell);
1886    if NbDim<3
1887        continue
1888    end
1889    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1890    VarType=VarTypeCell{icell};
1891    ivar_X=VarType.coord_x;
1892    ivar_Y=VarType.coord_y;
1893    ivar_Z=VarType.coord_z;
1894    ivar_U=VarType.vector_x;
1895    ivar_V=VarType.vector_y;
1896    ivar_W=VarType.vector_z;
1897    ivar_C=VarType.scalar ;
1898    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1899    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1900    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1901    ivar_F=VarType.warnflag;
1902    ivar_FF=VarType.errorflag;
1903    check_unstructured_coord=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1904    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1905    if ischar(DimCell)
1906        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1907    end
1908
1909%% case of input fields with unstructured coordinates
1910    if check_unstructured_coord
1911        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1912        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1913        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1914        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1915        if length(ivar_Z)==1
1916            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1917            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1918        end
1919
1920        % translate  initial coordinates
1921        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1922        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1923        if ~isempty(ivar_Z)
1924            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1925        end
1926       
1927        % selection of the vectors in the projection range
1928%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1929%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1930%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1931%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1932%             for ivar=VarIndex
1933%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1934%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1935%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1936%             end
1937%             coord_x=coord_x(indcut);
1938%             coord_y=coord_y(indcut);
1939%             coord_z=coord_z(indcut);
1940%         end
1941
1942       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1943       if testangle
1944           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1945           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1946           if ~isempty(ivar_Z)
1947               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1948           end
1949           
1950           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1951           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1952           
1953       else
1954           coord_X=coord_x;
1955           coord_Y=coord_y;
1956           coord_Z=coord_z;
1957       end
1958        %restriction to the range of x and y if imposed
1959        testin=ones(size(coord_X)); %default
1960        testbound=0;
1961        if testXMin
1962            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1963            testbound=1;
1964        end
1965        if testXMax
1966            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1967            testbound=1;
1968        end
1969        if testYMin
1970            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1971            testbound=1;
1972        end
1973        if testYMax
1974            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1975            testbound=1;
1976        end
1977        if testbound
1978            indcut=find(testin);
1979            for ivar=VarIndex
1980                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1981                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1982            end
1983            coord_X=coord_X(indcut);
1984            coord_Y=coord_Y(indcut);
1985            if length(ivar_Z)==1
1986                coord_Z=coord_Z(indcut);
1987            end
1988        end
1989        % different cases of projection
1990        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1991            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1992                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1993                if ivar==ivar_X %x coordinate
1994                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1995                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1996                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1997                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1998                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1999                end
2000                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
2001                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2002                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
2003                    nbvar=nbvar+1;
2004                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2005                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2006                    end
2007                end
2008            end 
2009        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_lin')||isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')%interpolate data on a regular grid
2010            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
2011            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
2012            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
2013            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2014            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
2015            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
2016            nbcoord=2; 
2017            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
2018            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
2019            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
2020            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
2021            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
2022            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
2023            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
2024            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
2025            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
2026            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
2027            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
2028            if ~isequal(ivar_FF,0)
2029                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
2030                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
2031                coord_X=coord_X(indsel);
2032                coord_Y=coord_Y(indsel);
2033            end
2034            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
2035            testFF=0;
2036            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
2037            for ivar=VarIndex
2038                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2039                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
2040                    ivar_new=ivar_new+1;
2041                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
2042                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2043                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
2044                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2045                    end
2046                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
2047                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
2048                    end
2049                    % linear interpolation
2050                    InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.(VarName)));
2051                    ProjData.(VarName)=InterpFct(X,Y,Z);
2052%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
2053%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
2054%                     indnan=find(FFlag);
2055%                     if ~isempty(indnan)
2056%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
2057%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
2058%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
2059%                         testFF=1;
2060%                     end
2061                    if ivar==ivar_U
2062                        ivar_U=ivar_new;
2063                    end
2064                    if ivar==ivar_V
2065                        ivar_V=ivar_new;
2066                    end
2067                    if ivar==ivar_W
