Changeset 107


Ignore:
Timestamp:
Jul 26, 2010, 11:20:39 PM (14 years ago)
Author:
sommeria
Message:

aver_stat and time_series: bug repairs for reading images, for time series, the projection of images on a line now works
get_field: various bug repairs, export field on work space activated
struct2nc and struct2nc_toolbox.m: small bug repaired
nomtype2pair: test on string input introduced to avoid error
cell2tab: test on multiline input introduced
civ: pb about cell repair (bug with recent versions of matlab)

Location:
trunk/src
Files:
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/cell2tab.m

    r89 r107  
    3535        charchain=[charchain textlu];
    3636    end
    37     %Tabchar(itab)={charchain};
    3837    Tabchar(itab,1)={charchain};
    3938end

  • trunk/src/civ.m

    r100 r107  
    752752set(handles.list_subdir_civ1,'Value',1)
    753753set(handles.list_subdir_civ2,'Value',1)
    754 set(handles.list_subdir_civ1,'String',['browse...';listdir])
    755 set(handles.list_subdir_civ2,'String',['browse...';listdir])
     754set(handles.list_subdir_civ1,'String',[{'browse...'};listdir])
     755set(handles.list_subdir_civ2,'String',[{'browse...'};listdir])
    756756%check wether the current subdir exists:
    757757subdir_civ1=get(handles.subdir_civ1,'String');

  • trunk/src/get_field.m

    r89 r107  
    784784function RUN_Callback(hObject, eventdata, handles)
    785785%---------------------------------------------------------
    786 %path_get_field=fileparts(which('get_field'));
    787 %list=get(handles.ACTION,'String');
    788786index=get(handles.ACTION,'Value');
    789 % ACTION=list{index};
    790787list_func=get(handles.ACTION,'UserData');
    791788h_fun=list_func{index};
    792 % %hselect_field=get(handles.inputfile,'parent');%handle of the get_field interface
    793 % fct_path=list_path{index}; %path stored for the function ACTION
    794 % if ~isequal(fct_path,path_get_field)
    795 %     addpath(fct_path)% add the prescribed path if not the current one
    796 % end
    797 % eval(['h_fun=@' ACTION ';'])
    798 % if ~isequal(fct_path,path_get_field)
    799 %      rmpath(fct_path)% add the prescribed path if not the current one   
    800 % end
    801789set(handles.RUN,'BackgroundColor',[0.831 0.816 0.784])
    802790drawnow
    … …  
    10261014            if isfield(Field, Field.ListGlobalAttribute{iline})
    10271015                eval(['val=Field.' Field.ListGlobalAttribute{iline} ';'])
    1028                 if ischar(val);
     1016                if ischar(val);% attribute value is char string
    10291017                    Tabcell{iline,2}=val;
    1030                 else
     1018                elseif size(val,1)==1 %attribute value is a number or matlab vector
    10311019                    Tabcell{iline,2}=num2str(val);
    10321020                end
    … …  
    14581446% --------------------------------------------------------------------
    14591447function MenuExportField_Callback(hObject, eventdata, handles)
    1460 
     1448global Data_get_field
     1449% huvmat=findobj(allchild(0),'Name','uvmat');
     1450inputfile=get(handles.inputfile,'String');
     1451Data_get_field=nc2struct(inputfile);
     1452% Data_view_field=UvData.ProjField_2;
     1453evalin('base','global Data_get_field')%make CurData global in the workspace
     1454display(['content of ' inputfile ':'])
     1455evalin('base','Data_get_field') %display CurData in the workspace
     1456commandwindow;
    14611457
    14621458% --------------------------------------------------------------------

  • trunk/src/nomtype2pair.m

    r59 r107  
    3131%determine nom_type_nc:
    3232nom_type_pair=[];%default
    33 switch nom_type
    34     case {'_i_j'}
    35         if Dtj>0 || Dtj<0
    36             nom_type_pair='_i_j1-j2';
     33if ischar(nom_type)
     34    switch nom_type
     35        case {'_i_j'}
     36            if Dtj>0 || Dtj<0
     37                nom_type_pair='_i_j1-j2';
     38                if Dti>0 || Dti<0
     39                    nom_type_pair='_i1-i2_j1-j2';
     40                end
     41                elseif Dti>0 || Dti<0
     42                nom_type_pair='_i1-i21_j';   
     43            else
     44                 nom_type_pair='_i_j';
     45            end
     46        case {'_i1-i2_j'}
     47            if Dtj>0 || Dtj<0
     48               nom_type_pair='_i1-i2_j1-j2';
     49            else
     50                nom_type_pair='_i1-i2_j';
     51            end
     52        case {'i_j1-j2'}
    3753            if Dti>0 || Dti<0
    38                 nom_type_pair='_i1-i2_j1-j2';
     54               nom_type_pair='_i1-i2_j1-j2';
     55            else
     56                nom_type_pair='_i1-i2_j';
    3957            end
    40             elseif Dti>0 || Dti<0
    41             nom_type_pair='_i1-i21_j';   
    42         else
    43              nom_type_pair='_i_j';
    44         end
    45     case {'_i1-i2_j'}
    46         if Dtj>0 || Dtj<0
    47            nom_type_pair='_i1-i2_j1-j2';
    48         else
    49             nom_type_pair='_i1-i2_j';
    50         end
    51     case {'i_j1-j2'}
    52         if Dti>0 || Dti<0
    53            nom_type_pair='_i1-i2_j1-j2';
    54         else
    55             nom_type_pair='_i1-i2_j';
    56         end
    57     case {'i1-i2_j1-j2'}
    58          nom_type_pair='_i1-i2_j1-j2';
    59     case '#a'
    60         if Dtj>0 || Dtj<0
    61             nom_type_pair='#_ab';
    62         end
    63     otherwise
    64         if Dti>0 || Dti<0
    65            nom_type_pair='_i1-i2';
    66         end
     58        case {'i1-i2_j1-j2'}
     59             nom_type_pair='_i1-i2_j1-j2';
     60        case '#a'
     61            if Dtj>0 || Dtj<0
     62                nom_type_pair='#_ab';
     63            end
     64        otherwise
     65            if Dti>0 || Dti<0
     66               nom_type_pair='_i1-i2';
     67            end
     68    end
    6769end

