Changeset 285


Ignore:
Timestamp:
Nov 18, 2011, 8:11:05 PM (12 years ago)
Author:
gostiaux
Message:

fix1 now OK

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/civ.m

    r284 r285  
    16531653display('files OK, processing...')
    16541654
    1655 %% get checkciv1 parameters
    1656 if Param.CheckCiv1
    1657 %     Param.Civ1=read_param_civ1(handles,filecell);
    1658 end
    1659 
    1660 %% get checkfix1 parameters
    1661 if Param.CheckFix1
    1662     param.fix1=read_param_fix1(handles,filecell);
    1663 end
    16641655
    16651656%% get checkpatch1 parameters
    … …  
    17331724        OutputFile=regexprep(OutputFile,'.nc','');
    17341725
    1735        
    1736         %CheckCiv1
    17371726        if Param.CheckCiv1
    17381727            % read image-dependent parameters
    … …  
    17431732            Param.Civ1.term_a=num2stra(num_a_civ1(j),nom_type_nc);%UTILITE?
    17441733            Param.Civ1.term_b=num2stra(num_b_civ1(j),nom_type_nc);%
    1745 Param.Civ1.pxcmx=1; %velocities are expressed in pixel dispalcement
    1746 Param.Civ1.pxcmy=1;
    1747 % if exist('file_ima','var')
    1748 A=imread(filecell.ima1.civ1{1,1});%read the first image to get the size
    1749 sizim=size(A);
    1750 Param.Civ1.npx=(sizim(2));
    1751 Param.Civ1.npy=(sizim(1));
    1752 %TODO : civ should not need npx and npy
    1753 
    1754 
    1755            
     1734            Param.Civ1.pxcmx=1; %velocities are expressed in pixel dispalcement
     1735            Param.Civ1.pxcmy=1;
     1736
     1737            A=imread(filecell.ima1.civ1{1,1});%read the first image to get the size
     1738            sizim=size(A);
     1739            Param.Civ1.npx=(sizim(2));
     1740            Param.Civ1.npy=(sizim(1));
     1741            %TODO : civ should not need npx and npy
     1742
    17561743            % read mask parameters
    1757 %             dummy=get(handles.CheckMask,'Value');
    17581744            if Param.Civ1.CheckMask % the lines below should be changed with the new gui
    17591745                %matbe they when check_mask the Maskname is read
    1760                 maskdispl=get(handles.txt_MaskName,'String');
    1761                 if exist(maskdispl,'file')
    1762                     Param.Civ1.maskname=maskdispl;
    1763                     Param.Civ1.maskflag='y';
     1746                if exist(Param.Civ1.MaskName,'file')
     1747                    Param.Civ1.MaskFlag='y';
    17641748                else
    1765                     maskbase=[filecell.filebase '_' maskdispl]; %
     1749                    maskbase=[filecell.filebase '_' Param.Civ1.MaskName]; %
    17661750                    nbslice_mask=str2double(maskdispl(1:end-4)); %
    17671751                    num1_mask=mod(num1_civ1(ifile)-1,nbslice_mask)+1;
    1768                     Param.Civ1.maskname=name_generator(maskbase,num1_mask,1,'.png','_i');
    1769                     if exist(Param.Civ1.maskname,'file')
     1752                    Param.Civ1.MaskName=name_generator(maskbase,num1_mask,1,'.png','_i');
     1753                    if exist(Param.Civ1.MaskName,'file')
    17701754                        Param.Civ1.maskflag='y';
    17711755                    else
    1772                         Param.Civ1.maskname='noFile use default';
    1773                         Param.Civ1.maskflag='n';
     1756                        Param.Civ1.MaskName='noFile use default';
     1757                        Param.Civ1.MaskFlag='n';
    17741758                    end
    17751759                end
    17761760            else
    1777                 Param.Civ1.maskname='noFile use default';
    1778                 Param.Civ1.maskflag='n';
     1761                Param.Civ1.MaskName='noFile use default';
     1762                Param.Civ1.MaskFlag='n';
    17791763            end
    17801764           
    17811765            % read grid parameters=
    1782            
    17831766            if Param.Civ1.CheckGrid
    1784                 Caram.Civ1.gridflag='y';
    1785                 gridname=get(handles.txt_GridName,'String');
    1786                 if isequal(gridname(end-3:end),'grid')
    1787                     nbslice_grid=str2double(gridname(1:end-4)); %
     1767                Param.Civ1.GridFlag='y';
     1768                if isequal(Param.Civ1.GridName(end-3:end),'grid')
     1769                    nbslice_grid=str2double(Param.Civ1.GridName(1:end-4)); %
    17881770                    if ~isnan(nbslice_grid)
    17891771                        num1_grid=mod(num1_civ1(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1790                         Param.Civ1.gridname=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,num1_grid,1,'.grid','_i')];
    1791                         if ~exist(Param.Civ1.gridname,'file')
     1772                        Param.Civ1.GridName=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,num1_grid,1,'.grid','_i')];
     1773                        if ~exist(Param.Civ1.GridName,'file')
    17921774                            msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for civ1')
    17931775                        end
    1794                     elseif exist(gridname,'file')
    1795                         Param.Civ1.gridname=gridname;
    1796                     else
     1776                    elseif ~exist(Param.Civ1.GridName,'file')
    17971777                        msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for civ1')
    17981778                    end
    17991779                end
    18001780            else
    1801                 Param.Civ1.gridname='noFile use default';
    1802                 Param.Civ1.gridflag='n';
     1781                Param.Civ1.GridName='noFile use default';
     1782                Param.Civ1.GridFlag='n';
    18031783            end
    18041784           
     1785            % send command
    18051786            switch CivMode
    18061787                case 'CivX'
    … …  
    18221803        end
    18231804       
    1824         % CheckFix1
    18251805        if Param.CheckFix1
    18261806           switch CivMode
    18271807                case 'CivX'
    1828                     if isunix %unix system
    1829                         cmd_FIX=[Param.xml.FixBin ' -f ' filecell.nc.civ1{ifile,j} ' -fi1 ' num2str(param.fix1.flagindex1(1)) ...