2068                        ivar_W=ivar_new;
2069                    end
2070                end
2071            end
2072            if testFF
2073                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
2074                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
2075               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2076                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
2077            end
2078        end
2079       
2080%% case of input fields defined on a structured  grid
2081    else
2082        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
2083        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
2084        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
2085        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
2086        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
2087        if NbDim>=3
2088            if NbDim>3
2089                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
2090                return
2091            else
2092                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
2093                    nbcolor=DimValue(3);
2094                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
2095                    NbDim=2;% space dimension set to 2
2096                end
2097            end
2098        end
2099        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
2100        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
2101        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
2102        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
2103        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
2104        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
2105        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
2106
2107%         for idim=1:length(ListDimName)
2108%             DimName=ListDimName{idim};
2109%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
2110%                nbcolor=DimValue(idim);
2111%                DimValue(idim)=[];
2112%             end
2113%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
2114%                 DimValue(idim)=[];
2115%             end
2116%         end 
2117        Coord_z=[];
2118        Coord_y=[];
2119        Coord_x=[];   
2120
2121        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
2122            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
2123            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
2124            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
2125                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
2126                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
2127                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
2128                else
2129                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
2130                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
2131                    DCoord_max=max(DCoord);
2132                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
2133                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
2134                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
2135                                return
2136                    end               
2137                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
2138                end
2139                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
2140            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
2141                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
2142                DCoord_min(idim)=1;%default
2143                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
2144                test_direct(idim)=1;
2145            end
2146        end
2147        if DY==0
2148            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
2149        end
2150        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
2151        if DX==0
2152            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
2153        end
2154        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
2155        for idim=1:NbDim
2156            if test_interp(idim)
2157                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
2158            end
2159        end       
2160        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
2161        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
2162        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
2163        test_direct_x=test_direct(NbDim);
2164        DAX=DCoord_min(NbDim);
2165        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
2166        minAX=min(Coord_x);
2167        maxAX=max(Coord_x);
2168        minAY=min(Coord_y);
2169        maxAY=max(Coord_y);
2170        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
2171        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
2172        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
2173        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
2174        if ~testXMax
2175            XMax=max(xcor_new);
2176        end
2177        if ~testXMin
2178            XMin=min(xcor_new);
2179        end
2180        if ~testYMax
2181            YMax=max(ycor_new);
2182        end
2183        if ~testYMin
2184            YMin=min(ycor_new);
2185        end
2186        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
2187        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
2188        if DX==0
2189            DX=DXinit;
2190        end
2191        if DY==0
2192            DY=DYinit;
2193        end
2194        if NbDim==3
2195            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
2196            if ~test_direct(1)
2197                DZ=-DZ;
2198            end
2199            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
2200            test_direct_z=test_direct(1);
2201        end
2202        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
2203        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
2204        if test_direct_y
2205            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2206        else
2207            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
2208        end
2209        if test_direct_x
2210            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2211        else
2212            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
2213        end
2214       
2215        % case with no rotation and interpolation
2216        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
2217            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
2218                ProjData=FieldData;
2219            else
2220                indY=NbDim-1;
2221                if test_direct(indY)
2222                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2223                    YIndexFirst=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2224                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2225                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(YIndexFirst-1);
2226                else
2227                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2228                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2229                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2230                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2231                end   
2232                if test_direct(NbDim)==1
2233                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2234                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2235                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2236                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2237                else
2238                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2239                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2240                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2241                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2242                end
2243                if NbDim==3
2244                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2245                    DimValue(1)=[];
2246                                        %structured coordinates
2247                    if test_direct(1)
2248                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2249                    else
2250                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2251                    end
2252                end
2253                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2254                min_indx=max(min_indx,1);
