Changeset 1169 for trunk


Ignore:
Timestamp:
Dec 13, 2024, 8:57:14 PM (8 days ago)
Author:
sommeria
Message:

civ3 introduced

Location:
trunk/src
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/civ.m

    r1168 r1169  
    4444%% prepare measurement grid if not given as input
    4545if ~isfield(par_civ,'Grid')% grid points defining central positions of the sub-images in image A
    46 %     if ischar(par_civ.Grid)%read the grid file if the input is a file name (grid in x, y image coordinates)
    47 %         par_civ.Grid=dlmread(par_civ.Grid);
    48 %         par_civ.Grid(1,:)=[];%the first line must be removed (heading in the grid file)
    49 %     end
    50 %     % else par_civ.Grid is already an array, no action here
    51 % else% automatic grid in x, y image coordinates
    5246    nbinterv_x=floor((npx_ima-1)/par_civ.Dx);
    5347    gridlength_x=nbinterv_x*par_civ.Dx;
    … …  
    114108checkmask=0;
    115109MinA=min(min(par_civ.ImageA));
    116 %MinB=min(min(par_civ.ImageB));
    117 %check_undefined=false(size(par_civ.ImageA));
    118110if isfield(par_civ,'Mask') && ~isempty(par_civ.Mask)
    119111    checkmask=1;
    … …  
    126118
    127119%% compute image correlations: MAINLOOP on velocity vectors
    128 corrmax=0;
    129120sum_square=1;% default
    130121mesh=1;% default
    … …  
    134125    par_civ.CorrSmooth=2;% use SUBPIX2DGAUSS (take into account more points near the max)
    135126end
    136  
     127
    137128if par_civ.CorrSmooth~=0 % par_civ.CorrSmooth=0 implies no civ computation (just input image and grid points given)
    138129    for ivec=1:nbvec
    … …  
    141132        FF(ivec)=0;
    142133        ibx2=floor(CorrBoxSizeX(ivec)/2);
    143 iby2=floor(CorrBoxSizeY(ivec)/2);
    144 isx2=ibx2+ceil(par_civ.SearchRange(1));
    145 isy2=iby2+ceil(par_civ.SearchRange(2));
     134        iby2=floor(CorrBoxSizeY(ivec)/2);
     135        isx2=ibx2+ceil(par_civ.SearchRange(1));
     136        isy2=iby2+ceil(par_civ.SearchRange(2));
    146137        subrange1_x=iref-ibx2:iref+ibx2;% x indices defining the first subimage
    147138        subrange1_y=jref-iby2:jref+iby2;% y indices defining the first subimage
    … …  
    216207                %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    217208                corrmax= max(max(result_conv));
    218        
     209               
    219210                %result_conv=(result_conv/corrmax); %normalize, peak=always 255
    220211                %Find the correlation max, at 255
    … …  
    280271peaky = y; peakx=x;
    281272if y < npy && y > 1 && x < npx-1 && x > 1
    282    FF=false; % no error by the limited search box
     273    FF=false; % no error by the limited search box
    283274    max_conv=result_conv(y,x);% max correlation
    284275    %peak2noise= max(4,max_conv/std(reshape(result_conv,1,[])));% ratio of max conv to standard deviation of correlations (estiamtion of noise level), set to value 4 if it is too low
    285276    peak2noise=100;% TODO: make this threshold more precise, depending on the image noise
    286     result_conv=result_conv*peak2noise/max_conv;% renormalise the correlation with respect to the noise 
     277    result_conv=result_conv*peak2noise/max_conv;% renormalise the correlation with respect to the noise
    287278    result_conv(result_conv<1)=1; %set to 1 correlation values smaller than 1  (=0 by discretisation, to avoid divergence in the log)
    288279   

  • trunk/src/mouse_motion.m

    r1168 r1169  
    238238            if test_piv
    239239               [dd,ind_pt]=min(abs(Field.X-xy(1,1))+abs(Field.Y-xy(1,2)));
    240                if isfield(hhciv,'TestCiv2') && strcmp(get(hhciv.Civ2,'Visible'),'on')&& ...
    241                                      strcmp(get(hhciv.TestCiv2,'Visible'),'on')&& get(hhciv.TestCiv2,'Value')% if TestCiv2 is activated
    242                    CivOption='Civ2';
    243                    Param.CheckCiv1=0;
    244                    par_civ=read_GUI(hhciv.Civ2);%read the Civ2 panel in civ_input
    245                    par_civ.Civ1_SubRange=Field.Civ1_SubRange;% get the subranges used for patch
    246                    par_civ.Civ1_NbCentres=Field.Civ1_NbCentres;% get the nbre of civ1 data points in each subrange
    247                    par_civ.Civ1_Coord_tps=Field.Civ1_Coord_tps;% get the positions of the centres (Civ1 data)
    248                    par_civ.Civ1_U_tps=Field.Civ1_U_tps;% get the tps coefficients for spline, U component
    249                    par_civ.Civ1_V_tps=Field.Civ1_V_tps;% get the tps coefficients for spline, V component
    250                    par_civ.Civ1_Dt=Field.Civ1_Dt;
    251                    par_civ.Civ2_Dt=Field.Civ2_Dt;
    252                    shiftx=Field.ShiftX(ind_pt);% get field info stored in the cuirrent figure
    253                    shifty=Field.ShiftY(ind_pt);
    254                else
    255                    CivOption='Civ1';
    256240                   Param.CheckCiv2=0;
    257241                   par_civ=read_GUI(hhciv.Civ1);%read the Civ1 panel in civ_input
    258242                   shiftx=par_civ.SearchBoxShift(1);
    259243                   shifty=par_civ.SearchBoxShift(2);
    260                end
    261244                xround=Field.X(ind_pt);
    262245                yround=Field.Y(ind_pt);
    … …  
    284267               
    285268                % perform the PIV calculation as the single point xround yround
    286                 Param.ActionInput.CheckCiv1=1;
    287 %                 Param.CheckFix1=0;
    288 %                 Param.CheckPatch1=0;%desactivate all calculations except Civ2 or Civ1
    289                 Param.Action.RUN=1;
    290                 Param.ActionInput.ListCompareMode='PIV';
    291                 Param.ActionInput.PairIndices=read_GUI(hhciv.PairIndices);
    292269                par_civ.ImageA=Field.A;
    293270                par_civ.ImageB=Field.B;
    … …  
    295272                par_civ.ImageWidth=size(par_civ.ImageA,2);
    296273                par_civ.Grid=[xround yround];% PIV calculation with a single point
    297                 Param.ActionInput.(CivOption)=par_civ;     
    298                 [Data,errormsg,result_conv]= civ_series(Param);
     274                [~,~,utable,vtable,~,~,result_conv,errormsg]= civ(par_civ);
    299275                if ~isempty(errormsg)
    300276                    text_displ_5=errormsg;
    301277                else
    302 %                     rangx(1)=-(isx2-ibx2)+shiftx;
    303 %                     rangx(2)=isx2-ibx2+shiftx;
    304 %                     rangy(1)=-(isy2-iby2)-shifty;
    305 %                     rangy(2)=(isy2-iby2)-shifty;
    306278                    rangx(1)=-isx2+shiftx;
    307279                    rangx(2)=isx2+shiftx;
    … …  
    320292                            set(0,'CurrentFigure',corrfig(1))
    321293                            AxeData.CurrentCorrImage=imagesc(rangx,-rangy,result_conv,[0 1]);% plot the correlation map, with full colormap from 0 to 1
    322                             AxeData.CurrentVector=line([0 Data.([CivOption '_U'])],[0 Data.([CivOption '_V'])],'Tag','vector');
     294                            AxeData.CurrentVector=line([0 utable],[0 vtable],'Tag','vector');
    323295                            AxeData.TitleHandle=title(['[x,y]= ' num2str(par_civ.Grid) ' px']);
    324296                            colorbar
    … …  
    339311                         set(ParentAxe,'XLim',rangx)
    340312                         set(ParentAxe,'YLim',[-rangy(2) -rangy(1)])
    341                         set(AxeData.CurrentVector,'XData',[0 Data.([CivOption '_U'])],'YData',[0 Data.([CivOption '_V'])]);
     313                        set(AxeData.CurrentVector,'XData',[0 utable],'YData',[0 vtable]);
    342314                        set(AxeData.TitleHandle,'String',['[x,y]= ' num2str(par_civ.Grid) ' px'])
    343315                    end

  • trunk/src/read_civdata.m

    r1162 r1169  
    9393
    9494%% reading data
    95 [Data,tild,tild,errormsg]=nc2struct(FileName,'ListGlobalAttribute','Conventions','CivStage');
     95[Data,tild,tild,errormsg]=nc2struct(FileName,'ListGlobalAttribute','Conventions','CivStage');% read the global attributes to get Data.CivStage
    9696if ~isempty(errormsg)
    9797     errormsg=['read_civdata: ' errormsg];

  • trunk/src/series/civ_input.m

    r1167 r1169  
    15321532drawnow
    15331533if get(handles.TestCiv1,'Value')
    1534     set(handles.TestCiv1,'BackgroundColor',[1 1 0])% paint TestCiv1 button to yellow to confirm civ launch 
     1534    set(handles.TestCiv1,'BackgroundColor',[1 1 0])% paint TestCiv1 button to yellow to confirm civ launch
    15351535    set(handles.CheckFix1,'value',0)% desactivate next step
    15361536    set(handles.CheckPatch1,'value',0)% desactivate next step
    … …  
    15391539    set(handles.CheckPatch2,'value',0)% desactivate next step
    15401540    update_CivOptions(handles,0)
    1541       hseries=findobj(allchild(0),'Tag','series');
    1542      Param=read_GUI(hseries);
    1543      Param.Action.RUN=1;
    1544      Param.ActionInput=read_GUI(handles.civ_input);
    1545      if isfield(Param.ActionInput,'Fix1')
    1546          Param.ActionInput=rmfield(Param.ActionInput,'Fix1');
    1547      end
    1548      if isfield(Param.ActionInput,'Patch1')
    1549          Param.ActionInput=rmfield(Param.ActionInput,'Patch1');
    1550      end
    1551      if isfield(Param.ActionInput,'Civ2')%remove options that may be selected beyond Patch1
    1552          Param.ActionInput=rmfield(Param.ActionInput,'Civ2');
    1553      end
    1554      if isfield(Param.ActionInput,'Fix2')
    1555          Param.ActionInput=rmfield(Param.ActionInput,'Fix2');
