Changeset 257


Ignore:
Timestamp:
May 28, 2011, 3:31:15 PM (13 years ago)
Author:
sommeria
Message:

launch_jobs clarified to deal with different systems and PIV in matlab

Location:
trunk/src
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/civ.m

    r256 r257  
    2222function varargout = civ(varargin)
    2323
    24 % Last Modified by GUIDE v2.5 11-Mar-2011 08:21:21
     24% Last Modified by GUIDE v2.5 27-May-2011 17:55:50
    2525% Begin initialization code - DO NOT EDIT
    2626gui_Singleton = 1;
     
    6666filebase=''; % root file name ('filebase'.civ)
    6767ext=[];
    68 set(handles.CivAll,'String',{'CivX';'CivAll';'CivUvmat'})
    69 set(handles.subdomain_patch1,'String','1500')% default values
    70 set(handles.subdomain_patch2,'String','1500')
    71 delete(handles.grid_patch1)
    72 delete(handles.get_gridpatch1)
    73 delete(handles.grid_patch2)
    74 delete(handles.get_gridpatch2)
    7568
    7669%default input parameters:
     
    344337    if ~isempty(Data.CivStage)%test for civ files
    345338        ind_opening=Data.CivStage;
    346         set(handles.CivAll,'Value',3)
     339        set(handles.CivMode,'Value',3)
    347340    end
    348341    if ~isempty(Data.absolut_time_T0)%test for civx files
    349         set(handles.CivAll,'Value',1)
     342        set(handles.CivMode,'Value',1)
    350343        if isfield(Data,'fix') && isequal(Data.fix,1)
    351344            ind_opening=3;
     
    14261419    display(errormsg)
    14271420    msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    1428 elseif  isfield(handles,'status') %&& ~isequal(get(handles.CivAll,'Value'),3)
     1421elseif  isfield(handles,'status') %&& ~isequal(get(handles.CivMode,'Value'),3)
    14291422    set(handles.status,'Value',1);%suppress status display
    14301423    status_Callback(hObject, eventdata, handles)
     
    15241517nbslice=numel(num_a_civ1);
    15251518
    1526 %% read names of the .exe files for PIV and patch
     1519%% choose the batch or run mode
    15271520path_UVMAT=fileparts(which('uvmat')); %path to the source directory of uvmat
    15281521xmlfile='PARAM.xml';
     
    15351528    if isfield(s,'BatchParam')
    15361529        sparam=s.BatchParam;
    1537 
    1538         if ~ismember(sparam.BatchMode,{'sge','oar'})
    1539             errormsg=['batch mode ' sparam.BatchMode ' not supported by UVMAT'];
    1540             return
     1530        if isfield(sparam,'BatchMode')
     1531            batch_mode=sparam.BatchMode;
     1532            if ~ismember(batch_mode,{'sge','oar'})
     1533                errormsg=['batch mode ' batch_mode ' not supported by UVMAT'];
     1534                return
     1535            end
    15411536        end
    15421537    else
     
    15441539        return
    15451540    end
    1546     if isfield(sparam,'BatchMode')
    1547         batch_mode=sparam.BatchMode;
    1548     end
    1549     % choice of batch priority:
    1550     ind_answer=2;
    1551     [s,w]=unix('qstat -q civ.q|grep job_| wc -l'); %check the waiting list (command unix)
    1552     if isequal(s,0)
    1553         w(end)=[];
    1554         str_displ={[w ' jobs in the waiting list'];...
    1555             '***********************';...
    1556             'JOBS PRIORITY POLICY';...
    1557             '- urgent = less than 100 images pairs';...
    1558             '- normal = during the experiments';...
    1559             '- low = post processing';...
    1560             '***********************';...
    1561             'Select a priority:'};
    1562             ' ';...
    1563             str={'urgent';'normal';'low'};
    1564         [ind_answer,v] = listdlg('PromptString',str_displ,...
    1565             'SelectionMode','single',...
    1566             'ListString',str,'ListSize',[200 100],'Name','job priority','InitialValue',3);
    1567         if isequal(v,0) % to handle Cancel button and figure close,
    1568             errormsg='job cancelled';
    1569             return % a better way should be create
    1570         end
    1571     else
    1572         msgbox_uvmat('ERROR','sge batch system not available')
    1573         return
    1574     end
    1575 else
     1541   
     1542    switch batch_mode
     1543        case 'sge'
     1544            % choice of batch priority:
     1545            ind_answer=2;
     1546            [s,w]=unix('qstat -q civ.q|grep job_| wc -l'); %check the waiting list (command unix)
     1547            if isequal(s,0)
     1548                w(end)=[];
     1549                str_displ={[w ' jobs in the waiting list'];...
     1550                    '***********************';...
     1551                    'JOBS PRIORITY POLICY';...
     1552                    '- urgent = less than 100 images pairs';...
     1553                    '- normal = during the experiments';...
     1554                    '- low = post processing';...
     1555                    '***********************';...
     1556                    'Select a priority:'};
     1557                ' ';...
     1558                    str={'urgent';'normal';'low'};
     1559                [ind_answer,v] = listdlg('PromptString',str_displ,...
     1560                    'SelectionMode','single',...
     1561                    'ListString',str,'ListSize',[200 100],'Name','job priority','InitialValue',3);
     1562                if isequal(v,0) % to handle Cancel button and figure close,
     1563                    errormsg='job cancelled';
     1564                    return % a better way should be create
     1565                end
     1566            else
     1567                msgbox_uvmat('ERROR','sge batch system not available')
     1568                return
     1569            end
     1570    end
     1571else % run
    15761572    if isfield(s,'RunParam')
    15771573        sparam=s.RunParam;
     
