Changeset 417


Ignore:
Timestamp:
May 9, 2012, 6:51:16 PM (9 years ago)
Author:
g7moreau
Message:
  • Change oar submit method order
  • Add extra parameter for oar-parexec method
  • Change stdout and stderr file extension
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/civ.m

    r416 r417  
    16081608        case 'oar'
    16091609           
    1610             oar_modes={'oar-dispatch','mpilauncher','oar-parexec'};
     1610            oar_modes={'oar-parexec','oar-dispatch','mpilauncher'};
    16111611            text={'Batch processing on servcalcul3 LEGI';...
    16121612                'Please choose one of the followint modes';...
     1613                '* oar-parexec : best choice';...
    16131614                '* oar-dispatch : jobs in a container of several cores';...
    16141615                '* mpilauncher : one single parallel mpi job using several cores';...
    1615                 '* oar-parexec (under development) ';...
    16161616                '**********************************'...
    16171617                };
     
    16201620            switch oar_modes{S}
    16211621                case 'oar-parexec' %oar-dispatch.pl
    1622                     ncores=str2double(...
    1623                         inputdlg('Number of cores (max 36)','oarsub parameter',1,{'12'})...
    1624                         );
     1622                    answer=inputdlg({'Number of cores (max 36)','extra oar options'},'oarsub parameter',1,{'12',''});
     1623                    ncores=str2double(answer{1});
     1624                    extra_oar=answer{2};
    16251625                    walltime_onejob=600;%seconds
    16261626                    filename_joblist=fullfile(Rootbat,'job_list.txt');
     
    16301630                    end
    16311631                    fclose(fid)
    1632                     oar_command=['oarsub -n test '...
    1633                          '-l /core=' num2str(ncores) ','...
    1634                         'walltime=' datestr(1.05*walltime_onejob/86400*max(length(batch_file_list),ncores)/ncores,13) ' '...
    1635                         '-E ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.errors') ' '...
    1636                         '-O ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.log') ' '...
    1637                         '"oar-parexec -f ' filename_joblist ' -l ' filename_joblist '.log"'];
     1632                    oar_command=['oarsub -n CIVX '...
     1633                        '-t idempotent --checkpoint ' num2str(walltime_onejob+60) ' '...
     1634                        '-l /core=' num2str(ncores) ','...
     1635                            'walltime=' datestr(1.05*walltime_onejob/86400*max(length(batch_file_list),ncores)/ncores,13) ' '...
     1636                        '-E ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stderr') ' '...
     1637                        '-O ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stdout') ' '...
     1638                        extra_oar ' '...
     1639                        '"oar-parexec -s -f ' filename_joblist ' '...
     1640                            '-l ' filename_joblist '.log"'];
    16381641                    filename_oarcommand=fullfile(Rootbat,'oar_command');
    16391642                    fid=fopen(filename_oarcommand,'w');
     
    16511654                    for p=1:length(batch_file_list)
    16521655                        oar_command=['oarsub -n CIVX '...
    1653                             '-E ' regexprep(batch_file_list{p},'\.bat\>','.errors') ' -O ' regexprep(batch_file_list{p},'\.bat\>','.log ')...
     1656                            '-E ' regexprep(batch_file_list{p},'\.bat\>','.stderr') ' -O ' regexprep(batch_file_list{p},'\.bat\>','.stdout ')...
    16541657                            '-l "/core=1,walltime=' datestr(walltime_onejob/86400,13) '"   ' batch_file_list{p}];
    16551658                        fprintf(fid,[oar_command '\n']);
     
    16591662                        '-l /core=' num2str(ncores)...
    16601663                        ',walltime=' datestr(1.05*walltime_onejob/86400*max(length(batch_file_list),ncores)/ncores,13) ' '...
    1661                         '-E ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.errors') ' '...
    1662                         '-O ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.log') ' '...
     1664                        '-E ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stderr') ' '...
     1665                        '-O ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stdout') ' '...
    16631666                        '"oar-dispatch -f ' filename_joblist '"'];
    16641667                    filename_oarcommand=fullfile(Rootbat,'oar_command');
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.