source: trunk/src/read_field.m

Last change on this file was 1127, checked in by g7moreau, 4 months ago

Update Joel email
File size: 14.0 KB
Line 
1%'read_field': read the fields from files in different formats (netcdf files, images, video)
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [Field,ParamOut,errormsg] = read_field(FileName,FileType,ParamIn,num)
4%
5% OUTPUT:
6% Field: matlab structure representing the field
7% ParamOut: structure representing parameters:
8%        .FieldName; field name
9%        .VelType
10%        .CivStage: stage of civx processing (=0, not Civx, =1 (civ1), =2  (fix1)....
11%        .Npx,.Npy: for images, nbre of pixels in x and y
12% errormsg: error message, ='' by default
13%
14%INPUT
15% FileName: name of the input file
16% FileType: type of file, as determined by the function get_file_info.m
17% ParamIn: movie object or Matlab structure of input parameters
18%     .FieldName: name (char string) of the input field (for Civx data)
19%     .VelType: char string giving the type of velocity data ('civ1', 'filter1', 'civ2'...)
20%     .ColorVar: variable used for vector color
21%     .Npx, .Npy: nbre of pixels along x and y (used for .vol input files)
22%     .TimeDimName: name of the dimension considered as 'time', selected index value then set by input 'num'
23% num: frame number for movies
24%
25% see also read_image.m,read_civxdata.m,read_civdata.m,
26
27%=======================================================================
28% Copyright 2008-2024, LEGI UMR 5519 / CNRS UGA G-INP, Grenoble, France
29%   http://www.legi.grenoble-inp.fr
30%   Joel.Sommeria - Joel.Sommeria (A) univ-grenoble-alpes.fr
31%
32%     This file is part of the toolbox UVMAT.
33%
34%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
35%     it under the terms of the GNU General Public License as published
36%     by the Free Software Foundation; either version 2 of the license,
37%     or (at your option) any later version.
38%
39%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
40%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
41%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
42%     GNU General Public License (see LICENSE.txt) for more details.
43%=======================================================================
44
45function [Field,ParamOut,errormsg] = read_field(FileName,FileType,ParamIn,num)
46%% default output and check input
47Field=[];
48if ~exist('num','var')
49    num=1;
50end
51if isempty(num)
52    num=1;
53end
54if ~exist('ParamIn','var')
55    ParamIn=[];
56end
57ParamOut=ParamIn;%default
58errormsg='';
59if isempty(regexp(FileName,'^http://'))&& ~exist(FileName,'file')
60    errormsg=['input file ' FileName ' does not exist'];
61    return
62end
63A=[];
64InputField={};
65check_colorvar=0;
66if isstruct(ParamIn)
67    if isfield(ParamIn,'FieldName')
68        if ischar(ParamIn.FieldName)
69            InputField={ParamIn.FieldName};
70        else
71            InputField= ParamIn.FieldName;
72        end
73    end
74    check_colorvar=zeros(size(InputField));
75    if isfield(ParamIn,'ColorVar')&&~isempty(ParamIn.ColorVar)
76        InputField=[ParamIn.FieldName {ParamIn.ColorVar}];
77        check_colorvar(numel(InputField))=1;
78    end
79end
80
81%% distingush different input file types
82switch FileType
83    case 'civdata'% new format for civ results
84        [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
85        if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civdata / ' errormsg];return,end
86        ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
87    case 'pivdata_fluidimage'
88        [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_pivdata_fluidimage(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
89        ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
90    case 'civx'% old (obsolete) format for civ results
91        ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
92        [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
93        if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata / ' errormsg];return,end
94        ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
95    case {'netcdf','mat'}% general netcdf file (not recognized as civ)
96        ListVarName={};
97        Role={};
98        ProjModeRequest={};
99        % scan the list InputField
100        Operator=cell(1,numel(InputField));
101        InputVar=cell(1,numel(InputField));
102        for ilist=1:numel(InputField)
103            % look for input variables to read
104            r=regexp(InputField{ilist},'(?<Operator>(^vec|^norm))\((?<UName>.+),(?<VName>.+)\)$','names');
105            if isempty(r)%  no operator used
106                ListVarName=[ListVarName InputField(ilist)];%append the variable name
107                if check_colorvar(ilist)% case of field used for vector color
108                    Role{numel(ListVarName)}='ancillary';% not projected with interpolation
