Changeset 445 for trunk/src/read_field.m


Ignore:
Timestamp:
Jun 8, 2012, 4:30:52 PM (12 years ago)
Author:
sommeria
Message:

possibility of dealing with series of multiple images eg tiff- introduced
bugs corrected in object creation.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/read_field.m

    r441 r445  
    2424%     = vol: images representing scanned volume (images concatened in the y direction)
    2525% ParamIn: Matlab structure of input parameters
    26 %     .FieldName: name of the input field (for Civx data)
    27 %     .VelType: type of velocity data ('civ1', 'filter1', 'civ2'...)
     26%     .FieldName: name (char string) of the input field (for Civx data)
     27%     .VelType: char string giving the type of velocity data ('civ1', 'filter1', 'civ2'...)
    2828%     .ColorVar: variable used for vector color
    2929%     .Npx, .Npy: nbre of pixels along x and y (used for .vol input files)
    … …  
    4343A=[];
    4444%% distingush different input file types
    45 switch FileType
    46     case {'civx','civdata','netcdf'}  %read the first nc field
    47 %         ParamOut.FieldName=ParamIn.FieldName;
    48         GUIName='get_field'; %default name of the GUI get_field
    49         if isfield(ParamIn,'GUIName')
    50             GUIName=ParamIn.GUIName;
    51         end
    52         CivStage=0;
    53         if ~strcmp(ParamIn.FieldName,'get_field...')% if get_field is not requested, look for Civx data
    54             FieldList=calc_field;%list of possible fields for Civx data
    55             ParamOut.ColorVar='';%default
    56             field_index=strcmp(ParamIn.FieldName,FieldList);%look for ParamIn.FieldName in the list of possible fields for Civx data
    57             if isempty(find(field_index,1))% ParamIn.FieldName is not in the list, check whether Civx data exist
    58                 Data=nc2struct(ObjectName,'ListGlobalAttribute','Conventions','absolut_time_T0','civ','CivStage');
    59                 % case of new civdata conventions
    60                 if isequal(Data.Conventions,'uvmat/civdata')
    61                     ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
    62                     ParamOut.ColorVar='ima_cor';
    63                     InputField=[{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}];
    64                     [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civdata(ObjectName,InputField,ParamIn.VelType,Data.CivStage);
     45try
     46    switch FileType
     47        case {'civx','civdata','netcdf'}  %read the first nc field
     48            %         ParamOut.FieldName=ParamIn.FieldName;
     49            GUIName='get_field'; %default name of the GUI get_field
     50            if isfield(ParamIn,'GUIName')
     51                GUIName=ParamIn.GUIName;
     52            end
     53            CivStage=0;
     54            if ~strcmp(ParamIn.FieldName,'get_field...')% if get_field is not requested, look for Civx data
     55                FieldList=calc_field;%list of possible fields for Civx data
     56                ParamOut.ColorVar='';%default
     57                field_index=strcmp(ParamIn.FieldName,FieldList);%look for ParamIn.FieldName in the list of possible fields for Civx data
     58                if isempty(find(field_index,1))% ParamIn.FieldName is not in the list, check whether Civx data exist
     59                    Data=nc2struct(ObjectName,'ListGlobalAttribute','Conventions','absolut_time_T0','civ','CivStage');
     60                    % case of new civdata conventions
     61                    if isequal(Data.Conventions,'uvmat/civdata')
     62                        ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
     63                        ParamOut.ColorVar='ima_cor';
     64                        InputField=[{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}];
     65                        [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civdata(ObjectName,InputField,ParamIn.VelType,Data.CivStage);
     66                        CivStage=Field.CivStage;
     67                        ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
     68                        %case of old civx conventions
     69                    elseif ~isempty(Data.absolut_time_T0)&& ~isequal(Data.civ,0)
     70                        ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
     71                        ParamOut.ColorVar='ima_cor';
     72                        InputField=[{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}];
     73                        [Field,ParamOut.VelType]=read_civxdata(ObjectName,InputField,ParamIn.VelType);
     74                        CivStage=Field.CivStage;
     75                        ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
     76                        % not cvix file, fields will be chosen through the GUI get_field
     77                    else
     78                        ParamOut.FieldName='get_field...';
     79                        hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