    1556      end
    1557      if isfield(Param.ActionInput,'Patch2')
    1558          Param.ActionInput=rmfield(Param.ActionInput,'Patch2');
    1559      end
    1560      if isfield(Param,'OutputSubDir')
    1561      Param=rmfield(Param,'OutputSubDir'); %remove output file option from civ_series
    1562      end
    1563      Param.ActionInput.Civ1.CorrSmooth=0;% launch Civ1 with no data point (to get the image names for A and B)
    1564      Param.IndexRange.first_i=str2num(get(handles.ref_i,'String'));
    1565      Param.IndexRange.last_i=str2num(get(handles.ref_i,'String'));
    1566      if strcmp(get(handles.ref_j,'Visible'),'on')
    1567          Param.IndexRange.first_j=str2num(get(handles.ref_j,'String'));
    1568          Param.IndexRange.last_j=Param.IndexRange.first_j;
    1569      else
    1570          Param.IndexRange.first_j=1;
    1571          Param.IndexRange.last_j=1;
    1572      end
    1573      [Data,errormsg]=civ_series(Param);% get the civ1+fix1 results
    1574      if ~isempty(errormsg), return, end % rmq: error msg displayed in civ_series
    1575      
    1576  %% create image data ImageData for display
    1577      ImageData.ListVarName={'ny','nx','A'};
    1578      ImageData.VarDimName= {'ny','nx',{'ny','nx'}};
    1579      ImageData.VarAttribute{1}.Role='coord_y';
    1580      ImageData.VarAttribute{2}.Role='coord_x';
    1581      ImageData.VarAttribute{3}.Role='scalar';
    1582      ImageData.A=imread(Data.Civ1_ImageA); % read the first image
    1583      if ndims(ImageData.A)==3 %case of color image
    1584          ImageData.VarDimName= {'ny','nx',{'ny','nx','rgb'}};
    1585      end
    1586      ImageData.ny=[size(ImageData.A,1) 1];
    1587      ImageData.nx=[1 size(ImageData.A,2)];
    1588      ImageData.CoordUnit='pixel';% used to set equal scaling for x and y in image dispa=ly
    1589 
    1590      %% create the figure view_field for image visualization
    1591      hview_field=view_field(ImageData); %view the image in the GUI view_field
    1592      set(0,'CurrentFigure',hview_field)
    1593      hhview_field=guihandles(hview_field);
    1594      set(hview_field,'CurrentAxes',hhview_field.PlotAxes)
    1595      ViewData=get(hview_field,'UserData');
    1596      ViewData.CivHandle=handles.civ_input;% indicate the handle of the civ GUI in view_field
    1597      ViewData.PlotAxes.X=Data.Civ1_X';
    1598      ViewData.PlotAxes.Y=Data.Civ1_Y';
    1599      ViewData.PlotAxes.B=imread(Data.Civ1_ImageB);%store the second image in the UserData of the GUI view_field
    1600      set(hview_field,'UserData',ViewData)% store the info in the UserData of image view_field
     1541    % get info from the GUI 'series'
     1542    hseries=findobj(allchild(0),'Tag','series');
     1543    Param=read_GUI(hseries);
     1544    Param.Action.RUN=1;
     1545    Param.ActionInput=read_GUI(handles.civ_input);
     1546    i1=str2num(get(handles.ref_i,'String'));  %references indices
     1547    i2=i1;
     1548    j1=1;
     1549    if strcmp(get(handles.ref_j,'Visible'),'on')
     1550        j1=str2num(get(handles.ref_j,'String'));
     1551    end
     1552    j2=j1;
     1553    str_civ=Param.ActionInput.PairIndices.ListPairCiv1;
     1554    r=regexp(str_civ,'^\D(?<ind>[i|j])=( -| )(?<num1>\d+)\|(?<num2>\d+)','names');
     1555    if ~isempty(r)
     1556        if strmp(r.ind,'i')
     1557            i1=i1-str2num(r.num1);
     1558            i2=i2 +str2num(r.num2);
     1559        elseif strmp(r.ind,'j')
     1560            j1=j1-str2num(r.num1);
     1561            j2=j2 +str2num(r.num2);
     1562        end
     1563    else % mode='j1-j2';
     1564        r=regexp(str_civ,'^j= (?<num1>[a-z])-(?<num2>[a-z])','names');
     1565        if isempty(r)
     1566            r=regexp(str_civ,'^j= (?<num1>[A-Z])-(?<num2>[A-Z])','names');
     1567            if isempty(r)
     1568                r=regexp(str_civ,'^j= (?<num1>\d+)-(?<num2>\d+)','names');
     1569            end
     1570        end
     1571        if isempty(r)
     1572            disp('wrong pair mode input option')
     1573        else
     1574            j1=stra2num(r.num1);
     1575            j2=stra2num(r.num2);
     1576        end
     1577    end
     1578   
     1579    par_civ1=Param.ActionInput.Civ1;
     1580     
     1581    if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
     1582        ImageName_A=Param.ActionInput.RefFile;
     1583    else
     1584        RootPath_A=Param.InputTable{1,1};
     1585        SubDir_A=Param.InputTable{1,2};
     1586        RootFile_A=Param.InputTable{1,3};
     1587        NomType_A=Param.InputTable{1,4};
     1588        FileExt_A=Param.InputTable{1,5};
     1589        ImageName_A=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1,[],j1);
     1590        ImageName_B=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i2,[],j2);
     1591    end
     1592    par_civ1.ImageA = read_image(ImageName_A);
     1593    par_civ1.ImageB = read_image(ImageName_B);
     1594    par_civ1.CorrSmooth=0;% will give only the grid of data points expected for PIV, computations will be activated by the fct mouse_motion.m
     1595    [Data.Civ1_X,Data.Civ1_Y,Data.Civ1_U,Data.Civ1_V,Data.Civ1_C,Data.Civ1_FF, ~, errormsg]=civ(par_civ1);
     1596    if ~isempty(errormsg)
     1597        disp(errormsg)
     1598        return
     1599    end % rmq: error msg displayed in civ_series
     1600   
     1601    %% create image data ImageData for display
     1602    ImageData.ListVarName={'ny','nx','A'};
     1603    ImageData.VarDimName= {'ny','nx',{'ny','nx'}};
     1604    ImageData.VarAttribute{1}.Role='coord_y';
     1605    ImageData.VarAttribute{2}.Role='coord_x';
     1606    ImageData.VarAttribute{3}.Role='scalar';
     1607    ImageData.A=par_civ1.ImageA; % get the first image
     1608    if ndims(ImageData.A)==3 %case of color image
     1609        ImageData.VarDimName= {'ny','nx',{'ny','nx','rgb'}};
     1610    end
     1611    ImageData.ny=[size(ImageData.A,1) 1];
     1612    ImageData.nx=[1 size(ImageData.A,2)];
     1613    ImageData.CoordUnit='pixel';% used to set equal scaling for x and y in image dispa=ly
     1614   
     1615    %% create the figure view_field for image visualization
     1616    hview_field=view_field(ImageData); %view the image in the GUI view_field
     1617    set(0,'CurrentFigure',hview_field)
     1618    hhview_field=guihandles(hview_field);
     1619    set(hview_field,'CurrentAxes',hhview_field.PlotAxes)
     1620    ViewData=get(hview_field,'UserData');
     1621    ViewData.CivHandle=handles.civ_input;% indicate the handle of the civ GUI in view_field
     1622    ViewData.PlotAxes.X=Data.Civ1_X';
     1623    ViewData.PlotAxes.Y=Data.Civ1_Y';
     1624    ViewData.PlotAxes.B=par_civ1.ImageB;%store the second image in the UserData of the GUI view_field
     1625    set(hview_field,'UserData',ViewData)% store the info in the UserData of image view_field, to be used by mouse_motion.m
    16011626   
    16021627    %% look for a current figure for image correlation display
    … …  
    16231648    if ~isempty(hview_field)
    16241649        delete(hview_field)
    1625     end     
     1650    end
    16261651end
    16271652
    … …  
    16361661%---------------------------------------------------------------------
    16371662function NomTypeNc=nomtype2pair(NomTypeIma,mode_selected)
    1638 %---------------------------------------------------------------------           
     1663%---------------------------------------------------------------------
    16391664% OUTPUT:
    16401665% NomTypeNc
    … …  
    16451670NomTypeNc=NomTypeIma;%default
    16461671switch mode_selected
    1647     case 'pair j1-j2'     
    1648     if ~isempty(regexp(NomTypeIma,'a$'))
    1649         NomTypeNc=[NomTypeIma 'b'];
    1650     elseif ~isempty(regexp(NomTypeIma,'A$'))
    1651         NomTypeNc=[NomTypeIma 'B'];
    1652     else
    1653         r=regexp(NomTypeIma,'(?<num1>\d+)_(?<num2>\d+)$','names');
    1654         if ~isempty(r)
    1655             NomTypeNc='_1_1-2';
    1656         end
    1657     end
    1658     case 'series(Dj)' 
    1659 %         r=regexp(NomTypeIma,'(?<num1>\d+)_(?<num2>\d+)$','names');
    1660 %         if ~isempty(r)
    1661             NomTypeNc='_1_1-2';
    1662 %         end
    1663    case 'series(Di)'
     1672    case 'pair j1-j2'
     1673        if ~isempty(regexp(NomTypeIma,'a$'))
     1674            NomTypeNc=[NomTypeIma 'b'];
     1675        elseif ~isempty(regexp(NomTypeIma,'A$'))
     1676            NomTypeNc=[NomTypeIma 'B'];
     1677        else
     1678            r=regexp(NomTypeIma,'(?<num1>\d+)_(?<num2>\d+)$','names');
     1679            if ~isempty(r)
     1680                NomTypeNc='_1_1-2';
     1681            end
     1682        end
     1683    case 'series(Dj)'
     1684        %         r=regexp(NomTypeIma,'(?<num1>\d+)_(?<num2>\d+)$','names');
     1685        %         if ~isempty(r)
     1686        NomTypeNc='_1_1-2';
     1687        %         end
     1688    case 'series(Di)'
    16641689        r=regexp(NomTypeIma,'(?<num1>\d+)_(?<num2>\d+)$','names');
    16651690        if ~isempty(r)

  • trunk/src/series/civ_series.m

    r1168 r1169  
    33%   civ: PIV function itself
    44%   detect_false: put a flag to false vectors after detection by various criteria
    5 %   filter_tps: make interpolation-smoothing 
     5%   filter_tps: make interpolation-smoothing
    66%------------------------------------------------------------------------
    77% function [Data,errormsg,result_conv]= civ_series(Param)
    … …  
    1515% Param: Matlab structure of input  parameters
    1616%     Param contains info of the GUI series using the fct read_GUI.
