Changeset 517 for trunk/src/read_field.m


Ignore:
Timestamp:
Aug 17, 2012, 11:47:16 PM (12 years ago)
Author:
sommeria
Message:

various bugs corrected. get_field now used in a passive way from uvmat: variable names are transferred from get_field to uvmat.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/read_field.m

    r516 r517  
    4242try
    4343    switch FileType
    44         case {'civx','civdata','netcdf'}  %read the first nc field
    45             GUIName='get_field'; %default name of the GUI get_field
    46             if isfield(ParamIn,'GUIName')
    47                 GUIName=ParamIn.GUIName;
    48             end
    49             CivStage=0;
    50             if ~strcmp(ParamIn.FieldName,'get_field...')% if get_field is not requested, look for Civx data
    51                 FieldList=calc_field;%list of possible fields for Civx data
    52                 ParamOut.ColorVar='';%default
    53                 if ischar(ParamIn.FieldName)
    54                     FieldName=ParamIn.FieldName;
    55                 else
    56                     FieldName=ParamIn.FieldName{1};
    57                 end
    58                 field_index=strcmp(FieldName,FieldList);%look for ParamIn.FieldName in the list of possible fields for Civx data
    59                 if isempty(find(field_index,1))% ParamIn.FieldName is not in the list, check whether Civx data exist
    60                     Data=nc2struct(FileName,'ListGlobalAttribute','Conventions','absolut_time_T0','civ','CivStage');
    61                     % case of new civdata conventions
    62                     if isequal(Data.Conventions,'uvmat/civdata')
    63                         ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
    64                         ParamOut.ColorVar='ima_cor';
    65                         InputField=[{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}];
    66                         [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType,Data.CivStage);
     44        case 'civdata'
     45%             ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
     46%                         ParamOut.ColorVar='ima_cor';
     47                        InputField=[{ParamIn.FieldName} {ParamIn.ColorVar}];
     48                        [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
    6749                        if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civdata:' errormsg];return,end
    68                         CivStage=Field.CivStage;
    6950                        ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
    70                         %case of old civx conventions
    71                     elseif ~isempty(Data.absolut_time_T0)&& ~isequal(Data.civ,0)
    72                         ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
     51         case 'civx'
     52            ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
    7353                        ParamOut.ColorVar='ima_cor';
    7454                        InputField=[{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}];
    7555                        [Field,ParamOut.VelType]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
    7656                        if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata:' errormsg];return,end
    77                         CivStage=Field.CivStage;
    7857                        ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
    79                         % not cvix file, fields will be chosen through the GUI get_field
    80                     else
    81                         ParamOut.FieldName='get_field...';
    82                         hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
    83                         if ~isempty(hget_field)
    84                             delete(hget_field)%delete  get_field for reinitialisation
    85                         end
    86                     end
    87                 else             
    88                     InputField=ParamOut.FieldName;
    89                     if ischar(InputField)
    90                         InputField={InputField};
    91                     end
    92                     if isfield(ParamIn,'ColorVar')
    93                         ParamOut.ColorVar=ParamIn.ColorVar;
    94                         InputField=[InputField {ParamOut.ColorVar}];
    95                     end
    96                     [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
    97                     if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata:' errormsg];return,end
    98                     CivStage=Field.CivStage;
    99                     ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
     58        case 'netcdf'
     59            r=regexp(ParamIn.FieldName,'(^vec|^norm)\((?<UName>.+),(?<VName>.+)\)$','names');
     60            if isempty(r)
     61                ListVar={ParamIn.FieldName};
     62                input='scalar';
     63            else
     64                ListVar={r.UName,r.VName};
     65                input='vectors';
     66            end
     67            if ~isempty(ParamIn.ColorVar)
     68                r=regexp(ParamIn.ColorVar,'(^vec|^norm)\((?<UName>.+),(?<VName>.+)\)$','names');
     69                if isempty(r)
     70                    ListVar=[ListVar {ParamIn.ColorVar}];
     71                else
     72                    ListVar=[ListVar {r.UName,r.VName}];
    10073                end
    101                 ParamOut.FieldList=[{'image'};FieldList;{'get_field...'}];
    102             end
    103             if CivStage==0% read the field names on the interface get_field.