     80                        if ~isempty(hget_field)
     81                            delete(hget_field)%delete  get_field for reinitialisation
     82                        end
     83                    end
     84                else
     85                    InputField={ParamOut.FieldName};
     86                    if isfield(ParamIn,'ColorVar')
     87                        ParamOut.ColorVar=ParamIn.ColorVar;
     88                        InputField=[InputField {ParamOut.ColorVar}];
     89                    end
     90                    [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civxdata(ObjectName,InputField,ParamIn.VelType);
     91                    if ~isempty(errormsg)
     92                        return
     93                    end
    6594                    CivStage=Field.CivStage;
    6695                    ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
    67                     %case of old civx conventions
    68                 elseif ~isempty(Data.absolut_time_T0)&& ~isequal(Data.civ,0)
    69                     ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
    70                     ParamOut.ColorVar='ima_cor';
    71                     InputField=[{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}];
    72                     [Field,ParamOut.VelType]=read_civxdata(ObjectName,InputField,ParamIn.VelType);
    73                     CivStage=Field.CivStage;
    74                     ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
    75                     % not cvix file, fields will be chosen through the GUI get_field
    76                 else
    77                     ParamOut.FieldName='get_field...';
    78                     hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
    79                     if ~isempty(hget_field)
    80                         delete(hget_field)%delete  get_field for reinitialisation
    81                     end
    82                 end
    83             else
    84                 InputField={ParamOut.FieldName};
    85                 if isfield(ParamIn,'ColorVar')
    86                     ParamOut.ColorVar=ParamIn.ColorVar;
    87                     InputField=[InputField {ParamOut.ColorVar}];
    88                 end
    89                 [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civxdata(ObjectName,InputField,ParamIn.VelType);
    90                 if ~isempty(errormsg)
    91                     return
    92                 end
    93                 CivStage=Field.CivStage;
    94                 ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
     96                end
     97                ParamOut.FieldList=[{'image'};FieldList;{'get_field...'}];
    9598            end
    96             ParamOut.FieldList=[{'image'};FieldList;{'get_field...'}];
    97         end
    98 %         ParamOut.FieldList=[{'image'};FieldList;{'get_field...'}];
    99         if CivStage==0% read the field names on the interface get_field.
    100             hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
    101             if isempty(hget_field)% open the GUI get_field if it is not found
    102                 hget_field= get_field(ObjectName);%open the get_field GUI
    103                 set(hget_field,'Name',GUIName)%update the name of get_field (e.g. get_field_1)
     99            if CivStage==0% read the field names on the interface get_field.
     100                hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
     101                if isempty(hget_field)% open the GUI get_field if it is not found
     102                    hget_field= get_field(ObjectName);%open the get_field GUI
     103                    set(hget_field,'Name',GUIName)%update the name of get_field (e.g. get_field_1)
     104                end
     105                hhget_field=guidata(hget_field);
     106                %% update  the get_field GUI
     107                set(hhget_field.inputfile,'String',ObjectName)
     108                set(hhget_field.list_fig,'Value',1)
     109                if exist('num','var')&&~isnan(num)
     110                    set(hhget_field.TimeIndexValue,'String',num2str(num))
     111                end
     112                funct_list=get(hhget_field.ACTION,'UserData');
     113                funct_index=get(hhget_field.ACTION,'Value');
     114                funct=funct_list{funct_index};%select  the current action in get_field, e;g. PLOT
     115                Field=funct(hget_field); %%activate the current action selected in get_field, e;g.read the names of the variables to plot
     116                Tabchar={''};%default
     117                Tabcell=[];
     118                set(hhget_field.inputfile,'String',ObjectName)
     119                if isfield(Field,'ListGlobalAttribute')&& ~isempty(Field.ListGlobalAttribute)
     120                    for iline=1:length(Field.ListGlobalAttribute)
     121                        Tabcell{iline,1}=Field.ListGlobalAttribute{iline};
     122                        if isfield(Field, Field.ListGlobalAttribute{iline})