    17 %     Param.Action.RUN = 0 (to set the status of the GUI series) or =1 to RUN the computation 
     17%     Param.Action.RUN = 0 (to set the status of the GUI series) or =1 to RUN the computation
    1818%     Param.InputTable: sets the input file(s)
    1919%           if absent, the fct looks for input data in Param.ActionInput     (test mode)
    … …  
    9393    return
    9494end
    95 iview_A=0;%default values
     95%iview_A=0;%default values
    9696NbField=1;
    9797RUNHandle=[];
    98 CheckInputFile=isfield(Param,'InputTable');%= 1 in test use for TestCiv (no nc file involved)
    99 CheckOutputFile=isfield(Param,'OutputSubDir');%= 1 in test use for TestPatch (no nc file produced)
     98% CheckInputFile=isfield(Param,'InputTable');%= 1 in test use for TestCiv (no nc file involved)
     99% CheckOutputFile=isfield(Param,'OutputSubDir');%= 1 in test use for TestPatch (no nc file produced)
    100100
    101101%% input files and indexing (skipped in Test mode)
    102 if CheckInputFile
    103     hseries=findobj(allchild(0),'Tag','series');
    104     RUNHandle=findobj(hseries,'Tag','RUN');%handle of RUN button in GUI series
    105     WaitbarHandle=findobj(hseries,'Tag','Waitbar');%handle of waitbar in GUI series
    106     MaxIndex_i=Param.IndexRange.MaxIndex_i;
    107     MinIndex_i=Param.IndexRange.MinIndex_i;
    108     MaxIndex_j=ones(size(MaxIndex_i));MinIndex_j=ones(size(MinIndex_i));
    109     if isfield(Param.IndexRange,'MaxIndex_j')&& isfield(Param.IndexRange,'MinIndex_j')
    110         MaxIndex_j=Param.IndexRange.MaxIndex_j;
    111         MinIndex_j=Param.IndexRange.MinIndex_j;
    112     end
    113     if isfield(Param,'InputTable')
    114         [~,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series]=get_file_series(Param);
    115         iview_A=0;% series index (iview) for the first image series
    116         iview_B=0;% series index (iview) for the second image series (only non zero for option 'shift' comparing two image series )
    117         if Param.ActionInput.CheckCiv1
    118             iview_A=1;% usual PIV, the image series is on the first line of the table
    119         else % Civ1 has been already stored in a netcdf file input
    120             iview_A=2;% the second line is used for the input images
    121         end
    122         if iview_A~=0
    123             RootPath_A=Param.InputTable{iview_A,1};
    124             RootFile_A=Param.InputTable{iview_A,3};
    125             SubDir_A=Param.InputTable{iview_A,2};
    126             NomType_A=Param.InputTable{iview_A,4};
    127             FileExt_A=Param.InputTable{iview_A,5};
    128             if iview_B==0
    129                 iview_B=iview_A;% the second image series is the same as the first
    130             end
    131             RootPath_B=Param.InputTable{iview_B,1};
    132             RootFile_B=Param.InputTable{iview_B,3};
    133             SubDir_B=Param.InputTable{iview_B,2};
    134             NomType_B=Param.InputTable{iview_B,4};
    135             FileExt_B=Param.InputTable{iview_B,5};
    136         end
    137        
    138         PairCiv2='';
    139         switch Param.ActionInput.ListCompareMode
    140             case 'PIV'
    141                 PairCiv1=Param.ActionInput.PairIndices.ListPairCiv1;
    142                 if isfield(Param.ActionInput.PairIndices,'ListPairCiv2')
    143                     PairCiv2=Param.ActionInput.PairIndices.ListPairCiv2;%string which determines the civ2 pair
     102hseries=findobj(allchild(0),'Tag','series');
     103RUNHandle=findobj(hseries,'Tag','RUN');%handle of RUN button in GUI series
     104WaitbarHandle=findobj(hseries,'Tag','Waitbar');%handle of waitbar in GUI series
     105MaxIndex_i=Param.IndexRange.MaxIndex_i;
     106MinIndex_i=Param.IndexRange.MinIndex_i;
     107MaxIndex_j=ones(size(MaxIndex_i));MinIndex_j=ones(size(MinIndex_i));
     108if isfield(Param.IndexRange,'MaxIndex_j')&& isfield(Param.IndexRange,'MinIndex_j')
     109    MaxIndex_j=Param.IndexRange.MaxIndex_j;
     110    MinIndex_j=Param.IndexRange.MinIndex_j;
     111end
     112if isfield(Param,'InputTable')
     113    [filecell,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series]=get_file_series(Param);
     114    %         iview_A=0;% series index (iview) for the first image series
     115    iview_B=0;% series index (iview) for the second image series (only non zero for option 'shift' comparing two image series )
     116    if Param.ActionInput.CheckCiv1
     117        iview_A=1;% usual PIV, the image series is on the first line of the table
     118    else % Civ1 has been already stored in a netcdf file input
     119        iview_A=2;% the second line is used for the input images
     120    end
     121    %         if iview_A~=0
     122    RootPath_A=Param.InputTable{iview_A,1};
     123    RootFile_A=Param.InputTable{iview_A,3};
     124    SubDir_A=Param.InputTable{iview_A,2};
     125    NomType_A=Param.InputTable{iview_A,4};
     126    FileExt_A=Param.InputTable{iview_A,5};
     127    if iview_B==0
     128        iview_B=iview_A;% the second image series is the same as the first
     129    end
     130    RootPath_B=Param.InputTable{iview_B,1};
     131    RootFile_B=Param.InputTable{iview_B,3};
     132    SubDir_B=Param.InputTable{iview_B,2};
     133    NomType_B=Param.InputTable{iview_B,4};
     134    FileExt_B=Param.InputTable{iview_B,5};
     135    PairCiv2='';
     136   
     137    switch Param.ActionInput.ListCompareMode
     138        case 'PIV'
     139            PairCiv1=Param.ActionInput.PairIndices.ListPairCiv1;
     140            if isfield(Param.ActionInput.PairIndices,'ListPairCiv2')
     141                PairCiv2=Param.ActionInput.PairIndices.ListPairCiv2;%string which determines the civ2 pair
     142            end
     143            if iview_A==1% if Civ1 is performed
     144                [i1_series_Civ1,i2_series_Civ1,j1_series_Civ1,j2_series_Civ1,check_bounds,NomTypeNc]=...
     145                    find_pair_indices(PairCiv1,i1_series{1},j1_series{1},MinIndex_i,MaxIndex_i,MinIndex_j,MaxIndex_j);
     146                if ~isempty(PairCiv2)
     147                    [i1_series_Civ2,i2_series_Civ2,j1_series_Civ2,j2_series_Civ2,check_bounds_Civ2]=...
     148                        find_pair_indices(PairCiv2,i1_series{1},j1_series{1},MinIndex_i(1),MaxIndex_i(1),MinIndex_j(1),MaxIndex_j(1));
     149                    check_bounds=check_bounds | check_bounds_Civ2;
    144150                end
    145                 if iview_A==1% if Civ1 is performed
    146                     [i1_series_Civ1,i2_series_Civ1,j1_series_Civ1,j2_series_Civ1,check_bounds,NomTypeNc]=...
    147                         find_pair_indices(PairCiv1,i1_series{1},j1_series{1},MinIndex_i,MaxIndex_i,MinIndex_j,MaxIndex_j);
    148                     if ~isempty(PairCiv2)
    149                         [i1_series_Civ2,i2_series_Civ2,j1_series_Civ2,j2_series_Civ2,check_bounds_Civ2]=...
    150                             find_pair_indices(PairCiv2,i1_series{1},j1_series{1},MinIndex_i(1),MaxIndex_i(1),MinIndex_j(1),MaxIndex_j(1));
    151                         check_bounds=check_bounds | check_bounds_Civ2;
    152                     end
    153                 else% we start from an existing Civ1 file
    154                     i1_series_Civ1=i1_series{1};
    155                     i2_series_Civ1=i2_series{1};
    156                     j1_series_Civ1=j1_series{1};
    157                     j2_series_Civ1=j2_series{1};
    158                     NomTypeNc=Param.InputTable{1,4};
    159                     if ~isempty(PairCiv2)
    160                         [i1_series_Civ2,i2_series_Civ2,j1_series_Civ2,j2_series_Civ2,check_bounds,NomTypeNc]=...
    161                             find_pair_indices(PairCiv2,i1_series{2},j1_series{2},MinIndex_i(2),MaxIndex_i(2),MinIndex_j(2),MaxIndex_j(2));
    162                     end
     151            else% we start from an existing Civ1 file
     152                i1_series_Civ1=i1_series{1};
     153                i2_series_Civ1=i2_series{1};
     154                j1_series_Civ1=j1_series{1};
     155                j2_series_Civ1=j2_series{1};
     156                NomTypeNc=Param.InputTable{1,4};
     157                if ~isempty(PairCiv2)
     158                    [i1_series_Civ2,i2_series_Civ2,j1_series_Civ2,j2_series_Civ2,check_bounds,NomTypeNc]=...
