Changeset 316


Ignore:
Timestamp:
Dec 4, 2011, 5:54:17 PM (9 years ago)
Author:
sommeria
Message:

a few more bugs corrected, now the new civ_matlab works for civ1,fix1, patch1

Location:
trunk/src
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/civ.m

    r315 r316  
    2323%TODO: search range
    2424
    25 % Last Modified by GUIDE v2.5 03-Dec-2011 16:08:25
     25% Last Modified by GUIDE v2.5 04-Dec-2011 08:42:47
    2626% Begin initialization code - DO NOT EDIT
    2727gui_Singleton = 1;
     
    268268%set(handles.thresh_patch1,'Visible','off')
    269269% set(handles.thresh_text1,'Visible','off')
    270 % set(handles.num_MaxDiff,'Visible','off')
    271 % set(handles.thresh_text2,'Visible','off')
     270set(handles.num_MaxDiff,'Visible','off')
     271set(handles.title_MaxDiff,'Visible','off')
    272272set(handles.num_Rho,'Style','edit')
    273273set(handles.num_Rho,'String','1')
     
    281281set(handles.MenuMatlab,'checked','on')
    282282set(handles.MenuCivX,'checked','off')
    283 if get(handles.CheckPatch1,'Value')
    284     set(handles.thresh_patch1,'Visible','on')
    285     set(handles.thresh_text1,'Visible','on')
    286 end
    287 if get(handles.CheckPatch2,'Value')
    288     set(handles.num_MaxDiff,'Visible','on')
    289     set(handles.thresh_text2,'Visible','on')
    290 end
     283% if get(handles.CheckPatch1,'Value')
     284set(handles.num_MaxDiff,'Visible','on')
     285set(handles.title_MaxDiff,'Visible','on')
     286
     287% end
    291288set(handles.num_Rho,'Style','popupmenu')
    292289set(handles.num_Rho,'Value',1)
     
    868865            lastfield='';
    869866            % check the content  netcdf file
    870             Data=nc2struct(civ_files{ifile},'ListGlobalAttribute','patch2','fix2','civ2','patch','fix');
    871             if ~isempty(Data.patch2) && isequal(Data.patch2,1)
    872                 option=6;
    873                 option_str='patch2';
    874             elseif ~isempty(Data.fix2) && isequal(Data.fix2,1)
    875                 option=5;
    876                 option_str='fix2';
    877             elseif ~isempty(Data.civ2) && isequal(Data.civ2,1);
    878                 option=4;
    879                 option_str='civ2';
    880             elseif ~isempty(Data.patch) && isequal(Data.patch,1);
    881                 option=3;
    882                 option_str='patch1';
    883             elseif ~isempty(Data.fix) && isequal(Data.fix,1);
    884                 option=2;
    885                 option_str='fix1';
     867            Data=nc2struct(civ_files{ifile},'ListGlobalAttribute','CivStage','patch2','fix2','civ2','patch','fix');
     868            option_list={'civ1','fix1','patch1','civ2','fix2','patch2'};
     869            if ~isempty(Data.CivStage)
     870                option=Data.CivStage;
    886871            else
    887                 option=1;
    888                 option_str='civ1';
    889             end
     872                if ~isempty(Data.patch2) && isequal(Data.patch2,1)
     873                    option=6;
     874                    %                 option_str='patch2';
     875                elseif ~isempty(Data.fix2) && isequal(Data.fix2,1)
     876                    option=5;
     877                    %                 option_str='fix2';
     878                elseif ~isempty(Data.civ2) && isequal(Data.civ2,1);
     879                    option=4;
     880                    %                 option_str='civ2';
     881                elseif ~isempty(Data.patch) && isequal(Data.patch,1);
     882                    option=3;
     883                    %                 option_str='patch1';
     884                elseif ~isempty(Data.fix) && isequal(Data.fix,1);
     885                    option=2;
     886                    %                 option_str='fix1';
     887                else
     888                    option=1;
     889                    %                 option_str='civ1';
     890                end
     891            end
     892            option_str=option_list{option};
    890893        end
    891894        if option >= option_civ
     