    104                 hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
    105                 if isempty(hget_field)% open the GUI get_field if it is not found
    106                     hget_field= get_field(FileName);%open the get_field GUI
    107                     set(hget_field,'Name',GUIName)%update the name of get_field (e.g. get_field_1)
     74            end
     75                [Field,var_detect,ichoice]=nc2struct(FileName,[ParamIn.CoordName ListVar]);
     76                if strcmp(input,'vectors')
     77                    Field.VarAttribute{3}.Role='vector_x';
     78                    Field.VarAttribute{4}.Role='vector_y';
     79                else
     80                    Field.VarAttribute{3}.Role='scalar';
    10881                end
    109                 hhget_field=guidata(hget_field);
    110                 %% update  the get_field GUI
    111                 set(hhget_field.inputfile,'String',FileName)
    112                 set(hhget_field.list_fig,'Value',1)
    113                 if exist('num','var')&&~isnan(num)
    114                     set(hhget_field.TimeIndexValue,'String',num2str(num))
    115                 end
    116 %                 funct_list=get(hhget_field.ACTION,'UserData');
    117 %                 funct_index=get(hhget_field.ACTION,'Value');
    118 %                 funct=funct_list{funct_index};%select  the current action in get_field, e;g. PLOT
    119 %                 Field=funct(hget_field); %%activate the current action selected in get_field, e;g.read the names of the variables to plot
    120                 [Field,errormsg]=read_get_field(hget_field);
    121                 Tabchar={''};%default
    122                 Tabcell=[];
    123                 set(hhget_field.inputfile,'String',FileName)
    124                 if isfield(Field,'ListGlobalAttribute')&& ~isempty(Field.ListGlobalAttribute)
    125                     for iline=1:length(Field.ListGlobalAttribute)
    126                         Tabcell{iline,1}=Field.ListGlobalAttribute{iline};
    127                         if isfield(Field, Field.ListGlobalAttribute{iline})
    128                             val=Field.(Field.ListGlobalAttribute{iline});
    129                             if ischar(val);
    130                                 Tabcell{iline,2}=val;
    131                             else
    132                                 Tabcell{iline,2}=num2str(val);
    133                             end
    134                         end
    135                     end
    136                     if ~isempty(Tabcell)
    137                         Tabchar=cell2tab(Tabcell,'=');
    138                         Tabchar=[{''};Tabchar];
    139                     end
    140                 end
    141                 ParamOut.CivStage=0;
    142                 ParamOut.VelType=[];
    143                 if isfield(Field,'TimeIndex')
    144                     ParamOut.TimeIndex=Field.TimeIndex;
    145                 end
    146                 if isfield(Field,'TimeValue')
    147                     ParamOut.TimeValue=Field.TimeValue;
    148                 end
    149                 ParamOut.FieldList={'get_field...'};
    150             end
     82%             GUIName='get_field'; %default name of the GUI get_field
     83%             if isfield(ParamIn,'GUIName')
     84%                 GUIName=ParamIn.GUIName;
     85%             end
     86%             CivStage=0;
     87% %             if ~strcmp(ParamIn.FieldName,'get_field...')% if get_field is not requested, look for Civx data
     88%                 FieldList=calc_field;%list of possible fields for Civx data
     89%                 ParamOut.ColorVar='';%default
     90%                 if ischar(ParamIn.FieldName)
     91%                     FieldName=ParamIn.FieldName;
     92%                 else
     93%                     FieldName=ParamIn.FieldName{1};
     94%                 end
     95%                 field_index=strcmp(FieldName,FieldList);%look for ParamIn.FieldName in the list of possible fields for Civx data
     96%                 if isempty(find(field_index,1))% ParamIn.FieldName is not in the list, check whether Civx data exist
     97%                     Data=nc2struct(FileName,'ListGlobalAttribute','Conventions','absolut_time_T0','civ','CivStage');
     98%                     % case of new civdata conventions
     99%                     if isequal(Data.Conventions,'uvmat/civdata')
     100%                         
     101%                         %case of old civx conventions
     102%                     elseif ~isempty(Data.absolut_time_T0)&& ~isequal(Data.civ,0)
     103%                         ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
     104%                         ParamOut.ColorVar='ima_cor';
     105%                         InputField=[{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}];