2255                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2256                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2257                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2258                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2259                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2260                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2261                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2262                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2263                    end
2264                    if NbDim==3
2265                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2266                    else
2267                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2268                    end
2269                end 
2270                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2271                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2272            end
2273        elseif isfield(FieldData,'A') %TO GENERALISE       % case with rotation and/or interpolation
2274            if NbDim==2 %2D case
2275                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2276                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2277                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2278                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2279                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2280                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2281                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2282                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2283                if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp_tps')
2284                    npx_interp_tps=ceil(abs(DX/DAX));
2285                    npy_interp_tps=ceil(abs(DY/DAY));
2286                    Minterp_tps=ones(npy_interp_tps,npx_interp_tps)/(npx_interp_tps*npy_interp_tps);
2287                    test_interp_tps=1;
2288                else
2289                    test_interp_tps=0;
2290                end
2291                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2292                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2293                for ivar=VarIndex
2294                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2295                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2296                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2297                    end
2298                    %filter the field (image) if option 'interp_tps' is used
2299                    if test_interp_tps 
2300                         Aclass=class(FieldData.A);
2301                         ProjData.(VarName)=interp_tps2(Minterp_tps,FieldData.(VarName),'valid');
2302                         if ~isequal(Aclass,'double')
2303                             ProjData.(VarName)=Aclass(FieldData.(VarName));%revert to integer values
2304                         end
2305                    end
2306                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2307                    %ind_in=find(flagin);
2308                    ind_out=find(~flagin);
2309                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2310                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2311                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2312                    for icolor=1:nbcolor
2313                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2314                    end
2315                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2316                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2317                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2318                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2319                    end     
2320                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2321                end
2322                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga ant???rieur 
2323                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2324                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2325                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2326            else %3D case
2327                if ~testangle     
2328                    % unstructured z coordinate
2329                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2330                    iz_sup=find(test_sup);
2331                    iz=iz_sup(1);
2332                    if iz>=1 & iz<=npz
2333                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2334                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2335                        for ivar=VarIndex
2336                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2337                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2338                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2339                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2340                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2341                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2342                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2343                            end
2344                        end
2345                    end
2346                else
2347                    RotMatrix=rodrigues(om);
2348                   
2349                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2350                    %TODO: use interp3
2351                    return
2352                end
2353            end
2354        end
2355    end
2356
2357    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2358    if testangle
2359        if isempty(ivar_V)
2360            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2361            return
2362        end
2363        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2364        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2365        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2366        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2367        if ~isempty(ivar_W)
2368            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2369            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2370            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2371        end
2372        if ~isequal(Psi,0)
2373            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2374            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2375        end
2376    end
2377end
2378
2379%------------------------------------------------------------------------
2380%--- transfer the global attributes
2381function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2382%------------------------------------------------------------------------
2383ProjData=[];%default
2384errormsg='';%default
2385
2386%% transfer error
2387if isfield(FieldData,'Txt')
2388    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2389    return;
2390end
2391
2392%% transfer global attributes
2393if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2394    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2395else
2396    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2397end
2398for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2399    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2400    if isfield(FieldData,AttrName)
2401        ProjData.(AttrName)=FieldData.(AttrName);
2402    end
2403end
2404
2405%% transfer coordinate unit
2406if isfield(ProjData,'CoordUnit')
2407    ProjData=rmfield(ProjData,'CoordUnit');% do not transfer by default (to avoid x/y=1 for profiles)
2408end
2409if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2410    if isfield(ObjectData,'CoordUnit') && ~strcmp(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2411        errormsg=[ObjectData.Type ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2412        return
2413    elseif strcmp(ObjectData.Type,'plane')|| strcmp(ObjectData.Type,'volume')
2414         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2415    end
2416end
2417
2418%% store the properties of the projection object
2419ListObject={'Name','Type','ProjMode','angle','RangeX','RangeY','RangeZ','DX','DY','DZ','Coord'};
2420for ilist=1:length(ListObject)
2421    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2422        val=ObjectData.(ListObject{ilist});
2423        if ~isempty(val)
2424            ProjData.(['ProjObject' ListObject{ilist}])=val;
2425            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['ProjObject' ListObject{ilist}]}];
2426        end
2427    end   
2428end
2429
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.