    15831579
    15841580%% choose the civ program
    1585 ProgList=get(handles.CivAll,'String');
    1586 index=get(handles.CivAll,'Value');
    1587 CivX=isequal(ProgList{index},'CivX');
    1588 CivAll=isequal(ProgList{index},'CivAll');
    1589 CivUvmat=isequal(ProgList{index},'CivUvmat');
    1590 %CivAll=isequal(get(handles.CivAll,'Value'),2); % Boolean for new civ programs
    1591 if CivAll && isfield(sparam,'CivBin')
    1592     CivBin=sparam.CivBin;
    1593     if ~exist(CivBin,'file') || ~isempty(which(CivBin))% if path defined as relative to uvmat
    1594         sparam.CivBin=fullfile(path_UVMAT,CivBin);
    1595         if ~exist(sparam.CivBin,'file')
    1596              msgbox_uvmat('ERROR',['CIVx binary ' CivBin ' defined in PARAM.xm does not exist'])
    1597              return
    1598         end
    1599     end
    1600 end
    1601 if isfield(sparam,'Civ1Bin')
    1602     Civ1Bin=sparam.Civ1Bin;
    1603     if ~exist(Civ1Bin,'file')||~isempty(which(Civ1Bin))% if path defined as relative to uvmat
    1604         sparam.Civ1Bin=fullfile(path_UVMAT,Civ1Bin);
    1605         if ~exist(sparam.Civ1Bin,'file')
    1606              msgbox_uvmat('ERROR',['civ1 binary ' Civ1Bin ' defined in PARAM.xm does not exist'])
    1607              return
    1608         end
    1609     end
    1610 end
    1611 if isfield(sparam,'Civ2Bin')
    1612     Civ2Bin=sparam.Civ2Bin;
    1613     if ~exist(Civ2Bin,'file')||~isempty(which(Civ2Bin))% if path defined as relative to uvmat     
    1614         sparam.Civ2Bin=fullfile(path_UVMAT,Civ2Bin);
    1615         if ~exist(sparam.Civ2Bin,'file')
    1616              msgbox_uvmat('ERROR',['civ2 binary ' Civ2Bin ' defined in PARAM.xm does not exist'])
    1617              return
    1618         end
    1619     end
    1620 end
    1621 if  isfield(sparam,'PatchBin')
    1622     if ~exist(sparam.PatchBin,'file')||~isempty(which(sparam.PatchBin))% if path defined as relative to uvmat
    1623         sparam.PatchBin=fullfile(path_UVMAT,sparam.PatchBin);
    1624     end
    1625 end
    1626 if isfield(sparam,'FixBin')
    1627     if ~exist(sparam.FixBin,'file')||~isempty(which(sparam.FixBin))% if path defined as relative to uvmat
    1628         sparam.FixBin=fullfile(path_UVMAT,sparam.FixBin);
    1629     end
     1581ProgList=get(handles.CivMode,'String');
     1582index=get(handles.CivMode,'Value');
     1583% CivX=isequal(ProgList{index},'CivX');
     1584% CivAll=isequal(ProgList{index},'CivAll');
     1585% CivUvmat=isequal(ProgList{index},'CivUvmat');
     1586CivMode=ProgList{index};
     1587%CivMode=isequal(get(handles.CivMode,'Value'),2); % Boolean for new civ programs
     1588
     1589switch CivMode
     1590    case 'CivAll'
     1591        if isfield(sparam,'CivBin')
     1592            CivBin=sparam.CivBin;
     1593            if ~exist(CivBin,'file') || ~isempty(which(CivBin))% if path defined as relative to uvmat
     1594                sparam.CivBin=fullfile(path_UVMAT,CivBin);
     1595                if ~exist(sparam.CivBin,'file')
     1596                    msgbox_uvmat('ERROR',['CIVx binary ' CivBin ' defined in PARAM.xm does not exist'])
     1597                    return
     1598                end
     1599            end
     1600        end
     1601    case 'CivX'
     1602        if isfield(sparam,'Civ1Bin')
     1603            Civ1Bin=sparam.Civ1Bin;
     1604            if ~exist(Civ1Bin,'file')||~isempty(which(Civ1Bin))% if path defined as relative to uvmat
     1605                sparam.Civ1Bin=fullfile(path_UVMAT,Civ1Bin);
     1606                if ~exist(sparam.Civ1Bin,'file')
     1607                    msgbox_uvmat('ERROR',['civ1 binary ' Civ1Bin ' defined in PARAM.xm does not exist'])
     1608                    return
     1609                end
     1610            end
     1611        end
     1612        if isfield(sparam,'Civ2Bin')
     1613            Civ2Bin=sparam.Civ2Bin;
     1614            if ~exist(Civ2Bin,'file')||~isempty(which(Civ2Bin))% if path defined as relative to uvmat
     1615                sparam.Civ2Bin=fullfile(path_UVMAT,Civ2Bin);
     1616                if ~exist(sparam.Civ2Bin,'file')
     1617                    msgbox_uvmat('ERROR',['civ2 binary ' Civ2Bin ' defined in PARAM.xm does not exist'])
     1618                    return
     1619                end
     1620            end
     1621        end
     1622        if  isfield(sparam,'PatchBin')
     1623            if ~exist(sparam.PatchBin,'file')||~isempty(which(sparam.PatchBin))% if path defined as relative to uvmat
     1624                sparam.PatchBin=fullfile(path_UVMAT,sparam.PatchBin);
     1625            end
     1626        end
     1627        if isfield(sparam,'FixBin')
     1628            if ~exist(sparam.FixBin,'file')||~isempty(which(sparam.FixBin))% if path defined as relative to uvmat
     1629                sparam.FixBin=fullfile(path_UVMAT,sparam.FixBin);
     1630            end
     1631        end
     1632    case 'Matlab'
     1633        if batch
     1634            %% vérifier Mtlab installé sur le cluster
     1635        end         
    16301636end
    16311637
     
    16381644end
    16391645
    1640 %% get fix1 parameters
     1646%% get fix1 parameters TODO : par_fix1=read_param_fix1(handles);
    16411647if box_test(2)==1
    16421648    flagindex1(1)=get(handles.vec_Fmin2, 'Value');
     
    17271733    subdomain_patch2=get(handles.subdomain_patch2,'String');
    17281734    thresh_patch2=get(handles.thresh_patch2,'String');
    1729     %              test_interp=get(handles.test_interp,'Value');
    17301735end
    17311736
     