    37173720end
    37183721if testmask
    3719     stage=1;%default
    3720     switch parent_tag
    3721 %         case 'Fix1'
    3722 %             stage=2;
    3723         case 'Civ2'
    3724              stage=3;
    3725 %         case 'Fix2'
    3726 %             stage=4;
    3727     end
    3728     set(handles.txt_Mask(stage:end),'Visible','on')
    3729     set(handles.txt_Mask(stage:end),'String',filemask)
    3730     set(handles.CheckMask(stage:end),'Value',1)
     3722%     stage=4;%default
     3723    if strcmp(parent_tag,'Civ1')
     3724            set(handles.txt_Mask,'Visible','on')
     3725        set(handles.txt_Mask,'String',filemask)
     3726    set(handles.CheckMask,'Value',1)
     3727    end
     3728%     switch parent_tag
     3729% %         case 'Fix1'
     3730% %             stage=2;
     3731%         case 'Civ2'
     3732%              stage=3;
     3733% %         case 'Fix2'
     3734% %             stage=4;
     3735%     end
     3736%     set(handles.txt_Mask(stage:end),'Visible','on')
     3737%     set(handles.txt_Mask(stage:end),'String',filemask)
     3738%     set(handles.CheckMask(stage:end),'Value',1)
    37313739else
    37323740    set(hObject,'Value',0);
     
    40094017%         set(handles.thresh_text1,'Visible','off')
    40104018%         set(handles.num_MaxDiff,'Visible','off')
    4011 %         set(handles.thresh_text2,'Visible','off')
     4019%         set(handles.title_MaxDiff,'Visible','off')
    40124020%         set(handles.num_Rho,'Style','edit')
    40134021%         set(handles.num_Rho,'String','1')
     
    41144122filename=regexprep(filename,'.nc','');
    41154123MaskName_string='';%default
    4116 if Param.(fixname).CheckMask
    4117     MaskName_string=[' -maskName "' Param.(fixname).MaskName '"'];
    4118 end
     4124% if Param.(fixname).CheckMask
     4125%     MaskName_string=[' -maskName "' Param.(fixname).Mask '"'];
     4126% end
    41194127MaxVel_string='';%default
    41204128if ~isempty(Param.(fixname).MaxVel)
  • trunk/src/civ_matlab.m

    r315 r316  
    105105        eval(['Data.' ListName '=Param.Fix1.' ParamName ';'])
    106106    end
    107 %     Data.ListGlobalAttribute=[Data.ListGlobalAttribute {'Fix1_WarnFlags','Fix1_TreshCorr','Fix1_TreshVel','Fix1_UpperBoundTest'}];
    108 %     Data.Fix1_WarnFlags=Param.Fix1.WarnFlags;
    109 %     Data.Fix1_ThreshCorr=Param.Fix1.ThreshCorr;
    110 %     Data.Fix1_ThreshVel=Param.Fix1.ThreshVel;
    111 %     Data.Fix1_UpperBoundTest=Param.Fix1.UpperBoundTest;
    112 
    113107    if check_civx
    114108        if ~isfield(Data,'fix')
     
    131125if isfield (Param,'Patch1')
    132126    check_patch1=1;
     127    Param.Patch1
    133128    Data.ListGlobalAttribute=[Data.ListGlobalAttribute {'Patch1_Rho','Patch1_Threshold','Patch1_SubDomain'}];
    134     Data.Patch1_Rho=str2double(Param.Patch1.Rho);
    135     Data.Patch1_Threshold=str2double(Param.Patch1.Threshold);
    136     Data.Patch1_SubDomain=str2double(Param.Patch1.SubDomain);
     129    Data.Patch1_Rho=Param.Patch1.SmoothingParam;
     130    Data.Patch1_Threshold=Param.Patch1.MaxDiff;
     131    Data.Patch1_SubDomain=Param.Patch1.SubdomainSize;
    137132    Data.ListVarName=[Data.ListVarName {'Civ1_U_Diff','Civ1_V_Diff','Civ1_X_SubRange','Civ1_Y_SubRange','Civ1_NbSites','Civ1_X_tps','Civ1_Y_tps','Civ1_U_tps','Civ1_V_tps'}];
    138133    Data.VarDimName=[Data.VarDimName {'NbVec1','NbVec1',{'NbSubDomain1','Two'},{'NbSubDomain1','Two'},'NbSubDomain1',...
     