     106%                         [Field,ParamOut.VelType]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
     107%                         if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata:' errormsg];return,end
     108%                         CivStage=Field.CivStage;
     109%                         ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
     110%                         % not cvix file, fields will be chosen through the GUI get_field
     111%                     else
     112%                         ParamOut.FieldName='get_field...';
     113%                         hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
     114%                         if ~isempty(hget_field)
     115%                             delete(hget_field)%delete  get_field for reinitialisation
     116%                         end
     117%                     end
     118%                 else             
     119%                     InputField=ParamOut.FieldName;
     120%                     if ischar(InputField)
     121%                         InputField={InputField};
     122%                     end
     123%                     if isfield(ParamIn,'ColorVar')
     124%                         ParamOut.ColorVar=ParamIn.ColorVar;
     125%                         InputField=[InputField {ParamOut.ColorVar}];
     126%                     end
     127%                     [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
     128%                     if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata:' errormsg];return,end
     129%                     CivStage=Field.CivStage;
     130%                     ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
     131%                 end
     132%                 ParamOut.FieldList=[{'image'};FieldList;{'get_field...'}];
     133%             end
     134%             if CivStage==0% read the field names on the interface get_field.
     135%                 hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
     136%                 if isempty(hget_field)% open the GUI get_field if it is not found
     137%                     hget_field= get_field(FileName);%open the get_field GUI
     138%                     set(hget_field,'Name',GUIName)%update the name of get_field (e.g. get_field_1)
     139%                 end
     140%                 hhget_field=guidata(hget_field);
     141%                 %% update  the get_field GUI
     142%                 set(hhget_field.inputfile,'String',FileName)
     143%                 set(hhget_field.list_fig,'Value',1)
     144%                 if exist('num','var')&&~isnan(num)
     145%                     set(hhget_field.TimeIndexValue,'String',num2str(num))
     146%                 end
     147% %                 funct_list=get(hhget_field.ACTION,'UserData');
     148% %                 funct_index=get(hhget_field.ACTION,'Value');
     149% %                 funct=funct_list{funct_index};%select  the current action in get_field, e;g. PLOT
     150% %                 Field=funct(hget_field); %%activate the current action selected in get_field, e;g.read the names of the variables to plot
     151%                 [Field,errormsg]=read_get_field(hget_field);
     152%                 Tabchar={''};%default
     153%                 Tabcell=[];
     154%                 set(hhget_field.inputfile,'String',FileName)
     155%                 if isfield(Field,'ListGlobalAttribute')&& ~isempty(Field.ListGlobalAttribute)
     156%                     for iline=1:length(Field.ListGlobalAttribute)
     157%                         Tabcell{iline,1}=Field.ListGlobalAttribute{iline};
     158%                         if isfield(Field, Field.ListGlobalAttribute{iline})
     159%                             val=Field.(Field.ListGlobalAttribute{iline});
     160%                             if ischar(val);
     161%                                 Tabcell{iline,2}=val;
     162%                             else
     163%                                 Tabcell{iline,2}=num2str(val);
     164%                             end
     165%                         end
     166%                     end
     167%                     if ~isempty(Tabcell)
     168%                         Tabchar=cell2tab(Tabcell,'=');
     169%                         Tabchar=[{''};Tabchar];
     170%                     end
     171%                 end
     172%                 ParamOut.CivStage=0;
     173%                 ParamOut.VelType=[];
     174%                 if isfield(Field,'TimeIndex')
     175%                     ParamOut.TimeIndex=Field.TimeIndex;
     176%                 end
     177%                 if isfield(Field,'TimeValue')
     178%                     ParamOut.TimeValue=Field.TimeValue;
     179%                 end
     180%                 ParamOut.FieldList={'get_field...'};
     181
    151182        case 'video'
    152183            if strcmp(class(ParamIn),'VideoReader')
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.