    1830                             ' -fi2 ' num2str(param.fix1.flagindex1(2)) ' -fi3 ' num2str(param.fix1.flagindex1(3)) ...
    1831                             ' -threshC ' num2str(param.fix1.thresh_vecC1) ' -threshV ' num2str(param.fix1.thresh_vel1) ' -maskName ' param.fix1.maskname];
    1832                     else %windows system
    1833                         cmd_FIX=['"' Param.xml.FixBin '" -f "' filecell.nc.civ1{ifile,j} '" -fi1 ' num2str(param.fix1.flagindex1(1)) ...
    1834                             ' -fi2 ' num2str(param.fix1.flagindex1(2)) ' -fi3 ' num2str(param.fix1.flagindex1(3)) ...
    1835                             ' -threshC ' num2str(param.fix1.thresh_vecC1) ' -threshV ' num2str(param.fix1.thresh_vel1) ' -maskName "' param.fix1.maskname '"'];
    1836                         cmd_FIX=regexprep(cmd_FIX,'\\','\\\\');
    1837                     end
    1838                     cmd=[cmd cmd_FIX '\n'];
     1808                    cmd=[cmd...
     1809                        cmd_fix(filecell.nc.civ1{ifile,j},Param,'Fix1') '\n'];
    18391810                case 'CivAll'
    18401811                    fix1.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
    … …  
    42944265%------------------------------------------------------------------------
    42954266% --- Read the parameters for checkciv1 on the interface
    4296 function par=read_param_civ1(handles,filecell)
    4297 %------------------------------------------------------------------------
    4298 ibx_val=str2double(get(handles.num_Bx,'String'));
    4299 par.ibx=num2str(ibx_val);
    4300 iby_val=str2double(get(handles.num_By,'String'));
    4301 par.iby=num2str(iby_val);
    4302 isx=get(handles.num_Sx,'String');
    4303 if isnan(str2double(isx)), isx='41'; set(handles.num_Sx,'String','41'), end; %default
    4304 if str2double(isx)<ibx_val+8,isx=num2str(ibx_val+8); set(handles.num_Sx,'String',num2str(ibx_val+8)); end
    4305 isy=get(handles.num_Sy,'String');
    4306 if isnan(str2double(isy)), isy='41'; set(handles.num_Sy,'String','41'), end;%default
    4307 if str2double(isy)<iby_val+8,isy=num2str(iby_val+8); set(handles.num_Sy,'String',num2str(iby_val+8)); end
    4308 par.isx=get(handles.num_Sx,'String');
    4309 par.isy=get(handles.num_Sy,'String');
    4310 par.shiftx=get(handles.num_Shiftx,'String');
    4311 par.shifty=get(handles.num_Shifty,'String');
    4312 if isnan(str2double(par.isx))
    4313     par.isx='41';%default
    4314     set(handles.num_Sx,'String','41');
    4315 end
    4316 if isnan(str2double(par.isy))
    4317     par.isy='41'; %default
    4318     set(handles.num_Sy,'String','41');
    4319 end
    4320 if isnan(str2double(par.shiftx))
    4321     par.shiftx='0';%default
    4322     set(handles.num_Shiftx,'String','0');
    4323 end
    4324 if isnan(str2double(par.shifty))
    4325     par.shifty='0'; %default
    4326     set(handles.num_Shifty,'String','0');
    4327 end
    4328 par.rho=get(handles.num_Rho,'String');
    4329 if isequal(get(handles.num_Rho,'Style'),'popupmenu')
    4330     index=get(handles.num_Rho,'Value');
    4331     par.rho=par.rho{index};
    4332 end
    4333 dummy=get(handles.num_Dx,'String');
    4334 par.dx=dummy{1};
    4335 dummy=get(handles.num_Dy,'String');
    4336 par.dy=dummy{1};
    4337 if isnan(str2double(par.dx))
    4338     if isempty(get(handles.txt_GridName,'String'));
    4339         par.dx='0'; %just read by civ program, not used
    4340     else
    4341         par.dx='20';%default
    4342         set(handles.num_Dx,'String','20');
    4343     end
    4344 end
    4345 if isnan(str2double(par.dy))