    146141        ind_good=find(Data.Civ1_FF==0);
    147142    else
     143       
    148144        ind_good=1:numel(Data.Civ1_X);
    149145    end
     
    171167    isx2=ibx2+2;
    172168    isy2=iby2+2;
     169
    173170    %get the previous guess for displacement
     171   
    174172    if ~check_patch1
    175         [Guess,VelType]=read_civdata(ObjectName,InputField,ParamIn.VelType);%TO DEVELOP
    176     else
    177         Data.Civ1_U_Diff=zeros(size(Data.Civ1_X));
    178         Data.Civ1_V_Diff=zeros(size(Data.Civ1_X));
    179         if isfield(Data,'Civ1_FF')
    180             ind_good=find(Data.Civ1_FF==0);
    181         else
    182             ind_good=1:numel(Data.Civ1_X);
    183         end
    184             [Data.Civ1_X_SubRange,Data.Civ1_Y_SubRange,Data.Civ1_NbSites,FFres,Ures, Vres,Data.Civ1_X_tps,Data.Civ1_Y_tps,Data.Civ1_U_tps,Data.Civ1_V_tps]=...
    185                                 patch(Data.Civ1_X(ind_good)',Data.Civ1_Y(ind_good)',Data.Civ1_U(ind_good)',Data.Civ1_V(ind_good)',Data.Patch1_Rho,Data.Patch1_Threshold,Data.Patch1_SubDomain);
    186         end
     173        [Data,VelType]=read_civdata(ObjectName,InputField,ParamIn.VelType);%TO DEVELOP
     174    end
     175   
     176    Guess =interp_tps(Data,X,Y)
     177%         Data.Civ1_U_Diff=zeros(size(Data.Civ1_X));
     178%         Data.Civ1_V_Diff=zeros(size(Data.Civ1_X));
     179%         if isfield(Data,'Civ1_FF')
     180%             ind_good=find(Data.Civ1_FF==0);
     181%         else
     182%             ind_good=1:numel(Data.Civ1_X);
     183%         end
     184%             [Data.Civ1_X_SubRange,Data.Civ1_Y_SubRange,Data.Civ1_NbSites,FFres,Ures, Vres,Data.Civ1_X_tps,Data.Civ1_Y_tps,Data.Civ1_U_tps,Data.Civ1_V_tps]=...
     185%                                 patch(Data.Civ1_X(ind_good)',Data.Civ1_Y(ind_good)',Data.Civ1_U(ind_good)',Data.Civ1_V(ind_good)',Data.Patch1_Rho,Data.Patch1_Threshold,Data.Patch1_SubDomain);
     186%         end
    187187%     shiftx=str2num(par_civ1.shiftx);
    188188%     shifty=str2num(par_civ1.shifty);
     
    597597    FF=FF==1 | C<Param.MinCorr;
    598598end
    599 if isfield (Param,'MinVel')||(isfield (Param,'MaxVel')&&~isempty(Param.MaxVel))
     599if (isfield(Param,'MinVel')&&~isempty(Param.MinVel))||(isfield (Param,'MaxVel')&&~isempty(Param.MaxVel))
    600600    Umod= U.*U+V.*V;
    601     if isfield (Param,'MinVel')
     601    if isfield (Param,'MinVel')&&~isempty(Param.MinVel)
    602602        FF=FF==1 | Umod<(Param.MinVel*Param.MinVel);
    603603    end
     
