source: trunk/src/read_xls.m @ 743

Last change on this file since 743 was 343, checked in by sommeria, 13 years ago

-bugs repaired in civ
-change in find_file_series to account for possible file index 0
-name2display suppressed in all functions, replaced by fileparts_uvmat (except incorporated in civ_3D)
-open_uvmat introduced to open files from a list
File size: 17.0 KB
Line 
1%'read_xls': function for reading and displaying Excel files 
2%------------------------------------------------------------------------
3% function [hfig_xls]=read_xls(fileinput,hfig)
4%
5% OUTPUT:
6%  hfig_xls: figure handle for display
7%
8% INPUT:
9% fileinput: name of the input file (char string)
10% hfig: handle of the display figure (a new display figure hfig_xls is created if hfig undefined)
11%
12%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
13%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
14%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
15%     This file is part of the toolbox UVMAT.
16%
17%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
18%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
19%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
20%     (at your option) any later version.
21%
22%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
23%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
24%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
25%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
26%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
27
28function [hfig_xls]=read_xls(fileinput,hfig)
29[Tabnum,Tabtext]=xlsread(fileinput);
30    [textnx,textny]=size(Tabtext);
31    [numnx,numny]=size(Tabnum);
32    ilastxt=textnx-numnx;%index of last text row
33    jlastxt=textny-numny;%index of last text column
34    for jtab=1:textny%read line
35        for itab=1:textnx% read column
36            textlu=cell2mat(Tabtext(itab,jtab));
37            if isequal(textlu,[])& itab > ilastxt & jtab > jlastxt %replace txt by number
38                textlu=num2str(Tabnum(itab-ilastxt,jtab-jlastxt));
39            end
40            Tabdisplay(itab,jtab)={textlu};
41            lengthtext(itab)=length(textlu);
42        end
43        widthcolumn(jtab)=max(lengthtext);
44    end
45    Tabchar={};%default
46    for itab=1:textnx    %justify table
47        charchain=[];         
48        for jtab=1:textny% read line
49            textlu=Tabdisplay{itab,jtab};
50            if widthcolumn(jtab)>length(textlu)
51                blankstr=char(46*ones(1,widthcolumn(jtab)-length(textlu)));
52                textlu=[textlu blankstr ];
53            end
54            charchain=[charchain textlu char(9) ' | '];
55        end
56        Tabchar(itab)={charchain};
57    end
58    if exist('hfig','var') & ishandle(hfig)
59        figure(hfig);
60        hfig_xls=hfig;
61    else
62        hfig_xls=figure;
63    end
64    set(hfig_xls,'Name',fileinput)
65    set(hfig_xls,'MenuBar','none')
66    hpos=get(hfig_xls,'Pos');
67    ExpName.cell=Tabtext([2:textnx],1);%first column (dir name)
68    ExpName.Num=Tabnum;
69%     ExpName.Units=Tabtext(2,[2:textny]);%look for the units line (needs to be the second line)
70    iparam=0;
71    for icol=2:textny
72%         Tabtext(2,icol)
73        if ~isempty(Tabtext{2,icol})&~isequal(Tabtext{2,icol},'')
74            iparam=iparam+1;
75            ExpName.Param{iparam}=Tabtext{1,icol};
76            ExpName.Units{iparam}=Tabtext{2,icol};
77            ExpName.Column(iparam)=icol;
78        end
79    end
80 
81    ExpName.path=fileparts(fileinput);
82    h=uicontrol('Style','listbox', 'Position', [5 5 0.9*hpos(3) 0.9*hpos(4)], 'String', Tabchar, ...
83        'FontName','Monospaced','Callback',@link2file,'UserData',ExpName,'Tag','listbox'); 
84%     hh=uicontrol('Style','Pushbutton', 'Position', [0.93*hpos(1) 0.93*hpos(2) 0.05*hpos(3) 0.05*hpos(4)], 'String', 'Update','Callback',@project_update);
85%      set(h,'HorizontalAlignment','left')
86%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
87%called by xlsdisplay to navigate from  a .xls file or create the
88% the experiment directories
89function link2file(obj,event,fileinput)
90global t
91bla=get(gcbo,'String');
92ind=get(gcbo,'Value')
93if (ind==1|ind==2),return,end; %no action on the first line
94ExpNameStruct=get(gcbo,'UserData')
95ExpName=ExpNameStruct.cell{ind-1}
96ProjectFullName=ExpNameStruct.path;%full name of the project (including path)
97[Pth,ProjectName]=fileparts(ProjectFullName);
98ExpPath=fullfile(ProjectFullName,ExpName);% full name of the experiment directory
99ExpDocName=fullfile(ExpPath,[ExpName '.xml']);% full name of the .xml file ExpDoc
100if exist(ExpDocName,'file')
101    hh=editxml({ExpDocName})   
102%     [FileName, PathName, filterindex] = uigetfile( ...