    17361741for ifile=1:nbfield
    17371742    for j=1:nbslice
     1743        % initiate system command
    17381744        i_cmd=0;
    1739         cmd='';
    1740         if isunix % check: necessaire aussi en RUN?
    1741             cmd='#!/bin/bash \n';
    1742             cmd=[cmd '#$ -cwd \n'];
    1743             cmd=[cmd 'hostname && date \n'];
    1744             cmd=[cmd 'umask 002 \n'];%allow writting access to created files for user group
    1745         end
    1746         if CivAll
    1747             CivAllxml=xmltree;% xml contents,  all parameters
    1748             CivAllCmd='';
    1749             CivAllxml=set(CivAllxml,1,'name','CivDoc');
     1745        switch CivMode
     1746            case 'CivX'
     1747                cmd='';
     1748                if isunix % check: necessaire aussi en RUN?
     1749                    cmd='#!/bin/bash \n';
     1750                    cmd=[cmd '#$ -cwd \n'];
     1751                    cmd=[cmd 'hostname && date \n'];
     1752                    cmd=[cmd 'umask 002 \n'];%allow writting access to created files for user group
     1753                end
     1754            case 'CivAll'
     1755                %         if CivAll
     1756                CivAllxml=xmltree;% xml contents,  all parameters
     1757                CivAllCmd='';
     1758                CivAllxml=set(CivAllxml,1,'name','CivDoc');
    17501759        end
    17511760        [Rootbat,Filebat]=fileparts(filecell.nc.civ1{ifile,j});%output netcdf file (without extention)
     
    17531762        if batch
    17541763            filename_bat=fullfile(Rootbat,['job_' Filebat]);
    1755          else
     1764        else
    17561765            filename_bat=flname;
    17571766        end
     
    17881797                end
    17891798            end
    1790            
    17911799            test_grid=get(handles.browse_gridciv1,'Value');
    17921800            if test_grid
     
    18111819                par_civ1.gridflag='n';
    18121820            end
    1813             %
     1821           
    18141822            i_cmd=i_cmd+1;
    1815             if isequal(CivAll,0)
    1816                 civ1_exe=CIV1_CMD(fullfile(Rootbat,Filebat),'',par_civ1,handles,sparam);%create the parameter file .civ1.cmx and set the execution string civ1_exe
    1817 %                 if(isunix)
    1818 %                      cmd=[cmd 'cp -f ' flname '.civ1.cmx ' flname '.cmx\n'];
    1819 %                 else
    1820 %                     flname=regexprep(flname,'\\','\\\\');
    1821 %                     cmd=[cmd 'copy /Y "' flname '.civ1.cmx" "' flname '.cmx"\n'];
    1822 %                 end
    1823                 cmd=[cmd civ1_exe '\n'];
    1824             else
    1825                 CivAllCmd=[CivAllCmd ' civ1 '];
    1826                 str=CIV1_CMD_Unified(fullfile(Rootbat,Filebat),'',par_civ1);
    1827                 fieldnames=fields(str);
    1828                 [CivAllxml,uid_civ1]=add(CivAllxml,1,'element','civ1');
    1829                 for ilist=1:length(fieldnames)
    1830                     val=eval(['str.' fieldnames{ilist}]);
    1831                     if ischar(val)
    1832                         [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_civ1,'element',fieldnames{ilist});
    1833                         [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
     1823            switch CivMode
     1824                case 'CivX'
     1825                    civ1_exe=CIV1_CMD(fullfile(Rootbat,Filebat),'',par_civ1,handles,sparam);%create the parameter file .civ1.cmx and set the execution string civ1_exe
     1826                    cmd=[cmd civ1_exe '\n'];
     1827                case 'CivAll'
     1828                    CivAllCmd=[CivAllCmd ' civ1 '];
     1829                    str=CIV1_CMD_Unified(fullfile(Rootbat,Filebat),'',par_civ1);
     1830                    fieldnames=fields(str);
     1831                    [CivAllxml,uid_civ1]=add(CivAllxml,1,'element','civ1');
     1832                    for ilist=1:length(fieldnames)
     1833                        val=eval(['str.' fieldnames{ilist}]);
     1834                        if ischar(val)
     1835                            [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_civ1,'element',fieldnames{ilist});
     1836                            [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
     1837                        end
    18341838                    end
    1835                 end
    18361839            end
    18371840        end
     