109                    ProjModeRequest{numel(ListVarName)}='';
110                else
111                    Role{numel(ListVarName)}='scalar';
112                    ProjModeRequest{numel(ListVarName)}='interp_lin';%scalar field (requires interpolation for plot)
113                end
114                Operator{numel(ListVarName)}='';
115            else  % an operator 'vec' or 'norm' is used
116                ListVarName=[ListVarName {r.UName}]; % append the variable in the list if not previously listed
117                if  strcmp(r.Operator,'norm')
118                    if check_colorvar(ilist)
119                    Role=[Role {'ancillary'}];
120                    else
121                       Role=[Role {'scalar'}];
122                    end
123                else
124                     Role=[Role {'vector_x'}];
125                end
126                ListVarName=[ListVarName {r.VName}];% append the variable in the list if not previously listed
127                Role=[Role {'vector_y'}];
128                Operator{numel(ListVarName)-1}=r.Operator;
129                Operator{numel(ListVarName)}='';           
130                if ~check_colorvar(ilist) && strcmp(r.Operator,'norm')
131                    ProjModeRequest{numel(ListVarName)}='interp_lin';%scalar field (requires interpolation for plot)
132                    ProjModeRequest{numel(ListVarName)-1}='interp_lin';%scalar field (requires interpolation for plot)
133                else
134                    ProjModeRequest{numel(ListVarName)}='';
135                    ProjModeRequest{numel(ListVarName)-1}='';
136                end
137            end
138        end
139        if ~isfield(ParamIn,'Coord_z')
140            ParamIn.Coord_z=[];
141        end
142        NbCoord=~isempty(ParamIn.Coord_x)+~isempty(ParamIn.Coord_y)+~isempty(ParamIn.Coord_z);
143        if isfield(ParamIn,'TimeDimName')% case of reading of a single time index in a multidimensional array
144            [Field,var_detect,ichoice,errormsg]=nc2struct(FileName,'TimeDimName',ParamIn.TimeDimName,num,[ParamIn.Coord_x ParamIn.Coord_y ParamIn.Coord_z ListVarName]);
145        elseif isfield(ParamIn,'TimeVarName')% case of reading of a single time  in a multidimensional array
146            [Field,var_detect,ichoice,errormsg]=nc2struct(FileName,'TimeVarName',ParamIn.TimeVarName,num,[ParamIn.Coord_x ParamIn.Coord_y ParamIn.Coord_z ListVarName]);
147            if numel(num)~=1
148                NbCoord=NbCoord+1;% adds time coordinate, except if a single time has been selected
149            end
150        else
151            [Field,var_detect,ichoice,errormsg]=nc2struct(FileName,[ParamIn.Coord_x ParamIn.Coord_y ParamIn.Coord_z ListVarName]);
152        end
153        if ~isempty(errormsg)
154            return
155        end
156        CheckStructured=1;
157        %scan all the variables
158        NbCoord=0;
159        if ~isempty(ParamIn.Coord_x)
160            index_Coord_x=find(strcmp(ParamIn.Coord_x,Field.ListVarName));
161            Field.VarAttribute{index_Coord_x}.Role='coord_x';%
162            NbCoord=NbCoord+1;
163        end
164        if ~isempty(ParamIn.Coord_y)
165            if ischar(ParamIn.Coord_y)
166                index_Coord_y=find(strcmp(ParamIn.Coord_y,Field.ListVarName));
167                Field.VarAttribute{index_Coord_y}.Role='coord_y';%
168                NbCoord=NbCoord+1;
169            else
170                for icoord_y=1:numel(ParamIn.Coord_y)
171                    index_Coord_y=find(strcmp(ParamIn.Coord_y{icoord_y},Field.ListVarName));
172                    Field.VarAttribute{index_Coord_y}.Role='coord_y';%
173                    NbCoord=NbCoord+1;
174                end
175            end
176        end
177        NbDim=1;
178        if ~isempty(ParamIn.Coord_z)
179            index_Coord_z=find(strcmp(ParamIn.Coord_z,Field.ListVarName));
180            Field.VarAttribute{index_Coord_z}.Role='coord_z';%
181            NbCoord=NbCoord+1;
182            NbDim=3;
183        elseif ~isempty(ParamIn.FieldName)
184            NbDim=2;
185        end
186        NormName='';
187        UName='';
188        VName='';
189        if numel(Field.ListVarName)>NbCoord % if there are variables beyond coord (exclude 1 D plots)
190            VarAttribute=cell(1,numel(ListVarName));
191            for ilist=1:numel(ListVarName)
192                index_var=find(strcmp(ListVarName{ilist},Field.ListVarName),1);
193                VarDimName{ilist}=Field.VarDimName{index_var};
194                DimOrder=[];
195                if NbDim ==2
196                    DimOrder=[find(strcmp(ParamIn.Coord_y,VarDimName{ilist})) find(strcmp(ParamIn.Coord_x,VarDimName{ilist}))];
197                elseif NbDim ==3
198                    DimOrder=[find(strcmp(ParamIn.Coord_z,VarDimName{ilist}))...
199                        find(strcmp(ParamIn.Coord_y,VarDimName{ilist}))...