103%        {'*.xml','(*.xml)';
104%        '*.xml',  '.xml files ';
105%         '*.*',  'All Files (*.*)'}, ...
106%         'Pick a file',ExpDocName);
107%      fileinput=[PathName FileName];%complete file name
108%      sizf=size(fileinput);
109%     if (~ischar(fileinput)|~isequal(sizf(1),1)),return;end
110%         [path,name,ext]=fileparts(fileinput);
111%     if isequal(ext,'.civ') | isequal(ext,'.log') | isequal(ext,'.cmx') isequal(ext,'.txt')
112%         edit(fileinput)
113%     elseif isequal(ext,'.xml')
114%         varargin{1}=fileinput;
115%         editxml(varargin)
116%     elseif isequal(ext,'.fig')
117%         open(fileinput)
118%     elseif isequal(ext,'.xls')
119%         xlsdisplay(fileinput)
120%     else
121%         uvmat({fileinput})
122%     end
123else
124    answer=questdlg({['ExpDoc file ' ExpDocName ' does not exist, create the experiment?'];''})
125    if isequal(answer,'Yes')
126        if exist(ExpPath,'dir')~=7 %create a directory if it does not exist
127            dircur=pwd; %current working directory
128            cd(ProjectFullName);
129            [m1,m2,m3]=mkdir(ExpName);
130            cd(pwd);%come back to the initial working dir
131        end
132%         %copy exp parameters
133        ParamNames=ExpNameStruct.Param;
134        ParamValues=ExpNameStruct.Num(ind-1,ExpNameStruct.Column-1);
135        ParamUnits=ExpNameStruct.Units;
136        t=xmltree;%new xmltree
137        t=set(t,1,'name','ExpDoc');
138        t=attributes(t,'add',1,'xmlns:xsi','none');
139        [t,ExpElement]=add(t,1,'element','Exp');
140        [t]=add(t,ExpElement,'chardata',ExpName);
141        for iparam=1:length(ParamNames)
142            [t,ParamElement]=add(t,1,'element',ParamNames{iparam});
143            t=add(t,ParamElement,'chardata',num2str(ParamValues(iparam)));
144            t=attributes(t,'add',ParamElement,'unit',ParamUnits{iparam}); %ADD UNIT ATTRIBUTE
145        end
146        list_dir=dir(ExpPath);%list of the Exp directory,  detect sub-directories,.xml and image files
147        nbdir_exp=0;
148        %scan the Exp directory
149        for idir_exp=3:length(list_dir)
150            %detect subdirectories 
151            if list_dir(idir_exp).isdir% 'device' subdirectories
152                nbdir_exp=nbdir_exp+1;
153                ExpData.Device{nbdir_exp}=list_dir(idir_exp).name;
154                [t,DeviceElement]=add(t,1,'element',list_dir(idir_exp).name);
155                t=attributes(t,'add',DeviceElement,'type','DEVICE_DIR');
156                t=attributes(t,'add',DeviceElement,'source','dir');
157                list_subdir=dir(fullfile(ExpPath,list_dir(idir_exp).name));
158                nbsubdir=0;
159                testrecord=1;
160                RootIma='';
161                RootNc='';
162                nbfile=0;
163%                 nbfile={};
164                %scan the Device subdirectory
165                for isubdir=3:length(list_subdir)
166                    if list_subdir(isubdir).isdir
167                        nbsubdir=nbsubdir+1;
168                        Device.Record{nbsubdir}=list_subdir(isubdir).name;
169                    else
170                        nbfile=nbfile+1;
171                        fname{nbfile}=list_subdir(isubdir).name;
172                    end
173                end
174                if isunix%sort by root names and indices , change the separator '_' so that 1_1 come as the first name
175                    fname_mod=regexprep(fname,'_','/');
176                    fname_mod=sort(fname_mod);     %sort by name
177                    fname=regexprep(fname_mod,'/','_');
178                end
179                for ifile=1:nbfile;
180                    [Path,Name,Ext]=fileparts(fname{ifile});
181                    if isequal(Ext,'.xml')
182                       [t,ImaDocElement]=add(t,DeviceElement,'element','ImaDoc');
183                       t=add(t,ImaDocElement,'chardata',fname{ifile});
184                       t=attributes(t,'add',ImaDocElement,'source','file');
185                       testrecord=0;%we have an image series without 'record' subdir
186                    elseif isequal(Ext,'.png')
187                       %[Path,Root,field_count,str2,str_a,str_b,ext,nom_type,subdir]=name2display(fname{ifile});
188                       [~,~,Root]=fileparts_uvmat(fname{ifile});
189                       if ~isequal(Root,RootIma)%only one image recorded for each root name