    18491852                maskname=name_generator(maskbase,num1_mask,1,'.png','_i');
    18501853            end
    1851             if CivX
    1852                 if isunix %unix system
    1853                 cmd_FIX=[sparam.FixBin ' -f ' filecell.nc.civ1{ifile,j} ' -fi1 ' num2str(flagindex1(1)) ...
    1854                     ' -fi2 ' num2str(flagindex1(2)) ' -fi3 ' num2str(flagindex1(3)) ...
    1855                     ' -threshC ' num2str(thresh_vecC1) ' -threshV ' num2str(thresh_vel1) ' -maskName ' maskname];
    1856                 else %windows system
    1857                     cmd_FIX=['"' sparam.FixBin '" -f "' filecell.nc.civ1{ifile,j} '" -fi1 ' num2str(flagindex1(1)) ...
    1858                     ' -fi2 ' num2str(flagindex1(2)) ' -fi3 ' num2str(flagindex1(3)) ...
    1859                     ' -threshC ' num2str(thresh_vecC1) ' -threshV ' num2str(thresh_vel1) ' -maskName "' maskname '"'];
    1860                     cmd_FIX=regexprep(cmd_FIX,'\\','\\\\');
    1861                 end
    1862                 cmd=[cmd cmd_FIX '\n'];
    1863             elseif CivAll
    1864                 fix1.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
    1865                 fix1.fi1=num2str(flagindex1(1));
    1866                 fix1.fi2=num2str(flagindex1(2));
    1867                 fix1.fi3=num2str(flagindex1(3));
    1868                 fix1.threshC=num2str(thresh_vecC1);
    1869                 fix1.threshV=num2str(thresh_vel1);
    1870                 fieldnames=fields(fix1);
    1871                 [CivAllxml,uid_fix1]=add(CivAllxml,1,'element','fix1');
    1872                 for ilist=1:length(fieldnames)
    1873                     val=eval(['fix1.' fieldnames{ilist}]);
    1874                     if ischar(val)
    1875                         [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_fix1,'element',fieldnames{ilist});
    1876                         [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
     1854            switch CivMode
     1855                %             if CivX
     1856                case 'CivX'
     1857                    if isunix %unix system
     1858                        cmd_FIX=[sparam.FixBin ' -f ' filecell.nc.civ1{ifile,j} ' -fi1 ' num2str(flagindex1(1)) ...
     1859                            ' -fi2 ' num2str(flagindex1(2)) ' -fi3 ' num2str(flagindex1(3)) ...
     1860                            ' -threshC ' num2str(thresh_vecC1) ' -threshV ' num2str(thresh_vel1) ' -maskName ' maskname];
     1861                    else %windows system
     1862                        cmd_FIX=['"' sparam.FixBin '" -f "' filecell.nc.civ1{ifile,j} '" -fi1 ' num2str(flagindex1(1)) ...
     1863                            ' -fi2 ' num2str(flagindex1(2)) ' -fi3 ' num2str(flagindex1(3)) ...
     1864                            ' -threshC ' num2str(thresh_vecC1) ' -threshV ' num2str(thresh_vel1) ' -maskName "' maskname '"'];
     1865                        cmd_FIX=regexprep(cmd_FIX,'\\','\\\\');
    18771866                    end
    1878                 end
    1879                 CivAllCmd=[CivAllCmd ' fix1 '];
     1867                    cmd=[cmd cmd_FIX '\n'];
     1868                case 'CivAll'
     1869                    fix1.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
     1870                    fix1.fi1=num2str(flagindex1(1));
     1871                    fix1.fi2=num2str(flagindex1(2));
     1872                    fix1.fi3=num2str(flagindex1(3));
     1873                    fix1.threshC=num2str(thresh_vecC1);
     1874                    fix1.threshV=num2str(thresh_vel1);
     1875                    fieldnames=fields(fix1);
     1876                    [CivAllxml,uid_fix1]=add(CivAllxml,1,'element','fix1');
     1877                    for ilist=1:length(fieldnames)
     1878                        val=eval(['fix1.' fieldnames{ilist}]);
     1879                        if ischar(val)
     1880                            [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_fix1,'element',fieldnames{ilist});
     1881                            [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
     1882                        end
     1883                    end
     1884                    CivAllCmd=[CivAllCmd ' fix1 '];
    18801885            end
    18811886        end
     
    18831888        %PATCH1
    18841889        if box_test(3)==1
    1885             if isequal(CivAll,0)
    1886                 cmd_PATCH=PATCH_CMD(filecell.nc.civ1{ifile,j},nx_patch1,ny_patch1,rho_patch1,subdomain_patch1,thresh_patch1,test_interp,sparam.PatchBin);
    1887                 cmd=[cmd cmd_PATCH '\n'];
    1888             else
    1889                 patch1.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
    1890                 patch1.nopt=subdomain_patch1;
    1891                 patch1.maxdiff=thresh_patch1;
    1892                 patch1.ro=rho_patch1;
    1893                 test_grid=get(handles.get_gridpatch1,'Value');
    1894                 if test_grid
    1895                     patch1.gridflag='y';
    1896                     gridname=get(handles.grid_patch1,'String');
    1897                     if isequal(gridname(end-3:end),'grid')
    1898                         nbslice_grid=str2double(gridname(1:end-4)); %
    1899                         if ~isnan(nbslice_grid)
    1900                             num1_grid=mod(num1_civ1(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1901                             patch1.gridPatch=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,num1_grid,1,'.grid','_i')];
    1902                             if ~exist(patch1.gridPatch,'file')
     1890            switch CivMode
     1891                case 'CivX'
     1892                    cmd_PATCH=PATCH_CMD(filecell.nc.civ1{ifile,j},nx_patch1,ny_patch1,rho_patch1,subdomain_patch1,thresh_patch1,test_interp,sparam.PatchBin);
     1893                    cmd=[cmd cmd_PATCH '\n'];
     1894                case 'CivAll'
     1895                    patch1.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
     1896                    patch1.nopt=subdomain_patch1;
     1897                    patch1.maxdiff=thresh_patch1;
     1898                    patch1.ro=rho_patch1;
     1899                    test_grid=get(handles.get_gridpatch1,'Value');
     1900                    if test_grid
     1901                        patch1.gridflag='y';
     1902                        gridname=get(handles.grid_patch1,'String');
     1903                        if isequal(gridname(end-3:end),'grid')
     1904                            nbslice_grid=str2double(gridname(1:end-4)); %
     1905                            if ~isnan(nbslice_grid)
     1906                                num1_grid=mod(num1_civ1(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
     1907                                patch1.gridPatch=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,num1_grid,1,'.grid','_i')];
     1908                                if ~exist(patch1.gridPatch,'file')
     1909                                    msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for patch1')
     1910                                end
     1911                            elseif exist(gridname,'file')
     1912                                patch1.gridPatch=gridname;
     1913                            else
    19031914                                msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for patch1')
    19041915                            end
    1905                         elseif exist(gridname,'file')
    1906                             patch1.gridPatch=gridname;
    1907                         else
    1908                             msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for patch1')
     1916                        end
     1917                    else
     1918                        patch1.gridPatch='none';
     1919                        patch1.gridflag='n';
     1920                        patch1.m=nx_patch1;
     1921                        patch1.n=ny_patch1;
     1922                    end
     1923                    patch1.convectFlow='n';
     1924                    fieldnames=fields(patch1);
     1925                    [CivAllxml,uid_patch1]=add(CivAllxml,1,'element','patch1');
     1926                    for ilist=1:length(fieldnames)
     1927                        val=eval(['patch1.' fieldnames{ilist}]);
     1928                        if ischar(val)
     1929                            [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_patch1,'element',fieldnames{ilist});
     1930                            [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
    19091931                        end
    19101932                    end
    1911                 else
    1912                     patch1.gridPatch='none';
    1913                     patch1.gridflag='n';
    1914                     patch1.m=nx_patch1;
    1915                     patch1.n=ny_patch1;
    1916                 end
    1917                 patch1.convectFlow='n';
    1918                 fieldnames=fields(patch1);
    1919                 [CivAllxml,uid_patch1]=add(CivAllxml,1,'element','patch1');
    1920                 for ilist=1:length(fieldnames)
    1921                     val=eval(['patch1.' fieldnames{ilist}]);
    1922                     if ischar(val)
    1923                         [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_patch1,'element',fieldnames{ilist});
    1924                         [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
    1925                     end
    1926                 end
    1927                 CivAllCmd=[CivAllCmd ' patch1 '];
    1928             end
    1929         end
    1930        
     1933                    CivAllCmd=[CivAllCmd ' patch1 '];
     1934            end
     1935        end
    19311936        if box_test(4)==1 || box_test(5)==1 || box_test(6)==1
    19321937            filename_cmx=filecell.nc.civ2{ifile,j};%output netcdf file
    19331938            filename_cmx(end-1:end+1)='cmx';%name of cmx file
    19341939        end
    1935        
    19361940        if box_test(4)==1
    19371941            par_civ2.filename_ima_a=filecell.ima1.civ2{ifile,j};
     