     159                        find_pair_indices(PairCiv2,i1_series{2},j1_series{2},MinIndex_i(2),MaxIndex_i(2),MinIndex_j(2),MaxIndex_j(2));
    163160                end
    164             case 'displacement'
    165                 if isfield(Param.ActionInput,'OriginIndex')
     161            end
     162        case 'displacement'
     163            if isfield(Param.ActionInput,'OriginIndex')
    166164                i1_series_Civ1=Param.ActionInput.OriginIndex*ones(size(i1_series{1}));
    167                 else
    168                     i1_series_Civ1=ones(size(i1_series{1}));
    169                 end
    170                 i1_series_Civ2=i1_series_Civ1;
    171                 i2_series_Civ1=i1_series{1};
    172                 i2_series_Civ2=i1_series{1};
    173                 j1_series_Civ1=[];% no j index variation for the ref image
    174                 j1_series_Civ2=[];
    175                 if isempty(j1_series{1})
    176                     j2_series_Civ1=ones(size(i1_series_Civ1));
    177                 else
    178                     j2_series_Civ1=j1_series{1};% if j index exist 
    179                 end
    180                 j2_series_Civ2=j2_series_Civ1;
    181                 NomTypeNc='_1';
    182         end
    183         %determine frame indices for input with movie or other multiframe input file
    184         if isempty(j1_series_Civ1)% simple movie with index i
    185             FrameIndex_A_Civ1=i1_series_Civ1;
    186             FrameIndex_B_Civ1=i2_series_Civ1;
    187             j1_series_Civ1=ones(size(i1_series_Civ1));
     165            else
     166                i1_series_Civ1=ones(size(i1_series{1}));
     167            end
     168            i1_series_Civ2=i1_series_Civ1;
     169            i2_series_Civ1=i1_series{1};
     170            i2_series_Civ2=i1_series{1};
     171            j1_series_Civ1=[];% no j index variation for the ref image
     172            j1_series_Civ2=[];
     173            if isempty(j1_series{1})
     174                j2_series_Civ1=ones(size(i1_series_Civ1));
     175            else
     176                j2_series_Civ1=j1_series{1};% if j index exist
     177            end
     178            j2_series_Civ2=j2_series_Civ1;
     179            NomTypeNc='_1';
     180    end
     181    %determine frame indices for input with movie or other multiframe input file
     182    if isempty(j1_series_Civ1)% simple movie with index i
     183        FrameIndex_A_Civ1=i1_series_Civ1;
     184        FrameIndex_B_Civ1=i2_series_Civ1;
     185        j1_series_Civ1=ones(size(i1_series_Civ1));
     186        if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
     187            j2_series_Civ1=ones(size(i1_series_Civ1));
     188        end
     189    else % movie for each burst or volume (index j)
     190        FrameIndex_A_Civ1=j1_series_Civ1;
     191        FrameIndex_B_Civ1=j2_series_Civ1;
     192    end
     193    if isempty(PairCiv2)
     194        FrameIndex_A_Civ2=FrameIndex_A_Civ1;
     195        FrameIndex_B_Civ2=FrameIndex_B_Civ1;
     196    else
     197        if isempty(j1_series_Civ2)
     198            FrameIndex_A_Civ2=i1_series_Civ2;
     199            FrameIndex_B_Civ2=i2_series_Civ2;
     200            j1_series_Civ2=ones(size(i1_series_Civ2));
    188201            if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
    189             j2_series_Civ1=ones(size(i1_series_Civ1));
    190             end
    191         else % movie for each burst or volume (index j)
    192             FrameIndex_A_Civ1=j1_series_Civ1;
    193             FrameIndex_B_Civ1=j2_series_Civ1;
    194         end
    195         if isempty(PairCiv2)
    196             FrameIndex_A_Civ2=FrameIndex_A_Civ1;
    197             FrameIndex_B_Civ2=FrameIndex_B_Civ1;
     202                j2_series_Civ2=ones(size(i1_series_Civ2));
     203            end
    198204        else
    199             if isempty(j1_series_Civ2)
    200                 FrameIndex_A_Civ2=i1_series_Civ2;
    201                 FrameIndex_B_Civ2=i2_series_Civ2;
    202                 j1_series_Civ2=ones(size(i1_series_Civ2));
    203                 if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
    204                 j2_series_Civ2=ones(size(i1_series_Civ2));
    205                 end
    206             else
    207                 FrameIndex_A_Civ2=j1_series_Civ2;
    208                 FrameIndex_B_Civ2=j2_series_Civ2;
    209             end
    210         end
    211         if isempty(i1_series_Civ1)||(~isempty(PairCiv2) && isempty(i1_series_Civ2))
    212             disp_uvmat('ERROR','no image pair for civ in the input file index range',checkrun)
    213             return
    214         end
    215     end
    216    
    217     %% check the first image pair
    218         if Param.ActionInput.CheckCiv1% Civ1 is performed
    219             NbField=numel(i1_series_Civ1);
    220         elseif Param.ActionInput.CheckCiv2 % Civ2 is performed without Civ1
    221             NbField=numel(i1_series_Civ2);
    222         else
    223             NbField=numel(i1_series_Civ1);% no image used (only detect_false or patch) TO CHECK
    224         end
    225 
    226     %% Output directory
    227     OutputDir='';
    228     if CheckOutputFile
    229         OutputDir=[Param.OutputSubDir Param.OutputDirExt];
    230     end
     205            FrameIndex_A_Civ2=j1_series_Civ2;
     206            FrameIndex_B_Civ2=j2_series_Civ2;
     207        end
     208    end
     209    if isempty(i1_series_Civ1)||(~isempty(PairCiv2) && isempty(i1_series_Civ2))
     210        disp_uvmat('ERROR','no image pair for civ in the input file index range',checkrun)
     211        return
     212    end
     213end
     214
     215%% check the first image pair
     216if Param.ActionInput.CheckCiv1% Civ1 is performed
     217    NbField=numel(i1_series_Civ1);
     218elseif Param.ActionInput.CheckCiv2 % Civ2 is performed without Civ1
     219    NbField=numel(i1_series_Civ2);
     220else
     221    NbField=numel(i1_series_Civ1);% no image used (only detect_false or patch) TO CHECK
    231222end
    232223
    233224%% prepare output Data
     225OutputDir=[Param.OutputSubDir Param.OutputDirExt];
    234226ListGlobalAttribute={'Conventions','Program','CivStage'};
    235227Data.Conventions='uvmat/civdata';% states the conventions used for the description of field variables and attributes
    … …  
    241233
    242234%% get timing from the ImaDoc file or input video
    243 if iview_A~=0
    244     XmlFileName=find_imadoc(RootPath_A,SubDir_A);
    245     Time=[];
    246     if ~isempty(XmlFileName)
    247         XmlData=imadoc2struct(XmlFileName);
    248         if isfield(XmlData,'Time')
    249             Time=XmlData.Time;
    250         end
    251         if isfield(XmlData,'Camera')
    252             if isfield(XmlData.Camera,'NbSlice')&& ~isempty(XmlData.Camera.NbSlice)
    253                 NbSlice_calib{iview}=XmlData.Camera.NbSlice;% Nbre of slices for Zindex in phys transform
    254                 if ~isequal(NbSlice_calib{iview},NbSlice_calib{1})
    255                     msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent number of Z indices for the two field series');
    256                 end
    257             end
    258             if isfield(XmlData.Camera,'TimeUnit')&& ~isempty(XmlData.Camera.TimeUnit)
    259                 TimeUnit=XmlData.Camera.TimeUnit;
    260             end
    261         end
    262     end
    263 end
     235% if iview_A~=0
     236XmlFileName=find_imadoc(RootPath_A,SubDir_A);
     237Time=[];
     238if ~isempty(XmlFileName)
     239    XmlData=imadoc2struct(XmlFileName);%read the time from XmlFileName
     240    if isfield(XmlData,'Time')
     241        Time=XmlData.Time;
     242    end
     243    if isfield(XmlData,'Camera')
     244        if isfield(XmlData.Camera,'NbSlice')&& ~isempty(XmlData.Camera.NbSlice)
     245            NbSlice_calib{iview}=XmlData.Camera.NbSlice;% Nbre of slices for Zindex in phys transform
     246            if ~isequal(NbSlice_calib{iview},NbSlice_calib{1})
     247                msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent number of Z indices for the two field series');
     248            end
     249        end
     250        if isfield(XmlData.Camera,'TimeUnit')&& ~isempty(XmlData.Camera.TimeUnit)
     251            TimeUnit=XmlData.Camera.TimeUnit;
     252        end
     253    end
     254end
     255% end
    264256
    265257%%%%% MAIN LOOP %%%%%%
    … …  
    284276        end
    285277    end
    286 %     if CheckInputFile
    287     if CheckOutputFile
    288         OutputPath=fullfile(Param.OutputPath,Param.Experiment,Param.Device);
    289         if iview_A==0 % no nc file has been entered
    290             ncfile=fullfile_uvmat(OutputPath,Param.InputTable{1,2},Param.InputTable{1,3},Param.InputTable{1,5},...
    291                 NomTypeNc,i1_series_Civ1(ifield),i2_series_Civ1(ifield),j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
    292         else% an existing nc file has been entered
    293             if iview_A==1% if Civ1 is performed
    294                 Civ1Dir=OutputDir;
    295             else
    296                 Civ1Dir=Param.InputTable{1,2};
    297             end
    298             if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
    299                 ncfile=fullfile_uvmat(OutputPath,Civ1Dir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i1_series_Civ1(ifield),i2_series_Civ1(ifield),...
    300                     j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
    301             else
    302                 ncfile=fullfile_uvmat(OutputPath,Civ1Dir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i2_series_Civ1(ifield),[],...
    303                     j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
    304             end
    305         end
    306         ncfile_out=ncfile;% by default
    307        
    308         if isfield (Param.ActionInput,'Civ2')
    309             i1_civ2=i1_series_Civ2(ifield);
    310             i2_civ2=i1_civ2;
    311             if ~isempty(i2_series_Civ2)
    312                 i2_civ2=i2_series_Civ2(ifield);
    313             end
    314             j1_civ2=1;
    315             if ~isempty(j1_series_Civ2)
    316                 j1_civ2=j1_series_Civ2(ifield);
    317             end
    318             j2_civ2=i1_civ2;
    319             if ~isempty(j2_series_Civ2)
    320                 j2_civ2=j2_series_Civ2(ifield);
    321             end
    322             if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
    323                 ncfile_out=fullfile_uvmat(OutputPath,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i1_civ2,i2_civ2,j1_civ2,j2_civ2);
    324             else % displacement
    325                 ncfile_out=fullfile_uvmat(OutputPath,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i2_civ2,[],j2_civ2);
    326             end
    327         end
    328         if ~CheckOverwrite && exist(ncfile_out,'file')
    329             disp(['existing output file ' ncfile_out ' already exists, skip to next field'])
    330             continue% skip iteration if the mode overwrite is desactivated and the result file already exists
    331         end
    332     end
     278    %     %     if CheckInputFile
     279    %     if CheckOutputFile
     280    OutputPath=fullfile(Param.OutputPath,Param.Experiment,Param.Device);
     281    %         if iview_A==0 % no nc file has been entered
     282    %             ncfile=fullfile_uvmat(OutputPath,Param.InputTable{1,2},Param.InputTable{1,3},Param.InputTable{1,5},...
