Changeset 279


Ignore:
Timestamp:
Nov 18, 2011, 1:55:58 PM (9 years ago)
Author:
gostiaux
Message:

civ opens again from uvmat

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/civ.m

    r276 r279  
    20712071                fprintf(fid,cmd);
    20722072                fclose(fid);
     2073               
     2074                if isunix
     2075                    system(['chmod +x ' filename_bat]);
     2076                end
    20732077               
    20742078                batch_file_list{length(batch_file_list)+1}=filename_bat;
     
    21932197                display(cmd);eval(cmd);
    21942198            end
    2195         case 'sge'
    2196             [s,w]=unix('qstat -q civ.q|grep job_| wc -l'); %check the waiting list (command unix)
    2197             w(end)=[];
    2198             str_displ={[w ' jobs in the waiting list'];...
    2199                 '***********************';...
    2200                 'JOBS PRIORITY POLICY';...
    2201                 '- urgent = less than 100 images pairs';...
    2202                 '- normal = during the experiments';...
    2203                 '- low = post processing';...
    2204                 '***********************';...
    2205                 'Select a priority:'};
    2206             str={'urgent';'normal';'low'};
    2207             [ind_answer,v] = listdlg('PromptString',str_displ,...
    2208                 'SelectionMode','single',...
    2209                 'ListString',str,'ListSize',[200 100],'Name','job priority','InitialValue',3);
    2210             pvalue=num2str((1-ind_answer)*500); %
    2211             if isequal(v,0) % to handle Cancel button and figure close
    2212                 errormsg='job submission cancelled';
    2213                 return
    2214             end
    2215         case 'oar'
    2216             for p=0:floor(length(batch_file_list)/6);               
    2217                 filename_batch_group=fullfile(Rootbat,['job_list_' num2str(p) '.bat']);
    2218                 fid=fopen(filename_batch_group,'w');
    2219                 if fid==-1
    2220                     msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
    2221                     return
     2199        case 'oar_old'
     2200                for p=1:length(batch_file_list)
     2201                    oar_command=['!oarsub -n CIVX -q nicejob '...
     2202                   '-E ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.errors') ' -O ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.log ')...
     2203                    '-l "/core=1+{type = ''smalljob''}/licence=1,walltime=00:60:00"   ' batch_file_list{p}];
     2204                display(oar_command);eval(oar_command);
    22222205                end
    2223                 if p==floor(length(batch_file_list)/6)
    2224                     kmax=mod(length(batch_file_list),6);
    2225                 else
    2226                     kmax=6;
     2206       
     2207           
     2208       case 'oar_perl'
     2209                filename_joblist=fullfile(Rootbat,'job_list.txt');
     2210                fid=fopen(filename_joblist,'w');
     2211
     2212                for p=1:length(batch_file_list)
     2213                    oar_command=['oarsub -n CIVX '...
     2214                        '-l "/core=1,walltime=00:10:00"   ' batch_file_list{p}];
     2215                    fprintf(fid,[oar_command '\n']);
    22272216                end
    2228                 for k=1:kmax
    2229                     fprintf(fid,['sh ' batch_file_list{p*6+k} '\n']);
     2217                fclose(fid)
     2218                oar_command=['oarsub -t container -n civx-container -l /core=24,walltime=00:35:00 "/fsnet/data/legi/calcul9/home/gostiaux/Documents/MATLAB/uvmat_dev/oar-dispatch -f '...
     2219                    filename_joblist '"'];
     2220                filename_oarcommand=fullfile(Rootbat,'oar_command');
     2221                fid=fopen(filename_oarcommand,'w');
     2222                fprintf(fid,[oar_command '\n']);
     2223                fclose(fid);
     2224%                 display(oar_command);
     2225                eval(['! . ' filename_oarcommand]);
     2226
     2227        case 'oar'%'oar_mpi'
     2228                filename_joblist=fullfile(Rootbat,'job_list.txt');
     2229                fid=fopen(filename_joblist,'w');
     2230
     2231                for p=1:length(batch_file_list)
     2232                    fprintf(fid,[batch_file_list{p} '\n']);
    22302233                end
    2231                 fclose(fid);
    2232                 system(['chmod +x ' filename_batch_group]);
    2233                 eval(  ['!oarsub -n CIVX -q nicejob -l "/core=1+{type = ''smalljob''}/licence=1,walltime=00:60:00"   ' filename_batch_group]);
    2234             end
     2234                fclose(fid)
     2235               
     2236               
     2237%                 oarsub -S ./oar.sub
     2238
     2239               
     2240               
     2241
     2242               
     2243            %             for p=0:floor(length(batch_file_list)/6);               
     2244%                 filename_batch_group=fullfile(Rootbat,['job_list_' num2str(p) '.bat']);
     2245%                 fid=fopen(filename_batch_group,'w');
     2246%                 if fid==-1
     2247%                     msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
     2248%                     return
     2249%                 end
     2250%                 if p==floor(length(batch_file_list)/6)
     2251%                     kmax=mod(length(batch_file_list),6);
     2252%                 else
     2253%                     kmax=6;
     2254%                 end
     2255%                 for k=1:kmax
     2256%                     fprintf(fid,['sh ' batch_file_list{p*6+k} '\n']);
     2257%                 end
     2258%                 fclose(fid);
     2259%                 system(['chmod +x ' filename_batch_group]);
     2260%                 eval(  ['!oarsub -n CIVX -q nicejob '...
     2261%                     '-E '  flname '.errors -O ' flname '.log '...
     2262%                     '-l "/core=1+{type = ''smalljob''}/licence=1,walltime=00:60:00"   ' filename_batch_group]);
     2263%             end
    22352264        case 'oar_new' % to be develloped with Patrick Begou
    22362265                filename_joblist=fullfile(Rootbat,'job_list.txt');
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.