  • trunk/src/plot_field.m

    r105 r107  
    837837        if isempty(hima)
    838838            tag=get(haxes,'Tag');
    839             hima=imagesc(AX,AY,B,[MinA MaxA]);
     839            if MinA<MaxA
     840                hima=imagesc(AX,AY,B,[MinA MaxA]);
     841            else
     842                hima=imagesc(AX,AY,B,[MaxA-1 MaxA]);
     843            end
    840844            set(hima,'Tag','ima','HitTest','off')
    841845            set(haxes,'Tag',tag);%preserve the axes tag (removed by image fct !!!)       
    … …  
    845849                caxis([MinA MaxA])
    846850            else
    847                 caxis([MinA MinA+1])
     851                caxis([MaxA-1 MaxA])
    848852            end
    849853            set(hima,'XData',AX);

  • trunk/src/series/aver_stat.m

    r80 r107  
    323323                            A=imread(filename);
    324324                    end
    325                     Data{iview}.ListVarName={'coord_y','coord_x','A'}; %
     325                    Data{iview}.ListVarName={'AY','AX','A'}; %
    326326                    Atype{iview}=class(A);
    327327                    npy=size(A,1);
    … …  
    329329                    nbcolor=size(A,3);
    330330                    if nbcolor==3
    331                          Data{iview}.VarDimName={'coord_y','coord_x',{'coord_y','coord_x','rgb'}};
     331                         Data{iview}.VarDimName={'AY','AX',{'AY','AX','rgb'}};
    332332                    else
    333                          Data{iview}.VarDimName={'coord_y','coord_x',{'coord_y','coord_x'}};
     333                         Data{iview}.VarDimName={'AY','AX',{'AY','AX'}};
    334334                    end 
    335                     Data{iview}.coord_y=[npy-0.5 0.5];
    336                     Data{iview}.coord_x=[0.5 npx-0.5];
     335                    Data{iview}.AY=[npy-0.5 0.5];
     336                    Data{iview}.AX=[0.5 npx-0.5];
    337337                    Data{iview}.A=double(A);
    338338                    Data{iview}.CoordType='px';