    19661970                end
    19671971            end
    1968             %TESTgrid
    1969             %test_grid=get(handles.browse_gridciv2,'Value');
    19701972            gridname=get(handles.grid_civ2,'String');
    1971             %gridflag='y';
    19721973            if numel(gridname)>=4 && isequal(gridname(end-3:end),'grid')
    19731974                nbslice_grid=str2double(gridname(1:end-4)); %
     
    19911992            i_cmd=i_cmd+1;
    19921993            flname=fullfile(Rootbat,Filebat);
    1993            
    1994             if isequal(CivAll,0)
    1995                 cmd_CIV2=CIV2_CMD(flname,[],par_civ2,sparam);%creates the cmx file [fullfile(Rootbat,Filebat) '.civ2.cmx]
    1996 %                 if(isunix)
    1997                  cmd=[cmd cmd_CIV2 '\n'];
    1998 %                 else
    1999 %                     flname=regexprep(flname,'\\','\\\\');
    2000 %                     cmd=[cmd 'copy /Y "' flname '.civ2.cmx" "' flname '.cmx"\n' cmd_CIV2 '\n'];
    2001 %                 end
    2002             else
    2003                 CivAllCmd=[CivAllCmd ' civ2 '];
    2004                 str=CIV2_CMD_Unified(flname,'',par_civ2);
    2005                 fieldnames=fields(str);
    2006                 [CivAllxml,uid_civ2]=add(CivAllxml,1,'element','civ2');
    2007                 for ilist=1:length(fieldnames)
    2008                     val=eval(['str.' fieldnames{ilist}]);
    2009                     if ischar(val)
    2010                         [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_civ2,'element',fieldnames{ilist});
    2011                         [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
     1994            switch CivMode
     1995                case 'CivX'
     1996                    cmd_CIV2=CIV2_CMD(flname,[],par_civ2,sparam);%creates the cmx file [fullfile(Rootbat,Filebat) '.civ2.cmx]
     1997                    cmd=[cmd cmd_CIV2 '\n'];
     1998                case 'CivAll'
     1999                    CivAllCmd=[CivAllCmd ' civ2 '];
     2000                    str=CIV2_CMD_Unified(flname,'',par_civ2);
     2001                    fieldnames=fields(str);
     2002                    [CivAllxml,uid_civ2]=add(CivAllxml,1,'element','civ2');
     2003                    for ilist=1:length(fieldnames)
     2004                        val=eval(['str.' fieldnames{ilist}]);
     2005                        if ischar(val)
     2006                            [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_civ2,'element',fieldnames{ilist});
     2007                            [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
     2008                        end
    20122009                    end
    2013                 end
    20142010            end
    20152011        end
     
    20272023                maskname =name_generator(maskbase,num1_mask,1,'.png','_i');
    20282024            end
    2029             if isequal(CivAll,0)
    2030                 if isunix
    2031                 cmd_FIX=[sparam.FixBin ' -f ' filecell.nc.civ2{ifile,j} ' -fi1 ' num2str(flagindex2(1)) ...
    2032                     ' -fi2 ' num2str(flagindex2(2)) ' -fi3 ' num2str(flagindex2(3)) ...
    2033                     ' -threshC ' num2str(thresh_vec2C) ' -threshV ' num2str(thresh_vel2) ' -maskName ' maskname];
    2034                 else
    2035                     cmd_FIX=['"' sparam.FixBin '" -f "' filecell.nc.civ2{ifile,j} '" -fi1 ' num2str(flagindex2(1)) ...
    2036                     ' -fi2 ' num2str(flagindex2(2)) ' -fi3 ' num2str(flagindex2(3)) ...
    2037                     ' -threshC ' num2str(thresh_vec2C) ' -threshV ' num2str(thresh_vel2) ' -maskName "' maskname '"'];
    2038                     cmd_FIX=regexprep(cmd_FIX,'\\','\\\\');
    2039                 end
    2040                 cmd=[cmd cmd_FIX '\n'];
    2041             else
    2042                 fix2.inputFileName=filecell.nc.civ2{ifile,j} ;
    2043                 fix2.fi1=num2str(flagindex2(1));
    2044                 fix2.fi2=num2str(flagindex2(2));
    2045                 fix2.fi3=num2str(flagindex2(3));
    2046                 fix2.threshC=num2str(thresh_vec2C);
    2047                 fix2.threshV=num2str(thresh_vel2);
    2048                 fieldnames=fields(fix2);
    2049                 [CivAllxml,uid_fix2]=add(CivAllxml,1,'element','fix2');
    2050                 for ilist=1:length(fieldnames)
    2051                     val=eval(['fix2.' fieldnames{ilist}]);
    2052                     if ischar(val)
    2053                         [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_fix2,'element',fieldnames{ilist});
    2054                         [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
     2025            switch CivMode
     2026                case 'CivX'
     2027                    if isunix
     2028                        cmd_FIX=[sparam.FixBin ' -f ' filecell.nc.civ2{ifile,j} ' -fi1 ' num2str(flagindex2(1)) ...
     2029                            ' -fi2 ' num2str(flagindex2(2)) ' -fi3 ' num2str(flagindex2(3)) ...
     2030                            ' -threshC ' num2str(thresh_vec2C) ' -threshV ' num2str(thresh_vel2) ' -maskName ' maskname];
     2031                    else
     2032                        cmd_FIX=['"' sparam.FixBin '" -f "' filecell.nc.civ2{ifile,j} '" -fi1 ' num2str(flagindex2(1)) ...
     2033                            ' -fi2 ' num2str(flagindex2(2)) ' -fi3 ' num2str(flagindex2(3)) ...
     2034                            ' -threshC ' num2str(thresh_vec2C) ' -threshV ' num2str(thresh_vel2) ' -maskName "' maskname '"'];
     2035                        cmd_FIX=regexprep(cmd_FIX,'\\','\\\\');
    20552036                    end
    2056                 end
    2057                 CivAllCmd=[CivAllCmd ' fix2 '];
     2037                    cmd=[cmd cmd_FIX '\n'];
     2038                case 'CivAll'
     2039                    fix2.inputFileName=filecell.nc.civ2{ifile,j} ;
     2040                    fix2.fi1=num2str(flagindex2(1));
     2041                    fix2.fi2=num2str(flagindex2(2));
     2042                    fix2.fi3=num2str(flagindex2(3));
     2043                    fix2.threshC=num2str(thresh_vec2C);
     2044                    fix2.threshV=num2str(thresh_vel2);
     2045                    fieldnames=fields(fix2);
     2046                    [CivAllxml,uid_fix2]=add(CivAllxml,1,'element','fix2');
     2047                    for ilist=1:length(fieldnames)
     2048                        val=eval(['fix2.' fieldnames{ilist}]);
     2049                        if ischar(val)
     2050                            [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_fix2,'element',fieldnames{ilist});
     2051                            [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
     2052                        end
     2053                    end
     2054                    CivAllCmd=[CivAllCmd ' fix2 '];
    20582055            end
    20592056        end
     