     283    %                 NomTypeNc,i1_series_Civ1(ifield),i2_series_Civ1(ifield),j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
     284    %         else% an existing nc file has been entered
     285    %             if iview_A==1% if Civ1 is performed
     286    %                 Civ1Dir=OutputDir;
     287    %             else
     288    %                 Civ1Dir=Param.InputTable{1,2};
     289    %             end
     290    if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
     291        ncfile=fullfile_uvmat(OutputPath,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i1_series_Civ1(ifield),i2_series_Civ1(ifield),...
     292            j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
     293    else
     294        ncfile=fullfile_uvmat(OutputPath,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i2_series_Civ1(ifield),[],...
     295            j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
     296    end
     297    %         end
     298    ncfile_out=ncfile;% by default
     299   
     300    if isfield (Param.ActionInput,'Civ2')
     301        i1_civ2=i1_series_Civ2(ifield);
     302        i2_civ2=i1_civ2;
     303        if ~isempty(i2_series_Civ2)
     304            i2_civ2=i2_series_Civ2(ifield);
     305        end
     306        j1_civ2=1;
     307        if ~isempty(j1_series_Civ2)
     308            j1_civ2=j1_series_Civ2(ifield);
     309        end
     310        j2_civ2=i1_civ2;
     311        if ~isempty(j2_series_Civ2)
     312            j2_civ2=j2_series_Civ2(ifield);
     313        end
     314        if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
     315            ncfile_out=fullfile_uvmat(OutputPath,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i1_civ2,i2_civ2,j1_civ2,j2_civ2);
     316        else % displacement
     317            ncfile_out=fullfile_uvmat(OutputPath,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i2_civ2,[],j2_civ2);
     318        end
     319    end
     320    if ~CheckOverwrite && exist(ncfile_out,'file')
     321        disp(['existing output file ' ncfile_out ' already exists, skip to next field'])
     322        continue% skip iteration if the mode overwrite is desactivated and the result file already exists
     323    end
     324    %     end
    333325    ImageName_A='';ImageName_B='';%default
    334326    VideoObject_A=[];VideoObject_B=[];
    … …  
    337329    % if Civ1 computation is requested
    338330    if Param.ActionInput.CheckCiv1
    339         if CheckInputFile
    340             disp('civ1 started')
    341         end
     331        disp('civ1 started')
    342332        par_civ1=Param.ActionInput.Civ1;% parameters for civ1
    343         if CheckInputFile % read input images (except in mode Test where it is introduced directly in Param.ActionInput.Civ1.ImageNameA and B)
    344             try
    345                 if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
    346                     ImageName_A=Param.ActionInput.RefFile;
    347                 else
    348                     ImageName_A=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_series_Civ1(ifield),[],j1_series_Civ1(ifield));
     333        %if CheckInputFile % read input images (except in mode Test where it is introduced directly in Param.ActionInput.Civ1.ImageNameA and B)
     334        try
     335            if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
     336                ImageName_A=Param.ActionInput.RefFile;
     337            else
     338                ImageName_A=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_series_Civ1(ifield),[],j1_series_Civ1(ifield));
     339            end
     340            if strcmp(FileExt_A,'.nc')% case of input images in format netcdf
     341                FieldName_A=Param.InputFields.FieldName;
     342                [DataIn,~,~,errormsg]=nc2struct(ImageName_A,{FieldName_A});
     343                par_civ1.ImageA=DataIn.(FieldName_A);
     344            else % usual image formats for image A
     345                if isempty(FileType_A)% open the image object if not already done in case of movie input
     346                    [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A);
     347                    FileType_A=FileInfo_A.FileType;
     348                    if isempty(Time) && ~isempty(find(strcmp(FileType_A,{'mmreader','video','cine_phantom'}), 1))% case of video input
     349                        Time=zeros(FileInfo_A.NumberOfFrames+1,2);
     350                        Time(:,2)=(0:1/FileInfo_A.FrameRate:(FileInfo_A.NumberOfFrames)/FileInfo_A.FrameRate)';
     351                    end
     352                    if ~isempty(FileType_A) && isempty(Time)% Time = index i +0.001 index j by default
     353                        MaxIndex_i=max(i2_series_Civ1);
     354                        MaxIndex_j=max(j2_series_Civ1);
     355                        Time=(1:MaxIndex_i)'*ones(1,MaxIndex_j);
     356                        Time=Time+0.001*ones(MaxIndex_i,1)*(1:MaxIndex_j);
     357                        Time=[zeros(1,MaxIndex_j);Time];% insert a first line of zeros
     358                        Time=[zeros(MaxIndex_i+1,1) Time];% insert a first column of zeros
     359                    end
    349360                end
    350                 if strcmp(FileExt_A,'.nc')% case of input images in format netcdf
    351                     FieldName_A=Param.InputFields.FieldName;
    352                     [DataIn,~,~,errormsg]=nc2struct(ImageName_A,{FieldName_A});
    353                     par_civ1.ImageA=DataIn.(FieldName_A);
    354                 else % usual image formats for image A
    355                     if isempty(FileType_A)% open the image object if not already done in case of movie input
    356                         [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A);
    357                         FileType_A=FileInfo_A.FileType;
    358                         if isempty(Time) && ~isempty(find(strcmp(FileType_A,{'mmreader','video','cine_phantom'}), 1))% case of video input
    359                             Time=zeros(FileInfo_A.NumberOfFrames+1,2);
    360                             Time(:,2)=(0:1/FileInfo_A.FrameRate:(FileInfo_A.NumberOfFrames)/FileInfo_A.FrameRate)';
    361                         end
    362                         if ~isempty(FileType_A) && isempty(Time)% Time = index i +0.001 index j by default
    363                             MaxIndex_i=max(i2_series_Civ1);
    364                             MaxIndex_j=max(j2_series_Civ1);
    365                             Time=(1:MaxIndex_i)'*ones(1,MaxIndex_j);
    366                             Time=Time+0.001*ones(MaxIndex_i,1)*(1:MaxIndex_j);
    367                             Time=[zeros(1,MaxIndex_j);Time];% insert a first line of zeros
    368                             Time=[zeros(MaxIndex_i+1,1) Time];% insert a first column of zeros
    369                         end
    370                     end
    371                     if isempty(regexp(ImageName_A,'(^http://)|(^https://)', 'once')) && ~exist(ImageName_A,'file')
    372                         disp([ImageName_A ' missing'])
    373                         continue
    374                     end
    375                     tsart_input=tic;
    376                     [par_civ1.ImageA,VideoObject_A] = read_image(ImageName_A,FileType_A,VideoObject_A,FrameIndex_A_Civ1(ifield));
    377                     time_input=toc(tsart_input);
    378                 end
    379                 ImageName_B=fullfile_uvmat(RootPath_B,SubDir_B,RootFile_B,FileExt_B,NomType_B,i2_series_Civ1(ifield),[],j2_series_Civ1(ifield));
    380                 if isempty(FileType_B)% determine the image type for the first field
    381                     [FileInfo_B,VideoObject_B]=get_file_info(ImageName_B);
    382                     FileType_B=FileInfo_B.FileType;
    383                 end
    384                 if isempty(regexp(ImageName_B,'(^http://)|(^https://)', 'once')) && ~exist(ImageName_B,'file')
    385                     disp([ImageName_B ' missing'])
     361                if isempty(regexp(ImageName_A,'(^http://)|(^https://)', 'once')) && ~exist(ImageName_A,'file')
     362                    disp([ImageName_A ' missing'])
    386363                    continue
    387364                end
    388                 [par_civ1.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ1(ifield));
    389             catch ME % display errors in reading input images
    390                 if ~isempty(ME.message)
    391                     disp_uvmat('ERROR', ['error reading input image: ' ME.message],checkrun)
    392                     continue
    393                 end
    394             end
    395            
    396             % par_civ1.ImageWidth=size(par_civ1.ImageA,2);
    397             % par_civ1.ImageHeight=size(par_civ1.ImageA,1);
    398             list_param=(fieldnames(Param.ActionInput.Civ1))';
    399             list_param(strcmp('TestCiv1',list_param))=[];% remove the parameter TestCiv1 from the list
    400             Civ1_param=regexprep(list_param,'^.+','Civ1_$0');% insert 'Civ1_' before  each string in list_param
    401             Civ1_param=[{'Civ1_ImageA','Civ1_ImageB','Civ1_Time','Civ1_Dt'} Civ1_param]; %insert the names of the two input images
    402             %indicate the values of all the global attributes in the output data
    403             Data.Civ1_ImageA=ImageName_A;
    404             Data.Civ1_ImageB=ImageName_B;
    405             i1=i1_series_Civ1(ifield);
    406             i2=i1;
    407             if ~isempty(i2_series_Civ1)
    408                 i2=i2_series_Civ1(ifield);
    409             end
    410             j1=1;
    411             if ~isempty(j1_series_Civ1)
    412                 j1=j1_series_Civ1(ifield);
    413             end
    414             j2=j1;
    415             if ~isempty(j2_series_Civ1)
    416                 j2=j2_series_Civ1(ifield);
    417             end
    418             if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
    419                 Data.Civ1_Time=Time(i2+1,j2+1);% the Time is the Time of the secodn image