190                           [t,ImaDocElement]=add(t,DeviceElement,'element','Image');
191                           t=add(t,ImaDocElement,'chardata',fname{ifile});
192                           t=attributes(t,'add',ImaDocElement,'source','file');
193                           RootIma=Root;
194                       end
195                       testrecord=0;%we have an image series without 'record' subdir
196                    elseif isequal(Ext,'.nc')
197                       %[Path,Root,field_count,str2,str_a,str_b,ext,nom_type,subdir]=name2display(fname{ifile});
198                       [~,~,Root]=fileparts_uvmat(fname{ifile});
199                       if ~isequal(Root,RootNc)%only one image recorded for each root name
200                           [t,ImaDocElement]=add(t,DeviceElement,'element','Ncdata');
201                           t=add(t,ImaDocElement,'chardata',fname{ifile});
202                           t=attributes(t,'add',ImaDocElement,'source','file');
203                           RootNc=Root;
204                       end
205                       testrecord=0;%we have an image series without 'record' subdir
206                    end
207                end
208                if testrecord
209                    %the subdevice directory is 'record' (no images detected at this level)
210                    for idir_s=1:nbsubdir
211                        [t,RecordElement]=add(t,DeviceElement,'element',Device.Record{idir_s});
212                        t=attributes(t,'add',RecordElement,'type','RECORD_DIR');
213                        t=attributes(t,'add',RecordElement,'source','dir');
214                        list_subdir=dir(fullfile(ExpPath,list_dir(idir_exp).name,Device.Record{idir_s}));
215                        nbsubdir=0;
216                        RootIma='';
217                        RootNc='';
218                        nbfile=0;
219                        fname={};
220                        for isubdir=3:length(list_subdir)
221                            if list_subdir(isubdir).isdir
222                                nbsubdir=nbsubdir+1;
223                                [t,RecordElement]=add(t,DeviceElement,'element',Device.Record{idir_exp});
224                                t=attributes(t,'add',RecordElement,'type','RECORD_DIR');
225                                t=attributes(t,'add',RecordElement,'source','dir');
226                                %VOIR les .netcdf a l'interieur
227                            else
228                                nbfile=nbfile+1;
229                                fname{nbfile}=list_subdir(isubdir).name;
230                            end
231                        end
232                        if isunix
233                            fname_mod=regexprep(fname,'_','/');
234                            fname_mod=sort(fname_mod);     %sort by name
235                            fname=regexprep(fname_mod,'/','_');
236                        end
237                        for ifile=1:nbfile;           
238                            [Path,Name,Ext]=fileparts(fname{ifile});
239                            if isequal(Ext,'.xml')
240                               [t,ImaDocElement]=add(t,DeviceElement,'element','ImaDoc');
241                               t=add(t,ImaDocElement,'chardata',fname{ifile});
242                               t=attributes(t,'add',ImaDocElement,'source','file');
243                            elseif isequal(Ext,'.png')
244                              % [Path,Root,field_count,str2,str_a,str_b,ext,nom_type,subdir]=name2display(fname{ifile});
245                                [~,~,Root]=fileparts_uvmat(fname{ifile});
246                               if ~isequal(Root,RootIma)
247                                   [t,ImaDocElement]=add(t,DeviceElement,'element','Image');
248                                   t=add(t,ImaDocElement,'chardata',fname{ifile});
249                                   t=attributes(t,'add',ImaDocElement,'source','file');
250                                   RootIma=Root;
251                               end
252                            elseif isequal(Ext,'.nc')
253                               %[Path,Root,field_count,str2,str_a,str_b,ext,nom_type,subdir]=name2display(fname{ifile});
254                               [~,~,Root]=fileparts_uvmat(fname{ifile});
255                               if ~isequal(Root,RootNc)%only one image recorded for each root name