     123                            eval(['val=Field.' Field.ListGlobalAttribute{iline} ';'])
     124                            if ischar(val);
     125                                Tabcell{iline,2}=val;
     126                            else
     127                                Tabcell{iline,2}=num2str(val);
     128                            end
     129                        end
     130                    end
     131                    if ~isempty(Tabcell)
     132                        Tabchar=cell2tab(Tabcell,'=');
     133                        Tabchar=[{''};Tabchar];
     134                    end
     135                end
     136                ParamOut.CivStage=0;
     137                ParamOut.VelType=[];
     138                if isfield(Field,'TimeIndex')
     139                    ParamOut.TimeIndex=Field.TimeIndex;
     140                end
     141                if isfield(Field,'TimeValue')
     142                    ParamOut.TimeValue=Field.TimeValue;
     143                end
     144                ParamOut.FieldList={'get_field...'};
    104145            end
    105             hhget_field=guidata(hget_field);
    106             %% update  the get_field GUI
    107             set(hhget_field.inputfile,'String',ObjectName)
    108             set(hhget_field.list_fig,'Value',1)
    109             if exist('num','var')&&~isnan(num)
    110                 set(hhget_field.TimeIndexValue,'String',num2str(num))
    111             end
    112             funct_list=get(hhget_field.ACTION,'UserData');
    113             funct_index=get(hhget_field.ACTION,'Value');
    114             funct=funct_list{funct_index};%select  the current action in get_field, e;g. PLOT
    115             Field=funct(hget_field); %%activate the current action selected in get_field, e;g.read the names of the variables to plot
    116             Tabchar={''};%default
    117             Tabcell=[];
    118             set(hhget_field.inputfile,'String',ObjectName)
    119             if isfield(Field,'ListGlobalAttribute')&& ~isempty(Field.ListGlobalAttribute)
    120                 for iline=1:length(Field.ListGlobalAttribute)
    121                     Tabcell{iline,1}=Field.ListGlobalAttribute{iline};
    122                     if isfield(Field, Field.ListGlobalAttribute{iline})
    123                         eval(['val=Field.' Field.ListGlobalAttribute{iline} ';'])
    124                         if ischar(val);
    125                             Tabcell{iline,2}=val;
    126                         else
    127                             Tabcell{iline,2}=num2str(val);
    128                         end
    129                     end
    130                 end
    131                 if ~isempty(Tabcell)
    132                     Tabchar=cell2tab(Tabcell,'=');
    133                     Tabchar=[{''};Tabchar];
    134                 end
    135             end
    136             %set(hhget_field.attributes,'String',Tabchar);%update list of global attributes in get_field
    137             ParamOut.CivStage=0;
    138             ParamOut.VelType=[];
    139             if isfield(Field,'TimeIndex')
    140                 ParamOut.TimeIndex=Field.TimeIndex;
    141             end
    142             if isfield(Field,'TimeValue')
    143                 ParamOut.TimeValue=Field.TimeValue;
    144             end
    145             ParamOut.FieldList={'get_field...'};
    146         end
    147 %         if CivStage~=0
    148 %             ParamOut.FieldList=[{'image'};FieldList;{'get_field...'}];
    149 %         else
    150 % %             ParamOut.FieldList={'get_field...'};
    151 %         end   
    152     case {'video','mmreader'}
    153         try
     146        case {'video','mmreader'}
    154147            A=read(ObjectName,num);
    155         catch ME
    156             errormsg=ME.message;
    157             return
    158         end
    159         FieldName='image';
    160     case 'vol'
    161         A=imread(ObjectName);
    162         Npz=size(A,1)/ParamIn.Npy;
    163         A=reshape(A',ParamIn.Npx,ParamIn.Npy,Npz);
    164         A=permute(A,[3 2 1]);
    165         FieldName='image';
    166     case 'multimage'
    167         A=imread(ObjectName,num);
    168         FieldName='image';
    169     case 'image'
    170         A=imread(ObjectName);
    171         FieldName='image';
    172 end
     148        case 'vol'
     149            A=imread(ObjectName);
     150            Npz=size(A,1)/ParamIn.Npy;
     151            A=reshape(A',ParamIn.Npx,ParamIn.Npy,Npz);
     152            A=permute(A,[3 2 1]);
     153        case 'multimage'
     154            warning 'off'
     155            A=imread(ObjectName,num);
     156        case 'image'
     157            A=imread(ObjectName);
     158    end
     159catch ME
     160    errormsg=ME.message;
     161    return
     162end
     163
    173164%% case of image
    174165if ~isempty(A)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.