    420                 Data.Civ1_Dt=1;% Time interval is 1, to yield displacement instead of velocity=displacement/Dt at reading
    421             else
    422                 Data.Civ1_Time=(Time(i2+1,j2+1)+Time(i1+1,j1+1))/2;% the Time is the Time at the middle of the image pair
    423                 Data.Civ1_Dt=Time(i2+1,j2+1)-Time(i1+1,j1+1);
    424             end
    425             for ilist=1:length(list_param)
    426                 Data.(Civ1_param{4+ilist})=Param.ActionInput.Civ1.(list_param{ilist});
    427             end
    428             Data.ListGlobalAttribute=[ListGlobalAttribute Civ1_param];
    429            
    430             Data.CivStage=1;
     365                tsart_input=tic;
     366                [par_civ1.ImageA,VideoObject_A] = read_image(ImageName_A,FileType_A,VideoObject_A,FrameIndex_A_Civ1(ifield));
     367                time_input=toc(tsart_input);
     368            end
     369            ImageName_B=fullfile_uvmat(RootPath_B,SubDir_B,RootFile_B,FileExt_B,NomType_B,i2_series_Civ1(ifield),[],j2_series_Civ1(ifield));
     370            if isempty(FileType_B)% determine the image type for the first field
     371                [FileInfo_B,VideoObject_B]=get_file_info(ImageName_B);
     372                FileType_B=FileInfo_B.FileType;
     373            end
     374            if isempty(regexp(ImageName_B,'(^http://)|(^https://)', 'once')) && ~exist(ImageName_B,'file')
     375                disp([ImageName_B ' missing'])
     376                continue
     377            end
     378            [par_civ1.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ1(ifield));
     379        catch ME % display errors in reading input images
     380            if ~isempty(ME.message)
     381                disp_uvmat('ERROR', ['error reading input image: ' ME.message],checkrun)
     382                continue
     383            end
     384        end
     385       
     386        % par_civ1.ImageWidth=size(par_civ1.ImageA,2);
     387        % par_civ1.ImageHeight=size(par_civ1.ImageA,1);
     388        list_param=(fieldnames(Param.ActionInput.Civ1))';
     389        list_param(strcmp('TestCiv1',list_param))=[];% remove the parameter TestCiv1 from the list
     390        Civ1_param=regexprep(list_param,'^.+','Civ1_$0');% insert 'Civ1_' before  each string in list_param
     391        Civ1_param=[{'Civ1_ImageA','Civ1_ImageB','Civ1_Time','Civ1_Dt'} Civ1_param]; %insert the names of the two input images
     392        %indicate the values of all the global attributes in the output data
     393        Data.Civ1_ImageA=ImageName_A;
     394        Data.Civ1_ImageB=ImageName_B;
     395        i1=i1_series_Civ1(ifield);
     396        i2=i1;
     397        if ~isempty(i2_series_Civ1)
     398            i2=i2_series_Civ1(ifield);
     399        end
     400        j1=1;
     401        if ~isempty(j1_series_Civ1)
     402            j1=j1_series_Civ1(ifield);
     403        end
     404        j2=j1;
     405        if ~isempty(j2_series_Civ1)
     406            j2=j2_series_Civ1(ifield);
     407        end
     408        if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
     409            Data.Civ1_Time=Time(i2+1,j2+1);% the Time is the Time of the second image
     410            Data.Civ1_Dt=1;% Time interval is 1, to yield displacement instead of velocity=displacement/Dt at reading
    431411        else
    432             i1=Param.ActionInput.PairIndices.ref_i; %case of TESTmode
    433         end
     412            Data.Civ1_Time=(Time(i2+1,j2+1)+Time(i1+1,j1+1))/2;% the Time is the Time at the middle of the image pair
     413            Data.Civ1_Dt=Time(i2+1,j2+1)-Time(i1+1,j1+1);
     414        end
     415        for ilist=1:length(list_param)
     416            Data.(Civ1_param{4+ilist})=Param.ActionInput.Civ1.(list_param{ilist});
     417        end
     418        Data.ListGlobalAttribute=[ListGlobalAttribute Civ1_param];
     419        Data.CivStage=1;
     420       
    434421        % set the list of variables
    435422        Data.ListVarName={'Civ1_X','Civ1_Y','Civ1_U','Civ1_V','Civ1_C','Civ1_FF'};%  cell array containing the names of the fields to record
    … …  
    489476       
    490477        % caluclate velocity data
    491        % tstart_civ1=tic;
    492478        [Data.Civ1_X,Data.Civ1_Y,Data.Civ1_U,Data.Civ1_V,Data.Civ1_C,Data.Civ1_FF, result_conv, errormsg] = civ (par_civ1);
    493479        if ~isempty(errormsg)
    … …  
    495481            return
    496482        end
    497 %         
    498 %         if exist('ncfile','var')
    499 %             CivFile=ncfile;
    500 %             % [Data,tild,tild,errormsg]=nc2struct(CivFile,'ListGlobalAttribute','absolut_time_T0'); %look for the constant 'absolut_time_T0' to detect old civx data format
    501 %             % if ~isempty(errormsg)
    502 %             %     disp_uvmat('ERROR',errormsg,checkrun)
    503 %             %     return
    504 %             % end
    505 %             [Data,tild,tild,errormsg]=nc2struct(CivFile);%read civ1 and fix1 data in the existing netcdf file
    506 %             if ~isempty(errormsg)
    507 %                 disp(errormsg)
    508 %                 return
    509 %             end
    510 %         elseif isfield(Param,'Civ1_X')
    511 %             Data.ListGlobalAttribute={};
    512 %             Data.ListVarName={};
    513 %             Data.VarDimName={};
    514 %             Data.Civ1_X=Param.Civ1_X;
    515 %             Data.Civ1_Y=Param.Civ1_Y;
    516 %             Data.Civ1_U=Param.Civ1_U;
    517 %             Data.Civ1_V=Param.Civ1_V;
    518 %             Data.Civ1_FF=Param.Civ1_FF;
    519 %         end
    520     end
    521 
     483    end
     484   
    522485   
    523486    %% Fix1
    … …  
    542505    end
    543506    %% Patch1
    544     if isfield (Param.ActionInput,'Patch1')
     507    if Param.ActionInput.CheckPatch1 && isfield (Param.ActionInput,'Patch1')
    545508        disp('patch1 started')
    546          tstart_patch1=tic;
    547        
     509        tstart_patch1=tic;
     510        
    548511        % record the processing parameters of Patch1 as global attributes in the result nc file
    549512        list_param=fieldnames(Param.ActionInput.Patch1)';
    … …  
    574537        end
    575538        if isempty(ind_good)
    576                         disp_uvmat('ERROR','all vectors of civ1 are bad, check input parameters' ,checkrun)
    577                         return
    578         end
    579 
     539            disp_uvmat('ERROR','all vectors of civ1 are bad, check input parameters' ,checkrun)
     540            return
     541        end
     542       
    580543        % perform Patch calculation using the UVMAT fct 'filter_tps'
    581544        [Data.Civ1_SubRange,Data.Civ1_NbCentres,Data.Civ1_Coord_tps,Data.Civ1_U_tps,Data.Civ1_V_tps,~,Ures, Vres,~,FFres]=...
    … …  
    593556        tstart_civ2=tic;
    594557        par_civ2=Param.ActionInput.Civ2;
    595         if CheckInputFile % read input images (except in mode Test where it is introduced directly in Param.ActionInput.Civ1.ImageNameA and B)
    596             par_civ2.ImageA=[];
    597             par_civ2.ImageB=[];
    598             if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
    599                 ImageName_A_Civ2=Param.ActionInput.RefFile;
    600             else
    601                 ImageName_A_Civ2=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_civ2,[],j1_civ2);
    602             end
    603             if strcmp(ImageName_A_Civ2,ImageName_A) && isequal(FrameIndex_A_Civ1(ifield),FrameIndex_A_Civ2(ifield))
    604                 par_civ2.ImageA=par_civ1.ImageA;
    605             else
    606                 [par_civ2.ImageA,VideoObject_A] = read_image(ImageName_A_Civ2,FileType_A,VideoObject_A,FrameIndex_A_Civ2(ifield));
    607             end
    608             ImageName_B_Civ2=fullfile_uvmat(RootPath_B,SubDir_B,RootFile_B,FileExt_B,NomType_B,i2_civ2,[],j2_civ2);
    609             if strcmp(ImageName_B_Civ2,ImageName_B) && isequal(FrameIndex_B_Civ1(ifield),FrameIndex_B_Civ2)
    610                 par_civ2.ImageB=par_civ1.ImageB;
    611             else
    612                 [par_civ2.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B_Civ2,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ2(ifield));
    613             end
    614             [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A_Civ2);
    615             [npy_ima,npx_ima]=size(par_civ2.ImageA(:,:));
    616             % par_civ2.ImageWidth=FileInfo_A.Width;
    617             % par_civ2.ImageHeight=FileInfo_A.Height;
    618 
    619             if par_civ2.CheckGrid &&~isempty(par_civ2.Grid) % case of input grid
    620                 GridData=nc2struct(Param.ActionInput.Civ2.Grid);
    621                 par_civ2.Grid=GridData.Grid;
    622                 par_civ2.CorrBoxSize=GridData.CorrBox;
    623 
    624             else% automatic grid
    625                 nbinterv_x=floor((npx_ima-1)/par_civ2.Dx);
    626                 gridlength_x=nbinterv_x*par_civ2.Dx;
    627                 minix=ceil((npx_ima-gridlength_x)/2);
    628                 nbinterv_y=floor((npy_ima-1)/par_civ2.Dy);
    629                 gridlength_y=nbinterv_y*par_civ2.Dy;
    630                 miniy=ceil((npy_ima-gridlength_y)/2);
    631                 [GridX,GridY]=meshgrid(minix:par_civ2.Dx:npx_ima-1,miniy:par_civ2.Dy:npy_ima-1);
    632                 par_civ2.Grid=zeros(numel(GridX),2);
    633                 par_civ2.Grid(:,1)=reshape(GridX,[],1);
    634                 par_civ2.Grid(:,2)=reshape(GridY,[],1);% increases with array index
    635 
    636             end
    637         end
    638 
     558        %         if CheckInputFile % read input images (except in mode Test where it is introduced directly in Param.ActionInput.Civ1.ImageNameA and B)
     559        par_civ2.ImageA=[];
     560        par_civ2.ImageB=[];
     561        if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
     562            ImageName_A_Civ2=Param.ActionInput.RefFile;
     563        else