    20612058        %PATCH2
    20622059        if box_test(6)==1
    2063             if isequal(CivAll,0)
    2064                 cmd_PATCH=PATCH_CMD(filecell.nc.civ2{ifile,j},nx_patch2,ny_patch2,rho_patch2,subdomain_patch2,thresh_patch2,test_interp,sparam.PatchBin);
    2065                 cmd=[cmd cmd_PATCH '\n'];
    2066             else
    2067                 patch2.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
    2068                 patch2.nopt=subdomain_patch2;
    2069                 patch2.maxdiff=thresh_patch2;
    2070                 patch2.ro=rho_patch2;
    2071                 test_grid=get(handles.get_gridpatch2,'Value');
    2072                 if test_grid
    2073                     patch2.gridflag='y';
    2074                     gridname=get(handles.grid_patch2,'String');
    2075                     if isequal(gridname(end-3:end),'grid')
    2076                         nbslice_grid=str2double(gridname(1:end-4)); %
    2077                         if ~isnan(nbslice_grid)
    2078                             num1_grid=mod(num1_civ2(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    2079                             patch2.gridPatch=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,num1_grid,1,'.grid','_i')];
    2080                             if ~exist(patch2.gridPatch,'file')
     2060            switch CivMode
     2061                case 'CivX'
     2062                    cmd_PATCH=PATCH_CMD(filecell.nc.civ2{ifile,j},nx_patch2,ny_patch2,rho_patch2,subdomain_patch2,thresh_patch2,test_interp,sparam.PatchBin);
     2063                    cmd=[cmd cmd_PATCH '\n'];
     2064                case 'CivAll'
     2065                    patch2.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
     2066                    patch2.nopt=subdomain_patch2;
     2067                    patch2.maxdiff=thresh_patch2;
     2068                    patch2.ro=rho_patch2;
     2069                    test_grid=get(handles.get_gridpatch2,'Value');
     2070                    if test_grid
     2071                        patch2.gridflag='y';
     2072                        gridname=get(handles.grid_patch2,'String');
     2073                        if isequal(gridname(end-3:end),'grid')
     2074                            nbslice_grid=str2double(gridname(1:end-4)); %
     2075                            if ~isnan(nbslice_grid)
     2076                                num1_grid=mod(num1_civ2(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
     2077                                patch2.gridPatch=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,num1_grid,1,'.grid','_i')];
     2078                                if ~exist(patch2.gridPatch,'file')
     2079                                    msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for patch2')
     2080                                end
     2081                            elseif exist(gridname,'file')
     2082                                patch2.gridPatch=gridname;
     2083                            else
    20812084                                msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for patch2')
    20822085                            end
    2083                         elseif exist(gridname,'file')
    2084                             patch2.gridPatch=gridname;
    2085                         else
    2086                             msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for patch2')
     2086                        end
     2087                    else
     2088                        patch2.gridPatch='none';
     2089                        patch2.gridflag='n';
     2090                        patch2.m=nx_patch2;
     2091                        patch2.n=ny_patch2;
     2092                    end
     2093                    patch2.convectFlow='n';
     2094                    fieldnames=fields(patch2);
     2095                    [CivAllxml,uid_patch2]=add(CivAllxml,1,'element','patch2');
     2096                    for ilist=1:length(fieldnames)
     2097                        val=eval(['patch2.' fieldnames{ilist}]);
     2098                        if ischar(val)
     2099                            [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_patch2,'element',fieldnames{ilist});
     2100                            [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
    20872101                        end
    20882102                    end
     2103                    CivAllCmd=[CivAllCmd ' patch2 '];
     2104            end
     2105        end
     2106 
     2107        switch CivMode
     2108            case {'CivX','CivAll'}
     2109                if isequal(CivMode,'CivAll')
     2110                    save(CivAllxml,[flname '.xml']);
     2111                    cmd=[cmd sparam.CivBin ' -f ' flname '.xml '  CivAllCmd ' >' flname '.log' '\n'];
     2112                end
     2113                % create the .bat file:
     2114                [fid,message]=fopen(filename_bat,'w');
     2115                if isequal(fid,-1)
     2116                    msgbox_uvmat('ERROR', ['creation of .bat file: ' message])
     2117                    return
     2118                end
     2119                fprintf(fid,cmd);
     2120                fclose(fid);
     2121                if batch
     2122                    switch batch_mode
     2123                        case 'sge'
     2124                            pvalue=num2str((1-ind_answer)*500);
     2125                            display(['!qsub -p ' pvalue ' -q civ.q -e ' flname '.errors -o ' flname '.log' ' ' filename_bat]);
     2126                            eval(  ['!qsub -p ' pvalue ' -q civ.q -e ' flname '.errors -o ' flname '.log' ' ' filename_bat]);
     2127                        case 'oar'
     2128                            eval(  ['!chmod +x ' filename_bat]);
     2129                            eval(  ['!oarsub -l /nodes=1/cpu=1,walltime=00:10:00  ' filename_bat]);
     2130                    end
    20892131                else
    2090                     patch2.gridPatch='none';
    2091                     patch2.gridflag='n';
    2092                     patch2.m=nx_patch2;
    2093                     patch2.n=ny_patch2;
     2132                    %% to lauch the jobs locally :
     2133                    if(isunix)
     2134                        cmd_str=['. ' filename_bat];
     2135                    else %case of Windows
     2136                        cmd_str=['@call "' regexprep(filename_bat,'\\','\\\\') '"'];
     2137                    end
     2138                    super_cmd=[super_cmd cmd_str '\n'];
     2139                    disp(cmd_str);
    20942140                end
    2095                 patch2.convectFlow='n';
    2096                 fieldnames=fields(patch2);
    2097                 [CivAllxml,uid_patch2]=add(CivAllxml,1,'element','patch2');
    2098                 for ilist=1:length(fieldnames)
    2099                     val=eval(['patch2.' fieldnames{ilist}]);
    2100                     if ischar(val)
    2101                         [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_patch2,'element',fieldnames{ilist});
    2102                         [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
     2141            case 'Matlab'
     2142                drawnow
     2143                if box_test(1)==1
     2144                    Param.Civ1=par_civ1;
     2145                end
     2146                if box_test(2)==1
     2147                    fix1.WarnFlags=[];
     2148                    if get(handles.vec_Fmin2,'Value')
     2149                        fix1.WarnFlags=[fix1.WarnFlags -2];
    21032150                    end
     2151                    if get(handles.vec_F3,'Value')
     2152                        fix1.WarnFlags=[fix1.WarnFlags 3];
     2153                    end