256                                  [t,ImaDocElement]=add(t,DeviceElement,'element','Ncdata');
257                                  t=add(t,ImaDocElement,'chardata',fname{ifile});
258                                  t=attributes(t,'add',ImaDocElement,'source','file');
259                                  RootNc=Root;
260                               end
261                            end
262                        end
263                    end
264                else%the subdevice directory is a civ directory (coexist with images)
265                     for idir_s=1:nbsubdir
266                        [t,RecordElement]=add(t,DeviceElement,'element',Device.Record{idir_s});
267                        t=attributes(t,'add',RecordElement,'type','CIV_DIR');
268                        t=attributes(t,'add',RecordElement,'source','dir');
269                        %list files under the civ directory
270                        list_subdir=dir(fullfile(ExpPath,list_dir(idir_exp).name,Device.Record{idir_s}));
271                                       
272                        nbsubdir=0;
273                        nbfile=0;
274                        RootXml='';
275                        RootNc='';       
276                        fname={};
277                        for isubdir=3:length(list_subdir)
278                            if list_subdir(isubdir).isdir
279                                nbsubdir=nbsubdir+1;
280                                [t,SubElement]=add(t,RecordElement,'element',list_subdir(isubdir).name);
281                                t=attributes(t,'add',SubElement,'type','UNKNOWN_DIR');
282                                t=attributes(t,'add',SubElement,'source','dir');
283                            else
284                                nbfile=nbfile+1;
285                                fname{nbfile}=list_subdir(isubdir).name;
286                            end
287                        end
288                        if isunix
289                            fname_mod=regexprep(fname,'_','/');
290                            fname_mod=sort(fname_mod);     %sort by name
291                            fname=regexprep(fname_mod,'/','_');
292                        end
293                        for ifile=1:nbfile;
294                            [Path,Name,Ext]=fileparts(fname{ifile});
295                            if isequal(Ext,'.xml')
296                               %[Path,Root,field_count,str2,str_a,str_b,ext,nom_type,subdir]=name2display(fname{ifile});
297                               [~,~,Root]=fileparts_uvmat(fname{ifile});
298                               if ~isequal(Root,RootXml)%only one image recorded for each root name
299                                   [t,ImaDocElement]=add(t,RecordElement,'element','CivDoc');
300                                   t=add(t,ImaDocElement,'chardata',fname{ifile});
301                                   t=attributes(t,'add',ImaDocElement,'source','file');
302                                   RootXml=Root;
303                               end
304                            elseif isequal(Ext,'.nc')
305                               %[Path,Root,field_count,str2,str_a,str_b,ext,nom_type,subdir]=name2display(fname{ifile});
306                               [~,~,Root]=fileparts_uvmat(fname{ifile});
307                               if ~isequal(Root,RootNc)%only one image recorded for each root name
308                                  [t,ImaDocElement]=add(t,RecordElement,'element','Ncdata');
309                                  t=add(t,ImaDocElement,'chardata',fname{ifile});
310                                  t=attributes(t,'add',ImaDocElement,'source','file');
311                                  RootNc=Root;
312                               end
313                            end
314                        end
315                    end
316                end
317            end
318        end
319        save(t);%display xml file on the screen
320        save(t,ExpDocName);
321    end
322end
323% [erread,message]=fileattrib('./DATA');
324% if ~isempty(message) & ~isequal(message.UserWrite,1)
325%      errordlg(['Need writting access to ' message.Name])
326%      return
327% end
328
329
330    %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
331    function project_update(obj,event,fileinput)
332    hchild=get(gcbf,'children');
333    h=findobj(gcbf,'Tag','listbox')
334   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.