    722722CentreY=linspace(MinY+SizY/2,MaxY-SizY/2,NbSubDomainY);
    723723[CentreX,CentreY]=meshgrid(CentreX,CentreY);
    724 CentreY=reshape(CentreY,1,[]);
    725 CentreX=reshape(CentreX,1,[]);
     724CentreY=reshape(CentreY,1,[]);% Y positions of subdomain centres
     725CentreX=reshape(CentreX,1,[]);% X positions of subdomain centres
    726726rho=SizX*SizY*Rho/1000000;%optimum rho increase as the area of the subdomain (division by 10^6 to reach good values with the default GUI input)
    727727U_tps_sub=zeros(length(X),NbSubDomain);%default spline
  • trunk/src/read_civdata.m

    r246 r316  
    7676end
    7777var_ind=find(vardetect);
    78 for ivar=1:length(var_ind)
     78for ivar=1:min(numel(var_ind),numel(Field.VarAttribute))
    7979    Field.VarAttribute{ivar}.Role=role{var_ind(ivar)};
    8080    Field.VarAttribute{ivar}.Unit=units{var_ind(ivar)};
  • trunk/src/uvmat.m

    r315 r316  
    25522552%PlotParam{1}=read_plot_param(handles);%read plotting parameters on the uvmat interfac
    25532553PlotParam{1}=read_GUI(handles.uvmat);
     2554if ~isfield(PlotParam{1},'Vectors')
     2555    PlotParam{1}.Vectors.MaxVec=1;
     2556    PlotParam{1}.Vectors.MinVec=0;
     2557    PlotParam{1}.Vectors.CheckFixVecColor=1;
     2558    PlotParam{1}.Vectors.ColCode1=0.33;
     2559    PlotParam{1}.Vectors.ColCode2=0.66;
     2560     PlotParam{1}.Vectors.ListColorScalar={'ima_cor'};
     2561     PlotParam{1}.Vectors.ListColorCode= {'rgb'};
     2562end
    25542563keeplim(1)=get(handles.CheckFixLimits,'Value');% test for fixed graph limits
    25552564PosColorbar{1}=UvData.OpenParam.PosColorbar;%prescribe the colorbar position on the uvmat interface
     
    25722581    iobj=IndexObj(imap);
    25732582    [ObjectData,errormsg]=proj_field(UvData.Field,UvData.Object{iobj});% project field on the object
    2574     if testnewseries && isfield(ObjectData,'CoordUnit')&& isfield(PlotParam{imap},'Coordinates')
    2575         PlotParam{imap}.Coordinates=rmfield(PlotParam{imap}.Coordinates,'CheckFixEqual'); %set FixEqual to depend on the field (=1 if Data.CoordUnit=1 in plot_field)
    2576     end
     2583
    25772584    if ~isempty(errormsg)
    25782585        return
     2586    end
     2587    %     if testnewseries && isfield(ObjectData,'CoordUnit')&& isfield(PlotParam{imap},'Coordinates')
     2588%         PlotParam{imap}.Coordinates=rmfield(PlotParam{imap}.Coordinates,'CheckFixEqual'); %set FixEqual to depend on the field (=1 if Data.CoordUnit=1 in plot_field)
     2589%     end
     2590    if testnewseries && isfield(ObjectData,'CoordUnit')
     2591        PlotParam{imap}.Coordinates.CheckFixEqual=1;
    25792592    end
    25802593    %use of mask (TODO: check)
     
    38703883    Amax=double(max(max(max(FieldHisto))));%max of image
    38713884    if isequal(Amin,Amax)
    3872         msgbox_uvmat('WARNING',['uniform field =' num2str(Amin)]);
     3885        %msgbox_uvmat('WARNING',['uniform field =' num2str(Amin)]);
     3886        cla(haxes)
    38733887    else
    38743888        Histo.ListVarName={FieldName,'histo'};
     
    40774091%------------------------------------------------------------------------
    40784092set(handles.CheckFixVecColor,'Value',1)
    4079 AutoVecColor_Callback(hObject, eventdata, handles)
     4093CheckFixVecColor_Callback(hObject, eventdata, handles)
    40804094min_val=str2num(get(handles.num_MinVec,'String'));
    40814095max_val=str2num(get(handles.num_MaxVec,'String'));
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.