     564            ImageName_A_Civ2=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_civ2,[],j1_civ2);
     565        end
     566        if strcmp(ImageName_A_Civ2,ImageName_A) && isequal(FrameIndex_A_Civ1(ifield),FrameIndex_A_Civ2(ifield))
     567            par_civ2.ImageA=par_civ1.ImageA;
     568        else
     569            [par_civ2.ImageA,VideoObject_A] = read_image(ImageName_A_Civ2,FileType_A,VideoObject_A,FrameIndex_A_Civ2(ifield));
     570        end
     571        ImageName_B_Civ2=fullfile_uvmat(RootPath_B,SubDir_B,RootFile_B,FileExt_B,NomType_B,i2_civ2,[],j2_civ2);
     572        if strcmp(ImageName_B_Civ2,ImageName_B) && isequal(FrameIndex_B_Civ1(ifield),FrameIndex_B_Civ2)
     573            par_civ2.ImageB=par_civ1.ImageB;
     574        else
     575            [par_civ2.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B_Civ2,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ2(ifield));
     576        end
     577        %  [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A_Civ2);
     578        npy_ima=size(par_civ2.ImageA,1);
     579        npx_ima=size(par_civ2.ImageA,2);
     580        if par_civ2.CheckGrid &&~isempty(par_civ2.Grid) % case of input grid
     581            GridData=nc2struct(Param.ActionInput.Civ2.Grid);
     582            par_civ2.Grid=GridData.Grid;
     583            par_civ2.CorrBoxSize=GridData.CorrBox;
     584        else% automatic grid
     585            nbinterv_x=floor((npx_ima-1)/par_civ2.Dx);
     586            gridlength_x=nbinterv_x*par_civ2.Dx;
     587            minix=ceil((npx_ima-gridlength_x)/2);
     588            nbinterv_y=floor((npy_ima-1)/par_civ2.Dy);
     589            gridlength_y=nbinterv_y*par_civ2.Dy;
     590            miniy=ceil((npy_ima-gridlength_y)/2);
     591            [GridX,GridY]=meshgrid(minix:par_civ2.Dx:npx_ima-1,miniy:par_civ2.Dy:npy_ima-1);
     592            par_civ2.Grid=zeros(numel(GridX),2);
     593            par_civ2.Grid(:,1)=reshape(GridX,[],1);
     594            par_civ2.Grid(:,2)=reshape(GridY,[],1);% increases with array index
     595        end
     596       
    639597        % get the guess from patch1 or patch2 (case 'CheckCiv3')
    640         % if CheckInputFile % read input images (except in mode Test where it is introduced directly in Param.ActionInput.Civ1.ImageNameA and B)
    641         if isfield (par_civ2,'CheckCiv3') && par_civ2.CheckCiv3 %get the guess from  patch2
    642             SubRange= Data.Civ2_SubRange;
    643             NbCentres=Data.Civ2_NbCentres;
    644             Coord_tps=Data.Civ2_Coord_tps;
    645             U_tps=Data.Civ2_U_tps;
    646             V_tps=Data.Civ2_V_tps;
    647             CivStage=Data.CivStage;%store the current CivStage
    648             Civ1_Dt=Data.Civ2_Dt;
     598        if iview_A==2 && isfield (par_civ2,'CheckCiv3') && strcmp(par_civ2.CheckCiv3,'iterate(civ3)') %get the guess from  patch2% Civ1 data read in a netcdf file
     599            [DataIn,~,~,errormsg]=nc2struct(filecell{1,ifield});
     600            if ~isempty(errormsg)
     601                disp(errormsg)
     602                return
     603            end
     604            SubRange= DataIn.Civ2_SubRange;
     605            NbCentres=DataIn.Civ2_NbCentres;
     606            Coord_tps=DataIn.Civ2_Coord_tps;
     607            U_tps=DataIn.Civ2_U_tps;
     608            V_tps=DataIn.Civ2_V_tps;
     609            %CivStage=DataIn.CivStage;%store the current CivStage
     610            Civ1_Dt=DataIn.Civ2_Dt;
    649611            Data=[];%reinitialise the result structure Data
    650612            Data.ListGlobalAttribute={'Conventions','Program','CivStage'};
    651613            Data.Conventions='uvmat/civdata';% states the conventions used for the description of field variables and attributes
    652614            Data.Program='civ_series';
    653             Data.CivStage=CivStage+1;%update the current civStage after reinitialisation of Data
     615           % Data.CivStage=CivStage+1;%update the current civStage after reinitialisation of Data
    654616            Data.ListVarName={};
    655617            Data.VarDimName={};
    … …  
    661623            V_tps=Data.Civ1_V_tps;
    662624            Civ1_Dt=Data.Civ1_Dt;
    663             Data.CivStage=4;
    664         end
    665         % else
    666         %     SubRange= par_civ2.Civ1_SubRange;
    667         %     NbCentres=par_civ2.Civ1_NbCentres;
    668         %     Coord_tps=par_civ2.Civ1_Coord_tps;
    669         %     U_tps=par_civ2.Civ1_U_tps;
    670         %     V_tps=par_civ2.Civ1_V_tps;
    671         %     Civ1_Dt=par_civ2.Civ1_Dt;
    672         %     Civ2_Dt=par_civ2.Civ1_Dt;
    673         %     Data.ListVarName={};
    674         %     Data.VarDimName={};
    675         % end
    676         Shiftx=zeros(size(par_civ2.Grid,1),1);% shift expected from civ1 data
     625%             Data.CivStage=4;
     626        end
     627         Data.CivStage=4;
     628        %             SubRange= par_civ2.Civ1_SubRange;
     629        %             NbCentres=par_civ2.Civ1_NbCentres;
     630        %             Coord_tps=par_civ2.Civ1_Coord_tps;
     631        %             U_tps=par_civ2.Civ1_U_tps;
     632        %             V_tps=par_civ2.Civ1_V_tps;
     633        %             Civ1_Dt=par_civ2.Civ1_Dt;
     634        %             Civ2_Dt=par_civ2.Civ1_Dt;
     635        %             Data.ListVarName={};
     636        %             Data.VarDimName={};
     637        %         end
     638        Shiftx=zeros(size(par_civ2.Grid,1),1);% initialise the shift expected from civ1 data
    677639        Shifty=zeros(size(par_civ2.Grid,1),1);
    678640        nbval=zeros(size(par_civ2.Grid,1),1);% nbre of interpolated values at each grid point (from the different patch subdomains)
    … …  
    713675        Shiftx(nbval>0)=Shiftx(nbval>0)./nbval(nbval>0);
    714676        Shifty(nbval>0)=Shifty(nbval>0)./nbval(nbval>0);
    715 
     677       
    716678        % introduce mask
    717679        if par_civ2.CheckMask && ~isempty(par_civ2.Mask)
    … …  
    753715            end
    754716        end
    755 
    756         if CheckInputFile % else Dt given by par_civ2
    757             if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
    758                 Civ1_Dt=1;
    759                 Civ2_Dt=1;
    760             else
    761                 Civ2_Dt=Time(i2_civ2+1,j2_civ2+1)-Time(i1_civ2+1,j1_civ2+1);
    762             end
     717       
     718       
     719        if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
     720            Civ1_Dt=1;
     721            Civ2_Dt=1;
     722        else
     723            Civ2_Dt=Time(i2_civ2+1,j2_civ2+1)-Time(i1_civ2+1,j1_civ2+1);
    763724        end
    764725        par_civ2.SearchBoxShift=zeros(size(par_civ2.Grid));
    765         par_civ2.SearchBoxShift(:,1)=(Civ2_Dt/Civ1_Dt)*Shiftx;
     726        par_civ2.SearchBoxShift(:,1)=(Civ2_Dt/Civ1_Dt)*Shiftx;%rescale the shift in case of Dt different for Civ1 and Civ2
    766727        par_civ2.SearchBoxShift(:,2)=(Civ2_Dt/Civ1_Dt)*Shifty;
    767         % shift the grid points by half the expected shift to provide the correlation box position in image A
    768         %par_civ2.Grid=[par_civ2.Grid(nbval>=1,1)-par_civ2.SearchBoxShift(:,1)/2 par_civ2.Grid(nbval>=1,2)-par_civ2.SearchBoxShift(:,2)/2];
    769 
     728       
    770729        if par_civ2.CheckDeformation
    771730            par_civ2.DUDX(nbval>0)=DUDX(nbval>0)./nbval(nbval>0);
    … …  
    774733            par_civ2.DVDY(nbval>0)=DVDY(nbval>0)./nbval(nbval>0);
    775734        end
    776 
     735       
    777736        % calculate velocity data (y and v in image indices, reverse to y component)
    778 
     737       
    779738        [Data.Civ2_X,Data.Civ2_Y,Data.Civ2_U,Data.Civ2_V,Data.Civ2_C,Data.Civ2_FF,~, errormsg] = civ (par_civ2);
    780 
     739       
    781740        list_param=(fieldnames(Param.ActionInput.Civ2))';
    782741        list_param(strcmp('TestCiv2',list_param))=[];% remove the parameter TestCiv2 from the list
    … …  
    799758        end
    800759        Data.ListGlobalAttribute=[Data.ListGlobalAttribute Civ2_param];
    801 
     760       
    802761        nbvar=numel(Data.ListVarName);
    803762        % define the Civ2 variable (if Civ2 data are not replaced from previous calculation)
    … …  
    817776        if exist('ncfile','var')
    818777            CivFile=ncfile;
    819             [Data,tild,tild,errormsg]=nc2struct(CivFile);%read civ1 and detect_false1 data in the existing netcdf file
     778            [Data,~,~,errormsg]=nc2struct(CivFile);%read civ1 and detect_false1 data in the existing netcdf file
    820779            if ~isempty(errormsg)
    821780                disp_uvmat('ERROR',errormsg,checkrun)
    … …  
    824783        end
    825784    end
    826 
     785   
    827786    %% Fix2
    828     if isfield (Param.ActionInput,'Fix2')
     787    if Param.ActionInput.CheckFix2 && isfield (Param.ActionInput,'Fix2')% if Fix2 computation is requested
    829788        disp('detect_false2 started')
    830789        list_param=fieldnames(Param.ActionInput.Fix2)';
    … …  
    840799   
    841800    %% Patch2
    842     if isfield (Param.ActionInput,'Patch2')
     801    if Param.ActionInput.CheckPatch2 && isfield (Param.ActionInput,'Patch2')% if Patch2 computation is requested
     802       
    843803        disp('patch2 started')
    844804        tstart_patch2=tic;
    … …  
    869829            ind_good=1:numel(Data.Civ2_X);
    870830        end
    871                 if isempty(ind_good)
    872                         disp_uvmat('ERROR','all vectors of civ2 are bad, check input parameters' ,checkrun)
    873                         return
    874                 end
    875              
     831        if isempty(ind_good)
     832            disp_uvmat('ERROR','all vectors of civ2 are bad, check input parameters' ,checkrun)
     833            return
     834        end
     835       
    876836        [Data.Civ2_SubRange,Data.Civ2_NbCentres,Data.Civ2_Coord_tps,Data.Civ2_U_tps,Data.Civ2_V_tps,tild,Ures,Vres,tild,FFres]=...