  • trunk/src/series/time_series.m

    r102 r107  
    186186end
    187187
    188 % Root name of output files (TO GENERALISE FOR TWO INPUT SERIES)
    189 % filebasesub=fullfile(RootPath{1},RootFile{1});
    190 % if NbSlice==1
    191 %     filebase_out=[filebasesub '_time'];
    192 % else
    193 %     filebase_out=[filebasesub '_' NbSlice_name 'mtim'];
    194 %     increment=num_i1{1}(2)-num_i1{1}(1);
    195 %     if ~isequal(increment,1) % if an increment is set
    196 %         answeryes=msgbox_uvmat('INPUT_Y-N',['will take time series in ' num2str(NbSlice) 'slices with increment = ' num2str(increment) '!']);
    197 %     else   
    198 %         answeryes=msgbox_uvmat('INPUT_Y-N',{['will take time series in ' num2str(NbSlice) ' slices'];['results stored as files ' filebase_out ' ...']});
    199 %     end
    200 %     if ~isequal(answeryes,'Yes')
    201 %         return
    202 %     end
    203 % end
    204188VelType_str=get(hseries.VelTypeMenu,'String');
    205189VelType_val=get(hseries.VelTypeMenu,'Value');
    … …  
    288272% Root name of output files (TO GENERALISE FOR TWO INPUT SERIES)
    289273subdir_result='time_series';
    290 % filebasesub=fullfile(RootPath{1},subdir_result,RootFile{1});
    291 % if isempty(SubDir{1}) % create a subdirectory '/aver_stat'
    292 %     subdir_result='aver_stat';
    293 %     filebasemean=fullfile(RootPath{1},subdir_result);
    294274if ~exist(fullfile(RootPath{1},subdir_result),'dir')
    295275    dircur=pwd; %record current working directory
    … …  
    351331                            A=imread(filename);
    352332                    end
    353                     Data{iview}.ListVarName={'coord_y','coord_x','A'}; %
     333                    Data{iview}.ListVarName={'AY','AX','A'}; %
    354334                    npy=size(A,1);
    355335                    npx=size(A,2);
    356336                    nbcolor=size(A,3);
    357337                    if nbcolor==3
    358                          Data{iview}.VarDimName={'coord_y','coord_x',{'coord_y','coord_x','rgb'}};
     338                         Data{iview}.VarDimName={'AY','AX',{'AY','AX','rgb'}};
    359339                    else
    360                          Data{iview}.VarDimName={'coord_y','coord_x',{'coord_y','coord_x'}};
     340                         Data{iview}.VarDimName={'AY','AX',{'AY','AX'}};
    361341                    end 
    362                     Data{iview}.coord_y=[npy-0.5 0.5];
    363                     Data{iview}.coord_x=[0.5 npx-0.5];
     342                    Data{iview}.AY=[npy-0.5 0.5];
     343                    Data{iview}.AX=[0.5 npx-0.5];
    364344                    Data{iview}.A=double(A);
    365345                    Data{iview}.CoordType='px';
    … …  
    426406                        for ivar=1:nbvar
    427407                            if length(Field.VarAttribute)>=ivar && isfield(Field.VarAttribute{ivar},'Role')
     408                               %Field.ListVarName{ivar}
    428409                                var_role=Field.VarAttribute{ivar}.Role;%'role' of the variable
    429410                                if isequal(var_role,'errorflag')
    … …  
    439420                                    testsum(ivar)=1; %constant coordinates, record without time evolution
    440421                                end
    441                                 % check whether the variable ivar is a dimension variable
    442                                 DimCell=Field.VarDimName{ivar};
    443                                 if ischar(DimCell)
    444                                     DimCell={DimCell};
    445                                 end
    446                                 if numel(DimCell)==1 && isequal(Field.ListVarName{ivar},DimCell{1})%detect dimension variables
    447                                    testsum(ivar)=1;
    448                                 end
     422                            end
     423                            % check whether the variable ivar is a dimension variable
     424                            DimCell=Field.VarDimName{ivar};
     425                            if ischar(DimCell)
     426                                DimCell={DimCell};
     427                            end
     428                            if numel(DimCell)==1 && isequal(Field.ListVarName{ivar},DimCell{1})%detect dimension variables
     429                               testsum(ivar)=1;
    449430                            end
    450431                        end
    … …  
    506487    end
    507488        % add time dimension and update VarDimIndex:
    508    %if ~isequal(Series.ProjObject.ProjMode,'inside')% take the average in the domain for 'inside' mode
    509489        for ivar=1:length(Field.ListVarName)
    510 %              vardimindex=Field.VarDimIndex{ivar};% array of dimension indices for variable VarIndex(ivar)
    511490             DimCell=Field.VarDimName(ivar);
    512491             if testsum(ivar)==2%variable used as time series
    513 %                  RecordData.VarDimIndex{ivar}=[1 vardimindex+1];
    514492                  RecordData.VarDimName{ivar}=[{'Time'} DimCell];
    515493             elseif testsum(ivar)==1
    516 %                  RecordData.VarDimIndex{ivar}=[vardimindex+1];
    517494                 RecordData.VarDimName{ivar}=DimCell;
    518495             end
    519496        end
    520    % end
    521497    indexremove=find(~testsum);
    522498    if ~isempty(indexremove)
    … …  
    527503        end
    528504    end
    529     %RecordData.VarDimIndex=[{[1]} RecordData.VarDimIndex]; %time dimension
     505
    530506    %shift variable attributes
    531507    if isfield(RecordData,'VarAttribute')
    … …  
    534510    RecordData.VarDimName=[{'Time'} RecordData.VarDimName];
    535511    RecordData.Action=Series.Action;%name of the processing programme
     512   
    536513    %name of result file
    537514    [filemean]=...
    … …  
    544521    end
    545522end
     523
    546524figure
    547525haxes=axes;

  • trunk/src/struct2nc.m

    r106 r107  
    9595     %write variable attributes
    9696    if testattr
    97         for ivar=1:length(VarAttribute) 
     97        for ivar=1:min(numel(VarAttribute),numel(ListVarName)) 
    9898            if isstruct(VarAttribute{ivar})
    9999                attr_names=fields(VarAttribute{ivar});

  • trunk/src/struct2nc_toolbox.m

    r58 r107  
    115115%write variable attributes
    116116if testattr
    117     for ivar=1:length(VarAttribute)  %loop on the attributes of variable ivar
     117    for ivar=1:min(numel(VarAttribute),numel(ListVarName))  %loop on the attributes of variable ivar
    118118        if isstruct(VarAttribute{ivar})
    119119            attr_names=fields(VarAttribute{ivar});
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.