     2154                    fix1.LowerBoundCorr=thresh_vecC1;
     2155                    if get(handles.inf_sup1,'Value')
     2156                        fix1.UppperBoundVel=thresh_vel1;
     2157                    else
     2158                        fix1.LowerBoundVel=thresh_vel1;
     2159                    end
     2160                    if get(handles.get_mask_fix1,'Value')
     2161                        fix1.MaskName=maskname;
     2162                    end
     2163                    Param.Fix1=fix1;
    21042164                end
    2105                 CivAllCmd=[CivAllCmd ' patch2 '];
    2106             end
    2107         end
    2108         if CivAll
    2109             save(CivAllxml,[flname '.xml']);
    2110             cmd=[cmd sparam.CivBin ' -f ' flname '.xml '  CivAllCmd ' >' flname '.log' '\n'];
    2111         end
    2112         % create the .bat file:
    2113         [fid,message]=fopen(filename_bat,'w');
    2114         if isequal(fid,-1)
    2115             msgbox_uvmat('ERROR', ['creation of .bat file: ' message])
    2116             return
    2117         end
    2118         fprintf(fid,cmd);
    2119         fclose(fid);
    2120         if batch
    2121             switch batch_mode
    2122                 case 'sge'
    2123                     pvalue=num2str((1-ind_answer)*500);
    2124                     display(['!qsub -p ' pvalue ' -q civ.q -e ' flname '.errors -o ' flname '.log' ' ' filename_bat]);
    2125                     eval(  ['!qsub -p ' pvalue ' -q civ.q -e ' flname '.errors -o ' flname '.log' ' ' filename_bat]);
    2126                 case 'oar'
    2127 %                     pvalue=num2str((1-ind_answer)*500);
    2128 %                     display(['!qsub -p ' pvalue ' -q civ.q -e ' flname '.errors -o ' flname '.log' ' ' filename_bat]);
    2129                     eval(  ['!chmod +x ' filename_bat]);
    2130                     eval(  ['!oarsub -l /nodes=1/cpu=1,walltime=00:10:00  ' filename_bat]);
    2131             end
    2132         elseif ~CivUvmat
    2133             %% to lauch the jobs locally :
    2134             if(isunix)
    2135                 cmd_str=['. ' filename_bat];
    2136             else %case of Windows
    2137                 cmd_str=['@call "' regexprep(filename_bat,'\\','\\\\') '"'];
    2138             end
    2139             super_cmd=[super_cmd cmd_str '\n'];         
    2140             disp(cmd_str);
    2141         else       %run PIVlab if selected
    2142             drawnow
    2143             if box_test(1)==1
    2144                 Param.Civ1=par_civ1;
    2145             end
    2146             if box_test(2)==1
    2147                 fix1.WarnFlags=[];
    2148                 if get(handles.vec_Fmin2,'Value')
    2149                     fix1.WarnFlags=[fix1.WarnFlags -2];
     2165                if box_test(3)==1
     2166                    Param.Patch1.Rho=rho_patch1;
     2167                    Param.Patch1.Threshold=thresh_patch1;
     2168                    Param.Patch1.SubDomain=subdomain_patch1;
    21502169                end
    2151                 if get(handles.vec_F3,'Value')
    2152                     fix1.WarnFlags=[fix1.WarnFlags 3];
     2170                if box_test(4)==1
     2171                    Param.Civ2=par_civ2;
    21532172                end
    2154                 fix1.LowerBoundCorr=thresh_vecC1;
    2155                 if get(handles.inf_sup1,'Value')
    2156                     fix1.UppperBoundVel=thresh_vel1;
     2173                if box_test(5)==1
     2174                    fix2.WarnFlags=[];
     2175                    if get(handles.vec_Fmin2_2,'Value')
     2176                        fix2.WarnFlags=[fix2.WarnFlags -2];
     2177                    end
     2178                    if get(handles.vec_F4,'Value')
     2179                        fix2.WarnFlags=[fix2.WarnFlags 4];
     2180                    end
     2181                    if get(handles.vec_F3_2,'Value')
     2182                        fix2.WarnFlags=[fix2.WarnFlags 3];
     2183                    end
     2184                    fix2.LowerBoundCorr=thresh_vec2C;
     2185                    if get(handles.inf_sup2,'Value')
     2186                        fix2.UppperBoundVel=thresh_vel2;
     2187                    else
     2188                        fix2.LowerBoundVel=thresh_vel2;
     2189                    end
     2190                    if get(handles.get_mask_fix2,'Value')
     2191                        fix2.MaskName=maskname;
     2192                    end
     2193                    Param.Fix2=fix2;
     2194                end
     2195                [Data,erromsg]=civ_uvmat(Param,filecell.nc.civ1{ifile,j});
     2196                if isempty(errormsg)
     2197                    display([filecell.nc.civ1{ifile,j} ' written'])
    21572198                else
    2158                      fix1.LowerBoundVel=thresh_vel1;
    2159                 end   
    2160                 if get(handles.get_mask_fix1,'Value')
    2161                     fix1.MaskName=maskname;
    2162                 end     
    2163                 Param.Fix1=fix1;
    2164             end
    2165             if box_test(3)==1
    2166                 Param.Patch1.Rho=rho_patch1;
    2167                 Param.Patch1.Threshold=thresh_patch1;
    2168                 Param.Patch1.SubDomain=subdomain_patch1;
    2169             end
    2170             if box_test(4)==1
    2171                 Param.Civ2=par_civ2;
    2172             end
    2173             if box_test(5)==1
    2174                 fix2.WarnFlags=[];
    2175                 if get(handles.vec_Fmin2_2,'Value')
    2176                     fix2.WarnFlags=[fix2.WarnFlags -2];
     2199                    msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    21772200                end
    2178                 if get(handles.vec_F4,'Value')
    2179                     fix2.WarnFlags=[fix2.WarnFlags 4];
    2180                 end
    2181                 if get(handles.vec_F3_2,'Value')
    2182                     fix2.WarnFlags=[fix2.WarnFlags 3];
    2183                 end
    2184                 fix2.LowerBoundCorr=thresh_vec2C;
    2185                 if get(handles.inf_sup2,'Value')
    2186                     fix2.UppperBoundVel=thresh_vel2;
    2187                 else
    2188                     fix2.LowerBoundVel=thresh_vel2;
    2189                 end   
    2190                 if get(handles.get_mask_fix2,'Value')
    2191                     fix2.MaskName=maskname;
    2192                 end     
    2193                 Param.Fix2=fix2;
    2194             end
    2195             [Data,erromsg]=civ_uvmat(Param,filecell.nc.civ1{ifile,j});
    2196             if isempty(errormsg)
    2197                 display([filecell.nc.civ1{ifile,j} ' written'])
    2198             else
    2199                 msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    2200             end
    2201         end                 
    2202     end
    2203 end
    2204 
    2205 if ~batch && ~CivUvmat
     2201        end
     2202    end
     2203end
     2204
     2205if ~batch && ~isequal(CivMode,'Matlab')
    22062206    [Rootbat,Filebat,extbat]=fileparts(filename_bat);
    22072207    filename_superbat=fullfile(Rootbat,'job_list.bat');
    22082208    fid=fopen(filename_superbat,'w');
     2209    if fid==-1
     2210        msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
     2211        return
     2212    end
    22092213    fprintf(fid,super_cmd');
    22102214    fclose(fid);
    2211      if(isunix)
     2215    if(isunix)
    22122216        system(['chmod +x ' filename_superbat])
    2213      end
    2214      system([filename_superbat ' &'])% execute main commmand
     2217    end
     2218    system([filename_superbat ' &'])% execute main commmand
    22152219end
    22162220
     