    877837            filter_tps([Data.Civ2_X(ind_good) Data.Civ2_Y(ind_good)],Data.Civ2_U(ind_good),Data.Civ2_V(ind_good),[],Data.Patch2_SubDomainSize,Data.Patch2_FieldSmooth,Data.Patch2_MaxDiff);
    … …  
    884844    end
    885845   
    886     %% write result in a netcdf file if requested
    887     if CheckOutputFile
    888         errormsg=struct2nc(ncfile_out,Data);
    889         if isempty(errormsg)
    890             disp([ncfile_out ' written'])
    891         else
    892             disp(errormsg)
    893         end
    894         time_total=toc(tstart);
    895         disp(['ellapsed time ' num2str(time_total/60,2) ' minutes'])
    896         disp(['time civ1 ' num2str(time_civ1,2) ' s'])
    897         disp(['time patch1 ' num2str(time_patch1,2) ' s'])
    898         disp(['time civ2 ' num2str(time_civ2,2) ' s'])
    899         disp(['time patch2 ' num2str(time_patch2,2) ' s'])
    900         if exist('time_input','var')
    901             disp(['time image reading ' num2str(time_input,2) ' s'])
    902             disp(['time other ' num2str((time_total-time_input-time_civ1-time_patch1-time_civ2-time_patch2),2) ' s'])
    903         end
    904     end
    905 end
     846    %% write result in a netcdf file
     847    errormsg=struct2nc(ncfile_out,Data);
     848    if isempty(errormsg)
     849        disp([ncfile_out ' written'])
     850    else
     851        disp(errormsg)
     852    end
     853    time_total=toc(tstart);
     854    disp(['ellapsed time ' num2str(time_total/60,2) ' minutes'])
     855    disp(['time civ1 ' num2str(time_civ1,2) ' s'])
     856    disp(['time patch1 ' num2str(time_patch1,2) ' s'])
     857    disp(['time civ2 ' num2str(time_civ2,2) ' s'])
     858    disp(['time patch2 ' num2str(time_patch2,2) ' s'])
     859    if exist('time_input','var')
     860        disp(['time image reading ' num2str(time_input,2) ' s'])
     861        disp(['time other ' num2str((time_total-time_input-time_civ1-time_patch1-time_civ2-time_patch2),2) ' s'])
     862    end
     863end
     864
     865
    906866
    907867%------------------------------------------------------------------------
    … …  
    967927end
    968928
     929%------------------------------------------------------------------------
     930% --- set the flag for false vectors
    969931function FF=detect_false(Param,C,U,V,FFIn)
    970932FF=FFIn;%default, good vectors

  • trunk/src/uvmat.m

    r1168 r1169  
    28982898%case of view mask selection
    28992899if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
    2900    [RootPath,SubDir,RootFile,FileIndex,FileExt]=read_file_boxes(handles);
    2901 % if isempty(regexp(RootPath,'^http://'))
    2902 %     fileinput=[fullfile(RootPath,SubDir,RootFile) FileIndex FileExt];% build the input file name (first line)
    2903 % else
    2904 %     fileinput=[RootPath '/' SubDir '/' RootFile FileIndex FileExt];%
    2905 % end
    2906 %  FileInfo=get_file_info(fileinput);
    2907      
    2908 %     MaskSubDir=regexprep(SubDir,'\..*','');%take the root part of SubDir, before the first dot '.'
    2909 %     MaskPath=fullfile(RootPath,[MaskSubDir '.mask']);
    2910     mdetect=0;
    2911 %     if exist(MaskPath,'dir')
    2912 %         ListStruct=dir(MaskPath);%look for a mask file
    2913 %         ListCells=struct2cell(ListStruct);% transform dir struct to a cell arrray
    2914 %         check_dir=cell2mat(ListCells(4,:));% =1 for directories, =0 for files
    2915 %         ListFiles=ListCells(1,:);%list of file and dri names
    2916 %         ListFiles=ListFiles(~check_dir);%list of file names (excluding dir)
    2917 %         if ~isempty(ListFiles)
    2918 %             for ifile=1:numel(ListFiles)
    2919 %                 [tild,tild,MaskExt]=fileparts(ListFiles{1});
    2920 %                 [tild,tild,MaskFile{ifile},i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,MaskNomType,MaskFileInfo]=find_file_series(MaskPath,ListFiles{ifile},0);
    2921 %                 MaskFileType=MaskFileInfo.FileType;
    2922 %                 if strcmp(MaskFileType,'image') && isempty(i2_series) && isempty(j2_series)
    2923 %                     mdetect=1;
    2924 %                 end
    2925 %                 if ~strcmp(MaskFile{ifile},MaskFile{1})
    2926 %                     mdetect=0;% cancel detection test in case of multiple masks, use the brower for selection
    2927 %                     break
    2928 %                 end
    2929 %             end
    2930 %         end
    2931 %         RootPath=MaskPath;
    2932 %     end
    2933     filemask= uigetfile_uvmat('pick a mask image file:',RootPath,'image');
     2900    [RootPath,SubDir,RootFile,FileIndex,FileExt]=read_file_boxes(handles);
     2901    if isempty(regexp(RootPath,'^http://'))
     2902        fileinput=[fullfile(RootPath,SubDir,RootFile) FileIndex FileExt];% build the input file name (first line)
     2903    else
     2904        fileinput=[RootPath '/' SubDir '/' RootFile FileIndex FileExt];%
     2905    end
     2906    FileInfo=get_file_info(fileinput);
     2907    if isfield(FileInfo,'MaskFile')&& exist(FileInfo.MaskFile,'file')
     2908        filemask=FileInfo.MaskFile;
     2909    else
     2910        %     MaskSubDir=regexprep(SubDir,'\..*','');%take the root part of SubDir, before the first dot '.'
     2911        %     MaskPath=fullfile(RootPath,[MaskSubDir '.mask']);
     2912        %    mdetect=0;
     2913        %     if exist(MaskPath,'dir')
     2914        %         ListStruct=dir(MaskPath);%look for a mask file
     2915        %         ListCells=struct2cell(ListStruct);% transform dir struct to a cell arrray
     2916        %         check_dir=cell2mat(ListCells(4,:));% =1 for directories, =0 for files
     2917        %         ListFiles=ListCells(1,:);%list of file and dri names
     2918        %         ListFiles=ListFiles(~check_dir);%list of file names (excluding dir)
     2919        %         if ~isempty(ListFiles)
     2920        %             for ifile=1:numel(ListFiles)
     2921        %                 [tild,tild,MaskExt]=fileparts(ListFiles{1});
     2922        %                 [tild,tild,MaskFile{ifile},i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,MaskNomType,MaskFileInfo]=find_file_series(MaskPath,ListFiles{ifile},0);
     2923        %                 MaskFileType=MaskFileInfo.FileType;
     2924        %                 if strcmp(MaskFileType,'image') && isempty(i2_series) && isempty(j2_series)
     2925        %                     mdetect=1;
     2926        %                 end
     2927        %                 if ~strcmp(MaskFile{ifile},MaskFile{1})
     2928        %                     mdetect=0;% cancel detection test in case of multiple masks, use the brower for selection
     2929        %                     break
     2930        %                 end
     2931        %             end
     2932        %         end
     2933        %         RootPath=MaskPath;
     2934        %     end
     2935        filemask= uigetfile_uvmat('pick a mask image file:',RootPath,'image');
     2936    end
    29342937    if ~isempty(filemask)
    29352938        [MaskPath,FileName,FileExt]=fileparts(filemask);
    … …  
    29492952        errormsg=update_mask(handles);
    29502953        if ~isempty(errormsg)
    2951              msgbox_uvmat(['ERROR','error in displaying mask, ' errormsg]);
     2954            msgbox_uvmat(['ERROR','error in displaying mask, ' errormsg]);
    29522955        end
    29532956        testmask=1;
    … …  
    29562959    MaskData=get(handles.CheckMask,'UserData');
    29572960    if isfield(MaskData,'maskhandle') && ishandle(MaskData.maskhandle)
    2958         delete(MaskData.maskhandle)
     2961       % delete(MaskData.maskhandle)
     2962       set(MaskData.maskhandle,'Visible','off')
    29592963    end
    29602964    set(handles.CheckMask,'UserData',[])
    … …  
    30373041            if ~isempty(hmask)
    30383042                set(hmask,'CData',imflag)
    3039                 set(hmask,'AlphaData',flagmask*0.6)
     3043                set(hmask,'AlphaData',flagmask*0.3)
    30403044                set(hmask,'XData',MaskField.Coord_x);
    30413045                set(hmask,'YData',MaskField.Coord_y);
    … …  
    30443048                axes(handles.PlotAxes)
    30453049                hold on
    3046                 MaskInfo.maskhandle=image(MaskField.Coord_x,MaskField.Coord_y,imflag,'Tag','mask','HitTest','off','AlphaData',0.6*ones(size(flagmask)));
     3050                MaskInfo.maskhandle=image(MaskField.Coord_x,MaskField.Coord_y,imflag,'Tag','mask','HitTest','off','AlphaData',0.3*ones(size(flagmask)));
    30473051                set(handles.CheckMask,'UserData',MaskInfo)
    30483052            end
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.