200                        find(strcmp(ParamIn.Coord_x,VarDimName{ilist}))];
201                end
202                if ~isempty(DimOrder)
203                    Field.(ListVarName{ilist})=permute(Field.(ListVarName{ilist}),DimOrder);
204                    VarDimName{ilist}=VarDimName{ilist}(DimOrder);
205                end
206                if numel(Field.VarAttribute)>=index_var
207                VarAttribute{ilist}=Field.VarAttribute{index_var};% read var attributes from input if exist
208                end
209            end
210            check_remove=false(1,numel(Field.ListVarName));
211            for ilist=1:numel(ListVarName)
212                VarAttribute{ilist}.Role=Role{ilist};
213                VarAttribute{ilist}.ProjModeRequest=ProjModeRequest{ilist};
214                if isfield(ParamIn,'FieldName')
215                    VarAttribute{ilist}.Operator=Operator{ilist};
216                end
217                if strcmp(Operator{ilist},'norm')
218                    UName=ListVarName{ilist};
219                    VName=ListVarName{ilist+1};
220                    ListVarName{ilist}='norm';
221                    Field.norm=Field.(UName).*Field.(UName)+Field.(VName).*Field.(VName);
222                    Field.norm=sqrt(Field.norm);
223                    check_remove(ilist+1)=true;
224                    VarAttribute{ilist}.Operator='';
225                end
226            end
227            ListVarName(check_remove)=[];
228            VarDimName(check_remove)=[];
229            VarAttribute(check_remove)=[];
230            Field.ListVarName=[Field.ListVarName(1:NbCoord) ListVarName];% complement the list of vqriables, which may be listed twice
231            Field.VarDimName=[Field.VarDimName(1:NbCoord) VarDimName];
232            Field.VarAttribute=[Field.VarAttribute(1:NbCoord) VarAttribute];
233        end 
234    case 'video'
235        if strcmp(class(ParamIn),'VideoReader')
236            A=read(ParamIn,num);
237        else
238            ParamOut=VideoReader(FileName);
239            A=read(ParamOut,num);
240        end
241    case 'mmreader'
242        if strcmp(class(ParamIn),'mmreader')
243            A=read(ParamIn,num);
244        else
245            ParamOut=mmreader(FileName);
246            A=read(ParamOut,num);
247        end
248    case 'vol'
249        A=imread(FileName);
250        Npz=size(A,1)/ParamIn.Npy;
251        A=reshape(A',ParamIn.Npx,ParamIn.Npy,Npz);
252        A=permute(A,[3 2 1]);
253    case 'multimage'
254        %  warning 'off'
255        A=imread(FileName,num);
256    case 'image'
257        A=imread(FileName);
258    case 'rdvision'
259        [A,FileInfo,timestamps,errormsg]=read_rdvision(FileName,num);
260    case 'image_DaVis'
261        Input=readimx(FileName);
262        if numel(Input.Frames)==1
263            num=1;
264        end
265        A=Input.Frames{num}.Components{1}.Planes{1}';
266        for ilist=1:numel(Input.Frames{1}.Attributes)
267            if strcmp(Input.Frames{1}.Attributes{ilist}.Name,'AcqTimeSeries')
268                timestamps=str2num(Input.Frames{1}.Attributes{ilist}.Value(1:end-3))/1000000;
269                break
270            end
271        end
272    case 'cine_phantom'
273        [A,FileInfo] = read_cine_phantom(FileName,num );
274    otherwise
275        errormsg=[ FileType ': invalid input file type for uvmat'];
276       
277end
278
279%% case of image
280if ~isempty(A)
281    if strcmp(FileType,'rdvision')||strcmp(FileType,'image_DaVis')
282        Field.Time=timestamps;
283    end
284    if isstruct(ParamOut)
285        ParamOut.FieldName='image';
286    end
287    Npz=1;%default
288    npxy=size(A);
289    Field.NbDim=2;%default
290    Field.AName='image';
291    Field.ListVarName={'Coord_y','Coord_x','A'}; %
292    Field.VarAttribute{1}.Unit='pixel';
293    Field.VarAttribute{2}.Unit='pixel';
294    Field.VarAttribute{1}.Role='coord_y';
295    Field.VarAttribute{2}.Role='coord_x';
296    Field.VarAttribute{3}.Role='scalar';
297    if ndims(A)==3
298        if Npz==1;%color
299            Field.VarDimName={'Coord_y','Coord_x',{'Coord_y','Coord_x','rgb'}}; %
300            Field.Coord_y=[npxy(1)-0.5 0.5];
301            Field.Coord_x=[0.5 npxy(2)-0.5]; % coordinates of the first and last pixel centers
302            if isstruct(ParamOut)
303                ParamOut.Npx=npxy(2);% display image size on the interface
304                ParamOut.Npy=npxy(1);
305            end
306        else
307            Field.NbDim=3;
308            Field.ListVarName=['AZ' Field.ListVarName];
309            Field.VarDimName={'AZ','Coord_y','Coord_x',{'AZ','Coord_y','Coord_x'}};
310            Field.AZ=[npxy(1)-0.5 0.5];
311            Field.Coord_y=[npxy(2)-0.5 0.5];
312            Field.Coord_x=[0.5 npxy(3)-0.5]; % coordinates of the first and last pixel centers
313            if isstruct(ParamOut)
314                ParamOut.Npx=npxy(3);% display image size on the interface
315                ParamOut.Npy=npxy(2);
316            end
317        end
318    else
319        Field.VarDimName={'Coord_y','Coord_x',{'Coord_y','Coord_x'}}; %
320        Field.Coord_y=[npxy(1)-0.5 0.5];
321        Field.Coord_x=[0.5 npxy(2)-0.5]; % coordinates of the first and last pixel centers
322    end
323    Field.A=A;
324    Field.CoordUnit='pixel'; %used for mouse_motion
325end
326
327
328
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.