    37463750set(handles.rho_title,'Visible',state)
    37473751set(handles.TestCiv1,'Visible',state)
    3748 %set(handles.CivAll,'Visible',state)
     3752%set(handles.CivMode,'Visible',state)
    37493753
    37503754%------------------------------------------------------------------------
     
    37833787set(handles.rho_patch1,'Visible','on')
    37843788set(handles.rho_text1,'Visible','on')
    3785 if get(handles.CivAll,'Value')==2
     3789if get(handles.CivMode,'Value')==2
    37863790    set(handles.thresh_patch1,'Visible','on')
    37873791    set(handles.thresh_text1,'Visible','on')
     
    49514955
    49524956%------------------------------------------------------------------------
    4953 % --- Executes on button press in CivAll.
    4954 function CivAll_Callback(hObject, eventdata, handles)
    4955 %------------------------------------------------------------------------
    4956 Listprog=get(handles.CivAll,'String');
    4957 index=get(handles.CivAll,'Value');
     4957% --- Executes on button press in CivMode.
     4958function CivMode_Callback(hObject, eventdata, handles)
     4959%------------------------------------------------------------------------
     4960Listprog=get(handles.CivMode,'String');
     4961index=get(handles.CivMode,'Value');
    49584962prog=Listprog{index};
    49594963switch prog
     
    49884992        set(handles.BATCH,'Enable','off')
    49894993end
    4990 
  • trunk/src/civ_uvmat.m

    r252 r257  
    3232    PointCoord(:,1)=reshape(GridX,[],1);
    3333    PointCoord(:,2)=reshape(GridY,[],1);
    34     if isfield(par_civ1,'maskname') && ~isempty(par_civ1.maskname)
     34    if isfield(par_civ1,'maskname') && ~isempty(par_civ1.maskname) && ~isequal(par_civ1.maskname,'noFile use default')
    3535        maskname=par_civ1.maskname;
    3636        mask=imread(maskname);
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.