    4346     if isempty(get(handles.txt_GridName,'String'));
    4347         par.dy='0';%just read by civ program, not used
    4348     else
    4349         par.dy='20';%default
    4350         set(handles.dy_civ1_title,'String','20');
    4351     end
    4352 end
    4353 par.pxcmx='1'; %velocities are expressed in pixel dispalcement
    4354 par.pxcmy='1';
    4355 % if exist('file_ima','var')
    4356 A=imread(filecell.ima1.civ1{1,1});%read the first image to get the size
    4357 sizim=size(A);
    4358 par.npx=num2str(sizim(2));
    4359 par.npy=num2str(sizim(1));
    4360 %TODO : civ should not need npx and npy
    4361 
    4362 
     4267% function par=read_param_civ1(handles,filecell)
     4268% % not deeden anymore
     4269% %------------------------------------------------------------------------
     4270% ibx_val=str2double(get(handles.num_Bx,'String'));
     4271% par.ibx=num2str(ibx_val);
     4272% iby_val=str2double(get(handles.num_By,'String'));
     4273% par.iby=num2str(iby_val);
     4274% isx=get(handles.num_Sx,'String');
     4275% if isnan(str2double(isx)), isx='41'; set(handles.num_Sx,'String','41'), end; %default
     4276% if str2double(isx)<ibx_val+8,isx=num2str(ibx_val+8); set(handles.num_Sx,'String',num2str(ibx_val+8)); end
     4277% isy=get(handles.num_Sy,'String');
     4278% if isnan(str2double(isy)), isy='41'; set(handles.num_Sy,'String','41'), end;%default
     4279% if str2double(isy)<iby_val+8,isy=num2str(iby_val+8); set(handles.num_Sy,'String',num2str(iby_val+8)); end
     4280% par.isx=get(handles.num_Sx,'String');
     4281% par.isy=get(handles.num_Sy,'String');
     4282% par.shiftx=get(handles.num_Shiftx,'String');
     4283% par.shifty=get(handles.num_Shifty,'String');
     4284% if isnan(str2double(par.isx))
     4285%     par.isx='41';%default
     4286%     set(handles.num_Sx,'String','41');
    43634287% end
    4364 %time=get(handles.RootName,'UserData'); %get the set of times
    4365 dummy=get(handles.txt_GridName,'String');
    4366 par.gridname=dummy{1};
    4367 par.gridflag='y';
    4368 if strcmp(par.gridname,'')|| isempty(par.gridname)
    4369     par.gridname='nogrid';
    4370     par.gridflag='n';
    4371 end
    4372 
     4288% if isnan(str2double(par.isy))
     4289%     par.isy='41'; %default
     4290%     set(handles.num_Sy,'String','41');
     4291% end
     4292% if isnan(str2double(par.shiftx))
     4293%     par.shiftx='0';%default
     4294%     set(handles.num_Shiftx,'String','0');
     4295% end
     4296% if isnan(str2double(par.shifty))
     4297%     par.shifty='0'; %default
     4298%     set(handles.num_Shifty,'String','0');
     4299% end
     4300% par.rho=get(handles.num_Rho,'String');
     4301% if isequal(get(handles.num_Rho,'Style'),'popupmenu')
     4302%     index=get(handles.num_Rho,'Value');
     4303%     par.rho=par.rho{index};
     4304% end
     4305% dummy=get(handles.num_Dx,'String');
     4306% par.dx=dummy{1};
     4307% dummy=get(handles.num_Dy,'String');
     4308% par.dy=dummy{1};
     4309% if isnan(str2double(par.dx))
     4310%     if isempty(get(handles.txt_GridName,'String'));
     4311%         par.dx='0'; %just read by civ program, not used
     4312%     else
     4313%         par.dx='20';%default
     4314%         set(handles.num_Dx,'String','20');
     4315%     end
     4316% end
     4317% if isnan(str2double(par.dy))
     4318%     if isempty(get(handles.txt_GridName,'String'));
     4319%         par.dy='0';%just read by civ program, not used
     4320%     else
     4321%         par.dy='20';%default
     4322%         set(handles.dy_civ1_title,'String','20');
     4323%     end
