Changeset 386


Ignore:
Timestamp:
Apr 2, 2012, 4:23:26 PM (9 years ago)
Author:
sommeria
Message:

several bugs corrected
for dealing with color movies

Location:
trunk/src
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/civ.m

    r384 r386  
    24252425    movieobject1=[];%default
    24262426    if strcmpi(ext_ima,'.avi')
    2427         hhh=which('mmreader');
    2428         if ~isequal(hhh,'')&& mmreader.isPlatformSupported()% if the mmreader function is found (recent version of matlab)
     2427        if ~isempty(which('mmreader'))% if the mmreader function is found (recent version of matlab)
    24292428            type_ima1='movie';
    2430             movieobject1=mmreader([filebase_ima2 ext_ima]);
     2429            movieobject1=mmreader([filecell.filebase ext_ima]);
    24312430        else
    24322431            type_ima1='avi';
     
    24452444    movieobject2=[];
    24462445    if strcmpi(ext_ima,'.avi')
    2447         hhh=which('mmreader');
    2448         if ~isequal(hhh,'')&& mmreader.isPlatformSupported()% if the mmreader function is found (recent version of matlab)
     2446        if ~isempty(which('mmreader'))% if the mmreader function is found (recent version of matlab)
    24492447            type_ima2='movie';
    2450             movieobject2=mmreader([filebase_ima2 ext_ima]);
     2448            movieobject2=mmreader([filecell.filebase ext_ima]);
    24512449        else
    24522450            type_ima2='avi';
  • trunk/src/civ_matlab.m

    r383 r386  
    5959            if ischar(par_civ1.ImageB)
    6060                temp=par_civ1.ImageA;
    61                 par_civ1.ImageA=imread(par_civ1.ImageB);
     61                par_civ1.ImageA=sum(imread(par_civ1.ImageB),3);
    6262            end
    6363            if ischar(temp)
    64                 par_civ1.ImageB=imread(temp);
     64                par_civ1.ImageB=sum(imread(temp),3);
    6565            end
    6666        end
    6767    else
    6868        if ischar(par_civ1.ImageA)
    69             par_civ1.ImageA=imread(par_civ1.ImageA);
     69            par_civ1.ImageA=sum(imread(par_civ1.ImageA),3);
    7070        end
    7171        if ischar(par_civ1.ImageB)
    72             par_civ1.ImageB=imread(par_civ1.ImageB);
     72            par_civ1.ImageB=sum(imread(par_civ1.ImageB),3);
    7373        end
    7474    end
  • trunk/src/find_file_series.m

    r385 r386  
    5151j1_series=zeros(1,1,1);
    5252j2_series=zeros(1,1,1);
     53% ifile_min=1;%default
    5354[FileType,FileInfo,Object]=get_file_type(fullfileinput);
    5455if strcmp( FileType,'multimage')||strcmp( FileType,'video')
     
    233234        NomType=regexprep(NomType,['^' NomTypePref],'');
    234235    end
    235 end
    236 
    237 %% update the file type if the input file does not exist (pb of 0001)
    238 if isempty(FileType)
    239     [FileType,tild,Object]=get_file_type(dirpair(ifile_min).name);
    240 end
     236    %% update the file type if the input file does not exist (pb of 0001)
     237    if isempty(FileType)
     238        [FileType,tild,Object]=get_file_type(dirpair(ifile_min).name);
     239    end
     240end
     241
     242
    241243
    242244%% set to empty array the irrelevant index series
  • trunk/src/get_file_type.m