     4324% end
     4325% par.pxcmx='1'; %velocities are expressed in pixel dispalcement
     4326% par.pxcmy='1';
     4327% % if exist('file_ima','var')
     4328% A=imread(filecell.ima1.civ1{1,1});%read the first image to get the size
     4329% sizim=size(A);
     4330% par.npx=num2str(sizim(2));
     4331% par.npy=num2str(sizim(1));
     4332% %TODO : civ should not need npx and npy
     4333%
     4334%
     4335% % end
     4336% %time=get(handles.RootName,'UserData'); %get the set of times
     4337% dummy=get(handles.txt_GridName,'String');
     4338% par.gridname=dummy{1};
     4339% par.gridflag='y';
     4340% if strcmp(par.gridname,'')|| isempty(par.gridname)
     4341%     par.gridname='nogrid';
     4342%     par.gridflag='n';
     4343% end
     4344%
    43734345%------------------------------------------------------------------------
    43744346function par=read_param_fix1(handles,filecell)
    … …  
    54305402%changes : filename_cmx -> filename ( no extension )
    54315403
    5432 filename=regexprep(filename,'.nc','')
     5404filename=regexprep(filename,'.nc','');
    54335405
    54345406if isequal(Param.Civ1.Dt,'0')
    … …  
    54425414fprintf(fid,   ['LastImage  ' regexprep(Param.Civ1.filename_ima_b,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
    54435415fprintf(fid,  ['XX' '\n' ]);
    5444 fprintf(fid,  ['Mask ' Param.Civ1.maskflag '\n' ]);
    5445 fprintf(fid,  ['MaskName ' regexprep(Param.Civ1.maskname,'\\','\\\\') '\n' ]);
     5416fprintf(fid,  ['Mask ' Param.Civ1.MaskFlag '\n' ]);
     5417fprintf(fid,  ['MaskName ' regexprep(Param.Civ1.MaskName,'\\','\\\\') '\n' ]);
    54465418fprintf(fid,   ['ImageSize ' num2str(Param.Civ1.npx) ' ' num2str(Param.Civ1.npy) '\n' ]);   %VERIFIER CAS GENERAL ?
    54475419fprintf(fid,   ['CorrelationBoxesSize ' num2str(Param.Civ1.Bx) ' ' num2str(Param.Civ1.By) '\n' ]);
    … …  
    54545426fprintf(fid,  ['XX 1' '\n' ]);
    54555427fprintf(fid,   ['ShiftXY ' num2str(Param.Civ1.Shiftx) ' '  num2str(Param.Civ1.Shifty) '\n' ]);
    5456 fprintf(fid,  ['Grid ' Param.Civ1.gridflag '\n' ]);
    5457 fprintf(fid,   ['GridName ' regexprep(Param.Civ1.gridname,'\\','\\\\') '\n' ]);
     5428fprintf(fid,  ['Grid ' Param.Civ1.GridFlag '\n' ]);
     5429fprintf(fid,   ['GridName ' regexprep(Param.Civ1.GridName,'\\','\\\\') '\n' ]);
    54585430fprintf(fid,   ['XX 85' '\n' ]);
    54595431fprintf(fid,   ['XX 1.0' '\n' ]);
    … …  
    54885460    cmd=[cmd 'del "' filename '.cmx'];
    54895461end
     5462
     5463
     5464function cmd=cmd_fix(filename,Param,fixname)
     5465%%
     5466filename=regexprep(filename,'.nc','');
     5467if isunix
     5468    cmd=[Param.xml.FixBin ' -f ' filename '.nc -fi1 ' num2str(Param.(fixname).flagindex(1)) ...
     5469        ' -fi2 ' num2str(Param.(fixname).flagindex(2)) ' -fi3 ' num2str(Param.(fixname).flagindex(3)) ...
     5470        ' -threshC ' num2str(Param.(fixname).thresh_vecC) ' -threshV ' num2str(Param.(fixname).thresh_vel)...
     5471        ' -maskName ' Param.(fixname).MaskName '" > ' filename '.fix1.log'];
     5472else
     5473    cmd=['"' Param.xml.FixBin '" -f "' filename '.nc" -fi1 ' num2str(Param.(fixname).CheckFmin2)...
     5474        ' -fi2 ' num2str(Param.(fixname).CheckF2) ' -fi3 ' num2str(Param.(fixname).CheckF3) ...
     5475        ' -threshC ' num2str(Param.(fixname).MinCorr)...
     5476        ' -maskName "' Param.(fixname).MaskName '" > "' filename '.fix1.log"'];
     5477%         ' -threshV ' num2str(Param.(fixname).thresh_vel)...
     5478    cmd=regexprep(cmd,'\\','\\\\');
     5479end
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.