    r380 r386  
    3636            end
    3737        else
     38            error_nc=0;
    3839            try
    3940                Data=nc2struct(fileinput,'ListGlobalAttribute','absolut_time_T0','Conventions',...
    4041                    'CivStage','patch2','fix2','civ2','patch','fix');
    41                 if ~isempty(Data.absolut_time_T0')
    42                     FileType='civx'; % test for civx velocity fields
    43                     if ~isempty(Data.patch2) && isequal(Data.patch2,1)
    44                         FileInfo.CivStage=6;
    45                     elseif ~isempty(Data.fix2) && isequal(Data.fix2,1)
    46                         FileInfo.CivStage=5;
    47                     elseif ~isempty(Data.civ2) && isequal(Data.civ2,1);
    48                         FileInfo.CivStage=4;
    49                     elseif ~isempty(Data.patch) && isequal(Data.patch,1);
    50                         FileInfo.CivStage=3;
    51                     elseif ~isempty(Data.fix) && isequal(Data.fix,1);
    52                         FileInfo.CivStage=2;
    53                     elseif ~isempty(Data.absolut_time_T0) && ~isempty(Data.hart)
    54                         FileInfo.CivStage=1;
     42                if ~isempty(Data.Txt)
     43                    error_nc=1;
     44                else
     45                    if ~isempty(Data.absolut_time_T0')
     46                        FileType='civx'; % test for civx velocity fields
     47                        if ~isempty(Data.patch2) && isequal(Data.patch2,1)
     48                            FileInfo.CivStage=6;
     49                        elseif ~isempty(Data.fix2) && isequal(Data.fix2,1)
     50                            FileInfo.CivStage=5;
     51                        elseif ~isempty(Data.civ2) && isequal(Data.civ2,1);
     52                            FileInfo.CivStage=4;
     53                        elseif ~isempty(Data.patch) && isequal(Data.patch,1);
     54                            FileInfo.CivStage=3;
     55                        elseif ~isempty(Data.fix) && isequal(Data.fix,1);
     56                            FileInfo.CivStage=2;
     57                        elseif ~isempty(Data.absolut_time_T0) && ~isempty(Data.hart)
     58                            FileInfo.CivStage=1;
     59                        end
     60                    elseif strcmp(Data.Conventions,'uvmat/civdata')
     61                        FileType='civdata'; % test for civx velocity fields
     62                        FileInfo.CivStage=Data.CivStage;
     63                    else
     64                        FileType='netcdf';
    5565                    end
    56                 elseif strcmp(Data.Conventions,'uvmat/civdata')
    57                     FileType='civdata'; % test for civx velocity fields
    58                     FileInfo.CivStage=Data.CivStage;
    59                 else
    60                     FileType='netcdf';
    6166                end
     67            catch ME
     68                error_nc=1;
    6269            end
    63             try
    64                 if exist('VideoReader','file')%recent version of Matlab
    65                     Object=VideoReader(fullfileinput);
    66                 else
    67                     Object=mmreader(fullfileinput);%older Matlab function for movies
    68                 end
    69                 FileType='video';
    70                 FileInfo.NbFrame=get(Object,'NumberOfFrames');
     70            if error_nc
     71                    if exist('VideoReader','file')%recent version of Matlab
     72                        Object=VideoReader(fileinput);
     73                    else
     74                        Object=mmreader(fileinput);%older Matlab function for movies
     75                    end
     76                    FileType='video';
     77                    FileInfo.NbFrame=get(Object,'NumberOfFrames');
    7178            end
    7279        end
  • trunk/src/uvmat.m

    r384 r386  
    4747%           .FieldName_1:(char string) second field selected('image', 'velocity'...)
    4848%           .CName: (char string)name of the scalar used for vector colors
    49 %          .MovieObject: movie object representing an input movie
    50 %          .MovieObject_1: idem for a second input series (_1)
     49%          .MovieObject{1}: movie object representing an input movie
     50%          .MovieObject{2}: idem for a second input series (_1)
    5151%          .filename_1 : last second input file name (to deal with a constant second input without reading again the file)
    5252%          .VelType_1: last velocity type (VelType, civ2...) for the second input series
     
    15681568NomType=get(handles.NomType,'String');
    15691569i1=str2num(get(handles.i1,'String'));%read the field indices (for movie, it is not given by the file name)
    1570 i2=str2num(get(handles.i2,'String'));
    1571 j1=1;
     1570i2=[];%default
     1571if strcmp(get(handles.i2,'Visible'),'on')
     1572    i2=str2num(get(handles.i2,'String'));
     1573end
     1574j1=[];
    15721575if strcmp(get(handles.j1,'Visible'),'on')
    15731576    j1=stra2num(get(handles.j1,'String'));
     
    15921595    set(handles.CheckFixPair,'Value',0)
    15931596end
    1594 CheckFixPair=get(handles.CheckFixPair,'Value');
     1597CheckFixPair=get(handles.CheckFixPair,'Value')||(isempty(i2)&&isempty(j2));
    15951598if CheckFixPair
    15961599    if get(handles.scan_i,'Value')==1% case of scanning along index i
     
    20002003                ParamIn.Npy=UvData.XmlData.Npy;
    20012004                ParamIn.Npx=UvData.XmlData.Npx;
    2002             else
    2003                
     2005            else           
    20042006                errormsg='Npx and Npy need to be defined in the xml file for volume images .vol';
    20052007                return
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.